4BI5 | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNDEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region. pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Giardia intestinalis
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	84
structure length	254
sequence length	254
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bi5A00

4LC8A 5D09A 1AK5A 3W1MA 3UWYA 2B7OA 4FNPA 3S1WA 4DELA 3NGJA 3QPYA 2V5LA 1B4KA 1D3GA 3BG9A 4MY8A 4N4PA 3W7QA 1TTQA 1YTKA 3RMJA 4IJBA 1JUEA 4O50A 3DFPA 2Q8LA 5GVJA 3WFAA 3TC7A 4FEZA 1OX4B 3CTLA 3MI6A 2ZRYA 1Q6LA 2Q3OA 2ZZ4A 2R8WA 1M7OA 3EKZA 3K30A 4DPQA 1SW0A 1O60A 3W1XA 4JX4A 4NX0A 4W9TA 4X9SA 4HPXA 3W2LA 3DKLA 3KVJA 1H7XA 1JRBA 3HG4A 5T26A 5BOOA 2X1SA 5F4XA 1ZAHA 2DZTA 1OFRA 1V5XA 2X1RA 2FB2A 1KM0A 4MJMA 2A1YA 3IGXA 1F2JA 3HGJA 3NQAA 1I2QA 1EWDA 3DFQA 5A8GA 2Y7GA 4EF8A 5LHEA 1OFDA 4GFSA 1OYCA 2YDAA 2Q3RA 4O52A 5I3HA 4WXZA 4Y96A 4EVZA 5LHFA 3CIXA 1FDJA 2RFGA 4JTUA 2HMCA 3GDTA 3M6YA 5D38A 5DN1A 3BLFA 4WZHA 4HSOA 2AQWA 2NX3A 3LCGA 3JR2A 4S2BA 4MLRA 5HMSA 2ZRVA 1TSIA 2CLKA 4PCFA 4G1KA 4LOCA 4AH7A 3H53A 1HUVA 3TV8A 2C1HA 2EF9A 1THFD 1XBVA 2NXIA 3PBWA 5G2HA 5HJLA 1VQTA 3TQVA 3C2EA 1X8FA 4IMDA 3W7EA 4IPJA 4AHOA 4FX7A 3LLDA 3E02A 4RK8A 2G95A 3QZEA 1JUBA 4FXRA 3W7CA 4DF1A 1B4EA 1O94A 1G4EA 2YPIA 3MP5A 4UFHA 3HJZA 4M7TA 1SO4A 2C6QA 2VELA 5D2TA 2ZTJA 1H7OA 1A5AA 4MVAA 4QJ1A 4XQ6A 5F2LA 3EEGA 4UTWC 1K8XA 4OWGA 4K36A 1PCWA 3SW6A 3C3NA 3G1AA 4UTTA 1QNVA 4UTMA 4O1BA 3FJ6A 4PL2A 1JCYA 2A6LA 4NX5A 3CC1A 4AB4A 1JRCA 3TIMA 3VI2A 3CPRA 4MYXA 5IBXC 1QPNA 4ADSA 1W5PA 5LNSA 3RF9A 3MJYA 5E1QA 3RU6A 4A29A 4JTGA 3EWZA 1ZHAA 3W2NA 4GE8A 1TPFA 4O4VA 3N2XA 4ZQMA 1KM6A 3OA3A 4FB7A 5F2MA 3TDFA 4UTHA 4FNQA 3EXSA 2Y7DA 1GOXA 4CCEA 1R46A 4R34A 2I14A 1GG1A 2OX1A 3FIGA 1AW5A 4H3DA 4JTTA 2ABAA 3M1ZA 1YLVA 2CU0A 2QCNA 5KTLA 1KFCA 4O11A 3B06A 4BR1A 2CLIA 5EL1A 3FLUA 4N4QA 1YXDA 4WOZA 4JICA 5D03A 5D2VA 2A7RA 1NAL1 