3WBEA

Rice os3bglu6 beta-glucosidase e178q mutant in a covalent complex with glc from ga4ge.
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNQPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Enzymatic and structural characterization of hydrolysis of gibberellin A4 glucosyl ester by a rice beta-d-glucosidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
molecule keywords Beta-glucosidase 6
total genus 200
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wbeA00
2JEPA 3RPMA 4QFUA 5D8ZA 4NSBA 3WN6A 1HP4A 4EK7A 1W3HA 1J0HA 3T0BA 3SCNA 1TVNA 2J7FA 2WKLA 2DPEA 2QMJA 1WDSA 1ZJAA 1X6LA 4U2YA 1R7AA 1E0VA 4TVDA 2BNJA 1UR8A 4TVCA 4QLLA 3POCA 5A2BA 1CNVA 1BF2A 1KXTA 1B0IA 2BVYA 3ZO9A 1KFWA 4UQDA 1MW3A 4HA3A 1G0CA 2XTKA 3BXWA 2A3HA 4LGXA 4KWUA 2YL5A 2Q8XA 2WAGA 2BY2A 1J10A 1CYGA 2J78A 1KWGA 4PCSA 2W63A 3CLWA 4M24A 5DO8A 4D1IA 1BYAA 1E40A 4PMZA 4M82A 3L4TA 3OLEA 1GHSA 4BQ3A 3GXIA 3U57A 2GDVA 2OWCA 5AC5A 5DMYA 2WXDM 4HOZA 4CGTA 1U30A 1CBGA 4D1JA 2J75A 3CZ8A 2VMFA 1M53A 2ZUVA 3EBVA 1WO2A 3LMYA 3PHAA 4H7VA 1R87A 3FXYA 3VD7A 3M46A 2PWDA 3RDKA 5IFTA 2VURA 3SURA 1BTCA 1UWIA 5AY7A 1NM9A 3N18A 3WD2A 3NSMA 4JCMA 1VJZA 4QCFA 2C7FA 5IDIA 1E6QM 3I3DA 3OZOA 1EDTA 3MUZ1 4XZWA 8CGTA 3SCWA 3U5YA 1K9FA 3FN9A 3CIVA 1E55A 5C8BB 2E9MA 3PZNA 1V0KA 4U5IA 2JALA 3HMCA 4HP5A 1E4MM 1TCMA 1VENA 3RM4A 1KB3A 5I78A 1JD7A 5A6AA 4D72A 2WANA 1PZ3A 3A6OA 3BH4A 4J3VA 3VDBA 4AZBA 1C92A 5D8WA 1RP9A 2OYKA 5FCZA 2QPSA 4JL2A 4B16A 6A3HA 1E9LA 3DC0A 1EO7A 4D6GA 1JNDA 1LWHA 4PTMA 3FY1A 4IPNB 2UY5A 3EDEA 3ARUA 2GJXB 4TTUA 3KL5A 3VIJA 1C91A 1HKMA 3WH5A 3TTOA 1E4NA 4KGJA 1QI3A 3K8LA 2VX6A 2VZVA 1AMYA 3THDA 4XB3A 3NJ3A 1ITXA 4J3UA 2O9TA 5JIPA 5JIWA 1J01A 1WNOA 4B15A 1OD8A 1H4PA 2VRQA 3F5KA 3KE0A 3W29A 5A6JA 4UFKA 1V6YA 3WF3A 4AD0A 1GW1A 2PC8A 3VMPA 1SR0A 4AYSA 1C8YA 3AMDA 2XVKA 2O9OA 3ZMRA 1XSIA 1ODZA 1ZBCA 4UCFA 1LJYA 4KRTA 3SUSA 2Z1KA 2DT3A 1PZ2A 1U33A 1E56A 3MU7A 3PTMA 2XM1A 1EDGA 1H49A 2ZWZA 1HVXA 2VL4A 4BZYA 3WQ8A 1GUVA 3CO4A 2CYGA 4IUGA 