4ACZA

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides thetaiotaomicron
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
TLDDHTISFYYNWYGNPSVDGEMKHWMHPIALAPGHSGDVGAISGLNDDIACNFYPELGTYSSNDPEIIRKHIRMHIKANVGVLSVTWWGESDYGNQSVSLLLDEAAKVGAKVCFHIEPFNGRSPQTVRENIQYIVDTYGDHPAFYRTHGKPLFFIYDSYLIKPAEWAKLFAAGGEISVRNTKYDGLFIGLTLKESELPDIETACMDGFYTYFAATGFTNASTPANWKSMQQWAKAHNKLFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSTTRDRENGKYYDDMYKAAIESGASYISITSFNEWHEGTQIEPAVSKKCDAFEYLDYKPLADDYYLIRTAYWVDEFRKARSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-ALPHA-MANNOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 126
structure length 341
sequence length 341
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4aczA00
1CXIA 1V6VA 2ZX8A 3VIGA 5LA1A 4B3KA 5A8QA 5AYBA 2YKKA 2J75A 2CBVA 1B31A 1B90A 4R5EA 2E0PA 1BYAA 1BVNP 4EANA 2WW5A 4TX8A 1MXGA 5CLWA 2VC9A 4AZ6A 1JNDA 4W87A 1ODUA 2X8RA 1DHKA 1C8XA 5A6LA 4WKFA 4UFHA 1QI4A 1UWRA 1IT0A 3MMWA 1VJZA 3EMZA 3B9DA 3AICA 4C7GA 2CCRA 3MUY1 1XH1A 2CYGA 4M8UA 2J7GA 2XIBA 5C70A 4TVCA 4KGLA 1MQPA 3BCFA 2ZUWA 2X0YA 3WIJA 1S46A 2C8NA 4TUFA 4V2XA 5I2UA 3W37A 3MUAA 1SMAA 2J7CA 1UR0A 3VMNA 2YDQA 1H0IA 2VZVA 1JZ5A 4Z2JA 2IXVA 5BRQA 2BVYA 1D3CA 1UD8A 3VD9A 5IFTA 3NSNA 1NP0A 3CH9A 3ECQA 1FOBA 1L0PA 1JZ4A 4PRWA 1EDGA 1LL4A 2WVUA 3ARZA 4W7UA 4MNMA 2PWEA 3RM9A 4CU7A 3GXFA 2NT1A 4HZ7A 4M1RA 4B9ZA 4HMEA 3AYRA 2XG9A 4DUXA 1UR2A 1E4NA 4HA3A 5D9NA 4CVUA 1FH9A 4Q7NA 4ZFMA 2UY4A 4ZE5A 3K4DA 2VVNA 3AXXA 3VIHA 1XHGA 1Q6DA 4F9JA 4BQ3A 4NI3A 3QGVA 1WZKA 2BHUA 4GI9A 1C7TA 1ZBVA 2D0FA 4MTVA 1BGGA 3VDHA 3LMYA 2PB1A 3VIPA 3FAWA 3FY1A 3GH4A 4CUCA 3WNPA 1U2YA 5LA0A 5HPCA 2WVSA 3GZAA 4JKLA 4W8LA 4U33A 3QR3A 1I1WA 3GH7A 3KL0A 4AY1A 1UKTA 3GBDA 3I3EA 3WH7A 4C7FA 2BXYA 3ZOAA 1FHDA 5FD0A 1UR9A 2AMGA 2W67A 2VZUA 5M3WA 1PZ2A 3WD3A 3E1F1 