4AWUA

Crystal structure of the oxidized shewanella yellow enzyme 1 (sye1) m25l mutant in complex with para-chlorophenol
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
TQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPLTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modulation of Isoalloxazine Ring Planarity Influences Fmn Electronic Properties in Old Yellow Enzymes
rcsb
molecule keywords OXIDOREDUCTASE, FMN-BINDING
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 136
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date 2012-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4awuA00
3CPRA 4QITA 3STFA 3W71A 2FPTA 4WOZA 1TPB1 5FF2A 1AW5A 1WBJA 4ADSA 1HFBA 2CZFA 1GVOA 5D32A 2H90A 3W1LA 2V2CA 2Z0IA 2Y70A 4BF9A 1K8XA 1LP6A 1P5BA 2DORA 1F05A 4OQVA 2BTMA 5U7SA 3BW4A 4R34A 1SQ7A 2FB3A 2Y7DA 2QCDA 2XN1A 1ZJIA 3QF0A 1LORA 1Y0EA 4RCXA 3IV3A 3WK0A 3NL6A 2QKFA 3IIOA 3GKAA 3FJLA 4JYDA 3W2LA 2FDSA 2WSQA 2FPYA 3S5OA 2E5BA 3KFTA 5J5DA 3N19B 4K8HA 1EWDA 4BI5A 2QUVA 2V2HA 5IM51 1JRBA 4UTMA 2JKPA 2C18A 3HPXA 1Z41A 3O63A 3HGSA 4MZYA 4C1LA 2XN2A 5LZLA 2XN0A 3ABSA 3NDOA 2A1YA 3PBYA 3KVJA 4WY0F 4Z1CA 3LXAA 3HPSA 1OF6A 3SSJA 1ALDA 4UNLA 3T4CA 1ICSA 1H7RA 3IVTA 4CQ8A 2Q3OA 3QW4B 1SU5A 5LNUA 3G8RA 3BG5A 1NEYA 3WJSA 4O52A 1GG0A 3W7IA 3L5AA 1A5AA 1P1XA 4XBSA 3TDFA 1SO4A 1B9BA 4FF7A 4YL2A 4QIUA 5G1TA 3W88A 4O53A 3GNNA 3NQ2A 1TV7A 4LRTA 1G7UA 2FLIA 1QNVA 3GVGA 1EWEA 3PSWA 1V5XA 3PC0A 4AWUA 4WZHA 1H50A 3QH2A 2WO5A 1W37A 2HSAA 2WSYA 4LU0A 4X9SA 2OJPA 2QJIA 4ZL1A 1ZY9A 4H6KA 5G1YA 5KZEA 2NXIA 4RR4A 3E0IA 2GPTA 2R14A 2E6DA 3NVTA 2ZTKA 1TYGA 1XBXA 5A8GA 2QR6A 2J9ZA 4I7WA 1PVNA 4LT9A 1I2NA 2QCGA 4FNPA 5CZ0A 5F2GA 1RVGA 5HULA 4JS3A 2AGKA 4OU1A 4EVZA 3F4WA 1VYSX 3B8DA 1WXJA 5L6UA 2ISVA 3VCRA 2E5CA 2Y88A 4JTTA 3G22A 4WY0B 3GAYA 