4A2RA

Structure of the engineered retro-aldolase ra95.5-5
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVHASRQRPIISLNERILEFNKSNITAIIAYYTRKSPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLSIKTEEKYFNGSYEMLRKIASSVSIPILMNDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLILINDENDLDIALRIGARFISIFSMNFETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKLGISERNEIEELRKLGVNAFLISSSLMRNPEKIKELIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evolution of a designed retro-aldolase leads to complete active site remodeling.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule keywords INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
total genus 95
structure length 247
sequence length 247
ec nomenclature ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date 2011-09-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4a2rA00
4IX0A 4FNRA 3NQMA 3UY8A 4RXGA 1KLYA 2VEKA 1KM1A 5AHIA 4E2BA 1D3HA 3NQGA 4ADTA 3SIZA 3U8GA 2C19A 2ZA3A 1A50A 1FDJA 3M5XA 4IMCA 1PV8A 4S2BA 2XN2A 1DJQA 3M6YA 2I14A 1VZWA 4A2SA 3R13A 1O4UA 4S1FA 1X8FA 5BOOA 3BV4A 4JTEA 4UNLA 3NQ7A 2DJLA 3NL3A 3IV3A 2CZFA 3TE9A 1VGAA 1LBLA 4MY9A 5HULA 2Y85A 1VH7A 1LTDA 1DV7A 4K39A 3HGRA 3VE9A 1OFAA 3MMTA 2TMDA 3GDRA 4K37A 4DO5A 3W1MA 2I9EA 4RXFA 1KM5A 2ZDRA 1OX4A 4Y96A 1GWJA 3QZEA 3PR2A 3TW6A 2ZZ1A 5E93A 3NQ8A 3IIPA 2FLIA 4NJKA 3WJZA 2C14A 1XL9A 3W2UA 5GVJA 3G1XA 5LNVA 3NQAA 1P1XA 3QH2A 1XI3A 3W07A 1SZNA 1TPC1 4PODA 3TXZA 1GG0A 3L9CA 3W2JA 2A5HA 1WYIA 5IBXC 3RMJA 1E51A 3LHWA 4JIQA 1JQVA 1M7PA 3TV8A 2CZEA 3PG8A 3AO0A 4ORMA 4FO4A 3E9AA 5AC6A 1YADA 4GBUA 2Q8LA 2IQTA 1FCBA 2QUTA 1HFBA 2V8ZA 4LUJA 5CPNA 1AW5A 3LLDA 4WOQA 3W70A 4M6PA 3GB6A 5EMUA 5KSWA 1VPXA 4LWWA 2GVGA 1MEHA 3NOEA 4Z0JA 1KM2A 2J9ZA 3W6YA 1Q6OA 1VYSX 1W8SA 4N9EA 4OE7A 4X22A 1ZCOA 1ICSA 1EB3A 3UNDA 3M47A 3P8IA 1M6JA 4O14A 1DL3A 1WDWA 