3WUBA

The wild type crystal structure of b-1,4-xylanase (xynas9) from streptomyces sp. 9
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DTATLGELAEAKGRYFGSATDNPELPDTQYTQILGSEFSQITVGNTMKWQYTEPSRGRFDYTAAEEIVDLAESNGQSVRGHTLVWHNQLPSWVDDVPAGELLGVMRDHITHEVDHFKGRLIHWDVVNEAFEEDGSRRQSVFQQKIGDSYIAEAFKAARAADPDVKLYYNDYNIEGIGPKSDAVYEMVKSFKAQGIPIDGVGMQAHLIAGQVPASLQENIRRFADLGVDVALTELDIRMTLPRTAAKDAQQATDYGAVVEACLVVSRCVGITVWDYTDKYSWVPSVFPGQGAALPWDEDFAKKPAYHAIAAALN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase A
publication title Structural perspectives of an engineered beta-1,4-xylanase with enhanced thermostability.
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces sp.
total genus 129
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wubA00
1WPCA 2CBUA 1UA7A 5DO8A 2VZUA 3N11A 1G0CA 1E4IA 3D3AA 4HMCA 3NSXA 1I1WA 5IHRA 3PZMA 1SR0A 1UR4A 2CNCA 3CO4A 1OM0A 2DT2A 5CPQA 1WB0A 3PZGA 3APGA 4J3UA 3HMCA 2D3NA 2W66A 1ISVA 3RDKA 4X0VA 2D3LA 1QW8A 4CN4A 3RO8A 1UYQA 1VFUA 2ZUUA 2WMGA 5ABEA 4HZ8A 1MQQA 4D1JA 1CGXA 1V3KA 2O9PA 3ARTA 3THDA 5CXPA 3ZJ8A 3BAYA 4A3YA 2ZUTA 5CJ5A 3FHAA 1HN1A 4AZ7A 3GNOA 1UWRA 1WCGA 4W7UA 4MDPA 1G01A 1XHGA 7A3HA 7TAAA 3RCNA 1VIWA 5AC5A 3ZM8A 4FF5A 2BHUA 3WSUA 2IUZA 2F61A 1UUQA 1D3CA 4QAWA 3WDRA 2X0HA 3DYPA 1VAHA 2BHYA 2G41A 2CHNA 1OT2A 1DWJM 1JYXA 2WANA 1C8QA 3VM5A 1J0JA 1BTCA 3MO4A 2HISA 5FKYA 3T0DA 1TE1A 3WIJA 1J18A 4F66A 1E72M 2ZXAA 4LPCA 2VCCA 1V6VA 1EHNA 3AICA 2PF0A 1EOMA 2VJXA 1J11A 3F5JA 1V08A 1E6SM 1V6WA 1PPIA 2AAAA 1UR1A 4EKJA 1FHLA 3WH7A 4DM1A 1Q6FA 2WK2A 1K9FA 2ZIDA 3WEMA 2CKSA 2J7GA 1ZBWA 4HOZA 2UY3A 1C7TA 4CCCA 2DH2A 5A6MA 3VVGA 1XSJA 2VUYA 1SYTA 4Z2HA 3M46A 3A6OA 1QOXA 1W9UA 1VENA 4GINA 3BGAA 3AMDA 3B9AA 1W3JA 1UZ1A 2UY4A 1LQ0A 1UD2A 5GNXA 4Q22A 1JDAA 1OIMA 1E40A 2Y24A 2FH6A 1UKPA 5TD4A 4MB4A 2WMKA 3WBAA 3AQUA 3MUZ1 