3VOCA

Crystal structure of the catalytic domain of beta-amylase from paenibacillus polymyxa
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
416
structure length
416
Chain Sequence
AVADDFQASVMGPLAKINDWGSFKKQLQTLKNNGVYAITTDVWWGYVESAGDNQFDWSYYKTYANAVKEAGLKWVPIISTHKCGGNVGDDCNIPLPSWLSSKGSADEMQFKDESGYANSEALSPLWSGTGKQYDELYASFAENFAGYKSIIPKIYLSGGPSGELRYPSYYPAAGWSYPGRGKFQAYTETAKNAFRTAMNDKYGSLDKINAAWGTKLTSLSQINPPTDGDGFYTNGGYNSAYGKDFLSWYQSVLEKHLGVIGAAAHKNFDSVFGVRIGAKISGLHWQMNNPAMPHGTEQAGGYYDYNRLIQKFKDADLDLTFTCLEMSDSGTAPNYSLPSTLVDTVSSIANAKGVRLNGENALPTGGSGFQKIEEKITKFGYHGFTLLRINNLVNNDGSPTGELSGFKQYIISKAKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis by X-ray crystallography and small-angle scattering of the multi-domain beta-amylase from Paenibacillus polymyxa
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
molecule keywords Beta/alpha-amylase
total genus 163
structure length 416
sequence length 416
ec nomenclature ec 3.2.1.1: Alpha-amylase.
pdb deposition date 2012-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vocA00
3CHDA 4NSBA 1F4AA 2EBNA 5BROA 1JDAA 3WY1A 4UOJA 1HIZA 3NSMA 4DWSB 1W3JA 4JKMA 2FDMA 4PCSA 3S2CA 2DSVA 4F9JA 3NDZA 3EDKA 2D22A 5DEZA 1HVXA 2NT1A 1QI0A 4AIOA 1JZ5A 5I3DA 1QI3A 2ZUSA 3AHZA 3ALFA 1FHDA 1O7AA 4A4AA 1OGSA 2YLLA 4MB1A 3CZKA 2O9PA 1CXEA 4XX6A 2D23A 2WMIA 5I77A 4R27A 5M3WA 2NW0A 1OD0A 4XUYA 3ZJ8A 3NDYA 3VIKA 5A2BA 3WF0A 9CGTA 3NCOA 1MFVA 2BNJA 1V0LA 3PTKA 3WKZA 4UFKA 3M7SA 1UR9A 3WL0A 2A3HA 1C8XA 1W3KA 2VURA 2BVDA 2V3EA 3THCA 4DUWA 2J4GA 5ABFB 2BHZA 3AS0A 1E71M 3ZM8A 1HJXA 4HZ7A 5A6BD 4AISA 1E6SM 2YL6A 1EDGA 1J0JA 3WH5A 2D3NA 1OCQA 2YA1A 4UZSA 1LQ0A 3GDBA 3EYPA 2W5FA 3DYMA 1BYDA 3IK2A 4DWSA 1GW1A 2VX4A 5A2AA 3UG5A 1KGWA 1TFVA 3SUTA 3BGAA 1GJUA 2PWDA 2G3NA 5D9OA 1PAMA 1VFOA 2QV4A 3U7VA 2IUZA 1Q6CA 4NRRA 1X6LA 1WNOA 4CKQA 4JFWA 3SURA 2AMGA 4OUEA 1TR1A 2QPUA 1XRVA 2PWHA 