2DZVA 4ZQOA 3GXPA 1ICPA 1SSDA 5K7JA 1SFJA 3IVUA 2RH9A 1RD5A 4DPPA 4O0ZA 3S1WA 4DEFA 4NJHA 1LP6A 3P62A 2Y7EA 4O53A 3N2XA 3STGA 1JCXA 3RFAA 1CW2A 1VCGA 5LNUA 3W7IA 3C2VA 4CNPA 4LS0A 1NF7A 2NZLA 1OFEA 1DKWA 2EGZA 5HMSA 5AC8A 3LI1A 3QMTA 3UWWA 3TU9A 3SR7A 4O4VA 4O4WA 4DF2A 3EX3A 5CG7A 2XFWA 4PH6A 2BX7A 3MP5A 3HGOA 3UXAA 1RV8A 4JTHA 3M5YA 3USBA 1ZAJA 3STFA 4O16A 4FHAA 6TIMA 4IOTA 1L6YA 3MP4A 4UNKA 2ZZ4A 4Z0SA 4JXCA 3GNNA 4MZYA 2CZDA 3FKKA 4OU1A 3KHJA 4H3DA 1KTBA 4UFHA 3OVRA 2LLEA 3GR7A 3L65A 1F74A 4JS3A 4LS2A 3S1XA 3PBVA 5H91A 1ADOA 1F6KA 5G2IA 3LRLA 4KWVA 1KFCA 3KVKA 5DBUA 1FWTA 3L67A 5KINA 3O6YX 3IEBA 4NJGA 4L4MA 2YR1A 1XDLA 2ZTJA 1GEQA 3F4NA 5HR6A 1TQXA 1A5SA 2B4GA 2C0AA 4UR8A 5A8GA 3W9ZA 1XUZA 3NEVA 3HB9A 1H5YA 3VI2A 5HNRA 4P61A 2VC6A 5FF7A 3QM3A 5I3GA 3LHTA 4QQ3A 5D2XA 3EWXA 3FA5A 3LXBA 1SZFA 4PTNA 1Y0EA 1VRDA 3CPRA 3TW7A 1EUAA 4JYDA 1WA3A 4EF8A 1IIHA 4MUZA 3IIXA 1EWDA 3LB0A 3CHVA 3UPBA 2E1DA 4FNUA 5DCBA 1RQBA 1TRDA 3EX4A 1R2TA 3PB2A 5IM51 3GZ3A 2V5LA 3FKRA 4Y6GA 3W7MA 4IX2A 3H53A 4K7YA 5D02A 1GTEA 3GDKA 1PHWA 1YDVA 1XFBA 3M5VA 3PUEA 3O07A 1XC4A 4N4PA 3B4UA 3DH7A 4ZMGA 5EYWA 2EF9A 4MVAA 2E77A 3NL5A 3MJYA 1RQHA 1XBXA 4AHOA 3EXSA 3W7RA 2WNZA 3O05A 4IPJA 3CTLA 3W7KA 5IBXA 3HQ1A 1A5BA 2PRLA 1LRNA 3QC3A 3S0CA 1I2PA 4MFEA 1GVRA 3KX6A 2AAMA 5LKYA 1LCOA 2C13A 3LBCA 1KA9F 1LOQA 2ABAA 3QMRA 2HS6A 4R34A 1WOBA 3C0JA 1H7WA 2ZRVA 4M6VA 5KITA 4WXZA 3GVGA 5CGQA 1Q3NA 2NWRA 2Y62A 5K9CA 4JTLA 2FB3A 2Y88A 4JTGA 2DZTA 2QF7A 5AYYA 3PSVA 4WY0B 3W1TA 2Z2UA 4BK9A 3UPWA 3HGSA 3NDOA 4H6KA 1OFDA 2Q3OA 2JKEA 3MO7A 1K03A 4N02A 3BGJA 1RQEA 2FIQA 1SW7A 3U6WA 5TQLA 2PC4A 3W1NA 1NF0A 1W3NA 3TSDA 2J6XA 4O11A 1TPUA 3PY2A 2WNQA 3IGUA 2GPTA 2GQ8A 4GWEA 1YPFA 2Y6ZA 3GAYA 4MPQA 4DXVA 4RZ5A 1EA0A 3W85A 1O94A 3PWAA 3A21A 3CWNA 4IMDA 1QOQA 4YWIA 3H55A 3PAJA 4AHPA 1HL2A 2P10A 1QDSA 3QSRA 5C54A 2G96A 1TPDA 4ADUA 