4AHPA

Crystal structure of wild type n-acetylneuraminic acid lyase from staphylococcus aureus
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
293
structure length
284
Chain Sequence
HNKDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYISIEQFSELFNHEKIVGVKYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGFDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325
publication title Structural Insights Into the Recovery of Aldolase Activity in N-Acetylneuraminic Acid Lyase by Replacement of the Catalytically Active Lysine with Gamma-Thialysine by Using a Chemical Mutagenesis Strategy.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus 117
structure length 284
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ahpA00
5HR6A 1PCKA 1KFKA 3BV4A 2Y6ZA 3QH2A 2R8WA 3BVJA 4IUOA 3MP3A 2E5CA 3P5YA 3NQGA 1FY6A 5HINA 3GR7A 2VEIA 4LU0A 1OF8A 1X1OA 3IIOA 1K8YA 4EVZA 1W5OA 3TJXA 4DF2A 1G4SA 3NA8A 5MHBA 3NAVA 8TIMA 1H63A 5K3VA 1PL9A 2ZFAA 3W7OA 3ABSA 4EWND 3E49A 2J27A 4IXHA 4M6VA 3W07A 1EP1A 1WOAA 4FX6M 3L67A 4UTWC 3BW3A 1OX5A 4YCOA 2YW4A 3M16A 4K8EA 3L5AA 3HGRA 2YXGA 3N73A 2PE4A 1V7YA 4N02A 2ZTKA 4O18A 4WXYA 4JY9A 4NJIA 1U5JA 2WNQA 2QCLA 2BLEA 1GG0A 4YWIA 4R7JA 2EF9A 2QCHA 4UTMA 1XCFA 2Q8LA 1ZNNA 3BLEA 3GXTA 3IGXA 3JRKA 1EEPA 4AF0A 3QSRA 4JTEA 4FNUA 4LV9A 3MP4A 1VRDA 4O15A 4XKYB 3GAYA 1WBJA 4ZQOA 4K6AA 4AWSA 4IMEA 1G6CA 2AQWA 3DGRA 4JIQA 4K7YA 1O5XA 1X8FA 4XQ6A 1LLZA 2O7QA 5K4ZA 3M44A 4FNTA 1FWWA 1A5SA 1WYIA 2NX3A 3DHDA 5TIMA 3ZWSA 5CKSA 5C2XA 3LERA 1RPXA 3PUEA 5TBOA 5EBUA 1Z41A 1BWLA 3VFLA 1ML1A 4TO8A 3Q37A 2Z2UA 5AYXA 2W79A 3C6CA 3TROA 2WPBA 4IMFA 2ZDRA 3EWUA 1FXPA 3W7QA 3W85A 3SZ8A 5AHFA 3GDRA 1KM1A 3IV3A 5D2VA 3TXZA 4UNLA 2ZTJA 4GUIA 3VNDA 3W7KA 3MJYA 2Y7FA 3W72A 4O57A 1BWKA 2I14A 3HF3A 3MYOA 4O53A 4WXZA 2V0TA 3S0CA 3P74A 5HUPA 5DELA 3W83A 3TE9A 1AMKA 1QPQA 3SFKA 3FOKA 1TPFA 3F1QA 3KHJA 4N2YA 3HQ1A 1OFAA 3DHFA 3TFXA 4LS1A 2A0NA 2FJKA 2DZXA 3SJ3A 1AK5A 5DCBA 1DOSA 3HGOA 3C2RA 3MI6A 1GVRA 1LRQA 2FPTA 2WJZA 1KFEA 4HKPA 