4A2S | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAYYSRKSPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLSIKTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMSDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLILINDENDLDIALRIGARFIGIFSMNFETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKLGISERNEIEELRKLGVNAFLISSSLMRNPEKIKELIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__055700355673049__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__055700355673049__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4A2S/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__055700355673049__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"055700355673049","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4A2S/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__055700355673049__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d037b0d6d165fa5d4f79a4f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d037b0d6d165fa5d4f79a4f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d037b0d6d165fa5d4f79a4f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d037b0d6d165fa5d4f79a4f/pdb.gz): 135 ms

reading 247 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

247 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:246});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Sulfolobus solfataricus
publication title	Evolution of a designed retro-aldolase leads to complete active site remodeling. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
total genus	93
structure length	247
sequence length	247
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2011-09-28

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4a2sA00

4W9TA 2QCGA 3DFOA 2AQWA 3W1TA 1OHLA 4UXDA 1NSJA 1XCFA 4JXCA 4PODA 4GUHA 1XBVA 1SFLA 2CZ5A 2CFFA 2GQAA 3N3MA 1Q6LA 1F74A 5DY3A 2VEIA 3QMRA 1ICPA 1T99A 3QSRA 4JTFA 1PL9A 1UUOA 3G18A 1I45A 3UY8A 2YYUA 4AWSA 1K8YA 5A8GA 4MY8A 3BG5A 1C8VA 4AEOA 4WY0A 3TXZA 4IMGA 4AHQA 4UTWA 4LY8A 3B0UX 1FWSA 1TTPA 1YTEA 2FIQA 2WNNA 3N14A 4BR1A 3LERA 4NQ1A 3NM1A 4XUGA 1T8XA 1W5NA 3UPBA 1TPEA 2ISSA 1OFRA 4O53A 3KVMA 2YZRA 1TTQA 2H90A 4MPQA 4O57A 3UY7A 1KBIA 3QMTA 3I6RA 3QF0A 2B7NA 4X2RA 3NAVA 3MHUA 4A29A 1DORA 1N7KA 1XDMA 1G69A 2QCLA 2FB3A 4H3DA 4M6VA 1BTMA 1LDCA 4OV9A 3TAOA 3USBA 4Q32A 1LROA 3DFSA 1PV8A 1G4TA 2CZDA 2ZZ7A 4FIQA 4PCFA 1A5CA 1HO4A 3N2XA 3MP5A 5F4SA 4JR5A 1GT8A 