4BFA | Genus

Total Genus 121

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	317
structure length	317
Chain Sequence	ASMRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGCPSKTVNGSGGGATLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEKQGDTGLYHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVLNNSPDIARAIQAIDIEKL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__746903787304479__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__746903787304479__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BFA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__746903787304479__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"746903787304479","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BFA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__746903787304479__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli k-12
publication title	Major Reorientation of tRNA Substrates Defines Specificity of Dihydrouridine Synthases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRNA-DIHYDROURIDINE SYNTHASE C
total genus	121
structure length	317
sequence length	317
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.1.-:
pdb deposition date	2013-03-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01207	Dus	Dihydrouridine synthase (Dus)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.225.30	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Bacteriocin As-48; Chain A	Bacteriocin As-48; Chain A	4bfaA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bfaA01

1ZAHA 3UY8A 4WOQA 1EB3A 3UQNA 3SIZA 2NV2A 5D09A 3VE7A 3NQEA 1VLIA 2VXNA 1FBAA 1Q3NA 4XTDA 3B06A 1W3NA 1SO3A 1UUMA 4FXSA 2X1TA 4O1CA 1LBLA 3MI2A 3CU2A 2JKPA 3E9AA 3IGUA 3T7VA 4O1AA 3HB9A 3NAVA 5FEXA 3OA3A 2QAFA 3HGOA 4JY9A 3QPYA 1LRTA 3NOEA 4NXKA 2I14A 3NL6A 1H7WA 1WQ5A 3ZWSA 3W2JA 3I7SA 2ATSA 3PUDA 4POCA 5FF4A 4HNTA 2V2DA 2CLEA 4CCEA 3LTPA 3P5ZA 2YXGA 1DOSA 3W22A 4A2SA 1U83A 4LS0A 3P7YA 4XWUA 2A0NA 5C54A 3W7IA 1A53A 2E68A 1EWEA 1RR2A 1OYAA 1FXQA 3KRSA 4N4QA 3FOKA 3QQ1A 4HKPA 4UTTC 1O95A 5LNUA 1X8FA 3IEBA 5I3HA 5K4XA 3GKFA 1F2JA 2BZNA 4A29A 3ELFA 4UFKA 3BK0A 4M7SA 3ZFHA 4DF1A 4IOTA 2V81A 3QSRA 1W37A 1PE1A 4UTIA 2XN1A 