3W24 | Genus

Total Genus 118

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTELDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermoanaerobacterium saccharolyticum
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 10
total genus	118
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3w24A00

2XVLA 3WFZA 3CUIA 1BPLB 1B3VA 1XYFA 3CO4A 2J7CA 3BMVA 4TX8A 1YHTA 4D6IA 1HVXA 5FKYA 4MNKA 1CECA 5HXMA 4MB4A 4MTVA 1KBKA 3VTRA 1SR0A 4J3UA 1YQ2A 3B9AA 3AIUA 4L4OA 1B90A 2W66A 4MNMA 1BFNA 2E40A 2QV4A 3ZIZA 1J0YA 1NP2A 1TA3A 1W9PA 1C7TA 2VVSA 4B3LA 4AEEA 4CU8A 5F7UA 1BGAA 1JZ5A 4TX6A 3ARZA 4IPLA 3WMSA 1CTNA 3AXHA 2BHZA 1QI2A 3WDRA 2VCBA 5IXEA 1XH1A 5GNXA 3VGEA 1WDSA 4E8DA 3VKKA 2VZVA 1M01A 2CYGA 4PMNA 1JYWA 2VX7A 4W8BA 1W91A 4HMDA 1KGUA 2WHJA 5BROA 1E4LA 1HJQA 5JIWA 3K8LA 1M53A 3SUSA 3AMKA 3B9DA 3RO8A 4JKLA 3WIJA 5IHRA 1GCYA 4HU8A 3GTNA 1E4IA 1M7XA 1LL7A 3VILA 3EMCA 3O6AA 2UY3A 4C7DA 2DSUA 3SURA 1E9LA 3AMGA 1V6XA 3AS2A 2EPLX 4FLSA 1QI0A 4HU0A 1IZKA 3QOMA 3WDJA 5AYIA 2UY2A 1V02E 1JFXA 1QBBA 2C8NA 3L2LA 1J18A 1UR0A 4HA1A 2OSXA 3SCTA 5CJ5A 2GUYA 1O7AA 4PUDA 4GQRA 1V3JA 4JL1A 1TFVA 4XZBA 3BH4A 1BYAA 2WMIB 2WC3A 2WANA 1W3HA 2AAAA 1PIGA 1UWIA 5LA2A 2QF8A 1CXIA 4PMZA 1V6WA 2DT1A 1KQYA 2WC7A 4LX4A 4H8VA 3THCA 4WF7A 1CLVA 1CZ1A 1HKKA 2FHFA 1XCXA 3OLIA 2QPSA 1CXFA 1WKYA 1H41A 4CCEA 2B31A 1QHZA 5BYWA 2G3NA 3AHZA 4Z2HA 3FXYA 3PZUA 5JBEA 1E72M 4AWEA 1QI5A 3PTKA 2VR5A 4OOZA 1J10A 4ZENA 1E4MM 1NM9A 4M56A 3CPUA 4PBGA 3ARXA 3GNRA 1E15A 5ECUA 4PMUA 4D6DA 1EA9C 5FL1A 2DIEA 2OWWA 3RDKA 1OSEA 4DWSD 3KWXA 3GM8A 4P7LA 1FP9A 2WNWA 3PZVA 1GOMA 3SCSA 3CZEA 4MADA 2VX5A 4HZ6A 2WB5A 2OWXA 5E6YA 1ZB5A 1HKMA 3DC0A 3DHPA 2YL6A 4W7UA 2ZXQA 1TR1A 4ZXLA 3FY1A 1KGWA 1HNYA 5A8MA 2CNCA 2OYLA 1BYDA 4GPNA 5EFFA 1XSKA 1UR2A 3PHAA 1BVZA 2ZX6A 3WDIA 2ZUSA 3OG2A 5AC5A 3FNDA 3VD5A 4W93A 1VEMA 3SCPA 1X6NA 1V0MA 1V0LA 2EO7A 4K68A 3PBGA 