1VLWA 5LNWA 2QEZA 1WX0A 4K36A 1FCBA 3QZEA 1LORA 3GX9A 4O12A 3KVLA 4AH7A 3DFTA 1RQEA 3W7LA 4KFOA 1KFBA 5AC6A 3G1YA 4KFPA 1KA9F 3UXDA 3W84A 4RCXA 4QAIA 4RX0A 2A85A 3MBFA 1SQ7A 2NXIA 2OT0A 3DXIA 1XBZA 1CI1A 1F76A 3EX3A 4LVFA 3HG2A 1SW3A 3GYEA 3TSMA 1H7XA 4LC6A 1QOQA 1W56A 5D37A 4N6EA 3NZ1A 3PULA 3WJYA 3FJLA 4QITA 2ZZ4A 1SZFA 1ZFJA 4LT9A 4JYEA 1LTDA 2H3DA 3EX1A 3ZR4A 1LOSA 1IIHA 2DZUA 1TRDA 3GXNA 3L0KA 4O16A 1IGSA 3O6DA 3HG5A 1ADOA 3V75A 1LDCA 4FNSA 1F2JA 4CNOA 1PCWA 4LVBA 5D09A 3I6RA 3G0UA 7TIMA 3SW6A 1LBFA 4IXXA 2GVLA 1KV5A 1JULA 3LCIA 2C19A 3GK0A 2NXGA 1W37A 5I3IA 2PCQA 2H8ZA 3P8JA 1W5NA 3NNTA 4JYDA 5LKYA 3UZ5A 2DJLA 4AVFA 3PUOA 3MYPA 3W87A 1EWDA 2ZRUA 4FHAA 2E77A 1F5ZA 5H2ZA 5D30A 3ELFA 1OVDA 2FPYA 2Y70A 3W7DA 4HPJA 3LHVA 5AFDA 5KZEA 1W31A 2QCCA 4DF1A 4A3UA 5H91A 1F6KA 3MO7A 3I7SA 2ZZ5A 3NQ7A 4X3ZA 3WK3A 4UFHA 1FWTA 4PL2A 1LROA 1WDWA 3VE9A 1OABA 2E6AA 2DP3A 2QF7A 4O14A 2ZA3A 5HJLA 3RNDA 3UWVA 3TUUA 4W9TA 3QYQA 3VKJA 4WY0F 4BWLA 5I3HA 5DLCA 5KTLA 1P4CA 3UPWA 1R2RA 3GKAA 4AHQA 1G7VA 5HMSA 4H6KA 4ZQRA 1H7RA 2V8ZA 1SFLA 3L5LA 3F4NA 5K7JA 1R2SA 3T78A 3W74A 1ALDA 4O10A 3GXPA 5I3KA 2WSRA 3CU2A 2YFNA 4BFAA 1I2NA 1FBAA 1K8ZA 1ZY9A 3PBYA 4DO4A 1A5BA 1F05A 1A53A 4GE8A 3P7YA 1O94A 1RQHA 2NWSA 3WJXA 2H8XA 4UFKA 4MOZA 4EIVA 4IWWA 1W5MA 3G1VA 5BW6A 2CLHA 1SU5A 4O19A 1ZAJA 3C0JA 2QJGA 4NVTA 5DCEA 5HQEA 3UQNA 3LCFA 1Q3NA 3W6YA 1OFOA 2DU2A 3IVTA 4HHPA 2YGYA 3UXAA 3C56A 3SY5A 1MZHA 3L5MA 1W1ZA 3ATYA 4XKYA 1SO4A 3S5ZA 4ZQMA 1JCJA 3L0GA 1YDNA 2NUYA 3HJZA 4NX5A 5D33A 5C55A 2VFDA 3V1PA 1SO3A 2CLKA 3BARA 4N9CA 2PRMA 3TC6A 3T44A 4QQ3A 3TW7A 1TSIA 2GQ8A 3FYOA 4FNPA 3A22A 3TDFA 4Z08A 1S5TA 4JTKA 1GVSA 4JS3A 1G7UA 5AB3A 1DORA 4PC8A 5L6UA 3B06A 1FWNA 1TREA 3FIGA 4UTKA 3R5EA 1HL2A 2NLIA 1Q6OA 2V81A 2DJXA 2B4GA 4N9EA 3NQDA 4AHPA 5E93A 4E2DA 4LOCA 2BTMA 1QCWA 1B9BA 3CIXA 2KZHA 3NQ6A 4UTJA 3TA6A 2WNNA 1QPRA 2ZRXA 4ML9A 5CZSA 1TMHA 1KTCA 1OX4B 3GNDA 3TR2A 1QFEA 2GJNA 3P80A 4OV9A 1H7OA 4DBDA 4QNWA 2D73A 5G1TA 2J6XA 2JKAA 5E1QA 3W75A 3T55A 3TQKA 1SW7A 4MY8A 