3W26 | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNAVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTELDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermoanaerobacterium saccharolyticum
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 10
total genus	117
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3w26A00

1UOKA 5DFAA 5FCZA 1KGXA 1R87A 1UKPA 2WB5A 3ALGA 3CUHA 1ISXA 1HJWA 1DWFM 1VRXA 1UWRA 2BV9A 2WVSA 2Y8VA 3L2MA 5A2AA 1JZ2A 4JIEA 4F79A 3CZKA 3OGRA 3BCDA 2JIWA 4D1IA 2VVNA 1ZB5A 1U2YA 1EO5A 2Y5EA 3ARTA 1RPKA 1VBUA 3VVGA 1OM0A 1JFXA 4D6JA 1XSKA 3SCSA 4HMDA 1KCLA 1W9XA 1XC6A 1KB3A 5HOSA 1NWUA 2CBJA 3EDKA 1HL8A 5A8QA 3VGGA 5JIWA 5CPQA 3W25A 3WEOA 1V0MA 1HKIA 2V3FA 2CETA 4UFMA 4UQEA 3VIGA 1K9FA 3MUIA 2WANA 5E0FA 4CCEA 4LX4A 1VEPA 3SCQA 3SUTA 4JFUA 3EMCA 2ESCA 3BXWA 1ECEA 1TCMA 1WE5A 4X0NA 1DWJM 1C7SA 1B30A 2E9BA 3OB8A 3PZGA 4CN1A 3IK2A 3VKKA 1V3JA 4PMYA 3AHTA 4ZEPA 4DM1A 1HJSA 5A6BD 2XGIA 1JG9A 1AMYA 3GNOA 5CGMA 3W0KA 1V3HA 1XD0A 2W92A 4GO9A 3EMZA 1CGVA 2VR4A 4F9DA 4Z2IA 5HBFA 1W9BM 2XPKA 2ZUNA 1HVQA 3M07A 3MMUA 5DT7A 4XB3A 3WFZA 3BC9A 4EANA 3WUFA 1CGWA 3GH4A 1KXTA 3AXIA 2ZE0A 3SUSA 4GI9A 4F8XA 2VX5A 2ZX5A 2X05A 2CNCA 4AD1A 3AI0A 3WUGA 1GPFA 3RJXA 1KWGA 1XH0A 2JEPA 3ZR6A 3MU7A 5DMYA 2J7GA 5ABFA 1QHOA 2D1ZA 3TTOA 3SIMA 1KBBA 3WY1A 2XVNA 1SMAA 4CCDA 1PBGA 2WBGA 1CLXA 4HP5A 4CD5A 3KE0A 1UD5A 1QI4A 4LYRA 1Q6FA 4U2YA 4B3KA 2XJ7A 3M7SA 1CGYA 4TX6A 3J7HA 2FDMA 3NJ3A 1C90A 1DWGM 4HU0A 1E73M 3CZJA 2D20A 2J79A 1FP8A 3OBAA 2XVLA 4W85A 1UQYA 2GDVA 1GQLA 3U7VA 3U7BA 2ZWZA 1IZKA 3BLKA 3VDHA 3LPGA 4CN6A 1QNPA 4UCFA 3VGHA 2J8GA 2FH6A 6TAAA 1CIUA 5CLTA 3WNPA 2VT0A 4U5KA 4JFTA 3VGEA 1B9ZA 4TTGA 3BMWA 2VZOA 3PZIA 2J74A 3TTYA 4MNJA 1V6WA 5HNNA 2VJXA 4JCMA 2ZUTA 5CPSA 1QHPA 1TG7A 4UZSA 1GORA 4J3WA 4AMCA 5C70A 4P8VA 1VF8A 2ZUUA 1K9EA 2ZX6A 1R86A 3L4XA 3M6DA 4DWSA 1E3XA 4PUDA 4MDOA 1H3GA 4GI6A 1KXVA 2WVTA 2FGLA 