4BF7A

Emericilla nidulans endo-beta-1,4-galactanase
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
ALTYRGADISSLLIEEDSGVAYKNLNGETQAFELILANNGVNSIRQRIWVNPSDGSYNLEYNLELAKRVQDAGMSVYLDLHLSDTWADPGDQATPSGWSTTDIDTLAWQVYNYTLDVCNTFAENNVAVEIVSIGNEIRNGLLHPLGSTDHYDNIARLLHSGAWGVKDSSLSTTPKILFHLDNGWDWDAQKYFYDTVLATGTLLSTDFDLIGVSYYPFYNADATLSSLKTSLTNLKSNYGKNVLVVETDWPVQCSSPEYAFPSDLSSIPFSADGQETFLGRLADTLEDVGGVGIYYWEPGWVDNAGLGSSCEDNLMVDWRDRTVRESISVFGDLAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Binding of Zinc Ions to Emericella Nidulans Endo-[Beta]-1,4-Galactanase is Essential for Crystal Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords ARABINOGALACTAN ENDO-1,4-BETA-GALACTOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Emericella nidulans
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4bf7A00
2BXYA 5A6BA 2WC4A 2J7EA 3SUSA 1QNSA 2CBJA 1ZS2A 4IM4A 4W87A 3MANA 4PMOA 4PSRA 4HMDA 4JL2A 4TVDA 1CGWA 1JGIA 3FAWA 1TVNA 2WK2A 2QV4A 4CVUA 5C8BB 1C90A 4U5IA 4CD7A 1E9LA 2QPSA 1NARA 4U2YA 4LXFA 3SCQA 3FW6A 4PMZA 3NIYA 2CERA 2G3MA 3EYPA 3FHQA 3TTOA 1KR0A 2CBUA 1J12A 4LYRA 2WBGA 4OZOA 2GJRA 1E6SM 1B3XA 1OD0A 4ML4A 2UY4A 4TX6A 3GXDA 2E4TA 1ZU8A 1KCKA 4HMEA 2OSYA 2J4GA 3DYMA 1UKQA 2V3EA 4YPJA 3KZSA 5DMYA 1G0CA 1MQQA 2WMGA 3CZ8A 3SCPA 2DDXA 3LPGA 4B16A 1NWRA 4HA1A 3VD9A 4GI9A 2PWDA 4WIWA 1UD3A 4W7VA 2WKLA 1GQIA 1ZBWA 3S6TA 3UR8A 2WPGA 4QP0A 2YLLA 1B1YA 2D0HA 4R27A 1B31A 2VX7A 4UFLA 2JF7A 1A47A 3PBGA 3VDBA 1SYTA 1US3A 2DT3A 3CGTA 3SUVA 2JF6A 3CHDA 4UQCA 3QGVA 1M03A 3VD5A 4TVCA 3F5LA 4MADA 1P6WA 3IJ8A 4QLLA 5I6SA 3BAYA 4QLJA 4CN1A 4DUXA 4AC1X 3U57A 2DGAA 2BY1A 2IXUA 4JKKA 1GJWA 2G3JA 3T2PA 2VTFA 3L4UA 3F5JA 1H41A 2X09A 3WQ4A 5BXTA 2GFTA 2OSWA 3GM8A 2OYLA 2WCSA 2DQXA 2DSZA 4UQ9A 3AS1A 3CHCA 3CZJA 4KRTA 3AIRA 3ZT7A 2D3LA 3VKKA 1WPCA 2VRKA 1J11A 3AIBA 1OBAA 2ZIDA 1C93A 