4AD2A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides xylanisolvens in complex with glucose-1,3-isofagomine
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
TELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens
total genus 128
structure length 345
sequence length 345
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ad2A00
1K9TA 2XTKA 3EBVA 2XIIA 1GPFA 1OWQA 3POHA 3MV01 1ECEA 1KR1A 3SCPA 2CESA 1LJYA 1L8NA 5BCAA 1B31A 1MXGA 4UQDA 1R85A 5GNXA 2XM1A 4W84A 5JIWA 1NOWA 1ISWA 1HKIA 5M3WA 2YLLA 1UYQA 2DT0A 3QGVA 3QHMA 1J12A 4D6EA 2AAAA 5EFFA 2UY2A 1SMAA 1NWTA 3CUGA 3PBGA 1BLIA 2X8RA 1WB0A 4MAZA 3EMZA 4AZHA 1DWGM 2WHMA 1JYWA 3DHUA 5BWFA 2ZX5A 1TA3A 1TMQA 5D4YA 3VMOA 5IHRA 3EMCA 4FMVA 3WUGA 2VCCA 4KMQA 4W5ZA 2WWCA 3RPMA 1V3KA 4M8UA 1E6ZA 1LG1A 2V5DA 4N42A 5AYIA 1UWIA 4ATDA 3UERA 2VC9A 5A8QA 2CETA 2UY3A 1JI1A 1HJUA 3WBEA 2FHCA 4GKLA 2CNCA 4WSKA 4F9JA 3EDJA 1EQPA 4IM4A 1SR0A 4LYQA 2UY4A 4M1RA 3AZRA 1JIBA 2YBUA 3ZSTA 2NW0A 3W24A 4B16A 1VAHA 2GJXA 3EYPA 4K68A 1JFHA 2Y4SA 2J7BA 4BS0A 2BHUA 2FH8A 3WQ8A 2GK1B 4HZ6A 1UD2A 1LWHA 4MJ2A 5IDIA 2DEPA 1H5VA 4H04A 2A3HA 2BY3A 5CQ1A 1V02E 2A3EA 4WKHA 5M17A 4AZGA 4MJ4A 3ARZA 1KGWA 2YA1A 1W9XA 3AS0A 3B8SA 1LQ0A 4CU6A 3OLEA 3EDFA 2YOCA 3L4YA 1CIUA 3OIHA 1CGWA 3UG5A 2CYGA 4QLKA 3BC9A 1VBUA 3PZGA 1XGZA 3I3DA 3LPGA 3O2LA 5CXPA 1EOKA 1BG9A 1H41A 1V03A 2EBNA 4MADA 1L0PA 3L4UA 3QOMA 3MKKA 4UOZA 1FOBA 1G01A 3VDCA 3BGAA 4J3UA 3T08A 3WKZA 4UFMA 1GQLA 4TTGA 3WD0A 3BAWA 1VENA 3AS3A 2E0PA 1UH3A 1CLXA 4JL2A 3W27A 3L4TA 2BVTA 5IXEA 5A94A 1J0KA 5CPQA 4N0RA 3VGHA 2WMJA 4P7LA 3U57A 1FH9A 3VM5A 4FK9A 1EIBA 3NYDA 1V6YA 2WVVA 1QW8A 2CXGA 2PB1A 2A3CA 1UH4A 2EXOA 3WNNA 1UD6A 4AZIA 3AYSA 2XSBA 1BQCA 4MDOA 5FL0A 1W2VA 1J9YA 4Z2LA 4CUCA 2DT2A 3QOKA 