1BWKA 3GX9A 5EKYA 1W8SA 4FXRA 2GOUA 4UTHA 1KM3A 1XBYA 1AK5A 3HBLA 4UNKA 1D3GA 1PHWA 7TIMA 1LBFA 3O06A 3W83A 5LNWA 1H7PA 4OT7A 3IIZA 3TCEA 1LOSA 2C19A 4Y90A 1SU5A 3LDVA 1OFDA 4OHQA 4AHPA 5D32A 1AL7A 3L68A 3RFAA 2J9YA 3S6DA 1XKYA 4O52A 4HT3A 3MJYA 2QKFA 3FKRA 1KFLA 1EP2A 1XBXA 1SZNA 2VFHA 4XKYA 3TH6A 2A4AA 1Z41A 2GQ8A 3EWYA 2JGQA 3O05A 3S5OA 1KTCA 3EX1A 4UTMA 3W7HA 3A5VA 4GUHA 4I7VA 2E6AA 5D37A 3EX4A 1W1ZA 4ZZ9A 2JKAA 1PS9A 1ZCOA 2J6XA 2TYSA 2O7SA 3LGEA 1ML1A 4MLJA 3W1RA 1S5TA 4UTLA 1GVFA 3P67A 4UTJA 3SECA 5HWNA 3LRLA 4E0CA 4CCCA 3OHIA 1Q6OA 1THFD 4MZYA 3TJXA 4IMFA 3DFNA 3UD6A 1DHPA 1ME9A 2E09A 3M16A 5FF0A 3KFTA 1OVDA 4DO5A 1YTEA 1JCYA 3I65A 1QPRA 4O10A 1GPWA 2X16A 1QAPA 5FI8A 1SO5A 5HWMA 4M7TA 3W6YA 3M5VA 2C0AA 1WAUA 3TROA 4MFEA 5FESA 3W85A 4QQ3A 4FB7A 3DU0A 3HG4A 3LTYA 5FF2A 1A5BA 3LCWA 1LRNA 3GDMA 1LRQA 4A22A 4BK9A 4ONVA 4FF7A 3N14A 2HSAA 3DHDA 1NVMA 3W7RA 3TV8A 1P1XA 4TX9A 3W73A 3RU6A 4Y9AA 2AGKA 4OU1A 4MYAA 5HUPA 1MSSA 1TTIA 1JCNA 3DFQA 4Z1BA 3N2MA 2NXIA 5HMSA 4UFIA 3PBUA 3JRKA 5G4EA 1LOLA 5EMUA 4A2RA 1VHCA 4UR8A 2QCCA 1WYIA 2EF9A 3HPZA 4DEFA 3TSMA 2EPHA 2J9ZA 1WA3A 2ZA1A 3VFLA 3TW7A 2Q8ZA 4UIOA 3QJAA 4UTWC 3QFEA 4NJGA 2QR6A 3H53A 4KFOA 1YTKA 5EPDA 5L6UA 4IPIA 3KRZA 4JTKA 3C2VA 5AOUA 4RV8A 2H3BA 4N02A 4WD0A 1GT8A 3C3NA 4OWGA 3DKLA 3LHWA 4FIQA 2J27A 4JY8A 3NQAA 1VC4A 3LV5A 2G95A 2KZHA 1LLZA 1M6JA 3W86A 4S2BA 3QMRA 1TMHA 4LRSA 3S5NA 3W7QA 4HN4A 2WQPA 4E38A 3IV3A 2DZXA 3PF3A 3QSTA 3E12A 4Z1CA 2A5HA 4DBDA 2VEKA 3P61A 1VYSX 3QMSA 1SZEA 2QEZA 3MP5A 3U2OA 3PB2A 4GWEA 4AMAA 5G1TA 5G1YA 3VE9A 1VCFA 5CPMA 3EWUA 4IGHA 2WV8A 1TIMA 3G24A 5D04C 2QCHA 1CI1A 1RQBA 5AYXA 5BRBA 1EPXA 2A85A 3Q37A 1JCLA 3O07A 4UMCA 2NZLA 3N3MA 4QAIA 1H63A 1G4TA 1OK6A 2Y7EA 1VR6A 1PCKA 1KW1A 3WK3A 1D9EA 1H61A 3C2OA 1QOQA 3G1FA 5U4NA 1TYGA 3M7WA 3W7OA 5KTLA 2FB2A 3W2UA 3LCFA 1EWDA 3STFA 1ZAJA 3PSWA 1KTNA 2YGYA 3NPXA 2VFEA 4I7WA 2YFNA 1GVSA 2ZTJA 4NNAA 1C29A 4R33A 4N9EA 3LRMA 4NNCA 4LS2A 3W2KA 3R8RA 2JKEA 1ZFJA 2E6YA 4IWWA 4MY9A 3G1VA 1A5CA 4H4IA 3GAKA 3HG3A 3N34A 5AYZA 1YYAA 5KSWA 2Y89A 2VOMA 2QCDA 2GVJA 2WSRA 3LLDA 4UNLA 2F84A 5G4WA 1KFCA 1O4UA 1G6CA 1ZENA 5HQEA 4EVZA 4M19A 5FF3A 1KFJA 4NXSA 3M5ZA 2Y85A 4FX8A 5CZJA 3NNTA 4LW7A 4WXYA 5E1QA 3TA6A 3L9CA 