4AHPA

Crystal structure of wild type n-acetylneuraminic acid lyase from staphylococcus aureus
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
293
structure length
284
Chain Sequence
HNKDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYISIEQFSELFNHEKIVGVKYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGFDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights Into the Recovery of Aldolase Activity in N-Acetylneuraminic Acid Lyase by Replacement of the Catalytically Active Lysine with Gamma-Thialysine by Using a Chemical Mutagenesis Strategy.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325
total genus 117
structure length 284
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ahpA00
3C4UA 2TRSA 4TMBA 3LXCA 1RR2A 4JYFA 4P2VA 5AOUA 3TKFA 4K36A 4DF0A 3GXTA 2Y61A 2H90A 5AYYA 2GVJA 3T55A 1I2PA 4FIQA 4BI6A 1JQXA 1WOAA 2YZRA 4ZVJA 3TJXA 4O1CA 5BRBA 4LVFA 3L5MA 2A1YA 1VLIA 3LERA 2DZPA 5F1UA 3G1XA 4Q4KA 5TIMA 3RNDA 4MZ8A 1DJNA 1NEYA 1QOQA 1CX9A 5LNVA 2ZA1A 3N2XA 4MOZA 3DI0A 4AB4A 4LVBA 3W1XA 2FPTA 3L9CA 3N3MA 1KM2A 4O13A 1ICSA 5K9XA 5FEXA 1N7KA 2DZWA 3DI1A 5FEPA 1GT8A 2FB2A 2VFIA 3W6YA 2CZ5A 2V2HA 1AL8A 1XBVA 3UWQA 3FJLA 5G4WA 1MXSA 4O57A 2ZDRA 4NUWA 3KRZA 4RV8A 1MEWA 2V82A 1KFKA 4GBUA 2ZZ2A 2HS6A 5EKYA 4MYXA 2AQWA 3DAQA 2FLIA 5D32A 4HNUA 1Q6LA 4ADUA 4AAJA 1KLZA 3EKZA 4ZQOA 1H62A 3W22A 2CW6A 4LS1A 3TUUA 4EF8A 3DFQA 3NG3A 3W2LA 3FA5A 4JTKA 3FKRA 3EKLA 3NAVA 2CLLA 4CNNA 1KFJA 1I2NA 4LUIA 1EWDA 4DPPA 2Q8ZA 4FEZA 1G69A 3NQGA 1TPUA 4RX0A 2RH9A 4WZHA 3W7OA 4LC8A 3S5NA 1H7PA 5C2XA 1C9DA 2GOUA 1GVSA 2QUVA 3M9YA 1ME9A 2C6QA 1ALDA 3TSBA 4LRSA 1A50A 3BO9A 4Y6GA 1QPNA 4DO5A 1V7YA 2DJXA 3DZ1A 3LCIA 1PVNA 3I65A 5BOOA 1QAPA 3W7JA 3ABSA 3UD6A 2TPSA 3BW4A 1F6PA 1SO3A 4JYDA 1ZFJA 1TTQA 4IMEA 5H91A 3OG3A 5EYWA 1SW7A 3TNOA 4LOCA 2I1OA 2PRLA 