4PTWA 1Z32X 2Z1SA 5IDIA 2X1IA 3GXFA 3ARSA 1LG1A 4RL3A 5A3HA 2OYLA 1BFNA 1H5VA 5AYBA 1ZBCA 1JZ5A 4UZUA 3W37A 2ZX8A 3ZT7A 1V6YA 3AHXA 4IISA 4PBGA 3CZGA 1VB9A 2PWDA 2ZUSA 5GNYA 3U57A 4CGTA 1J10A 3WDPP 3AHZA 3OZPA 3WF2A 5JUVA 2DT2A 4JL2A 4BZYA 3VDAA 1ZJAA 4MJ2A 3NSMA 2VZUA 3WUBA 1JZ3A 3PTQA 2XIBA 5KZ6A 1F4HA 5DT5A 1BYBA 1E15A 1CECA 2A3HA 3IAQA 1E0VA 1XSIA 5FD0A 1UHVA 2DDXA 2JF7A 3ARZA 4AEEA 1H49A 1UKQA 3EDFA 1HT6A 3AXHA 2CBIA 1BVNP 3NDZA 3WD3A 2JF6A 4UQBA 4KMQA 2CXGA 2EPOA 3W4RA 3IANA 4GZIA 3S6TA 1G5AA 4MPKA 4AD0A 4MAZA 5A2CA 2VUYA 2G3NA 1DTUA 4XZWA 2ZXDA 2GJXB 1L8NA 1E72M 2VQTA 1C8XA 5HXMA 1GVIA 3SUUA 2Y2WA 5E0CA 5D9MA 3FW6A 3AS1A 3N11A 1QNOA 4W7VA 5LA0A 4ZXLA 1FH9A 1E71M 1E4LA 4W86A 3BAJA 2JE8A 1WDRA 4B3LA 1KWKA 1UKOA 4IM4A 5AY7A 4AIOA 1P6WA 2XSBA 7A3HA 1JZ4A 2ZX7A 3MUZ1 1GQJA 1E1EA 2JFEX 1HNYA 3QHOA 3L4ZA 1W9DM 3N13A 1UH3A 1EGZA 1X6NA 1JIBA 1CDGA 3A47A 3AJ7A 1PX4A 4CD8A 5HPCA 4AZGA 2V3DA 3HU7A 2QMJA 3W27A 4WJXA 1Q6CA 3WF1A 4ACZB 4MB1A 3ARYA 3GDBA 3MMDA 2BNJA 1BYCA 1E3ZA 4AW7A 1Y7VA 4DM2A 4WKHA 2VZSA 2PWEA 4CD4A 4HTYA 4PMDA 1QW8A 2DQXA 1BG9A 1RD6A 4WLCA 1BQCA 1JXKA 2VR5A 1FHLA 2DSVA 2WHKA 2Y4SA 3QR3A 1E9LA 1C3FA 5GNZA 5F7UA 1V3KA 4CCCA 4HA3A 1H41A 1V6VA 2DEPA 2E4TA 1WPCA 5C8BB 4P7QA 4S3KA 2DPEA 1Q4NX 2XWEA 1UWTA 4HOZA 1WDPA 3AYSA 1RH9A 1UG6A 3DYPA 1J0YA 1L0PA 3W81A 4LPCA 3BAYA 3W6LA 3WF4A 2J7BA 3OIHA 3VUPA 5E6ZA 4D72A 1KR1A 1QI0A 4CVWA 3OGVA 4FMVA 5D9NA 1MYRA 2BFGA 1UUQA 5CGTA 4UQAA 3WD1A 5C71A 3NYDA 2E8YA 4OJYA 2BXYA 1R85A 3L4UA 3MSDA 1BSIA 2VTFA 3MANA 1JYXA 1CXKA 2VL4A 1G0CA 1XSJA 4H8HA 4B15A 2B31A 1E4NA 4WK9A 3VD5A 3ZJ7A 2YBUA 1UR9A 3WDRA 2D3LA 1VAHA 1ODZA 3WDJA 1CXLA 1ZL1A 3THCA 2X2YA 2ZUVA 3CUFA 1ZBKA 2BVTA 1XH2A 2DSUA 2A3EA 3AISA 4UFHA 1MW3A 1UD8A 3GNPA 5D9PA 1H2JA 5JBFA 1JDDA 4AC1X 1OGSA 1G94A 1US3A 3VD3A 1B3ZA 5I78A 3SCPA 1LL7A 1RP9A 1W9PA 3D3AA 2XVGA 5BRPA 4BF7A 5CZKA 1XD1A 4W7UA 3VM5A 4D6DA 4D6GA 4DUXA 1CENA 2W91A 