3WH5A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
440
structure length
440
Chain Sequence
ERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-glucosidase
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
source organism Metagenomes
total genus 177
structure length 440
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh5A00
4W87A 4IM4A 2CKSA 2XUCA 1OGBA 1MXGA 1MQQA 4WJXA 4FK9A 3LMYA 1CGWA 3O9NA 3NSMA 3VDCA 3AZSA 5A6SA 1CXLA 2GK1B 5CSUA 2YL8A 3WQWA 3CH9A 2VMFA 4M82A 5ABFA 2IXVA 4JKKA 4JCLA 5IFTA 3M07A 3RJYA 1ITXA 1MYRA 2PWFA 2OYMA 3AMDA 4E8DA 4HU8A 3VX1A 1H4PA 3EBVA 3WDIA 4MB1A 2ZUWA 1UZ1A 5A95A 5FKYA 2XPKA 5E0CA 4KGLA 1B9ZA 3AXIA 4GINA 1NP0A 1FHDA 1HL9A 4EE9A 1JYNA 4UCFA 4ZE5A 5A6AA 4GI9A 1CWYA 1QI3A 4GZJA 4MB3A 3WNLA 1NWTA 3MMDA 3MMUA 4W88A 4Z2GA 3ZR5A 4BQ3A 4KWUA 2DDXA 3VGGA 4E8CA 3WIJA 2WPGA 4TTGA 3W26A 2FH6A 3MUIA 3AHTA 3II1A 2J7DA 3PZNA 4J27A 3I3EA 1AQMA 1UD8A 4CD6A 4CCCA 3BAYA 1UUQA 3VKKA 2W61A 4GO9A 4HZ6A 5CPSA 5LYRA 1WDPA 1KCLA 3BCDA 1UH3A 2BVDA 3N04A 1B3XA 3W53A 3W29A 1G5AA 5HOSA 3AS3A 5A8MA 3FY1A 4J7RA 4EKJA 4LX4A 1W9DM 1HP4A 1VAHA 4L4OA 3RCNA 1BTCA 2V38A 2E9BA 3EDEA 3PZQA 1K9DA 1UQYA 1JF5A 1KXTA 2BY2A 3SCTA 1JL8A 3T08A 1H2JA 3U5UA 1BVZA 5I2UA 4Z2JA 7TAAA 1U2YA 1WZLA 1QNQA 4BQ2A 2DEPA 1D3CA 3FN9A 2V3EA 2DSZA 2VZVA 3CUGA 3AS1A 4GI6A 3U5YA 1MW3A 3B9AA 4B9ZA 1H49A 1JXJA 1MW1A 1JI1A 2WXDM 3MSGA 4TVUA 1TA3B 5KEZA 4GXPA 4ZE4A 1QI5A 4PUEA 4D72A 2VQTA 3K8KA 3SURA 2WHJA 3VIMA 4MJ4A 1VENA 1V6WA 4P7NA 3WUEA 1OGGA 3RIKA 4NF7A 1J01A 2XG9A 4GQRA 5D9PA 3ZM8A 1M53A 1ZJBA 3WDPP 4EAMA 2RGMA 1QBAA 1CIUA 4W86A 1OT1A 3MUAA 1J10A 1J0ZA 3SCSA 3DYPA 3OLEA 2WC7A 3QOKA 2VQUA 2G8ZA 1W2VA 3N9KA 5C70A 1GUVA 2WHLA 2PBOA 3VIOA 1WNOA 1I75A 2E9MA 1BYCA 1XSJA 2WLYA 1OBAA 