4LTSA 4MPQA 1AMKA 1H7XA 5GVJA 4GUFA 4N2YA 1PS9A 3LV5A 2ZRXA 4R7JA 1B9BA 2QCDB 4OT7A 1FCQA 4H6KA 1JUEA 4WOQA 3PR2A 4A2SA 1FUYA 3NQVA 1JCLA 4KFNA 4JGDA 1XBZA 3M16A 5AHIA 3VE9A 4E38A 2CZDA 2A7PA 4GC4A 4K8EA 1SU5A 1LRNA 2C3ZA 1C8VA 3W7KA 2F84A 1GVQA 2D73A 5EA9A 3HIJA 3ATZA 4UFHA 4MFEA 3MW7A 3S5YA 1XFBA 1YDVA 4O10A 1TTIA 2G97A 1W8SA 5G2HA 2ZZ4A 3HBLA 3HF3A 1OF6A 3NGJA 4XUGA 2DZSA 4NQ1A 5I3HA 3C0JA 4OWGA 5HWNA 3O8AA 1B4EA 4BWLA 2C14A 1JULA 2J9XA 4NJGA 5KTLA 1QPOA 4K37A 1PHQA 3IEBA 3L65A 2QCNA 1BTMA 5E1QA 1H1ZA 3M5VA 4S2CA 3UZ5A 4CQAA 3CLMA 1I2OA 3W75A 1JRCA 1SZFA 3OBKA 5EL1A 3GNNA 4IXHA 3WK1A 4Z0JA 5FI8A 5G1TA 2J9YA 2V0TA 3P80A 1I8JA 1K3UA 3YPIA 2YFOA 4EOUA 2ZRVA 3SI9A 5D2TA 4KFOA 4K39A 3KAOA 4M6PA 1H7RA 5CZSA 3LCGA 4OHQA 1KV8A 3B0PA 3R13A 3C56A 5FEWA 1SO4A 3QZEA 3NO5A 2ZA2A 4U4MA 4IX0A 1W5MA 5AYXA 5CKSA 2VC6A 2CWNA 1TQJA 1K8YA 3TA6A 1WV2A 4UR7A 2X1TA 4LVAA 3QQ1A 2Y62A 1G4SA 4WXZA 3I6RA 3NXFA 1JRBA 4RCXA 3PC0A 1DJQA 4DBDA 1OK6A 4NNCA 4LRTA 3MBFA 4CLMA 4CCEA 3TQKA 1H51A 2KZHA 3HG4A 4ZQPA 2OZ0A 5CG7A 4JTLA 1XBYA 1WDWA 4LVGA 3IIZA 1VYRA 4AHQA 3UY8A 1EP3A 3V75A 4DXVA 2QCGA 3MWAA 5LNUA 3EWXA 3T44A 2DZVA 3M47A 5H2ZA 2A4AA 5E93A 1AW2A 4CNOA 4UNLA 4FNQA 4MY8A 2QUTA 5KZMA 5AHFA 2TMDA 2QDHA 3LBMA 1JUKA 2Y7DA 4IMGA 4UNKA 4ZQNA 1QNVA 3NL6A 1LLZA 5TQLA 3EX4A 3C61A 4PTNA 2RDUA 3HPZA 3RLUA 3HGJA 3TDFA 2FFCA 4KKXA 2VEPA 4O54A 1BWKA 3KRUA 3PBYA 2CLHA 2CLFA 4HHPA 1C29A 3QJAA 3UPBA 1XUZA 3PWAA 2VENA 2ZYFA 3NQ6A 2WV8A 3PUEA 4N6FA 4WX2A 4UTJA 3L0KA 3WJXA 3GYEA 3EXSA 3LHUA 2B4GA 3ABQA 4FNTA 4LUJA 2NX1A 5DXXA 3RU6A 1N55A 1NSJA 4E2BA 5LHEA 3NQEA 1BEUA 1GQNA 3N73A 1F6KA 2C13A 3E02A 3UQNA 4JIPA 3S9YA 3LOTA 2Y88A 1PL9A 5CZJA 2BZNA 3N9SA 3W85A 1L9WA 4DO4A 3ZWTA 1OABA 2O7QA 5FF2A 1X7FA 2V5BA 4AF0B 5FF0A 1K02A 2XFWA 1EUNA 3NOEA 4O17A 1D3GA 1QCWA 4O12A 1VR6A 3G24A 3G1YA 1MEHA 