1G69A 3ZR4A 3JRKA 2WNZA 4BI6A 2ABBA 3TW7A 3EX3A 3PC0A 4IWWA 3TU9A 4OQVA 5FF4A 2CFFA 4TMBA 2A7NA 2WNQA 3S0CA 1SSGA 3GDKA 3O6DA 2FIQA 3F03K 3P60A 5CZ0A 2C18A 4LV4A 5KINA 2ZBTA 3HGOA 3CU2A 5CZJA 3TSBA 5K4ZA 1J5TA 1TPWA 3FJLA 4M6VA 3TC6A 4DXVA 3NQEA 4YMZA 4WY0F 3L0GA 1KFKA 3TQ0A 3HGRA 2C0AA 2CWNA 2E1DA 4FXSA 4IMCA 3OHIA 4FX6M 1KW1A 3HG5A 3GVGA 1RR2A 1FCUA 2CLOA 2OZ0A 5G5IA 2GVGA 3LHTA 1OX4A 4LRTA 1K7FA 4MUZA 2B4GA 3UD6A 1W1ZA 2F84A 1SFLA 1HL2A 4MZ8A 3TCEA 4K8HA 1KFLA 1EP2A 5CPOA 1FBAA 3INPA 4HNUA 4JIPA 4RV8A 1VH7A 2V5BA 5FF0A 1QAPA 4CCCA 1VYRA 1VCFA 1CW2A 3NR0A 4KFOA 3W87A 1I45A 2X1UA 3QC3A 1KV8A 4XBSA 3YPIA 1I2RA 1LBFA 1IF2A 2JKAA 2QF7A 2WV8A 5CZTA 5CPMA 4A22A 1TPUA 1GWJA 1Q6QA 4ONVA 1VR6A 3NNTA 1SZFA 3DKJA 3LXAA 2QDGA 2WQPA 1S3HA 1S5TA 4Z1DA 4E0CA 2V0TA 5FEPA 1BKSA 4I9AA 4O17A 2CZDA 4UFJA 3MO7A 4ADUA 2QAPA 3B0UX 1GG0A 1JULA 4DQWA 4NZJA 1TO3A 4KWVA 4JTLA 2Y6ZA 1Q45A 2NXHA 5C6MA 1EEPA 3BLEA 4E2DA 3ABQA 1JQVA 4PA8A 1LLWA 2WNNA 2ATSA 4OBTA 4XBKA 4UTUA 1KM4A 1Z41A 2J27A 3KRSA 3L9CA 4O54A 1LDCA 1A50A 2H6RA 2FPTA 1PHQA 1R2TA 4MLJA 3UPWA 2ISWA 3M41A 4BI5A 1ZENA 3E12A 2WSYA 1TMHA 1VCGA 3MP4A 3G3DA 3A5FA 2P1FA 2QCLA 3A23A 4HT3A 5C54A 4QAIA 3W7NA 1Z44A 3PUEA 3Q2DA 2OCZA 5G1TA 3G1FA 4AXKA 1XUZA 5AB3A 5AOUA 1N55A 3JS3A 3GKFA 3O07A 2A2IA 3QPZA 3EX1A 1GPWA 5D37A 3QH2A 1KTCA 2ZA3A 3QEZA 4XKYB 3GXNA 2ZYFA 4NNCA 4JIQA 3PB2A 4DF2A 4L4LA 1J2WA 4LT9A 2VOMA 3W76A 1H7PA 3BARA 4ZL1A 4LV9A 5LNVA 1H63A 2VEPA 3ELFA 3HB9A 1M5WA 4K37A 2C16A 4POCA 2Z0IA 1OABA 3LHZA 2OJPA 3FFSA 1MXSA 2ZZ2A 1JCJA 1EPXA 3W74A 2NV1A 3I7QA 1TV8A 3S9YA 1PE1A 2YFOA 4ZZ9A 1B9BA 3IIVA 3G1YA 5HUPA 4JX5A 1DVJA 1YTDA 2E6DA 3S5ZA 1P1XA 1I2NA 2CZ5A 1MEIA 1U5JA 1L6SA 2QEZA 3UZ5A 3HPXA 5F2IA 4LVBA 1LORA 2QCFA 2W6RA 3DFOA 5AYXA 1H62A 2YSWA 4MKNA 1DHPA 1AW2A 2PRHA 2Y62A 5KZDA 2KZHA 3MI3A 4UMBA 3EWBX 4Z0SA 1O5XA 3WJZA 1VHCA 3P5ZA 1K3UA 4YCOA 3E49A 3LBMA 1OFBA 5BW6A 1QOQA 4FO4A 3B0PA 4Q4KA 3MHUA 