3GYCA 2V3FA 1E0VA 5IFTA 2V5DA 1ESWA 3K1DA 3DHPA 3A4WA 4WLCA 3WFZA 3U7BA 2CKSA 4CCEA 4OIFA 6A3HA 2Y4SA 3K46A 2XG9A 3GTNA 1KXQA 1WP6A 2A3HA 4NZCA 4MAZA 1VBRA 3T0DA 3NUKA 3VIOA 1VEMA 2A3AA 4CD6A 4Z2LA 2JEPA 1G01A 1UA7A 4MNLA 2EQDA 1ISVA 1WKYA 2ZOXA 4ACYA 2DSWA 3PZNA 3ARVA 2WB5A 3EDDA 4ACZA 2WKGA 4IPNB 1YHTA 2VZSA 2D1ZA 1DWHM 1LF1A 3AISA 1H3GA 4CN6A 1CGUA 1TUXA 3OA5A 3RCNA 3L4VA 2VNCA 2WNWA 1XHGA 3VDHA 5EFDA 4GO8A 3THDA 1NWTA 2YDSA 1XYZA 1CDGA 4AIEA 4BQ4A 3OB8A 3W29A 1QHZA 4D72A 1OT2A 4AD2A 2J25A 1TVPA 4H04A 5A8MA 4AZCB 1Z32X 2BHYA 1CNVA 3AMLA 1GPFA 5E70A 1L8NA 4TTUA 4OKDA 1KXVA 5AY7A 1JYXA 4AYSA 4JFSA 4NI3A 2YIHA 3W6LA 1ISYA 4X0NA 2CHOA 2FDMA 3BMVA 2HVMA 1V3LA 2BY3A 2WC3A 5TD4A 4YHEA 4HA3A 3UG5A 1UZ4A 3N9KA 1W1TA 3A6OA 1V6WA 3SCOA 1UUQA 5CGMA 3W53A 2DT2A 2QF8A 1XD1A 1AMYA 1JNDA 3J7HA 1RP9A 5D8ZA 1CLVA 1LG1A 3TTQA 1JAEA 2WXDM 1MW3A 2YL6A 1C7SA 5FCZA 4JIEA 2EO7A 1GQJA 2GJPA 1V3HA 2FHCA 2XFRA 3WDRA 3CPUA 2DT1A 3KE0A 1FH7A 1AQ0A 2EPLX 3BGAA 4MDOA 2VZVA 3IAPA 1CPUA 1E6RA 4UNIA 3F5KA 4FK9A 2BY0A 5I24A 1TE1A 2DPEA 1ZJBA 4GI6A 2WHLA 3PN8A 3WF3A 3RJYA 1G94A 4BCEA 1WAWA 4BZYA 1SMDA 5A6AA 4U5KA 3VX1A 1UH2A 1CGTA 1E4MM 3QHNA 1B90A 1E5NA 1UOKA 4M81A 3WQ8A 1NWUA 3GXMA 3T0AA 1M01A 1PEZA 4B3LA 4X9YA 2ESCA 3VMOA 1C3FA 3AFBA 1NP2A 3KL5A 1KXHA 1CXEA 1GNXA 2VCBA 1WZAA 2J8GA 4D1IA 1H2JA 5ABFA 3BCFA 1VIWA 2Z1KA 4U33A 4JAWA 1HN1A 3AQUA 1LQ0A 1B0IA 1GORA 1J01A 3KL0A 1DWIM 1XC6A 3G6LA 4EK7A 3EDKA 3PZTA 4RE3A 3ZJ6A 3WEOA 3GZAA 1MXDA 5M5DA 1UD4A 1FP9A 4UOJA 1XCXA 4FLOA 2W5FA 3WNKA 2CEQA 3FNDA 3SUUA 3AZSA 1ZBKA 2VZTA 3GBDA 3CUIA 3T2QA 3U5UA 2WZIA 4AEFA 1BVNP 1BG4A 4XB3A 1JXJA 5E9AA 1GVYA 1HJUA 4UOQA 5E0FA 3D5HA 4Q22A 1JZ5A 2WVVB 3QHMA 1UR1A 4M8UA 4YHGA 4JCLA 3MV11 1DTUA 1EGZA 2J78A 4B3KA 1QI3A 3TTSA 4BA0A 6TAAA 4HZ6A 1MFVA 1XCWA 2BVDA 4M56A 3RM9A 4HPHA 1WNOA 3ZR6A 4CCDA 5A8PA 1QHOA 3K4AA 