3WMB | Genus

Total Genus 190

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	190
sequence length	572
structure length	572
Chain Sequence	EDVVWRWSCDNGKCVKLKNDPRSSEPALSLEACKMFCNEYGLLWPRPTGEADLGNFLSKINLNSIEVKILKKGATDDLMEAAAKRFKEQVSLAIPRGSTPKLTGKAVDVYLVNENPNEKAFSLEMDESYGLRVSPSGADRVNATITANSFFGMRHGLETLSQLFVFDDIRDHLLMVRDVNISDKPVYPYRGILLDTARNYYSIESIKRTIEAMAAVKLNTLHWHITDSQSFPFVTTKRPNLYKFGALSPQKVYTKAAIREVVRFGLERGVRVLPEFDAPAHVGEGWQDTDLTVCFKAEPWKSYCVEPPCGQLNPTKDELYQYLEDIYSDMAEVFDTTDIFHMGGDEVSEACWNSSDSIQNFMMQNRWDLDKESFLKLWNYFQQKAQDKAYKAFGKKLPLILWTSTLTNYKHIDDYLNKDDYIIQVWTTGVDPQIKGLLEKGYRLIMSNYDALYFDCGYGAWVGAGNNWCSPYIGWQKVYDNSPAVIALEHRDQVLGGEAALWSEQSDTSTLDGRLWPRAAALAERLWAEPATSWQDAEYRMLHIRERFVRMGIQAESLQPEWCYQNEGYCYS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Beta-hexosaminidase
publication title	A crystal structure-guided rational design switching non-carbohydrate inhibitors' specificity between two beta-GlcNAcase homologs pubmed doi rcsb
source organism	Ostrinia furnacalis
total genus	190
structure length	572
sequence length	572
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2013-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF14845	Glycohydro_20b2	beta-acetyl hexosaminidase like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3wmbA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	3wmbA01

4KH2A 1FHLA 2VT0A 2BVDA 4P8VA 4GPNA 2OYKA 2HISA 2ZUWA 5HXMA 1QHOA 5C71A 3O9NA 2PB1A 3VTRA 1XGZA 3N17A 2VZOA 4Z2IA 3OG2A 2XFRA 3SCSA 5CGTA 7A3HA 2PWHA 5KEZA 1BYBA 4OOZA 2DSZA 3DYPA 2J7HA 4URIA 3THDA 4JFSA 3GH5A 1SR0A 2QF8A 3A6OA 5M5DA 4M8UA 2DSWA 3O2LA 3WQ8A 4XUYA 1ZB5A 3KEHA 4Y7EA 5E0FA 3W81A 3WH7A 1UA7A 4EE9A 3RIKA 1C7SA 4L4OA 3BH4A 2DGAA 1GOOA 3N18A 2DQXA 2WCAA 4UZSA 