4DUXA 1BGAA 1E5JA 1UR9A 1JNDA 2W63A 2CHNA 4J3UA 4HPHA 1HKMA 1W3HA 1HJQA 4W5UA 3W0KA 4P7OA 4B15A 1C7SA 5CGTA 5HPCA 1MFUA 3AYRA 1AQ0A 4J3SA 1E3ZA 1UD4A 1TMQA 2J77A 3FHAA 2BY1A 2GUYA 2HISA 1FHLA 2D3NA 3VO0A 1AMYA 1UWQA 1J0KA 2OYKA 2WB5A 1WKYA 3AICA 3QGVA 3WQ5A 1JAEA 2GFTA 4UR9A 1CECA 1J9YA 2JFEX 4YHEA 4MADA 2WMHA 4P7QA 1C90A 3K8LA 1GQJA 4WKFA 1W3LA 2A3EA 2WMIB 2XVNA 5BXTA 4H7VA 3HMCA 3AQUA 4D71A 3OGVA 2YOCA 4XZWA 1PEZA 2PC8A 3VIKA 2TAAA 3ARVA 2DT3A 1ESWA 2ZXAA 1GQKA 3TTYA 1IZKA 1UR8A 5HPOA 3A6OA 3CHDA 2EPNA 3FHQA 1B3YA 1SFSA 1BYDA 3FAXA 4ATLA 4LYPA 5CXPA 1EA9C 2OLHA 2VX4A 3TTQA 2D2OA 5CSYA 5D9NA 1HKJA 1MW0A 1B3ZA 4IPNB 3BMVA 4WLCA 5CPTA 1W9UA 4E2OA 3LPOA 4OIFA 5E6YA 4W8AA 2G3JA 3BMWA 4D1JA 1E6SM 1C3FA 3VM7A 4AD0A 2ZUTA 1KQZA 3A4WA 3TP4A 3L4XA 3SCPA 2D3LA 4HZ7A 3TA9A 4OKDA 4HA4A 3B9EA 3MV01 4LYQA 1BYBA 4MDPA 4UFMA 4W84A 2XTKA 4U33A 4WF7A 1DWJM 4JKMA 3ZJ7A 4A3YA 2FGZA 2FHCA 1XH1A 4CD8A 4MDOA 2ZUSA 2WVSA 2DIEA 3MMWA 3CUFA 2J7FA 4FF5A 3ARXA 2DGAA 4DUVA 2OSYA 4TTUA 3OLIA 1GOMA 2VX7A 4CU6A 3W38A 4DWSB 1VJSA 3T2QA 2D22A 1Q6EA 1H11A 3WF0A 4P8XA 1HKKA 3PZOA 5A1AA 1HJXA 1E6RA 3CZKA 3N13A 3SCVA 1S46A 4MAVA 3NYDA 3VGFA 5EFDA 1R85A 3KEHA 4ZEPA 2D20A 4M56A 2DT1A 3NDYA 3IAPA 4PMRA 5A8PA 4U31A 2EXOA 1JIBA 2XHYA 4JHZA 3VMOA 2YKKA 3LPFA 4AZCB 1V6UA 2CBVA 1TCMA 5A6MA 2XFFA 1IZJA 1H1NA 4W7UA 5I23A 3RO8A 3L4YA 3NSNA 3TTSA 5EFFA 3BSHA 1CXFA 4EK7A 1HJVA 1W2PA 2XVGA 1I1XA 3PZIA 1CBGA 2DH3A 3QOMA 2VZTA 3WENA 4PMUA 1ZBCA 2IUZA 1EDTA 4P8VA 4HTYA 5C71A 4U2YA 1YHTA 1PBGA 3CIVA 3QHNA 4RE4A 3AHXA 3AIQA 4AD4A 2WMFA 2YA0A 3RM9A 4OBRA 1FH9A 1CXKA 1W9VA 2EQDA 1XH0A 3MKKA 5D8ZA 3WMCA 2EPOA 2WCAA 1U33A 1CZ1A 2WZEA 1R7OA 4KRUA 4UQBA 4M8UA 1LLOA 1C7TA 1WZMA 5JBDA 1JDCA 1KFWA 4HOZA 1QI0A 2ZUVA 2C7FA 3PZUA 5CLWA 