2FHFA 5LA1A 1TA3B 1E1FA 2ZX9A 3THCA 2VX6A 2AOSA 1JZ6A 1B3YA 4LQ1A 3DYOA 3AOFA 2BVTA 3RO8A 1MFUA 4M1RA 2WVSA 2GJXB 1WDSA 1JIBA 4OUEA 1EH9A 3TP4A 1JZ3A 3W82A 1E6QM 1C8XA 4W8LA 4RL3A 1PX4A 3CZGA 4F9JA 2WW5A 2GVYA 4E8CA 3ZSSA 3AYSA 3DC0A 3HJEA 3ZT5A 1BVZA 3O2LA 2JALA 2J7BA 2VOTA 9CGTA 4PEEA 3BCDA 4FLSA 1VEPA 3N15A 1DWGM 1BF2A 2YKKA 4OBSA 2VRQA 1CWYA 2CKRA 2XJ7A 2ZUTA 3T09A 4GZEA 4PMRA 1G1YA 4PMNA 1UKTA 1XRVA 3RIKA 1JI1A 1HXJA 1PZ3A 4S3JA 5LYRA 2UY2A 3WKZA 1K6AA 1QNOA 5A3HA 5BROA 3A3HA 2Z1SA 3WD1A 4P8VA 5IHSA 1ZB5A 4LGXA 3TONA 3CUGA 2EPKX 2XWEA 1D2KA 2ZUUA 1HP5A 1S46A 2PBOA 3BAKA 3WUEA 3AHZA 5C70A 5BXPA 3ZQ9A 2VX5A 2VVNA 3WFLA 1W3JA 4J3XA 3VUPA 4CD5A 1W9XA 2YOCA 2ZICA 1JZ7A 4AW7A 1G5AA 2ZX8A 2X1IA 1GVIA 1QNQA 5A2AA 4W5UA 1V6VA 2YLAA 5A94A 1QNRA 3HMCA 4UCFA 1K9TA 1GOWA 4BQ5A 3AXXA 4CU6A 3WD2A 3EDJA 3EMQA 1BTCA 3WNMA 5D9PA 1GOQA 2PWGA 1V02E 3VVGA 3L2MA 4WSJA 5GPRA 2J7FA 4C7GA 1F4AA 1V03A 1GOKA 1HT6A 3SIMA 4LPCA 5IDIA 2FGLA 2JFEX 1HJXA 5CZKA 3POCA 1H5VA 1W9PA 3OGRA 3VIHA 1GOMA 3AMCA 2E9LA 3F4VA 1DP0A 4D6GA 3KL3A 5LA0A 1KQYA 2MANA 3SEPA 1E72M 3WDJA 3MKKA 1CGVA 2VZOA 4XX6A 1V6YA 3NSNA 4BF7A 4GQRA 1E6ZA 1CXFA 3M46A 3OZPA 1E6NA 4UFIA 1CXKA 1C92A 1UR9A 1LL6A 2XM1A 3WNOA 1PAMA 4J27A 4PN2A 1HL8A 4BQ3A 3BLPX 3G6MA 4Z2HA 5IXEA 4GIAA 1RPKA 1I75A 3VGBA 5BCAA 4FF5A 1HJWA 5FKYA 2WHMA 3BAJA 4HMCA 1GQLA 3TTYA 4JHZA 3POHA 2WMJA 5CQ1A 3WD0A 1W91A 4L4PA 1TR1A 3FHAA 3WL0A 2PWEA 2FH8A 2G4FA 3VINA 4TUFA 1ECEA 3ARTA 2WSPA 2WYSA 5JBFA 4AD4A 2YBTA 3UERA 3B9AA 2CPUA 1E73M 5AYIA 1W1VA 1K9EA 1JD7A 4PMUA 2JE8A 1H1NA 1OIMA 3VIMA 2VJXA 3WUFA 4AWEA 2WMIA 5GNZA 1V3MA 4BQ2A 4DWSB 4MAVA 3VOCA 5JIWA 1QI4A 1OWQA 3QHOA 3WD3A 3LPFA 3N1AA 3K8LA 4CKQA 1BYBA 2YA0A 3N17A 1CEOA 3FAXA 5HNNA 1TMQA 2E40A 1UWSA 4W93A 1IZKA 1OIFA 2E8ZA 3UESA 3ZSTA 1XD0A 4KWUA 1V6XA 4J28A 4U3CA 4CU7A 1QW8A 1H11A 1HJVA 2O9OA 2EPMX 