3WJZA

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase d75n mutant from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 83
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjzA00
4FX6M 2P0OA 2FQIA 2JBMA 5G5IA 3S9YA 4DXVA 2ZZ6A 3GXNA 1VZWA 2EF9A 3STCA 2I9EA 3OEXA 1GVFA 3LHWA 1A53A 2QJGA 4O16A 2ZRYA 3HG5A 4J9JA 3QC3A 5CZTA 4ONVA 3GX9A 1ADOA 3S5OA 1YDVA 2A2IA 4UFLA 4MZ8A 1K3UA 4O1DA 3O07A 4IPJA 3LHZA 1SU5A 3E96A 1FWNA 3UWYA 3W7HA 1X1ZA 4IXHA 3TUUA 2WNQA 4NJGA 3R2GA 3DH7A 3RMJA 3L65A 3PUDA 3OIXA 4WQ6A 1YXCA 2HS6A 2OT1A 1TJRA 3W1PA 5L9FA 3SIZA 4HHPA 3MWAA 3Q37A 4P2VA 3M41A 3F4WA 5AHLA 3R5EA 1TV5A 4R34A 1KLZA 1DJNA 4JTSA 3SSJA 1HG3A 3BGGA 4IX0A 3RF9A 3ATZA 2D73A 1GZGA 1VHNA 2JKEA 3SI9A 3DI1A 5LNVA 2G5WA 3BLEA 1AMKA 2QF7A 4O11A 2E09A 5CPOA 4QSHA 2Q3RA 3TIMA 4UFIA 3BARA 1A5CA 3W87A 2Z2UA 3DU0A 1G6CA 1LOLA 3NO5A 4WD0A 1NFBA 4TU1A 4NNCA 3W1TA 2CZEA 2NUXA 1L6SA 4MUZA 4LRTA 4GUGA 5L6UA 1F74A 3E9AA 3NZ1A 3CB8A 1FCVA 4JIPA 4PCFA 4OBTA 5AYYA 4LWWA 3EWWA 4IOTA 4FNSA 2C16A 4DO6A 1RQEA 1ZENA 4N9CA 4Z1BA 3RK8A 1JQXA 1W3TA 3UPBA 3M44A 3F1QA 3GB6A 3T40A 2QCMA 3A23A 3EX1A 1C9DA 2ZTKA 2TPSA 5FEPA 4UC5A 2X1SA 3QYQA 3W83A 5AC8A 5CPLA 1TPH1 1HO4A 3BG5A 2NUYA 4ZQMA 4IMGA 5G2IA 3QF0A 1ICQA 2O7QA 1LRQA 3LRKA 4RXFA 2VC6A 1IIHA 3O16A 3QPZA 1OFOA 3O05A 4IUOA 3W7RA 2ZA2A 5I3HA 2G97A 3VE7A 1I2OA 2EHHA 2QDHA 4XZ9A 4IPIA 4WOZA 3CWNA 4KFOA 3P61A 1OF6A 4R33A 5KINA 3MI6A 4TIMA 4O0KA 1JCXA 1TTQA 4XUGA 2A21A 3WJWA 5CSSA 5TIMA 3HGSA 2VOMA 3IIXA 1H1YA 2BX7A 2JK2A 4BI7A 2QAPA 3AO0A 1R47A 4AMAA 1TPFA 4N2YA 2V2CA 2OT0A 1TPB1 1O5KA 5FF7A 2ABAA 1F76A 3NQ8A 1OX4B 3MYPA 1TPWA 3PC0A 3QJAA 1DKWA 3HG2A 4CNOA 3NAVA 1FQ0A 3WK1A 4MVAA 5CPMA 3ABOA 4NJHA 1L9WA 3WK0A 3ZS4A 3NQ7A 3WJXA 1FY6A 3NOEA 3TSBA 3I65A 4LVBA 4AXKA 2YW3A 3LRLA 3FA5A 1T8XA 3DHFA 2QCCA 1EP2A 1MO0A 3EXTA 3G0XA 3I68A 3W1NA 1RD5A 3N9SA 3THQA 1H51A 4ORIA 1G7UA 