2GK1A 4CN1A 1NARA 4HMCA 1HJSA 3GM8A 3CZJA 1XYZA 1V3HA 3GNPA 4MJ2A 4KMQA 3A4XA 1NOWA 1CGUA 4OOUA 4ACZB 2V3FA 5A6LA 2WLZA 1XD1A 4GKLA 3DYOA 4OOZA 3WD3A 1MFVA 4UFHA 1UH4A 4GPNA 3CLWA 1JXKA 1KXQA 1NWSA 3EDDA 4JFTA 2DSWA 4D6HA 2J62A 4AEEA 2D24A 3CZGA 2X05A 3DC0A 4H8HA 4JL2A 1TFVA 4HA3A 4FLOA 1W91A 2V5CA 2V3DA 1JZ7A 1EDQA 4BQ5A 3L4UA 1LWHA 3D3AA 1EXPA 2Y2WA 3OLDA 1DWHM 1HN1A 4Z2KA 3UG5A 3APGA 3VD3A 3BXWA 1CPUA 1PX4A 1E6PA 4YN5A 5TD4A 3UR7A 2Y4SA 3CHCA 5DT5A 5CGMA 5AYIA 1LL6A 1HX0A 1R7AA 3ZJ8A 2PI6A 1C8QA 3VIFA 4PBGA 3B9DA 1WP6A 3K4AA 2PB1A 2HVMA 2G41A 1ISVA 1HVXA 4CD7A 2QF8A 3L4WA 4R27A 3QR3A 1HJUA 1ISWA 1UWRA 4HU0A 4W7WA 1V03A 3N15A 1EDGA 4W8BA 1HNYA 1VF8A 3VGEA 2VRKA 4TOQA 1SMAA 2D1ZA 3SCUA 1C93A 3N12A 1TA3A 4JL1A 3RM4A 3MSDA 4AEFA 1PX3A 4BZYA 1KQYA 3RILA 5IHSA 4BF7A 4UNIA 5CJ5A 4C7DA 5A3HA 2EBNA 4AYSA 3O2LA 1E9LA 1K9TA 1TVPA 3GDBA 3AZTA 2BXYA 4K68A 1H3GA 5KZ6A 1QNPA 3T2PA 3VDHA 1SR0A 3KL3A 1NQ6A 3VGDA 3CZEA 4AZ6A 1TZ7A 1OD8A 3OZOA 2A3CA 3PZMA 4X0VA 4P8UA 3AS0A 2WYSA 2EJ1A 1TUXA 1PIFA 3G6MA 4QLLA 1JYXA 5JBEA 4UFKA 3T2OA 1V0KA 1KB3A 1VFUA 1WZAA 1E0XA 3WEMA 1CYGA 4PMNA 1UWTA 3KL5A 5M03A 5D4YA 1XSIA 1MWOA 3SUWA 2WANA 1E6QM 3WSUA 3WDQA 1Q6FA 1GHSA 1XH2A 4MNLA 3VGBA 2AAAA 1FH8A 1J18A 4PMXA 1V08A 5FIPA 5FL0A 1JFXA 4V28A 3T0BA 3VIPA 5BXRA 2VR4A 1XC6A 4HMEA 5DEZA 2AOSA 3ALGA 1NP2A 4U3AA 4CN6A 3N1AA 3F5JA 1UKPA 5JIWA 3VDAA 3VNZA 4PRWA 4PMZA 3AIVA 5BRQA 1QNRA 2WMIA 3LPPA 2J78A 4LXFA 1JFHA 3ZT5A 5LA2A 4IUGA 4JIEA 2J7CA 3WF2A 3OG2A 1EO5A 1J0YA 4QCFA 4F9JA 2J7BA 2C0HA 1V3IA 1GZJA 5A94A 3E1F1 4TX8A 1UD5A 4ATDA 2BY3A 2YDSA 1L0PA 2YIHA 3AMLA 2X0HA 1XHGA 2XVLA 2ZX9A 1UOKA 3CMJA 4AIEA 4QAWA 4F79A 2GJXB 8A3HA 5AYBA 3TOPA 3WDRA 1G9HA 3PN8A 3CUIA 2E0PA 1PAMA 1WAWA 3WH8A 4D6CA 2CXGA 3WF4A 