4A21 | Genus

Total Genus 115

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	342
structure length	314
Chain Sequence	PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1196744884844865__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1196744884844865__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4A21/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1196744884844865__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1196744884844865","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4A21/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1196744884844865__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d037a9bd91d4bb40d5eb2b1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d037a9bd91d4bb40d5eb2b1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d037a9bd91d4bb40d5eb2b1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d037a9bd91d4bb40d5eb2b1/pdb.gz): 194 ms

reading 314 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

314 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:313});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Mycobacterium tuberculosis
publication title	Glycolytic and Non-Glycolytic Functions of the Fructose-1,6-Bisphosphate Aldolase of Mycobacterium Tuberculosis, an Essential Enzyme Produced by Replicating and Non-Replicating Bacilli pubmed doi rcsb
molecule keywords	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
total genus	115
structure length	314
sequence length	342
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2011-09-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4a21A00

1MSSA 2V2DA 2Y63A 3NM1A 2QCHA 1SSGA 4X9SA 3FA5A 3UQNA 5CKSA 3S1UA 3GNNA 4LU0A 4O1BA 2YXGA 3MO7A 4K6AA 3U2OA 1FUYA 1TQJA 4ML9A 1VR6A 3C4UA 4H3DA 2FDSA 1LOSA 3O8AA 5K7JA 3IIXA 4IGHA 3M9YA 3OVQA 4O19A 3W7CA 4C1LA 3H53A 1DHPA 3GDMA 1OYCA 2Y7EA 5ABTA 1KTCA 2E6FA 4OE7A 1YPIA 1JCJA 3FKKA 1NFBA 4A21A 4OU1A 3T44A 4K7YA 1H7RA 2Y7GA 1ICPA 3U6WA 1LOLA 5I3IA 4I7VA 2TPSA 4O10A 5LNSA 1F05A 1GTHA 4TX9A 1UUMA 1DL3A 4LVAA 3M6YA 4JX5A 1QPRA 1TPEA 3LHZA 4NXKA 4RZ5A 2RDUA 2C0AA 2C15A 1KLYA 4Z1DA 1MEWA 5LGXA 2O7QA 3G1FA 4N6FA 1YTEA 3P5ZA 4WZHA 3P60A 1LBMA 5AYZA 3JS3A 4BR1A 2RHGA 1EUNA 4ORMA 3R13A 3V75A 1S5WA 