5BRPA 1OCQA 2X1IA 3DYMA 3QHMA 4TTGA 3LPPA 1JDDA 1NOFA 4W8AA 4YPJA 1MXDA 1UUQA 4KRUA 2WMFA 4MB1A 1HNYA 2VTFA 1C7TA 1LL7A 1LJYA 3MKKA 3CTTA 5FIPA 1KR1A 1OGBA 1CZ1A 1J0JA 2WMKA 4UTFA 1ISVA 1AQMA 1UH4A 3EMZA 2VZVA 3PTQA 4WLCA 5A3HA 4CKQA 3WDIA 1VJZA 4JHOA 1E6QM 1XRVA 3DC0A 4UNIA 2OWWA 4F9DA 1DP0A 5HOSA 3U5YA 2TAAA 3AIQA 2YDQA 1IV8A 1OB0A 2VCBA 3B8SA 1TZ7A 2BHYA 2G3JA 5FOOA 2VR5A 3VIFA 2GK1A 4OIFA 3SCRA 2YL5A 4GQQA 1TG7A 1V02A 1DWHM 2W5FA 1NP0A 3AIEA 1NP2A 4UFJA 2UWFA 5CPQA 3WIJA 1X6LA 2CKSA 1ZL1A 1MQQA 2IUZA 1NOUA 3ZT6A 1XC6A 4MNKA 1WZAA 4AD0A 4HMCA 4M56A 2E9LA 1DWGM 4WSKA 3ZJ8A 2HVMA 1W1YA 1IT0A 2F61A 3AIBA 5A8MA 4TX6A 3VIGA 4W86A 3WDQA 1CGTA 3K4AA 2V3EA 4J27A 2GDUA 2X09A 3NYDA 2J7GA 4AD3A 5ABHA 3A47A 3OLIA 3L4WA 3WD0A 5D8ZA 5BXSA 1C90A 2BXYA 4NF7A 5ABEA 3ZT5A 1WZLA 1DEDA 1OGGA 1GJWA 3CUIA 1MW2A 2ZUMA 1GQKA 3GNOA 1BAGA 1I1WA 1HXJA 1XSKA 3WF3A 2ZUVA 3W29A 2YBUA 1UH3A 5GNZA 4ZXLA 2J78A 4MNJA 4J3VA 4TXEA 2WANA 2WYSA 2ZOXA 5GQBA 3FAWA 4BQ5A 1NWSA 1H5VA 3U7VA 3GBDA 5C70A 1QHPA 3WNOA 5AYBA 2D22A 2YDSA 2CXGA 3AMLA 4WIWA 1W9UA 1CXLA 1TA3A 2C7FA 3HMCA 3W0KA 4BZYA 1J0KA 1V3JA 4U5KA 2D0HA 2X0HA 3VGFA 4DUVA 2XSAA 2BHZA 3IJ7A 4AD2A 1QI2A 3CBWA 2ZIDA 3GXIA 5AY7A 1Y7VA 3WUBA 1JFXA 1GVIA 1KGUA 3UESA 4CVUA 1CTNA 1ZBCA 2ZWZA 3G6MA 3ARQA 1WE5A 5CPSA 1BYAA 4HOWA 1DWJM 4JCLA 1KFWA 3KE0A 3HJEA 4AD5A 4TVDA 2JF6A 3RM8A 3TONA 3B9EA 2CESA 4HZ7A 2VC9A 4IPNB 2Y8VA 2ZXBA 2W4XA 1DHKA 1H1NA 1W2PA 3IK2A 1C92A 1EA9C 1V3KA 2F8QA 2OYLA 3CHDA 1U33A 2CETA 2YKKA 4PSPA 2WC3A 4UQDA 4JZ5A 1GCYA 1VEOA 3CLWA 1V6VA 3AMKA 3PZIA 3WUEA 1OINA 2W62A 3PTMA 3OGSA 2FGLA 2VUYA 3K46A 1E4MM 2EPOA 3B9DA 1E6PA 3RO8A 4TX8A 2Y24A 1GW1A 3WDHA 1W9XA 5BRQA 1QPKA 2GK1B 5EBAA 3SUUA 3AZTA 1UD3A 5BROA 3BAKA 1MW1A 2EJ1A 3WDPP 3VD4A 3OBAA 1UWRA 