1JAKA 1CGXA 1R87A 4TVCA 4UOQA 4PCTA 1HIZA 2PBGA 1W9PA 2VR5A 2YJQA 5A2CA 4P8WA 1O7AA 4R5EA 2NW0A 1UR4A 2J4GA 3VD4A 1VEOA 3WY1A 2EEXA 2W67A 4CKQA 3O6AA 1FP8A 1VIWA 4J28A 3BLPX 5I24A 2WVVB 3ARPA 1LL7A 3WEOA 2NT1A 4PSPA 1G1YA 3ZT6A 3AIEA 1WDRA 2ZX5A 1E56A 3W37A 3VIGA 6CGTA 4MB5A 1BYAA 4DWSA 3WEZA 4OZOA 5FL1A 1KWKA 1ZL1A 2J8FA 3RMEA 3WNKA 3MV11 1TE1A 1VBRA 3GZAA 1VJZA 3WQVA 1V0NA 2EPKX 1UH2A 1ODZA 3OLGA 2OWCA 1GVYA 1HVQA 3WUFA 3L4VA 2CESA 2X1IA 1JI2A 2ZX8A 3GXDA 3GBDA 5CLTA 2PWDA 3GNOA 1ISZA 1JZ6A 2JALA 2VZUA 3AXHA 3K46A 3AIRA 1JZ8A 5HNNA 1B1YA 4NI3A 4AZCA 4H41A 4DWSC 1G01A 1TVNA 4FLRA 1Y7VA 4PMYA 3G6LA 4IPLA 4JHOA 1PIGA 5DFAA 4HPGA 1DWGM 1JF6A 3DECA 3ZO9A 5GNYA 4RE3A 2FHBA 3BAIA 1WDQA 3ARUA 2G3NA 4DWSD 5IDIA 2YL9A 3GH4A 2J7GA 1VFMA 3WQ4A 2UY4A 2J75A 1ZB5A 2XYLA 3U7BA 4WKHA 1FFQA 4ZFMA 3AIUA 2XGIA 5DT7A 5FD0A 3WQ6A 1E70M 3CMGA 4P7RA 3WUBA 4BQ4A 3PHAA 1PPIA 4W85A 4AWEA 3GYCA 1V3JA 4Z2LA 3WNMA 3ZSSA 1WE5A 4X0NA 1M01A 1Q6GA 4MB4A 1N82A 1CNVA 1EQCA 3WD0A 2JEQA 4ZXLA 4CUCA 1Z32X 4KRTA 2B31A 3AJ7A 1JG9A 1BAGA 3BAKA 4FLQA 1UKTA 1KGWA 3CUJA 3AYSA 8CGTA 3VTRA 2ZUMA 4UOJA 5GNXA 2VL4A 1EOKA 4CD4A 4J3WA 1ODUA 2YLAA 2Y5EA 4AD1A 3A4AA 1XYFA 2OSWA 4LYRA 2O9TA 2X2YA 3HJEA 4ACZA 4E4PA 3UEQA 2WKGA 1QPKA 3WH6A 4UFJA 3WL0A 4QLJA 1UR0A 5HXMA 2VCAA 3BLKA 1KWGA 1B3WA 3NDZA 2GJPA 1K9EA 3F4VA 2XIBA 1JYVA 4D6GA 4PMVA 1I1WA 1QHPA 1M7XA 4PTXA 3WF3A 4QCEA 5D8WA 2J8GA 1UWUA 2W92A 3MS8A 1CTNA 5DMYA 2ZE0A 2WKLA 1VBUA 3AS2A 1KCKA 1RP8A 2BFGA 3POCA 3UG3A 1H09A 3VILA 2DT0A 1BGGA 1UYQA 5GNZA 1DEDA 3L2LA 1W32A 2WVUA 5GQBA 1E4NA 1XV8A 3W81A 2AMGA 2E9LA 2JEPA 3AFBA 4BCEA 3ECQA 5E09A 3WF1A 1Q6DA 3GXIA 1E55A 1UA7A 2BV9A 4AC1X 1NWUA 2DPEA 4CD5A 5A6KA 3WH5A 4M1RA 1UD6A 3PTMA 4CN4A 2QV4A 2YL6A 1J0HA 4B9YA 3OBAA 1JZ5A 