4BF9A

Crystal structure of e. coli dihydrouridine synthase c (dusc) (selenomethionine derivative)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
MASMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGCPSKTVNGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k-12
publication title Major Reorientation of tRNA Substrates Defines Specificity of Dihydrouridine Synthases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE C
total genus 109
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature ec 1.3.1.-:
pdb deposition date 2013-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 4bf9A02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bf9A01
5K9CA 3TV8A 4OWGA 2CLMA 1FCVA 5K4ZA 1QNVA 1XFBA 4FF7A 3HBLA 5LNVA 4N6EA 4KKXA 3G1FA 1WDWA 1SZFA 5CZTA 1TTPA 5I3KA 2DZTA 3LHTA 1JQVA 4UTHA 1XC4A 4RZ6A 5BMXA 3CWNA 3TIMA 1T8XA 1ADOA 2B7PA 3CEPA 3MBDA 1FWNA 2FFCA 3S8HA 3PG8A 3W3OA 3KXQA 1IXPA 3HJZA 5LKYA 3NQ2A 1IXQA 5DELA 3STEA 3ZFHA 3UY8A 2ZZ1A 1Z48A 3I7RA 4GXMA 4LS2A 5HUOA 4FXSA 3MI6A 3IIOA 3MW7A 4Q33A 4FO4A 3EX4A 3DXIA 3GKAA 4M5PA 1K7EA 3V1PA 3F4NA 1C29A 5AYYA 1G67A 2Y7GA 3GR7A 3RK8A 4RX0A 5CZ0A 1DV7A 2CLFA 1TPH1 2RH9A 1OFOA 2A21A 1H7XA 5K4XA 5KZMA 2J9YA 5AC7A 3QMSA 4GC4A 4WOZA 3L68A 4FHAA 3NNTA 5LHEA 4C1KA 1H50A 4JYEA 5TBOA 5G5IA 1VR6A 2QCDA 1H7RA 4O57A 3S5NA 5U4NA 3LI0A 5F4WA 3WK1A 4C1LA 4YLWA 4GBUA 4DPQA 1NFBA 2X30A 1AW5A 1OF8A 4Y90A 3W7MA 2J88A 3TQVA 3OIXA 1OFEA 2H8ZA 4S1FA 5E1QA 5CZSA 4N9BA 3PBVA 3TW6A 1Z42A 1OX6A 3H54A 4N9EA 3RU6A 3M43A 3W2NA 1EX5A 4HT3A 5HMSA 5LNSA 2C15A 3IGUA 1JCXA 1HFBA 4NX0A 4WOQA 1D3HA 3DI0A 3G3DA 1GZGA 3QMRA 3W85A 2QAPA 4LW7A 3NZRA 2QJGA 3A5FA 2X2GA 3TE9A 5KTLA 4DO4A 5D32A 4Z1AA 4IQLA 1LTDA 3C8FA 3GVGA 3THQA 2HS8A 4WX2A 2C14A 4FIRA 4LVAA 2HTMA 4UTMA 3W1AA 1H61A 1OYBA 3GDMA 4XTIA 2C13A 4FX6M 5AFDA 3O06A 4O13A 4RCXA 3FKKA 3W23A 2BX7A 1KA9F 4BR1A 1PVNA 2WSYA 2QEZA 2DU2A 4UXDA 4LY8A 1JCLA 1F73A 4PCFA 2O7QA 4MOZA 4EWND 4LS1A 4UFIA 3IEBA 5FESA 1OVDA 3L0GA 2ZCGA 3HG4A 4CNNA 3MYPA 