2ALDA 1LORA 1B57A 1A5SA 1GWJA 3R13A 1FY6A 1OF8A 1K8YA 4RX0A 3S5ZA 4FHAA 1PL9A 3F1QA 3WK1A 2R91A 4MVAA 3CEPA 1I2NA 4FNQA 2YZRA 4ZQMA 3CEUA 4WZHA 4IMGA 4ZQNA 2A1YA 3NYZA 3W87A 4XBSA 1XBVA 3DZ1A 3M43A 3G0UA 3L65A 2DORA 4UTKA 3QMTA 1K7XA 3S1UA 5C6MA 3FEMA 1HFBA 1VS1A 1XBZA 5D2XA 1IXOA 1DBTA 4O11A 2DZPA 4JTGA 1YPIA 1WBJA 3M5YA 1TV5A 1NF0A 1JVNA 3Q58A 3TSBA 1KFKA 2V2CA 1QDSA 3CC1A 4Z1DA 4JTTA 4UFJA 2E6FA 1WV2A 4UTUA 4DELA 1HO1A 4B5NA 4EF9A 2A21A 3W7MA 1RV8A 4AWSA 5HJLA 1KBJA 3GKAA 4NQ1A 1R2RA 3CM4A 2VFFA 2X2GA 1UCWA 2B7OA 2FIQA 2WOQA 2ZZ2A 1L6YA 1TPEA 1I4NA 1H62A 3M1ZA 2A6LA 3NZRA 3S1XA 1G69A 3D0CA 3EWXA 5EBUA 3Q94A 5CSSA 2ZZ3A 4O14A 1Q6QA 4K6AA 3E49A 1PV8A 1G4PA 1ALDA 5K7JA 2LLEA 5BMWA 4IXHA 4O4VA 3CWNA 3NQCA 1EEPA 4RK8A 2QCGA 3W84A 2E1DA 4ZL1A 3GXPA 4JTJA 5J5DA 2DZTA 1K03A 4U4MA 3PWAA 1TRDA 5BOOA 2Y88A 1AW5A 3FJLA 5CPOA 3OEXA 2GUUA 4HNNA 1LROA 3JR2A 1I2PA 5CGQA 4JGDA 1FUYA 2NUWA 1W0MA 3G3DA 3LV6A 1JQXA 2B7QA 3TUUA 3PM6A 5HINA 4OBTA 4HSNA 3LCGA 3E96A 3EEGA 2HTMA 1GYLA 4UTTA 1ONRA 3UWYA 5IBXC 1B4KA 3LM7A 2YFOA 3N9SA 1JCXA 5DY2A 4X3ZA 3TU9A 3NQ2A 2A6NA 4NX5A 4MYXA 1XDMA 5K3VA 4DPQA 3G18A 3R12A 1OJXA 2E5DA 2QJHA 5AHFA 3VKJA 1A5AA 4X22A 1FWWA 1EA0A 2YX0A 3TXVA 4A21A 5D30A 5I3JA 4OV9A 1YDVA 3THQA 1RZMA 1EP1A 2YYTA 3S42A 3NQMA 4R7JA 1OFPA 2NX1A 4XZ9A 3TQKA 3P82A 3CWOX 1IXNA 3TXZA 5K9CA 3DKJA 3EWBX 3C2RA 2ZZ6A 1RD5A 3PBYA 4IUOA 4WY0F 3C0JA 4N2YA 3P80A 2ZZ7A 3G0SA 4WY0B 1WOAA 1TPUA 5DN1A 4O53A 3W74A 1ICSA 5F4WA 4Y6GA 4UR7A 2VFDA 2VENA 4FX7A 3P5YA 1BEUA 3N19B 5F2GA 1MEWA 3NL3A 3W07A 2QCLA 4JX4A 1T0OA 1KTBA 3H55A 3UWVA 2R8WA 4KWWA 5DLCA 4BFAA 5LGXA 1TB3A 5D2WA 3G22A 3AJXA 5TQLA 1F6KA 4N4PA 1DJQA 3NQFA 4WXZA 4KFNA 2WNQA 1UB3A 3TAKA 2ATMA 2CFFA 3W7CA 4DQWA 3NM3A 1G67A 4AH7A 3O1NA 3KOFA 1OF6A 4ADUA 4KWVA 2G5WA 5HWJA 3TC7A 3MYOA 1PIIA 2VEMA 4GUFA 3EWWA 2V8ZA 4JS3A 3C52A 1R30A 1S3HA 2TRSA 1K8ZA 3SSJA 1F7BA 3IGXA 5IM51 5DCBA 3OVQA 2QUVA 1GTEA 1LOQA 3MI6A 3W7DA 3NPVA 2FJKA 4BI5A 5AHIA 1TPFA 2FFCA 4NZFA 2ABAA 2CU0A 1HG3A 2GVLA 3FA5A 2V5LA 1TPVA 2QUUA 1SFLA 3UXDA 3TC6A 1FWNA 3BV4A 4CCDA 2QCMA 2PRHA 1G7UA 3W71A 4JN6A 2RH9A 4TMBA 3P81A 4HNUA 4IX0A 3BG3A 4FNPA 3W72A 1XUZA 1TV7A 2ZZ4A 4MFDA 1I2QA 3MHGA 2VFIA 3L0KA 1KLYA 2GPTA 4JDBA 4TIMA 