1E1FA 4WKFA 2CXGA 1OIMA 3WNOA 1DHKA 3RM9A 1WCGA 4AC1X 4D71A 2V5CA 3GH7A 3N11A 2D20A 2VR4A 2PBOA 1UD6A 4UCFA 1JAEA 1SMDA 3SUWA 3U57A 3UR8A 1CLXA 1PBGA 2EJ1A 4NI3A 1HJXA 3BMWA 1U2YA 1KXTA 4Y7EA 3WH6A 3WL1A 1CGUA 3ARTA 1UD4A 4HPGA 5TD4A 2X1IA 3AROA 4W5ZA 4JFVA 4BA0A 3AHYA 2Z1KA 1JDDA 5D9OA 4UFHA 1XHGA 2AOSA 2GDUA 1UH4A 1CXLA 3CUHA 1UR1A 2VZSA 4U3AA 2O9PA 1QNOA 3CHDA 2G8ZA 4AD4A 1HXJA 5ABEA 3GXMA 4HMCA 6A3HA 2BNJA 3L4XA 4B9YA 1XD1A 1V3IA 1R7OA 2YLAA 1UKSA 5A6BD 1DWHM 3OGSA 4HOXA 3K46A 4X0VA 1DWJM 1OBAA 3D5HA 3ZMRA 3WD4A 5FOOA 2E9LA 1CXHA 2YKKA 1G9HA 4MJ2A 4AW7A 2WBKA 4L4PA 1VFOA 1ITXA 3RM8A 2XUCA 2W91A 4PTMA 3F5KA 1UWTA 3NYDA 1W3JA 2NT1A 3WQ6A 2CBIA 4UNIA 2DSKA 1E6XM 2WVVB 1JIBA 1FH7A 3CIVA 1GQJA 1UWRA 5D9PA 1B30A 2NW0A 2YL9A 1E5NA 4AZGA 4PMQA 4MAVA 2BS9A 2G3IA 1GOIA 2J79A 3EDJA 4AZ7A 3TOPA 4DUWA 1KWKA 5I77A 3PZOA 2A3CA 5CLWA 3MSDA 1ZBWA 4GIAA 3QHOA 3OB8A 4JFUA 2YLLA 4WK9A 1W9BM 1GOQA 1OWQA 2DEPA 4U33A 3GNPA 2VVNA 4BQ3A 2J77A 4QP0A 5D9MA 1UKPA 3POCA 1MXGA 1VAHA 4D6GA 4Q7NA 1FH8A 3EDEA 3AIWA 4GZIA 1BVNP 1LG1A 1ZS2A 1V6YA 2DSWA 4W5UA 3TTYA 5CGMA 4UOJA 1JYVA 2GJPA 1HX0A 1I1WA 2BY3A 5CPTA 2CKRA 2W67A 3VGGA 3OZOA 4YHGA 2J8FA 3OBAA 3ARYA 5GNYA 2EQDA 4WSKA 1VJSA 4PCTA 4PTWA 1UD2A 3S2CA 1XSJA 3VGFA 2BHUA 4LPCA 3LPPA 2FGLA 5LA1A 4AIOA 4KGLA 1ISVA 5E6ZA 4DWSA 5E0FA 3NSXA 1EOMA 4JAWA 2CCRA 3BCFA 3CH9A 1NP0A 5A8PA 1G01A 2PBGA 1PIFA 1B2YA 1QI3A 1UZ1A 4F9JA 2RGMA 4HOZA 1CBGA 5M17A 2J25A 2GJRA 4V28A 3CLWA 1OM0A 4DWSC 1VENA 1VB9A 3SIMA 2DT0A 1XGZA 4JL2A 3AZTA 4DUVA 5A1AA 4AEFA 5AC4A 3AIQA 4GI6A 5A6KA 3W53A 1GVYA 1GQIA 2VRKA 5CLTA 1PX8A 5ABFB 2G3JA 1AQHA 2C0HA 1V02A 1ESWA 1DWFM 3IJ8A 3T0AA 4J3SA 2WXDM 3O2LA 4UQCA 4W85A 3MV01 2X05A 3LPGA 2XSAA 3AMDA 4HA4A 1GORA 2PWDA 2VT0A 5BRPA 1K9FA 2J7GA 4R5EA 4JCMA 3ZOAA 3VIKA 3OZPA 4U5IA 4LYPA 1HKJA 4JKKA 3F4VA 3NSMA 1ZJBA 3WBEA 1XH0A 1CNVA 1JD7A 1NOFA 2D2OA 3SCVA 5HBFA 3VGBA 