5AHNA 2TMDA 4JNMA 3DZ1A 3PR2A 1KFCA 4G1KA 5D38A 1S5VA 1TQXA 2HS8A 2QF7A 3CLMA 2C0AA 2CZDA 1KM4A 1YPIA 3LTSA 1WAUA 1NVMA 3HGRA 3OIXA 2ZZ5A 1YTDA 3TK7A 1HUVA 2PRHA 2DZSA 3BLEA 3WK2A 1OFPA 1N7KA 4UIOA 1F6PA 1RZMA 3DI1A 4HNVA 3U2OA 4O1AA 3TH6A 4O16A 1FCQA 3TMLA 4ZQOA 1DJNA 2X16A 3NEVA 1GPWA 4LOCA 2GVLA 3DFTA 3UNDA 4CQ9A 4O1DA 5D2TA 2P10A 1TTQA 3W9ZA 3PUEA 3W73A 5FF0A 4TO8A 3TV8A 2B0MA 1OVDA 1LLZA 1W0MA 3LCGA 3NM3A 2HTMA 2VEIA 1Q45A 2ZCGA 4RKAA 3B0VC 3IIZA 3G3DA 1GJPA 3PAJA 4UTTC 2GJNA 1NSJA 4OWGA 2H8XA 3L0GA 3LHUA 2UV8G 4JEQA 4FX8A 4DXVA 4LC8A 1H7WA 5G5IA 3PUDA 1F6KA 3UWZA 3PF3A 5I3JA 4IX2A 1GVFA 3UQNA 2WV8A 3MHFA 2QAFA 4LVFA 3W7NA 3W86A 3B4UA 4RZ6A 2DZWA 2KZHA 1TRDA 1NF7A 3O16A 4A2RA 4R7JA 1JJKA 1P0NA 1RQHA 3GNDA 4Y8FA 3KRUA 1XKYA 2B7OA 4UTHA 2FPVA 4MYXA 4UTWC 5K3VA 1RQBA 3ZWSA 4MPQA 4GRSA 1MSSA 4K39A 1J2WA 5KSWA 1F74A 2CLLA 5TBOA 1SW7A 3EX1A 1CI1A 1IIHA 3GR8A 3RU6A 1I2RA 1C8VA 3S1UA 1MO0A 3UY7A 5CZJA 2X1TA 3QPYA 1ICPA 3BV4A 5G4EA 1SO6A 3W74A 3EWBX 3E02A 4IXXA 3TC6A 4KKXA 1UB3A 1XI3A 3N34A 1KV8A 3GXNA 3MWAA 5EBUA 1U83A 1KV5A 1O4UA 1WV2A 4MKNA 2ZRZA 4I7VA 1SZFA 1KW1A 3W7GA 4E0CA 3F4NA 4UTTA 3P60A 4RXGA 1LROA 3VFLA 3SI9A 3FOKA 4UMBA 2DZXA 4MOZA 2ZQ0A 2J9XA 4UCGA 5LNSA 1TPEA 3ABRA 4NJHA 4ZVJA 4JTIA 2BX7A 3W70A 4LVAA 4AMAA 2ZZ3A 4HNTA 2ISWA 4MYAA 1Z44A 1LBLA 5EL1A 3S1XA 3WJXA 1T96A 2X2GA 2ZYFA 4JTGA 3TC7A 5EA9A 1IXNA 3O6CA 3TKFA 1K7XA 1SW0A 1ML1A 4AB4A 4AF0A 2NLIA 1XDLA 4U28A 2NX1A 3E49A 3IEBA 3FA5A 4UTWA 1V7YA 1UUMA 2VFGA 1TO3A 5CPNA 5E1QA 1SSGA 3W1MA 4FHAA 4PODA 1VPXA 4UFIA 3I7QA 3TXVA 5EY5A 1YXDA 5HUPA 1J5TA 4AH7A 4Y6GA 1FDZA 4IJBA 3CTLA 5EKYA 3P8JA 1QDSA 5I3IA 3EWXA 2CW6A 3PS7A 2X30A 3LI0A 1FWRA 2GJLA 5D2YA 4QNWA 3TROA 1GVRA 4K8EA 1W3TA 3MJYA 5K4ZA 1TPH1 4ZQCA 1KFEA 5DXXA 4Z0JA 1VLWA 4LVGA 3KOFA 4EF8A 3M6YA 3NPXA 2GVJA 3NQCA 