4AWTA

Crystal structure of the reduced shewanella yellow enzyme 1 (sye1) m25l mutant
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
QSLFQPITLGALTLKNRIVMPPLTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modulation of Isoalloxazine Ring Planarity Influences Fmn Electronic Properties in Old Yellow Enzymes
rcsb
molecule keywords SYE1
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 140
structure length 363
sequence length 363
ec nomenclature ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date 2012-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4awtA00
3MBFA 3G1AA 4ORMA 1EA0A 3L68A 1PE1A 4UTHA 5EY5A 1O4UA 3WK2A 3B4UA 4DELA 4P61A 1EUNA 2E6YA 5FI8A 1MEWA 3FJ6A 3IIPA 1BEUA 4UTLA 1WYIA 5AHIA 4CCEA 3LCIA 1OJXA 2YDAA 5DXYA 3P74A 2Q8LA 3LCFA 4X3ZA 5KITA 4N9BA 1VCGA 2Y7DA 2ZRZA 1SW3A 4ZQRA 5F4XA 3TDFA 1NF0A 3DU0A 3LTYA 4PA8A 2PRLA 5FEXA 2OT0A 4LS2A 4S1FA 3PY2A 4O11A 4Z0JA 4JIQA 3QEZA 2FJKA 3NQ7A 4WY0A 1GOXA 2VFDA 2Y61A 2QAPA 3W74A 4O28A 4IOTA 2G97A 3PUEA 4K8HA 2E09A 1JCMP 1TV5A 1SPQA 1FWNA 3QFEA 4FX8A 2X1UA 3NM3A 4POCA 1OABA 1WOBA 3JR2A 4TR9A 3HG4A 3G3DA 3LBMA 2ZRXA 3W7MA 1UUMA 5IBXA 2QUVA 2GQ9A 5I3KA 5DELA 4PTNA 4O53A 4YL2A 3KVJA 1ZAIA 3O6DA 3PUOA 3QZEA 1XC4A 2ZZ6A 4OBTA 1Q3NA 2CLIA 5D09A 1QDSA 1W37A 2Z6IA 3BG5A 2A6NA 4O16A 3W1AA 2NUWA 3BK0A 1KM4A 3QRHA 5G4EA 1SO4A 2A7RA 3O1NA 4FIQA 4PFMA 1FCVA 1KFCA 1TSIA 4AAJA 4WXYA 3ZWSA 3ABQA 5C54A 3LB0A 4LS0A 5D2TA 1OVDA 4HKPA 4XQ6A 4N9EA 3NQAA 5HQEA 4IQLA 4FNQA 3TFXA 4WJEA 4K36A 3FLUA 1YTEA 3E96A 1MEHA 4LW7A 3FJLA 2DZVA 3GNNA 2WSQA 3MMTA 4RJEA 2JBMA 1ZENA 5F2MA 4EWND 2WJZA 5K4XA 1TRIA 3MHFA 1UBSA 3W85A 3NQ6A 4AMAA 2JGQA 1PHQA 1W5NA 4GUIA 4LVBA 1ZAJA 3WJWA 2QUUA 2VC6A 2FQIA 2G5WA 4HNNA 5K2ZA 3KFTA 4QITA 3LM7A 2H3BA 4PL1A 1QR7A 4JTHA 4MZYA 3UWWA 