4AD3A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides xylanisolvens in complex with glucose-1,3-deoxymannojirimycin
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
TELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens
total genus 130
structure length 345
sequence length 345
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ad3A00
1U33A 5I78A 1C7SA 4QDMA 1W3JA 1Q6GA 4L4OA 4IISA 3SUUA 2EPLX 5BRPA 1KXVA 4YHEA 3WDRA 1J0KA 1NQ6A 2HVMA 4MB5A 4M56A 4QCEA 3CHEA 2XHYA 4W5UA 4B16A 1CXIA 1BFNA 1BYAA 1J0HA 2G3NA 4PTWA 2E0PA 4J3SA 4Y7EA 4JCLA 3VIIA 4NZCA 2CBVA 4F79A 2AAAA 1GOOA 3CUFA 4W8LA 4B15A 3MANA 3BMVA 3L4XA 5E70A 1QBBA 1KWKA 1X6LA 3VD3A 3K4AA 1E6RA 4KGJA 2W67A 4W84A 1BVZA 3O6AA 1UD5A 5ECUA 1H3GA 3QOMA 3QGVA 1MYRA 3ZT7A 3T09A 4AD0A 4M1RA 2EJ1A 5A8NA 5M17A 3WD0A 2YA0A 1TE1A 3DHPA 1BYBA 2WBGA 1UH3A 1R87A 1UD4A 4W85A 3MMUA 3WNPA 2J62A 2FDMA 4XZWA 2FGLA 4KRUA 3PZUA 3EYPA 4RE3A 1M7XA 2GK1A 1E6XM 2XFRA 5FOOA 5E6YA 1LWHA 2DSZA 3FAXA 1DWAM 1OBAA 3RM4A 5IHSA 1BG9A 3U5YA 1HKJA 3WH9A 4OOUA 1Q6DA 3D3AA 3BMWA 4GIAA 2UY4A 1HT6A 4PRWA 3W27A 4UQ9A 1JL8A 1GCYA 1TUXA 3VIMA 2BXYA 4CU7A 1JNEA 1G01A 3AMGA 4GZJA 2J7BA 1DWFM 1KXQA 3WN6A 3OZPA 4AZCB 3GBDA 2Y2WA 4GO8A 2VOTA 3FAWA 1YHTA 1ISYA 1EHAA 2JEQA 8CGTA 1J11A 4J28A 5CSUA 2WB5A 5DT7A 4AZ6A 2FH6A 2A3CA 3ZJKA 5A6BD 2ESCA 1UKQA 2YA1A 3VO0A 4OBRA 3RPMA 3PBGA 2G8ZA 1RP9A 1XC6A 4C7DA 3WF3A 1VAHA 3ZSTA 3DC0A 4R27A 2BFGA 4UFKA 3SUWA 2V3DA 1W1YA 2PWFA 3T0DA 1JYVA 3MUZ1 4MJ2A 5LA1A 1XH1A 2VRQA 3WELA 1BLIA 5D8ZA 3KE0A 4WJXA 4TX8A 3MKKA 5HXMA 1CGXA 1E73M 3AZRA 3GZAA 4DUWA 1V02A 4TX6A 1E9LA 1TFVA 1NWUA 2X0HA 4FLSA 3S2CA 1PX4A 1TMQA 1NH6A 4X0VA 4M24A 3IJ9A 2G3JA 4PMZA 4B3KA 1JG9A 3WH8A 2WK2A 1XH2A 4UFMA 2WHLA 1WZAA 2DH2A 2ZX5A 3WFLA 4F66A 