2NUWA 3W76A 1F73A 4NNAA 1JRCA 1LRTA 2C3ZA 2A7PA 1PV8A 1T0OA 3P5ZA 5DCDA 1KFJA 2Z6IA 4NQ1A 4XZ9A 3NQCA 3KAOA 4E2BA 1TIMA 3TNOA 5D38A 3NQVA 4UTUA 4RV8A 4AAJA 4BR1A 4DO5A 1K02A 3T7VA 3W9ZA 5F1VA 4HNTA 1I2OA 2CLOA 4O1BA 3T4CA 3LTYA 1C29A 5HNRA 1T8XA 2WOQA 1OFDA 3O15A 3C2VA 1H7NA 4O1DA 2TMDA 4JD4A 1TPDA 2CWNA 2Y63A 3P60A 3EX6A 3S1UA 3MMTA 3S5YA 3I68A 3KOFA 3TV8A 3N9RA 5FESA 1TTIA 3QW4B 4XUGA 4LS0A 1H5YA 1JQVA 5LNRA 1GEQA 3EWWA 5CPNA 3CB8A 3G8EA 3LBCA 3TFCA 4O28A 4LVAA 1TO3A 1VQTA 5I3JA 4TMCA 4GUJA 1L6SA 4FIQA 1Z48A 2XN2A 3WFAA 1GPWA 4FIRA 1L2UA 3BW4A 1OYAA 3AJXA 1YXDA 3G3MA 3TIMA 3A24A 1DJQA 2PURA 2A1YA 3STFA 1GVOA 3GAKA 1QO5A 1AW2A 5U7SA 3AO0A 4K8HA 2QR6A 4QIUA 1QAPA 4RR4A 2Z6JA 5CZTA 1Z44A 5FF3A 1LYXA 4M6QA 4M7SA 4JNMA 4MKNA 1QO2A 3YPIA 3QC3A 1KM6A 5IBXA 2G95A 3M5VA 4WOQA 2BXVA 3P62A 1DV7A 1CX9A 1SZNA 1F74A 3KXQA 4MYXA 1KW1A 1TPWA 3W23A 1NAL1 2VFEA 3DH7A 3IVUA 1S5WA 2BWGA 5LHEA 3GDLA 3VE7A 5DY3A 5AHIA 2VELA 5EKYA 2V9DA 5G5IA 2QCFA 3NEVA 3BGJA 1P0KA 1TYGA 3LV6A 2YDAA 4EOUA 2ABAA 3JS3A 3LI0A 4NU7A 3W1QA 4CQAA 2VC6A 2CLFA 1LLWA 4AHOA 3NYZA 4ICNA 1Q6RA 4O17A 4JTFA 4ZVJA 3O6YX 3TK7A 1YDVA 3KVMA 2ZA1A 1P5BA 3LRKA 3QF0A 1PHWA 5AYZA 3QQ0A 1TJRA 3E0IA 5A8GA 1VPXA 5FEXA 3RLUA 3QQ1A 4WUIA 4ORMA 2B0MA 2C6QA 4UNKA 1O5KA 1JUKA 3TMLA 2P0OA 5BNKA 1IXOA 1I2PA 2B7OA 1GTHA 1LOLA 3BO9A 4I9AA 2VENA 3W7EA 3DU0A 2E68A 4GFSA 1JR1A 3INPA 3G1HA 1O95A 4JDBA 1JCNA 4M5PA 3MI2A 3PY2A 2QCNA 4LTSA 3U8GA 2C14A 1I2QA 2GOUA 3GR8A 2X1SA 4Z0SA 4Q32A 4Z1CA 2FDSA 3G1SA 3M9YA 3N14A 4JDYA 5A5WA 1B4EA 4UUIA 3ABRA 1VGAA 1XM3A 3LV5A 1ZAIA 1EX5A 1UUMA 1IXQA 3LTSA 1H1YA 4WY0A 1YXCA 2NXHA 4PTNA 1Q6LA 1XI3A 2Z1BA 3HOJA 4WQ6A 3QRHA 1PS9A 4BF9A 1KFCA 5HWMA 1RR2A 1VCFA 1MEIA 2CW6A 3C61A 1ZCOA 4MIMA 3W86A 3MUXA 3O06A 5G2WA 4CQ9A 1D3HA 4C1LA 1EUNA 1FCQA 1OX4A 2ZZ1A 2YYTA 4LV4A 3NZRA 3W2JA 2CLMA 4JX6A 2OCZA 3W2KA 1D9EA 4QSHA 4MFDA 3I7RA 1W3IA 4A2RA 4UFJA 1DJNA 2EPHA 1YPFA 2ZRYA 5BOOA 3THAA 4BWLC 5AOUA 4UMAA 5G4WA 4L4MA 3W73A 1I45A 3W88A 3PWAA 2A21A 3FJ6A 4CNNA 4UTTA 1UASA 