4UTHA 1FWWA 3NZRA 1TQXA 3TSMA 1FDZA 2DZPA 4CQ9A 4O19A 3MYOA 5SWUA 4AEOA 1KM1A 3G18A 2JKAA 4PL1A 4MLJA 1A5SA 1JQVA 5HWMA 1T0OA 1TTJA 2YDAA 3HGJA 3DHDA 1RQHA 3W76A 3BW3A 1RVGA 3P84A 4MKNA 2EAWA 1OYAA 3NG3A 2AQWA 3IIZA 1KFJA 2FB2A 3NDOA 2FTPA 2I1OA 1JUBA 3G1SA 2ZZ4A 4HPXA 5BRBA 4UTUA 3NQEA 4JTEA 4L4MA 3O1NA 3MW7A 3P5YA 1ZCOA 1TPVA 1S5TA 1E51A 1XDLA 2RDWA 4JTHA 4LVGA 3KVKA 4GUFA 3IIPA 4M6QA 4JTLA 3LGEA 4BWLA 4Y8FA 4LVAA 1Z48A 4Q33A 2DU2A 3BLFA 3S0CA 2C19A 1V5XA 2V0TA 4WUIA 3G1DA 1P0NA 4XWUA 4O10A 4U4MA 1UB3A 4EF9A 3THAA 2TRSA 3W1RA 4DQWA 3CT7A 2QJIA 5MHBA 3WFAA 4OGZA 4BWLC 2JGQA 4AB4A 2VKZG 2CWNA 1OABA 3B03A 3INPA 2H3BA 1DV7A 3STEA 4RKAA 3LBCA 2NUWA 1XUZA 4NX0A 3UY7A 2E5CA 1VJIA 5EA9A 2A85A 3VCRA 1C8VA 4CCEA 4O1CA 5E1QA 1J4EA 3VNDA 2J6XA 2V81A 4JTKA 2QJHA 3DKJA 1T99A 4JY8A 2VELA 3W88A 3L66A 2QCHA 7TIMA 4FNRA 4DEFA 4ZQNA 4P61A 2WSQA 2NV2A 1RZMA 4UR8A 4CLMA 1IGSA 3TW6A 4IQLA 1Z44A 2CLHA 1EP3A 1WDWA 4TMCA 1JR1A 3IRDA 3TFCA 4AF0A 1TJPA 1FUYA 5F1VA 1SFLA 4YCPA 2A7NA 5D32A 1DJQA 3R8RA 4GC4A 4FNQA 2XN0A 2DZWA 3GR8A 4X22A 2P10A 2ZZ5A 3W3OA 3N3MA 4O0ZA 1GTHA 1VLWA 1M7OA 3KXQA 2ZA1A 3L9CA 4A21A 1H61A 2C15A 2VEPA 4O28A 1I8JA 4LC6A 4AH7A 1QPRA 3KHJA 2CLKA 2X16A 5AN7A 5D2TA 1XM3A 6TIMA 1F7BA 4AWSA 3AJXA 4UFHA 1QNVA 1H7OA 2FPVA 3BVJA 3PBUA 4K7VA 1W0MA 2Q8LA 1YTEA 1W8SA 1BWKA 1S5WA 1XBXA 4I7WA 2YCEA 1KBIA 4BFAA 1YTDA 1QDSA 3TV8A 4DF2A 1U5JA 1GG1A 3IGUA 5C54A 1OK6A 3B8DA 4O15A 4ZMGA 4KWVA 3CIWA 1EP1A 5LGXA 3G1HA 3NQGA 4XBSA 3W2NA 3IIVA 4UMBA 3N73A 3L0KA 3L5LA 4EVZA 4JS3A 1YDNA 1UUMA 2C14A 4MLRA 5EY5A 5HR7A 1F73A 1VHCA 5CZ0A 4Z0JA 1EA0A 1TO3A 3W22A 5LHEA 3W1AA 4HNVA 2BTMA 4JEQA 4LNYA 5HWJA 3FYOA 3S5NA 2KZHA 5EL1A 2FFCA 5D2VA 1ZALA 1M5WA 4TMBA 4LVFA 2BSLA 3DENA 3FYPA 5HNRA 3PB0A 4HKPA 3ATYA 1JUEA 2GQ8A 1IXNA 2Y63A 3QMTA 5CZJA 3W23A 3QW4B 1IIGA 3LDVA 3PBVA 3LLFA 2WQPA 1FDJA 3U6WA 3W7PA 5K3VA 5DCBA 3G1XA 5EBUA 