1TV8A 1G7UA 5D33A 4UR7A 1YDOA 1TMHA 4O57A 3MHUA 3GYEA 1GJPA 1GT8A 3NYZA 2HS8A 4OV9A 5T26A 4NJIA 4ZQPA 3G22A 4JTJA 4K8HA 4WZHA 4HNVA 1SZEA 1VHNA 1JCLA 2H3BA 4O54A 2ATSA 5TBOA 4N4QA 3R2GA 5C2XA 5FEWA 1DHPA 3STCA 4LT9A 3KVJA 3W74A 2ABBA 4JTUA 3DZ1A 5F4WA 3W1PA 4DF0A 3QW3A 4CQ9A 3TR2A 3P81A 5HUOA 1KFLA 1AG1O 4R53A 3PUOA 5CPLA 3TCEA 4OHQA 5F1VA 2Y61A 3P67A 4GUHA 3M44A 1Z48A 4ZL1A 1JCJA 1O5XA 1YDNA 1KFJA 1LLWA 3N73A 5BMXA 3GKFA 4LW7A 2ZBTA 1R2SA 2VFGA 4LS1A 3WJYA 1TTQA 2E68A 5G1YA 1L2UA 1SFLA 3B0UX 3Q94A 4RR4A 3BLFA 2F7FA 3DFSA 4MIMA 1TTJA 5D04C 2QDGA 3OEXA 2R94A 3M5ZA 4MFDA 2C16A 3HIJA 5D2WA 3TROA 5HWMA 1ZNNA 1LZOA 3BG3A 3MP3A 1XBZA 3JR2A 1JUEA 4FIQA 4IJBA 2NXGA 2FB2A 3TMLA 5AFDA 4BI7A 4I7WA 1QPQA 1F76A 3JS3A 1SW3A 5C6MA 3EEGA 1WBJA 4N9CA 3VKJA 1TPH1 1B57A 1TYGA 3TH6A 2X1UA 3WJWA 3H54A 4O1BA 4UTJA 4QSHA 2C1HA 2JGQA 5EPDA 2VKZG 4WOZA 4EIVA 3KXQA 2JK2A 5I3KA 3M9YA 3UYCA 2J27A 3ABQA 3OBKA 5AYZA 4J9JA 3CT7A 1C29A 1H62A 4ZQCA 5F2IA 2OJPA 4FX6M 2E6FA 3HPXA 3QRHA 2A6LA 2H8XA 4NNAA 1RZMA 1PS9A 1ICQA 5K4ZA 3ZWTA 4CLMA 1P0KA 2ZYFA 4LOCA 4AXKA 4FIRA 3EWUA 3PVFA 3IIZA 2A7PA 3EXRA 2EPHA 5D05A 4XBKA 3T40A 2NWSA 3TQKA 1UB3A 3NZ1A 2YYTA 1F2JA 4LU0A 3P8JA 4UTUA 2CWNA 2QUUA 5CZJA 4DBDA 1Q6LA 1KFEA 3W75A 3NQVA 1YLVA 1NFBA 3L2IA 1HO4A 1YXDA 2FDSA 3W7QA 5MHBA 4OQVA 5G4WA 3T7VA 4DO4A 4X2RA 5FI8A 4LVDA 3W7DA 1F73A 3MYPA 4NUWA 4UMBA 4NZJA 4RX0A 5HINA 4JTFA 1Z41A 5K2ZA 5CZTA 1DQXA 2ZRZA 1FX6A 4FNSA 2ZZ6A 1TPEA 3FLUA 2GQAA 3VFLA 3CB8A 4WX2A 1SZGA 4TIMA 3MUXA 3LXAA 3G0SA 3S1UA 1IXNA 2CLHA 1Z42A 1MO0A 3C52A 2NXIA 4QITA 4WY0A 3W3OA 2HMCA 3WK3A 2DZXA 2WSYA 3N9SA 4GFSA 3C2FA 2ZA1A 4JX5A 3L0GA 4NXKA 1TTIA 3F1QA 3A23A 2QCNA 3IIOA 1ME8A 2HTMA 4XKYB 4LVBA 1K3UA 5D32A 3NG3A 4IMEA 2VEMA 4BFAA 1G4EA 1T96A 4H4IA 4A21A 4BI6A 3T4CA 3L66A 1K8XA 2QJIA 4AF0A 4ALDA 2D73A 1K7XA 1JCNA 2AGKA 3M16A 4OWGA 3LRKA 3B04A 1SO5A 