1TPWA 3LCWA 3HO8A 4JYDA 1SZFA 4E38A 3GXNA 4HNNA 2CLFA 3HMJG 3MI3A 2GVGA 3W7KA 3BVJA 4LRTA 2ABBA 5FEPA 1WYIA 2E6AA 3W1NA 3MYPA 2Y70A 3L5MA 2GVLA 3HOJA 1F5ZA 1QPQA 2EGZA 2G97A 4LS1A 3PBVA 1JR1A 2YFOA 3ABQA 2X16A 4IMCA 4HNVA 4AF0B 4K8HA 4YLWA 4HPJA 1YDNA 4FO4A 3S0CA 1L6YA 3EX1A 4I7UA 1GZGA 2NV1A 2JGYA 2Y7FA 5AHFA 4UMCA 3L68A 1OVDA 2CZDA 3W7QA 3TR2A 2ZTKA 3QC3A 4RXFA 5H2ZA 3LCLA 1F6KA 3H55A 4BWLC 4KKXA 4MOZA 5E93A 2WNNA 1VYRA 1X1OA 4NJGA 2EHHA 3LTSA 3ZWTA 1WDWA 3O63A 5BW6A 3OIXA 3NQFA 2FPTA 2A2IA 3TFCA 1DJQA 3E02A 3C2VA 3O16A 3P8JA 4NNAA 1ZJIA 3S1XA 5J5DA 4O1DA 3GAKA 1W8SA 1T96A 1HO1A 1FDZA 4UTTC 1LBLA 2WKJA 3EWYA 3B04A 4MZ1A 1HUVA 2QCEA 2YW4A 3LHTA 2R94A 1L6WA 2NXIA 5G2WA 3N9RA 3C2EA 3UWWA 1P0NA 2DU2A 3GXTA 5HUPA 3Q37A 3CWNA 4FEZA 4JYEA 5D2VA 3OBKA 3NPVA 4GJ1A 1Y0EA 3M5XA 5DBUA 5FF4A 3CTLA 4IMFA 4IQLA 3NXFA 4E2BA 2ZZ5A 2H90A 3B0UX 1W3TA 3QRHA 2ZZ4A 1ZNNA 1VS1A 3QQ1A 3G24A 3FLUA 3GIYA 1ZENA 2X1SA 2WSYA 1AL7A 4WXYA 2CLHA 1O5KA 3NM3A 3HGOA 4QNWA 2EPHA 1W3IA 3HB9A 1RV8A 4IMGA 1QDSA 4QAIA 1HL2A 2Q8LA 3GDLA 2W6RA 3LBCA 4PFMA 5CG7A 3GR8A 3N2XA 3W7NA 3CIXA 5J5RA 1A5BA 1NEYA 3B0PA 3IVSA 3V1PA 1EA0A 1R46A 3C2RA 1EP1A 1VZWA 2ZZ6A 5BNKA 2JK2A 1G67A 4ZQRA 4AAJA 2E09A 2E5DA 3PUOA 1KM4A 2WNQA 1OF8A 4IMEA 3T55A 1PCKA 4GUIA 4CNOA 3HPZA 1OHLA 1XDMA 3NYZA 5FF0A 1Q45A 3TV8A 2YYTA 5C5YA 4QQ3A 4M6QA 4O18A 4JY8A 4UTUA 3LB0A 4TIMA 3GDKA 1ALDA 1KFCA 1WOAA 1QR7A 3BW3A 3E9AA 1K8ZA 3W7HA 2FQIA 3NPUA 2TSYA 2VEIA 2WOQA 4LVGA 2ATMA 2JKEA 1OX4B 2J27A 2CLMA 1PL9A 5G2HA 5AHNA 3YPIA 5HWMA 3GXPA 1W5MA 2ZA3A 3TMLA 2QUVA 1GJPA 3P62A 4QNEA 4UTJA 3W9ZA 3ZWSA 3GYEA 3KFTA 3RMJA 2I1OA 4NNCA 4YWIA 3PM6A 3B05A 4MZ8A 1KBJA 2NX1A 3A23A 2QDGA 1LDCA 2HSAA 1TPB1 4LC6A 3IIPA 1K02A 3TNOA 1FY6A 3UD6A 3F03K 2RKXA 3LV5A 1SO6A 4O0ZA 1GYNA 4GUGA 4O17A 2BWGA 4TMCA 2CW6A 4LS2A 1GYLA 3F4NA 5F2IA 1T0OA 3H54A 4HSNA 1H62A 1SZGA 2C18A 3W23A 2ZZ7A 3G8EA 3C0JA 1ZCOA 3EXSA 3KRZA 2V2CA 4MFDA 4NT0A 3TUUA 4Z1BA 4NJKA 2GQ8A 5D2WA 1H1YA 4Y96A 3INPA 5K3VA 1HG3A 1PS9A 2VFEA 3NAVA 3GB6A 4FNUA 3HJZA 4RR4A 2CLEA 2OT1A 3RLVA 1FCQA 3NQ2A 3KRUA 3GZ3A 3NQ8A 1OYAA 4OWGA 3MUXA 1L6SA 2C16A 3TQ0A 4BI5A 5HR7A 1PCWA 1UB3A 4HNTA 5GVJA 4JY9A 1KV5A 2WO5A 1WAUA 1I4NA 1OFQA 3E12A 4FNTA 2A4AA 1YXDA 3W75A 1G4TA 4UCGA 1MXSA 1JCLA 2VFHA 4Z1CA 3W83A 1WA3A 3IIOA 