1G4TA 1QO2A 3W72A 4NNCA 4QISA 4QQ3A 3PBVA 4ONVA 3L0NA 4FXRA 3GDMA 3W83A 3NQGA 1OK6A 5FEWA 4FX7A 1IGSA 1RR2A 5AHIA 2DP3A 4NNBA 1FCVA 3MMTA 1OHLA 3EX4A 4ALDA 2O7QA 4XWUA 3TNOA 3BARA 1NAL1 3HG2A 3QZEA 4UXDA 2RFGA 3FKKA 4PA8A 4X3ZA 4AVFA 4FNRA 1LM1A 3M0ZA 1GVQA 4D2JA 1OX4B 3W1TA 2C15A 3A21A 3GIYA 2H3BA 5DCDA 1VCFA 3CWOX 3PM6A 4GUJA 1VCGA 4LV4A 2ABBA 1MXSA 3L65A 4S2CA 3W7CA 4OT7A 3NPUA 4ADTA 3EWZA 3I65A 3MHGA 4FXSA 2ZZ1A 3IVUA 3S5YA 1SZNA 4MFEA 5LHFA 1K7FA 1GQNA 5K9DA 2VOMA 3L21A 1DHPA 4HPJA 3UWWA 2GQ9A 4UR8A 4UUIA 3G1VA 3RLVA 2FJKA 1XXXA 1B57A 2WNZA 2QCFA 4GUFA 4GNJA 1JQXA 4IOTA 5CG7A 4QM1A 1EP2A 1VRDA 3O05A 5DBUA 4OV9A 1JUKA 1A53A 1PL9A 4MZ8A 1H7OA 4PL1A 1U5JA 4PH6A 2PC4A 3W2MA 4Z1BA 3EKZA 3HG3A 1SR9A 1KBIA 1I2OA 4M7SA 1XBVA 1XFBA 1LOSA 4WY0A 1G4EA 1SFJA 3UD6A 2A2IA 3EX3A 4JY9A 4DO6A 4NJIA 3ZR4A 4HSNA 4CNNA 3D0CA 3G1YA 1W5NA 1GVSA 4NNAA 5D2XA 1YXYA 4ZQNA 4YCOA 3TIMA 3THQA 3TQ0A 5LKYA 4JTUA 2CZEA 5HQEA 4IXHA 4FNUA 2A7RA 1A5SA 4RZ5A 2OMAA 1VCVA 4XBKA 2Z2UA 3L5LA 4NU7A 1WX0A 2ZZ6A 5A5WA 2J27A 3WK1A 4ADUA 3TSBA 2X1UA 3STGA 3OVQA 4O18A 3MYPA 3AJXA 5FEZA 1QPRA 3CQ0A 3FFSA 1OF8A 1O60A 3R89A 1VH7A 2WOQA 1OYCA 2Z6IA 3C3NA 1HG3A 3T78A 1C29A 1Q6OA 3TUUA 1JCMP 3LCXA 4TU1A 3GYEA 3LCLA 4ZQMA 1KLYA 2F7FA 3TW6A 5C54A 5LSMA 4YCPA 1SSDA 3IRDA 3MI3A 5D37A 2NUXA 5LHEA 3OVPA 2B7NA 3H55A 3MP3A 2GUUA 2B4GA 4N02A 4NZFA 1EB3A 4AHQA 2R8WA 2EHHA 4AF0B 4BI6A 3NO5A 1Z42A 3USBA 6TIMA 5H2ZA 4NX5A 4XTDA 4LY8A 3M5VA 5C55A 5K9CA 1RV8A 1LYXA 3F1QA 1W56A 3C61A 4K7VA 3RLUA 1FWWA 1GG1A 4AEOA 3I6RA 1KLZA 4NX0A 4JTSA 2E5DA 5HWNA 1PE1A 4CCCA 3NQ7A 4RK8A 3G0UA 1FUYA 3IGSA 3M5ZA 3Q94A 3HG4A 1VJIA 3MBFA 5CPMA 2X1RA 3DFPA 1E51A 3EX2A 2H6RA 3H53A 4PTNA 4UR7A 2CU0A 1T0OA 4NJKA 1GYNA 3M7WA 2OX1A 4PEKA 3GDLA 1B3OA 3G1SA 3NM1A 3TXZA 4GC4A 4YMZA 2ZDRA 5BMWA 4WXZA 1OFQA 2GOUA 