1B3WA 2Q8XA 4NSBA 3WL0A 5IFTA 2BHUA 5CLWA 1NP0A 1HP5A 2WVUA 5LA2A 3CLWA 3TOPA 4NRSA 4JKKA 3ARUA 4PYSA 1C7TA 3OGSA 2VRQA 3BAWA 3RM8A 3SEPA 4AZHA 1UH4A 3IJ9A 1GNXA 3BAIA 1J0KA 1WAWA 4Z2KA 2OSYA 1O7AA 1IV8A 2GJXA 3AZTA 3WH7A 1V0LA 2WHMA 3O2LA 4PMQA 4AIUA 1ZU8A 1UD6A 2EPMX 1M7XA 4HOWA 5CXPA 2YDSA 1WKYA 1EH9A 2OWWA 3WEMA 3ZM8A 5CSYA 3ZOAA 3NSNA 2QLYA 3RCNA 4JKMA 2ZUMA 2CBUA 2C7FA 5CQ1A 4WKAA 2CIPA 4CU7A 2CYGA 3RILA 2XFRA 4JZ5A 3MS8A 4A3HA 3FXYA 4HMCA 3B9DA 4AZIA 2CERA 3L4WA 1EQCA 2WZIA 3BGAA 3BH4A 1K9DA 2WWCA 1W1VA 3MKKA 4FK9A 1VJSA 2EPNA 3KL0A 1GJUA 2O9TA 4N0RA 3WBAA 5EMYA 8A3HA 4GINA 3ZQ9A 4YHEA 2J7EA 4DWSB 2WC3A 5DO8A 2J7DA 1JAEA 3T09A 4U33A 4FLQA 4B16A 2CBVA 3ZJ8A 1MWOA 5DF0A 3T2OA 1B3VA 2DGAA 4QDMA 3AMCA 3UR8A 4PMXA 3ZT5A 2J47A 4CD7A 1U33A 2X09A 5KEZA 2ZXAA 3G6LA 1HKJA 3CMJA 2CESA 4PCSA 4AEFA 3WDIA 3WNKA 1GVYA 1AQHA 1JI2A 5I3DA 1PIFA 3GTNA 2J77A 5A6SA 4KRTA 3WL1A 2CHNA 1PZ3A 5A69A 1UKTA 1W2VA 4TVCA 1CXHA 1QI5A 1LF1A 3WNNA 4C7DA 3B8SA 3PBGA 3K8LA 1BAGA 2DSKA 3MV11 5D4YA 1UH2A 4PMZA 3GYCA 1KXQA 3CUGA 1K9TA 1SMDA 1C8YA 2XM2A 5FL0A 4WF7A 4DWSD 2D0GA 1MVYA 5A94A 3GXMA 2Z1KA 3EMQA 5M03A 2NT0A 3WDHA 1W32A 3AIRA 2WYSA 4GI8A 4M1RA 3CGTA 2QF8A 2ZUWA 1E56A 2QPSA 1BGAA 1PEZA 1UD3A 1CBGA 2WSKA 3CHCA 2X8RA 4U3CA 4J28A 4HA1A 4B9ZA 4QCFA 4LGXA 2WMKA 2CEQA 1MXGA 1ODUA 1JF5A 1H11A 1LWHA 3VIOA 2V3GA 4F66A 1E1FA 5M3WA 4AZ6A 3G6MA 4UFJA 4Q22A 4V27A 2D0HA 5EFDA 4QLLA 2WW5A 2WMFA 2YL8A 5BXRA 2XGBA 1D3CA 1M01A 2ZXBA 3FHQA 1UWUA 3AZRA 1UR8A 4J3UA 1QI3A 1UR2A 1GOIA 2YL5A 1GQKA 2GJPA 4AXNA 1GOMA 4EKJA 2WLZA 2YIHA 2VO5A 1PAMA 4ATLA 1BPLB 4OBRA 4P8XA 2EPLX 3CH9A 4AIEA 4J3XA 3ZJKA 4GXPA 4GPNA 3AMDA 1ISYA 1I1WA 5E09A 4BQ5A 3BAKA 4AD4A 2G8ZA 5A8NA 3BAXA 3CHEA 2VCAA 1DWAM 5A6MA 3POCA 1VEOA 4K68A 1UZ1A 3CTTA 3VIIA 3WD2A 2CITA 2J4GA 3MV01 1ZBVA 4RE3A 2G41A 3BLPX 2O9RA 2WXDM 3WD0A 1G9HA 4P7NA 5HDRA 4LQ1A 3VO0A 5IHRA 2W67A 3TTSA 1JI1A 1OBAA 4PCTA 3WF3A 