3W27A

The high-resolution crystal structure of tsxyla, intracellular xylanase from /thermoanaerobacterium saccharolyticum jw/sl-ys485/: the complex of the e251a mutant with xylobiose
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTALDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermoanaerobacterium saccharolyticum
molecule keywords Glycoside hydrolase family 10
total genus 119
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2012-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w27A00
1UR4A 1HJUA 5ABHA 1GUVA 1D7FA 4LXFA 3KE0A 1OGGA 4XZBA 2XTKA 2O9OA 4H41A 1SMDA 2QHAA 2WYSA 4DUWA 1E72M 1BTCA 2BXYA 3CHCA 3M7SA 3QHNA 2VUYA 3WY1A 3ZOAA 1E73M 3II1A 5GNZA 1Q6FA 5FIPA 2G3JA 5CXPA 4DUVA 3NYDA 2J79A 2ZE0A 5DT5A 2DH3A 2GJXA 4MPKA 4OOUA 4UZSA 1KXTA 3ZJ6A 1IZKA 4UOZA 3CZJA 4YHGA 1HF6A 4JKKA 2O9TA 1AMYA 1CDGA 2VNCA 3AMDA 2A3HA 2VQTA 3VU2A 2DH2A 2CPUA 5A6LA 1J18A 1QNQA 4CD7A 3AIQA 4OUEA 3VNYA 4RL3A 3RM4A 4AD1A 4AEFA 3T2OA 1CGYA 1J01A 2DDXA 2YIHA 2WC3A 3BC9A 1BGGA 2CITA 3CZEA 2WBGA 2D24A 4AD3A 3GNOA 4M80A 5IHSA 5A8PA 3SUVA 3GNPA 1CGUA 3EDEA 4NF7A 2Y24A 4BF7A 3W0KA 2D3NA 4U33A 3L2LA 2OSXA 4MTVA 1NOFA 2A3AA 3WUFA 1WZMA 4BQ4A 4JFVA 1E0XA 1JNEA 1VFUA 2VR5A 3UCQA 1H0GA 2PWDA 5AC5A 5E0FA 1KGUA 1OINA 2VOTA 1WDPA 1B2YA 1ZBVA 2CBJA 3WL0A 3N12A 4D6FA 1BAGA 1QBBA 1UKSA 2QPUA 1RD6A 2DSZA 1E6PA 1C3FA 2OSYA 5I24A 1H4PA 1QW9A 2X2YA 3VIIA 4LGXA 1G5AA 2HISA 1CGTA 3PBGA 1OIMA 2J7DA 4L4PA 2UY5A 1EDGA 1R85A 3WF1A 1CTNA 2V38A 1GNXA 4HMCA 5BXPA 4AIUA 3VIMA 1IV8A 1ZU8A 1TA3A 2VVNA 1QHZA 2EEXA 4MNJA 1O7AA 1V3MA 1H41A 3WBEA 1GVYA 2E8YA 1UKPA 1GQKA 2EJ1A 5GNXA 3MS8A 3WD3A 1DWIM 3NJ3A 3VO0A 4WSJA 4BZYA 1SFSA 1UOKA 3WKZA 2JE8A 1G1YA 1FA2A 2YJQA 1WE5A 1G9HA 2DGAA 2YKKA 1BVZA 4CGTA 4GIAA 1G94A 6A3HA 3BCFA 1KWGA 3AFBA 1SR0A 