3AROA 1M03A 1G0CA 3B9EA 1OM0A 1QHOA 3ZT7A 4WSKA 3ARPA 3MMUA 4HPHA 3ARSA 4TTUA 2W61A 2D0HA 4F9DA 1ZB5A 2IXVA 5BYWA 1UZ4A 1Q6DA 2Q8XA 1ISWA 2ZXDA 4TTGA 1MW2A 1H1NA 2WANA 3VIFA 2CBUA 4GPNA 4AD1A 4UOQA 1E6RA 5ABFA 3CZGA 3CUJA 4HMEA 3FAWA 4GQQA 4C7DA 2ZUMA 1H49A 1E70M 5IHRA 1D7FA 3WUFA 5CPTA 4D6FA 4MJ2A 2D20A 1JXKA 2GJPA 4UNIA 1N82A 7A3HA 1VFFA 4X0VA 2ZUVA 4AD4A 2QHAA 3MANA 1E3ZA 5A8QA 3WH9A 3WEZA 1F4HA 3A4WA 5GQBA 1CPUA 2WMJA 2IXUA 1WPCA 1XC6A 3ZMRA 3EDEA 3VMPA 2J7DA 1I1WA 2VCAA 3T09A 2X0YA 3AIEA 2F61A 4MNJA 4ATLA 1BAGA 1GQLA 3FW6A 4QCFA 3UR7A 2V3FA 2J47A 4TVUA 1UUQA 1V3JA 4B9YA 3II1A 4AZ5A 3CPUA 5JUVA 4QFUA 3CHFA 4HOZA 2CIPA 5JBFA 1W2PA 4KWUA 4TUFA 1VEPA 3EMCA 4V27A 3W25A 3ZQ9A 3KWXA 1WDRA 2WLZA 2ZWZA 3VM5A 1E3XA 1U33A 1UD3A 2FGLA 2VX6A 1IV8A 2DSKA 3KL0A 4RE4A 1VFMA 4GO8A 4AZCA 2WPGA 3LPOA 3NUKA 4YN5A 2JF7A 4P7LA 5E0FA 3PZTA 4D6DA 1GUVA 2VX7A 1W1TA 3OB8A 1JI1A 4W8LA 1OGBA 3AMGA 3VGBA 4HA4A 4HA1A 2DSZA 1X6NA 4F66A 1H41A 1QHPA 1DP0A 4D72A 4R5EA 5A3HA 4JCMA 5DMYA 2FH8A 4S3KA 1OT1A 3L2LA 3M46A 3WBAA 1V02A 3ARQA 3GH7A 1VBRA 1V08A 1HL8A 3CZEA 4J27A 4UFHA 2G41A 4JL1A 2XFFA 3F5LA 1CGTA 3BCFA 5E70A 5ABGA 2ZOXA 1GQIA 1QVBA 1M01A 3WL1A 2C0HA 2WWDA 1WAWA 2YLAA 4OOUA 3LMYA 4P7RA 5LYRA 4LPCA 3ZIZA 3VGFA 2VL4A 1EO7A 5A2CA 1V6UA 4U3CA 4Q7NA 2VZUA 1TMQA 3HJEA 1G5AA 2FHCA 1U2YA 4IUGA 5IDIA 1J9YA 2E9MA 2CBVA 3ZJ7A 5M17A 1PX3A 1EIBA 5A8NA 3TP4A 2YA2A 4D1IA 1B9ZA 1DHKA 3TTSA 4M24A 3MMDA 3BH4A 2PF0A 4L4OA 4MDPA 5BRPA 3BCDA 2QMJA 4PRWA 3POHA 2VO5A 1O6IA 5I79A 3PZGA 4BA0A 4AZ7A 4KH2A 3AIQA 4ML4A 1HJSA 4BQ4A 1CXIA 3WUEA 3QHOA 1CWYA 3B8SA 1HKJA 2VX5A 5AYIA 1LLOA 1HF6A 2CXGA 1AMYA 3KZSA 1JDDA 3IJ9A 3WENA 4D6CA 2D0GA 1KCKA 1GONA 3BC9A 3PN8A 4JAWA 1FHLA 5DT7A 1FFQA 4PMNA 1GOOA 1KWKA 2JIEA 5A6BA 3N13A 2ZX8A 3AHVA 3WMSA 2BHUA 4BQ2A 3NJ3A 1HKKA 3SEPA 1OT2A 4DM1A 3HN3A 2VQUA 4WLCA 2WVUA 1VIWA 1W3LA 2EO7A 1V6VA 4FLOA 4ZENA 4K68A 5CQ1A 5E6ZA 