3G0SA 4FNUA 3W1LA 1H51A 3QYQA 4FIRA 5CSSA 2Y88A 4M6VA 4GUGA 4RCXA 3EB2A 3L9CA 5BRBA 1TJPA 3U2OA 2XFWA 2GVGA 3TR2A 2YW4A 3UXAA 1P5BA 1QPQA 3LHWA 1JCYA 4IPIA 3DFSA 3LCWA 4EIVA 2V2DA 2A7NA 4NXSA 4UFMA 3W7IA 1ZHAA 3DFNA 3FFSA 5U7SA 2H6RA 1T96A 3GX9A 3GZ3A 5DCDA 3LGEA 2PRHA 3BVJA 3QQ1A 3G1VA 3FOKA 1S5WA 1G4SA 3B03A 4JD4A 1PS9A 4GC4A 1XL9A 5TIMA 4IUOA 5K9DA 3UPWA 1EWDA 3ELFA 5DXXA 2R14A 2FTPA 2C16A 4CCDA 4DXVA 3CT7A 3GKFA 2CFFA 1VPXA 3E49A 1TPFA 3NZRA 1NFBA 3DBPA 3QSTA 1DORA 3O6CA 1LBLA 1VR6A 3W86A 1XFBA 3I7QA 3L21A 3PUDA 3A5FA 3MBDA 1VC4A 4ORIA 5HWMA 2WV8A 5H2ZA 5LGXA 3CU2A 2WSRA 5C5YA 1IIGA 1VQTA 2H8ZA 1F7BA 3TMQA 2E5CA 2NXGA 1EPXA 5D04C 4LY8A 4LT9A 3QF0A 1FWSA 1NF7A 1L9WA 1ME8A 1XBVA 1Z44A 4ADUA 3GDRA 2B7PA 5AHNA 4NT0A 1WXJA 2DZSA 3C2FA 2ZTKA 1WQ5A 4MYXA 1R46A 1TQJA 1K8YA 3LX9A 4PODA 1TRDA 1RQEA 3M16A 3HPSA 2EGZA 5AHLA 1UASA 3W76A 2W0UA 2EAWA 3BW4A 3N9SA 4GNJA 4O54A 1U83A 4ZQOA 1IXNA 1G4PA 3USBA 1NVMA 3DFTA 3C56A 3MWAA 4OV4A 3TA6A 3WK0A 5LHEA 4AWSA 2Y63A 3TC6A 1KFBA 1WV2A 1TPDA 3CTLA 3PVFA 1F2JA 1OF6A 3QH2A 1K7EA 5DY3A 1YXDA 2DJXA 2F84A 2J9YA 3U6WA 4O13A 5CZJA 3FA5A 2B7NA 3W7JA 4ICNA 3LLFA 1TTPA 3S1XA 4PH6A 4M6QA 2Y89A 1LZOA 1QNVA 4HN4A 3TSBA 4H4IA 1CX9A 3I6RA 1IXQA 3NM1A 4EF9A 2YR1A 1L6YA 2CLLA 5MHBA 3NDOA 1KFEA 3SW6A 4O0KA 4QJ1A 1JVNA 1WX0A 4I9AA 3GXTA 3I7SA 4DPQA 2XN1A 4UCGA 1SO5A 3NPVA 2CZFA 3S5YA 1OFPA 3RLUA 4U4MA 3TH6A 4AF0A 2BLEA 2J27A 1IXPA 2P0OA 4ML9A 4IMDA 4MLJA 2NUYA 3TW7A 1JULA 3NZ1A 1L6SA 3CQ0A 3MO7A 1LBFA 4JEQA 3TKFA 3BG9A 3MUXA 3GKAA 1THFD 4TIMA 3UNDA 3M5VA 1H60A 1SZFA 4JS3A 4K38A 1YLVA 4LS1A 1ZAHA 4Y9AA 3GYEA 3MP4A 4PCFA 1SSGA 3FKRA 3NQ2A 1FDZA 5FEPA 3TAOA 3SSJA 1GTEA 1T8XA 3PB2A 1FX6A 5HJLA 1TCDA 4A2RA 1TPB1 3M5YA 3CEUA 3MI2A 2ZRVA 5F2LA 1H1YA 3GDTA 5D37A 4O1BA 2A5HA 3IIZA 3NAVA 2VFEA 2ZTJA 