3TAKA 4N2YA 3L5AA 1LP6A 3DU0A 3W7IA 1TTJA 5TIMA 2V2CA 2XN1A 4AHPA 3SI9A 1G7VA 2QCGA 4JTHA 4QM1A 5HINA 1FWSA 3L65A 4LW7A 4O19A 1OK6A 1Q3NA 4RZ6A 3QW4B 3UY7A 4OV9A 5CGQA 3UWUA 3IVTA 3TROA 4X22A 3TSMA 3WJYA 4O1DA 4M7SA 1VLWA 1MZHA 2FJKA 4U28A 4EOUA 2G97A 1KM3A 2CLHA 3F4NA 3C0JA 3V1PA 4MY1A 3W22A 3EXRA 4WX2A 2NXGA 1L6YA 3LCWA 4JTJA 1BEUA 4IX0A 2FPVA 3KVKA 5ABTA 3RNDA 3NDOA 3I7SA 3A24A 4NNBA 3W1UA 3QSTA 2B0MA 4HPJA 1H51A 1A5BA 3HPSA 2PE4A 3PVFA 4O53A 1GTEA 2QR6A 1NEYA 3LCIA 1ALDA 4UNKA 4WY0B 2GJNA 3ANYA 3GR7A 2E5CA 3THQA 4Z08A 4O16A 4NJJA 4M6QA 5G2WA 1R2RA 1FX6A 5AN7A 2Y63A 1MSSA 3IIXA 3Q58A 3KVMA 4CNPA 4CNOA 1UUMA 3NQDA 3L5LA 1UUOA 1YADA 1FXQA 3WK0A 2QCEA 1FCVA 1O95A 3G0UA 3W84A 3AJXA 2VKZG 3B04A 4Y6GA 2Y7EA 1DJQA 1SZNA 3P8JA 1ICQA 4UR8A 3WK1A 1HO1A 2ZDRA 5LNWA 3A22A 4MYAA 1NSJA 2FFCA 4AMAA 3DZ1A 2VEKA 1H61A 1MO0A 5BMWA 2QCMA 1W8SA 3W71A 3NOEA 1YXYA 2QUTA 4BWLA 5I3JA 2JBMA 2Y7FA 3NQ6A 1E51A 3O63A 3TSDA 1XUUA 3P7YA 1LTDA 1P0NA 2VFHA 5LNUA 3GX9A 3LRLA 2GOUA 3NZRA 1TJPA 1C8VA 3G0SA 1ZJIA 2F7FA 1YTEA 2VFFA 5DLCA 3S42A 1WOAA 3LHWA 3U2OA 3TFXA 2Z6IA 3CEUA 4NNAA 1FXPA 2WPBA 3C2OA 2BSLA 4AHQA 4HHPA 4JY8A 4JEQA 4PFMA 3BV4A 3UZJA 1C29A 3LBCA 3W9ZA 3MMTA 3GXTA 4Q33A 3IIZA 3IVSA 4GNJA 1U83A 1Q6RA 3G8EA 3W1QA 4OHQA 1BWLA 4BI7A 1HG3A 1QO2A 4NVTA 1W31A 4O8RA 4TX9A 4XKYA 5J5DA 2WO5A 2Y70A 4UFIA 3QF0A 2CLMA 1DL3A 4XWUA 1YPFA 1K03A 3SSJA 5CPLA 1LZOA 5CSSA 1W3NA 3QSRA 5D05A 1SO6A 1QPOA 4H6KA 4ZQPA 2A0NA 3W72A 2QUVA 2AGKA 3KOFA 1YPIA 3E9AA 3VE9A 4JX6A 2XN0A 3U8GA 2BX7A 1NVMA 5D2XA 5G1YA 3TQKA 3DENA 4LTSA 3G0XA 1PL9A 3PM6A 2H90A 4RXFA 3W1PA 1UB3A 5EKYA 3PAJA 1KTBA 2R94A 3QQ0A 1K8YA 3LB0A 5G2IA 4HNVA 5D33A 3UPBA 5DCDA 2GPTA 2JK2A 3NPWA 1PHWA 2GVLA 3NM3A 3LHVA 3MP3A 1FWTA 3CT7A 3TKFA 1FUYA 4H4IA 4WJEA 2PRLA 1P4CA 1J4EA 1ADOA 1R2SA 4LU0A 4O57A 4TMCA 4IGHA 3OEXA 5TBOA 1TCDA 1TPVA 3CM4A 3W7MA 2V30A 2VFEA 4XUGA 3PG8A 1NFBA 5AC6A 2W0UA 2QCDA 5EBUA 4MPQA 6ALDA 