4XQ6A 2UV8G 5AC6A 3V75A 4DF2A 2OX1A 3L5MA 1KBIA 4DELA 1ICPA 4X2RA 1KV8A 1CX9A 1JUEA 4XZ9A 2CU0A 1XDLA 1YPIA 4RJEA 3SY5A 2NXGA 4NNBA 1QO2A 3LCHA 1YTEA 5G4WA 3PUDA 4HN4A 5G2HA 1UUMA 5F2LA 4JY9A 1NEYA 2CZ5A 3G0XA 3DU0A 3NM3A 2ZRZA 1TQJA 3C2EA 3WK3A 4JNMA 5HJLA 4NVTA 5CG7A 1JQXA 2JK2A 2EAWA 2B4GA 3NL3A 1LROA 5FF4A 3O6CA 1P0NA 1O5KA 2E68A 3L5AA 4CCEA 2YDAA 1OK4A 4Z0JA 3WJZA 4RK8A 3PULA 3CPRA 4CNPA 4I7UA 1EP2A 3TROA 3HPSA 4BI7A 1K3UA 1O60A 3LX9A 3O16A 3LHYA 2JKEA 3HGOA 2J6XA 4FX8A 3W7CA 3LRMA 1XBZA 2WQPA 3BK0A 3UWVA 1WOAA 2OT0A 3HO8A 1YTDA 2NXHA 3P67A 3RLUA 3SGUA 4EIVA 3FOKA 1IIHA 3N3MA 2ISSA 4G1KA 4PODA 3W9ZA 3HGRA 1Q45A 3S0CA 3G1SA 1LDCA 1AK5A 3U2OA 4GWEA 2Y61A 4FEZA 1SO3A 3NL6A 3R89A 1QFEA 5ABTA 3ABRA 5F2IA 1IXNA 2VELA 5LGZA 1ZNNA 3LGEA 1TREA 5H2ZA 2F7FA 1C9DA 1W5MA 3LLDA 1CI1A 2TRSA 1H63A 3S5ZA 1OK6A 3M41A 1R47A 2DJLA 3L0NA 3OBKA 2YW3A 2ZRYA 3NQ7A 2A7NA 5E0KA 1LM1A 3G1XA 3QPZA 5D2VA 4JTSA 4UFKA 3EWZA 3TQKA 3W1LA 4O54A 1H7OA 3P82A 4NX5A 3LOTA 2C1HA 1KLZA 4JTLA 3B0UX 4PH6A 3USBA 5LNWA 1PIIA 5AOUA 4MLJA 4RR4A 4PTNA 3KVJA 4X9SA 4MLRA 2A2IA 4MFEA 2HS6A 3WJWA 3TMLA 5K7JA 4M7SA 3UZ5A 1Y0EA 3TA6A 1YTKA 2CZFA 4MKNA 5LHFA 3BV4A 1TV8A 1RZMA 2BWGA 2GJLA 1I2OA 4Q4KA 5D38A 3DFTA 1ZALA 3GZ3A 1FXPA 3R13A 3MHGA 2VEPA 1N8FA 2NV1A 5HUPA 2BZNA 4ZMGA 5FF7A 4ZZ9A 5DXYA 3GDLA 4DQWA 2AGKA 5KSWA 3KVKA 5L6UA 2P0OA 4A2SA 1ME8A 3TQ0A 2X16A 3TXVA 4UTJA 3FYOA 1SR9A 4JIPA 1MEHA 3I6RA 1XUUA 3PUEA 2CWNA 3PF3A 3VE9A 1PHQA 2ZBTA 2A6NA 4JEQA 4NZJA 1YDOA 4JTTA 3MYOA 2ZRVA 3TNOA 3C61A 3ANYA 1JULA 2AAMA 4QSHA 4OU1A 1I2NA 2YCEA 1GEQA 3M0ZA 3NDOA 4TR9A 3OVPA 1EWDA 1OYCA 4OE7A 1ZAHA 2X1TA 2CLOA 5D33A 3W7JA 5KMYA 3N73A 4MPQA 3W73A 4PL2A 1TIMA 4OGZA 3EX1A 1TCDA 3Q58A 1AG1O 1EB3A 1QO5A 3W7HA 3M44A 3Q2DA 1H51A 4O1BA 3KAOA 3VCRA 5BW6A 2WO5A 3E12A 1KM1A 4FNRA 4A29A 4UTUA 2E1DA 3W6YA 3T78A 2VFDA 1THFD 3S5OA 3DHDA 1A53A 1SUXA 3G24A 4TMCA 1IGSA 4H3DA 1DBTA 4JX4A 3SR7A 5FF3A 1PV8A 4KWVA 3PG9A 1B4EA 5C55A 2EF9A 1EUNA 3GAYA 2VEMA 1T96A 4UR8A 1A5SA 2C16A 3EWYA 