2XFRA 2TAAA 2PBOA 3TTSA 3IAPA 1EXPA 4GO8A 3ARYA 1XH2A 4D6GA 4OOUA 1CDGA 1HF6A 5JUVA 3SCVA 1WNOA 2DIEA 1F4HA 1B3ZA 1GNXA 4W89A 1HJVA 2J8FA 1BYDA 1C90A 3A4WA 2WBGA 1US3A 2UY5A 3NDZA 1BHGA 2G3JA 2FDMA 2O9PA 1QI3A 3A3HA 2CHNA 1NWTA 2VJXA 2GFTA 1W1VA 4ZXOA 3BXWA 1D2KA 4LGXA 1M53A 1QHOA 4W7WA 2YLLA 3PZGA 5BXSA 1WB0A 4AD2A 2WMIA 3HN3A 4JKKA 2J4GA 4AIUA 3S6TA 3O9NA 1KGWA 1R87A 3BLKA 4MB4A 3MU7A 1QI5A 4PCSA 4AWEA 4U3CA 4A4AA 4EK7A 2PWDA 3PZIA 2WMHA 1BPLB 1U33A 5I78A 3T0DA 1JD7A 2VX5A 4BF7A 3AIRA 4V28A 5JBEA 2ZWYA 1E5JA 2EEXA 1W1YA 1C7SA 4FMVA 1AMYA 3GH5A 3FAXA 1J0YA 3AJ7A 3BSGA 4P7LA 4QCEA 5DFAA 1GORA 3AQUA 1EDTA 3WUGA 1U30A 4OOZA 3AHVA 5ABEA 1QHPA 4ACZA 4X0VA 4M24A 4PMXA 3OGSA 1KXVA 1J12A 3OLDA 3PTKA 4A3YA 5FOOA 4MB3A 3BC9A 2BV9A 4MNKA 4IUGA 1NOUA 3UCQA 1BFNA 3N04A 2OSYA 2E9MA 3BAWA 1N82A 3AXHA 3MV11 3OB8A 4WLCA 1ITCA 3K8MA 1CLVA 3ARTA 3N9KA 2OSXA 4U31A 1GVYA 4DWSA 4UFLA 2YA1A 2WLZA 5AYIA 1UZ4A 3CMJA 1J9YA 3GNOA 4MB1A 1E9LA 3WDPP 1CGTA 2VX4A 5CSYA 3AIUA 1CNVA 2V3GA 1EDQA 2GVYA 3TA9A 4Z2IA 1J0HA 1FP9A 1BVZA 4JCMA 2WMIB 1MWOA 2JF6A 5A6SA 1W9DM 1VEOA 2DGAA 3VMPA 2WBKA 2AAAA 1DWHM 1UQZA 1EHAA 3AMLA 4IM4A 1CZ1A 3ZJKA 4H7VA 2Y8VA 3W81A 2D0GA 6CGTA 3NDYA 1B30A 4HMDA 1UA3A 1E3XA 2CERA 1AQHA 2JEPA 3CHDA 3WQVA 5DT7A 3ZO9A 1C93A 4L4PA 3AHZA 3UR8A 1HXJA 2WMFA 1LWJA 4KRUA 4W5UA 4HP5A 3CZ8A 3WNKA 1RP8A 1H5VA 4LPCA 1BQCA 2YDRA 2YA2A 2VO5A 7CGTA 3CZJA 4QP0A 4BA0A 4NZCA 2D24A 4D6JA 1NM9A 2OYKA 2VOTA 1YQ2A 1OM0A 3ZM8A 3PTQA 1E0VA 1KQZA 5D9MA 4DWSC 4OBSA 2GJRA 1DTUA 1EA9C 1UD6A 4XZBA 1KWGA 1CXFA 3WF2A 1GQIA 4D71A 2XGIA 3K8LA 3BSHA 2D23A 1K9TA 2XFYA 5E0FA 3L4YA 4CN6A 1E4IA 3OBAA 2J7DA 1DWIM 3KEHA 1GUVA 4CD5A 3CZGA 2EJ1A 2XHYA 1JZ7A 3PZ9A 3RCNA 4BQ4A 4JAWA 3PZQA 1OD0A 3NYDA 3I3BA 1UH3A 2FHFA 1E43A 1XYFA 3L4XA 3SCRA 4GXPA 1UOKA 5A8NA 5I24A 2BVTA 3EDFA 4Q22A 4RE4A 1IV8A 