4ACZ | Genus

Total Genus 126

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	341
structure length	341
Chain Sequence	TLDDHTISFYYNWYGNPSVDGEMKHWMHPIALAPGHSGDVGAISGLNDDIACNFYPELGTYSSNDPEIIRKHIRMHIKANVGVLSVTWWGESDYGNQSVSLLLDEAAKVGAKVCFHIEPFNGRSPQTVRENIQYIVDTYGDHPAFYRTHGKPLFFIYDSYLIKPAEWAKLFAAGGEISVRNTKYDGLFIGLTLKESELPDIETACMDGFYTYFAATGFTNASTPANWKSMQQWAKAHNKLFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSTTRDRENGKYYDDMYKAAIESGASYISITSFNEWHEGTQIEPAVSKKCDAFEYLDYKPLADDYYLIRTAYWVDEFRKARSA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__918940106521315__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__918940106521315__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4ACZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__918940106521315__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"918940106521315","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4ACZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__918940106521315__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d037eaad91d4bb40d5eb423/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d037eaad91d4bb40d5eb423/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d037eaad91d4bb40d5eb423/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d037eaad91d4bb40d5eb423/pdb.gz): 493 ms

reading 341 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

341 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:340});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
publication title	Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-ALPHA-MANNOSIDASE
total genus	126
structure length	341
sequence length	341
ec nomenclature	ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date	2011-12-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16317	Glyco_hydro_99	Glycosyl hydrolase family 99

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4aczA00

1JXJA 5LYRA 3UETA 1ITXA 3T2PA 1MYRA 2EEXA 1VJZA 4DM2A 4U2YA 3EYPA 2J7CA 4TUFA 3RJXA 4E8DA 1CXLA 3FAWA 2WC4A 5ABHA 3AICA 3FHAA 4AZCA 3SCPA 2YDRA 1CGWA 2PBOA 2WSPA 1UR9A 2PB1A 1ZBCA 2WHLA 3VO0A 1CXKA 4GO9A 4GI6A 1KXTA 5LA0A 2ZX9A 3PZNA 1H2JA 2E0PA 2Q8XA 2W61A 1JI1A 2EPOA 1HX0A 2WWCA 3PBGA 5I79A 2OYKA 2E8ZA 3WQVA 1WDRA 4C7FA 2OSYA 3J7HA 4EAMA 3ECQA 3WD2A 3VGBA 2JF7A 3MUY1 1KWGA 4V2XA 4W5UA 