3RO8A 1JZ7A 3CZEA 2O9PA 1H0IA 3U7VA 1UD3A 4UZSA 2VMFA 3NSNA 1CXFA 3CMGA 4AY1A 2WZIA 1IV8A 2WWDA 1W32A 4HA4A 1GOKA 4MB5A 2VURA 1MQRA 2WMIA 3VNYA 5I5RA 2W61A 3KL3A 2PI6A 4A3HA 2VX4A 4GO9A 3VIJA 4F66A 5E6ZA 1QNQA 5HBFA 1VIWA 3CZGA 4CU8A 4PTWA 2IUZA 3VINA 2VRKA 3VILA 3DYPA 3NSMA 3FN9A 2X2YA 1AVAA 3JUGA 3F5KA 1VFFA 4WLCA 4BF7A 1X6NA 3T0BA 1CGVA 3D5HA 3FW6A 1M04A 3WQ6A 3VIMA 3AXHA 1W9UA 2GDUA 3CHEA 1C7SA 1TR1A 5KEZA 2XWDA 3F4VA 4J27A 1B3WA 1X1NA 4A3YA 3UG3A 4AIUA 5CPSA 4U5IA 2X09A 5D9MA 5BRQA 1V6UA 4NRSA 3AMGA 5CGTA 1V08A 4Z2JA 3GXMA 2J7GA 2CPUA 2C0HA 2UY5A 3F5JA 4IUGA 1GORA 1CXIA 1MQQA 4HU0A 3CUHA 2O9RA 5GQBA 5HPCA 1JGIA 4PRWA 1R7OA 2WAGA 3W81A 4ML4A 1HL8A 1OM0A 4LPCA 4XB3A 4Y7EA 4AZ5A 3MU7A 1E4NA 3HMCA 4ZE5A 1J18A 1PIGA 3VTRA 4TUFA 1GCYA 1BG4A 1GHRA 1N82A 4XZWA 2VR4A 3ZR6A 3K1DA 2F8QA 4UFKA 2G4FA 1BYDA 3T2QA 4X9YA 2JF7A 3AIWA 1CXEA 3DYOA 4MPKA 1OBAA 4UFLA 1EHNA 3AROA 5GNZA 3VMPA 3A4WA 3A6OA 2GJRA 3J7HA 4XZBA 3TTYA 1HJSA 3AYRA 5BRPA 3POCA 2FGZA 5CPTA 1YQ2A 5EFDA 3ZM8A 4BCEA 4JHZA 4EK7A 1E0WA 1HVQA 1CECA 5IFTA 1SMDA 2D24A 2JIWA 3BSGA 3OGSA 3N9KA 5DT5A 1GQKA 1C3FA 4B15A 1WDQA 1DEDA 1E70M 3UEQA 3CZLA 1HNYA 1GW1A 2VNCA 3WBAA 4JFVA 5ECUA 1O6IA 2G41A 1OGBA 1QNPA 3FAWA 4GQRA 1K6AA 2YLAA 4CD8A 4F8XA 1M53A 2PBGA 4HA1A 1FFRA 5GNYA 2JFEX 1EGZA 1XSKA 2ZUSA 5AY7A 1GOWA 4J3WA 1HT6A 1Q6CA 2J47A 5EB8A 1P6WA 4HZ7A 4RL3A 4D1JA 1LG2A 5A6AA 2E8YA 2RGMA 1KXTA 9CGTA 3N18A 1UR1A 4J3XA 1E6SM 3CLWA 4AC1X 2CBIA 3CO4A 1PZ3A 3CHFA 3VM7A 1I1WA 1GOOA 2VOTA 5LA1A 4CGTA 2XPKA 4ZEPA 1QI3A 4MB1A 3PZIA 3WEMA 5C8BB 1QOXA 4YHEA 2WYSA 3AIUA 2DIEA 2F61A 3ARTA 5I79A 5FKYA 1DWHM 3GYCA 5A2AA 5CJ5A 1LL6A 2XGIA 3BLPX 1UZ1A 1VBRA 4TVUA 4H8VA 1CENA 3BCFA 3FY1A 1XHGA 1XSIA 4BZYA 1E40A 2V3EA 2D20A 5JUVA 5LA0A 4AZ7A 