4U5IA 1FFQA 1GONA 4D6FA 1Q6EA 3EDEA 3I3DA 1E6RA 3EBVA 5EFFA 2WPGA 2YDQA 2NW0A 2FHFA 4LXFA 1CZ1A 2UY4A 3RM4A 1NH6A 3HJEA 1E40A 3UG4A 4PMVA 1KXHA 1W1YA 2VNCA 3CZ8A 1PIGA 5BXPA 2J8FA 1ESWA 4M82A 3L4VA 1WP6A 3VGFA 3WDQA 3HN3A 3NDYA 2CHOA 4AISA 1CGUA 1E5NA 3TP4A 2CCRA 3AZSA 1VFUA 4Q7NA 1B3YA 1QBBA 4UFKA 2PC8A 2ZIDA 4P7RA 5EBAA 8CGTA 2WWDA 4XUYA 5I2UA 1MW0A 2D24A 5A6LA 4AD2A 4E8CA 1OT1A 2FHCA 3GH7A 1WZAA 1EDQA 3E1F1 4IPNB 1QOXA 3PTKA 5HPOA 2VRJA 4DUWA 1EHAA 3U5UA 2VOTA 1KCKA 4KGLA 3SCUA 3VIHA 1HKMA 1JYNA 3EDJA 1LG2A 3WBEA 4EE9A 2YA2A 1OWQA 3W28A 3T08A 1WZLA 2YBTA 2W5FA 1UZ4A 1BYDA 1KR0A 2ZOXA 4QP0A 1W3KA 1E5JA 4S3JA 3GNRA 3II1A 2NSXA 2YJQA 2YL6A 3N17A 3WQ8A 1NOFA 2OLHA 1CGXA 1WDSA 5I23A 2W4XA 5E9AA 2J7HA 2WCSA 4AZCA 1HJUA 5A8PA 1W3LA 1DWHM 3VGBA 5A6BA 1E55A 1XRVA 1TUXA 3IJ7A 2FGZA 3UESA 1PX8A 2F61A 1B2YA 4BCEA 2YLAA 1CPUA 2OSWA 4ATWA 3AIEA 3IAPA 2VMFA 1IT0A 1EDGA 1XHGA 3UG3A 1UA3A 4OKDA 5BYWA 2BS9A 1VJZA 1D7FA 3PZ9A 3WIJA 5E70A 1XGZA 3THDA 2D0FA 1GOKA 1UR4A 1J0HA 4FLRA 3OLDA 3VIMA 1GUVA 1MFUA 1HKKA 2WVVA 1DWIM 2XSAA 4PN2A 2CPUA 4QLJA 4N42A 1QNQA 3PHAA 1US2A 2XHYA 4KRUA 5E6YA 3ZIZA 1BGGA 2C8NA 2E8ZA 4MJ4A 2VI0A 3D5HA 1EDTA 3WSUA 1MXDA 3GXIA 3TTQA 3AMLA 1NP2A 3PZVA 3RIKA 1ZBWA 4JCLA 3WF0A 4MB5A 3WH9A 1OD0A 4NRRA 6A3HA 3UCQA 2E9LA 1VENA 4BQ4A 2J7FA 1M03A 2V38A 5BROA 1JAKA 3AS3A 2GJRA 3VDBA 1Q6DA 2XM1A 1GHRA 4WIWA 1EA9C 3CIVA 4HU8A 1AVAA 2DT3A 4M80A 4ZXOA 4RE4A 5BCAA 3AIQA 3AMKA 3B9EA 3KZSA 4PTXA 2PWFA 3CZEA 2WM0A 4W8AA 5LA1A 3U5YA 4D6IA 1E6NA 3QHMA 5GNXA 1J12A 5BWFA 3ARRA 5BRQA 3ZSTA 4UNIA 2E40A 1C93A 1EQPA 2D2OA 3W6MA 2WHLA 2YL9A 1V6XA 3DECA 4HZ8A 3VTRA 1NWRA 2HVMA 3APGA 4E4PA 2AAAA 5A6JA 3AYRA 4QAWA 5FKYA 2VCBA 1MQRA 3L4YA 1HN1A 4M81A 2A3AA 1BVZA 3KEHA 3WQ6A 3ARXA 2YKKA 5IFPA 1JNEA 3JUGA 1J0ZA 3WNMA 1NARA 1CGTA 3O9NA 4GO8A 4A4AA 2IUZA 1XH1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4HZ6 A;  1CXE A;  1GJW A;  1MW2 A;  