1ODZA 1OIFA 3M07A 4P7LA 2XTKA 3N13A 1KGWA 4PBGA 3UETA 4M82A 1D3CA 5CPSA 2E8YA 1AQMA 3VMOA 3ZT6A 4CN4A 4W7WA 4F8XA 2OYMA 1WDSA 3W29A 3AZSA 2Y4SA 4UFJA 2XIBA 3VM7A 2QMJA 3N18A 1WDQA 2JF7A 1GVYA 4PYSA 4GKLA 4E4PA 1C8YA 4J3UA 1C92A 3GDBA 2WVSA 4DWSB 3JUGA 4IUGA 2W91A 4AZCA 3TTSA 4W87A 4URIA 4Z2JA 1ISZA 3VINA 1JZ4A 1QHPA 4UNIA 2C7FA 2DGAA 1LG1A 1W32A 3BAJA 3AZTA 3T0AA 4HOWA 1MVYA 1E6NA 4H41A 2WLYA 1V08A 5CGTA 2CERA 3WF0A 3WENA 3HMCA 3L4YA 3O9NA 5CG0A 4MADA 4Z2KA 1MQRA 4J3VA 2XG9A 4AXNA 5A6SA 1ZBVA 1JDDA 2D3NA 1W9PA 4LXFA 5E09A 5GQBA 3N04A 4N42A 1V6UA 2VX5A 2J7EA 1SR0A 1H41A 1KQYA 4FF5A 5KZ6A 1CLVA 2V3EA 4UQCA 2J79A 4P8XA 2CBIA 1BQCA 3GM8A 5IHRA 1BGAA 2VTFA 2YA2A 4LYPA 2YL5A 3VIKA 4EK7A 4KGLA 1E4LA 1QOXA 2WVVB 1C8XA 3GH4A 3BAKA 1J18A 4B9ZA 1VBRA 2WHKA 4CVWA 3GXMA 3WDIA 2ZUNA 2CPUA 1HL9A 3WNKA 5IFPA 2J8GA 1LL4A 2GJPA 1B2YA 5ABEA 5D4YA 2HISA 1F4HA 5HPOA 1VEOA 1OM0A 4AZHA 1JD9A 3EDJA 1FP9A 5FD0A 1EO5A 5LYRA 1NWRA 1QHZA 2YJQA 1H0IA 3CTTA 4PMUA 2WZHA 5I24A 2JEPA 1GHRA 3GXFA 4KRTA 3UG3A 3AYSA 3CGTA 1EOMA 3MMWA 3SCWA 3SCTA 2J7FA 4AYSA 1I75A 2VZVA 6CGTA 4XB3A 1JAKA 2XUCA 4PSPA 1DTUA 5ABFB 1CIUA 1UWTA 3WH5A 4U2YA 1KGXA 2DT2A 1XD1A 3A3HA 1UR0A 1UA3A 4DWSA 1HJUA 1CXFA 2A3EA 4FK9A 5JIWA 2JIEA 2BY0A 1PJ9A 1EDGA 1E40A 1QHOA 1DWGM 2EPMX 1E1EA 3ZSSA 4H7VA 2X2YA 3SEPA 3ARSA 2VVSA 4AEFA 1NWTA 1UWSA 1US2A 4WSJA 5I79A 5ABGA 2DQXA 4OKDA 4PMVA 1MXGA 5BXPA 1UZ4A 1QNOA 2OSXA 3GXIA 3VNYA 2D1ZA 4JCMA 3W53A 3PZVA 3VTRA 1HKKA 4PTVA 2PI6A 4PCTA 4CD4A 1JF6A 1V03A 2EPNA 3UG4A 4XX6A 1KQZA 1UA7A 2WKGA 3WQVA 1B0IA 3W24A 2EPOA 2VJXA 4M81A 2OWWA 3UESA 2J25A 3SCVA 1VIWA 2E3ZA 4QFUA 2BY2A 5DO8A 1W9UA 4HMDA 3VIOA 3WBEA 3ZIZA 1FHDA 1QI4A 4D71A 2PWDA 2OSWA 3VDCA 1E3XA 2WHMA 5I77A 4W7VA 1CEOA 3OA5A 2VI0A 1LF1A 1OIMA 