1VFOA 2XVKA 1V6XA 1EGZA 1RPKA 1RD6A 2QHAA 2YBTA 3W6LA 2E8ZA 1GW1A 2UWFA 3AIWA 4ATWA 4AZGA 4U2ZA 3AMKA 1V3LA 1NH6A 1E43A 1KBKA 1KBBA 1LF1A 1BFNA 3SCOA 1HP5A 1GHRA 1EHNA 2J7EA 3KE0A 2J47A 3K4DA 5E70A 1OD0A 1OIMA 3GH5A 3ARWA 1BQCA 5BXPA 5BYWA 5IFPA 4J3VA 4URIA 2CCRA 3OIHA 1E4IA 1E73M 1CXHA 3RPMA 4UQDA 3CBWA 4QFUA 4MNKA 4UOZA 1DWFM 2VUYA 3OB8A 2EPLX 1E6ZA 1QNOA 4NZCA 1V6VA 3RJXA 4RL3A 3S6TA 2VZOA 4MPKA 4U3CA 1ZBWA 1MQPA 4C7FA 3IANA 4FMVA 4CCDA 2CKRA 2UY3A 3CPUA 2G3MA 3VD5A 4ZENA 3POHA 2VX6A 1ISYA 4XV0A 4JFUA 2FGLA 1UR1A 3SUSA 5I79A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4W87 A;  4IM4 A;  2CKS A;  2XUC A;  1OGB A;  1MXG A;  1MQQ A;  4WJX A;  4FK9 A;  3LMY A;  1CGW A;  3O9N A;  3NSM A;  3VDC A;  3AZS A;  5A6S A;  1CXL A;  2GK1 B;  5CSU A;  2YL8 A;  3WQW A;  3CH9 A;  2VMF A;  4M82 A;  5ABF A;  2IXV A;  4JKK A;  4JCL A;  5IFT A;  3M07 A;  3RJY A;  1ITX A;  1MYR A;  2PWF A;  2OYM A;  3AMD A;  4E8D A;  4HU8 A;  3VX1 A;  1H4P A;  3EBV A;  3WDI A;  4MB1 A;  2ZUW A;  1UZ1 A;  5A95 A;  5FKY A;  2XPK A;  5E0C A;  4KGL A;  1B9Z A;  3AXI A;  4GIN A;  1NP0 A;  1FHD A;  1HL9 A;  4EE9 A;  1JYN A;  4UCF A;  4ZE5 A;  5A6A A;  4GI9 A;  1CWY A;  1QI3 A;  4GZJ A;  4MB3 A;  3WNL A;  1NWT A;  3MMD A;  3MMU A;  4W88 A;  4Z2G A;  3ZR5 A;  4BQ3 A;  4KWU A;  2DDX A;  3VGG A;  4E8C A;  3WIJ A;  2WPG A;  4TTG A;  3W26 A;  2FH6 A;  3MUI A;  3AHT A;  3II1 A;  2J7D A;  3PZN A;  4J27 A;  3I3E A;  1AQM A;  1UD8 A;  4CD6 A;  4CCC A;  3BAY A;  1UUQ A;  3VKK A;  2W61 A;  4GO9 A;  4HZ6 A;  5CPS A;  5LYR A;  1WDP A;  1KCL A;  3BCD A;  1UH3 A;  2BVD A;  3N04 A;  1B3X A;  3W53 A;  3W29 A;  1G5A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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