3I3EA 4PMDA 1JI2A 7TAAA 4TX8A 3WENA 3SCPA 3WNMA 1QW8A 2OLHA 3EMCA 3ZT5A 1W9XA 4GZJA 1QNSA 1UA7A 3ALGA 4BQ5A 2CHNA 2E9LA 3A4AA 1JFXA 4ATWA 1EIBA 3WN6A 1E1EA 4EE9A 3QOKA 2XUCA 1OSEA 2W61A 1OWQA 3GZAA 5ABFA 3WEOA 1VRXA 1YHTA 3GH7A 3SCUA 2YBUA 1P6WA 2QLYA 4D1IA 1PX8A 3PZTA 3AXIA 1UWUA 1W91A 2J7GA 1OT1A 4FLRA 4B9ZA 3AZSA 1KCLA 1UR8A 2PB1A 3BSHA 4J3SA 3SCVA 4NSBA 3GH4A 4TVDA 2E9MA 4F79A 3QHMA 2ZUUA 4M1RA 3LMYA 3L4UA 1OT2A 2FHBA 4GZEA 5LYRA 1E40A 1CEOA 1KBBA 4H7VA 4OBRA 5BROA 5KEZA 3BLKA 3BAJA 1MW0A 4GO8A 1H5VA 3PZUA 1V0LA 4P8UA 3TP4A 2J7CA 5HNNA 4CCDA 3WF2A 1WZAA 4RE2A 3WDHA 4YHEA 2J7BA 4UCFA 5D9PA 3O9NA 2XSBA 4E8DA 1DWFM 3MMWA 4XX6A 2E8ZA 1W3JA 1TFVA 2A3EA 2ZUSA 4NI3A 1UR1A 1W1PA 1QI2A 1E70M 2W91A 1LQ0A 1CIUA 1BYBA 5A2CA 2NT0A 2BY2A 3ARPA 4UFLA 2BVDA 3B9AA 2ZUVA 3K46A 4HOWA 4W7VA 4UOJA 1LWJA 1QOXA 4DWSC 2RGMA 3WSUA 1QI5A 1XH0A 3AYSA 1QBAA 3VGDA 4CCEA 3ARWA 5I78A 1UYQA 3AHZA 4WKAA 2BVYA 3VIPA 4JAWA 1E0VA 3DHUA 1DTUA 2J7EA 1BFNA 2D20A 4TX6A 2GJXB 2YDRA 3L4VA 3TTSA 4EANA 1CXKA 3ZQ9A 3MMDA 3DECA 4C7DA 3CZKA 4QDMA 1H0IA 3K1DA 3T0AA 5A2BA 1NWTA 3BH4A 5E0CA 2JF6A 1GOIA 4P7RA 1GHRA 4BQ2A 2FH8A 4CCCA 1Y7VA 1XSKA 3POCA 1ESWA 4JHOA 1R7AA 1KWKA 4XZWA 1K9EA 4D6CA 4QLLA 1C8QA 3VKKA 2BV9A 3MMUA 4MDOA 4J7RA 4PUDA 2ZX7A 4D72A 2VRKA 1E6RA 5A6MA 2EXOA 1LF1A 3SCTA 2YA1A 4ZENA 2CYGA 1A3HA 5M3WA 2X8RA 5AC4A 1J11A 1PZ2A 1AQ0A 1W2VA 4PMOA 3BAIA 3WQWA 2WVTA 3OLEA 4CUCA 1FFRA 3MSGA 2W4XA 3WNNA 4QFUA 2BNJA 3AHXA 3EDDA 1EHNA 3BGAA 2YL8A 1GPFA 4B15A 3FAXA 5ECUA 2VC9A 3O6AA 4MJ4A 2XM2A 4DWSA 1BLIA 5EBAA 3AHTA 4TOQA 1LWHA 1ISWA 3L4WA 5ABEA 1EH9A 4AW7A 2VRJA 3W38A 3F5KA 2VZUA 3VGGA 4IPLA 1OCQA 4ACYA 2PF0A 1QNPA 5D8ZA 4F9JA 3T2PA 4W8AA 5CLWA 1HP4A 2VURA 2CESA 3I3BA 3WUGA 4MAVA 4W7WA 1C8YA 4K68A 4CD6A 8A3HA 2BY1A 5A8MA 3WL1A 5FL1A 1JXKA 