3R2GA 1LZOA 2QCHA 3TU9A 3M47A 5DCBA 3LX9A 3WJZA 5F4XA 5CPLA 5D02A 1H61A 2YFNA 3CIXA 4JDYA 5HJLA 1TMHA 4FIQA 4DBEA 1XDMA 2E6AA 4K37A 2OCZA 4GUGA 3EWYA 1BWLA 5DELA 1SO3A 1XBZA 1HO1A 3C4UA 2OT1A 3QRHA 3K30A 2ZA1A 2B7QA 3DKJA 4UFMA 5FI8A 1KTBA 4LVBA 1KFJA 1ZFJA 3UXDA 5F1UA 1JQVA 3NA8A 4P61A 3BK0A 1IIGA 3ATZA 1A5BA 2VELA 1UJPA 4IMGA 5AHFA 3BW3A 2NZLA 1ME7A 3QMSA 1O5XA 1ZAJA 1P4CA 3P67A 1AG1O 1YYAA 3GDRA 1W3IA 2CLEA 4UFKA 1Z48A 3PY2A 5D2VA 3NOEA 2HMCA 1O95A 3TR2A 2TSYA 3G1FA 4IMFA 4E38A 3G24A 3LM7A 1QOPA 4H3DA 1UUOA 1F7BA 1OX6A 1OG0A 4Q32A 4YXGA 3KHJA 3HB9A 2NUWA 3LHWA 2J88A 4NQ1A 1C9DA 3SZ8A 4EF9A 1F2JA 4E2DA 1TQJA 3W87A 1T99A 1EUNA 1VQTA 5D33A 2R91A 1AW1A 3LHYA 2QJHA 5KINA 3W1QA 3CT7A 4GE8A 1H60A 1KTNA 3QQ0A 2DZUA 1OX4A 1Q6QA 4PFMA 3L5MA 3TAKA 1K8YA 5KZMA 1HTIA 1H63A 3SW6A 4UMAA 3PSVA 3P8IA 2I1OA 3IIPA 4O10A 4NJGA 3YPIA 4CLMA 1YDOA 4CCEA 4YLWA 5LGZA 2F84A 4L4MA 4HNNA 4JD4A 3S8HA 1DQWA 4WJEA 2YZRA 3NL3A 4LUJA 2H3DA 4JTEA 3M1ZA 3Q37A 5CPOA 5KITA 1GTHA 4FX6M 3S5NA 1OFEA 2VENA 3M44A 3RMJA 1WOAA 3L9CA 1L6WA 2YYUA 3I68A 4O1CA 1QR7A 3KX6A 2PURA 3G18A 1JVNA 3W75A 1ZAIA 1LOLA 2YXGA 5D04C 3KRZA 1YPFA 1HL2A 3EX6A 1JUBA 3C52A 1ZAHA 1ZENA 3B0PA 3GZ3A 1AW2A 2AAMA 1H7XA 4O4WA 3LCIA 4M6VA 3M16A 2R94A 1XUUA 3KVKA 8TIMA 3DFSA 5K4XA 1XBYA 1YLVA 3BG3A 1P0KA 4KFOA 1TJRA 4GXMA 4JTLA 3NQDA 1S5WA 3BGGA 5C2XA 3VE7A 1K03A 3ZWTA 3PBWA 2WJZA 1EA0A 3P7YA 3W1UA 4ML9A 4MLRA 1VC4A 3G1HA 3IGUA 5I3FA 1GEQA 1TRIA 4JR5A 3V1PA 2WQPA 1JCLA 1KM3A 3R12A 4MZ1A 3EXRA 1OFBA 1TTIA 3HGOA 3BG9A 1R2SA 2EAWA 4J9JA 3O07A 2CLOA 3VKJA 3N73A 3HMJG 2TYSA 4UFJA 1FQ0A 1JCXA 2E1DA 1I2QA 1BKSA 1PIIA 1KTCA 3T40A 2Q8LA 4N4QA 4W9TA 4IUOA 3N9SA 2J24A 2VEPA 1DORA 3MI6A 3DFOA 1RQEA 4DF0A 3PG9A 4UTJA 3HBLA 2C14A 1I4NA 3BPWA 4RLIA 3DFNA 3LERA 3SFKA 3HQ1A 3LCHA 4UC5A 1BEUA 3FJ6A 3MO7A 