3IIVA 4IXXA 3W1LA 3GK0A 3W73A 2A21A 1H7RA 2ZZ5A 3K30A 3QFEA 3TFCA 3R8RA 2NUXA 2QCDB 1IF2A 5AHNA 4UTLA 1SUXA 1BEUA 4DELA 2CLMA 3ABOA 4JX4A 5CZ0A 1F7BA 4K38A 1QWGA 4N9DA 3PBWA 5DLCA 1N8FA 5DY3A 1KW1A 2RDUA 5TIMA 4WXYA 5DN1A 4UXDA 3LM7A 1TIMA 3KRZA 5L9FA 3OIXA 3TNOA 3RK8A 4PC8A 1JUBA 2BZNA 1U83A 3BO9A 3ZR4A 2R91A 2XN0A 1U5JA 2UV8G 4RZ6A 3DFTA 1JRCA 1HUVA 2NX3A 4RK8A 5HWNA 3ANYA 3SECA 3NA8A 1LDCA 2Y7DA 1TJPA 4JGDA 3NPWA 3IVTA 2Z6IA 4W9TA 3HF3A 4P2VA 5A5WA 3N14A 2ZRXA 3W7NA 1ME7A 1XUUA 4M6QA 3IRDA 3R12A 3E49A 1OFQA 3QQ0A 4CQAA 2FTPA 4UFMA 1A53A 1ML1A 2A7RA 4A29A 4FXRA 3SY5A 2H90A 2C6QA 3W1QA 1F5ZA 3LV6A 3PB0A 3TSBA 4GRSA 1WQ5A 3QEZA 4AWSA 1YXCA 2AQWA 3LHYA 3TMQA 2GJNA 4I9AA 2ZCGA 5D38A 3DFNA 3CIXA 4GXMA 3ATZA 5KMYA 3LCFA 3LCWA 1W56A 4ZQMA 1P0NA 5KZEA 3LCLA 4QNWA 1KV5A 1PL9A 1ZY9A 2H3DA 4MLRA 4ZQNA 2E6YA 3DFPA 4JDYA 4HN4A 3OVQA 4ORIA 3TAKA 1SU5A 3CLMA 2GQ9A 1OYAA 3DAQA 4BF9A 5DCEA 2CLKA 1G4TA 3G1SA 3O63A 1ZFJA 2B7QA 1H7XA 4UFLA 1RR2A 3C3NA 3LRMA 3AJXA 3C2RA 2EAWA 2ZZ3A 2E6AA 4YCPA 2DZUA 4K36A 4Z08A 2VOMA 1GG1A 4WUIA 1T0OA 1VYRA 4OT7A 3TA6A 4XTDA 2OZ0A 3FJLA 4TU1A 1W5NA 3MW7A 3PBYA 4DBEA 4IUOA 3G8RA 1TPB1 1OG0A 4Y9AA 3R5EA 5AHEA 3R89A 3O1NA 4IMFA 3IVSA 3BPWA 3KFTA 3S5OA 1FWNA 3G1FA 4LV4A 4CNOA 2E6DA 1OF6A 3IGSA 5LNWA 5J5RA 4JTIA 2Z0IA 1FY6A 3W7PA 4O13A 4O1DA 5HUPA 1H7OA 2YPIA 4FNTA 3KVMA 2A6NA 1EUNA 1AK5A 2I1OA 2J9YA 3KVLA 3NNTA 4MZ8A 2DP3A 2ZZ7A 3LHUA 3W1AA 3WJSA 4AB4A 5BNKA 2QAFA 1KTCA 3M7WA 1K02A 1OFBA 3A24A 1FDZA 3F03K 4L4LA 4X3ZA 3PULA 4PA8A 3TIMA 1HG3A 3NQFA 4MZ1A 1TPFA 3DBPA 3DXIA 3LBMA 3NZRA 6ALDA 4PL1A 3LDVA 3GDMA 2ZA2A 2NXHA 2E5CA 3N34A 4K8EA 1G67A 5K4XA 1UUMA 3S8HA 2YCEA 3W1XA 3N19B 4KKXA 2X16A 3SW6A 1L6SA 1KFBA 2KZHA 4UCGA 1TJRA 4TX9A 2ZQ0A 5F4XA 2A1YA 1W31A 3QW4B 3TJLA 1JVNA 1H1ZA 2JGYA 3W87A 1HTIA 2CZ5A 1FWRA 5C5YA 4KFNA 3HG4A 4O10A 4BWLA 3NAVA 1LRQA 1KM4A 