3NIYA 3WQ5A 2VUYA 2PBOA 5BXSA 1KXQA 4YPJA 2V38A 4P7LA 1RPKA 3W37A 3K8KA 3D5HA 1C8XA 5HBFA 3AICA 3EDKA 4A3HA 4LYPA 1P6WA 5CGMA 1BVZA 1BFNA 1MYRA 4AIOA 3SCOA 2CIPA 3ZIZA 3BLPX 2DSVA 4IM4A 3WUFA 2EPOA 2CKRA 1G9HA 3AZRA 1W32A 4P8VA 4CCCA 1KR0A 2VVSA 1B3ZA 3GZAA 3A47A 4MJ2A 2DQXA 1QVBA 2XSAA 1GOQA 3BC9A 3AMKA 5GNZA 1HJXA 4JFUA 4P7OA 1Q6FA 1SMAA 2OSYA 3B9AA 1BHGA 3UERA 2XM2A 4JCLA 3OB8A 3AS1A 1KCKA 5DT5A 2CITA 4ZE5A 3TTQA 2DIEA 1DEDA 1V3LA 2CHOA 1GVYA 1LL6A 3DYPA 3N1AA 3MS8A 3WH6A 1EO5A 4P7RA 3VD3A 3ARTA 4AC1X 3IANA 3PZIA 2E9LA 5A6SA 3K4AA 2PWFA 1J18A 1NWTA 1CXIA 4WJXA 1OSEA 1UWRA 5C71A 1HL8A 1Z32X 1CGTA 2EQDA 2WCAA 4ZE4A 3ZQ9A 2NT1A 2G8ZA 1JD9A 2J7CA 4AEFA 1JAKA 4UZUA 4BS0A 1NOWA 3NCOA 3GH7A 4PEEA 3DHPA 4K68A 1JFHA 3B8SA 1V3JA 1E3XA 1GZJA 2EO7A 3N11A 5E0FA 2FGZA 3LPGA 1EHAA 2BXYA 3F5JA 1SFSA 5AC4A 2YBTA 4AIEA 2OYMA 4PUDA 4WF7A 2XVPA 3L2MA 3O2LA 3VDHA 2E3ZA 4DWSC 1UOKA 4HOXA 4MNJA 2GJXA 1FH8A 1VEOA 2W4XA 4MJ4A 5FIPA 1E0WA 1VF8A 2YKKA 2DSUA 4QP0A 3WENA 7TAAA 1K9EA 3TTSA 5ABFB 3LPFA 1HKJA 2WHLA 1KGXA 5GQBA 1KBBA 4C7GA 2J7BA 2GVYA 1QW8A 1MVYA 2W66A 5IHSA 3GH5A 1B31A 5D9NA 3AIQA 1CXFA 1MQQA 5E09A 2AOSA 2BVTA 4EANA 5EMYA 1I1WA 2DH3A 4CCEA 3T2OA 2XGBA 1GHRA 2YL9A 3IJ7A 1V3HA 2FHCA 2O92A 4TX6A 3AI0A 4Q7NA 4V28A 2XYLA 5BRPA 5CPTA 2XGIA 1DTUA 1UHVA 1VB9A 4QLJA 4BQ2A 2GFTA 2ZX6A 1B3XA 3BCDA 1GORA 2EJ1A 3A4WA 3WDJA 1VFUA 2WVTA 2BXZA 2MANA 4CVUA 2D3NA 3KL0A 1B3VA 3U5UA 3VNZA 4PBGA 3MV11 1F4HA 1UKPA 1O7AA 2D20A 2Y8KA 5AYBA 1QBBA 3OGVA 1TZ7A 3SCPA 1QNPA 3BMVA 3CZLA 1E6ZA 2OWWA 5I77A 3MANA 4Z2JA 3F5LA 1MW2A 2WC3A 5FKYA 3EMZA 1C7SA 4W7VA 1G1YA 4TOQA 7CGTA 4P8WA 1EQCA 1MWOA 5A6KA 2WLZA 3EDJA 3FAWA 4HTYA 2IUZA 4WKHA 4RE2A 1IZJA 3BSGA 3MUY1 4W5ZA 2VR4A 1VIWA 3WMSA 1TMQA 3SCUA 1OGSA 3PTQA 2C0HA 2VI0A 1C8QA 2BVDA 1C90A 4WIWA 1VAHA 2CESA 1H09A 4HA1A 4DUXA 2A3AA 5I79A 5D9OA 3AHVA 4CU7A 3GBDA 2CBUA 5CLTA 1HN1A 1LL7A 5DFAA 4HU8A 2WYSA 1WDPA 4WLCA 5BWFA 5ECUA 3AS2A 1E72M 4UTFA 3ARYA 1H0IA 1J11A 1J0KA 1KR1A 1TUXA 4JZ5A 1A47A 1UD8A 