1Q6EA 5BRPA 3W82A 4D6HA 3OGRA 2J25A 3AMKA 4UQAA 4HOXA 1QNRA 3SURA 1V02A 1O6IA 2YIHA 3VIFA 2ZUTA 3MSGA 2WKLA 5A6MA 2QPUA 4EKJA 1TA3A 3RM8A 4TVUA 4TX6A 1A3HA 2J62A 2VR5A 3WUBA 2Z1SA 4CU8A 2GUYA 4Y7EA 3B9AA 2NW0A 2J7HA 3WDIA 1GHSA 4CD7A 4AD5A 1H11A 5A2AA 3WF1A 2G8ZA 3VD4A 1BAGA 3UG3A 2A3EA 3BH4A 1WZAA 4W88A 2XSBA 1WKYA 3LPOA 1US2A 3L2MA 1JXJA 3WD4A 1E1EA 2A3AA 1KBBA 1HJQA 4JCLA 5CPSA 1HKIA 5I5RA 1J0KA 1HKKA 1W9PA 3OIHA 5A2BA 4XUYA 1V6UA 4GQRA 3HJEA 4QLKA 1HN1A 4CKQA 2EO7A 2VQTA 1CGXA 3CIVA 5GNZA 3DHPA 1EQPA 1WPCA 3VIJA 2X1IA 5DEZA 2DH2A 3CTTA 1CEOA 2J79A 2YA0A 1BYCA 3UG5A 4W8BA 1NWSA 2PI6A 5A95A 3RDKA 5I23A 3II1A 3HMCA 1UKSA 3A4AA 4YHEA 5E0CA 3GXMA 2WSPA 1CENA 4WIWA 1HVQA 1L8NA 1HL8A 3GDBA 5CZKA 4WKHA 1G01A 2AOSA 1E1FA 1SYTA 2XVLA 4FLRA 4WKAA 2YLAA 3SCOA 3PZVA 1VEMA 4WK9A 1R85A 5EFFA 3ZT7A 1ISVA 1QHZA 2ZXBA 1TCMA 4GPNA 2G3MA 1QNPA 3OG2A 4PMUA 1QI2A 3SIMA 3KZSA 1UZ1A 3BAJA 1AQ0A 1BG4A 4GIAA 3LPFA 1TA3B 3AIQA 4KMQA 1B3XA 1KR1A 3WDQA 3A6OA 4AW7A 3WNLA 4U2YA 3ZSTA 3T2PA 1TE1A 3SCTA 2FGLA 4GQQA 4U5KA 4ML4A 5HPOA 1V3KA 4ATWA 2IXUA 4PBGA 4LXFA 2DT0A 2DT3A 3GXDA 1H4PA 1GONA 1OGSA 4ATLA 5A6AA 2JEQA 2V5DA 4FLQA 1E0XA 3ARPA 2V3DA 2ZX9A 4UFMA 2F2HA 1NP2A 3N12A 1FH7A 1XCWA 1CGUA 4L4OA 1KCKA 2F8QA 2D1ZA 3AZRA 1OB0A 1KGUA 4PUEA 1FA2A 2WZIA 8CGTA 4ATDA 2VCCA 3PZMA 4CCDA 3EDEA 2G3IA 4MAVA 2WKGA 3VIKA 4JHOA 2OYMA 2CKRA 1JL8A 5M17A 4MAZA 3CHEA 5I6SA 2W63A 1J0IA 2QPSA 1GW1A 4H8UA 3RIKA 7A3HA 4BZYA 3AS1A 2DT2A 3VIOA 1ECEA 4P8XA 1KR0A 4MDOA 3QOKA 2ZXQA 3EDJA 4PMVA 1JI1A 1SMDA 4JZ5A 2WPGA 2ZUMA 3U57A 2XSAA 2W91A 2WHJA 1XRVA 3K4AA 5EBAA 5M03A 2WNWA 4CN4A 1V3MA 3DYMA 5HNNA 3T09A 4D6DA 4W85A 1JDDA 5CGMA 4PEEA 3PTMA 1TZ7A 1MW1A 1I75A 4S3JA 3WSUA 2DEPA 1H1NA 2NT0A 2BHZA 3SCUA 4IPLA 3VILA 4CCCA 6A3HA 2CITA 1E40A 3AMCA 4PMDA 3CHCA 1UKQA 3VM5A 1OGBA 1V0MA 1FFQA 5E70A 3T2OA 2WAGA 