1WQ5A 2YPIA 2CLOA 3B05A 2P1FA 4TMCA 1V5XA 4NXKA 4OV9A 1I2QA 4JTSA 2FTPA 2JKAA 1G6CA 3RF9A 2V30A 1O95A 3LBCA 1TPFA 2OT1A 1JQVA 2TSYA 3C2EA 4W9TA 5I3JA 1W5PA 3LLFA 3W71A 1HO1A 5D09A 4IPIA 1O94A 3DXIA 4O28A 3CIXA 3GK0A 5F2IA 3R89A 1ZY9A 1EIXA 1F5ZA 5CZTA 4RJEA 1QOPA 2PE4A 1G7VA 4A2RA 3TU9A 2Z6IA 1O5KA 1OFOA 2NX3A 4IMDA 3G1HA 3NPWA 2H3DA 4UTKA 1R30A 5CSSA 3TXVA 3LCHA 4IGHA 1QO5A 4YCPA 4UTIA 3LTYA 1O5XA 2Z2UA 1A5BA 3LCWA 4IXXA 4JTHA 5DXYA 4UFLA 2H3BA 2YYUA 3G1VA 4E2DA 4YXGA 3OHIA 1F2JA 2ZBTA 4GXMA 4UTMA 2JK2A 4R34A 3M1ZA 5BMXA 4XKYB 5HINA 4FNUA 2OX1A 3W2KA 5EBUA 5D04C 3LI0A 2BX7A 2B7OA 1GYNA 4PODA 1OFQA 3E0IA 3TSMA 1GWJA 1XC4A 2FDSA 2ZFAA 1T8XA 4K7YA 2G5WA 2V5LA 1ML1A 1SW0A 1FY6A 4GRSA 3W3OA 5D03A 3ABRA 4M6VA 3LCFA 3P60A 1OX6A 3W7EA 4GFSA 3M44A 3QMTA 3B8DA 3R8RA 1LRTA 4UTHA 4PL1A 3T7VA 5D2XA 4K6AA 3W1UA 3HQ1A 3W7GA 3LTPA 4DELA 4XBKA 2HTMA 2NXHA 2Z6JA 2VFDA 3NZRA 7TIMA 5KINA 3BLEA 3VE7A 1T0OA 5FEZA 2VEIA 3G22A 4OU1A 3KRSA 4UTWC 1FCUA 1OF8A 3NQAA 1W54A 1ADOA 3P8IA 3MMTA 2WSQA 1D9EA 3B06A 4M7TA 1ZAHA 2OMAA 3NPUA 3G0SA 3S5ZA 4O4VA 1KBJA 1LTDA 3MP3A 4GUGA 4UMAA 3RLVA 1XDLA 1WXJA 3ATYA 1GVOA 2PURA 3FOKA 3W9ZA 3HG2A 3LI1A 4ZQRA 2HS8A 1K7XA 3VCRA 4DEFA 3L2IA 1NF7A 5BNKA 1ME7A 3W72A 1LBFA 1P5BA 2CLIA 1LOQA 1OHLA 3LCLA 2CLEA 3CWNA 1RZMA 3GX9A 1VRDA 2C15A 2X1UA 1NVMA 1IF2A 1P0KA 1VLWA 1DBTA 3K30A 3I7RA 4JDBA 1H5YA 2Q3OA 3G1SA 1DL3A 3NM1A 4FNPA 5FF7A 3BGJA 3EEGA 4GUHA 3TK7A 1ICQA 4JY9A 2QCLA 3ZFHA 2GVLA 3IGXA 2A7NA 5DELA 5CSRA 4IMFA 4UTWA 1B3OA 1KTBA 1QFEA 3HPSA 2EGZA 4AH7A 5FF3A 3W1LA 4IWWA 5DBUA 3QW4B 1UUMA 3C2RA 3EX2A 1OJXA 3BW3A 1Y0EA 3FYPA 2A85A 3QH2A 2NXIA 3H55A 5J5DA 2FPVA 5EY5A 3TH6A 3H53A 3O6DA 2AGKA 4GUIA 1AK5A 3S8HA 3W83A 3QMRA 5K9DA 4WUIA 4A29A 2WNNA 2A7RA 4UMBA 4RZ4A 4QIUA 4MKNA 2GUUA 3TIMA 1LLWA 4CCDA 1HTIA 2YSWA 4JNMA 4HIBA 5MHBA 4TU1A 4Z1DA 