2XVPA 2WVVA 3N1AA 2VR4A 4AEEA 1UQYA 1E5JA 3IJ8A 1PEZA 4CUCA 1V3HA 5A8OA 1CXKA 3WDHA 3WNOA 4ACYA 3CUIA 1UR4A 4H8HA 1H4PA 1W91A 2A3HA 1JFXA 1E4MM 4JHOA 7TAAA 3EDFA 4Z2GA 3WUGA 4PMRA 1VEPA 4IPNB 4U33A 2JF6A 1GQLA 5CLWA 5BXSA 3VDBA 4UOZA 3L2LA 3FHAA 4MB4A 1NP0A 2J4GA 2VC9A 4PUEA 1V02E 1XYZA 2GDUA 1NM9A 1NOFA 3CPUA 3L4VA 4JFTA 1Y7VA 5ABFA 1OT1A 3AIWA 1WO2A 1KFWA 3WQ6A 3WNNA 1EXPA 4XV0A 2PWGA 1E55A 3AIUA 3FW6A 5D9PA 3WUEA 4YN5A 1GZJA 2WVUA 4P7NA 4QLLA 4XZBA 2CESA 4YPJA 5CLTA 2WYSA 2XVGA 3VMPA 2GUYA 2GSJA 4U5IA 2J78A 4AMCA 4HZ6A 1WPCA 1WZKA 2WAGA 1OB0A 3WQ8A 4M80A 3RMEA 1AQ0A 2J47A 3BAIA 2RGMA 4WF7A 1GW1A 3HN3A 2EEXA 4U2ZA 1PX8A 3THDA 3E1F1 3W26A 2PF0A 1LWJA 1V0LA 1E4NA 3OLEA 3CMGA 1LG2A 5FL1A 3CHDA 5I2UA 1MW1A 1XCXA 4W7UA 3RJXA 3OB8A 1K9TA 3L4UA 2VCBA 1D7FA 2VQUA 1GQJA 2Y24A 3VGGA 1E0WA 3NDZA 2D3LA 1CPUA 1OGSA 3ARQA 3VMNA 3WUBA 1D2KA 1SMAA 4W89A 3WMCA 4MB1A 3W6LA 3AS2A 2O9TA 2W63A 3DYOA 2D23A 1Q6FA 1K9DA 4OIFA 1NWSA 3VDHA 5F7UA 2GJRA 1OGGA 4MTVA 1DWJM 4AZ5A 3UG5A 2ZX6A 4GO9A 1UQZA 2WPGA 3VKKA 3ARPA 4L4PA 4HTYA 4M29A 3WQWA 6TAAA 1W3HA 2BY3A 5GPRA 3ARUA 5A95A 1JXKA 3OZOA 1GUVA 4GI6A 2X09A 1OSEA 3ZR6A 3ARXA 3VVGA 1VFMA 1E70M 3BCDA 1MW2A 4E8CA 3OGRA 2W4XA 3VILA 1L8NA 1DEDA 5E9AA 4D6GA 4KMQA 4DM2A 4JKKA 1MQQA 2BY1A 2J7GA 1HX0A 1SMDA 4U3AA 4D6FA 2JE8A 3PTMA 4OBSA 3I3DA 2J8FA 3WDPP 3FN9A 3U57A 4P8VA 5AYBA 1UZ1A 3ZO9A 2JALA 1GOQA 1SFSA 2CCRA 4JFSA 1NOUA 1E15A 4OJYA 2WCGA 2YDSA 3NSNA 5DEZA 4JIEA 5E0CA 5FCZA 3L4WA 1B3YA 2CKSA 1ZBKA 2DEPA 3ECQA 3PZ9A 3AMCA 3CH9A 4WKFA 5AYIA 4PN2A 2E9BA 1RPKA 4AWEA 1FOBA 1HNYA 2WM0A 4HMEA 1V3MA 2BVTA 1UD2A 4AISA 1JGIA 9CGTA 3BAYA 3U7VA 2QPSA 1E5NA 3MUAA 3K46A 1UR8A 3ZMRA 1LLOA 2RGLA 3KZSA 4MJ4A 1UWIA 3VIJA 1U30A 3SCQA 3NYDA 1NOWA 1H2JA 1QNQA 1J9YA 