3WDHA 4N0RA 1MFVA 3K8KA 3SCNA 2O9OA 3O2LA 4DWSD 1V08A 4BCEA 2BY1A 4PUDA 3CHFA 4HZ8A 3DC0A 4DM1A 1JZ2A 2WMGA 3OZPA 1V6YA 2WCSA 3AMGA 1DWJM 4HOWA 4JFTA 3AXIA 4RL3A 4EE9A 4QAWA 1XC6A 3CZKA 1JXKA 5ECUA 5E09A 4AD3A 1V0NA 4LYQA 1GJWA 1BSIA 1R7AA 2E4TA 3F5JA 2QV4A 1XSKA 1E6XM 3OA5A 5A69A 4BQ2A 1BTCA 4WF7A 4NRRA 3MV01 4M82A 1UYQA 3MSDA 4NF7A 3AIBA 5TD4A 3WDJA 2A3BA 3AS2A 1X6NA 4UFIA 2YL9A 1NWRA 4QFUA 2WWDA 3VX0A 2XJ7A 3N18A 3U5YA 3WN6A 2ZICA 4R27A 4FLOA 2XUCA 6TAAA 2WWCA 3RPMA 1PZ3A 1X1NA 1XYZA 1W3JA 1BG9A 5C8BB 1UWSA 1BLIA 1JGIA 3N15A 2CNCA 1J18A 1E73M 4UOQA 4ZEPA 3WEMA 4WJXA 4F79A 3BAIA 3WNOA 4E8DA 4AZGA 1LJYA 4XB3A 2FH8A 3ARWA 1HL9A 2NSXA 3FNDA 1K9DA 1ZBKA 2WMJA 3KL5A 3ZSSA 1QI0A 3SUTA 5BROA 5LYRA 1GOWA 2E9LA 3GNPA 3IK2A 3VNZA 1B1YA 1KXHA 3MMUA 4OUEA 1M7XA 4PMOA 3ZT6A 3WEOA 1M03A 3GTNA 4MNJA 1E0WA 5BWFA 1VENA 3M7SA 5BXRA 1CGWA 3B9EA 1RPKA 1ZB5A 1E71M 3L4UA 4AEEA 2E9BA 5DO8A 1ESWA 4AZBA 1JYNA 4PMNA 3WDRA 1JG9A 5CXPA 3UERA 3TOPA 3OLEA 2VNCA 1ISZA 2FHCA 3ZQ9A 2ZXAA 5D8ZA 2HVMA 5JIWA 1E55A 2CBJA 2QMKA 5D9PA 3MMDA 3S2CA 1QOXA 3NCOA 4UFJA 1XSJA 1V03A 3WUFA 3EBVA 3U5UA 1UKPA 4PTVA 2OWCA 3WBAA 1MYRA 4ACYA 2WYSA 1E15A 4P8VA 2JF7A 1BGAA 1E6QM 3HU7A 3EYPA 1RH9A 1G94A 2F61A 2C0HA 2W5FA 3AHXA 2DSUA 3VPLA 1W2VA 3AFBA 3FHAA 5I77A 1CWYA 1UD5A 1GJUA 1W9VA 4JFSA 4N42A 4KWUA 1ZL1A 3WL0A 1E5NA 4CVWA 4B9YA 3LPGA 1HNYA 5A8PA 4F8XA 3IAQA 2CXGA 2CBUA 4V27A 1C92A 1WE5A 3QHMA 3VDAA 8A3HA 4P8WA 3AYSA 4J3VA 4CGTA 3VVGA 3I3DA 3SCPA 1QNQA 1P6WA 2EPMX 4AD4A 3VGGA 3VGHA 1CBGA 3DYOA 4GINA 1G9HA 1XV8A 2PC8A 2D20A 2D22A 1E6NA 2G4FA 2XTKA 4XX6A 4F66A 1MFUA 3VTRA 2Z1KA 1R8LA 1VAHA 3N13A 9CGTA 5DF0A 1V02E 3WMBA 5IDIA 1GQKA 3BGAA 4W93A 1UHVA 4S3KA 2J7EA 1B9ZA 2V3EA 5D8WA 1DP0A 2VRJA 2VT0A 3CBWA 4W86A 4D6EA 1JF6A 3WNNA 7TAAA 1LQ0A 4ACZB 1GZJA 1Q6FA 1PEZA 3OLGA 2VRKA 2W66A 3W25A 5A6JA 