4AWUA

Crystal structure of the oxidized shewanella yellow enzyme 1 (sye1) m25l mutant in complex with para-chlorophenol
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
TQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPLTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modulation of Isoalloxazine Ring Planarity Influences Fmn Electronic Properties in Old Yellow Enzymes
rcsb
molecule keywords OXIDOREDUCTASE, FMN-BINDING
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 136
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date 2012-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4awuA00
4O14A 1JRBA 2V2CA 3MWAA 3LB0A 1OVDA 4YWIA 3SIZA 4RKAA 2JGQA 4JIPA 3W9ZA 1LCOA 3QPZA 4X22A 4M19A 3NPXA 3G1AA 2DZPA 3V75A 4FNUA 4CCDA 2QUTA 3GAYA 2QDGA 3T4CA 3G3MA 3ZWTA 3P82A 3STCA 4TMBA 3D0CA 1AW5A 4FNSA 4LRSA 3CTLA 5LHEA 4GXMA 4TU1A 1QPQA 3EWBX 4U28A 4S1FA 3KVMA 1L9WA 1TRIA 4OHQA 1PCWA 2JBMA 1OX6A 3V1PA 3QM3A 5BRBA 2HS6A 5K4XA 1ICSA 3DFNA 3KVLA 3RLVA 3EXSA 4B5NA 1HO1A 4BI6A 1OX4A 1DBTA 4UTLA 3NPWA 5F2IA 4Y9AA 3VE9A 1OFOA 3B0PA 3EWWA 1XBZA 4O17A 3O05A 2CLHA 2Z6JA 3LDVA 1H62A 3G1VA 1KFEA 3I7RA 3FYOA 5HNRA 4UNLA 1J4EA 3C2OA 4JEQA 3BGJA 4S2CA 4UTWA 1F76A 2ABBA 1B4EA 5C2XA 1W37A 3LRMA 3M16A 1KM0A 1MZHA 2R8WA 2XFWA 4NJGA 4O8RA 3MMTA 3SR7A 3N14A 1FWNA 4MY8A 1KTBA 1W5PA 4C1KA 4IQLA 4ZQPA 4IMFA 5KINA 2PCQA 1FCUA 4N02A 1VYRA 3C4UA 1VC4A 3TNOA 3F4NA 3ZS4A 3ATZA 3L67A 2QUVA 1DOSA 4YLWA 2JKEA 1IXNA 1R47A 4ADTA 4K39A 1YYAA 1QMLA 4G1KA 1S3HA 5AOUA 3NQFA 4LVAA 5EMUA 3EB2A 2XN0A 5K3VA 4UFIA 3W7EA 1DJNA 1TV7A 4JYDA 3GKAA 1Q6LA 1RD5A 3A21A 5CGQA 1L6YA 1G7UA 3PBWA 1K02A 2YX0A 2QCFA 2BSLA 4O4VA 4H4IA 2YR1A 1W8SA 5G1TA 3G1FA 1DORA 1LOSA 4MLRA 5AYZA 1K03A 3GLCA 3NL5A 3UWWA 3LBMA 2VEPA 3NM1A 1OHLA 4R33A 5KTLA 3I7SA 2H8XA 5SWUA 3EEGA 2CLMA 3THQA 3WK2A 1IXOA 3W84A 1SFLA 4QM1A 3H54A 3W2JA 2A6LA 3P74A 4DQWA 4YL2A 3W72A 3ZR4A 1LM1A 3QMSA 1M6JA 2Y62A 5KZEA 1FWSA 1MEIA 4EVZA 5HJLA 3N73A 5KSWA 3SGUA 2C6QA 3OVQA 