4WX2A 4M5PA 3EXTA 2QCDB 3NXFA 3B03A 3LX9A 3WJXA 1QPOA 3AO0A 4WOZA 3V1PA 1XL9A 1KM0A 3SGZA 1ZAIA 3B4UA 3MW7A 4JX5A 1JUEA 2DP3A 3DGRA 4MKNA 3F03K 1DVJA 3TE9A 3L5MA 3C61A 2AAMA 4QJ1A 2EHHA 3SY5A 2ZRXA 1FDJA 1NEYA 4HPJA 3KX6A 1VYPX 4EF8A 3RNDA 3HG5A 3S8HA 3TAOA 5LHFA 3NPWA 4BI7A 1BTMA 2H90A 1FWSA 1FCQA 3TMQA 2QF7A 4NJIA 5E93A 3S9YA 2ABBA 2CLIA 4LTSA 3TNOA 4UMBA 3ABOA 4IQLA 2BLEA 3N9RA 4N9BA 4M6VA 1YXDA 4O54A 4ALDA 3W23A 3R89A 2Z0IA 1O94A 3GK0A 1SSGA 3A22A 4N9CA 1SZFA 3DI1A 3V75A 1RPXA 4FEZA 3KAOA 5KMYA 1H7RA 2WPBA 4QSHA 4AHOA 1JUKA 3M0ZA 1W5NA 3GDKA 1E51A 4ORMA 2ZFAA 3LHZA 3CLMA 4MJZA 2V5BA 2A2IA 4O28A 4TR9A 5KINA 1TPC1 1TRIA 2A7NA 5D02A 4MZ8A 5TBOA 3DENA 4K8HA 3PB0A 2Q8LA 3F4WA 3PS7A 2A7PA 3W1QA 3BGGA 5LZLA 3EWZA 2C3ZA 3ANYA 4M6PA 5DCEA 4IJBA 4O13A 2C15A 5EY5A 1UJPA 3GVGA 1QPQA 1YDNA 4IMCA 5AYYA 2TMDA 1YXYA 4MUZA 5F1UA 4ICNA 5AHLA 1N7KA 3MI3A 2NUXA 3DFOA 2YW4A 3STEA 2Y62A 5DCDA 3DFPA 4CLMA 1XUUA 1TPDA 6TIMA 4AWUA 3DI0A 1DV7A 2YYUA 4RKAA 2J9XA 3BO9A 3B04A 4KFPA 1NAL1 4WY0A 3BW4A 4LVAA 3LI1A 2G97A 3TQVA 1JJKA 1H50A 1Z42A 2I9EA 2B0MA 2H8XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2ISW A;  1T8X A;  3KVL A;  3YPI A;  3L5L A;  5G2I A;  1OX6 A;  4LVB A;  5F1V A;  2PC4 A;  2ZA3 A;  5K4Z A;  3A24 A;  2Y7D A;  3SFK A;  3P62 A;  3HJZ A;  3N73 A;  2QUT A;  1KM1 A;  3STC A;  5EL1 A;  4J9J A;  4M6Q A;  1HO4 A;  3T40 A;  3LXB A;  1DOR A;  4BWL A;  4E2D A;  1YDO A;  2CW6 A;  1FCB A;  2YPI A;  3TR2 A;  1FCV A;  1KFB A;  3RMJ A;  5H2Z A;  1Q6R A;  3MYP A;  1JCM P;  1UBS A;  3MO7 A;  3LHV A;  1LBM A;  1H1Y A;  5HR6 A;  2V9D A;  1TTP A;  4GUI A;  4JTU A;  5AB3 A;  1NSJ A;  4EOU A;  4FNU A;  1H7X A;  2ZA2 A;  5SWU A;  1IF2 A;  3BG9 A;  3EX2 A;  3A9I A;  4JXC A;  3ATZ A;  1AW1 A;  1R46 A;  3TQ0 A;  5AHN A;  2GVG A;  3DFS A;  5KIT A;  3LOT A;  1QO2 A;  2YSW A;  3NQG A;  1DJN A;  2NX9 A;  1F74 A;  1S5V A;  3GDL A;  1KFE A;  3G1D A;  3JS3 A;  4I9A A;  4NU7 A;  1L6S A;  4ADT A;  5D2Y A;  1W3T A;  3QW3 A;  2ZCG A;  3FJ6 A;  1AW2 A;  2V0T A;  2CZ5 A;  3FS2 A;  2ZBT A;  3C6C A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BFAA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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