4PMXA 4MAVA 4M81A 1XSJA 2J8FA 2AOSA 2WK2A 2VX7A 1UKOA 2CHOA 3VVGA 3L4ZA 1F4HA 5AC4A 1M7XA 1FFQA 3WDIA 4AD5A 1XRVA 1WZAA 7A3HA 3CZJA 1E6RA 5A2CA 4MNKA 1ZBWA 1JD7A 3E1F1 5CLWA 2MANA 1FH7A 3SUTA 3VD7A 4UFJA 4AYSA 2CBVA 2EJ1A 4GIAA 4L4PA 1UKSA 2PF0A 1W3JA 5ABEA 2EEXA 5D9OA 1FH8A 3CIVA 1WO2A 3L4XA 1R8LA 3VIKA 1U30A 2W62A 2QHAA 3PN8A 5BXSA 1DP0A 1I75A 3WH9A 4W7VA 4HMDA 1E9LA 3ARQA 2XUCA 1OIFA 3APGA 2WVUA 5M5DA 1XV8A 2HISA 3MUZ1 3WNLA 1WDPA 4PCSA 4B9ZA 4JAWA 3FNDA 4C7DA 2WBKA 4RE4A 5CZKA 1EO5A 3ZQ9A 3WELA 1FP9A 3GZAA 1V6WA 3L4VA 1E71M 2WKLA 1PAMA 2XIBA 3UESA 2W92A 3II1A 2J25A 2GUYA 4IISA 1GUVA 1EOMA 1CYGA 3WL0A 4FLSA 4OBSA 2BVDA 1FP8A 5A6BA 1R86A 4PMDA 2DT1A 3ALFA 4TTUA 2WHLA 2ZXBA 1DTUA 2Y5EA 2D3LA 1E72M 4B3LA 3A3HA 4PMUA 2WZEA 1E3XA 2D1ZA 2GVYA 5M03A 1NWRA 4AZBA 4U31A 1VEOA 4LQ1A 1C8YA 3AHTA 4AZ6A 5BYWA 1E1EA 1JZ6A 2CKSA 3PZTA 1E15A 4GPNA 1JDDA 2J74A 4W86A 5JIPA 1KBBA 4WIWA 4EKJA 1JAEA 1ZU8A 4UFIA 1MW0A 1UG6A 2DSUA 3VO0A 3OZPA 2WCGA 4HTYA 1B0IA 1C91A 1EHAA 2YL8A 4OOZA 2CEQA 3GM8A 3RM9A 2YL6A 3THDA 1MFUA 2D2OA 1K9EA 1H09A 5I77A 3AMDA 2ZXQA 3AIEA 1W9DM 1UQYA 8A3HA 1Q6EA 2EPNA 1GQJA 2DSWA 3NSXA 4FLOA 3EDKA 1GOIA 2VZSA 4ACZB 3WEZA 4F79A 1KXVA 2PWFA 3M46A 4RE2A 1E6XM 1NOUA 3UCQA 3VGFA 4PMRA 1KFWA 2Q8XA 2OWWA 3GNOA 3VMNA 3SIMA 3LPOA 2PC8A 4OZOA 2V5CA 4WF7A 3N12A 4HMEA 1GNXA 2XJ7A 4XX6A 4Z2HA 1BPLB 4LYPA 4DUXA 1HF6A 5DT7A 5F7UA 1US3A 5E9AA 2ZUWA 1QI4A 3CPUA 2VZTA 2J7HA 3KL0A 5KZ6A 1BF2A 1KR0A 1JI2A 2J7DA 5D8WA 1ZBVA 3MUIA 3BAKA 3BMVA 2VCAA 4OBRA 4CCDA 2G3NA 2DDXA 4M29A 1Q6FA 1UWTA 1W9VA 2C7FA 3TTSA 2WC3A 3N15A 3ARRA 1KBKA 2DT3A 1E56A 3AIBA 3TA9A 2Y24A 2BS9A 4IPNB 1MQPA 3LPFA 4WSJA 2QPUA 2HVMA 3BCDA 3AHZA 3B9AA 3VUPA 1KGUA 3VIIA 1H11A 2YDSA 2PWHA 4AZCB 3K8LA 4AIOA 2ZE0A 1YHTA 3OGVA 