4LT9A 3ZFHA 4O0KA 3GVGA 5TIMA 5D32A 3W7DA 4KWVA 4MOZA 1WXJA 3EWYA 5LHFA 4BWLC 1G7VA 2DORA 3R2GA 3G3DA 4O11A 4O13A 2V30A 5CPNA 4HKPA 1JVNA 5FEZA 1F74A 5AC6A 2NXIA 1BWKA 3W7PA 4MLJA 3RMJA 1F7BA 4O1CA 2VFFA 4P61A 1FX6A 3QPYA 4HN4A 4HSOA 4RCXA 4LRTA 4R34A 5BW6A 5D2VA 5D09A 4JTIA 1YDNA 3W07A 4FXRA 2FPYA 4O19A 2W0UA 1U5JA 3S0CA 3SSJA 1TQXA 1KFLA 3CEUA 2O7SA 3B8DA 3DAQA 2RH9A 3P5ZA 1YTDA 2FB3A 4UFMA 3BV4A 5K9XA 4PEKA 3LHVA 1TYGA 4XZ9A 5CG7A 4MFEA 1BWLA 3S5NA 3M5YA 5CZTA 2DZTA 1H7OA 3MJYA 4QNEA 5G1YA 4FNPA 1LRTA 4EWND 1Q6OA 4FNQA 3QC3A 4LUIA 2V5BA 4RR4A 4IMCA 1FCVA 4N2YA 5DCDA 1L6WA 5AHLA 2FQIA 1KFKA 4M7TA 3G1YA 1GVRA 3HG5A 3IV3A 1F2JA 1FWRA 2Z0IA 3QEZA 5EA9A 3LI1A 3P8IA 4HPJA 1R2RA 5F1VA 1S5VA 2ATSA 1LBLA 4NUWA 2XN1A 3QZEA 5D33A 4JYFA 5DBUA 1LDCA 3S5YA 5AHNA 4IX2A 3W1UA 5LNRA 3G0XA 2V0TA 4RX0A 1Y0EA 1KM5A 3TXZA 4XTIA 1D3GA 2ZA2A 3L0NA 3E02A 2NWRA 2B7NA 3PBYA 3RLUA 3UYCA 1H61A 3L0GA 4UTJA 1XC4A 2E6YA 1FXQA 5LZLA 3ABOA 2F84A 3JS3A 3QMTA 5K9DA 2Y7DA 3EX4A 4LTSA 3UWUA 3I6RA 3NL2A 4PODA 5G2WA 1DQXA 4PC8A 4QISA 2GVLA 3EX1A 4CQAA 2A2IA 3OBKA 1TTIA 1H51A 2Z2UA 1JCLA 4ZQMA 3LHYA 5FI8A 2B7PA 3L2IA 4QITA 3A24A 1SZFA 3GYEA 3IGXA 1Q3NA 5J5DA 1H50A 2YXGA 4PFMA 1I4NA 1QPOA 3BO9A 2ZZ3A 3QQ1A 3W3OA 1P5BA 1F6PA 2C0AA 1NFBA 1XUUA 1H63A 3DKJA 4H6KA 3GKFA 4RXFA 2QJGA 5BNKA 2QR6A 1PVNA 1XDLA 4UTUA 4CCEA 4FNRA 4NQ1A 3IGUA 2AAMA 1KBIA 3SGZA 1LLWA 3W7OA 2Y88A 5AYXA 1K3UA 2YCEA 1W3NA 1DJQA 1VLWA 1SO4A 4KKXA 3DI0A 1A53A 4XKYA 3Q94A 1G4PA 2ZQ0A 3FIGA 4RZ6A 4WZHA 3FKKA 3PC0A 5LKYA 1A5BA 1JQXA 3O1NA 1A5AA 2ZRWA 1DQWA 3R89A 2E6DA 5FF0A 1DL3A 2ZZ1A 4LWWA 4XQ6A 2QKFA 3EX2A 3G1DA 3NL6A 2QCEA 1T8XA 4ZL1A 3UY7A 1XM3A 4GUHA 2HSAA 4LS0A 4YXGA 4AXKA 3W73A 4MIMA 5F4SA 2EPHA 3S42A 1RV8A 4CNNA 5I3HA 5AN7A 4CQ8A 3PR2A 4QQ3A 1Z44A 2YPIA 3H55A 1R2SA 2E09A 2V8ZA 2EGZA 4HHPA 4QIUA 3L5AA 2A6NA 1AW1A 4O4WA 1G4EA 2RKXA 4JICA 3DFPA 2NX1A 5G5IA 1VH7A 4O52A 3MBFA 4E2DA 3B05A 3L0KA 3WJXA 4ORIA 2EKCA 1OFRA 1SQ7A 5BMWA 1EEPA 3G0SA 4AF0B 3C3NA 3S6DA 2WJZA 