3W28 | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTALDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermoanaerobacterium saccharolyticum
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 10
total genus	122
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3w28A00

1W91A 3A4AA 2RGMA 3AXIA 4FK9A 1VFFA 2ZX8A 4U33A 3WBAA 5KZ6A 4B9YA 4ATLA 4PUDA 1PEZA 3ZJKA 4MB1A 1DWJM 1DP0A 3N1AA 5ABHA 2BNJA 2VX5A 1BLIA 1WZLA 1UR9A 1TG7A 1NWTA 1VJSA 2YDRA 4C7DA 4AD1A 1NWUA 5A6AA 2E9BA 4M81A 3VM5A 1CEOA 3HU7A 3VMOA 2EJ1A 3MV11 3SCOA 3MUAA 2CEQA 2NT0A 5E09A 4U2ZA 1QNOA 5I2UA 1GQIA 2BHZA 1OGGA 1GHRA 1HXJA 5E9AA 3WDIA 2QLYA 4HU8A 1DWHM 4F9JA 2X2YA 1RD6A 1BFNA 3O9NA 3AFBA 1J11A 4OUEA 4P8VA 3CHFA 5HBFA 1WP6A 4JZ5A 4OBRA 1C90A 1E15A 2OLHA 3RO8A 5BCAA 3ECQA 5A6SA 4UFLA 1RP9A 2WCAA 4F79A 5BROA 1M04A 1BVNP 3ZMRA 1M7XA 1BSIA 1R87A 4HA3A 4EKJA 4TXEA 5E70A 3AROA 2DT1A 1A47A 6TAAA 1UOKA 5CPTA 3WD0A 1B3ZA 2X0YA 3OGRA 4JFTA 1QI4A 2Y8VA 1V02A 2IXUA 4GINA 2OWWA 4NRRA 3WUFA 4TX8A 1C91A 3SCUA 3ZT7A 2QF8A 5BXRA 2YL6A 1D2KA 4Z2IA 3SCPA 1F4AA 1BYCA 1NWSA 4JL2A 2DEPA 4RE3A 3N15A 1WDSA 3B9EA 3K4DA 3L2LA 3WELA 3T2PA 3LPGA 2DT2A 3KEHA 2WHLA 3ARUA 1ISVA 3BLPX 4H7VA 4J3UA 1X6LA 1W3LA 4S3KA 1H0IA 3QHOA 1E0VA 1CIUA 5BXTA 3TP4A 4HOWA 1WPCA 4CD8A 4WKFA 1IV8A 3BAKA 3FY1A 4NZCA 3VIGA 1IT0A 2V3GA 2MANA 4MB5A 3GXFA 1PX8A 1UZ1A 4OJYA 3OLEA 4JFVA 1V0LA 9CGTA 4GZJA 4RE2A 5A6JA 3I3EA 1A3HA 2AMGA 3WEZA 1G1YA 3UERA 1MYRA 5FOOA 2YL5A 5EB8A 1UH3A 3W6MA 5BRPA 3DHPA 2WBGA 1WZKA 3VKKA 1B90A 2GFTA 3W24A 5A8PA 3BCDA 3WD2A 1HJSA 1FH7A 1E40A 1E0XA 1E3ZA 1N82A 1HJXA 2J47A 4KRTA 3POHA 4PMXA 2J77A 2X8RA 4M8UA 4V2XA 3CHEA 3HMCA 3EDEA 2E9LA 5JIPA 4OBSA 3W6LA 4XUYA 1LWJA 3WENA 1Z32X 3RMEA 1UYQA 4CUCA 1DHKA 2YL8A 3G6LA 2W62A 3M7SA 5I5RA 2XVLA 2O92A 1B0IA 4OIFA 3GH4A 1QBBA 1KGXA 3MANA 3PTKA 2XFYA 3EMCA 3TTOA 5I23A 4UTFA 2WMGA 2VX4A 2XSBA 4LGXA 3PZOA 4DWSD 4AISA 3U7VA 3A6OA 4YHGA 1J9YA 1B3VA 4TOQA 3AHVA 2GJXB 3W0KA 3N18A 1BVZA 4UR9A 3ZSTA 3WQ4A 5A2AA 1UHVA 4LQ1A 2WYSA 2E9MA 4P7OA 4AZGA 5E6YA 4AZCB 3DYPA 3T08A 3CUHA 3WMSA 1H09A 1GHSA 1E6XM 2VZUA 3I3DA 3ARPA 