4DUVA 1OIFA 2YL6A 5A94A 4B3LA 2CETA 2ZX6A 4H8VA 5HOSA 1CYGA 2EBNA 1HJSA 2BFGA 4YPJA 5DMYA 2XM2A 4TVDA 2ZUUA 1E4MM 2D3LA 3RJYA 4GO9A 1F4AA 4JFUA 2FH6A 1J11A 2VX7A 2EPLX 2G3NA 2XFFA 2ZE0A 1W3KA 4DWSB 3WENA 1AQMA 4B15A 1ISYA 1JF5A 1R86A 5A8MA 1QNSA 2ZIDA 1J10A 3J7HA 1GOOA 3WNMA 1UR8A 1E6SM 1OGGA 3QHOA 1E70M 1CPUA 1B2YA 1JFHA 1VF8A 4W5ZA 3DYPA 2PWGA 1JYWA 4CU6A 2CPUA 4AZ7A 3WF0A 1V0KA 3PZTA 4BS0A 5CPTA 1Q6GA 4X0NA 5HDRA 3W29A 4OBRA 1J0JA 2J7FA 1PIFA 3CZLA 2VMFA 5BCAA 3RM4A 1V0LA 3T0BA 2GDVA 1RP9A 2CEQA 4W8AA 1C3FA 1CTNA 2HISA 1J0ZA 2BHYA 2XWDA 4UQCA 3WKZA 3MUIA 2YBUA 4LX4A 3WFZA 5C71A 1SR0A 5CLTA 2GDUA 3NSMA 1BYBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CXI A;  1V6V A;  2ZX8 A;  3VIG A;  5LA1 A;  4B3K A;  5A8Q A;  5AYB A;  2YKK A;  2J75 A;  2CBV A;  1B31 A;  1B90 A;  4R5E A;  2E0P A;  1BYA A;  1BVN P;  4EAN A;  2WW5 A;  4TX8 A;  1MXG A;  5CLW A;  2VC9 A;  4AZ6 A;  1JND A;  4W87 A;  1ODU A;  2X8R A;  1DHK A;  1C8X A;  5A6L A;  4WKF A;  4UFH A;  1QI4 A;  1UWR A;  1IT0 A;  3MMW A;  1VJZ A;  3EMZ A;  3B9D A;  3AIC A;  4C7G A;  2CCR A;  3MUY 1;  1XH1 A;  2CYG A;  4M8U A;  2J7G A;  2XIB A;  5C70 A;  4TVC A;  4KGL A;  1MQP A;  3BCF A;  2ZUW A;  2X0Y A;  3WIJ A;  1S46 A;  2C8N A;  4TUF A;  4V2X A;  5I2U A;  3W37 A;  3MUA A;  1SMA A;  2J7C A;  1UR0 A;  3VMN A;  2YDQ A;  1H0I A;  2VZV A;  1JZ5 A;  4Z2J A;  2IXV A;  5BRQ A;  2BVY A;  1D3C A;  1UD8 A;  3VD9 A;  5IFT A;  3NSN A;  1NP0 A;  3CH9 A;  3ECQ A;  1FOB A;  1L0P A;  1JZ4 A;  4PRW A;  1EDG A;  1LL4 A;  2WVU A;  3ARZ A;  4W7U A;  4MNM A;  2PWE A;  3RM9 A;  4CU7 A;  3GXF A;  2NT1 A;  4HZ7 A;  4M1R A;  4B9Z A;  4HME A;  3AYR A;  2XG9 A;  4DUX A;  1UR2 A;  1E4N A;  4HA3 A;  5D9N A;  4CVU A;  1FH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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