2B7QA 2QCLA 2GUUA 3B0VC 5EPDA 2VFFA 1DVJA 5KZDA 5SWUA 5KMYA 2A6LA 1I2QA 3RK8A 1DOSA 3M41A 3ABOA 3WJXA 4ADTA 3IVUA 3L9CA 1ICSA 5I3GA 4FX8A 3NVTA 3TA6A 4HHPA 4UTKA 4TR9A 3G0XA 5EBUA 4X3ZA 4O53A 1OJXA 1SO3A 3OVPA 2A7PA 3L21A 1EWDA 5D09A 4R33A 1GG0A 1LOQA 4U28A 1V5XA 2OT0A 3WK2A 1TO3A 3I65A 1QO2A 5E1QA 1JUEA 4L4MA 3T78A 1VCGA 1TTJA 3M16A 2HMCA 3ABSA 3UWYA 2GPTA 3VE7A 4AWUA 1TQXA 4E2DA 3W1TA 3ABRA 4EF8A 1EIXA 3IGSA 3I7QA 4O1AA 2X2GA 1QWGA 3O15A 1K03A 2XN1A 5F1UA 1A5SA 3LBMA 3QM3A 1K7EA 1LRQA 3L5AA 4QISA 2BXVA 1UJPA 1QPNA 3EB2A 4O28A 4GWEA 3BGJA 4DELA 4O54A 5F1VA 5TIMA 2QR6A 1NSJA 3P74A 1RQBA 4ADSA 5D33A 2ISSA 2I9EA 1UBSA 3RF9A 3FFSA 3N19B 1QOPA 4MLRA 4S2CA 5AB3A 1ME7A 2FPYA 3Q94A 1XFBA 5AN7A 4NJIA 4FB7A 3TU9A 5CPOA 3C56A 2TRSA 1SPQA 1SW7A 2F7FA 2IQTA 2J9YA 2NX3A 1Q6RA 4UC5A 5FEXA 5K9DA 4Y9AA 3UY7A 2QCCA 4DF0A 4BF9A 4C1KA 3G1XA 3PBWA 1RZMA 1BKSA 3P82A 2CZEA 4O52A 3I7SA 4LUJA 4CQAA 3G1SA 4DO4A 1XKYA 3Q58A 1W56A 3R12A 4UFLA 5KTLA 5F4XA 4FNQA 1TTQA 4M7TA 5DY3A 1D3HA 2YDAA 2JBMA 4LV4A 3A5FA 3C2OA 3C52A 3EX2A 3HQ1A 4PH6A 3E0IA 4A29A 1WBJA 3OG3A 2B7PA 5CPNA 3CEPA 4NU7A 3TE9A 2ZCGA 2PRMA 1R47A 3EX6A 3W7DA 1N55A 1XL9A 4FHAA 3LM7A 1LORA 1I2OA 3VFLA 3CEUA 3QF0A 1FXQA 4X22A 4GC4A 1SZEA 1JRCA 1LRNA 4ADUA 1WBHA 1OF6A 1BWKA 3JRKA 5AC7A 1OFAA 2YCEA 4MJMA 3UXAA 1TTPA 2UV8G 1XC4A 3OHIA 4HSOA 3PG9A 3HG3A 3TJXA 3VNDA 5AHIA 4CCCA 4GXMA 2XFWA 4PA8A 4Y8FA 4MY1A 3D0CA 5BRBA 2NUWA 3A5VA 3DZ1A 5CZSA 5A8GA 4UFMA 1OFOA 1QOQA 1G4SA 3HG2A 3SFKA 1N8FA 4EWND 1I2PA 4FF7A 2YR1A 5D32A 4JTJA 4POCA 1G7UA 3NL6A 4CQ9A 1W0MA 2BTMA 1K8YA 5EY5A 5EL1A 4O13A 1TPC1 4EIVA 1KBIA 2BLEA 3O05A 3SECA 3F4WA 3G1DA 1W5QA 3N34A 4ZMGA 1GOXA 1YTKA 1GPWA 3E49A 1VJIA 3GK0A 1W3NA 5LNRA 3L66A 1P5BA 2V30A 2QCFA 3G0UA 3HPXA 3L2IA 3EX4A 1ZAHA 5FI8A 2DZXA 4QITA 4MYAA 3G22A 3O6CA 3SJ3A 3NL3A 1TMHA 3QZEA 5LSMA 3QEZA 8TIMA 1A50A 2J9ZA 5DCBA 1X1ZA 5CPMA 2QAFA 3LXCA 2A5HA 1FCUA 2RDWA 4CNPA 1B4KA 4JIQA 3RNDA 2JKAA 1QAPA 1AMKA 1KFKA 2E5CA 4MFEA 4S1FA 2OJPA 4MYXA 1O5XA 3MHGA 1P0KA 2GVJA 3G1YA 4I7WA 4ICNA 4LC8A 1ML1A 4JS3A 3PC0A 2VEPA 4K37A 1L2UA 1R2TA 3QFEA 5KZMA 2DORA 4ZL1A 3THQA 2YZRA 4FNSA 2NXHA 1MEIA 3DH7A 3R5EA 4NZFA 3LRMA 2Y6ZA 3HIJA 1IXQA 2LLEA 2JKPA 2ZRXA 1EPXA 5I3FA 2EAWA 4O0KA 2OCZA 2NX9A 3NOEA 3QH2A 3NA8A 1F6PA 2QDHA 3C2FA 3S5YA 3MI6A 5I3JA 3W70A 4FIQA 3CWOX 2CLLA 3W7RA 1H51A 3LI1A 3F1QA 1GVFA 5E0KA 5TBOA 3W2UA 3W1XA 2BSLA 2VKZG 2C19A 1F7BA 4ZZ9A 3PR2A 1L9WA 1W5OA 4RZ6A 1T8XA 1OK4A 5LNWA 3DBPA 5K4XA 1IXOA 2ZRZA 1H1ZA 3A24A 3O6DA 1ME9A 2Q3RA 2DZSA 2VOMA 3DFOA 1FWSA 4Y6GA 3LRKA 1FWRA 2V5LA 1ZY9A 2V9DA 3HGJA 1TV8A 1CW2A 1WOBA 1SUXA 2ZRWA 1M6JA 3LHVA 1KM5A 1GVQA 3KVLA 5IM51 1JRBA 3BGGA 2FPVA 1VYSX 2QJHA 4NJHA 1VHCA 4EOUA 1ADOA 1XBZA 3TSDA 4NNBA 2D73A 3PBYA 2X30A 1EWEA 1F74A 3W22A 3DAQA 1MEHA 1XCFA 2ZBTA 2QJIA 1LBFA 1HTIA 4HPXA 4JN6A 1JCMP 5D05A 4XBSA 3BW4A 4WOZA 4R53A 4N02A 4FNPA 1TPVA 2CLOA 4YXGA 3M43A 1W37A 3M0ZA 1IIGA 4LWWA 2H6RA 4M6PA 2B4GA 4S2BA 1W5NA 3S8HA 3WK1A 5G4WA 4Z0SA 1I2RA 4P61A 5G4EA 3CLMA 5F4WA 4OV4A 4WXZA 4YL2A 3G3DA 2ATSA 4LNYA 4UMBA 3SGUA 3CU2A 4Y90A 3PUDA 3TSBA 2ZA1A 5AC6A 3BK0A 3S1WA 3ATYA 2E1DA 6TIMA 3VKJA 4ZQOA 4QSHA 4JIPA 1O60A 4JTIA 1SW3A 3HPSA 1BTMA 3R2GA 2E77A 2A21A 1X8FA 2Y88A 4EVZA 2E6DA 2QCMA 3NEVA 3W3OA 5U4NA 4R7JA 1R30A 2QCNA 1TPDA 1WQ5A 4UTWA 2WSQA 4GRSA 3SY5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1ODZ A;  3RM4 A;  1ITX A;  3GC4 A;  3WMB A;  3DES A;  4D6D A;  4FNR A;  5B80 A;  3M44 A;  4PUN A;  3VX1 A;  2X8R A;  1JPI A;  4RK8 A;  1WXJ A;  3WBW A;  4G7E A;  5EMJ A;  2WXD M;  4HNU A;  2AMG A;  4ZSU A;  1SU5 A;  5F2L A;  2IPJ A;  3CV7 A;  5KZ6 A;  3G5E A;  3VMN A;  2AGT A;  2PF8 A;  5FJP A;  5D02 A;  2CHN A;  3AO0 A;  3FN9 A;  3MCN A;  3OYZ A;  1G9H A;  1OQF A;  3UU0 A;  4PCS A;  4G1N A;  1YPF A;  3QV7 A;  4BI7 A;  3CM4 A;  1KRM A;  4GUF A;  2HE8 A;  2VR4 A;  5C55 A;  3FKR A;  4QG9 A;  3T81 A;  3T0A A;  1XSI A;  2FFI A;  4CQB A;  2Q8Z A;  3ANV A;  3N9S A;  3W7G A;  4D2J A;  1HJU A;  4JYF A;  4DEF A;  2NQH A;  3H4G A;  5AYB A;  1RPX A;  3LEN A;  1TRI A;  1YXY A;  1EGV A;  1LT8 A;  1RK6 A;  4KRU A;  5I23 A;  3VGG A;  1LL6 A;  4CUC A;  1GJW A;  4Y7E A;  4JQ2 A;  2C71 A;  5AYX A;  3SR7 A;  1W9U A;  1E72 M;  5I3H A;  1QBA A;  2V82 A;  5CGQ A;  4HOZ A;  1W2P A;  3VCN A;  4IPL A;  4DHG A;  5JH1 A;  4DJD A;  1PKL A;  1ONR A;  3SCQ A;  3QMS A;  4XZI A;  4CKQ A;  4DWS A;  1J9Y A;  3U2C A;  4WUI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4A21A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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