2WC7A 1BYBA 5LYRA 3ZOAA 4EE9A 1B9ZA 3AIVA 3FAXA 1WZAA 1XSKA 3B9DA 4AZ5A 1AQHA 2E0PA 4CU8A 1UWQA 1W9PA 4FMVA 1LWJA 4PMNA 2ZX5A 1BAGA 3WUBA 4W8BA 1ISWA 5A69A 3WMCA 4PMUA 3SUTA 1UH2A 4MB4A 4QDMA 3SCQA 3CZGA 5A6MA 3AS0A 3ARQA 2YIHA 4J3WA 3I3BA 1UKOA 1UKSA 4M81A 3N9KA 3WEMA 1C3FA 2BV9A 3J7HA 3WNKA 7A3HA 1W9DM 4P7NA 1HT6A 1XGZA 4P8UA 1JG9A 1JYVA 8A3HA 2VCAA 2YDQA 1EH9A 3CUFA 4HPGA 1AQMA 5CPQA 2YDRA 3VU2A 4AISA 2AAAA 4CD6A 1ZU8A 1OB0A 1V0LA 2XIBA 4W87A 2WHKA 1V02A 3WQWA 3AJ7A 3BAIA 1GQLA 5AYIA 5DEZA 1ESWA 2EBNA 5HNNA 2O9PA 1GONA 3VIIA 4E8DA 5HPCA 2G41A 2ZUWA 5A95A 3ARXA 3GXMA 4OOUA 3MSDA 2E8ZA 1BLIA 1E43A 3VGDA 4OZOA 4PTXA 1WZMA 3VO0A 3F4VA 3VDCA 1RD6A 4UQAA 2FHBA 1J12A 3WH8A 2WMHA 3QOMA 1M03A 5IXEA 1ISZA 1KGWA 3L4ZA 2UY2A 4R27A 3K4DA 3RILA 3OG2A 1XC6A 4ZFMA 4RE4A 1IZKA 4W88A 4DUVA 2PF0A 1GOWA 1CGYA 1FP8A 4J7RA 1VFMA 4B3KA 1KQYA 4MDPA 2WMGA 4AIUA 5HPOA 3VGEA 1EHNA 4MDOA 1E6SM 3HU7A 2VZOA 3AFBA 3L4WA 5A8MA 1Y7VA 1B2YA 1GJUA 2PWHA 2XSBA 4GZIA 4MPKA 4XZBA 1XCXA 1X6NA 4JFTA 4PMVA 3VINA 4MADA 4HMCA 4U31A 3VOCA 5HOSA 1W91A 3WEZA 1H41A 3N17A 4AZCB 3AZSA 1K9TA 3VIOA 1ZBWA 2JIWA 3CHEA 1J0ZA 4JKLA 4QAWA 2WWDA 3TTYA 2WLYA 1ZJBA 4FLOA 4CVWA 1C93A 1E4LA 3AIUA 4F79A 4LYQA 3VX0A 3QOKA 3THCA 1Q6GA 2BFGA 4CD8A 2J47A 4AEEA 2J79A 1MXDA 1R86A 4GZJA 4MTVA 1R7OA 2YA0A 1QI5A 1UQZA 3CHCA 3CZEA 1S46A 5E6ZA 4H2CA 3VGGA 4W85A 2B31A 3VIGA 3T0AA 4JFVA 1MQRA 2WCGA 3A4AA 4MAZA 1WDQA 3ZM8A 2VX7A 1KBKA 3WMBA 2J8GA 3UETA 1HKIA 2OWXA 1WZLA 1OBAA 4NF7A 3WF2A 3T2PA 4UFJA 4PMOA 3WFZA 4HA4A 1IV8A 1KXHA 1XH0A 4Z2IA 1G01A 5CPSA 3VIFA 2GDUA 5M3WA 1L0PA 5FOOA 4BCEA 5BYWA 3BMWA 3VD4A 4W7UA 2CBIA 1ZB5A 4DUWA 1OD0A 1R85A 5JBDA 1XYZA 1W9VA 4JHOA 1W9UA 3JUGA 2WKGA 4F8XA 3AHZA 1CECA 1EOKA 1XHGA 3WD0A 3DYMA 2FDMA 1W3KA 1E1EA 5EFFA 3IAQA 2V3EA 4D6DA 3AZTA 3UG3A 5BXRA 3WELA 2ZUSA 1WDRA 1NH6A 2DDXA 1UR9A 4H8UA 4RL3A 2J74A 3IJ9A 4FLRA 2DSZA 3BAWA 5CG0A 3TOPA 1HXJA 1VFFA 1VBUA 2J25A 4ZXLA 3WEOA 1GQJA 3MUAA 4HMEA 3GNOA 3MV01 2J77A 3K8MA 1JZ4A 1JYXA 3VIMA 1J9YA 5CSYA 