3LRLA 4N9EA 1F5ZA 2C6QA 4QAIA 3LDVA 4N6FA 1Q6LA 2OT0A 2ZRVA 3MUXA 3IVSA 1DOSA 4MJMA 2J9YA 5AYXA 2V5LA 1TB3A 3HJZA 3CHVA 2P1FA 2WKJA 4POCA 3W1RA 4DO5A 2YFOA 4JX6A 1OX5A 2QDGA 2PRMA 1FBAA 1R46A 4FO4A 5FF7A 4GUIA 5K7JA 3U6WA 4O15A 3M9YA 2BZNA 4S2BA 3LBCA 1IXPA 3W7OA 3TQVA 3LV6A 1H5YA 4DO4A 4NVTA 2JGYA 3GK0A 2P0OA 3JR2A 3P80A 3LLDA 3ABQA 1H7PA 2VFFA 4Z1AA 2V9DA 1S5TA 3V75A 4RV8A 1AMKA 5HNRA 1EPXA 3EXSA 4WOQA 1ICQA 1XCFA 1WDWA 1ME9A 3MYOA 2WNQA 1FXQA 5F2MA 4JIQA 3P81A 1ZALA 3IIVA 5CKSA 1A5CA 2J6XA 1W1ZA 4MFDA 5FF4A 1D3HA 3OEXA 3M5YA 4LS2A 5AB3A 2E68A 4FIRA 3IIXA 5GVJA 2QCLA 3CC1A 4FEZA 4U4MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3STF A;  3I3B A;  2QDD A;  4E4P A;  1WBJ A;  3H4X A;  1HFB A;  4PTV A;  1XPY A;  3BQ5 A;  4KRZ A;  4UQA A;  1K8X A;  1P5B A;  5IHR A;  3WUE A;  1SQ7 A;  3EKG A;  4DBS A;  4H00 A;  5DMY A;  1UC5 A;  3URB A;  2XN1 A;  2EG8 A;  1Y0E A;  4BQ2 A;  4Y2W A;  2WCA A;  2OG9 A;  2DH3 A;  3VIF A;  3FJL A;  2G4F A;  3W2L A;  5IXE A;  2FDS A;  4A6G A;  3KFT A;  4AEF A;  3N19 B;  2XG9 A;  3NUK A;  3VNL A;  4BI5 A;  5IM5 1;  3GTH A;  4MTV A;  4DZA A;  3ES8 A;  4GYK A;  1ZJH A;  3VDC A;  1GOK A;  4HU8 A;  2GGE A;  1LF1 A;  3HGS A;  1E1C A;  3ABS A;  2A1Y A;  1T7L A;  5CEW A;  1NTH A;  4CQ8 A;  3BG5 A;  1QTW A;  3L5A A;  4NIL A;  1W1B 1;  2HXU A;  4B4F A;  3IJ8 A;  3BAK A;  3C0Q A;  1B9B A;  2ZC8 A;  3A47 A;  1U1J A;  5G1T A;  1YIX A;  2XFF A;  3QTG A;  3LQL A;  5HMF A;  3CL7 A;  3QC0 A;  1B1Y A;  2FLI A;  1KR1 A;  1QNV A;  2FYM A;  1V5X A;  4LBU A;  4RNJ A;  4AWU A;  5I23 A;  1H50 A;  1MQQ A;  4A8R A;  2WO5 A;  3W82 A;  4LY4 A;  3GBD A;  3V3W A;  1ZY9 A;  1HL9 A;  2EPO A;  1SFS A;  2OFJ A;  5G1Y A;  5C9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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