2GDVA 4JHOA 1BAGA 4ZXOA 1W9BM 5ABFA 2X0YA 5BRQA 5A6JA 2BVTA 5ABFB 2W4XA 5I6SA 5A8NA 3GH5A 4UOZA 2J74A 5HXMA 2ZXBA 4QDMA 4TUFA 3SCSA 4WLCA 1VFOA 3CZ8A 1GHRA 1HKMA 1A3HA 1Q6CA 1BHGA 4JHZA 2G3IA 4LXFA 3WMSA 1HJVA 4FLOA 1B3YA 1PX8A 3AIBA 2HVMA 4YHEA 3SCUA 4CN1A 2VI0A 4PUDA 1CXEA 1ISXA 1WDSA 3THCA 3AZRA 1J01A 3ARPA 3TTOA 1U2YA 1TZ7A 3AS1A 2CBJA 2IXUA 3ZSTA 1HVXA 2VRKA 3MS8A 2ZX9A 1GPFA 3W6MA 1JDDA 2VZOA 3BC9A 3K4AA 1JIBA 5D9NA 4B3LA 1QBAA 2WKLA 4LQ1A 4P7OA 3FHQA 4IPNB 3RM4A 4D6DA 2DIJA 3B9DA 4EANA 3GTNA 5DMYA 1KXTA 3OGSA 4W84A 3VPLA 2VOTA 4MB3A 1ZS2A 3ZQ9A 4MB1A 3N1AA 4W87A 4NSBA 4HPHA 4P7RA 1EQCA 3CUIA 2Y5EA 2B31A 5I77A 1HP5A 3CUJA 1SMAA 4HMDA 1ITXA 3ZJKA 1CIUA 1NOFA 4U31A 4TTGA 1FP8A 1K9DA 2E3ZA 3G6LA 3CLWA 2DSWA 2XWEA 2A3BA 2W62A 4D6FA 1OGSA 1QNPA 1V3MA 2EPOA 3WL1A 1E0WA 1B9ZA 2V3GA 3CUFA 4UQ9A 3U5YA 1R86A 4AWEA 5JBFA 1FFQA 2FGLA 5E09A 5JIWA 2WMHA 4LX4A 1V6YA 5A6LA 3QHOA 2NW0A 1TUXA 4UOQA 3CHCA 5EMYA 3AS0A 2WZIA 4PMUA 5A8PA 4CCEA 1UOKA 1JDCA 1VFMA 3T0AA 3LPOA 5GNZA 3GXMA 4AZGA 3U57A 4AIOA 3LPFA 4MJ4A 4DWSD 1ODUA 1M01A 1KWGA 3VNYA 4JKKA 4HOXA 1KWKA 2CBVA 3BAIA 4B15A 1E3XA 4J3TA 4OBSA 3WNOA 4HMEA 2VQTA 3VX1A 5BXSA 1RP8A 1XYFA 1E4LA 1C7SA 2QLYA 1QI5A 1HL8A 4KRTA 4BZYA 2XIIA 2XGIA 1H11A 3KL3A 3VOCA 1QNSA 2PWEA 4EAMA 1CWYA 3SCTA 1EO7A 4A4AA 4Z2LA 3CZLA 3WQ5A 2OSXA 4PSRA 3F5LA 3L4ZA 3WNKA 5AY7A 1XCXA 2PWGA 1E4NA 1E5JA 1H49A 4N42A 1S46A 2OYLA 6CGTA 3WDHA 2CIPA 3NUKA 2ZXDA 3K46A 3VGDA 1EOKA 3WMBA 4WKAA 1AVAA 1Q6GA 1PX3A 1PBGA 5LA1A 1BYBA 2WYSA 4K68A 3W37A 5A95A 1HJWA 1BGGA 1FFRA 2FH8A 4URIA 4X9YA 3UCQA 2WHKA 1H2JA 3VD5A 4F9JA 1JAEA 2XG9A 2YL6A 5EB8A 1CYGA 2RGLA 4PMOA 4GO8A 3M6DA 1UR0A 1E55A 3VDCA 4W88A 3AYRA 3T2QA 4PN2A 1GONA 1Q6DA 2OLHA 4B9ZA 4E8CA 4AIEA 1R8LA 1NWUA 2DT1A 4CU7A 2E0PA 2CCRA 3OGVA 4PMZA 1GOWA 3ARSA 1UKQA 4U3CA 3WL0A 4D72A 5C71A 1XH1A 3L4YA 