1FHLA 3WQ4A 1CENA 2AMGA 4N42A 4B3LA 1EQPA 1QOXA 5FL0A 2CPUA 3ALFA 1TFVA 3W28A 3M6DA 4UOQA 1UWSA 5F7UA 1WKYA 5I0DA 3VD9A 1L8NA 1PX4A 2WZEA 2GJPA 2F61A 1UD5A 4LYRA 1HJSA 1DWIM 4PTWA 3OIHA 5I5RA 4FLQA 1LL4A 1JDDA 1FFRA 4U5KA 2HVMA 1JI2A 3VM5A 3K1DA 4AZCA 2W62A 4PN2A 2X1IA 3VUPA 1QNRA 2YL8A 5D9PA 3AMCA 3VIPA 1WAWA 2CHNA 5A6BD 2OYLA 4CD4A 3KL3A 5A2AA 1OINA 3UG5A 4DWSD 3N15A 3BAJA 2WK2A 2RGLA 1XD1A 3PN8A 2CCRA 1NWUA 4WKAA 4HOWA 4AZ6A 3RCNA 2VRJA 3W4RA 4WK9A 4PMDA 3WBAA 1HIZA 5IHRA 1DWHM 2ZUMA 4GQRA 2VX5A 1XH2A 3POHA 1E6XM 4UR9A 3BAXA 1GOIA 1QI4A 3CMGA 1JF6A 3AMGA 1EA9C 4S3JA 1OGBA 5CLWA 2UY4A 1FFQA 2W91A 2VZSA 1D7FA 2DT2A 4MB5A 1OWQA 1W2VA 1QNOA 2CKSA 5CZKA 3WL1A 4AD3A 2XUCA 3D3AA 1AQ0A 4UNIA 1OT1A 3EMQA 1W9BM 1B90A 2JF7A 3WDPP 4E8CA 1HL9A 2FHFA 1JZ2A 1KQZA 5EB8A 2BY3A 3AHYA 1JGIA 5CXPA 1FA2A 4H04A 6TAAA 2A3EA 2D23A 3LPOA 1PPIA 4CCDA 5E0CA 1BPLB 3ARSA 2ZXAA 2D0GA 4LXFA 5C70A 1UG6A 4FLSA 3HJEA 2E4TA 3WNLA 2WCSA 4MB3A 1N82A 4S3KA 4JKKA 1BVNP 1PIFA 3OLDA 2G3IA 4CU6A 2XJ7A 3NSXA 1OIFA 5BRQA 1PIGA 1E0XA 2WC4A 1LLOA 3TA9A 2WZHA 3VTRA 4PMYA 1W1VA 1E3ZA 1FH9A 1RP8A 3VIKA 4TUFA 2BY1A 1UD4A 1KXVA 3GM8A 2V3GA 4GXPA 1C7TA 4H41A 3T2QA 3GNRA 4N0RA 2VQUA 2GK1A 2W67A 4U33A 3WNOA 4URIA 4WSJA 3ARWA 3W24A 1BYDA 4GPNA 2EPKX 2YA1A 2A3CA 3W26A 2VR5A 1EIBA 2WB5A 3VPLA 1V02E 1NQ6A 4TVUA 2W61A 1QI2A 1DHKA 4BQ4A 1HJQA 2NSXA 2JEQA 4W84A 2HISA 4CN1A 3AXIA 4MAVA 1NWSA 4HZ7A 2PWEA 4D6JA 1HJVA 3SEPA 1UH4A 2XFRA 3WY1A 3WF1A 4CD5A 2XWEA 2CBVA 2XVLA 2CNCA 1XSJA 4PRWA 3EDFA 9CGTA 5E9AA 3PZMA 2NW0A 5JUVA 5FL1A 2ZXDA 1DP0A 3VKKA 4CN6A 1LQ0A 5A6BA 1U2YA 3UG4A 4GZEA 1VEMA 4DWSA 2G3JA 2VNCA 2XG9A 4KH2A 3W6MA 2ZUTA 4E4PA 1B3WA 1E4IA 2YBUA 4MB1A 1JDCA 2A3BA 1UA7A 2O9RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JEP A;  3RPM A;  4QFU A;  5D8Z A;  4NSB A;  3WN6 A;  1HP4 A;  4EK7 A;  1W3H A;  1J0H A;  3T0B A;  3SCN A;  1TVN A;  2J7F A;  2WKL A;  2DPE A;  2QMJ A;  1WDS A;  1ZJA A;  1X6L A;  4U2Y A;  1R7A A;  1E0V A;  4TVD A;  2BNJ A;  1UR8 A;  