1ME7A 2CLEA 3MHFA 3A21A 3L66A 3KHJA 4KFPA 4AF0B 1GQNA 4HNVA 3UPWA 3TAKA 3RF9A 3NQ6A 5EYWA 3L67A 4JDYA 4PC8A 4QISA 2G96A 1W1ZA 5D02A 2ZTKA 1KFLA 1KFEA 4JN6A 1ML1A 4UNKA 4NJHA 3FEMA 5G4EA 3ZWTA 3N9SA 1A5BA 1I2PA 1W3IA 3W87A 5BOOA 2F84A 3QW3A 3MP5A 3QJAA 1XBVA 1W5PA 3C2OA 4NU7A 5FEZA 2JBMA 2Y88A 3A9IA 4MY1A 2CLHA 1SQ7A 5HQEA 1G4PA 5D2YA 3L65A 3KVMA 5D2TA 4EF9A 3WJSA 4WQ6A 2AQWA 3KRUA 3QSTA 2GVJA 1VPXA 2ZA1A 3P60A 2KZHA 3E96A 4O28A 2I14A 2QCCA 3LHVA 4FNSA 4X3ZA 5LGXA 5CZJA 3GR8A 3QM3A 4QQ3A 2IQTA 4O4WA 3NR0A 4UTIA 1FY6A 4NXSA 3G1YA 2VC6A 4RZ4A 3B8DA 4O14A 2DP3A 2V2DA 4WY0F 4XKYB 3P5YA 1OF6A 5I3FA 1EWEA 4UTKA 4GUIA 3DFPA 1L6YA 4O53A 4CQ8A 3CTLA 5I3HA 3W1TA 3EWUA 4ALDA 1GVSA 2C0AA 3OVRA 3A5VA 1WXJA 3UWZA 3T40A 5EMUA 3W86A 3NYZA 4YL2A 1LYXA 3DKJA 4BK9A 1KM0A 5AB3A 2R14A 2V9DA 5AN7A 3W2LA 1JJKA 1FWSA 4AWTA 1RV8A 3N14A 1QPQA 2Y7DA 2BSLA 3MBFA 2ATSA 3E02A 3I7SA 1AMKA 4KFNA 2Z2UA 4JTEA 3BGJA 5F4SA 1I8JA 4WXYA 4ORIA 3W75A 1WQ5A 4AHQA 2YX0A 4WXZA 2YZRA 3QSRA 3IIZA 3W76A 2DZUA 5BNKA 1JRBA 1JCMP 3W7EA 3SGZA 4O8RA 4XUGA 3MI3A 3GDRA 3MP4A 3HGJA 3W7RA 1BTMA 2EHHA 2YFNA 2EKCA 4Y8FA 3W84A 3M1ZA 3W83A 2X1SA 3MMTA 1XM3A 1RD5A 4M19A 4IOTA 1TQXA 3FKRA 4MZYA 1IIGA 1TV5A 2NX9A 4NQ1A 1S3HA 4UMCA 1GG0A 1Z41A 4GNJA 1OFDA 4Y96A 3LCWA 2Y70A 1LLWA 3QFEA 3O6DA 4LVFA 5EL1A 3C56A 4BI5A 1AL7A 3TDFA 3MO7A 4JYFA 4O50A 3CQ0A 3EKZA 1FBAA 3CIXA 4JS3A 4IJBA 1X1ZA 1W8SA 3IVUA 1SFJA 1B57A 1ZENA 3B04A 3GDKA 1TPWA 4CNOA 4XBSA 3O6YX 2ZQ0A 4TO8A 2OZ0A 1KM3A 2VEKA 1KFCA 2QDGA 1TPC1 2VENA 5D30A 3UWQA 2PRMA 3PSVA 3FA5A 1TJPA 1UUOA 3QZEA 4WY0B 4L4MA 2VKZG 3NQMA 4XKYA 1HG3A 4JGDA 1MEWA 1G4EA 3KRSA 4QAIA 3MHUA 4Q32A 2WJZA 1GVRA 4O10A 2V2CA 2OT1A 3SI9A 5BMWA 3W7KA 3W88A 2QJIA 1G4TA 3CM4A 3T55A 5AHNA 3NQAA 2QUUA 3W71A 4K8EA 5D04C 1B4KA 1VYRA 2GQAA 3L21A 4QIUA 5EPDA 3LXBA 1LZOA 1H7PA 2CFFA 3CHVA 3GDTA 1GVFA 1YXYA 4K8HA 5KZDA 1Q6LA 2CLLA 4LC6A 1JRCA 5DCBA 4FNPA 4MUZA 1SO5A 5AHEA 3GK0A 1TJRA 4UNLA 1W3TA 2QCGA 2CW6A 2Z6IA 5K2ZA 3QF0A 4IPIA 2WPBA 2VXNA 4UCGA 1UB3A 