2X05A 7CGTA 3ZT6A 5D9PA 1HX0A 3K8MA 4W93A 5I78A 3OGSA 4NRSA 1E56A 1V3LA 1XV8A 2EEXA 4PUEA 1ZBKA 3MS8A 1PBGA 3MUZ1 1QI2A 1XHGA 4PMZA 2EPOA 1DTUA 4A3HA 1XSKA 3UCQA 1HN1A 3BAYA 3CUHA 1LWJA 2VZVA 5AC4A 3DYOA 3WNMA 2WHLA 2BS9A 3N17A 4MAZA 3J7HA 1E55A 1QNQA 2GSJA 1CXHA 2CNCA 4HZ6A 5HPOA 3GXDA 3RJYA 1E4NA 2WLYA 1PZ3A 5AY7A 1BGAA 4Z2HA 1EQPA 5M03A 4HMCA 1WB0A 1HL9A 3F4VA 4W8AA 6A3HA 5CLWA 3MMWA 3AIWA 2ZXQA 3QOKA 1J0HA 1G1YA 3WD3A 2FGZA 1QPKA 1CLVA 3AJ7A 3CUIA 1E73M 1DWJM 2EJ1A 3AMCA 3UG3A 3MUY1 3A3HA 4WJXA 3VDBA 3VKKA 3AZSA 3W29A 4JFUA 3WEMA 3OGRA 3WNNA 2ZXBA 3KEHA 4CD5A 1JYXA 1K6AA 1GOMA 3VD9A 5KEZA 1JI2A 1EGZA 2E4TA 4JFVA 5A8OA 4TX6A 2JEQA 2YDSA 2ZX5A 2QF8A 3UESA 2WMFA 1J12A 4WKFA 4AEFA 1W9UA 1FH7A 1A47A 5CLTA 1W1VA 2WCSA 5EFDA 1BG9A 1QBAA 1LJYA 2E8YA 2YDQA 3VD7A 3WQ4A 4W5ZA 4OBRA 3W28A 5BRQA 3ARTA 4V2XA 1EQCA 3EMQA 3UETA 4PBGA 1NOUA 1UHVA 3GNOA 5A69A 1QI4A 3W6MA 3U5YA 1R86A 3VMNA 1GNXA 3OLGA 3UG4A 4S3JA 1J0ZA 1AQ0A 1PIFA 2XVGA 2VR5A 2GK1B 2WBKA 4ACZB 3VU2A 3ZO9A 5IHSA 2V5CA 3ECQA 2D24A 5BWFA 2DDXA 2OSYA 2MANA 1JYWA 2E0PA 4D71A 1MXDA 3ALGA 4X9YA 1OB0A 2YDRA 3CZLA 3GBEA 4JL2A 1WZLA 1LG2A 1Q6GA 4GZEA 1HVQA 4J3UA 3WUBA 3WF2A 1UKOA 1ISZA 2J79A 1CZ1A 1H4PA 1H5VA 2QMKA 1GVIA 3WELA 1BFNA 3OLDA 1US3A 2DT1A 2VCBA 2Y8VA 4PYSA 3NSXA 1V3MA 3L4XA 5CGTA 1K9EA 1WZMA 2WBGA 5KZ6A 1GJWA 3W37A 2J7GA 3F5KA 2X2YA 5HDRA 1XSIA 5C8BB 1RP8A 1XH2A 5FL0A 1EDTA 2NT0A 4M56A 3VMOA 1SYTA 4GO9A 4W88A 5EFFA 1EHNA 2CKRA 3SUVA 2WVTA 1Y7VA 1CTNA 2YA0A 3DYPA 2A3CA 4W85A 3VNZA 2UWFA 3AOFA 2BY0A 4CD6A 3WQ5A 2EQDA 1ZBWA 1V3IA 1BVNP 2GK1A 2BVTA 4ZFMA 1M53A 5BXPA 4ACZA 5GNYA 3IJ8A 3SCRA 1GVYA 4UTFA 2J8FA 2XSAA 3L2MA 1MQPA 1NQ6A 3VX0A 1EHAA 4PN2A 1KFWA 2VMFA 4LXFA 4MB5A 3CUFA 4AMCA 5I6SA 1NWUA 1Q4NX 5A1AA 3AZTA 1CLXA 3I3DA 4A3YA 3AQUA 3W26A 2V3GA 1SMDA 2FHBA 4DM2A 6CGTA 1J18A 1H3GA 1LL4A 4UQDA 3CBWA 3TA9A 2GDVA 3N11A 3RPMA 4GZIA 3E1F1 4J7RA 4CVUA 1OGGA 