1CI1A 4WY0B 1R2RA 5K2ZA 1NF0A 1M7PA 2VFDA 4JD4A 5DELA 3TU9A 1ICPA 2VENA 1TQJA 3FIGA 5ABTA 3P7YA 1N8FA 4FHAA 5I3FA 3GIYA 3NL6A 5IBXC 2AAMA 2QKFA 4O12A 1NF7A 2Y70A 3CWOX 2RH9A 1LRTA 2H90A 3NR0A 3WJYA 4DELA 3P80A 5LZLA 4QNEA 2FB3A 4GBUA 3NQ6A 2ZZ2A 2I14A 3EWZA 3IGXA 3TK7A 4RK8A 3M43A 3E02A 3PAJA 5D2WA 3LI1A 5FEWA 1P1XA 3PSVA 3KVJA 4K36A 3UD6A 2NZLA 1WXJA 1W37A 2BZNA 3QMSA 2J9ZA 4IJBA 1YXDA 5H91A 1KM2A 3P8IA 4O17A 3BK0A 4RV8A 2H3DA 4X9SA 4LY8A 5U4NA 4FX8A 3A24A 3GLCA 3ABSA 4Y9AA 2YYUA 2ATMA 3L67A 4UTTA 3EKLA 4PH6A 1OJXA 5F2GA 2C1HA 2BLEA 3DKLA 3C4UA 5F2LA 4BF9A 4LUJA 4M6VA 4UTWA 1XDMA 1B4EA 1GVSA 3C2VA 4IWWA 5D2YA 1NEYA 1ZY9A 5I3GA 4JYDA 3STFA 3G8RA 3M5YA 3NEVA 5FF4A 2NXIA 2VFFA 1B3OA 4LVDA 3S1VA 3WJZA 1LZOA 4UTTC 3EX2A 4TR9A 3NVTA 3GDMA 3EWXA 4TO8A 5D02A 3W2KA 1EWDA 1QAPA 1YDOA 3FKKA 3SGZA 4G1KA 4M7SA 4ZQRA 1OYBA 3LCWA 2F84A 3DFOA 4UTWC 1ME9A 2B0MA 1W5OA 1I4NA 3N14A 2DJXA 1LYXA 3GDKA 4UIOA 2ISSA 3UY8A 4OV4A 3H53A 1Q45A 1QPOA 4NNBA 1G4PA 3TMQA 4JNMA 1A5AA 2ZBTA 2VFIA 2WPBA 1AW2A 2HS8A 1X7FA 1ZHAA 4GFSA 4A29A 1ZAJA 4O57A 1K02A 3LRMA 4ADUA 1H7WA 1LP6A 1PCKA 2V2DA 3A5VA 3LCIA 2YR1A 3C3NA 3ELFA 3S6DA 4JYEA 1OFAA 3CEUA 4M7TA 5HWNA 3FJLA 4M19A 2ZRVA 3EWUA 4YLWA 5J5DA 3HMJG 3LM7A 2GQ9A 5KITA 1LLZA 2ZZ3A 1GVRA 4GUJA 4YL2A 3QFEA 4GJ1A 3LV6A 1GEQA 4LC8A 3PG8A 4NU7A 4MPQA 1TPC1 5KZDA 1TREA 4B5NA 1UCWA 3NGJA 5BNKA 3PM6A 3W7EA 2GUUA 3B0PA 2A6LA 3GXPA 3HGRA 1LTDA 2QDGA 4CQ8A 3UYCA 1KM3A 1B57A 3NQMA 3PWAA 3B0VC 2FJKA 4JTTA 2DZUA 1FDYA 1FXQA 4IMCA 1I2RA 3C2FA 5LSMA 2EKCA 1Q6QA 3Q94A 3DI0A 3TKFA 1WBJA 4N6FA 3GR7A 4EOUA 2A5HA 4I7VA 3A21A 4MOZA 2E1DA 5AC6A 5BMXA 3LHYA 4FXRA 4D2JA 2YGYA 5DY3A 5D05A 4JY9A 4JYFA 5E93A 1RV8A 1LROA 2QCLA 3P82A 4A22A 1VCVA 2QAFA 4JICA 2NLIA 4AF0B 4A2SA 1TPEA 3NQDA 4N9DA 1QWGA 3KAOA 2C3ZA 4UFKA 3DFTA 5U7SA 1OX5A 3UWWA 3GAYA 1LM1A 2QCNA 4XTDA 2HMCA 3MHUA 4BI6A 4QISA 1SZFA 4AAJA 4RCXA 