1V3LA 1HJQA 3MUZ1 3W37A 2X0HA 1BSIA 1OD0A 1BYCA 1V0KA 4AD5A 1QVBA 1CECA 3SCWA 4AZ7A 2WAGA 4GI8A 4U2ZA 4AZHA 2V3GA 3WEZA 3WDRA 4PUEA 1WDQA 1EDQA 1D2KA 5BXRA 1DWHM 4LYRA 2WB5A 3CUJA 1HJWA 1VFOA 2J78A 3FW6A 3LPFA 4D71A 3VGBA 3CZLA 4HMEA 4OZOA 1M01A 2Y2WA 1GQJA 3AHVA 1W1YA 2J8GA 5A8QA 2WWDA 1GOQA 1Z32X 2JFEX 1XD1A 2Z1KA 4JL2A 4AIEA 1CXFA 3FY1A 4OKDA 1NOWA 1M03A 1HN1A 1PZ3A 3UG5A 1TE1A 3WH5A 2IXVA 2J7HA 2JEQA 1XSJA 4TUFA 4S3KA 1RP8A 3WNKA 5A6JA 4V2XA 2WM0A 1HKMA 3L4ZA 4CN1A 3AMCA 1US2A 4XB3A 1ISXA 2VQUA 5A1AA 2VTFA 4ZE4A 1ZBCA 3SUUA 1PJ9A 4HOXA 1SYTA 5GPRA 4JL1A 5BYWA 4OOZA 1VIWA 5GNYA 3RM8A 1QI4A 1LG2A 3MO4A 4ATDA 4AZ5A 4AWEA 3IJ9A 1J10A 5FL0A 3WBAA 4PSPA 2XWEA 3GYCA 5CPQA 3M07A 4PYSA 2WCAA 1MFVA 4UZUA 1WB0A 3CTTA 3T0DA 1QHPA 1E4NA 3ARQA 3OLGA 4LQ1A 4M29A 2ZX6A 1HKIA 1ITCA 1B3YA 5DFAA 1FH9A 1WO2A 5C70A 2ZUMA 3MUAA 2DPEA 3SUWA 3GXIA 1Q6CA 3PZIA 2C7FA 1V6WA 3CLWA 3BXWA 1H09A 3AMKA 1JAEA 2W67A 1BG4A 3ZM8A 1GOMA 1E1FA 1WDRA 2G4FA 3FAWA 3WQ8A 2O9PA 4UQDA 1NH6A 3AOFA 1AQMA 1K9FA 5I2UA 1D3CA 2XFYA 1ITXA 4PRWA 1JF5A 1BF2A 5D9MA 4OBSA 1GQIA 3GXFA 4UFJA 4BCEA 1CZ1A 1WP6A 4D6IA 2EBNA 1JDDA 4J3TA 5A6SA 3PZQA 4MJ2A 1ODZA 3AROA 3AICA 1JYWA 3OBAA 1B1YA 1MWOA 1U33A 4KH2A 3GXMA 4QP0A 3WD1A 1E6ZA 2O9RA 3VINA 2C0HA 2V3EA 2G3IA 3AIRA 3VGEA 2D23A 3SCSA 3VDHA 3BLPX 2QPSA 1V6YA 2IUZA 4V28A 1V3JA 2VCCA 3BAYA 4IM4A 3AJ7A 3ALFA 2XWDA 1VENA 1H2JA 2W63A 1TR1A 1M7XA 3GTNA 4Z2JA 5FKYA 2XG9A 5EB8A 4L4OA 5M5DA 1H1NA 4X0VA 4UQEA 1UD6A 1HXJA 2ZOXA 2CKRA 1MQPA 5D9NA 3ECQA 4ACZB 1C7SA 1XYFA 3VD5A 2AAAA 3WQVA 4W84A 3L4TA 2ESCA 1V03A 1ZJBA 4ATLA 2YA2A 3CUIA 4P8WA 4OIFA 4H04A 5A2AA 3UETA 2XIBA 1VAHA 3ZR5A 1RPKA 1JZ7A 5A94A 1NQ6A 3WH7A 2WMJA 1LL7A 4E8CA 3NSMA 7A3HA 4UFHA 2J77A 3AIUA 2A3BA 1JIBA 2YL6A 4W88A 3T2QA 2VZVA 5EFDA 5DMYA 4PMQA 4JZ5A 