4NRSA 4JAWA 1W91A 3WDJA 1V3IA 1L0PA 4MAZA 1HJQA 1QOXA 1BFNA 1KCKA 1UR8A 1NWTA 2XPKA 3N11A 1LL6A 4C7GA 4HP5A 2WWCA 1BYDA 5A6BD 1B0IA 5A8OA 4GIAA 4FLQA 3W37A 5HBFA 4PYSA 2CHNA 4U3CA 4CU6A 1V6UA 2VZSA 2QV4A 2EPKX 4S3JA 3A4XA 1M7XA 3N13A 3SCOA 3A4AA 4ATWA 3AHYA 1CEOA 3APGA 3ALFA 3WNPA 2JEPA 1GQIA 5JBFA 1H2JA 3MMDA 4P7NA 5ABGA 2DT0A 3WF0A 2OSXA 5BXTA 2WLZA 3OA5A 4XZWA 3WUGA 1MFVA 4D6CA 3NJ3A 5A6SA 1TVPA 3BCFA 4KWUA 1PPIA 2ZXAA 1GZJA 3CO4A 4U31A 4V27A 1IZKA 5EMYA 4W5ZA 1MW0A 1VFUA 2WHLA 2DT1A 4GO8A 4GI6A 2DIJA 3OLDA 4OBRA 4CVWA 4W88A 4JCMA 2VX6A 2VQTA 3HU7A 2V3GA 1UHVA 4OJYA 4OOUA 4B16A 1HP4A 4UR9A 3SCVA 1C3FA 1ODZA 4AZ5A 2BY1A 4DWSA 1V03A 3EYPA 2ZX7A 3UERA 3WEOA 4JFTA 3SURA 3T2OA 2ZX5A 1H0GA 4F66A 2BY2A 3WD1A 2XUCA 4LYPA 4DM1A 2IXUA 1ISWA 1S46A 3OB8A 3F5JA 4P8XA 4HU8A 1ZU8A 1G01A 3PZNA 1DTUA 2E0PA 1W9DM 2D20A 4ZE4A 4CD8A 2G3IA 3W4RA 1AVAA 3IANA 3VX1A 4JIEA 1I75A 2JEQA 3QHOA 4HZ8A 2YA2A 1JNDA 4FLSA 1R85A 4S3KA 1XCWA 5FL1A 1V6WA 2WC4A 4PRWA 4UQBA 7TAAA 1WZKA 1M01A 4W93A 2XVPA 5I2UA 1LG1A 1D7FA 1R7AA 1VBUA 5AC4A 2PBGA 3LPGA 2G41A 5DO8A 4AMCA 4MDOA 4P7LA 1E9LA 1QBBA 1IZJA 3WH8A 1JYNA 3PZUA 4PSRA 1UG6A 3WF2A 3W24A 2PWDA 2YL6A 3AIUA 4OKDA 3ZSTA 2XM2A 4AD4A 4PBGA 3EDJA 1JI1A 4K68A 1HVXA 1QI4A 3MU7A 1CENA 3MV01 2RGMA 2XSBA 1SYTA 5IFTA 3WF4A 1NOWA 1V0LA 4CN6A 4JHZA 4BCEA 1UD6A 2WM0A 3VVGA 4ZE5A 1UKSA 3AS3A 2V38A 1E4IA 1HX0A 2JIEA 3QOMA 1MXGA 3AJ7A 1X6NA 2V3FA 4M1RA 4NI3A 3WF1A 3ARPA 2XVKA 1E56A 2WMIA 4DUWA 5I78A 3CHEA 5HNNA 2ZUTA 1LWJA 1Q4NX 2PWGA 4J3TA 4BQ4A 5I79A 2CBJA 1KBBA 1EHAA 3WSUA 3WUFA 2J75A 2E8YA 2QPSA 5GNXA 2EPNA 1CXHA 1ZJAA 3B9AA 2J25A 2ZXQA 2W66A 2BVTA 3WENA 3L4XA 3W25A 1ECEA 3VDBA 3WQWA 3VMNA 1FH7A 5I77A 2W67A 2VURA 3TTOA 4XZBA 1CXFA 1GOWA 1WKYA 3CUGA 1BTCA 1GOMA 5LYRA 2Y2WA 