3RJYA 1CENA 3ARQA 3IAPA 4NSBA 3HMCA 4PN2A 5A3HA 1HVQA 3SCNA 1GNXA 4E4PA 4S3KA 2OYKA 5A6LA 3PZTA 5BXTA 4GO8A 3W25A 4RE3A 1WPCA 7CGTA 4GI9A 1IT0A 1Q4NX 3WF2A 2DSZA 3POHA 1MXDA 1OT2A 2PWGA 3L4UA 3VIJA 2XVGA 1E3XA 2X0YA 2ZOXA 3ARRA 3QR3A 3UERA 3BAIA 3K1DA 5A6BA 2WZHA 1VIWA 3GNOA 4RL3A 1RPKA 4JIEA 2QPUA 4P8WA 8A3HA 1W9UA 1V08A 1HP5A 3WSUA 3L4YA 1B3WA 3A3HA 3VIIA 5AYBA 3WH9A 1MFUA 3ZJ7A 4IUGA 1OIFA 3ZSSA 4XB3A 5I23A 4UOQA 1US2A 3BSGA 2MANA 4Z2LA 3VINA 1EIBA 1V03A 3PN8A 4TTUA 1PAMA 3A4XA 3EDDA 3OLEA 3W0KA 1GQKA 4W88A 1IV8A 2OYMA 1LWJA 4QLLA 1HF6A 1AVAA 1N82A 1C93A 1UD8A 3I3BA 2WCAA 4PRWA 1BSIA 1RD6A 3MMUA 1CDGA 3MKKA 1GHSA 1PJ9A 3W82A 4ACYA 2WLYA 2QMJA 4KMQA 3BGAA 4AZCB 2J62A 2XJ7A 1CGXA 4Q22A 1GHRA 3SCUA 1VFUA 3CUJA 3WF0A 5ABHA 3BSHA 2DSVA 3AIEA 3MS8A 1JDCA 5GQBA 2O92A 1RP9A 3QHNA 3U5YA 4V27A 3PZMA 4R27A 4W89A 3ZJKA 3WY1A 4TTGA 3AIBA 1B3ZA 4CN6A 1CXEA 2Q8XA 3KL0A 2ZXDA 4AD0A 4BS0A 1E0VA 1HIZA 1HJSA 1PZ3A 3E1F1 1JZ2A 3TTOA 1C8QA 1PZ2A 4CVWA 4OJYA 3WFLA 1H09A 2WHLA 3I3DA 2D24A 1WDQA 2ZUTA 3NUKA 3A47A 2J7DA 2XM1A 1UOKA 2ZWYA 1TG7A 5M3WA 3A4WA 1W1VA 1VJZA 3ZSTA 4AIEA 4EK7A 3OLGA 3PZ9A 1W2VA 1KR0A 4A3YA 1JYNA 4W8AA 3VPLA 2D1ZA 3WD2A 1ISYA 3WKZA 2WC4A 3KZSA 3EBVA 2PWFA 3IK2A 4M80A 1E6SM 1K9DA 4AD5A 4UQ9A 2DH3A 3S6TA 1ODUA 3A4AA 4H7VA 4PMOA 1W3KA 4S3JA 3AZSA 1CWYA 1EO5A 6TAAA 3FAWA 3SCQA 1NQ6A 2WSKA 1TVNA 3WL0A 4PTXA 2BHYA 1NOUA 4ACZB 2GK1B 2VNCA 4C7FA 3W26A 1ISWA 2CBUA 5FD0A 1HP4A 4MDOA 3BAJA 4UZSA 2ZUWA 1A3HA 3WBAA 3OGRA 4PMRA 3WENA 4UQAA 4ZE5A 3WQ8A 1G94A 1UA7A 3CZLA 5KZ6A 1KFWA 3VD4A 2GSJA 2WVTA 1F4HA 1UHVA 3DECA 5A6JA 4LYQA 2WCGA 1GJUA 1E56A 1OINA 3RPMA 2CHNA 2XG9A 3BC9A 5EMYA 3OA5A 3AHVA 3VIFA 1J0JA 3IJ9A 2ZUMA 3WUBA 4N42A 4BQ5A 2CBJA 2J7HA 3T2PA 3AS3A 2J4GA 1FP8A 1XCWA 3VDHA 1J0ZA 1Q6FA 1C8YA 1CIUA 2W5FA 2X0HA 1KBBA 2CPUA 3MUZ1 2V3EA 3WH8A 3BXWA 4QLKA 2EEXA 1GQLA 1H4PA 1K9EA 4ZFMA 2W62A 3RCNA 5I0DA 