2DEPA 3MANA 3MMDA 4PRWA 2C8NA 3EDJA 2DSUA 5D9MA 2GJXA 3F5KA 1O7AA 1RP9A 1RH9A 4GKLA 2GJXB 3ARRA 1GOMA 4BQ5A 2JALA 1PZ2A 3WF0A 4H8UA 3POCA 1Q4NX 2Y8KA 1US2A 5E0FA 1CXFA 1CGWA 1KR1A 1MFUA 5DT5A 1ZU8A 3AZSA 2OWXA 4W85A 4M8UA 1B90A 2WVSA 3W53A 3ZMRA 5BXTA 3L2MA 1W9VA 3OZPA 3F4VA 1UR9A 3NYDA 4NI3A 1I75A 3AMLA 4DM2A 1ZBVA 2F2HA 4D6GA 1JZ6A 1BQCA 1FH9A 4AZIA 2ZOXA 2J7EA 4PMRA 1TMQA 4B16A 2NT1A 3MSDA 1OD8A 2X09A 1WP6A 1ZL1A 5HDRA 4GPNA 1DWIM 4JFWA 5IHSA 3L4VA 3UESA 1Z32X 1PIFA 4GI6A 5HPOA 1XCWA 1LJYA 5D8ZA 4D6EA 4BA0A 3ZT6A 4FLRA 3IJ9A 3SCWA 1PAMA 2WC4A 1R87A 5CSUA 1VEOA 1TCMA 4JIEA 3AXIA 3TP4A 4N0RA 2PBGA 4PCSA 1KCKA 4GIAA 1JNEA 1M03A 2J7FA 2GK1A 2W61A 2GK1B 1CGTA 2E8YA 3VNZA 2WVTA 3UG3A 4AXNA 3WQ8A 3CIVA 1NP2A 2D0HA 2YDQA 2BS9A 1UD8A 2E9MA 1RD6A 1CGUA 3ARVA 1KBBA 1GOOA 5GQBA 5D9OA 2XJ7A 4L4OA 2E40A 3UEQA 3N9KA 1JNDA 3VDAA 2VRJA 1H5VA 4J3VA 3WFLA 3VDBA 2CETA 3W38A 1GORA 1C3FA 1NWRA 5GNYA 2VTFA 4P8XA 5DF0A 3WH8A 3WN6A 4ATDA 1KGUA 3MV11 3KE0A 4IISA 2JEQA 4TVDA 3WMCA 2ZX5A 2J77A 5AC4A 5FIPA 1EDTA 2XFFA 2ZUWA 3VIHA 5DT7A 3VD7A 1OGBA 3OLEA 4GQQA 3BAWA 4HU0A 4PYSA 1V3HA 4XB3A 2DQXA 1KB3A 1GW1A 2DDXA 4UFJA 2E9LA 1TG7A 5D4YA 1LL7A 1PEZA 2FHFA 3NDZA 3WQ6A 4OKDA 3AXHA 3UR8A 2ZUMA 4CD4A 2GSJA 1TVNA 3ARZA 4FMVA 3W4RA 3PZOA 2AOSA 1GVYA 4M29A 3VX0A 1XH0A 1UD3A 1B3ZA 1JG9A 3BAJA 5M5DA 2X2YA 1QHPA 4PSPA 3BCDA 3QOKA 5A6SA 1HNYA 3OLDA 4B9YA 3L4UA 2PWHA 3FAXA 4NZCA 3T2OA 3B9EA 4OUEA 3GH4A 4W7WA 1HKKA 3FXYA 1GOQA 4GQRA 1OGGA 1QNQA 3ZJ6A 2VC9A 5CQ1A 3U7BA 5M03A 5BROA 1QNRA 1V03A 1WZMA 3GXDA 3BLKA 4P7QA 1R7OA 3T0BA 2CKRA 3WKZA 2D1ZA 1J12A 2NT0A 3AIUA 2W5FA 1XSKA 3AIVA 4UZSA 3VGGA 4ATWA 1HP4A 2VMFA 2DT3A 3A47A 5EFFA 3AHZA 4AD2A 4ATLA 1H4PA 3MSGA 2Z1SA 4UOJA 1LG1A 2WNWA 5E6YA 5BXPA 9CGTA 4EK7A 2X05A 3FY1A 1D7FA 4W5UA 1LL6A 2XVKA 3AISA 5E70A 1NOUA 1GOKA 1AQHA 3BMWA 5A2BA 3CZJA 