4UQDA 1DWGM 1EA9C 1H2JA 5CLWA 3TOPA 3LPOA 3VUPA 4AIEA 4BQ2A 1TE1A 5A6LA 5CQ1A 3OB8A 1CECA 5A69A 4PRWA 3WDRA 3RM9A 5C8BB 5A8OA 1L8NA 4B15A 3GZAA 3NIYA 4MTVA 3SUVA 3OIHA 2C7FA 1NP2A 2G41A 4TTUA 2D0HA 2RGLA 3CMGA 5BYWA 2WMKA 1VFMA 1WE5A 2F2HA 2CESA 3WF4A 5LA1A 2VZVA 3L4XA 2ZXQA 3HN3A 4J28A 2DQXA 2VCBA 1JYWA 1EDTA 1UWQA 2W4XA 5I24A 4JCLA 1M53A 4M1RA 1GOIA 3ARRA 1JAEA 2ZUTA 4CN4A 4WKHA 2J7FA 4XV0A 3VIOA 1CGXA 2XTKA 4MNJA 3ARSA 3BXWA 3WH8A 1CLXA 2V5DA 3EMQA 4JFSA 2VR5A 4W85A 1OGSA 3WEMA 1CTNA 4D1JA 4AD2A 5D8WA 1JDCA 1ISWA 1E73M 1DTUA 2CHOA 2GUYA 1J12A 1CYGA 2WWCA 4GZIA 4Y7EA 1V3IA 4PMYA 1NH6A 3BMWA 3WUGA 2XM2A 4F8XA 4R5EA 1ITCA 1K9EA 1XD1A 5A2CA 1JI1A 2WSPA 4U3AA 4HA1A 3VGEA 2WMHA 1TZ7A 3PZIA 3UR8A 2J25A 1J01A 2ZE0A 3OG2A 3FAXA 3E1F1 5A8NA 3ARYA 3CIVA 3WUBA 3W53A 4EE9A 3BCFA 4H04A 4HMEA 3VILA 2VTFA 1JXKA 3AISA 1KXHA 4MPKA 1BYDA 1BAGA 2WHMA 2ZXDA 2Y5EA 1E6RA 1UKTA 2DIEA 1OT1A 3MV01 4M80A 1EGZA 1EO5A 4QLLA 3SCSA 2VVSA 3ARWA 4M29A 1KBBA 4YPJA 3VTRA 2WLYA 3AYSA 3SCQA 1JZ8A 1QPKA 4PMOA 5FD0A 1V6UA 4KWUA 2WVVB 3W26A 1E3XA 2WZHA 2OWCA 3VM7A 3RJXA 4HPHA 3AHXA 2CXGA 4WK9A 1C3FA 2VCAA 2PC8A 4W5ZA 1GW1A 2G8ZA 3VD5A 1R7OA 2GVYA 2G3NA 1JFHA 2VRKA 4OZOA 4R27A 3DYOA 2XSAA 2J78A 1Q6CA 3BAIA 4QLKA 1ZL1A 2BY0A 2XYLA 4UFMA 2Y24A 5D9NA 2HVMA 2E8ZA 3OLGA 4MB4A 4MNLA 2DSWA 4UOZA 2PWGA 3VD9A 3PHAA 4A3HA 3WNKA 4JKKA 4UFHA 1KBKA 4Q7NA 1EHNA 3PZUA 4GI8A 4P8WA 1MQPA 4A4AA 3VINA 3AIRA 4OOUA 3AQUA 1AQMA 4JIEA 3S2CA 4H41A 4H2CA 4TVCA 1CLVA 4Z2KA 3AI0A 4DWSA 1JZ6A 3SCWA 1V3JA 1XHGA 4GZEA 3VGDA 5I0DA 3KL0A 3FW6A 4J7RA 1H4PA 2W61A 2VUYA 1WKYA 3WDHA 3NUKA 3SCRA 3LPPA 4D6FA 1EQCA 1QI3A 2XVNA 3VIIA 3VOCA 2J62A 1R7AA 5D9MA 1MFUA 3VDCA 2GK1B 3GXDA 3EDDA 1GJWA 1B30A 4MNKA 3M6DA 4AZBA 1OCQA 2ESCA 3VIPA 4GQQA 4LXFA 4QDMA 3RCNA 4F66A 1XSJA 1E4NA 4WJXA 1CXEA 4U31A 3WF0A 2A3HA 1TMQA 1UD6A 1D7FA 1OWQA 1QW9A 4M82A 3WQWA 2ZXBA 4NRSA 1PX3A 3WNOA 1SFSA 2D24A 1I1WA 1HNYA 3FHAA 3W82A 2F61A 1H0GA 2J7BA 2VX7A 1IZKA 2O9PA 3U7BA 4D72A 3AMGA 4P7RA 2WHJA 1UR8A 2OSXA 3WEOA 3ZSSA 4AY1A 3BSHA 3EBVA 2VI0A 1B3XA 1LQ0A 3VDAA 2EBNA 1U30A 2C8NA 4HP5A 5DFAA 1XH1A 4CCEA 3WNPA 