2GJXB 1X6LA 4EE9A 1M04A 2JEPA 4WKHA 2VCCA 3EMZA 1DWAM 2VZOA 4CKQA 1SYTA 4TUFA 1H49A 5KEZA 2A3BA 3TP4A 3AHTA 3AS1A 2PWHA 2V5DA 1DP0A 3G6MA 1R85A 1ECEA 4RE2A 1QBAA 1V3LA 4F8XA 1H2JA 3VO0A 2Y8VA 4D72A 1QVBA 2YA0A 4HPHA 2UY5A 1KCLA 3QOKA 2PC8A 2WMIA 2ZXBA 4QCFA 4MDPA 4D6FA 2OSYA 2BVYA 1WO2A 4CD7A 1CEOA 1UH3A 3M7SA 3GBDA 5HPOA 4QAWA 4FF5A 1ZBKA 4W8LA 3VOCA 2ZX8A 4DUXA 1JYXA 2WMKA 2WK2A 3TONA 4LYRA 5CG0A 3T0DA 3BLKA 3UR7A 3WQWA 1FOBA 2Y4SA 1JF5A 2IXVA 2YA2A 2VZUA 2Y24A 4CVUA 1KXVA 5FL0A 2A3AA 3PTMA 4U5KA 1L8NA 4XX6A 2VQUA 4FLQA 3KL3A 1KGXA 5CGTA 1V6UA 5DT5A 3W81A 4MB5A 2JALA 3GBEA 2BY1A 1TVPA 3B9EA 2WM0A 1R86A 4D6HA 4BQ4A 1OT1A 3M07A 2WHKA 5A69A 4KGJA 3WUEA 1G0CA 3W6MA 3ZT5A 2O9OA 3EYPA 1NWRA 3ZT7A 3W4RA 1E4NA 1DTUA 7A3HA 1EXPA 1RH9A 2XFYA 2XGIA 4CGTA 2Y2WA 4JFTA 3MMDA 4AZ5A 4OIFA 2E9BA 5FCZA 3TA9A 2J7FA 4HA3A 1AMYA 3GH5A 4YPJA 2QLYA 3WUGA 4Z2JA 5JIPA 3RILA 5A2BA 2E9MA 1WZAA 1UUQA 5I5RA 2D23A 1GW1A 2ZWZA 4PCSA 3GXDA 2WWCA 5JBDA 1CGVA 3NIYA 3AOFA 2DGAA 1MW0A 4MPKA 1QW9A 1R7AA 3JUGA 1GVIA 1F4AA 1LWHA 1LL4A 1EOKA 2W63A 3VIGA 1OB0A 3UG4A 4B15A 4UTFA 2V38A 3W38A 4MJ4A 3EDFA 3LMYA 3WMCA 3NDYA 1GZJA 3CHCA 1KWGA 1XC6A 1JD9A 1JL8A 4HZ8A 1Q6GA 4J3TA 1UG6A 1JZ3A 2ESCA 4HP5A 1BLIA 3ZJ6A 2PF0A 2CITA 1HL8A 5LA0A 1VFMA 1C90A 1MVYA 5CSUA 1JXKA 1V6VA 2WZEA 3OIHA 1B3XA 1BYBA 1LG2A 4RE4A 1W3LA 3UCQA 5C70A 6CGTA 2QMKA 4PSPA 3II1A 1D3CA 4WKAA 3GXFA 2BY0A 2XWDA 3VGHA 4J27A 4NRSA 1UKTA 1J01A 1GJWA 2D0HA 4P7OA 1JZ4A 3EMQA 3SCWA 1BYCA 3WNMA 4ATDA 1W9VA 5IFTA 1JI2A 1W9DM 2O9RA 4PMXA 3WNNA 1TUXA 4MAZA 1NWTA 3U5UA 5I3DA 4Z2GA 3ECQA 3AHXA 2A3EA 2J74A 2XWEA 2ZUUA 3A6OA 5DFAA 1D2KA 4XZWA 4HMEA 2WVVA 4QDMA 4OZOA 3VX0A 1J12A 2ZE0A 1ZBVA 2D22A 1OGGA 2D3NA 3SUVA 1KXQA 4WIWA 3UG5A 3WF4A 3N15A 3RIKA 1EHAA 1WZLA 2BY2A 1UR4A 2F8QA 2HISA 4GZJA 1MW2A 1Q6DA 2VTFA 4ZEPA 3W37A 5CZKA 4TVUA 1PX4A 4A3HA 1QPKA 4HZ7A 4KH2A 4CCDA 4TVCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MMW A;  1I75 A;  2VZT A;  1K6A A;  2DH2 A;  3VDA A;  1DED A;  2XHY A;  4HTY A;  3VVG A;  2IUZ A;  5CSY A;  1VRX A;  2CIP A;  3PZN A;  2VUY A;  5HOS A;  2BV9 A;  4UR9 A;  4FK9 A;  4W7W A;  4UZU A;  1CGW A;  2ZUN A;  3DYM A;  2XIB A;  3VNY A;  3AQU A;  2VX4 A;  4FMV A;  3VNZ A;  3GDB A;  4D6J A;  3IAN A;  1P6W A;  4GI8 A;  5CXP A;  1QNR A;  3WQ5 A;  5AY7 A;  2WMJ A;  3VMN A;  5DT7 A;  1X1N A;  2XVK A;  1EQC A;  3AIV A;  5BXS A;  2WAG A;  4M24 A;  3CZJ A;  2WMH A;  1H5V A;  4Z2I A;  3QGV A;  1G1Y A;  3KL5 A;  1CPU A;  3BCD A;  1JDA A;  3BAK A;  1E1E A;  4B16 A;  5C8B B;  3MSG A;  1W1P A;  4IPN B;  3VD7 A;  1EGZ A;  1UZ4 A;  2ZX9 A;  3ARU A;  3WDQ A;  1H3G A;  4UQE A;  1AQ0 A;  3U7B A;  4MNL A;  3AYR A;  4AY1 A;  5JUV A;  3EDK A;  1V0N A;  4QFU A;  5D8W A;  3SCR A;  3M6D A;  2WWD A;  1OD0 A;  1NH6 A;  1O6I A;  2EXO A;  4H2C A;  3WQV A;  2X2Y A;  4Z2K A;  4P8U A;  2J75 A;  3FHQ A;  3PZG A;  9CGT A;  3U7V A;  1WP6 A;  3WNL A;  3WDP P;  4AZH A;  1UYQ A;  1UD3 A;  3I3E A;  1KCK A;  1OD8 A;  1E0X A;  3ZT6 A;  1KQZ A;  4J3V A;  1C3F A;  2E4T A;  5BXP A;  1GOO A;  1FA2 A;  3K8M A;  4U2Y A;  4BF7 A;  2WZI A;  5E9A A;  3N18 A;  4M29 A;  1V3H A;  2OSW A;  4ATL A;  7TAA A;  2F2H A;  5HPC A;  5JBF A;  2XII A;  1MQR A;  2VCA A;  4M8U A;  1JG9 A;  2J8G A;  3CUF A;  4LGX A;  4PMD A;  1FHD A;  3VDB A;  3PTQ A;  4YN5 A;  3HU7 A;  1MW3 A;  1J0K A;  4UFM A;  3W29 A;  3WH5 A;  1MQQ A;  1QI4 A;  5D8Z A;  2CER A;  2DPE A;  1WB0 A;  2G4F A;  1QHP A;  5A8O A;  2BVT A;  1NWS A;  2VOT A;  2WKG A;  2YBU A;  4PMV A;  1PX3 A;  1WZK A;  4U31 A;  5IFP A;  4ZXO A;  3K8K A;  3RME A;  1MYR A;  1E6P A;  2BXY A;  1JZ6 A;  2IXU A;  2XSB A;  3VIP A;  1DWI M;  3BAW A;  1V3K A;  3F5J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W24A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations