3W29 | Genus

Total Genus 121

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTALDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Glycoside hydrolase family 10
publication title	Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 pubmed doi rcsb
source organism	Thermoanaerobacterium saccharolyticum
total genus	121
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-11-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3w29A00

1OGBA 2J47A 1FA2A 4GIAA 1BG9A 1V02A 4JKLA 2NSXA 3ZR6A 1B90A 2WW5A 1A3HA 4W85A 3VIGA 4QCEA 3N12A 3GH7A 1EH9A 5M17A 4MNKA 1CPUA 1QNRA 1WNOA 4LQ1A 1NOUA 4H8VA 3K4AA 4D6FA 5D9OA 2FH8A 2O9PA 4PMDA 1D2KA 2WVVA 4UFMA 3MMDA 3BAJA 3OBAA 1NWTA 4ACZA 4EKJA 1XH2A 1FFQA 2ZUTA 4AZ7A 2V5DA 2O9OA 1G1YA 2BXZA 1B2YA 3AYRA 4OZOA 3W26A 4W87A 4FLRA 4EE9A 2DPEA 2VRJA 3W38A 1MW2A 1V3IA 3OLDA 1KCLA 4ZEPA 2OYMA 1BFNA 3N9KA 2BY1A 2TAAA 1EQCA 8A3HA 1V6UA 2PBOA 2XYLA 3SEPA 4AZGA 2XIIA 4DM1A 1L8NA 1N82A 2C0HA 2CBVA 3VMPA 1JFHA 3EMCA 2OYKA 1AQMA 4LPCA 2Y8KA 3BAKA 4C7DA 3W81A 5ABFA 4JCMA 4WJXA 1XHGA 2A3AA 1UR0A 2ZXQA 1CXFA 3PZVA 1JF5A 1G0CA 5ABHA 2A3CA 4B9YA 2YDQA 3VILA 1VEMA 3VM5A 3CZEA 4MNMA 4E2OA 1E73M 3K8LA 4D6HA 3WQVA 3M7SA 4PMNA 2OSXA 1B3WA 3MMWA 4HZ6A 3ZJ7A 1D7FA 2VX5A 3QHNA 2FDMA 1JG9A 1WDQA 1H4PA 4Z2GA 5FIPA 4GO8A 1QW8A 5C8BB 4F8XA 1BQCA 2XG9A 4U31A 2V3GA 2EPMX 1ZJBA 1JD7A 2J7BA 3WSUA 4W93A 4DWSA 3AMKA 2Y2WA 3ECQA 2ZUMA 3SUWA 1G01A 1QBBA 3GNOA 2CKSA 1JZ7A 1HJXA 2AMGA 2YL6A 5BROA 1GZJA 1ZBCA 3UG4A 3UR7A 1E5JA 4JFVA 5AYBA 2CBJA 2G3MA 1HL9A 1FH9A 3WMBA 4H8HA 3CHDA 1UWQA 4TX6A 3ZJ6A 4ATLA 3DHUA 5I23A 1XD0A 1J11A 3RCNA 3CHEA 4Z2IA 5A3HA 5CLWA 4TX8A 1GVIA 3UR8A 3WH6A 4FLOA 1LL7A 1HX0A 3OGSA 1PPIA 5IHSA 3B9DA 3WD3A 1ISVA 3VVGA 5BXTA 3KE0A 1GNXA 3AIUA 3MANA 4JFSA 3WF3A 3PHAA 1GVYA 3IANA 2J74A 4C7GA 1C8YA 3CUFA 1M04A 2WZIA 4CD7A 3T09A 1QNOA 3VIIA 3MUZ1 1GHSA 1VJZA 1LL4A 1WB0A 1CECA 1XD1A 1TZ7A 2X05A 1HVQA 5DO8A 1KBKA 2UY2A 1C91A 2XVLA 5JIPA 3ARPA 2GDUA 3SUTA 5C70A 1W9DM 3BAIA 1V6VA 3PZGA 2PI6A 1KXVA 3EDDA 1DWFM 3ARYA 3A4XA 1PAMA 2XJ7A 4QCFA 3W0KA 3O9NA 1WDSA 2F61A 3RILA 4AXNA 1PZ3A 2WWDA 2ZOXA 1CGWA 4AY1A 1ESWA 1V0MA 3WDPP 1R8LA 2WK2A 1BYAA 1J18A 3GH5A 4Z2LA 2J4GA 2OYLA 1CZ1A 4GZIA 1MFVA 1G94A 2VURA 2J8GA 2WVVB 4WF7A 1E3XA 1KR1A 3CGTA 4QLLA 3LPFA 5CXPA 4MB4A 4P8VA 2JFEX 1TUXA 1UR4A 2OLHA 4WKAA 3AOFA 4ACZB 1XSKA 2ZWZA 4CGTA 2XSAA 3VMOA 2RGLA 3PZIA 3SCPA 2YDSA 3WEZA 5IFTA 1CLXA 2W63A 1EDQA 4UFJA 4KH2A 3CUJA 1LG2A 5A94A 1WP6A 5CLTA 3W29A 3PZTA 4UZSA 1JD9A 1OD0A 3VINA 3OZPA 4AEFA 5GNZA 1HF6A 5LA0A 1AQ0A 3AQUA 1MVYA 3BH4A 1RP9A 2F2HA 3EMQA 3VUPA 2ESCA 3I3EA 1EO5A 2ZXDA 5E70A 3WNMA 2WMHA 4URIA 4BS0A 5ABFB 3AXIA 3SUUA 3CBWA 4J28A 1GCYA 4HA1A 1DWGM 1OT2A 1GQIA 1VFOA 3CO4A 4AD5A 1JZ5A 1SFSA 2VJXA 3MSGA 3ZR5A 4W5UA 1VJSA 5EFFA 2NW0A 1UZ1A 1KWKA 1KR0A 2HVMA 1Y7VA 2DSZA 4UOQA 2J75A 1F4AA 1WE5A 4S3KA 3BXWA 1BHGA 3WH8A 1E4NA 5GNXA 2D3LA 2ZX5A 1V3MA 3M46A 2WMJA 5D9PA 5IDIA 3F5JA 3HMCA 4X9YA 4GKLA 2VI0A 2VVSA 2ZUNA 3AZSA 3K4DA 4KGLA 1PIGA 2W66A 2C8NA 3BC9A 2VOTA 1BTCA 3WH5A 4DWSB 4K68A 3AMLA 4W88A 2NT1A 2JEPA 4PUDA 1MQPA 2PB1A 4D6GA 4J3WA 4CN1A 2WZHA 2X09A 2CBIA 3SCQA 5HBFA 2G3IA 4CUCA 4H41A 2C7FA 1V3LA 3WIJA 2G4FA 1ITXA 4A4AA 1JZ3A 1GORA 3KL0A 3U7BA 3WQ8A 2YIHA 1KBBA 3VDAA 2E8YA 3TP4A 4HP5A 2FHCA 3T2QA 3MMUA 2Y5EA 4OBRA 5CG0A 4J3SA 4U3AA 4MAVA 4M29A 4WKHA 4UFHA 4GXPA 2A3HA 2PWHA 1RH9A 4P7RA 4Q7NA 2DT3A 2J7CA 5CQ1A 1E55A 3S6TA 4B3KA 1V6YA 3ALFA 1VBRA 4PUEA 4LYQA 1MW1A 2E9BA 1W3LA 1W3KA 2G3JA 5EB8A 5AY7A 3UERA 2CHOA 2WC7A 1UQZA 4PSPA 1UH4A 4HPHA 2VT0A 1KXQA 1O6IA 1EGZA 3AHVA 4AIEA 3PTMA 3B9AA 2X8RA 2G8ZA 2YDRA 1KFWA 4YHGA 1VRXA 2UWFA 2VZOA 3U5YA 4HMDA 1DEDA 1EOKA 2WB5A 3ARZA 4PTVA 2VRQA 1UD5A 2WPGA 3TTYA 5I0DA 4FLSA 4QDMA 1CDGA 1WZLA 2EEXA 4CN6A 4UQEA 1CLVA 4JKMA 1CIUA 4H7VA 3AHTA 2XFRA 5DT7A 4OBSA 3RM8A 5JUVA 3KL3A 1R85A 5C71A 1C92A 3WF4A 4CD5A 1GPFA 2CXGA 4B3LA 3WL0A 2BY2A 1JGIA 5JBFA 1JZ8A 1CNVA 1R87A 4W8LA 4LYRA 2WMIA 4P8UA 1E6QM 1Q6FA 2VTFA 1W91A 1E70M 4HOXA 1E56A 2CKRA 3QGVA 3SCWA 3VGEA 1FP8A 4RE3A 2WHMA 4GZEA 4UQCA 2VO5A 4AEEA 2XM1A 1HJVA 1KGUA 3AZRA 1KCKA 3CMGA 1C8QA 1KXHA 1NOWA 2V3EA 3ARXA 3DYMA 2BNJA 2JEQA 1JXKA 4PMXA 4QAWA 3QOKA 5A6MA 1NOFA 5ABGA 4Z2HA 4NZCA 5A6BD 5I2UA 2EPNA 1VB9A 1E4LA 2A3BA 5CJ5A 2WNWA 3MSDA 2YBUA 1LWHA 5A8PA 1UKTA 2E8ZA 4UOJA 1W1TA 4ACYA 1CGVA 3EDKA 4E4PA 2JALA 3AS2A 1KQZA 3WD4A 1B3VA 3NSMA 2BVTA 4PYSA 2ZIDA 1UWSA 1JAKA 1AQHA 5CPSA 3QHMA 3LPGA 3NYDA 1B31A 1UA7A 3L4TA 3THCA 1VEPA 1E6SM 3NDYA 1J12A 1ZJAA 1E6ZA 2Z1SA 5M03A 5TD4A 3VGHA 1XGZA 2WSKA 4JL1A 2JF6A 1X6LA 2W91A 3N18A 4RL3A 3WNNA 3ZT5A 2BVYA 3UETA 4D6JA 1HL8A 4AZCA 3MUAA 4DUWA 3N15A 1VENA 4KWUA 6A3HA 2W92A 3AXXA 1SMAA 1DHKA 1TA3A 3AHZA 1LJYA 1ISXA 2DGAA 1E1EA 4KRTA 2YL8A 4YPJA 2PC8A 2VR4A 3GDBA 4YN5A 1DWIM 2ZE0A 3AMDA 5A6BA 3VGFA 4W8BA 4BA0A 7A3HA 1H49A 1B3YA 3KWXA 3U57A 3WDHA 2J77A 5IXEA 4EAMA 2ZUSA 2WLYA 1VBUA 3VGBA 1C90A 2F8QA 1RP8A 1WAWA 2PWDA 1MYRA 4DWSD 2PWGA 1W2VA 3CLWA 3CUIA 1PX8A 1GOWA 1HT6A 1XSIA 2E9LA 4E8CA 1WDPA 1UD2A 5I5RA 3WFZA 3CZJA 1J0ZA 1E6NA 2D3NA 2J78A 1HJSA 1JFXA 1W1VA 4QLKA 5A8QA 3VD3A 1C7SA 4EANA 3VPLA 5HNNA 3RJXA 5A8OA 2A3EA 3PTQA 1W1YA 4AYSA 3OLEA 4NF7A 3KZSA 3L4XA 5EFDA 5FL1A 1JXJA 1VFUA 3J7HA 4C7FA 3W4RA 2QPSA 4CCEA 3CH9A 4TOQA 4AZ6A 4UR9A 2VZVA 4WIWA 4MPKA 1C8XA 4AD2A 2GUYA 5AYIA 1MQQA 1OGSA 2QMJA 4U5IA 1FH7A 1PZ2A 1ECEA 1GOIA 1SMDA 2W67A 4CVUA 3VIMA 1W3HA 2HISA 3WNLA 4UCFA 1I1XA 3TTOA 3AICA 2IXVA 3O6AA 3OGVA 4PTXA 2X0YA 4M1RA 3WH9A 1DTUA 2D2OA 1GW1A 4IPNB 1WKYA 5E9AA 3PZQA 3AIWA 2VMFA 2DT1A 3W82A 1D3CA 1PX4A 3WQ6A 2WWCA 3CHFA 1HVXA 2WZEA 1Z32X 4J3VA 3ARVA 4FK9A 1WCGA 2VC9A 3TOPA 4ZFMA 4CCDA 3M07A 1ISWA 5CSYA 3GNRA 4MB3A 5EBAA 1Q6GA 2WMGA 2WMIB 3WNKA 1KQYA 2OWXA 4JL2A 4GQRA 2DT0A 3AIVA 4OOZA 1NH6A 1OD8A 2BS9A 3WEMA 1UH2A 4CN4A 3WMSA 2XM2A 2XVKA 4V2XA 1W2PA 4W84A 1JZ4A 2J8FA 4TVCA 1CGUA 2D0FA 1CXKA 2EQDA 1M01A 1FH8A 5BXPA 3VKKA 2FHBA 3T0AA 3SCUA 4TUFA 1J0HA 2WMFA 2RGMA 3T2OA 