5FCZA 2XPKA 3CUGA 5E9AA 2WLYA 2FGZA 4AC1X 2GFTA 3KEHA 4BQ3A 1Q6GA 4WIWA 1VFFA 3HU7A 5LA2A 3CGTA 3NSNA 3UERA 5I3DA 2OYMA 3VMNA 1JGIA 4P7LA 5CGMA 1ZL1A 1KCKA 1HJVA 2YDSA 3LPGA 1EQCA 1H3GA 1HVXA 3VMOA 1J12A 2VX5A 2CXGA 3EDKA 3K4AA 3ARSA 1MW3A 1RP9A 1EO7A 4F9DA 3D3AA 1I1XA 3W4RA 4CN6A 1BVNP 3WQ6A 1VEMA 4DWSB 4PSRA 2VL4A 2CETA 1KXHA 1I1WA 2CBVA 4W5UA 3WFLA 4URIA 3TTQA 4AISA 4CVWA 5DEZA 4F66A 9CGTA 3HJEA 2WC4A 6CGTA 3GH5A 3NIYA 4AZIA 2XVLA 3CZGA 1EHAA 1E43A 3WEMA 5TD4A 1R7OA 1HIZA 1V3IA 3GM8A 2XVGA 1UG6A 3FHAA 4QAWA 2GUYA 5I23A 3ZMRA 1OM0A 2VCAA 1JF6A 1V3HA 1V6XA 2Y8KA 3SEPA 3TONA 1K6AA 4TTGA 3GBDA 4H8UA 3ARTA 2VZSA 4D1JA 3TTOA 4BA0A 4Z2KA 3B8SA 1E4MM 1GOKA 4PTVA 4U3CA 2OYKA 3WUEA 5BXSA 3F5LA 4AXNA 1VJSA 1E15A 5DF0A 4PMRA 1UWRA 2FGLA 2WZIA 1PX4A 1UR2A 1EA9C 2DIJA 1WCGA 1PIGA 3AQUA 5A3HA 4HA4A 2X05A 2ZX8A 3W25A 1JFHA 4MB3A 1TG7A 4X9YA 3UESA 3VPLA 4J3UA 3B9DA 1FOBA 2PWEA 2E9BA 1OBAA 5DO8A 4B9YA 1JYVA 3RCNA 4UQAA 1MYRA 2V3FA 3AMGA 4R27A 2MANA 4UQ9A 1VB9A 3AIVA 2YL5A 2F8QA 2WMGA 1GOWA 2PWHA 3AZTA 1W9VA 3T08A 2YOCA 1QHOA 4WK9A 1SMAA 4H8HA 2XVNA 2NT1A 1JD9A 4YPJA 2XJ7A 1LG1A 2XIIA 4HP5A 2YA0A 1CXLA 1JZ8A 3U5YA 2WPGA 2DSVA 3AXXA 3ZJ8A 4UOQA 4D6DA 3J7HA 2WK2A 4W89A 2WHLA 1CWYA 2VJXA 1UD2A 1KGWA 1NP0A 3JUGA 1XGZA 5HXMA 4GI9A 1XV8A 3BCDA 3EMZA 3OGRA 1AVAA 5D4YA 3OG2A 4FLQA 2VVSA 3BAXA 3LPPA 1GORA 1C93A 1DP0A 3T09A 1J0JA 2EPNA 5HPCA 3VD3A 3W26A 3N11A 4J27A 2ZUWA 1HKKA 4MNKA 3RPMA 5BCAA 1V6VA 2VMFA 4U3AA 4X0NA 4NZCA 3AZRA 5A6BA 2XFFA 3OB8A 3AS1A 1EQPA 4LYPA 4P7OA 3ZSSA 3CMJA 1GJUA 3GBEA 2YDQA 4AZBA 2CEQA 1TMQA 7CGTA 1PX3A 4ACZA 4CU8A 6TAAA 4GO9A 2FHCA 3VILA 5CSYA 1JXJA 4XV0A 3WDPP 1HNYA 1OD8A 2XGIA 4WLCA 4N0RA 1FP9A 3WMBA 3UG4A 4JFTA 4DUXA 5IDIA 1KBKA 3POHA 3L4XA 2BY0A 5HPOA 1OIFA 3QHOA 4ZXOA 4GINA 5CG0A 3RDKA 4D6EA 2WVUA 4PMZA 3N1AA 1BGAA 2GSJA 2OYLA 3WNPA 1GVIA 2O92A 4JKLA 3PN8A 4W93A 2NW0A 2J25A 3N9KA 2RGLA 4KRTA 3LPOA 5CJ5A 2CCRA 3QR3A 1J0YA 2DT0A 3K8LA 4JIEA 4J3WA 3FHQA 1ECEA 3CHEA 5A6AA 2ZUTA 1V3KA 1JZ2A 1RH9A 2ZUNA 3PZ9A 4HPGA 1L0PA 3SIMA 2VX7A 1B9ZA 3OA5A 2YL9A 5HOSA 2JIWA 3OGSA 1IT0A 3IANA 3VX1A 1UD8A 3IJ8A 3VUPA 3WELA 1UWSA 1MW2A 1LL6A 3FN9A 1XCWA 4JFSA 1J0HA 3VGHA 2EPMX 3PZOA 3WMSA 2V3DA 2DSUA 2D0HA 3A3HA 2WWCA 2NSXA 5BWFA 3DHPA 3FXYA 1V6UA 2Y4SA 3MU7A 2GJRA 1QI0A 1UR9A 2BHUA 5JBFA 3FNDA 3HMCA 3NUKA 2PWGA 4GQRA 1ZB5A 3PHAA 4J3VA 1KR1A 2ZX9A 2VO5A 1EOKA 4HA1A 4CD4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UR4 A;  1HJU A;  5ABH A;  1GUV A;  1D7F A;  4LXF A;  3KE0 A;  1OGG A;  4XZB A;  2XTK A;  2O9O A;  4H41 A;  1SMD A;  2QHA A;  2WYS A;  4DUW A;  1E72 M;  1BTC A;  2BXY A;  3CHC A;  3M7S A;  3QHN A;  2VUY A;  3WY1 A;  3ZOA A;  1E73 M;  3II1 A;  5GNZ A;  1Q6F A;  5FIP A;  2G3J A;  5CXP A;  4DUV A;  3NYD A;  2J79 A;  2ZE0 A;  5DT5 A;  2DH3 A;  2GJX A;  4MPK A;  4OOU A;  4UZS A;  1KXT A;  3ZJ6 A;  1IZK A;  4UOZ A;  3CZJ A;  4YHG A;  1HF6 A;  4JKK A;  2O9T A;  1AMY A;  1CDG A;  2VNC A;  3AMD A;  2A3H A;  2VQT A;  3VU2 A;  2DH2 A;  2CPU A;  5A6L A;  1J18 A;  1QNQ A;  4CD7 A;  3AIQ A;  4OUE A;  3VNY A;  4RL3 A;  3RM4 A;  4AD1 A;  4AEF A;  3T2O A;  1CGY A;  1J01 A;  2DDX A;  2YIH A;  2WC3 A;  3BC9 A;  1BGG A;  2CIT A;  3CZE A;  2WBG A;  2D24 A;  4AD3 A;  3GNO A;  4M80 A;  5IHS A;  5A8P A;  3SUV A;  3GNP A;  1CGU A;  3EDE A;  4NF7 A;  2Y24 A;  4BF7 A;  3W0K A;  2D3N A;  4U33 A;  3L2L A;  2OSX A;  4MTV A;  1NOF A;  2A3A A;  3WUF A;  1WZM A;  4BQ4 A;  4JFV A;  1E0X A;  1JNE A;  1VFU A;  2VR5 A;  3UCQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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