4O18A 4JN6A 1SR9A 4IJBA 2Z0IA 4UTWC 1J2WA 2RFGA 5G2IA 4HNTA 4R33A 4R53A 2V5BA 4MJZA 3T40A 4XBSA 4BI6A 1SO3A 5AFDA 3BGGA 1G4EA 4IMGA 1TTJA 4UC5A 3CEPA 1JCNA 4BI5A 2CLEA 1LRTA 1SZEA 1CI1A 2FPYA 3PSVA 2JKEA 3NQFA 4I7WA 1VCVA 2NX9A 4N4PA 1P1XA 3NO5A 4QQ3A 4WOZA 1WBJA 3R2GA 4AVFA 5LNSA 3W83A 4N6EA 4LUJA 1Q45A 2WSYA 3KVKA 2BSLA 4WD0A 3UZ5A 1L6WA 4K8EA 3L5LA 4MOZA 4NJKA 1A5BA 2QCEA 2AQWA 1OYBA 4UTTA 4W9TA 1OYAA 3HJZA 2GOUA 1TPC1 3SGUA 3MI3A 1ZALA 3LOTA 5AYXA 2QUTA 2ZA3A 4A22A 4O57A 1E51A 3O15A 4MPQA 1A5CA 2WNNA 2I1OA 3QPYA 4Z1DA 4HPXA 1W5MA 4FNSA 5AHFA 1AL8A 2YFNA 3PULA 3DI0A 1K8XA 1AK5A 1OHLA 1QOQA 2KZHA 2VFGA 2CZDA 1FDJA 3A22A 3CPRA 4RXFA 3W1XA 1LLZA 2E5BA 3MP3A 3PS7A 4JTEA 1T0OA 4YMZA 1TO3A 3U8GA 1TPUA 3C2RA 3P67A 5AC6A 5J5RA 4JTUA 5D2WA 2E77A 4NZJA 5EA9A 4IPJA 2WQPA 3EWZA 2G96A 1B4KA 3W2LA 1UCWA 1KFLA 3AO0A 2P10A 3PG8A 3W1QA 2I9EA 5D2YA 2TMDA 3UWZA 4JICA 1OFAA 3DFQA 4O50A 3W71A 4YXGA 1W56A 2XN0A 5I3IA 3L67A 1XUZA 1PCKA 4UR7A 1OF8A 2QCHA 2ZFAA 5LSMA 1GVRA 3BW2A 2DU2A 3WJZA 2WPBA 4DO4A 2A0NA 4LV9A 1RQHA 3NQCA 2VEKA 4UMAA 3R89A 2LLEA 5D33A 3MHUA 3LHVA 3MYOA 4YWIA 3DKJA 1Z41A 4QNWA 5EPDA 1PVNA 3ABSA 3QSRA 4ADSA 2V82A 3TMLA 3W1TA 1O94A 1PL9A 4JR5A 3A21A 4LVAA 4IMCA 3HGRA 4ZQMA 3TSDA 3W2JA 3KXQA 1CW2A 3NEVA 4MZ8A 3M41A 1OG0A 1I2OA 1GVFA 1R2RA 2VENA 4O4WA 5C55A 3HGSA 3W7NA 1TPVA 3NVTA 1ALDA 2HS6A 1EP3A 1C29A 4Q32A 4Z08A 3Q37A 2C18A 4M19A 1JCXA 1R30A 3QM3A 1UB3A 2DP3A 1LDCA 5CZSA 3THQA 1QCWA 3TIMA 4DPPA 4EVZA 4UXDA 2E1DA 4K39A 3LCGA 2VEMA 3S1VA 1P0NA 3VE9A 1SFLA 1HO1A 4U28A 3N19B 4JY8A 4DO5A 1G69A 1HL2A 3MW7A 4AHQA 5K7JA 5F1VA 4UIOA 4UFIA 4UNLA 3QMSA 1RV8A 1PHWA 3CHVA 3BLFA 3O05A 4ZVJA 4KKXA 5H91A 1DVJA 3E9AA 2J9ZA 1DHPA 4A3UA 5HWNA 3OEXA 5KSWA 1QOPA 2EF9A 1GG0A 3LV6A 3FS2A 1OX4B 1VHNA 3THAA 3W2NA 3BW3A 2RH9A 3B05A 