5LKYA 2V2HA 2CZEA 1TPDA 5K9CA 4ZQCA 1T0OA 3PWAA 4JYDA 1RQBA 2VEIA 4QNWA 1OF8A 4OE7A 4ZQRA 3GDRA 4AF0B 3M7WA 3GLCA 3GKAA 3O15A 3LI1A 5A5WA 3PS7A 1SW7A 3S1UA 5CG7A 3EWUA 1KBJA 1LRTA 1DQXA 5F4SA 1KLYA 4TU1A 3L67A 4UMAA 4OV4A 1DV7A 3EWXA 4ORMA 3QQ1A 1G7UA 1HO4A 1JCNA 2EAWA 2VXNA 1IIGA 4PTNA 4O28A 3LTPA 2UV8G 1VCVA 3P5YA 5G4EA 4HNNA 1QOPA 5IM51 2J6XA 3TA6A 2B7NA 1K02A 3C2VA 4K6AA 2JKEA 3C6CA 4ML9A 1KV5A 3T40A 2QKFA 3GAKA 4JTFA 5HR6A 3DFNA 4GRSA 3I7RA 3CLMA 4WY0A 2ZTKA 3KFTA 4MJZA 3HBLA 3TR2A 3LV5A 3W85A 1IXOA 3G18A 4CQAA 4NJHA 2VFGA 1ZNNA 5DELA 2FPYA 3T7VA 2Z2UA 4BFAA 1L6WA 3ATYA 1D9EA 5U7SA 3TXVA 1FWWA 3LLFA 1FY6A 3B05A 5FI8A 4UTJA 3MHGA 4X3ZA 2DZSA 2H3DA 2BWGA 2X16A 5AHIA 4EWND 1EA0A 1KFBA 3I68A 4MFDA 3ATZA 3C56A 3STFA 2E68A 1XBXA 2EPHA 5I3KA 1EWEA 4GJ1A 3RFAA 3DFSA 3BG3A 5AHMA 5FESA 3O05A 3QFEA 1G4TA 2I1OA 3O6CA 4YXGA 3NQ2A 4NT0A 2E77A 1LLZA 2X1TA 3PBUA 1TPB1 4MZYA 4B5NA 2TRSA 1XCFA 3TNOA 1SSDA 2A6NA 2DZVA 3SGZA 5FF2A 1H50A 3HIJA 3M44A 1H1ZA 3LCLA 5LSMA 1O4UA 3KRZA 4KWWA 1GT8A 3GAYA 1BWKA 1TPEA 4UTIA 4O1CA 3T78A 3NQVA 4IX2A 4KFPA 1NF7A 2DZWA 1YDOA 4FNRA 1N7KA 3W7LA 2YYTA 4RXGA 2YGYA 3Q37A 3H54A 4IMGA 4IMFA 1GQNA 1FDYA 1QPQA 3LHUA 3L0KA 3P61A 1IXPA 5EY5A 1JVNA 2YW3A 3CEPA 4JDBA 4GUHA 4A21A 3C2FA 4RR4A 3EWWA 3KXQA 2ZRZA 1A5SA 4I7VA 3TJXA 1QCWA 1TV5A 1F5ZA 3MWAA 3LERA 3NPXA 3P74A 3MBDA 1YXCA 3FYPA 5F4WA 5I3FA 1BTMA 2ZQ0A 4RLIA 3ZWSA 3NEVA 3W83A 1WBJA 3CHVA 4O4WA 1OFAA 4R7JA 3HF3A 2QDHA 4JS3A 1EP1A 5LGXA 6TIMA 3M5VA 4GBUA 4JN6A 1EX5A 4BF9A 4C1LA 4WUIA 4HNTA 3BO9A 3TAOA 3TE9A 3L21A 3VNDA 3R8RA 1VPXA 5KSWA 2CW6A 3L66A 3W70A 4IPIA 4UFKA 4JD4A 4MFEA 4UNLA 3SFKA 3FA5A 2CLEA 3LM7A 3M16A 4ALDA 1DKWA 3HOJA 1K7EA 1XDMA 3VE7A 1TQXA 1W0MA 3G1HA 3F1QA 4RJEA 2C15A 3BW3A 4Y90A 4YL2A 1JJKA 5AHNA 3W7RA 2FB3A 2FTPA 4WQ6A 4NJKA 5LGZA 2A5HA 2A7PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BI5A

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