2W92A 3T08A 2WHKA 4AWEA 2DH3A 1ZS2A 2WBGA 3MUZ1 3GH4A 2ZICA 4WKAA 5A6LA 3VX0A 4CN4A 1BF2A 3ZR5A 2G4FA 2WWDA 1JZ7A 4AIOA 1E15A 4HA4A 1US2A 4QCFA 2CITA 1M53A 3AZRA 2YL8A 1TFVA 1Z32X 1XD1A 3AHXA 2CBUA 3AMCA 2WZEA 3QGVA 2DIEA 3VNYA 3II1A 5DT7A 1LL4A 4OBSA 2J47A 4FK9A 1UKQA 1A47A 2OYMA 3WEZA 1C8YA 2WKGA 3CIVA 1OGSA 2VZUA 2OWCA 2CCRA 2XWDA 1E3ZA 4QAWA 3ZSSA 1KXVA 4PMOA 3ARTA 1JYVA 1MVYA 5D9MA 2GUYA 2AAAA 2NW0A 1UH2A 3CHCA 4M80A 1YHTA 1YQ2A 1HKKA 2GJPA 4D6IA 1O6IA 1PX4A 4W8LA 2DDXA 3FNDA 4UZUA 2AOSA 4W85A 5I5RA 4CCDA 4FMVA 2FHBA 2VJXA 3GNRA 4NZCA 4P8UA 5FL0A 3VIJA 2OWXA 1WNOA 4V2XA 3ZOAA 1OSEA 1HKMA 2ZUNA 3VGDA 4UFHA 5CXPA 4H8UA 2YLLA 1V08A 3WBAA 4MJ2A 4UFMA 4KRTA 3MUIA 1HKJA 1XD0A 5AYIA 2XJ7A 1EHNA 1M04A 3THCA 4QCEA 2FDMA 1E3XA 1PJ9A 3WNKA 3ZM8A 4UQ9A 3AS2A 2E9BA 1NQ6A 3WH6A 4N42A 1UKPA 3GXFA 5JIWA 4DWSC 2WMIB 2O9TA 4UQCA 2VMFA 5A6KA 2VVNA 3HN3A 3M46A 2J77A 4MB4A 3AMGA 3GZAA 1BG9A 3CZLA 3W26A 3TTQA 2AMGA 2DEPA 1V3MA 1MYRA 3ARWA 4GZJA 4YHEA 3TA9A 3T0DA 2YBTA 3CZ8A 3VPLA 1VAHA 1B3VA 3VILA 1OIFA 1Q6EA 4M29A 1E55A 3SUVA 2J74A 5A8NA 1C8QA 2ZXDA 4PMVA 3VDAA 2XVNA 1MW3A 1NARA 1OT1A 1PZ2A 3SUTA 1KGXA 2JIWA 4P7RA 4AEEA 3VMOA 3FAXA 2PWFA 3ARUA 4Z2HA 3AIRA 3VMPA 1E5NA 1JYXA 4J3UA 2OLHA 4UFIA 1GOQA 4H2CA 3WY1A 1J01A 3I3EA 1TE1A 1H11A 2DSKA 2A3EA 1PIFA 4CGTA 1Q6CA 2G3MA 3N1AA 1W3KA 3GNPA 2DT2A 4H04A 5JBEA 2J79A 4UOJA 4CCCA 1GQJA 4D1IA 2E4TA 3BCDA 2UY3A 1Q6FA 1BQCA 1B30A 5DEZA 3M7SA 3F5LA 3IJ8A 4JL2A 2ZWYA 1WO2A 3VUPA 2OSYA 4JKMA 3CZKA 3BSGA 3J7HA 1EO5A 2E8ZA 1G94A 3IAPA 1BSIA 3UEQA 3WEMA 3UCQA 4UQAA 3SCUA 5JIPA 3AHVA 2PF0A 5LA2A 3QHNA 1BGGA 2VOTA 3MV11 3ZT7A 4ATLA 3UG3A 1V6YA 3U7BA 2PWEA 4J3SA 3SCWA 1JD9A 3JUGA 5M3WA 4ACZA 2BNJA 1AQHA 1HL9A 3T2QA 1ISYA 1J18A 3ZO9A 5CJ5A 5FCZA 2E40A 2O9RA 6A3HA 