1UR1A 1UH4A 2BV9A 4XV0A 4UFKA 2D20A 3SUUA 2YL6A 3WENA 1UD6A 3CHCA 2XGIA 3K1DA 3IAPA 4PBGA 5D4YA 5GNYA 2QV4A 3O2LA 5A8QA 3GYCA 1E3ZA 4MNMA 5I5RA 2PI6A 4NRRA 3W0KA 3KL3A 1DWAM 4YPJA 4RE4A 2XVLA 3U7BA 1XSKA 3K4AA 5BXSA 1V6VA 1BGGA 3DYMA 2WKGA 3AXXA 1VRXA 3HN3A 1M53A 5CJ5A 4NZCA 4DUWA 2EPKX 3FW6A 1RD6A 4U5IA 4HP5A 4X0NA 4DWSB 4UTFA 2G41A 3KE0A 1V0LA 2WVTA 1EHNA 3VDBA 4E2OA 1E4NA 1GZJA 4GIAA 4JFTA 3VGGA 2HISA 2CXGA 3OZOA 1Q4NX 1HL9A 4HMDA 3N11A 1V03A 3EDFA 1R8LA 1UHVA 5A8MA 3RCNA 1W9VA 2GSJA 2BHZA 3AMDA 2VRQA 1BF2A 1K9DA 5CSYA 3VIHA 4OIFA 2XWDA 3CZKA 4KH2A 2WMJA 3WEOA 1ZL1A 3WBEA 2XVPA 1GNXA 3L4VA 3WF1A 1QBAA 5A6JA 1E4IA 4CD5A 4IISA 1WKYA 2WCGA 2ZE0A 3OG2A 1W1TA 5JBFA 1US3A 3AHXA 1TFVA 5A3HA 2DIJA 1LL7A 1XCXA 4QP0A 3O6AA 4MNKA 1UKOA 1IT0A 3AIEA 2WSKA 3A4AA 2EJ1A 4JFSA 4R5EA 4M56A 5BROA 4JL2A 4BQ3A 4ZXLA 3MANA 1KGWA 1E1FA 3VPLA 3CUIA 1UD5A 1JXKA 1NWUA 1P6WA 1KFWA 4AISA 5CPSA 3MSDA 2Y24A 3WNNA 3ZR5A 1GOIA 4HU8A 2VNCA 2WC3A 4ZE5A 3MV11 4NSBA 1WDPA 4N42A 2XFYA 2E9LA 5IHRA 2G8ZA 5DT7A 1FHDA 1E6SM 1M04A 4GI8A 1BYDA 3UR8A 4CN1A 3POHA 4F9DA 1B2YA 4QLLA 2CYGA 3CMJA 5BYWA 2J25A 2XWEA 1QBBA 2OLHA 1ISXA 1C8YA 5FKYA 4TX6A 4BQ2A 1KGUA 3VIGA 1TCMA 3WD0A 1JYXA 2GDUA 4J3TA 1W3JA 3II1A 5BRPA 4GI9A 2DSWA 3GBDA 1CXIA 1PEZA 4R27A 4A3HA 2ZUTA 1BYBA 2PWFA 4M80A 2EQDA 4MAVA 1BVZA 2V5CA 1CGXA 1GVYA 4B15A 5FOOA 4M1RA 1I1WA 4MPKA 3CZEA 1KXVA 2D1ZA 3W37A 4D6IA 1YHTA 4JIEA 5M3WA 3BGAA 3AHYA 1QNQA 2W92A 5JIWA 3AIWA 2D3LA 4PMRA 5A8NA 1JDDA 2PF0A 3M7SA 4GO8A 2ZXAA 3QHOA 1VJSA 1K9TA 4CD8A 4TOQA 3N04A 2ZUNA 2IXUA 2J78A 2DSZA 2WMHA 5A6MA 3CUGA 3SURA 4B3LA 3VX0A 2NSXA 3NDYA 4W8LA 1CIUA 1WO2A 2VVNA 2E40A 1JF6A 1KR1A 5FD0A 2QF8A 3AS0A 4HU0A 4W8AA 2BHYA 1V3KA 2QPSA 3T0AA 3AROA 2C0HA 2GK1A 4AEEA 1H1NA 1HKMA 4UZSA 1CTNA 2VRKA 3W29A 2BVTA 1SMDA 5A6LA 3PZ9A 2YDSA 3K8LA 1B1YA 1E72M 4MADA 3VILA 4CN4A 2XVGA 8A3HA 1BGAA 2WHJA 2ZIDA 2W91A 3CZ8A 4B9ZA 1PX4A 3GNRA 2RGLA 1EO7A 2XUCA 2E9MA 1V3JA 3WL0A 1G0CA 4GZJA 4PCTA 2D0GA 4P7QA 1JZ4A 1NP0A 1WDSA 2PBGA 2DQXA 1BAGA 4ZXOA 2BVYA 4W88A 2EXOA 1UOKA 1SMAA 2ZUMA 1BFNA 3ARUA 4P8XA 1W9DM 2CERA 3NUKA 1O7AA 3PZVA 3W28A 2WXDM 1OINA 3W38A 2D3NA 5CG0A 3CPUA 1E6PA 1JD9A 2XTKA 3MKKA 4UOZA 1GQIA 2UY3A 3ZQ9A 1HL8A 2VCCA 4AEFA 1N82A 3IJ9A 2V38A 4F79A 3WIJA 1UH2A 3NIYA 1E9LA 1R7OA 4LYRA 4CU8A 1C7SA 6CGTA 1AQMA 2UWFA 2VZUA 2PWGA 4H2CA 2Y5EA 2WM0A 1KBKA 