4GWEA 4NXKA 3W1QA 2CFFA 2RFGA 1W3TA 3L5MA 3UZ5A 2FJKA 1KW1A 4O15A 1OFPA 4JTHA 2V82A 2Q8ZA 2H3BA 3VI2A 4GUJA 3IEBA 5DXXA 4ZZ9A 1EB3A 3QMRA 4U4MA 5CPMA 1RQBA 3L9CA 2PRHA 3IIZA 3IIVA 4IMDA 3LERA 2ZCGA 5F4WA 1VCFA 3P8JA 1UASA 3N2XA 2WNNA 4ML9A 2VKZG 2H3DA 1WQ5A 1I8JA 2ZA3A 1I45A 1CI1A 2NXHA 1WAUA 3SJ3A 4NJIA 3C2EA 3W7RA 4JDYA 2OT0A 1ME7A 2WKJA 4MZ8A 1S5WA 3N34A 5D05A 1N7KA 2NWSA 2E6FA 4BF9A 3WK1A 3NZRA 2NLIA 3PVFA 4CNPA 4UXDA 2A7RA 4AWUA 2FB2A 3PB0A 4FX8A 3HPZA 1M7PA 2GVGA 4AWSA 1TQJA 3GDMA 2H6RA 3IRDA 3B0UX 2CZEA 1FUYA 3LCIA 4HNTA 3CPRA 1SZNA 1RZMA 3LTPA 3Q37A 2NXGA 3FJ6A 2QAFA 4M6QA 1JQVA 1UUOA 2QAPA 3LHZA 2CLOA 1GEQA 3W76A 1WDWA 1M7OA 1O94A 3FLUA 3RF9A 4O16A 1QWGA 3OHIA 3TC6A 4WJEA 4UIOA 4N9CA 1EWDA 1UB3A 5HUPA 1GVSA 3JRKA 1TREA 2GPTA 4YMZA 3O6DA 3UD6A 2HMCA 2VFDA 3A5VA 2CZ5A 4K8HA 4A2RA 4WQ6A 3GX9A 4JY8A 4L4LA 1XDMA 3TCEA 4BFAA 1I2OA 2WSYA 3P60A 1LZOA 3IIPA 3BW2A 3WJWA 1JCYA 1F73A 3LV5A 4K7YA 1OG0A 3EWXA 2PE4A 2G96A 4S2BA 5KZMA 1EPXA 4FIRA 4R7JA 4HNUA 3LXCA 3G1HA 3E12A 2Y7FA 2VXNA 4IOTA 4EOUA 3MUXA 2E5BA 1PIIA 1UBSA 1TPDA 1T0OA 2W79A 3ANYA 3GXTA 4HT3A 3L5LA 4Z1DA 4LS1A 1ZALA 3C61A 5E1QA 1B4KA 1N8FA 3KRZA 4UTIA 3W1AA 1K7XA 1VHNA 4AF0A 2J9ZA 3S5ZA 2OX1A 4Z1CA 4H3DA 2ZTJA 1ZNNA 4ZQRA 1OFAA 5C54A 3LX9A 3P67A 4JIQA 1NF0A 2Z1BA 3QJAA 3W85A 3W74A 3QSRA 1LLZA 3INPA 4NZJA 3W2KA 1J2WA 1KTNA 3C2RA 3LXBA 1MSSA 3JR2A 3I7QA 4Y96A 3B03A 6TIMA 1W54A 5TBOA 1ONRA 3NQAA 4LVBA 4IJBA 1JJKA 2TPSA 3SECA 1D3HA 3BLEA 3B04A 4FXSA 2GOUA 2Y6ZA 1SW3A 1X8FA 3TAOA 3LI0A 1LROA 5G4EA 4HSNA 3HMJG 2QDHA 3C56A 3C8FA 4O10A 3PG8A 1QO5A 5U4NA 1KM4A 3SW6A 3PWAA 3TSBA 3P84A 3VCRA 3TMLA 3TKFA 3W1LA 2A7PA 4AAJA 2ZTKA 2QJHA 2OJPA 2X30A 4NT0A 5D2WA 5MHBA 4Q4KA 4DF1A 3O63A 3QH2A 4PTNA 2X2GA 3NQDA 4CQ9A 1VCVA 1TTPA 2E1DA 2VC6A 2I9EA 3W7MA 4KFPA 1TTQA 5HINA 1YADA 3MYPA 3W7NA 2A5HA 5AC7A 1TPC1 4JTLA 4LV4A 2DU2A 1KM1A 4NJHA 2C14A 2GJLA 2J27A 3W70A 5I3IA 1GPWA 3W86A 2DZXA 1SFJA 2BLEA 3R5EA 3NDOA 5EL1A 2FFCA 3GNNA 2FPVA 3TSDA 3FJLA 3LCFA 4IMEA 