1TVNA 4M24A 2ZWZA 4PMOA 1MYRA 3MANA 1RD6A 4HOXA 4UQBA 2WHKA 1W3HA 1JAKA 4L4OA 4M82A 1E1FA 3I3EA 2QPSA 1LL4A 4DWSC 4WJXA 4KWUA 1ITCA 4WKAA 4D6IA 4R27A 2VTFA 2XM2A 2TAAA 1BVZA 2NSXA 4P8UA 2JEQA 3T2OA 2Y8KA 4LGXA 4MTVA 4DM1A 3VGGA 1GJUA 1B3XA 1ISXA 1C7TA 1DHKA 1Q4NX 2G3MA 2DH2A 2V3FA 2X1IA 1MW1A 2JIEA 3QR3A 4DWSB 1OT1A 4V27A 1JZ2A 1W91A 1H49A 2VQTA 1GJWA 4CD7A 1OGGA 2E9MA 1NWUA 1QI5A 1HIZA 4YPJA 1JDCA 4B9YA 1TA3B 3RMEA 2NT1A 1JFXA 1NM9A 2Z1SA 5A8OA 2W67A 3MSDA 3TOPA 1UA3A 1EDTA 3WD2A 2CHNA 3BH4A 2XVKA 3RILA 3WF3A 3AS1A 2VRJA 4J3TA 5A6MA 2E9BA 3EDDA 3GBEA 4UNIA 3WDHA 4PMZA 4URIA 3WN6A 3GH4A 1W9BM 2PWDA 3K4AA 3M6DA 2ZUTA 7TAAA 3SCVA 3CMJA 3VIPA 1XD1A 2V3DA 3W82A 2O92A 3W4RA 1G1YA 1V02A 1TUXA 2CKRA 2XVPA 3NCOA 4GI9A 5DF0A 3IJ7A 5A8NA 3WDJA 4UFHA 5GPRA 3NUKA 3MMDA 1DWJM 4QDMA 1TZ7A 5CSYA 1QW9A 2YL9A 3PZUA 4J28A 2OLHA 3WQ4A 4CKQA 3T0AA 3GNRA 1H1NA 3WD4A 2AMGA 1JL8A 2GSJA 1ZL1A 4P7OA 2OSYA 1CGUA 2WLZA 3PTKA 1AQHA 3NJ3A 1GOMA 3MUY1 3AIVA 4KH2A 1CXKA 1CNVA 1O7AA 1W1YA 2JE8A 4KGJA 3AHXA 2YJQA 1DWIM 2VZUA 3MSGA 5A8PA 4QLLA 1WKYA 3AQUA 1Q6GA 3WF1A 1LF1A 4GZJA 1PBGA 2DSVA 3GBDA 4JKMA 4H8HA 1VB9A 5D9NA 3ALGA 1E5JA 1CTNA 5A6LA 3MMWA 4OIFA 1KCKA 2ZX6A 4PMQA 4D6JA 4ATLA 4TOQA 3ZJ8A 1UOKA 2BVYA 4PUDA 1PJ9A 1EDGA 4LYRA 1HX0A 4AD4A 2ZUVA 4OUEA 2XG9A 1JNDA 3SUUA 3F5LA 1UR9A 3WF0A 2WLYA 1B1YA 1Y7VA 2XGBA 4W88A 1ODUA 3TP4A 3S6TA 4Z2KA 1CGXA 2XVGA 1XC6A 3BAYA 2WZHA 4D1IA 4P8WA 3WQVA 2WMKA 2XVNA 1SFSA 4AD1A 3RCNA 3W28A 5E6YA 5C70A 2BXYA 3ZOAA 1KQYA 1XCXA 1UWUA 2OSXA 1E6PA 4MNJA 3SUWA 1E0XA 3PZNA 3CBWA 1ZBKA 3CH9A 1J0HA 2YBTA 2A3AA 5CG0A 4AD2A 2FGLA 1BHGA 3WNKA 1QI2A 2PWGA 3IANA 1MWOA 1D3CA 3A4XA 3VOCA 1VFUA 2OSWA 4HP5A 1UWQA 1JXJA 4V28A 1JZ4A 1CDGA 3LMYA 1QHZA 1HJQA 2ESCA 1UD5A 1S46A 1HVXA 3RJYA 