3PUOA 1SPQA 3UZJA 1YDVA 1S5TA 1QFEA 1FXQA 2NX9A 1ICQA 3W6YA 3MP3A 2E68A 3LTSA 3DU0A 3LI1A 5D09A 1QOPA 3P62A 1R2TA 2A4AA 4L4LA 3C3NA 1DHPA 1BWLA 5KINA 2ISWA 6ALDA 2QCEA 1IF2A 3L0GA 2JK2A 2QJHA 4A22A 3AO0A 4JYDA 3YPIA 5LNRA 2HMCA 3STGA 3TFCA 3GAYA 3HPSA 4JTHA 4ORMA 5CZJA 3W86A 2E6AA 1SW0A 3GYEA 1QNVA 3QM3A 2H3DA 1GG0A 5G1YA 2A7RA 4R53A 5EKYA 4FIRA 1GOXA 2BXVA 2OCZA 3G1AA 1FDZA 4WOZA 1M7PA 4LVGA 3QEZA 2X16A 3PVFA 2Y61A 2RH9A 4JTIA 3LHVA 4XWUA 2A6LA 1GWJA 2V0TA 3LCGA 3VE9A 1TQXA 3SJ3A 3W88A 1IXOA 4M7SA 3TH6A 2CZEA 3MYOA 5CKSA 1GVQA 1ZAHA 3PBUA 3EXTA 1TV5A 2OX1A 1KM0A 1XDLA 2ZZ6A 3TDFA 1R47A 3FYPA 1H61A 3MUXA 2BX7A 2YFOA 3C0JA 3C2OA 3TIMA 1Z44A 3ZWTA 3EWUA 1L6WA 5D33A 2XN2A 4AF0A 1TPFA 5C5YA 5AN7A 3CHVA 3IIXA 1OK6A 1QDSA 1JQVA 3FS2A 3W1NA 1OFBA 3E12A 1O94A 1W37A 1FX6A 5LGXA 1EWEA 3EX3A 4UFHA 3S42A 1YTDA 4ORIA 3TU9A 1TPDA 3NQCA 1TPUA 2ISVA 2TRSA 2NUWA 1TSIA 3HG5A 2YPIA 4WQ6A 3T78A 1H60A 1JCJA 2YXGA 3Q58A 4DPQA 4WUIA 4DEFA 4O4WA 4MZYA 1W5QA 3VNDA 2V2CA 2B7PA 3ABOA 2RDUA 2OJPA 3BLFA 1H7PA 2QCDA 5KZDA 1KFKA 2H6RA 1TTIA 1UB3A 1OK4A 1QWGA 5AYZA 3LHUA 2D73A 3H54A 1I8JA 3FYOA 3SIZA 1E51A 5K9XA 1MZHA 3LLFA 4UTMA 3W1MA 3LCIA 2CLIA 1Q6QA 3HBLA 3PF3A 3O16A 3V1PA 1VS1A 3P80A 1X1OA 4K37A 4LC6A 3P61A 1FCBA 1ZAJA 5LSMA 3TMLA 1KM1A 2O7QA 3UZ5A 3E02A 1WXJA 3QJAA 5CPOA 4KWWA 2QCFA 3W7IA 2WO5A 2P1FA 2EKCA 3U8GA 1K8XA 3UWWA 1H1YA 4O28A 1Z41A 3W72A 2C13A 2QCHA 3LXBA 4DBDA 1L6SA 3TE9A 1W5MA 2ATMA 2DZVA 3W73A 1FXPA 3C2VA 1LLWA 1P0NA 1KV8A 4N9DA 4OBTA 1F76A 2PRHA 4KFOA 4WX2A 3IEBA 3VI2A 3SW6A 3M1ZA 4O1AA 3RLVA 4ZVJA 4A21A 3DFTA 4UTWC 5D2YA 1NFBA 1KLZA 4QAIA 4IUOA 2P10A 4DBEA 2YX0A 2OMAA 4HT3A 3OVPA 2X1UA 3B4UA 1SUXA 2Y89A 5F1VA 5D38A 3P74A 4Z08A 4IQLA 2I14A 3EX2A 3HIJA 4NZFA 4NX0A 1DV7A 2FQIA 1GVRA 3BVJA 2C14A 1ME7A 3W7PA 3LBCA 5G2IA 4NT0A 2A6NA 5KSWA 3P7YA 3NQAA 2QAPA 4GC4A 3NQ7A 5EL1A 4GJ1A 3P8IA 4QM1A 5G4EA 4MY9A 1Q6RA 3N73A 3KOFA 5FEWA 2FPVA 4RXGA 3VE7A 1RQBA 2X30A 3STFA 1VR6A 2ZBTA 2NXHA 4PL2A 5DN1A 3RF9A 1M5WA 3OG3A 3L5AA 2DJXA 4MZ8A 3M47A 2GQ8A 2ZTKA 5AOUA 1H62A 4HPXA 2X1SA 3LX9A 3JR2A 5BMWA 5CG7A 3TJLA 3PS7A 3LV6A 4XZ9A 3W2UA 4RXFA 2Y6ZA 3UWZA 3GDMA 3UWUA 1RZMA 4UFIA 1F05A 1SO6A 5LHFA 1ML1A 4QIUA 2Z6JA 4PEKA 5TBOA 3WJXA 3OHIA 1A5BA 2F7FA 3S5OA 1THFD 1C9DA 3WJYA 4GUFA 2DU2A 1KM5A 3R13A 2E5BA 5KTLA 3TNOA 1YPFA 2G97A 1JCLA 2EPHA 1LORA 4M5PA 4GWEA 1F7BA 1SW3A 4IXHA 5EPDA 4NJKA 5K3VA 1LBLA 2ZYFA 1F5ZA 1EP2A 2E6DA 1KFCA 4XQ6A 5D04C 1EUNA 4FNUA 