1WE5A 2VMFA 3NSMA 2XGIA 4M8UA 3M6DA 1J12A 3KL5A 3BC9A 2VUYA 2VR5A 3RO8A 5HOSA 3SCPA 1A3HA 4UQAA 2O9RA 3VIGA 1VJSA 5A6LA 5A6JA 2F2HA 1WDRA 1UWUA 3N12A 1MQPA 1KCKA 2VNCA 4WK9A 3MUY1 4H2CA 4BA0A 2W92A 4NI3A 2O9OA 1B90A 1QW8A 3THCA 2YLAA 3VGFA 3AHZA 3ARRA 3A47A 2XVLA 4GPNA 3FXYA 3POHA 3WL0A 4B9YA 2ZOXA 4UOJA 4A3YA 2DH3A 1K9FA 3A4WA 2XFYA 3VD5A 3KWXA 2V5CA 1Q4NX 1P6WA 3K8LA 3F5KA 1ECEA 1ZU8A 3OLIA 3W81A 2VZSA 5A8MA 2DIJA 5JBFA 2UY5A 1QNSA 1ITCA 3WD2A 3GH7A 4JZ5A 5A6KA 1JAEA 2ZXQA 2C8NA 2WWCA 2WBKA 1MWOA 1VENA 4AIEA 1N82A 2CKRA 3I3EA 4UQDA 3QHOA 1C7TA 2D0HA 3CZEA 4MDPA 2Y5EA 2YBUA 1EO7A 1HJQA 1VFUA 4BQ3A 1KBBA 2VZOA 4JKMA 1UKOA 1B3WA 1GORA 5A2BA 4TVCA 1JI1A 3N15A 1VFFA 2IXUA 2WC4A 2XJ7A 3WL1A 4AIUA 5FIPA 1MW3A 3OBAA 2XM2A 3WD3A 4LYQA 2BHYA 4MAVA 4P7QA 3AISA 1E6SM 1YQ2A 4A4AA 2DDXA 2FH8A 4AZBA 1ZJAA 1HN1A 5E6ZA 4GI8A 4DWSD 3L4TA 4BZYA 1NP2A 1UWQA 3PZNA 3ARVA 3MMDA 5JUVA 4UTFA 3AIRA 4FLOA 3SIMA 1J0YA 5JBDA 1JZ8A 1HL8A 4LGXA 2DSUA 2FHBA 3WKZA 5E0FA 3GNRA 3UERA 1VB9A 2XSAA 5DF0A 4H8VA 4TOQA 1JZ5A 1UKTA 3MUIA 4AD3A 1PZ3A 4LQ1A 3AIQA 1W3KA 1JZ2A 1GVIA 4IPLA 1ZB5A 3PZOA 1AVAA 2W5FA 3KL3A 4AW7A 3ZJ7A 3BLPX 3MS8A 4TUFA 2YBTA 3T2PA 3RJYA 2WZEA 1Q6CA 2ZXAA 2Z1SA 1TR1A 4TXEA 1W2VA 1RH9A 1ITXA 4HP5A 2OLHA 4AZIA 4EE9A 4KWUA 1W9VA 1B31A 2PC8A 3VD7A 1DP0A 1WDPA 3G6MA 3WF4A 2ZUWA 2E4TA 2WANA 1W9DM 3NUKA 2XYLA 5DMYA 1E0XA 1HIZA 1MXDA 2ZUUA 3UR7A 3WH6A 1UUQA 1NARA 1G1YA 1R86A 4HZ7A 4XUYA 1O7AA 3PZGA 1KXHA 4GQRA 1C91A 1R7AA 1XSJA 1QI0A 3NDYA 3T08A 5FKYA 2G3MA 2C0HA 4CU6A 4J3TA 4Z2LA 3EDDA 4U3CA 4FLRA 4W93A 1W2PA 3W28A 2VQTA 5A94A 1C93A 2F8QA 2XM1A 3SCOA 4C7FA 3VD4A 4PMNA 3FNDA 3LPFA 2IXVA 2BXZA 4TTGA 2VCAA 3I3BA 2VRJA 2J77A 1Z32X 4C7GA 1QNPA 2PBOA 3WIJA 2XPKA 3WFZA 2PWEA 3A4AA 1UYQA 1W3LA 2OYLA 