2Z1KA 4H8UA 2WBGA 4BQ4A 1IZJA 2CITA 2IXUA 1V0KA 1J10A 2WMFA 2VQUA 3ZIZA 2WC4A 2EPKX 2D23A 5JBFA 1ISZA 3CUIA 1WPCA 4YHGA 3SCSA 3W38A 1AQ0A 5ABFB 2WSPA 4KRTA 2ZX7A 2WSKA 2J7EA 1JYNA 1VFMA 4NRRA 3UR7A 3OB8A 4J3VA 4X0NA 5TD4A 3TONA 4KRUA 4LXFA 1NP0A 1PX8A 1XH1A 3QHNA 3RIKA 3BAJA 2WB5A 3GXIA 1J0IA 1GOQA 4D72A 5I24A 1W9PA 3UR8A 1G5AA 1C8XA 2W66A 2XHYA 4P7QA 4GINA 3WFLA 1MW2A 3WL1A 1W1TA 1NWSA 4U3CA 1HKMA 2QMJA 3W26A 3DHPA 2J8GA 1CXLA 2F2HA 3KEHA 1XYFA 3T0DA 1WNOA 3WH5A 1UR0A 4OOUA 3WY1A 3AHVA 1J0ZA 4W5UA 5BXPA 2J7CA 2VZVA 1BSIA 5E09A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K9T A;  2XTK A;  3EBV A;  2XII A;  1GPF A;  1OWQ A;  3POH A;  3MV0 1;  1ECE A;  1KR1 A;  3SCP A;  2CES A;  1LJY A;  1L8N A;  5BCA A;  1B31 A;  1MXG A;  4UQD A;  1R85 A;  5GNX A;  2XM1 A;  4W84 A;  5JIW A;  1NOW A;  1ISW A;  1HKI A;  5M3W A;  2YLL A;  1UYQ A;  2DT0 A;  3QGV A;  3QHM A;  1J12 A;  4D6E A;  2AAA A;  5EFF A;  2UY2 A;  1SMA A;  1NWT A;  3CUG A;  3PBG A;  1BLI A;  2X8R A;  1WB0 A;  4MAZ A;  3EMZ A;  4AZH A;  1DWG M;  2WHM A;  1JYW A;  3DHU A;  5BWF A;  2ZX5 A;  1TA3 A;  1TMQ A;  5D4Y A;  3VMO A;  5IHR A;  3EMC A;  4FMV A;  3WUG A;  2VCC A;  4KMQ A;  4W5Z A;  2WWC A;  3RPM A;  1V3K A;  4M8U A;  1E6Z A;  1LG1 A;  2V5D A;  4N42 A;  5AYI A;  1UWI A;  4ATD A;  3UER A;  2VC9 A;  5A8Q A;  2CET A;  2UY3 A;  1JI1 A;  1HJU A;  3WBE A;  2FHC A;  4GKL A;  2CNC A;  4WSK A;  4F9J A;  3EDJ A;  1EQP A;  4IM4 A;  1SR0 A;  4LYQ A;  2UY4 A;  4M1R A;  3AZR A;  1JIB A;  2YBU A;  3ZST A;  2NW0 A;  3W24 A;  4B16 A;  1VAH A;  2GJX A;  3EYP A;  4K68 A;  1JFH A;  2Y4S A;  2J7B A;  4BS0 A;  2BHU A;  2FH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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