5A8NA 4U3AA 1JZ8A 4HZ8A 2WMHA 1TFVA 3ARPA 3W25A 1TZ7A 3SUWA 1Q6CA 3LPPA 4CGTA 1BYAA 2BHZA 4QDMA 1UZ1A 1EA9C 5AC5A 4N42A 4C7DA 4JL1A 3TA9A 4ZXOA 4DUWA 4AZ6A 5I78A 1UD2A 3EDFA 5FIPA 2WCAA 1K9FA 1CXIA 4H8VA 1W1PA 1GOIA 1MVYA 2ZX6A 2VL4A 4QAWA 4W89A 4H8HA 1W9VA 2WMFA 1CBGA 2VX4A 4HPGA 5A6JA 1U33A 2PC8A 5DT7A 1BGGA 1NQ6A 3W6MA 3A47A 3VD7A 1W9UA 2XYLA 4AIOA 2FHBA 2WHKA 3PTQA 1VFUA 2Y5EA 5I2UA 2RGLA 2DEPA 7A3HA 3SCWA 1E0WA 2XWDA 5C71A 4KGLA 4AZGA 3BLKA 4W5ZA 1CZ1A 2XSAA 2VZUA 1TCMA 4UR9A 2G41A 2WWDA 1A3HA 1OINA 1WZLA 3N04A 1BPLB 1UQZA 2O9RA 3AHXA 1LG2A 3KEHA 1VBUA 3RJXA 1JYVA 2XGBA 4W88A 4PUDA 5LA2A 4WKHA 1HIZA 1N82A 4FLRA 5EMYA 2XFYA 2PBGA 2PWHA 1TA3A 2QMJA 5JBDA 3WH9A 3WD4A 1J18A 2BVYA 4R5EA 3CO4A 4Z2IA 2V38A 2CCRA 4RE2A 2VURA 3OGSA 1EO5A 1KBBA 1KWGA 1R86A 2BS9A 3ARYA 2WAGA 1E40A 1WDRA 3W26A 4NRSA 4B9ZA 2Y8VA 1JAKA 1GHRA 5HDRA 4EKJA 1H4PA 2GDVA 3W0KA 1WZKA 7CGTA 4P8UA 3OLIA 4J3TA 4ZXLA 2XGIA 5E6YA 4AY1A 5DO8A 4FMVA 3I3BA 3I3EA 4AISA 3U7VA 4JKMA 1VRXA 2VO5A 4D71A 5EFFA 4F8XA 3MMWA 3OZOA 1FFRA 2CBIA 3VO0A 3CZEA 3VILA 2BNJA 2VR5A 2ZX5A 2Q8XA 4W84A 3GNPA 3N12A 3IJ9A 4J3UA 4P8XA 4KGJA 4UQDA 1E70M 3OG2A 4AIUA 3O6AA 3ALGA 1JDDA 2UWFA 2VC9A 2YDRA 3ZM8A 3RILA 4E8DA 4A4AA 3PZIA 1LLOA 3WMSA 2J7CA 3VNYA 3NDZA 2DT0A 1JD9A 1QBBA 4D6IA 1UWTA 4ATDA 3PZVA 1R7OA 3ARSA 1UYQA 1CIUA 1J0IA 5M3WA 3WMBA 2WZEA 1TG7A 2E8YA 3HN3A 5JIPA 5D9MA 3ALFA 1FHLA 1PIGA 1UWQA 1ISWA 2CBVA 3VPLA 1V0LA 4D6FA 2WMKA 3D3AA 3WF4A 1DWJM 4PTXA 2GK1B 3AXHA 4IPLA 1V3IA 4AZ5A 1UH3A 1VJSA 1H0GA 1OB0A 3MMUA 4D1JA 4QFUA 4A3HA 2VCAA 5BXSA 2VR4A 5AC4A 2O9TA 3AJ7A 1CLXA 4BS0A 1EQCA 4MNKA 3WNPA 1FFQA 3GXFA 5HOSA 4V2XA 1V0MA 4P7RA 4KH2A 2AAAA 3GDBA 2NT0A 1OGSA 5ABHA 2ZE0A 4AZHA 4WKFA 1UWIA 1OGGA 4EANA 5DT5A 2VQTA 1R87A 4DUVA 3HU7A 3ARWA 4H2CA 1V02A 4CVWA 3OBAA 5I23A 5FOOA 1E71M 2WLZA 3MSDA 3WNNA 1XGZA 3AMDA 2WHJA 3EDEA 3AZRA 