1S5VA 4LRSA 3QQ1A 3LCHA 1H5YA 1AG1O 4TX9A 4ML9A 5AB3A 3IVTA 1TPUA 1GTEA 3O6DA 4WY0A 3WJSA 3C2EA 1OG0A 2Z6IA 1DQWA 4CCDA 4MY8A 4QQ3A 1SR9A 3QSRA 3TROA 3RLUA 2O7SA 1HO1A 2WNZA 2ZQ0A 4M6PA 3EEGA 5K9DA 4AWUA 4GUHA 4PFMA 1DHPA 4EIVA 4OQVA 1JJKA 3DBPA 3UQNA 4MFEA 1DORA 1KTBA 5CZSA 1TTIA 1EWEA 4WX2A 5EKYA 3GDLA 4QJ1A 3SR7A 2B7QA 3LCFA 2VFGA 3CIXA 2JKPA 1LOQA 1IXOA 3G24A 4O52A 3IIOA 2XN1A 4NJKA 3BPWA 3I7SA 4R53A 2ZZ1A 1VC4A 3NL2A 2J9XA 3W2MA 1ZAIA 1TRDA 1FX6A 4JIQA 4MZ1A 4FO4A 1UASA 2A4AA 1H7RA 5LGZA 2VEKA 1SW3A 2RKXA 3MUXA 2J24A 5DBUA 4O18A 3EX4A 2ALDA 4KWWA 3MI2A 2E5DA 4IXXA 3UZJA 2G95A 5CKSA 1TPDA 1GOXA 2ZRXA 3MO7A 3LTSA 1TSIA 3DZ1A 4DBEA 2ATSA 1ZNNA 2ZRUA 3TXVA 1O4UA 5A8GA 4UUIA 5K4XA 3FS2A 1V7YA 1SW0A 1YXYA 2Q3OA 4ZVJA 3WK3A 2IQTA 4JX5A 3SJ3A 2A6NA 2CLEA 3GNNA 3W74A 2PCQA 5BMWA 2W6RA 3TH6A 1WAUA 5D09A 3O63A 3TE9A 3L0GA 1R46A 4ADSA 1Z42A 3VKJA 1H1ZA 4UMAA 4JN6A 3M6YA 2NV1A 5AHNA 4FNUA 2QCEA 4QM1A 4HNUA 4K8EA 4WJEA 1KFLA 2G96A 5DXXA 1D3HA 5D37A 2Z6JA 2ZA3A 3S1WA 1LBFA 2PRLA 4BK9A 2CZ5A 1PL9A 5EPDA 2QR6A 2WV8A 4UTKA 2X30A 2Y85A 2A7RA 3DFSA 2YX0A 4IX2A 1XI3A 2R14A 1G4SA 3ZWTA 3NQVA 5BOOA 4K8HA 3P8JA 5F2IA 5AYXA 2CU0A 4JTIA 4JTGA 1VR6A 3W7DA 4Z08A 3L5MA 3PVFA 3PULA 3LCLA 2WJZA 4DF1A 3W86A 4CNPA 2A7PA 3MBFA 1G4EA 1SO6A 1K03A 3E49A 5LNWA 3GXTA 1QMLA 5HUPA 3IVSA 5HUOA 2OZ0A 5G2WA 5AHMA 1MXSA 3T7VA 1QPQA 2H8ZA 4JTJA 4OHQA 3P62A 1XBZA 1ICSA 1KFEA 2X2GA 3A5FA 2DP3A 2ISVA 3TJXA 3PBWA 1OF8A 1XL9A 1JCJA 1GWJA 1XC4A 2VEMA 4A3UA 4QITA 3KRSA 3TMLA 1PS9A 3EKZA 4JDYA 2GPTA 3W7KA 3ABRA 2B7PA 1HFBA 2F7FA 5I3JA 1DQXA 4RJEA 3EX6A 4Q4KA 1JVNA 5F2MA 5KTLA 5G1YA 4Z0SA 3B05A 1G4TA 1XCFA 3L5AA 1N7KA 4S2BA 3M16A 4OWGA 4LS0A 4NUWA 3L21A 5HJLA 1EX5A 2Y7DA 3V75A 3CHVA 1L2UA 3MBDA 3S5YA 2X1TA 1DVJA 2C13A 3NQCA 3W75A 3OHIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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