2DT3A 4AIOA 2JFEX 4WLCA 2GFTA 1V0NA 2J4GA 1XH2A 2XG9A 1JFHA 1EH9A 1K9EA 3WD3A 1V6XA 1QNPA 2W5FA 1OM0A 3KL5A 1B30A 3ZT7A 4W93A 1JZ6A 1J0KA 3FXYA 1MFUA 2WNWA 3WNOA 1HN1A 5A69A 3TTOA 2AOSA 2D23A 2J7HA 1VEMA 5I77A 4S3JA 1E56A 3BLKA 4BS0A 1HJWA 4D6HA 3BAIA 3DYPA 3RM9A 1QPKA 1FFRA 1WB0A 3EMZA 2DEPA 4AD4A 3GTNA 3WF3A 1G94A 1Q6EA 4D72A 4GQQA 1LG1A 5HBFA 5EB8A 3VIFA 3VKKA 3N9KA 3GH5A 1GJWA 3RILA 3WQWA 1PZ3A 2O9OA 3WNPA 4CVUA 2OSXA 3OZPA 1FOBA 7CGTA 1ZU8A 2HVMA 4IPNB 5A2AA 4AD1A 1W2VA 4FLOA 4OKDA 2FHFA 3KZSA 1NARA 2VCBA 3EDJA 1MFVA 1PAMA 3ARWA 3CLWA 1W1PA 3HMCA 1TA3A 2J7EA 2VOTA 3SCOA 3G6LA 3CO4A 4PEEA 5AY7A 4DWSD 4U5KA 3VD3A 2VO5A 4HZ8A 1TVNA 3PZIA 3AQUA 3LPOA 3SCTA 3UERA 3VD4A 1KCKA 1M03A 1HKIA 2E8YA 1OCQA 2BXYA 1WZMA 2VX7A 4IM4A 2VI0A 4BF7A 1YQ2A 1OIFA 2WMIA 1VBRA 5A6SA 1HVQA 4OOZA 4WKHA 2J8GA 2O9TA 3WH8A 3N15A 1W3LA 4PMZA 5I3DA 1KB3A 1J0JA 3HJEA 2CIPA 6TAAA 1OGBA 3WUFA 2ZWZA 3CZJA 1PBGA 2WMFA 1CEOA 4Z2HA 4ACZB 2D22A 2V3FA 4EE9A 4AMCA 1QHOA 3MSGA 2WB5A 1QI0A 4D1JA 4KGLA 1UWIA 1I1XA 4QCFA 1V0KA 3NSNA 5GQBA 2GDVA 4PSPA 3TTSA 2DH3A 2DIEA 3NSMA 3N18A 5FCZA 5A6BD 1OD8A 3T0BA 3WY1A 3WMCA 4GINA 4JAWA 2GUYA 3OLIA 1LWJA 2WLYA 4H8UA 3NSXA 3M07A 2EO7A 5D9OA 1UZ4A 1CENA 4AZ5A 1BG9A 3VNYA 3L4WA 1EA9C 1QI4A 2ZWYA 3APGA 3MS8A 5GNXA 2DSUA 1KXQA 4U33A 1E3XA 3BMVA 2VQTA 4W86A 1NH6A 1W3HA 3AIUA 1VFOA 1W1VA 5I78A 2E3ZA 4AZIA 5BCAA 1H49A 1ZS2A 2UY4A 3EDDA 4UQ9A 4J3WA 3WN6A 4AY1A 1BPLB 3THCA 5FL1A 2BHUA 1C8QA 3I3DA 1PIFA 4P8UA 4AZ7A 2PC8A 2G3NA 2EPMX 3GM8A 2YA2A 4AZBA 1FP9A 3UR7A 4AZCB 5E09A 4M29A 1RP9A 4IUGA 2PWHA 4D6JA 1HP4A 2FH8A 2FDMA 2C8NA 5IFTA 3UEQA 1G9HA 1AVAA 1HJUA 1LLOA 1MW1A 3ARPA 3AOFA 2XVKA 5HPCA 4QLKA 1US2A 1Y7VA 4F66A 4HZ6A 2VT0A 1NWRA 1XH0A 3MUAA 4PUDA 1Q6FA 4UNIA 1MWOA 4GZIA 1XYZA 1CWYA 4JHZA 4TTGA 3AHTA 3AI0A 3D5HA 4GZEA 4UQCA 5DEZA 1E71M 1QNSA 3CH9A 4WSJA 1NOFA 1G01A 1QW8A 3OB8A 3TP4A 4X9YA 4UOJA 1K9FA 4B9YA 1BG4A 3WH5A 5EMYA 3VGEA 2XJ7A 4JKMA 2VJXA 4OOUA 4LX4A 4L4PA 3ZOAA 4RL3A 3HU7A 4H8VA 2G4FA 4B16A 1DWIM 4PTWA 4V27A 5A2BA 4X0VA 3SUVA 2J77A 3WNLA 4LXFA 2VR4A 1UH3A 5ABGA 2WHMA 1UA3A 5A8PA 3RDKA 1QHPA 3CIVA 3AZSA 3ZT6A 3PZQA 4WIWA 2WVUA 3TTYA 3A3HA 1IV8A 1UWSA 4MDPA 1UZ1A 2MANA 1J0YA 4FMVA 3T0DA 3AISA 3W81A 4TVCA 4V28A 5CPQA 2J7GA 4FLSA 2Z1SA 4HZ7A 2OYLA 1DP0A 4W5ZA 1GPFA 3MMUA 1KGXA 4IPLA 4CGTA 3M6DA 8CGTA 5D9NA 3SUWA 1X6LA 1H4PA 1C3FA 