5A8M A;  1CEO A;  2QHA A;  3BSH A;  2G4F A;  2XTK A;  4H41 A;  4MTV A;  4M8U A;  2GVY A;  1JDC A;  1YQ2 A;  2YLL A;  3VIK A;  1TE1 A;  4GZE A;  3GH5 A;  3UG5 A;  4PMO A;  4U3A A;  5A6K A;  2E0P A;  3LPO A;  1LL4 A;  2YA1 A;  1GHS A;  3PZM A;  1NOW A;  1TFV A;  1ZJB A;  2FHB A;  4FLO A;  5I77 A;  2WBK A;  3ALF A;  3ZMR A;  2OSX A;  1R7A A;  5TD4 A;  1H1N A;  3WNO A;  1V02 A;  4BS0 A;  2VQU A;  1SYT A;  2EEX A;  3SUW A;  2HIS A;  2XII A;  4ZE4 A;  4W84 A;  4MNM A;  3VDC A;  2BY2 A;  2UY2 A;  2XFF A;  4HOX A;  4GZJ A;  2WNW A;  2WCA A;  3NIY A;  2Y8K A;  2VRK A;  1OGG A;  3N1A A;  4H04 A;  1BYA A;  1JGI A;  3T0B A;  4TVU A;  1QI2 A;  1LJY A;  2J25 A;  1W9U A;  1SFS A;  5ABF B;  4P7O A;  1UWS A;  4MAV A;  4Y7E A;  3VX0 A;  5A95 A;  3F4V A;  3K4D A;  1OIN A;  1CWY A;  1GOQ A;  3AHY A;  3K46 A;  3M46 A;  3W29 A;  4AZ5 A;  2EJ1 A;  2WCG A;  4JHO A;  1D2K A;  2AOS A;  5LYR A;  3LMY A;  1FFR A;  2WC4 A;  4JHZ A;  1E0W A;  2E3Z A;  2WZE A;  4LYP A;  4PSP A;  3WH8 A;  4TTU A;  3VD9 A;  2RGM A;  1ITX A;  2TAA A;  3DC0 A;  4JAW A;  3OLG A;  4W93 A;  1B1Y A;  1JYV A;  4UOQ A;  3SCW A;  2VUR A;  3DYO A;  1DP0 A;  1UD2 A;  4M29 A;  3SCO A;  2DH2 A;  3PZN A;  1QNS A;  3KL5 A;  1LQ0 A;  1ISZ A;  1AQM A;  3ARW A;  1V0K A;  1HF6 A;  1JD7 A;  3PZQ A;  1MQP A;  1EO7 A;  1KFW A;  3WQ5 A;  5I0D A;  1KQZ A;  4ZEN A;  1JZ8 A;  4PTM A;  4OZO A;  4PMN A;  4YHG A;  1GOO A;  3WQV A;  4FLS A;  4B9Y A;  4W88 A;  1UQZ A;  1ITC A;  4CKQ A;  2XYL A;  2GK1 A;  1LLO A;  4W89 A;  2QMK A;  4AD5 A;  2WMH A;  4F9J A;  4XV0 A;  4ACZ A;  2MAN A;  1U30 A;  2FH8 A;  4CVU A;  1KBK A;  2WKG A;  4HA4 A;  3ZR5 A;  3AS2 A;  2PWH A;  1V03 A;  4WKF A;  2O9O A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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3W26A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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