3LCXA 1VCVA 4JX6A 3ZWSA 1YTEA 3NM3A 4UTIA 4HHPA 1G4SA 3CU2A 5KZDA 4GUJA 4WD0A 5LSMA 2VFIA 3C61A 2VEIA 4TMBA 3THAA 2GVJA 4JDBA 3EB2A 3S1VA 2X1RA 4N6FA 2HSAA 1GVFA 4NX5A 2TRSA 3B0VC 1H60A 3GR8A 1FCUA 3QMSA 1R46A 5AYXA 4HT3A 1LYXA 5DBTA 4LNYA 2JBMA 3T44A 1UUOA 5K3VA 3BG9A 4CCCA 4ML9A 5FEXA 4ADSA 1H1YA 2FQIA 1QPRA 3CEUA 4C1LA 1GYLA 2ISWA 4AWTA 1DQWA 2GVLA 1WBHA 4OV4A 4M5PA 3M43A 1FWSA 3OHIA 1OVDA 3UWQA 1T8XA 3TK7A 1EP3A 8TIMA 1FDYA 4IWWA 2QDHA 1TV5A 1LRTA 3L5LA 1W3IA 1QFEA 1VLIA 3P84A 5G4EA 2X1SA 1HO1A 1IGSA 3C56A 1QCWA 4O15A 5LGXA 3MHFA 2Z6JA 3LTYA 4HSOA 4UC5A 1TV7A 1K7EA 3LCHA 3N2MA 3W2MA 1X6UA 1VS1A 3P74A 3S5NA 1DOSA 1J5TA 3FYOA 3FYPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WL0 A;  5LIX X;  1KLY A;  3RIT A;  4E2B A;  1FWI C;  3BOF A;  1XYA A;  2ZUM A;  1EGM A;  1GQL A;  3EDE A;  3FHA A;  1WDQ A;  1GQK A;  2ZA3 A;  1FDJ A;  2CBI A;  1AD4 A;  2HBV A;  1DJQ A;  3HFY A;  3M6Y A;  3VPL A;  3TLQ A;  1KD0 A;  4C6F A;  4RNJ A;  5AZ1 A;  4S1F A;  5A2B A;  1TMQ A;  4GBD A;  3MZN A;  2OSW A;  2Z1V A;  3NL3 A;  3NQB A;  1VGA A;  1LBL A;  4QCF A;  1VH7 A;  4XUY A;  2I5Q A;  3VE9 A;  4EXA A;  1EC9 A;  4S3C A;  1OFA A;  2NQZ A;  4K37 A;  4DO5 A;  2GZX A;  4RXF A;  2QJN A;  1UOK A;  2AGT A;  2ZDR A;  1OX4 A;  1DJI A;  1GWJ A;  3PR2 A;  2VDG A;  4A3H A;  4TVU A;  3TW6 A;  4G9P A;  1G0C A;  1XIB A;  4UCF A;  3UF9 A;  1XL9 A;  4DM2 A;  5GVJ A;  3IAR A;  5LNV A;  3NQA A;  1EGV A;  3QH2 A;  3W07 A;  1SZN A;  1TPC 1;  3TXZ A;  1GG0 A;  4JQ3 A;  1XLG A;  3W2J A;  2A5H A;  2VP8 A;  1E51 A;  2UBP C;  2CZE A;  2WSK A;  3T2Q A;  3ZM8 A;  2OYK A;  4FO4 A;  4BQ4 A;  1YKW A;  1YAD A;  4GBU A;  1FCB A;  2QUT A;  5A2C A;  5BRP A;  1RP9 A;  5CC7 A;  1AW5 A;  1AJZ A;  3GB6 A;  3VD4 A;  1RH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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