3AS3A 2XVKA 1KB3A 4UZUA 3TOPA 1PZ2A 3SCTA 2D3NA 3T2OA 3JUGA 3ECQA 4W8BA 4PMXA 4PTWA 1OT1A 4D6JA 1WE5A 4MDPA 3AIEA 3W37A 4UFJA 4P7QA 4MPKA 1B3VA 1KR1A 5BWFA 1V0KA 1GW1A 3VD4A 2F8QA 1D3CA 3VDCA 3CTTA 4UZSA 4MB3A 3K4DA 4UOZA 3UG4A 3ZO9A 1UKOA 1E4NA 1RH9A 4HU8A 3VMPA 2V3GA 1KFWA 1OCQA 5A1AA 1XSJA 3WQ6A 3OLDA 1OM0A 1WDPA 2W92A 2YL8A 1X6NA 1H09A 4K68A 3MO4A 4AMCA 3MV01 2X2YA 5A2CA 1BLIA 2CYGA 4PMDA 3VGHA 4UQAA 4D6EA 2D24A 1JNEA 4AD1A 3WN6A 2GSJA 3MMDA 3CIVA 2E0PA 2EJ1A 3E1F1 4PMVA 3WSUA 4PYSA 4CD8A 4TXEA 3CHEA 3VTRA 1F4HA 1QI2A 2CETA 2ZUMA 4LYQA 2D2OA 4P7OA 3QR3A 2XIIA 1JZ2A 4XZWA 3RM4A 1WCGA 5A69A 2J62A 1HJSA 4E2OA 5I3DA 2EPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BXY A;  5A6B A;  2WC4 A;  2J7E A;  3SUS A;  1QNS A;  2CBJ A;  1ZS2 A;  4IM4 A;  4W87 A;  3MAN A;  4PMO A;  4PSR A;  4HMD A;  4JL2 A;  4TVD A;  1CGW A;  1JGI A;  3FAW A;  1TVN A;  2WK2 A;  2QV4 A;  4CVU A;  5C8B B;  1C90 A;  4U5I A;  4CD7 A;  1E9L A;  2QPS A;  1NAR A;  4U2Y A;  4LXF A;  3SCQ A;  3FW6 A;  4PMZ A;  3NIY A;  2CER A;  2G3M A;  3EYP A;  3FHQ A;  3TTO A;  1KR0 A;  2CBU A;  1J12 A;  4LYR A;  2WBG A;  4OZO A;  2GJR A;  1E6S M;  1B3X A;  1OD0 A;  4ML4 A;  2UY4 A;  4TX6 A;  3GXD A;  2E4T A;  1ZU8 A;  1KCK A;  4HME A;  2OSY A;  2J4G A;  3DYM A;  1UKQ A;  2V3E A;  4YPJ A;  3KZS A;  5DMY A;  1G0C A;  1MQQ A;  2WMG A;  3CZ8 A;  3SCP A;  2DDX A;  3LPG A;  4B16 A;  1NWR A;  4HA1 A;  3VD9 A;  4GI9 A;  2PWD A;  4WIW A;  1UD3 A;  4W7V A;  2WKL A;  1GQI A;  1ZBW A;  3S6T A;  3UR8 A;  2WPG A;  4QP0 A;  2YLL A;  1B1Y A;  2D0H A;  4R27 A;  1B31 A;  2VX7 A;  4UFL A;  2JF7 A;  1A47 A;  3PBG A;  3VDB A;  1SYT A;  1US3 A;  2DT3 A;  3CGT A;  3SUV A;  2JF6 A;  3CHD A;  4UQC A;  3QGV A;  1M03 A;  3VD5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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