4TVC A;  4QLL A;  3POC A;  5A2B A;  1CNV A;  1BF2 A;  1KXT A;  1B0I A;  2BVY A;  3ZO9 A;  1KFW A;  4UQD A;  1MW3 A;  4HA3 A;  1G0C A;  2XTK A;  3BXW A;  2A3H A;  4LGX A;  4KWU A;  2YL5 A;  2Q8X A;  2WAG A;  2BY2 A;  1J10 A;  1CYG A;  2J78 A;  1KWG A;  4PCS A;  2W63 A;  3CLW A;  4M24 A;  5DO8 A;  4D1I A;  1BYA A;  1E40 A;  4PMZ A;  4M82 A;  3L4T A;  3OLE A;  1GHS A;  4BQ3 A;  3GXI A;  3U57 A;  2GDV A;  2OWC A;  5AC5 A;  5DMY A;  2WXD M;  4HOZ A;  4CGT A;  1U30 A;  1CBG A;  4D1J A;  2J75 A;  3CZ8 A;  2VMF A;  1M53 A;  2ZUV A;  3EBV A;  1WO2 A;  3LMY A;  3PHA A;  4H7V A;  1R87 A;  3FXY A;  3VD7 A;  3M46 A;  2PWD A;  3RDK A;  5IFT A;  2VUR A;  3SUR A;  1BTC A;  1UWI A;  5AY7 A;  1NM9 A;  3N18 A;  3WD2 A;  3NSM A;  4JCM A;  1VJZ A;  4QCF A;  2C7F A;  5IDI A;  1E6Q M; 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 2DT3 A;  1PZ2 A;  1U33 A;  1E56 A;  3MU7 A;  3PTM A;  2XM1 A;  1EDG A;  1H49 A;  2ZWZ A;  1HVX A;  2VL4 A;  4BZY A;  3WQ8 A;  1GUV A;  3CO4 A;  2CYG A;  4IUG A;  3NIY A;  3WQ5 A;  2VUY A;  2PBO A;  5BXS A;  1KXQ A;  4YPJ A;  2V38 A;  4P7L A;  1RPK A;  3W37 A;  3K8K A;  3D5H A;  1C8X A;  5HBF A;  3AIC A;  3EDK A;  4A3H A;  4LYP A;  1P6W A;  5CGM A;  1BVZ A;  1BFN A;  1MYR A;  4AIO A;  3SCO A;  2CIP A;  3ZIZ A;  3BLP X;  2DSV A;  4IM4 A;  3WUF A;  2EPO A;  2CKR A;  1G9H A;  3AZR A;  1W32 A;  4P8V A;  4CCC A;  1KR0 A;  2VVS A;  1B3Z A;  3GZA A;  3A47 A;  4MJ2 A;  2DQX A;  1QVB A;  2XSA A;  1GOQ A;  3BC9 A;  3AMK A;  5GNZ A;  1HJX A;  4JFU A;  4P7O A;  1Q6F A;  1SMA A;  2OSY A;  3B9A A;  1BHG A;  3UER A;  2XM2 A;  4JCL A;  3OB8 A;  3AS1 A;  1KCK A;  5DT5 A;  2CIT A;  4ZE5 A;  3TTQ A;  2DIE A;  1DED A;  1V3L A;  2CHO A;  1GVY A;  1LL6 A;  3DYP A;  3N1A A;  3MS8 A;  3WH6 A;  1EO5 A;  4P7R A;  3VD3 A;  3ART A;  4AC1 X;  3IAN A;  3PZI A;  2E9L A;  5A6S A;  3K4A A;  2PWF A;  1J18 A;  1NWT A;  1CXI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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