4KH2A 2E9LA 1IZJA 5A3HA 2DSVA 3MU7A 5CSYA 3VPLA 5IDIA 4HOXA 2BHUA 4ZE4A 2UY2A 4D6HA 1R7OA 4CCDA 2QV4A 1XCWA 4S3KA 1UD6A 4B3LA 1CBGA 1B30A 1BSIA 3AIVA 1GNXA 1CXHA 1UWRA 3TA9A 4AY1A 2ZUSA 3WY1A 3D5HA 1TVPA 1I1XA 3AIBA 2F61A 3QHNA 3CO4A 1ZL1A 3U7BA 3AYRA 2ZIDA 1EQPA 3VU2A 1WP6A 3BSHA 2WMIB 2EPKX 1QBAA 2X8RA 4CCEA 5BXTA 4MNKA 1E3ZA 3WEOA 1EIBA 2OYKA 3AI0A 3QR3A 3WBAA 3IANA 4CN1A 2TAAA 1W1TA 2W61A 4LPCA 4BCEA 5A8QA 4PMDA 1ZBCA 1HJVA 2ZE0A 5I6SA 1JDCA 2NT0A 5M03A 4HA3A 1TCMA 3CLWA 3QOKA 4DM1A 4Z2HA 1FP8A 4AD4A 3UEQA 3AHXA 5LA2A 3BCFA 1CDGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1U33 A;  5I78 A;  1C7S A;  4QDM A;  1W3J A;  1Q6G A;  4L4O A;  4IIS A;  3SUU A;  2EPL X;  5BRP A;  1KXV A;  4YHE A;  3WDR A;  1J0K A;  1NQ6 A;  2HVM A;  4MB5 A;  4M56 A;  4QCE A;  3CHE A;  2XHY A;  4W5U A;  4B16 A;  1CXI A;  1BFN A;  1BYA A;  1J0H A;  2G3N A;  4PTW A;  2E0P A;  4J3S A;  4Y7E A;  4JCL A;  3VII A;  4NZC A;  2CBV A;  4F79 A;  2AAA A;  1GOO A;  3CUF A;  4W8L A;  4B15 A;  3MAN A;  3BMV A;  3L4X A;  5E70 A;  1QBB A;  1KWK A;  1X6L A;  3VD3 A;  3K4A A;  1E6R A;  4KGJ A;  2W67 A;  4W84 A;  1BVZ A;  3O6A A;  1UD5 A;  5ECU A;  1H3G A;  3QOM A;  3QGV A;  1MYR A;  3ZT7 A;  3T09 A;  4AD0 A;  4M1R A;  2EJ1 A;  5A8N A;  5M17 A;  3WD0 A;  2YA0 A;  1TE1 A;  3DHP A;  1BYB A;  2WBG A;  1UH3 A;  1R87 A;  1UD4 A;  4W85 A;  3MMU A;  3WNP A;  2J62 A;  2FDM A;  4XZW A;  2FGL A;  4KRU A;  3PZU A;  3EYP A;  4RE3 A;  1M7X A;  2GK1 A;  1E6X M;  2XFR A;  5FOO A;  5E6Y A;  1LWH A;  2DSZ A;  3FAX A;  1DWA M;  1OBA A;  3RM4 A;  5IHS A;  1BG9 A;  3U5Y A;  1HKJ A;  3WH9 A;  4OOU A;  1Q6D A;  3D3A A;  3BMW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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