1KTCA 5BNKA 1GTHA 3A21A 2PRMA 3W7KA 4JX5A 1LZOA 1O4UA 3KHJA 1LOQA 2I1OA 4FHAA 3SR7A 3B03A 2E09A 2W0UA 1QAPA 3DH7A 3F4NA 1IXPA 1H7OA 4Y9AA 4QISA 3AJXA 5AC8A 5LZLA 4Y8FA 4ZQOA 1VJIA 2QCMA 5F2MA 3IVUA 4UCGA 3C56A 2DZPA 3FIGA 1K7EA 3TX9A 1DVJA 4E0CA 4UFJA 1FCVA 1S5VA 4IWWA 3NPUA 1W5PA 4HNUA 2HSAA 2NX3A 5DLCA 4AVFA 3W2KA 3F1QA 1TMHA 3W70A 2YYTA 3LRKA 4DO4A 3TUUA 4MFEA 4O50A 4BI7A 3P5ZA 3PBYA 3HG4A 4CQ8A 1AL7A 4S2CA 1G67A 3UWVA 3OVRA 2RDWA 3LXCA 5KMYA 3TC6A 2B7OA 4NNBA 4N6EA 4O15A 4BI5A 3PSWA 3O07A 4YLWA 4JTKA 4KKXA 3EXSA 4O0KA 1Z48A 5K9CA 2E6YA 3C8FA 3S1XA 1S3HA 4I7VA 3FLUA 1VH7A 3W2LA 3SI9A 2XN0A 5AHNA 2GOUA 1EEPA 3W85A 4OWGA 3D0CA 3WK2A 2NUYA 4BWLA 1B4KA 1HTIA 2W79A 3MI3A 1EWDA 1WOAA 3EWXA 4S1FA 3SSJA 3LCWA 4JD4A 1NAL1 2JKPA 3P5YA 1BWKA 3SFKA 3HPXA 3EX4A 3L67A 1AW2A 2VFFA 3QRHA 4K8EA 1PIIA 2JKAA 4RX0A 2R91A 4UFMA 1F6PA 1K3UA 3W7CA 3UQNA 2NX1A 4NNCA 5DY2A 3TR2A 3CEPA 3LRMA 1SO5A 1QPNA 4X22A 2CLEA 1RQEA 5ABTA 4AAJA 3R2GA 3A5VA 1V7YA 3QW3A 3LXAA 5HINA 3M16A 1GYNA 2NWRA 4IOTA 3R5EA 5U4NA 3EEGA 5K2ZA 4XKYB 1H5YA 4NNAA 1OX4B 5FF7A 3A24A 3KRZA 4ZQPA 2ZRWA 4WZHA 3W7JA 5TQLA 3S9YA 4E38A 3L2IA 4R34A 3GXNA 2QDGA 1OFDA 3UYCA 4NVTA 3G24A 1VGAA 1TRDA 4OQVA 5FEXA 3MO7A 3WK0A 2J6XA 3QH2A 3NXFA 3INPA 3GDTA 3LCFA 2J9YA 3W22A 3G8RA 2GVJA 3STEA 2WQPA 4O1DA 2Y70A 4K8HA 1WX0A 1RD5A 3HB9A 4MYXA 4LVFA 5FF3A 4MJZA 2WSQA 4JTJA 1ZJIA 4LOCA 4UNKA 1G6CA 1TV8A 1NF7A 4NJIA 3DFQA 4D2JA 3PB0A 3TK7A 4QSHA 1SO4A 7TIMA 3S0CA 3C61A 3T40A 4N9EA 3DFPA 3N9RA 2YW4A 2V82A 4Q4KA 5AC6A 5FEZA 3IRDA 4DF1A 2OZ0A 3NR0A 4JTEA 4IMFA 5AHFA 4FX7A 1P0KA 4ADUA 1JQXA 4M6QA 1TPC1 3UXDA 4MVAA 3T44A 1YDOA 3FA5A 3N34A 1UJPA 4RZ5A 1JCNA 1VHNA 4NJHA 3QPYA 4LUIA 5HNRA 2VFEA 1X6UA 4LVAA 5C55A 1OF8A 5EA9A 4CLMA 1BKSA 1I4NA 4Q33A 4ADSA 1EB3A 2Z2UA 3M41A 3W7DA 1F6KA 2ZCGA 3PB2A 3QMSA 4OT7A 3MI2A 1SQ7A 3HJZA 3G1VA 2QF7A 4HHPA 2FPTA 1ME8A 2V81A 2QCNA 3EWZA 4UMBA 4JTLA 3EX6A 4RR4A 3U6WA 4P2VA 1W3NA 1JUKA 2VFGA 1LRNA 3WFAA 1EA0A 1YXYA 5MHBA 2QDHA 2C3ZA 1XUZA 2FDSA 5K4XA 1OFAA 5I3GA 1OFEA 4O14A 5K7JA 1XUUA 1DJQA 5I3IA 2RDTA 4PL1A 4M19A 4JYEA 4RK8A 3S5ZA 2H8XA 5F2LA 4JYFA 4WY0F 1UASA 3C2EA 1K8ZA 3W3OA 2C19A 3ELFA 2GQ9A 4MOZA 1LLZA 3F03K 3RMJA 3HO8A 4FF7A 2QJGA 1TPVA 3L68A 3QQ0A 4N2YA 4X9SA 2E5CA 2DZTA 2TSYA 1XBXA 3TROA 3NPWA 4CCCA 3WJZA 3GDKA 3NDOA 4O10A 1MO0A 3N9SA 4HNTA 1KV5A 3HGJA 3W7EA 2ZRUA 3NZRA 2CU0A 5DBTA 3E96A 4A3UA 1V5XA 4KWVA 4YXGA 4YL2A 5TIMA 4E2BA 3L0NA 4LTSA 5HJLA 1O5XA 1XFBA 3IVTA 4U4MA 1PS9A 4FX6M 5G2HA 3W7RA 3A5FA 2QAFA 3W23A 2A0NA 1CX9A 2DZUA 3M5XA 2JGQA 1UBSA 4ZQRA 4HSNA 3TA6A 4R7JA 1IXQA 4FNPA 4HNVA 4FNQA 3O8AA 2V5BA 4CNPA 4CCDA 4BWLC 1GEQA 3HPZA 1FWWA 1X8FA 1H7NA 3FJ6A 1VCFA 1R2RA 2JKEA 2FTPA 2V8ZA 2ZA3A 3FFSA 4H4IA 3FJLA 3KVKA 3Q94A 1RV8A 1DJNA 4UTJA 4M7TA 3CQ0A 3E9AA 5D30A 5J5DA 5G1TA 1FWTA 4ZQNA 5T26A 4UUIA 4YWIA 3BARA 1J5TA 5AHMA 2B4GA 3M5YA 2ZFAA 3NGJA 5F2IA 5FI8A 4Y96A 1SZNA 1I2OA 2WNQA 5DCBA 5LGZA 3LHZA 4X3ZA 1G4PA 2J88A 3IIVA 3LCHA 4GUIA 4PA8A 4LNYA 4N4QA 3W7GA 3BG3A 2NXIA 5GVJA 1TREA 4MZ1A 1O95A 3S1VA 1AW1A 3G1SA 1J2WA 1YTKA 2YW3A 5FF0A 4B5NA 4ZQMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1XRT A;  4NYY A;  1CWY A;  1SFS A;  3FK4 A;  1WBH A;  2E0P A;  1X38 A;  4C60 A;  3A13 A;  3MJM A;  2PLC A;  4DZH A;  2WMH A;  3UG3 A;  4IX2 A;  1E0U A;  4HYV A;  1EZ2 A;  3RO6 A;  3WFL A;  3THU A;  2VEK A;  5CPN A;  4V15 A;  2CBU A;  2G3I A;  4N6F A;  4JTU A;  1V77 A;  4W85 A;  3GFX A;  3QOM A;  3TN5 A;  4E5T A;  5HUL A;  2VFD A;  3BAN A;  3SY8 A;  4GO8 A;  4K6A A;  3TVA A;  1EA9 C;  4FS9 A;  1FCQ A;  1ZEN A;  3QY7 A;  3KDN A;  5BCA A;  3PNZ A;  1FY6 A;  3O0F A;  4LNC A;  3NYZ A;  2FMN A;  4PEE A;  4UR8 A;  1CIU A;  4FP1 A;  1IE7 C;  4F9J A;  2QR6 A;  4PMD A;  2QZR A;  4JIQ A;  1O6I A;  4GVH A;  4GI8 A;  4WRH A;  4AZI A;  1RAK A;  2Y85 A;  3TOP A;  4AX7 A;  2J79 A;  1J8V A;  2D3N A;  4IJR A;  1EPV A;  2W9M A;  2OR2 A;  3P84 A;  3ZVH A;  2WMI A;  3WUF A;  2ZTJ A;  4J3S A;  3ITT A;  3B8T A;  3PAN A;  4FMV A;  4GIE A;  3UFY A;  5HMF A;  2OB3 A;  3B04 A;  3NEV A;  1X6N A;  3TZF A;  5HAT A;  3FY1 A;  1JZ8 A;  4QE1 A;  4CQA A;  3EWB X;  3QHM A;  1TUX A;  3AS2 A;  1UZ4 A;  3CL7 A;  2V2H A;  3CIW A;  3TV8 A;  4O18 A;  1EJW C;  3W84 A;  2VQU A;  4MYA A;  4KMQ A;  3BW2 A;  2Z0I A;  1ITU A;  2A7P A;  2J7G A;  5A6S A;  2RAG A;  4YWS A;  3VAV A;  3DIP A;  1ZLP A;  1MNZ A;  3W1R A;  3BMW A;  3UES A;  3SUR A;  2OFJ A;  5FD0 A;  1DE6 A;  1AZ2 A;  3B8S A;  2FKP A;  4WKH A;  5IOB A;  4IGS A;  4WDT A;  4XD6 A;  3RJY A;  4NP7 A;  4HJW A;  4QLK A;  5I24 A;  3G3M A;  4QJ3 B;  2YBU A;  2J7B A;  3KBN A;  3KDO A;  2AQO A;  3TSB A;  4LPC A;  3IJ7 A;  4RNJ A;  4A8I A;  5C9R A;  1JF6 A;  3BAJ A;  3MUC A;  1F73 A;  3GM8 A;  3ZFH A;  4UQB A;  2V5K A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4A2SA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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