4CVWA 1GJWA 1KFWA 3AIQA 1GVIA 3N12A 4FLQA 2XGBA 3W0KA 5LYRA 3QOMA 5LA2A 3RJYA 4TX6A 4AIUA 3J7HA 4GI9A 2VR5A 1H41A 4BF7A 2QF8A 5JIPA 3WH9A 1JZ2A 3LMYA 1E6ZA 5M3WA 4H2CA 4PUEA 3ZO9A 4CD5A 5A2AA 1IT0A 1Y7VA 4UFMA 2ZE0A 3WUEA 1DWHM 1KBKA 3WQVA 2PWFA 1QI2A 5I5RA 4W5ZA 1WO2A 3SCOA 3W27A 4PTWA 4FK9A 1B1YA 1HF6A 2VX7A 2VL4A 3W25A 3FW6A 1XYZA 3WFZA 1XV8A 4M80A 2EPMX 1E15A 5KZ6A 3VKKA 3EMZA 1DWFM 3SEPA 4MNKA 1KQZA 4Q7NA 2QV4A 1OSEA 2VURA 5A3HA 3VIJA 2VT0A 4OOUA 4W8AA 1UWIA 3K1DA 3VGHA 1CPUA 1CECA 3B8SA 4H04A 3GBEA 4HP5A 1TR1A 4BCEA 3SUUA 4QFUA 2ESCA 3UR7A 3WDIA 2D24A 4CGTA 1NM9A 3CMGA 1M7XA 1G1YA 4H7VA 4XV0A 1WKYA 2YOCA 3RIKA 3EMCA 3WDJA 2XSAA 4BQ4A 3VO0A 1B0IA 3RILA 1UH3A 3VIGA 1BYAA 2XM2A 4UQBA 4F79A 4PBGA 1L0PA 5ABGA 4PMYA 1W1TA 3WD1A 6TAAA 5E9AA 5AYIA 3GNRA 1QI3A 2PB1A 2JEPA 3EDFA 2WC3A 2VX6A 5ECUA 1E0VA 3W29A 4FLSA 4CU8A 5BRPA 2OYMA 1JZ4A 1R7AA 1JL8A 3UERA 2WAGA 3OGRA 5C8BB 4W93A 2BY2A 3ARXA 2WSPA 1W2VA 2GUYA 2FHCA 2WCGA 1UD6A 3OA5A 1W1VA 4D6JA 3AHYA 2XUCA 1OCQA 2JIWA 5CGMA 5A6AA 4AEFA 3UETA 4QLLA 1V3JA 2WXDM 3PZUA 3WY1A 1OD0A 1H0IA 2O92A 3VMPA 4R27A 1WDRA 4UQAA 3WNPA 5I23A 2CHOA 3BAXA 4LYPA 3HN3A 1DP0A 4CCDA 2CERA 4PMDA 1GQLA 1Q6EA 1WAWA 3SIMA 2A3HA 3AZTA 4QP0A 3AMGA 4V2XA 1N82A 4DUVA 4AC1X 1MXGA 2YIHA 3L2LA 3ZOAA 1E1EA 1MW1A 4BS0A 1BGAA 3WNLA 2JIEA 4CD6A 1JZ3A 4HTYA 2A3EA 1H09A 4WF7A 3M7SA 1J0ZA 2ZWZA 5BWFA 1KQYA 3L4XA 2E4TA 1U30A 1CBGA 3BSHA 2X1IA 3DECA 4J3XA 3I3BA 2C0HA 2WM0A 2ZUNA 1E71M 5A94A 1JZ7A 3PZNA 3CPUA 3N17A 1VBRA 2EPLX 1E6QM 1P6WA 1V0LA 1ECEA 1QHOA 2Q8XA 2O9OA 4MB5A 4CKQA 2XVLA 5CPTA 3W26A 1OBAA 4MNJA 3WUBA 2EBNA 1K6AA 3POHA 3BSGA 2EO7A 1V02A 4Z2KA 4ZE5A 3WEOA 2BNJA 3I3EA 4LYQA 4UZUA 4MNMA 3LPGA 4JZ5A 2EJ1A 4IUGA 1J0HA 1CNVA 4GI8A 3GXFA 4AD0A 4QCEA 2Y2WA 3EYPA 1JI2A 3AS3A 2C7FA 4V28A 4J3WA 3TTQA 3AFBA 2BVYA 1G5AA 4UNIA 2J4GA 4Z2IA 1V0MA 2BXZA 2PC8A 2YBUA 3WD4A 1K9EA 1JXJA 4H41A 2BFGA 4ACZA 1E9LA 4KGLA 4AZ6A 4ACZB 2J79A 4XZBA 2WMFA 4DWSA 1QVBA 1EQPA 1E4MM 4DWSB 1HT6A 2CBIA 2VZSA 1QW9A 3IANA 1W1PA 2V3FA 3WNMA 5IDIA 2G8ZA 3VIIA 3IJ8A 2DPEA 2YA1A 2WW5A 4OBRA 2J7HA 1ZJAA 4PMNA 3VILA 3WEZA 2DGAA 2VVNA 1UHVA 1WZAA 2G4FA 3BMVA 3EDDA 4KRUA 3VUPA 1C92A 4UR9A 1JD9A 1R85A 4GZJA 3QHMA 1W2PA 1B3VA 1E6RA 3VDHA 2XWDA 3KWXA 4DWSC 3SUVA 1HJSA 1RPKA 2JF7A 3WBEA 1VF8A 1UKTA 1JAKA 4E2OA 3SUWA 1HJQA 5A1AA 4P7LA 5I3DA 1UG6A 4YHGA 2ZXQA 2DT0A 2ZX6A 3AIWA 3NDYA 2VR4A 3NJ3A 1V3IA 3OG2A 4ZE4A 1DTUA 3TA9A 1E70M 3WDQA 1TVPA 3CZGA 1E1FA 1HIZA 1QI4A 3ARUA 4KGJA 2D2OA 1E6NA 3ECQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WPC A;  2CBU A;  1UA7 A;  5DO8 A;  2VZU A;  3N11 A;  1G0C A;  1E4I A;  3D3A A;  4HMC A;  3NSX A;  1I1W A;  5IHR A;  3PZM A;  1SR0 A;  1UR4 A;  2CNC A;  3CO4 A;  1OM0 A;  2DT2 A;  5CPQ A;  1WB0 A;  3PZG A;  3APG A;  4J3U A;  3HMC A;  2D3N A;  2W66 A;  1ISV A;  3RDK A;  4X0V A;  2D3L A;  1QW8 A;  4CN4 A;  3RO8 A;  1UYQ A;  1VFU A;  2ZUU A;  2WMG A;  5ABE A;  4HZ8 A;  1MQQ A;  4D1J A;  1CGX A;  1V3K A;  2O9P A;  3ART A;  3THD A;  5CXP A;  3ZJ8 A;  3BAY A;  4A3Y A;  2ZUT A;  5CJ5 A;  3FHA A;  1HN1 A;  4AZ7 A;  3GNO A;  1UWR A;  1WCG A;  4W7U A;  4MDP A;  1G01 A;  1XHG A;  7A3H A;  7TAA A;  3RCN A;  1VIW A;  5AC5 A;  3ZM8 A;  4FF5 A;  2BHU A;  3WSU A;  2IUZ A;  2F61 A;  1UUQ A;  1D3C A;  4QAW A;  3WDR A;  2X0H A;  3DYP A;  1VAH A;  2BHY A;  2G41 A;  2CHN A;  1OT2 A;  1DWJ M;  1JYX A;  2WAN A;  1C8Q A;  3VM5 A;  1J0J A;  1BTC A;  3MO4 A;  2HIS A;  5FKY A;  3T0D A;  1TE1 A;  3WIJ A;  1J18 A;  4F66 A;  1E72 M;  2ZXA A;  4LPC A;  2VCC A;  1V6V A;  1EHN A;  3AIC A;  2PF0 A;  1EOM A;  2VJX A;  1J11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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