3M7WA 2YXGA 4R7JA 4GRSA 1VS1A 3FKKA 2GVJA 2CU0A 5KZEA 4BWLA 3KVMA 1KM0A 1GTHA 4O10A 4NNAA 5DN1A 1G6CA 1GVOA 5FEZA 4YLWA 4BWLC 4MFEA 2W6RA 4UFJA 4NUWA 3S5NA 4BI7A 1IIHA 1W0MA 3I7RA 1SZNA 4JTKA 3TJXA 5AYYA 1VZWA 2IQTA 3EKZA 2VEPA 3WJSA 3HBLA 2WO5A 2VFHA 4IX2A 4UFLA 1K7XA 3Q58A 2ZZ4A 2X30A 4WUIA 1B3OA 4CQAA 4XZ9A 4JTSA 4NJIA 3IVUA 4UTKA 5EL1A 5E1QA 4O15A 3PC0A 4FNPA 1FCQA 4HT3A 2QCFA 4TO8A 3TNOA 3P7YA 4MZ1A 2HS8A 2H3DA 3EWXA 2JKAA 3R8RA 3EX6A 2ZA2A 3LTSA 2ZZ3A 3NQEA 5IM51 1XDMA 5D2VA 2O7SA 2QCLA 3W7DA 3ZR4A 2Y85A 2PRMA 2XN2A 1WOAA 4XKYB 4XTIA 5F2IA 5AOUA 4QNEA 1KFKA 4O1AA 4LOCA 2ZA1A 3K30A 1VRDA 3TK7A 3M0ZA 4MVAA 4QAIA 2QJHA 5LNUA 2V9DA 3A5VA 1GEQA 4JTTA 2CLHA 5CPLA 2A1YA 3DENA 5BNKA 1YXCA 1GG1A 3GLCA 1YDNA 2CW6A 3EWBX 3IGXA 3IIVA 3TXZA 5G2HA 3Q94A 3NYZA 3TW6A 3G8EA 4UFHA 3IGUA 1DKWA 4UMBA 1LCOA 1VYRA 1J5TA 1F05A 4RV8A 4DF1A 3LTPA 5BMXA 4NZFA 5L9FA 3STFA 4HNVA 2ZCGA 1C8VA 2HTMA 3LBCA 4AWUA 3TROA 2OJPA 2E68A 1R2SA 1AMKA 5I3GA 2A21A 3UYCA 1FUYA 2PE4A 1ZY9A 2QCDB 5FF7A 3G1HA 1W5QA 3WK1A 2C14A 3L66A 5LNWA 5FF4A 2E6AA 3DI1A 5T26A 4PL2A 3EWYA 1HG3A 5KMYA 3P61A 5KTLA 4NQ1A 4AHPA 4FO4A 2GUUA 1RR2A 4GUJA 2QDHA 1JUBA 1F76A 1KFJA 4X2RA 2Y6ZA 1EWEA 2ZRYA 3P8IA 4JY9A 3TU9A 3HG2A 4X9SA 3BV4A 1LOQA 3AJXA 1JUEA 1ADOA 2DZUA 4H3DA 4PC8A 1RVGA 1H1ZA 3W2KA 2CLMA 3P80A 1I2PA 3N2XA 4MJMA 4JGDA 1LM1A 3C2EA 3LCLA 3KX6A 4LVFA 1KBJA 2Z2UA 4WOQA 4K6AA 1H7WA 3W7LA 3W9ZA 1KV5A 4QISA 3YPIA 2BXVA 3BG3A 3GIYA 3HG3A 4E0CA 1EP2A 2RDUA 5U4NA 1ME9A 3M1ZA 3TV8A 2PCQA 3E02A 3BGJA 4UNKA 1GVQA 3NQVA 3D0CA 3LHYA 4BK9A 3SZ8A 1NAL1 3LHUA 3O8AA 4O1DA 1PCWA 2VOMA 1PIIA 3HB9A 4OWGA 1OFDA 3ZWTA 2VELA 2V2CA 3C3NA 4N02A 4AWTA 2VFFA 1GZGA 3N2MA 2CLFA 4AB4A 5HNRA 1TIMA 1EP1A 5AHEA 5AYZA 4NX5A 1DV7A 3C61A 3MJYA 3NPXA 3O63A 3T7VA 3SGZA 2AAMA 2ZRWA 2TRSA 1GWJA 3EXRA 3KHJA 2NV1A 4GBUA 5AN7A 5A5WA 5K3VA 1DBTA 4YCOA 3UWVA 3VFLA 4M6PA 1BTMA 3W07A 3GB6A 5EYWA 1S5TA 1O5XA 3EWWA 5LHFA 3FYOA 2E6FA 2JK2A 4Y90A 4UMCA 2X1SA 1QO2A 4NVTA 2B7OA 1Q6QA 4MY8A 1KA9F 3H53A 5FEWA 5HR6A 4FXSA 4NJHA 4E2DA 1KV8A 1TV7A 3SJ3A 3W88A 4FHAA 3OA3A 1OK6A 3BO9A 2ABBA 1Q6OA 3C2VA 2WNQA 4WX2A 4LRTA 7TIMA 2GPTA 2Y62A 1YXYA 4GWEA 3ZS4A 5EBUA 3GNDA 3W7PA 1LP6A 2C3ZA 2VXNA 4CQ8A 3NL2A 4OT7A 2DZPA 3O16A 2OMAA 2D73A 4LUIA 3PBUA 1TYGA 3BLIA 4KFNA 5TBOA 4HPJA 3CIXA 1SO6A 5HUOA 2C15A 4K7YA 3IIOA 3C4UA 3PB0A 4NNBA 1IXOA 1A50A 3G0UA 3EXSA 3TQVA 1X7FA 4C1KA 1XKYA 4NU7A 3EX2A 3EX1A 4LC8A 1KTCA 4GUFA 4IMEA 3IGSA 2V5LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UWE A;  3MBF A;  2D0G A;  1DJH A;  4KT2 A;  3RCN A;  3IUD A;  4UTH A;  5CPS A;  1O4U A;  4DEL A;  5BU9 A;  3VIN A;  3IIP A;  1BEU A;  1WYI A;  4JZ5 A;  1MUC A;  5KIT A;  1VCG A;  5A2C A;  1GVY A;  3RJX A;  3VNZ A;  2YL6 A;  3DU0 A;  4HHH A;  2OT0 A;  4Z0J A;  1XRF A;  4JIQ A;  5FJO A;  1EC7 A;  4C6O A;  1GOX A;  3VOF A;  2XIJ A;  2VFD A;  2PDY A;  1Q7Z A;  2QAP A;  3I10 A;  4CD5 A;  3A47 A;  4IOT A;  1HKM A;  3PUE A;  4K8H A;  3TTS A;  2E09 A;  4LYK A;  3VOC A;  1TV5 A;  1SPQ A;  2ZUM A;  3QKZ A;  4PMX A;  1W17 A;  3ARV A;  5C2G A;  3GUG A;  4HHM A;  1WOB A;  1W9V A;  5XIM A;  2X0H A;  3G3D A;  4CN6 A;  3LBM A;  2ZRX A;  1JXK A;  5IBX A;  2QUV A;  3OIH A;  2EXO A;  4O53 A;  4HU4 A;  5MKG B;  2WC4 A;  4I9J A;  3TYD A;  1J18 A;  3QZE A;  5LA1 A;  1F6Y A;  1OIF A;  2VWS A;  4O16 A;  3HA1 A;  2NUW A;  1JFX A;  3BH4 A;  4F0H A;  3QRH A;  4GJJ A;  3U4A A;  1KFC A;  3GHU A;  1M53 A;  3ZWS A;  3ABQ A;  3OLD A;  2FH8 A;  3CUG A;  4LS0 A;  1OVD A;  4N9E A;  4FNQ A;  4L80 A;  4K36 A;  3FLU A;  1YTE A; 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