4XZBA 3MO4A 1LJYA 4GKLA 4MNJA 1GHSA 3BLPX 5CGMA 1M7XA 4YHGA 5GPRA 4CD6A 1JYWA 4XB3A 1VB9A 3O9NA 2EPNA 4PYSA 3ALGA 1J18A 3WQ5A 3BAYA 1JG9A 3TONA 3VD7A 2VUYA 3U7VA 4PTMA 1UD8A 1NOWA 1PIGA 1FH9A 5D9MA 3N1AA 2YL5A 3WL1A 3VIJA 3QHNA 5CQ1A 3OLEA 5LA2A 5CXPA 2CHNA 4UQDA 1FP8A 5HNNA 1HP5A 2BS9A 3BAXA 3NYDA 1B3YA 1GOKA 3VDHA 2ZUVA 1B3XA 3FAXA 1J12A 3WEZA 4PMDA 2XFFA 3B9EA 3OGRA 5D8ZA 4J3VA 4PMYA 4UZUA 3IANA 3WH7A 1CXHA 4UFMA 1V3LA 3WD1A 2XYLA 1QI3A 4AZHA 4U31A 2QMJA 1G1YA 3PTQA 1H5VA 1GONA 3QHMA 3WFLA 5I24A 2CCRA 3OLDA 2OWXA 4JFUA 2J74A 4BQ4A 2E9BA 5HDRA 2AMGA 3K4DA 1HJXA 4LYQA 1CLVA 2YDQA 2YBTA 4P7LA 1S46A 3AXHA 4N0RA 1W3KA 1FFQA 2WKLA 3GH4A 4CCCA 3U5YA 1EQCA 3CMGA 3PHAA 4MTVA 3UG3A 2QPUA 2VMFA 5AC5A 3CGTA 4KMQA 2WMGA 4H41A 4OZOA 4L4OA 2VURA 4F8XA 1IZJA 4J7RA 2RGMA 4TTUA 1E0WA 5A95A 3L4YA 3BAJA 4QLJA 3MUZ1 3EDEA 2A3BA 5AYBA 1EOMA 7A3HA 3VMOA 1MQPA 1VENA 2ESCA 3WQ4A 4JL1A 1JAKA 5BXPA 5LA1A 3SEPA 4UFLA 1E4MM 3DC0A 5E70A 2WPGA 3CHDA 3WNKA 5HXMA 3ALFA 4OJYA 1C93A 1F4AA 4WKFA 1NWTA 3TOPA 5E6YA 1MW3A 2YL9A 3VTRA 3T08A 1IZKA 2D24A 1BSIA 3VD5A 3WDIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JXJ A;  1U5H A;  3M47 A;  2EEX A;  1VJZ A;  1ELS A;  4U2Y A;  1RBL A;  3G2G A;  1MZR A;  4TUF A;  3RJX A;  1CXL A;  2CLI A;  1JJK A;  2WC4 A;  5ABH A;  2ZZ6 A;  3S4T A;  4JS3 A;  1E1C A;  1H60 A;  3NM3 A;  3PPC A;  1OC6 A;  4MF4 A;  3SCP A;  1KBJ A;  1CGW A;  1TPF A;  1D7K A;  1UR9 A;  1T0O A;  2WHL A;  4GI6 A;  4AHP A;  3UWQ A;  4TIM A;  4F3H A;  2QDD A;  4EXQ A;  3CEU A;  1H2J A;  3OVQ A;  4PTN A;  5JH2 A;  4PC8 A;  3SAD A;  5I79 A;  2E8Z A;  1NDV A;  1EBH A;  4TMC A;  4C7F A;  1XLM A;  2OSY A;  4UTH A;  4ICN A;  4YWS A;  3UVI A;  3S47 A;  4K1W A;  1KA9 F;  2D2H A;  1UR1 A;  4LBU A;  2BV9 A;  4XV0 A;  3S1V A;  4A3U A;  3WEN A;  3EZ4 A;  5HMD A;  4S3F A;  2WNQ A;  1A5K C;  3K1D A;  4JY8 A;  5HR7 A;  3VKC A;  5D4Y A;  1YDO A;  3MZN A;  4UTW A;  2I5Q A;  2V81 A;  3R43 A;  3W0K A;  1QR7 A;  3IAC A;  4XZI A;  4YPJ A;  2EKC A;  4YJ5 A;  3U7B A;  3BK0 A;  1BGG A;  3LHT A;  3HN3 A;  1LRN A;  2BMB A;  2VP8 A;  4NZC A;  4DUW A;  3FW6 A;  3ITC A;  3NR0 A;  3CL6 A;  1EHN A;  5FES A;  3C2Y A;  3VDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4ACZA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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