3AXHA 1E0WA 2CKRA 3CHFA 5IFPA 1EIBA 5A8PA 1XCXA 3ZMRA 2QHAA 4PCTA 3W82A 2QLYA 1HIZA 3T0AA 2YA0A 4F9JA 1B3ZA 1CECA 1WCGA 3W53A 4W7WA 5JUVA 3FY1A 3L4TA 4Z2KA 1HVQA 4GKLA 4AZHA 1KXQA 5JBDA 1JZ6A 5BXRA 2VI0A 1VEPA 3WDRA 1R87A 3MUAA 4AIUA 1VRXA 2WAGA 3VIPA 4AY1A 5A95A 5D9NA 3WN6A 1HN1A 1M03A 4A3HA 5D4YA 5LA1A 1J10A 1D2KA 2BHUA 1E72M 2DT3A 3PN8A 4GI8A 4D6EA 3W6MA 4CU8A 4WKHA 3VGGA 1W3LA 1JYWA 2DH2A 3ARZA 2JALA 2WSPA 4CD4A 1KXHA 3BAIA 3MSGA 1A3HA 5IXEA 4B3KA 4E2OA 1EOMA 4AZCA 4F79A 1GPFA 1XH0A 4X0NA 3QOKA 1G9HA 1E6RA 4X0VA 4RE2A 5EFDA 1JD7A 1V0NA 3AYSA 2Y5EA 4PMYA 3MO4A 4F8XA 1VB9A 2EPLX 3K8LA 4W89A 2J7BA 3FHQA 5D9PA 1UR0A 1VFFA 4W7UA 1WP6A 3EDEA 4PMNA 2ZE0A 4PMQA 4LYQA 1ZJBA 1UWUA 2NT0A 2VCCA 2WXDM 4JFVA 3RDKA 3ZJ6A 3WQ4A 1GNXA 4AZIA 2WC7A 2VX4A 1W9VA 4MADA 2G3NA 4PTMA 1W1PA 3VM7A 5CGMA 4WKFA 5EB8A 1VBRA 2BFGA 3LPFA 1CXIA 1B3XA 4ATDA 5HPCA 5DT5A 1XYZA 2CPUA 1QBAA 4YHGA 4FF5A 4ACZB 2VR4A 4AZ7A 1GJUA 1KB3A 4P8WA 4EKJA 1AQ0A 5A2BA 1TA3B 1MQRA 2D23A 2PI6A 2VQUA 1HP5A 4CD5A 2NSXA 4PUEA 4MPKA 4HMEA 3VGBA 4HU0A 1BVZA 2F2HA 4MTVA 1PAMA 1U30A 1CGYA 1GHSA 1QW8A 3VIKA 3E1F1 2XFYA 3OGVA 1B31A 1RD6A 3VD5A 2FH8A 5A1AA 1PEZA 3AXIA 4D72A 1XSJA 1TVNA 1VFMA 2CBVA 3RM4A 3QR3A 3ZJKA 2J7FA 5CQ1A 4E8CA 2YL9A 4BS0A 1WDQA 1BYCA 2ZX6A 5A2CA 4AXNA 4E8DA 2CYGA 3EDFA 5EFFA 4UQEA 2E3ZA 4XB3A 3MSDA 1UZ4A 3N04A 4DM2A 3SIMA 1E1FA 4QFUA 4P7OA 2GJRA 1EGZA 4GINA 2A3CA 4C91A 3WNNA 1KBKA 3BXWA 2D1ZA 1W1TA 1E5JA 3BLPX 1OT2A 1V3LA 3FW6A 5BWFA 4AZCB 3PZVA 1FOBA 1MQPA 3RILA 2XIBA 5A6MA 4IM4A 4ZXOA 5E0CA 3PZMA 3K8MA 1CGUA 1J0IA 1UQYA 4PTWA 5ABFA 2GJXA 1CXEA 3PZOA 4UFLA 2VL4A 7CGTA 1VENA 2XVGA 1H3GA 4CD7A 1J0HA 4CN1A 2GFTA 1CIUA 1VF8A 5A6BA 5BYWA 3POCA 4QLKA 1OIMA 4GXPA 3NDYA 3A3HA 3WFZA 4W84A 3PBGA 3PZTA 3M6DA 1UQZA 1N82A 