2F84A 1R46A 3IVSA 3HBLA 3LHUA 2ZZ6A 1LZOA 1LM1A 1NF0A 1UJPA 4M7TA 2JKEA 2I9EA 5AC8A 2ISSA 1UBSA 4Y8FA 1VYSX 1GYLA 1OFQA 1EPXA 4WOZA 5F4SA 3UD6A 2QKFA 4I7UA 1NEYA 3HPSA 2YCEA 5CPLA 3EWXA 1I2RA 5CGQA 1E51A 1AG1O 3EEGA 1JCXA 4K38A 2G97A 3UWQA 3O8AA 4DELA 1ZENA 3B4UA 1ME7A 3LCXA 3THQA 5HWJA 4N4QA 1WV2A 3UWZA 2WV8A 1ICQA 3CT7A 4IMDA 1RVGA 2XN0A 4ZQCA 3RK8A 3B8DA 1G67A 4Y6GA 3DI1A 3M5XA 4NNBA 5I3GA 3S9YA 4L4LA 1P1XA 1JJKA 3E02A 2VFIA 3TC7A 1OFEA 4JTLA 1F6PA 3T40A 1XBXA 1GTEA 1W3TA 2V2DA 3HPXA 2WQPA 3OIXA 4YXGA 2NUXA 4UXDA 5G4EA 3LX9A 1VYPX 1YTDA 3G0XA 1N7KA 4AWUA 3EX4A 3TAOA 1KM2A 4D2JA 3DFOA 4UIOA 3C2FA 4RZ5A 3FYPA 4DXVA 3A9IA 1UB3A 2ATMA 4RXFA 4WX2A 5K9XA 2QCEA 4NT0A 1KM0A 3P61A 4MJZA 5F2LA 1XFBA 1GJPA 3B0PA 4RXGA 1X1ZA 1GWJA 3A5FA 1IIGA 3TW6A 5DBUA 1S5VA 5LSMA 4Z0JA 2VFFA 5K9CA 1K8XA 1EA0A 1WOBA 2QDGA 3E96A 1AW5A 5LGXA 4I7WA 4OGZA 3DFNA 4RJEA 5FEPA 4OE7A 4JX5A 4JN6A 2QUTA 2TPSA 3NDOA 3USBA 4O54A 1A5CA 3B05A 3DBPA 4BI6A 2QAFA 1YDOA 1ME9A 2VEMA 3PF3A 4ONVA 3NGJA 3M6YA 2ZQ0A 1QWGA 4A29A 1H1ZA 4UFIA 5LNUA 3GDKA 1RQBA 1K7EA 3W1XA 3QPYA 3R89A 5F2GA 4JTUA 3SIZA 2QCDB 1XL9A 2V2HA 3RLVA 3LHYA 4DQWA 3NQMA 1QMLA 4DF0A 1F7BA 3MW7A 4Q4KA 2JBMA 3LHWA 4GNJA 1DQWA 1XUUA 3FEMA 4O1AA 5CPOA 4A21A 3OHIA 4MLJA 3DENA 2W6RA 3KVKA 4UC5A 2HMCA 1SZEA 4PODA 1TPVA 1ZALA 4O1CA 5BMXA 3PBUA 2E6DA 4YL2A 3JR2A 5EA9A 2R14A 1XDMA 5BRBA 2QJHA 3W2MA 4LRSA 1A50A 3EKLA 4JGDA 2E09A 3NPUA 1TJPA 3LCGA 3B03A 4KKXA 3IEBA 2RDUA 4GC4A 4P61A 3CLMA 2RKXA 3NO5A 3GB6A 1K7XA 3GVGA 3W7PA 2G5WA 4IX0A 4IX2A 3PSVA 2GQAA 4HPXA 3W7JA 3G18A 4GRSA 3LXBA 1KBIA 1JVNA 3WJWA 3GKFA 2HSAA 2IQTA 2CLEA 1R2TA 2B7PA 2P10A 4NJHA 2H3BA 3G24A 3N2MA 3L68A 1FCVA 3SECA 2CZ5A 3NXFA 3IIPA 3CPRA 3W7NA 2R94A 3CWNA 3R13A 4Y96A 5D05A 1J2WA 4NZFA 2X1TA 2ABBA 4M19A 2JGQA 1B3OA 2C18A 4JR5A 1VYRA 4R53A 2O7SA 2FFCA 1SO5A 3G1DA 4HIBA 3G1FA 4ADTA 3NG3A 3TQVA 1AL7A 4O52A 2Z0IA 4JEQA 4KWVA 4UFMA 1OX6A 1KM4A 4XBKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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