1MXGA 2GK1A 3ZJ8A 5D9OA 3AS3A 1FP8A 1E4MM 3AIEA 2XHYA 4YN5A 3WH5A 2Y8KA 1PX4A 5A3HA 1ZS2A 2CBIA 1GQKA 1FH8A 1DWAM 4AD4A 4XX6A 2CKSA 3SCVA 1E4IA 3MMWA 3LPFA 3HJEA 1VEMA 4JHOA 1EQPA 4MNMA 3ZT6A 1CGVA 3W4RA 2WC3A 1JYVA 1UR1A 4PMUA 1G5AA 4TVUA 1CXKA 4FLOA 5EFDA 1ODZA 1V3LA 2V3FA 2WCGA 1E6ZA 1OM0A 1EH9A 3N12A 2BVDA 2DSUA 2G3JA 2DSKA 3TTQA 2WZEA 3T2QA 5FCZA 1NWRA 2WKGA 5DT7A 3WUEA 4YHEA 4FF5A 2XM1A 4AWEA 5JBFA 2VNCA 3AHTA 3EYPA 1EXPA 4BQ5A 1VJZA 4XZBA 3WQ6A 1KGUA 2G3MA 1JZ5A 1K6AA 2OYMA 2CBVA 4PTVA 1JZ4A 2Z1SA 3GYCA 1ZB5A 1HJVA 4TVDA 3CPUA 1V0MA 2WHKA 2PB1A 1MXDA 4WSJA 1GOKA 4IM4A 4KMQA 5A95A 1E1FA 4JAWA 4AMCA 2GJRA 1UQYA 3L4ZA 2BVYA 4GI6A 2XIIA 1BGGA 1WNOA 4X0VA 1PJ9A 2XVGA 4PYSA 1CNVA 4J3XA 5GNXA 1TR1A 2XPKA 3OA5A 2JIWA 3AOFA 2J7HA 2DH3A 7TAAA 1NM9A 3WQ8A 1UWIA 2UWFA 2WW5A 2J7GA 4X9YA 1NOWA 5CSUA 1HP5A 1B1YA 4IPNB 3K8KA 1V03A 1HN1A 4NF7A 1W9UA 3VDBA 3AXHA 3L2MA 3T2OA 4Z2GA 1AQHA 3B9DA 4CD4A 1MWOA 3VIHA 1F4HA 2IUZA 4J27A 4MADA 2OYKA 3N04A 3WNLA 4GXPA 4U2YA 4QAWA 5A6MA 1XH2A 2DDXA 2WC4A 2JEPA 5EMYA 1MW0A 4PCSA 4PSPA 4QCEA 4WIWA 3F4VA 1J0IA 6A3HA 1MQRA 1QHZA 1BYAA 3APGA 2J4GA 1W32A 4FLQA 2DPEA 1CPUA 3CHCA 3CGTA 3CLWA 1W9XA 1DWFM 1AQ0A 3ALGA 2F8QA 5A2BA 4HU0A 2W63A 3UG4A 1MW2A 3OLDA 2FHCA 3UR7A 3UG3A 4D6GA 3TA9A 2TAAA 1BG9A 3WDPP 1Q6FA 3VD4A 3UG5A 3K8LA 1C93A 1PIFA 1E43A 2G4FA 3SURA 3BAYA 1QHOA 4ATWA 5DO8A 1B9ZA 2OYLA 3AMKA 1C8XA 2VRJA 3T0AA 1V6VA 4CU6A 3WF2A 5D4YA 1UR2A 3W38A 1QNQA 2VURA 3T09A 1NOUA 3W81A 1HVXA 1LL4A 4CVUA 4IISA 2BXZA 4HMCA 5FL0A 3T0DA 1FOBA 1US2A 4JHZA 3G6MA 2WM0A 1KR1A 1BG4A 5CLTA 1UD5A 2ZX7A 1UKOA 2YJQA 2PWDA 1MW1A 2WSKA 4AXNA 1NARA 1J0JA 2W67A 4GKLA 1UD2A 2NSXA 1GOMA 3VU2A 1EDGA 2J7CA 4W84A 2WANA 2BVTA 4PTWA 4ATDA 1JZ7A 4HZ7A 1J0KA 1BTCA 1BQCA 5CG0A 1O7AA 4W93A 1LWHA 1ODUA 4AEEA 1HKJA 4N42A 4PBGA 4K68A 5HNNA 5A6KA 4GQRA 1GPFA 2X05A 2D20A 4JKMA 1XCXA 2YLLA 2WKLA 4OOZA 3CBWA 3WL0A 5LYRA 1E6NA 2VOTA 3NDYA 1ZBKA 3CZGA 5CPSA 2WNWA 1V08A 4B3KA 1OB0A 3GTNA 3PZNA 1K9FA 3NSNA 3TONA 3VD7A 2ZWZA 1GOOA 4Z2JA 3CUFA 1ISYA 2C0HA 1C7SA 4LYPA 3GXIA 3W28A 4PMZA 2GDVA 2Z1KA 1G9HA 1VB9A 2J75A 3U5UA 4HOXA 