4CCEA 2VNCA 1C91A 4IUGA 3NCOA 1D3CA 1JI2A 5BXPA 5DF0A 1DWAM 4PMDA 2GDVA 1B3WA 1EDGA 1B9ZA 2D24A 3VD7A 3CUJA 3T09A 4HPHA 1K6AA 4Z2JA 1UR1A 1J9YA 3WNMA 3KZSA 3TP4A 3WMSA 3ARRA 1V02E 3AHTA 3GTNA 1L8NA 2ZUSA 4ZFMA 3D5HA 3UG4A 1NWRA 1WZMA 1BHGA 1LF1A 2XM1A 5DFAA 4U2ZA 2VZTA 1JZ3A 4BA0A 3AQUA 1CXKA 2V3DA 2WLYA 1LLOA 2GSJA 1U2YA 1UYQA 2WB5A 5A2AA 3BLKA 3N9KA 1DWIM 3SCQA 4RE3A 3CPUA 2X2YA 5CLTA 1HJXA 4DWSB 1BGAA 3WH5A 1E6NA 1WAWA 2J7CA 4AC1X 1JZ8A 3SCTA 2VRJA 2VX5A 3EMCA 3U5UA 5IDIA 2WVTA 5E09A 3UR7A 2CEQA 1JAEA 3NSNA 1GVYA 3WL0A 2EEXA 1W9BM 3DECA 4HZ6A 3VD9A 5M17A 2WK2A 1JZ2A 1CDGA 3L4VA 2MANA 3ZJ7A 3EMQA 3EDDA 4W87A 3LPOA 3NUKA 1P6WA 3SEPA 4J28A 2WNWA 1HJVA 5CSUA 1CPUA 3DYOA 1HJWA 3S6TA 4LX4A 3K1DA 1JXJA 4JFWA 2DSUA 1KXTA 1KWGA 4Z2GA 1OBAA 1SMDA 4BQ2A 2PBOA 3VIOA 4PMZA 1H49A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3ARS A;  3OGR A;  3WH9 A;  5HPO A;  4AW7 A;  1KGW A;  2Z1S A;  4J3X A;  3L4Y A;  1RP9 A;  2ZX9 A;  5CG0 A;  1J12 A;  1B3Y A;  5D9O A;  2EXO A;  3WMB A;  3KL5 A;  3K4D A;  2YIH A;  2VCA A;  3PZQ A;  3FHA A;  3W28 A;  4AYS A;  2V5C A;  2YLA A;  1OD8 A;  3L2M A;  4D6J A;  2WMG A;  3SCN A;  3ZQ9 A;  3VDC A;  4TUF A;  4PMR A;  2O92 A;  1JDC A;  4LQ1 A;  2WVV B;  4B15 A;  4AZG A;  1XH1 A;  4GZE A;  5I0D A;  1UR4 A;  1JXK A;  3CH9 A;  2X05 A;  1GHR A;  4IIS A;  4U5I A;  5A6A A;  4KGJ A;  3GDB A;  2J7E A;  5AC5 A;  1UR2 A;  1I1X A;  3OIH A;  2CIP A;  1K9T A;  3T0B A;  1QNQ A;  3BMV A;  1JG9 A;  1FH8 A;  2WKL A;  4P7Q A;  2O9P A;  2YOC A;  2QMK A;  1E1E A;  1XSI A;  1VFO A;  2GJX B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WMBA

Total Genus

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Chain Sequence

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