5A6KA 1IV8A 5A6AA 1W3JA 4ZXOA 3FHQA 2E9MA 3VIJA 3WD0A 4MB5A 4PSRA 1CENA 1OSEA 1Q4NX 3AIRA 2Y8VA 1TVPA 2V38A 1EOMA 2BHZA 2IUZA 4UFLA 4W89A 3MO4A 1RD6A 4MDOA 3OG2A 3DYPA 5A2CA 1M7XA 2X0HA 4R5EA 1H3GA 2VZTA 3WH7A 2X2YA 1WZAA 2Z1KA 1QI2A 1BPLB 3UG3A 3OIHA 4U2ZA 3TTSA 3GTNA 7CGTA 5F7UA 1Q6CA 4MB1A 5AC5A 2BVDA 3WBEA 2O92A 2ZX7A 3ARUA 1CXEA 1MXGA 3FNDA 2XSBA 2W5FA 3IJ9A 1JZ6A 3NIYA 4WK9A 3LMYA 4H04A 4AZBA 3QR3A 4AZCB 3G6LA 5A6JA 1GQKA 1VIWA 2AAAA 1NARA 5A2AA 3W24A 1SYTA 4GI6A 5I78A 3BAYA 4GPNA 1TA3B 2CYGA 2QLYA 1DWAM 3SURA 2W61A 3IJ7A 3SCNA 3VX1A 2ZXAA 1UA3A 1I75A 2ZUUA 1UKOA 4UFIA 2YA0A 1ISZA 1QOXA 3FW6A 5HXMA 2JIEA 1K6AA 4GI8A 3AMCA 2DH2A 1UUQA 2EXOA 5E0FA 2VUYA 2XWDA 3WQ5A 1L0PA 3WKZA 1EIBA 3VIPA 4TTGA 3RIKA 4ZE4A 3RDKA 3A4AA 1J0YA 1UH3A 1CXIA 4JAWA 5ECUA 3VIKA 4ZXLA 3NSNA 1G9HA 1V3JA 1W9BM 4ATDA 4J3XA 3CTTA 3ZJ8A 1US3A 1HJQA 4PTMA 1EDTA 4OJYA 1B9ZA 1QNPA 2MANA 1JI2A 4JHOA 1MW0A 4W7WA 1HKMA 1BG4A 4AC1X 1FHDA 3NCOA 4D1IA 4JZ5A 1CEOA 1TCMA 1B30A 4GI9A 1XYFA 1QBAA 4M80A 3MUY1 1ODZA 4CCCA 1JIBA 1QW9A 5BYWA 2UY5A 2ZX8A 1JNDA 5D8ZA 3L4UA 5A8MA 1UWIA 1XRVA 5A6SA 1HIZA 4HTYA 1BGGA 1MFUA 3L4YA 3A6OA 1Q6EA 1J0IA 2ZX6A 3VNYA 1QI4A 2EBNA 4AIUA 2DH3A 4JFTA 2EPLX 1GHRA 1GUVA 2X1IA 1XCXA 3CUHA 5IFPA 2IXUA 1ZL1A 1TMQA 1XH1A 4CVWA 5A69A 3RPMA 2OWCA 2OSWA 5E0CA 4PTWA 5EMYA 3GXMA 4HMEA 4HU0A 3PZUA 1NQ6A 2WCAA 2YA2A 4NSBA 4TVDA 3VM7A 5KZ6A 2J25A 2PWFA 1HJUA 3F4VA 3L4WA 4D6DA 4HZ7A 2VRKA 3EMZA 2ZWYA 4NI3A 1HKIA 4S3JA 1M53A 4MNLA 1CWYA 5I24A 1QVBA 4JHZA 2FH6A 4M56A 1OWQA 4P7QA 3LPPA 5BXRA 1H11A 3F5KA 4QLJA 5CGMA 1UR2A 1EO7A 3CZGA 4B16A 1MQRA 3BSGA 1DP0A 3DC0A 3ZO9A 1V0KA 1ZU8A 4XX6A 1GJUA 3BAXA 2O9TA 3K8KA 2WMKA 2WAGA 3BMVA 1NWUA 1WZKA 4A3HA 2YA1A 3CZLA 4W7VA 4PRWA 2ZX9A 3CPUA 4ML4A 2OWWA 2QMKA 1V08A 1IT0A 3PZOA 3W6MA 5M5DA 4UNIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W29A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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