1JF6A 1H1NA 5ABFB 1UWTA 2BHYA 1QI0A 5HDRA 3L4TA 1HKIA 1E6QM 4L4PA 2WAGA 5M5DA 1ECEA 3MU7A 1XD0A 1QNPA 1VFOA 4RL3A 5M03A 2EQDA 4ZXLA 3VMNA 1CENA 1UKSA 1FA2A 2ZUNA 3WF1A 3SUSA 1WB0A 3SIMA 2XWDA 1FHLA 3KZSA 4B9ZA 4BS0A 1UWSA 2E8YA 4UZSA 2BXYA 3BSGA 1JYXA 1M01A 3L4WA 5IFTA 2JIEA 2YIHA 2W5FA 3WN6A 1JD7A 1L0PA 3QR3A 4W8BA 4B3LA 2ZUMA 4AIOA 4XB3A 1KGWA 1LF1A 3L4UA 3O2LA 4LYRA 2AOSA 4W87A 1JNEA 2X1IA 1CXHA 5ABFA 1XGZA 3CZLA 1CGYA 3ARTA 3MS8A 1V3KA 2DIJA 2XJ7A 1W9PA 4E4PA 3VIJA 2FH6A 2XIBA 2EEXA 3VGBA 1CXLA 4E8DA 5AY7A 3VDHA 2CBUA 1US3A 1K9TA 1SR0A 4CU7A 4XZWA 3W29A 3VPLA 3T0BA 2FHFA 4ACZB 1VEOA 3AJ7A 4CD6A 4F9DA 1CGUA 2VJXA 3PBGA 5D9PA 1V6XA 3W27A 3AMCA 3IAQA 3OLIA 3WQVA 2ZUUA 4TX6A 3AICA 3AHYA 7CGTA 2CPUA 3WF3A 5KEZA 1JFXA 4ZEPA 4ACYA 1AVAA 1GORA 4Q22A 1V3MA 1W2VA 1KWGA 4HMDA 5CSYA 4CVWA 1CWYA 3FAWA 3M07A 3QHMA 4JCMA 4C7GA 5BXSA 3U5YA 3VX0A 4DWSB 1PBGA 1V3HA 1CGTA 1JXJA 4UCFA 1JGIA 4AD0A 4PCTA 4P7NA 3KWXA 4J3SA 4D1IA 4AYSA 8A3HA 3FXYA 4GIAA 3VMPA 3N11A 4GPNA 1OT2A 2CITA 4ACZA 5BXPA 2WZIA 4X0NA 3WSUA 2VZTA 5CZKA 1VBRA 4PN2A 4KH2A 1C8YA 1NOFA 3QOMA 1QNSA 2OWXA 2E3ZA 1E71M 1W1VA 4P7QA 4WLCA 1LL7A 2XUCA 2IXVA 3FHQA 5D8ZA 1WO2A 2FGZA 2CHNA 1W1PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1R85 A;  2DGA A;  2VMF A;  3NCO A;  3UCQ A;  4CD7 A;  2EPM X;  1W3J A;  3KE0 A;  3PN8 A;  4HZ6 A;  5M17 A;  3CUJ A;  2A3C A;  2HIS A;  2YBU A;  3CZJ A;  4PTX A;  1KB3 A;  2CCR A;  1QHP A;  3PZ9 A;  1HF6 A;  1GVY A;  2FH8 A;  2X09 A;  2A3E A;  4PTM A;  4FLS A;  1J18 A;  3D5H A;  4UFI A;  5CPQ A;  5IHR A;  1UUQ A;  4EAM A;  1V0K A;  2QMJ A;  4DUX A;  2YDS A;  3SUT A;  1C7T A;  2WC7 A;  1JIB A;  2GDU A;  1OIF A;  4AZ5 A;  1VEN A;  1HVQ A;  2XFR A;  4PMN A;  1UWR A;  4AD3 A;  4AZI A;  2ZID A;  3BAX A;  2E40 A;  4D71 A;  1I75 A;  5M3W A;  1JND A;  4GO8 A;  3AYR A;  4HOZ A;  2WMI B;  3BLK A;  3VO0 A;  4D6C A;  1V6Y A;  5A94 A;  2DSV A;  1J0H A;  1W9B M;  3GM8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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3W28A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations