4AB4 | Genus

Total Genus 135

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	349
structure length	349
Chain Sequence	TTLFDPIKLGDLQLPNRIIMAPLTRCRADEGRVPNALMAEYYVQRASAGLILSEATSVSPMGVGYPDTPGIWNDEQVRGWNNVTKAVHAAGGRIFLQLWHVGRISHPSYLNGELPVAPSAIQPKGHVSLVRPLSDYPTPRALETEEINDIVEAYRSGAENAKAAGFDGVEIHGANGYLLDQFLQSSTNQRTDRYGGSLENRARLLLEVTDAAIEVWGAQRVGVHLAPRADAHDMGDADRAETFTYVARELGKRGIAFICSREREADDSIGPLIKEAFGGPYIVNERFDKASANAALASGKADAVAFGVPFIANPDLPARLAADAPLNEAHPETFYGKGPVGYIDYPRLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__59070319779699__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__59070319779699__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4AB4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__59070319779699__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"59070319779699","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4AB4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__59070319779699__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
publication title	Structural Determinants of Aromatic Ring Reduction in the Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas Putida rcsb
molecule keywords	XENOBIOTIC REDUCTASE B
total genus	135
structure length	349
sequence length	349
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-12-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4ab4A00

1P0KA 3B0VC 3M47A 5G5IA 1XXXA 2YCEA 5FI8A 1KBJA 4MIMA 3NQMA 1HO1A 2DZUA 4RJEA 2E6FA 4A2RA 3JRKA 1D3GA 3GYEA 1JCNA 5AC8A 2NUWA 1R46A 2ZYFA 3IIOA 3GK0A 3FKKA 4CNPA 3W1XA 4LOCA 2QCDB 4O8RA 3MP3A 4Z0SA 1VJIA 3EWZA 3O15A 4GUJA 3SGUA 4JTFA 1TPUA 1B9BA 5DCDA 5D05A 3CWOX 4I7VA 1SU5A 4NNBA 4KFPA 4UTWA 3N19B 3W2JA 2CZEA 1OFRA 1WV2A 1M5WA 3JR2A 1YPIA 3BV4A 3TH6A 1L9WA 5IM51 1SO5A 1VYSX 3I6RA 1GEQA 5TIMA 1ME9A 1XI3A 3GNDA 1T96A 1AG1O 5BNKA 1XKYA 2V82A 4BI6A 1ME8A 1YTDA 1OFAA 2WPBA 1GYNA 1I4NA 3TJLA 1I2OA 3NO5A 3NQ2A 3STFA 3FYPA 4L4MA 5F2IA 2BX7A 2YFOA 1FCVA 1JQXA 4WY0F 3OG3A 1TSIA 2B7QA 3O6DA 3ABQA 4QQ3A 2V30A 3GDMA 4JYDA 3S1XA 1BEUA 2CLKA 3I68A 2G96A 1QR7A 2CLMA 3IIZA 3O6CA 1SPQA 3CB8A 5D2XA 3GNNA 4ZQMA 3MW7A 3TUUA 5DY2A 4Z08A 3G24A 3IEBA 1WQ5A 3BGJA 1KTBA 1PHWA 1S3HA 3EWYA 3PSVA 1YDNA 1YYAA 2FFCA 1LROA 4MKNA 3C8FA 3G0UA 3M16A 1F76A 4TMBA 1ME7A 4FNUA 4RZ6A 4N9EA 2D73A 4OV4A 1NEYA 4PEKA 1AK5A 5F4XA 4GUIA 3W74A 2ATSA 5HUOA 2ZFAA 3M9YA 4S2CA 3LTSA 2ZA1A 1TTPA 3DAQA 4PA8A 3WFAA 1G7UA 5K9XA 5J5DA 5KINA 1XUUA 3GDLA 3LB0A 3G1YA 1GVFA 1FQ0A 5U7SA 1A5SA 1QFEA 4K7VA 1EUAA 3W1PA 2R91A 3WJSA 4LRTA 2O7SA 1Z44A 2FPVA 5I3IA 3TW6A 1X1ZA 3GXPA 4EF8A 4M7SA 4OV9A 1GOXA 4JYEA 5AYYA 3VCRA 3QMSA 2QDHA 4JTIA 5DELA 4U28A 3TV8A 4IUOA 3VFLA 3W1LA 3C6CA 2YFNA 3UWVA 3LBMA 5BMXA 3KXQA 3EB2A 1QPNA 3E9AA 5FEXA 3O06A 3P80A 3A5VA 3WJZA 3HF3A 1RPXA 2NX9A 3FJLA 3KVJA 1I2RA 1GQNA 1PE1A 5C55A 1GTHA 3M5VA 5AHNA 4MOZA 3UYCA 1I45A 2EF9A 3PG9A 5J5RA 1JR1A 3EX1A 1H1YA 1O60A 4Q4KA 3W7NA 3C2VA 3DXIA 2C13A 2A4AA 4LTSA 2NXHA 3V1PA 1G67A 4PL1A 1GTEA 1XDLA 5G4WA 5MHBA 2C0AA 4KKXA 1IXOA 4JY9A 2YZRA 5AC6A 4P61A 2NUXA 1LZOA 4FXRA 1S5VA 3HGOA 4OT7A 4Y96A 3B4UA 3BLFA 3TDFA 3B8DA 3Q37A 5D30A 3L65A 3TKFA 3TNOA 1H51A 1W5OA 3CIWA 1MSSA 1NAL1 3A24A 4GWEA 3B0UX 3W75A 3DZ1A 2B7NA 2DORA 1VRDA 3DU0A 5K2ZA 4O1BA 3W7OA 3G1FA 3HG3A 5CGQA 1ONRA 5D2WA 3EX2A 3N9SA 1PVNA 4RCXA 3HPZA 5D32A 2DP3A 4I7WA 1F6PA 1KFCA 3QYQA 3MUXA 1H7OA 3P5YA 4UMAA 4E2BA 1GT8A 2E09A 4JTSA 2ZBTA 5HINA 4KFOA 4DPQA 2J9YA 1I2PA 2Q3RA 3W7MA 1VCFA 3Q2DA 4G1KA 2YDAA 3PB0A 1D9EA 3LRLA 1GVQA 4OHQA 5G1TA 3NL3A 4IMFA 2V5BA 3GKAA 5I3GA 4LVDA 3QMRA 4XQ6A 3W85A 3IVUA 3PUEA 3G1DA 4OU1A 1VS1A 2KZHA 2G97A 3QQ0A 1I2NA 1IXNA 5LNRA 3UWWA 3HJZA 3EXRA 2HS6A 1R2RA 2QJHA 3ABRA 5TBOA 1EIXA 3CEPA 3L0NA 4LS0A 5F1VA 1TRIA 2QCLA 3ABOA 1WX0A 1Z48A 1MEHA 3TSDA 3IVSA 1FDJA 3MO7A 2W6RA 4JTJA 4NUWA 4X22A 3N2MA 1IF2A 1QPRA 1WYIA 1LBLA 1QCWA 3AJXA 1VQTA 3WJWA 1TJRA 2C19A 5CPOA 3T78A 5CSRA 1G6CA 3MYPA 1LRQA 2ZZ3A 2WNZA 3NZ1A 1JJKA 1FDYA 4HPJA 1QMLA 1M7PA 2DZWA 1FUYA 3G1HA 1ZAHA 2QCDA 1W56A 3W70A 2ZRVA 4M6VA 1A5CA 3NVTA 1BKSA 3NQVA 2FPYA 4W9TA 1CW2A 1ZAIA 1LOLA 4MUZA 3TC6A 1R47A 5L9FA 1O5XA 3OVRA 4MJMA 4FO4A 3U2OA 3NPWA 3A22A 3HG4A 2V0TA 5H91A 1H7NA 1KW1A 1W3TA 4NT0A 4LVAA 1TQJA 5ABTA 2J9XA 3W1QA 3PBUA 4O4WA 1FDZA 4JXCA 4ICNA 5C54A 3LBCA 1VLWA 1B57A 1H50A 4GRSA 1PV8A 3P67A 1KM5A 4WXYA 4AF0B 3DKJA 5I3JA 3MI6A 2B4GA 4RLIA 2EHHA 5CSSA 5AN7A 2VFFA 4QSHA 3RU6A 1SO4A 3ABSA 3C3NA 1U83A 1OX4B 4GNJA 4GUFA 3UWQA 3LHZA 1ALDA 2R8WA 5DBUA 3BG5A 3QSTA 3M5XA 2ZTJA 4JICA 4UNKA 4BWLA 3PSWA 3UY8A 3L0KA 2PRHA 2P10A 2A5HA 3W2MA 3GLCA 1HUVA 4B5NA 5G4EA 5K7JA 4UFJA 4UXDA 4LUIA 1FX6A 4YCOA 1X1OA 2ZDRA 2CZFA 4GC4A 3QMTA 4LW7A 2X30A 1C29A 3QJAA 4MVAA 5HR6A 2DZSA 2PCQA 2W79A 1OFQA 4ZQCA 2H8ZA 4H4IA 5CPMA 2X1RA 2VFDA 5LKYA 2CLOA 5IBXC 4E0CA 3LXCA 3C61A 5EKYA 2H8XA 1S5WA 1F05A 2AAMA 3GB6A 3N3MA 2Q3OA 1QNVA 3HBLA 4ADTA 3PULA 5K9DA 4DEFA 2GQ8A 4LS2A 3SGZA 3OIXA 1HL2A 1P5BA 3NR0A 4Y6GA 3W1MA 2A7NA 5D04C 3S5OA 4JTHA 1PIIA 1YPFA 2Y7DA 4UMCA 1SFJA 4LT9A 4D2JA 3W83A 1YXCA 3TQVA 4R53A 4NJGA 4O52A 2F84A 3WK0A 2Y63A 5KZMA 3UZ5A 4K8HA 4CQAA 2QEZA 5EMUA 4DXVA 4UTTA 1DHPA 1K8ZA 2JGYA 5KMYA 5EPDA 2ZZ6A 1L6YA 4QIUA 3ZFHA 5L6UA 5FF0A 1VHCA 2VKZG 1Y0EA 2RHGA 3I65A 4O0ZA 1AMKA 3TX9A 2WQPA 3Q58A 1MZHA 1YTKA 4NQ1A 1YTEA 1H5YA 5K3VA 1F7BA 1NVMA 3W73A 3NQ8A 4BWLC 5AYZA 4AMAA 2FJKA 4MLJA 4IMGA 5CG7A 1PHQA 5D2YA 3M1ZA 3Q94A 1P4CA 4FX8A 1KM0A 3FLUA 5D37A 2QCNA 3TQKA 1LRNA 3OVPA 3TCEA 4MY9A 3CWNA 4MY1A 1LRTA 5HWMA 3CEUA 2WSYA 3M6YA 3MJYA 1OFBA 4E2DA 2YW3A 4O16A 5D09A 1BTMA 1C8VA 2A21A 1SZNA 2PC4A 3P8JA 5KZDA 4X3ZA 1A5BA 5CZJA 1CX9A 2VEPA 3RLUA 3G1XA 5FF4A 4QAIA 2ZRWA 2Y7GA 1O94A 4FF7A 2DZXA 4JR5A 3NM3A 4UCGA 2QUTA 3L5AA 3RLVA 3NM1A 3JS3A 1VPXA 5DCEA 1S5TA 2A7PA 3E49A 3LGEA 3G22A 3DFSA 2BSLA 4IGHA 4HKPA 4R7JA 2H6RA 3W7HA 3BK0A 1JUEA 1MEWA 2YYUA 1DKWA 3CIXA 3FOKA 5A5WA 8TIMA 4DO6A 1XC4A 1DL3A 3W7CA 4HN4A 3GIYA 3MYOA 3DI1A 4BI5A 1GG0A 3QC3A 3TIMA 1LBMA 4JDYA 4IX2A 4UTTC 3UPWA 4TR9A 1SO6A 2GVJA 2BTMA 3QW4B 1G4EA 3GDTA 3EKZA 4OWGA 3UPBA 3PVFA 4TO8A 3NQ6A 3T40A 4IMCA 5FF3A 3G1VA 3BW4A 3IGUA 5F2MA 3VI2A 2QCHA 4M6PA 2JK2A 3A21A 3WK3A 2A7RA 4QNEA 2OZ0A 3EEGA 3S8HA 1OK6A 4IPIA 3LOTA 3I7QA 5LHEA 4HHPA 1EP2A 2ISWA 3QW3A 1JRBA 3QQ1A 5A8GA 3B06A 3MI3A 4E38A 3NG3A 3EX4A 4LC6A 3S5NA 1FCUA 2DJLA 1FWRA 1LBFA 3P60A 1W1ZA 3SECA 3W86A 2NUYA 1VR6A 5EA9A 4ZVJA 2GUUA 2CLHA 2J6XA 3LXAA 4DF1A 5LNSA 4S1FA 2ABAA 1W3NA 3TR2A 3W7IA 1AW2A 3T55A 4MZYA 4XKYB 3H53A 4FNPA 1GVSA 4JTUA 4ZQRA 5DXYA 1EA0A 1FY6A 1F2JA 4LC8A 3A23A 3P8IA 3TSMA 1JCMP 1LYXA 3O07A 1XM3A 2JKPA 4RKAA 2Z1BA 2ZZ7A 1N55A 2OT0A 2C1HA 3UXDA 1IXQA 4N4QA 1KM4A 3CPRA 4XBSA 4MYAA 3TW7A 1J2WA 4AF0A 4HNNA 5HUPA 2ZRZA 3UWUA 3LI0A 2X2GA 2VEMA 3L68A 3M43A 4JYFA 3GAKA 1VC4A 2WNQA 3LTYA 1UCWA 3PF3A 3YPIA 5EY5A 1B3OA 1OX4A 3WK2A 4O1AA 2ZZ5A 3SW6A 3NOEA 5CPNA 4JTLA 4PCFA 1KLZA 2FDSA 1XDMA 2NZLA 1DOSA 2NXIA 1KLYA 4H6KA 1G4TA 3N73A 3NQEA 4QM1A 2HTMA 2DZPA 3QFEA 4GUHA 3W2KA 3TA6A 4CNOA 5LZLA 1FCQA 3W88A 2Y70A 3EX6A 3QM3A 4PFMA 1K8XA 6ALDA 4WD0A 4J9JA 2CLFA 1YXDA 3S6DA 1TCDA 2I9EA 4NZJA 4QITA 3EXSA 1MEIA 3L67A 5LNUA 1LOQA 2WKJA 4JX4A 1FBAA 5BOOA 1F73A 4JEQA 2H3DA 4IWWA 3ELFA 3HGSA 3O63A 5G2IA 4WOZA 3NEVA 1JCXA 2J27A 4CQ9A 4IX0A 3M5YA 4O13A 3BVJA 4O14A 1K03A 1U5JA 4WY0A 3DFPA 1QO2A 3OHIA 3MBDA 3PWAA 2EPHA 4OE7A 1JCLA 3W84A 3N2XA 3L5LA 4FNQA 2ABBA 4ORIA 3LCHA 4NXSA 1TRDA 1BWKA 2VEIA 1OYAA 4K36A 4POCA 3NPUA 3PUOA 5SWUA 5BRBA 1UUOA 1H1ZA 1SZFA 4WOQA 3LHTA 2E5BA 3P61A 3QF0A 4PTNA 3WJXA 1Z41A 3G0XA 4AWUA 2B7OA 3E96A 4JX6A 4X2RA 4AVFA 2VXNA 1YDVA 1AL7A 3GR7A 2GQAA 2WSQA 4NZFA 4FEZA 5D02A 4UFKA 5C6MA 3HO8A 1QPQA 3M41A 3HGJA 2GVGA 1KM3A 5I3KA 4IMEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1AD1 A;  5FD0 A;  2RDX A;  2REQ B;  3LTP A;  4U10 A;  4Z1C A;  3STE A;  2CLE A;  1EYE A;  3VFC A;  3NCO A;  5HBF A;  3S1V A;  3MP4 A;  1LLW A;  1HTI A;  1EA9 C;  2XN2 A;  4RXF A;  3STG A;  1TYG A;  3TE9 A;  4H9U A;  2PBG A;  5HMS A;  5BRQ A;  1UJP A;  1HJV A;  2V5L A;  2X0H A;  1X6U A;  1SJC A;  4OKD A;  4PUE A;  3VVG A;  4H7C A;  3QY8 A;  1ADO A;  1JPH A;  2PDQ A;  3AIB A;  3Q45 A;  5LIY X;  4XZL X;  4E5T A;  3W1T A;  1TZ7 A;  1CGU A;  1KA9 F;  2D2O A;  3WFZ A;  1RCQ A;  1J6O A;  3SSJ A;  3U8G A;  4P2V A;  5HME A;  4DBE A;  5CZS A;  3VNM A;  1FTX A;  4LAN A;  1VBG A;  4CNU A;  3WFL A;  1ISZ A;  3F5L A;  3HPX A;  1ZJH A;  2DU2 A;  2R1K A;  3F2C A;  4IIE A;  4MWA C;  4EX4 A;  3PC0 A;  1EPV A;  3E0V A;  2Y24 A;  4LAO A;  2OFJ A;  1MFV A;  1VH7 A;  2HJP A;  5A8O A;  1W54 A;  1ZBW A;  3MU7 A;  1UD5 A;  1OBA A;  1KM1 A;  1DWI M;  1W1Y A;  1H62 A;  2POT A;  3WL0 A;  4RZ4 A;  4ZO7 A;  1OAB A;  4LSB A;  5CZT A;  1E6Q M;  1SR9 A;  3MWA A;  1WOA A;  2VC5 A;  4AX7 A;  3TC7 A;  4DXK A;  1B0I A;  1KBK A;  1K4H A;  4KW2 A;  3C56 A;  3SY1 A;  3LLX A;  3FAX A;  3S2J A;  5AC7 A;  4XK2 A;  3U3H A;  2EJA A;  2ALD A;  4AY7 A;  1TPE A;  1JGM A;  2FHC A;  2EGZ A;  3KAO A;  4GZJ A;  2C6Q A;  4XTI A;  4DAI A;  1JZ4 A;  4YHE A;  4DBD A;  4US5 A;  1N2V A;  5DXX A;  3PUD A;  2DT0 A;  1FWC C;  3W3O A;  4X0N A;  3QPZ A;  4V33 A;  1DJN A;  3T07 A;  2Y88 A;  1W32 A;  4Z2I A;  1ZJB A;  5AVN A;  4A8I A;  3O6Y X;  2VC7 A;  4QDW A;  1V0N A;  2JEQ A;  4KWW A;  3S47 A;  3FXY A;  2HCV A;  4Z1A A;  1QAP A;  3U9I A;  2CLL A;  4A2S A;  1JD9 A;  2P88 A;  1IIH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4AB4A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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