3EXTA 4XUGA 5C55A 4M7SA 4ADUA 1IGSA 5K2ZA 3NVTA 4K37A 3W1XA 2GUUA 4LY8A 2QCGA 2ZRYA 3QF0A 1GOXA 2QEZA 2ZYFA 3HGJA 1VR6A 1KV8A 1QOQA 1TV5A 1P0KA 2QCCA 4O0ZA 1SUXA 4JTEA 3DZ1A 1HUVA 3TV8A 3E9AA 4O12A 3W83A 3IVTA 1SW0A 3NQVA 4MZ1A 3TIMA 3BG3A 3P61A 1ZFJA 3MI2A 1W3IA 3VKJA 3NQ7A 1KLZA 2BXVA 3HJZA 1W1ZA 4FO4A 1HFBA 4UMBA 2B7QA 1VGAA 1OYCA 1OABA 1ICPA 1L6SA 1G6CA 1W56A 1BKSA 1SSDA 3STEA 4EIVA 5I3GA 3OEXA 4EF8A 2ZZ2A 4GFSA 1K8YA 1ZHAA 1H7PA 3KFTA 3CB8A 3KVJA 2CLEA 8TIMA 1Z42A 1IIGA 2WSQA 4OV9A 1KLYA 1F05A 2C3ZA 4A21A 4ZQCA 5F4XA 4DO4A 1OFQA 5AB3A 1K7FA 4A22A 1I2RA 4MY9A 2EF9A 3ZWSA 3GR7A 1XFBA 3QW4B 3QQ0A 2A4AA 3O6YX 3MI6A 4FX6M 2ZBTA 3NR0A 1H5YA 1GZGA 3BLIA 1Q6QA 4ZMGA 4IXXA 3TE9A 3E0IA 4UTTC 1WV2A 2TSYA 2YZRA 1TJRA 3KOFA 1H7XA 3TQKA 5FF4A 4AH7A 2D73A 3U8GA 4LUJA 3NA8A 5LNSA 3C2VA 3BW4A 3LHWA 3IVSA 1SZEA 4ZVJA 1X6UA 2BZNA 3ELFA 4HIBA 2BX7A 5FEXA 4RZ5A 3S8HA 4KFNA 1TO3A 2V5LA 3I65A 1E51A 3Q2DA 3WK3A 2YYUA 5CSRA 5LGZA 3W1MA 4MUZA 4XBSA 4EF9A 2WO5A 1LRQA 1VLIA 2ZRZA 2V2HA 4LV9A 3AO0A 4HPXA 5EBUA 5DY2A 5LGXA 3EXRA 5DLCA 3NQ2A 5D02A 4TX9A 3CU2A 5TQLA 3LXAA 1LRNA 5D03A 1DVJA 3P62A 2ISSA 2Y85A 1NVMA 3NL3A 3N2MA 3NPUA 4MZYA 4Y8FA 4N4QA 3C6CA 1TTJA 1YPFA 4LU0A 1W5QA 2WSRA 3W7HA 2A0NA 3A23A 4HNVA 2C13A 3RFAA 4ZQNA 3TH6A 1G4TA 3T7VA 2ABAA 3VE7A 1XBXA 2BWGA 2GJNA 4WXZA 3EKLA 1GG0A 1EIXA 1OYAA 2AQWA 1NEYA 2OZ0A 1TPVA 4UNKA 1FXPA 2J24A 4IX0A 4NX0A 4UMAA 3PS7A 4POCA 3A9IA 3CC1A 1LBMA 4N9BA 1QAPA 4QJ1A 3NM3A 4MVAA 1G67A 2ATMA 1JRCA 2B0MA 4JTSA 1YTEA 2ZRVA 2AGKA 5HUOA 3FA5A 4LC8A 4A3UA 3GIYA 4HNNA 1GG1A 2WQPA 2X1UA 3M43A 3U2OA 3HPXA 2QF7A 1H7NA 4UCGA 3KX6A 3RNDA 1AL8A 4UC5A 3TC7A 1NAL1 5KZDA 3E49A 1OF6A 2WOQA 3P81A 3UPWA 1JR1A 1C29A 2TYSA 3G18A 4Q33A 5ABTA 3CHVA 4IPIA 3UQNA 3RU6A 3STFA 3GK0A 1Q45A 1X7FA 1DKWA 1PE1A 4NVTA 1D9EA 4Y6GA 4DELA 3QSTA 4NXSA 3HGSA 3W7KA 1UJPA 2ZRUA 1LYXA 3BGGA 3QYQA 3TAKA 4WOQA 1QDSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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