4D2JA 4POCA 1K03A 4LRTA 4JTHA 4HNUA 5AHFA 1QPOA 4ZVJA 1I45A 1TO3A 1EIXA 2G5WA 2NXIA 3BG9A 4DEFA 1B9BA 4KWWA 3KFTA 1SW0A 2OJPA 4Z1CA 1YDVA 2QCFA 3W7DA 1P0KA 3P62A 3M5YA 1GTEA 3W7IA 4AB4A 3BLFA 3T7VA 3SECA 3W7PA 4X22A 4NJGA 3DAQA 1K7XA 2XN2A 4GFSA 5EKYA 3IGXA 4JDBA 1QDSA 2FQIA 4N2YA 3UWWA 4WJEA 3I65A 4R53A 3W2MA 2A7RA 3G1AA 3TW7A 6TIMA 3KRZA 4LC8A 3BW2A 1UCWA 7TIMA 3NQCA 1DHPA 3DFQA 3W7OA 3Q94A 3FLUA 1YPFA 5G1TA 3QQ0A 4MZ8A 4FNUA 1X1OA 2A6LA 5G2IA 2TSYA 3IGSA 1VCFA 2NLIA 1VHNA 3LXAA 3SSJA 1KM4A 2NUXA 1SSDA 1HTIA 2A0NA 3SFKA 3AO0A 5DXXA 1SZGA 2NUYA 5CPNA 3INPA 3P61A 5MHBA 4LUIA 3S1XA 3CC1A 1YLVA 1S5WA 5HNRA 2E6FA 3DHFA 1LORA 3SJ3A 3JS3A 3TC6A 2FLIA 3QYQA 1VZWA 2DZSA 2PRLA 3EWBX 4WY0A 1TRIA 5K9XA 1GG1A 2RHGA 1JCJA 1EEPA 3N34A 3NOEA 2TMDA 3MJYA 5EA9A 3C2RA 3TUUA 3LDVA 4FB7A 1WYIA 4TX9A 3BARA 1H62A 1PL9A 3TFXA 5D03A 4UFLA 3LRLA 2BLEA 5K9DA 2E6AA 2ZRUA 3BLIA 3HIJA 3GXTA 4ZQPA 4RXFA 3BVJA 1S5TA 4LWWA 4JR5A 3S9YA 3C6CA 3CEUA 5D37A 3DI1A 3W2JA 3B06A 5F4XA 4DO5A 3KOFA 2R91A 2E09A 4M7TA 3UQNA 2QF7A 3TAOA 4JTUA 3O63A 1SO6A 3NO5A 3QC3A 2V5LA 4GE8A 3IIVA 1VYPX 1SO4A 4OT7A 3NL5A 3JRKA 3EX2A 3LERA 1QOQA 3QMTA 4CQAA 5I3IA 1JCNA 1FWTA 3BG5A 3DFSA 3W72A 3LLFA 3NQ8A 1EP1A 5HWJA 1KFBA 5J5RA 4JIQA 3DFOA 1VJIA 4NJIA 1UBSA 1KM2A 1GWJA 4W9TA 1LRNA 2WV8A 4AMAA 2V8ZA 3TCEA 4IX2A 3NL2A 1FCQA 1MXSA 3ATYA 1C8VA 3O15A 2ZRWA 3ZR4A 3WJXA 4RXGA 1DJNA 3ATZA 3LTYA 1XUZA 2OMAA 4JTKA 1OYAA 5FEPA 1Z44A 2WSRA 3NZ1A 4HHPA 1GYNA 5CPMA 3HOJA 2RDTA 4O52A 4ZQCA 1F5ZA 3LCGA 3TFCA 4N9DA 4MJMA 4O1DA 4DF1A 4M6VA 4NJJA 1L9WA 4JY8A 1HL2A 2NZLA 2NUWA 4ZL1A 2W0UA 2YSWA 4JICA 4DBDA 1F74A 1TPFA 3MP3A 2X1RA 4MYAA 3C3NA 3N2MA 3ABSA 3QEZA 1ICSA 1W3NA 1KM5A 5LZLA 3FJLA 2B0MA 5AHIA 1A5AA 1QPRA 1T99A 1EPXA 4RLIA 1G69A 4S2CA 3G18A 4EOUA 2VFFA 3FFSA 3GAKA 1S5VA 1TSIA 2JGQA 4LT9A 3F4WA 3PBWA 4LTSA 3S5YA 4XTDA 2WSQA 5G1YA 4O0ZA 2QKFA 2J9XA 2VFEA 1IXOA 1TPB1 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 3H55 A;  2E5D A;  1FX6 A;  5F2G A;  4NT0 A;  1O94 A;  5KZE