2NSXA 2RGLA 4OZOA 4J3WA 3SUWA 3BAWA 2WHMA 4B3LA 1V03A 1IZKA 1E15A 2GVYA 1UR8A 5I23A 4ATDA 4JFSA 2QPSA 2VRKA 1IZJA 1ISXA 4WK9A 3N18A 3AYSA 3U7BA 2OWWA 8CGTA 3WD2A 2ZIDA 3BSHA 4AD3A 1MQRA 5E0CA 1CECA 4BZYA 2O9TA 3VDAA 3EDJA 2V3DA 1OINA 3APGA 5CZKA 3WMBA 3SCQA 3WDQA 3UERA 2WKGA 3SCNA 2J25A 3WEOA 4GI9A 2VCCA 3W0KA 1J0YA 1QBBA 1V0KA 1W2VA 1B3YA 3RILA 4PCTA 3CHCA 2XM2A 3VIGA 3GM8A 3TTOA 1H0GA 2FH6A 3OGVA 2VZOA 2YL9A 5C71A 1GOWA 4PTXA 2X8RA 1VJSA 3ZSSA 2UY2A 1Q6FA 3O9NA 5FIPA 1FH9A 1KR0A 4AIEA 4GI6A 2XVLA 2UY4A 5E9AA 4QLKA 3KL5A 3UEQA 1KBKA 1W9BM 1V02E 4KGLA 1JZ4A 1PJ9A 2VNCA 4UZUA 3GNPA 1B2YA 3RJXA 1UR2A 1E5JA 2W62A 1E72M 1JFXA 1V3KA 4LYPA 3AXHA 2XWDA 3CZJA 1JGIA 4PMYA 1C90A 5HXMA 5TD4A 5I24A 2VJXA 3CGTA 2X1IA 1UQYA 1E0WA 4PMOA 2CEQA 4ZE4A 2G8ZA 4ACYA 4BCEA 4KMQA 4FLRA 4UOZA 2XFRA 3FNDA 4J3SA 1BYBA 3WF4A 4EAMA 3L4ZA 4LGXA 3MO4A 4MPKA 4NI3A 2X0HA 4CD8A 3AHXA 1GHSA 3WUGA 2BY1A 4H8UA 5A94A 3MUIA 3HU7A 4M29A 4HU8A 2FHFA 2WM0A 2XVPA 2DH3A 2Z1SA 3RM8A 3AS3A 4GQRA 2WYSA 4NZCA 1JNEA 4QAWA 4DWSC 1V6XA 3VGDA 2CESA 1V6WA 1HKMA 1GZJA 5A6LA 1JD7A 3SCSA 2YKKA 2WHKA 3ZJ6A 1I1XA 3GTNA 4BQ5A 2ZICA 3AXIA 1VF8A 1UH3A 1J10A 4PMXA 3I3BA 2WVVB 3KE0A 3O6AA 1LWHA 4UQBA 3RM4A 3AYRA 5BXRA 3VGGA 1UD6A 4J3TA 1TCMA 4D6HA 2DIEA 2CBJA 3AIBA 3SUUA 1GORA 3FHQA 3TTYA 3VILA 3N15A 3L4UA 3AZRA 1RH9A 1UD5A 3WQVA 2YOCA 5DO8A 2XVNA 1B3VA 5JBDA 2WCGA 1JYNA 3L4TA 5FOOA 2EPLX 1E4LA 1TUXA 4H7VA 1W9DM 4HA3A 5M5DA 2DSWA 1KXHA 1AVAA 4TOQA 4JKLA 2UY5A 1UR0A 2PBOA 2XGIA 3WDIA 4HPGA 1BTCA 4P7OA 5DF0A 3WDHA 3PZVA 3GXFA 4AC1X 3WNKA 3PZOA 2A3EA 2WK2A 1C91A 2W66A 1UYQA 3FXYA 3WD4A 3NSNA 3BMWA 2Y4SA 2G3MA 4UCFA 4PSRA 4C7GA 4AY1A 1B90A 4D1JA 3VD5A 4ATWA 5F7UA 1CEOA 2X09A 4U3AA 3ZR5A 3ZSTA 4W7WA 4ZXOA 1ODUA 4EE9A 3OIHA 2WVVA 1NWRA 2DH2A 1PPIA 3WQ6A 3U5UA 1R7AA 1W9PA 1J01A 5JIPA 3FY1A 2EPNA 4ZE5A 2CERA 4YPJA 4MDOA 3BLPX 1B3XA 4AWEA 4OKDA 3MV01 1B1YA 3K4AA 1FA2A 4IM4A 1E40A 2CCRA 4RE3A 3WH7A 2GUYA 3VOCA 3SUSA 4M81A 3EDFA 5BXSA 1HJVA 4Z2KA 2ZX9A 3W4RA 2HVMA 1WDQA 3A47A 4MNMA 1FP8A 1CIUA 3GBDA 4FMVA 1M04A 2PWGA 1OIMA 3WD0A 1E4IA 2HISA 5FL1A 1KR1A 1WZKA 3WIJA 1C3FA 3WD1A 1DWFM 4N42A 1C93A 3SIMA 5CXPA 1CDGA 1E43A 4E8DA 3CHEA 3ARVA 1W91A 3BAIA 3VPLA 1JZ7A 1CXLA 4HMDA 1DWIM 2XIIA 5HOSA 3G6LA 1C8YA 1V0MA 3SCOA 3D3AA 1MYRA 4UQEA 5EMYA 2E40A 3VIJA 4GIAA 2O9RA 3W53A 4W8BA 4L4PA 3ZT5A 3CUGA 2BFGA 3TOPA 1LL6A 3VIHA 3IAQA 3OZPA 3K4DA 3WNLA 5FD0A 4FF5A 1R85A 1UWQA 3CLWA 1WDPA 1CGVA 4AD2A 2ZX7A 2J7BA 3WNOA 1PX8A 3AMDA 2ESCA 4W86A 4CCCA 1QNOA 3WDRA 2D2OA 4BQ3A 4E2OA 2PBGA 1ESWA 3THDA 2EXOA 5CGMA 3VD3A 1E4MM 1QNSA 4U5IA 5FKYA 1VJZA 3W38A 2PWEA 3VINA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CHD A;  4NSB A;  1F4A A;  2EBN A;  5BRO A;  1JDA A;  3WY1 A;  4UOJ A;  1HIZ A;  3NSM A;  4DWS B;  1W3J A;  4JKM A;  2FDM A;  4PCS A;  3S2C A;  2DSV A;  4F9J A;  3NDZ A;  3EDK A;  2D22 A;  5DEZ A;  1HVX A;  2NT1 A;  1QI0 A;  4AIO A;  1JZ5 A;  5I3D A;  1QI3 A;  2ZUS A;  3AHZ A;  3ALF A;  1FHD A;  1O7A A;  4A4A A;  1OGS A;  2YLL A;  4MB1 A;  3CZK A;  2O9P A;  1CXE A;  4XX6 A;  2D23 A;  2WMI A;  5I77 A;  4R27 A;  5M3W A;  2NW0 A;  1OD0 A;  4XUY A;  3ZJ8 A;  3NDY A;  3VIK A;  5A2B A;  3WF0 A;  9CGT A;  3NCO A;  1MFV A;  2BNJ A;  1V0L A;  3PTK A;  3WKZ A;  4UFK A;  3M7S A;  1UR9 A;  3WL0 A;  2A3H A;  1C8X A;  1W3K A;  2VUR A;  2BVD A;  2V3E A;  3THC A;  4DUW A;  2J4G A;  5ABF B;  2BHZ A;  3AS0 A;  1E71 M;  3ZM8 A;  1HJX A;  4HZ7 A;  5A6B D;  4AIS A;  1E6S M;  2YL6 A;  1EDG A;  1J0J A;  3WH5 A;  2D3N A;  1OCQ A;  2YA1 A;  4UZS A;  1LQ0 A;  3GDB A;  3EYP A;  2W5F A;  3DYM A;  1BYD A;  3IK2 A;  4DWS A;  1GW1 A;  2VX4 A;  5A2A A;  3UG5 A;  1KGW A;  1TFV A;  3SUT A;  3BGA A;  1GJU A;  2PWD A;  2G3N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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