2NUYA 3KOFA 3CQ0A 3IGUA 4ADSA 4CCCA 3DFOA 2JKPA 4BF9A 4ICNA 3FEMA 3N19B 4YWIA 1F7BA 3NQCA 3NQ7A 2QAPA 3SW6A 1YXYA 2H8XA 1TRIA 3GZ3A 3LV6A 4NVTA 3W7NA 2QF7A 2ZZ7A 1TB3A 3QFEA 1R2RA 4MFDA 5A5WA 2QCMA 4R33A 5K3VA 3QMSA 3W88A 3VFLA 3NPXA 1OYCA 2NWSA 1VYSX 2I9EA 4BI7A 1ZNNA 2GJLA 3CEPA 1W5OA 4AEOA 3LRKA 2Z0IA 3KFTA 1J2WA 4UXDA 1TPDA 1RPXA 1SFJA 4X2RA 3OA3A 3GDMA 4IUOA 1OFPA 1ZCOA 4MJMA 3TW6A 4HNTA 2ZRUA 2QAFA 4DBEA 1FDYA 1K03A 4O14A 4EWND 2E6AA 3Q2DA 4WQ6A 4Y8FA 5IM51 2X2GA 3KHJA 3TE9A 4BWLC 2WPBA 3QPYA 1IXNA 3IV3A 3M5ZA 3FS2A 3GDLA 1H60A 4IQLA 5K2ZA 2YW3A 2YCEA 1PCWA 2QKFA 3A24A 3W73A 4J9JA 3I7QA 3A21A 3HOJA 3T4CA 3HO8A 2VOMA 2E5BA 1KLYA 4ONVA 4IPJA 3VKJA 1CI1A 4UIOA 3PSWA 3W1PA 4G1KA 2EF9A 1FWWA 3KVLA 5AFDA 1F05A 3DENA 1OX4A 1W5NA 1VQTA 2QJHA 3GVGA 5C55A 3TMQA 3TW7A 4AWSA 3IIPA 3S1VA 4RR4A 4A21A 4HT3A 4NT0A 4X3ZA 1SW3A 1OFAA 2E68A 4LU0A 2Y89A 3W1NA 3DFPA 2FQIA 2C16A 1FWTA 4RLIA 5D2VA 2C0AA 2ZTJA 4ZL1A 1XUUA 3DH7A 3C2FA 2X16A 2E6DA 2DZUA 1XI3A 3G1DA 3O06A 1TO3A 1YTEA 1EWEA 4ALDA 1FDZA 3MYPA 4Q32A 5BMWA 2VEKA 4JDYA 4LV9A 4JTTA 1YLVA 1SUXA 2CFFA 3NPVA 1KBIA 3QEZA 3KVKA 4TIMA 4WD0A 3NL5A 5I3KA 5CPMA 3O07A 1OK4A 2ZRZA 1LOSA 1FWNA 2ZRWA 2G96A 1O60A 2E5DA 3W1RA 5G5IA 4B5NA 3P7YA 3VNDA 5DY3A 1M7PA 5AC7A 3WK2A 3O1NA 3PAJA 2B7PA 3QQ0A 1WAUA 1QR7A 4MIMA 2H6RA 3F4WA 3L67A 4O11A 4IOTA 3Q58A 1JCNA 1X1ZA 5DY2A 3P82A 2R14A 1B4KA 4BK9A 4JTIA 1IIGA 3A5FA 1OX5A 1TQXA 3DFNA 2FPYA 2QCEA 2WOQA 3C2OA 4UFMA 2Q3RA 3CIWA 2NWRA 2JGYA 4KFPA 2WNZA 4JTFA 5CGQA 1FCVA 5T26A 4XTIA 3TV8A 3OVRA 3U2OA 4JD4A 4K38A 3EXRA 5AC6A 1E51A 2J27A 3MUXA 4XTDA 3MHFA 4NNBA 3LGEA 1TPWA 3PULA 1QPQA 2EAWA 3GLCA 1K8ZA 1VYPX 3KVMA 3E12A 3BG9A 1T99A 4PEKA 1W0MA 2ATMA 4LWWA 3QYQA 3GR8A 4FHAA 3FLUA 1KTCA 2Q8LA 5LNSA 1SZGA 3NDOA 2E1DA 4MZ1A 2DORA 3P5YA 2ISWA 1TTPA 3NQ8A 3HGOA 1GTEA 1W31A 3N2MA 1SSDA 3DKLA 2YX0A 1VCFA 3LDVA 3QSTA 3S1UA 4O18A 1OFDA 1H50A 1KTNA 1YXCA 1H61A 3GDRA 4OQVA 1WBJA 4HSOA 4QJ1A 4YLWA 2TYSA 2RHGA 2FJKA 1RQBA 3UWVA 1TPEA 1KFLA 1U83A 1TV8A 5TBOA 2E6FA 4O16A 5DLCA 3B03A 3QC3A 2HSAA 1PCKA 3NM3A 3CHVA 4MY9A 3SGUA 4LS2A 4X9SA 3P74A 1Q6RA 3CC1A 4WJEA 3HMJG 3DHDA 1N8FA 2QJIA 1CW2A 4GJ1A 2V81A 3W7HA 4MYAA 1Z48A 3MI6A 1L6WA 3IVSA 3ZS4A 4JS3A 1G67A 2QDGA 5K4ZA 2R91A 4JIQA 1SPQA 1MZHA 4JXCA 1PHWA 4PH6A 1W3NA 3GAYA 2A5HA 4NX0A 4S2BA 3W7MA 3OVQA 3GAKA 3NR0A 2NV2A 4L4MA 4GNJA 1TREA 3MO7A 1OG0A 1IGSA 4WXYA 1Q3NA 2Y7FA 5EPDA 4LNYA 4ORMA 1IXPA 3S6DA 1UBSA 3TC7A 4AVFA 2ZZ5A 1AL7A 4DQWA 2A2IA 2VELA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C4U A;  5AOU A;  3NEH A;  3TKF A;  2ISD A;  2J74 A;  3B0X A;  1LWI A;  3VNK A;  3T55 A;  1I2P A;  3ARO A;  3BUV A;  4Q6J A;  1EA9 C;  1GVI A;  1JQX A;  2QLY A;  2YZR A;  4O1C A;  1KRA C;  4B9Z A;  1MNZ A;  2A1Y A;  1VLI A;  4ACY A;  3D5H A;  3LER A;  3KWS A;  4PYS A;  4LX4 A;  2X40 A;  1JDF A;  1WUE A;  2WJF A;  1KM2 A;  4O13 A;  1N7K A;  3DI1 A;  1IEQ A;  2D22 A;  2VFI A;  4C7D A;  1S38 A;  2CZ5 A;  4WVX A;  3T0B A;  1XBV A;  3UWQ A;  1QI2 A;  5EMK A;  2O9R A;  4L1W A;  5G4W A;  1MXS A;  4B92 A;  2ZDR A;  3F2B A;  1DXE A;  4NUW A;  4KEU A;  4FAL A;  4BQ5 A;  5I09 A;  2V82 A;  1E6R A;  2ZZ2 A;  2HS6 A;  1GJW A;  1BF2 A;  2OWC A;  3DAQ A;  4F3H A;  4GYK A;  1J6O A;  5I06 A;  3N13 A;  4HNU A;  1Q6L A;  4ADU A;  4RE4 A;  5M1T A;  4ZQO A;  5DQP A;  1JXK A;  1QW9 A;  1WDD A;  3W2L A;  4AYS A;  1S2U A;  3H2O A;  3EKL A;  3NAV A;  4JFU A;  3B9D A;  4LUI A;  4W5Z A;  3FDK A;  4RX0 A;  4WZH A;  2RH9 A;  4GZI A;  5HJX A;  1H7P A;  1ZBW A;  4M81 A;  4TTG A;  4DM1 A;  2UY2 A;  4LRS A;  2QS8 A;  3F5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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