A;  4E38 A;  3N2X A;  5IBX C;  3NAV A;  1W0M A;  3CB8 A;  2CZE A;  3LBC A;  3LRK A;  2PCQ A;  2BXV A;  4AAJ A;  3LV5 A;  1ZJI A;  1HO4 A;  1WAU A;  2ZYF A;  1L6S A;  2LLE A;  3M7W A;  4TU1 A;  2GQ8 A;  4OHQ A;  4O15 A;  2I1O A;  4HIB A;  1AL8 A;  3EX3 A;  4NJK A;  3W1Q A;  2PC4 A;  1K02 A;  3G3M A;  4GRS A;  2PRH A;  4MY8 A;  4OBT A;  2RFG A;  3TJX A;  3N9R A;  1TB3 A;  3W1M A;  2FJK A;  4Z1B A;  3BO9 A;  3QH2 A;  2B7O A;  3NEV A;  5BRB A;  4E2B A;  2QCM A;  1T0O A;  4UTL A;  5DN1 A;  5KIT A;  5A5W A;  3W2K A;  1OJX A;  2YGY A;  2V2H A;  3STC A;  1LBF A;  2EGZ A;  3NPW A;  3M5X A;  4K36 A;  2Y6Z A;  2GOU A;  2Y89 A;  5AYX A;  3LXC A;  1YAD A;  4A3U A;  3B03 A;  3NG3 A;  4IME A;  3P74 A;  4RKA A;  3PS7 A;  2Y85 A;  2A1Y A;  3G0S A;  1OFA A;  2A4A A;  3HGS A;  1ALD A;  2E77 A;  1H1Y A;  1GVQ A;  2J27 A;  3NPU A;  3W7G A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H8H A;  2G3F A;  3TV8 A;  3H2O A;  4QTG A;  2W63 A;  4LYK A;  1QNV A;  4N6E A;  4CEU C;  3DHP A;  4MWA D;  4IIE A;  1BFN A;  5AVN A;  1TTP A;  3LHT A;  1XYL A;  1XID A;  3WMB A;  3TIM A;  4Q3M A;  2PZN A;  1EQC A;  1V6Y A;  3CEP A;  3S8H A;  1UBP C;  3CUG A;  3WLR A;  7A3H A;  1RHC A;  2CIP A;  3HJZ A;  3EOE A;  1SJA A;  3ZFH A;  3GD6 A;  4V15 A;  4LS2 A;  4NF7 A;  4L6D A;  1VFL A;  1E55 A;  3LGG A;  3MW7 A;  4QDW A;  3GKA A;  4H8N A;  2OU4 A;  3HFY A;  4C6M A;  3F4N A;  1G67 A;  2EG8 A;  3RK8 A;  1CB7 B;  2P0I A;  1LT8 A;  1TPH 1;  4IQD A;  2A21 A;  1H7X A;  5K4X A;  1C8Y A;  3GG7 A;  3QLD A;  5CC7 A;  4BCE A;  2HEJ A;  4C6J A;  4WOZ A;  3NNT A;  1E6S M;  4LGX A;  2PWH A;  3SAD A;  4JYE A;  3E5P A;  1VR6 A;  1UQY A;  2NVC A;  1GJW A;  2QCD A;  5EFD A;  1VEO A;  1W1T A;  2GQ3 A;  5F4W A;  3WK1 A;  4C1L A;  3W81 A;  3AIW A;  4GBU A;  5T8G A;  1CXI A;  1OF8 A;  1IT7 A;  2J88 A;  3TQV A;  1DXE A;  2GJR A;  2OSY A;  3VNY A;  4D9P A;  4H9U A;  1LF1 A;  5CZS A;  3WQ4 A;  3H54 A;  3RU6 A;  4V28 A; 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