4BI5 | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNDEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9441226305306061__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9441226305306061__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BI5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9441226305306061__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9441226305306061","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BI5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9441226305306061__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Giardia intestinalis
publication title	Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	84
structure length	254
sequence length	254
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bi5A00

1JJKA 4RZ6A 3GVGA 3NA8A 3G8EA 3G8RA 2V9DA 5H91A 3TFXA 3LHYA 1SW3A 5G1YA 4FO4A 3W85A 3NPWA 2IQTA 2A7PA 1B57A 5HUOA 2JK2A 2V2DA 1MSSA 1K3UA 4OV4A 3MMTA 2VC6A 3MP3A 1Q3NA 2H3DA 3C8FA 3W1PA 1OABA 1N55A 4NJKA 3WJYA 5HMSA 3TQKA 1Y0EA 2CLEA 2XFWA 4JDBA 5KMYA 4Y90A 4ZVJA 2V0TA 2BX7A 3STFA 4R33A 2C0AA 3BW2A 4JTSA 2QAPA 3LTPA 3LRLA 3SGUA 1JCLA 4H4IA 4NJHA 4IQLA 2ALDA 4A22A 1V5XA 4A29A 3TH6A 4HNUA 4IMGA 3HO8A 4EWND 1FDZA 3O06A 1GJPA 1SSGA 5CPOA 1GQNA 2YXGA 3W1MA 3IIZA 3W74A 4Z0JA 3IV3A 3LLDA 3MHGA 3WJXA 3PUOA 1PE1A 4M7TA 4YWIA 2QCMA 1SO4A 3L0KA 2BZNA 1A5BA 5G4EA 1HG3A 2EGZA 4O52A 1OFRA 4JYEA 4XBKA 5D37A 4CQ9A 4UR7A 1FCVA 2Z2UA 2YW3A 3EB2A 1R2RA 3OVQA 5H2ZA 3G1VA 1A53A 1IXQA 4LC8A 4UIOA 4OV9A 4CNNA 4UTUA 1VCFA 3GAYA 3OIXA 2HSAA 2ABBA 3W72A 3G1AA 1L6WA 3BK0A 1OX5A 5AC8A 4O28A 2QDGA 4JX6A 1ZCOA 3PSWA 3A24A 4CCCA 3I6RA 1Q6QA 3B0UX 1KFLA 2Y7GA 3SY5A 3TU9A 4UFKA 3LX9A 1TMHA 4QSHA 4I9AA 1QOQA 3G1YA 4MLJA 3ZR4A 2ABAA 3C4UA 2X2GA 2ZZ2A 4JTUA 3O15A 2AQWA 3KXQA 1JQVA 3DHDA 1W8SA 1GOXA 4KWVA 5HR7A 2E6DA 1SZEA 1G69A 4NJIA 1F7BA 5DY2A 3G22A 1KBJA 1Z42A 2P0OA 3EEGA 1DJNA 5F1UA 5G4WA 1I2OA 3TMQA 1DORA 2ZA3A 4Z0SA 4JYFA 4E38A 3CWOX 5K4ZA 1F05A 1F73A 1UJPA 3W2MA 3DFQA 4GUFA 3NQ2A 4GUIA 2X16A 3PSVA 1W56A 3P60A 2VEMA 1ZY9A 4ZQCA 4QQ3A 2YFOA 2X1TA 3B8DA 5CZ0A 1ME7A 4DO5A 2PRLA 3P67A 4JXCA 5BRBA 1ZAJA 1TTQA 4AF0A 2Y61A 4QNWA 4XKYA 5C6MA 1GVQA 3LXBA 4IGHA 2DP3A 5DCDA 3ATZA 2Y7EA 4O1AA 4GNJA 1H62A 3W7DA 1TTIA 2XN0A 5DELA 4PH6A 5HWNA 3IRDA 4WD0A 1VR6A 3N73A 1H1ZA 1QPNA 1H7XA 3T7VA 3TE9A 3YPIA 3NQDA 2YCEA 2EHHA 1YXYA 2WQPA 3G0SA 4CNPA 3W83A 4ZZ9A 2C1HA 1J5TA 3GDMA 1HL2A 3NDOA 3HBLA 3HGRA 1NAL1 1XDLA 1TJPA 3L65A 4YMZA 5I3JA 3WK1A 1KFJA 3EWYA 3NQVA 5G2WA 1TPWA 3E02A 4AWUA 4ZQOA 3HQ1A 3RLVA 3NL5A 4MVAA 4JS3A 3EX3A 4JGDA 3TJLA 1CX9A 1BWLA 3CEUA 3QFEA 2YYUA 3GR7A 1TREA 2VXNA 3W84A 2FTPA 3E9AA 5I3GA 3PR2A 1XBYA 1VGAA 3USBA 2QCCA 3MI6A 1SZNA 1GTHA 1B4KA 2J9ZA 4N9BA 3MBDA 4YCPA 2JGYA 5AHMA 4RXGA 3DFSA 2LLEA 1IIGA 3R5EA 5C55A 5DN1A 1N8FA 3QJAA 3INPA 5I3HA 4P61A 4LS0A 2ZQ0A 5AB3A 5J5DA 3GZ3A 3PF3A 1KA9F 2D73A 4EOUA 3EWZA 3QEZA 3GNNA 5CZTA 3O6DA 1FDYA 3AO0A 1UB3A 1YTKA 3M5XA 4O54A 5HR6A 4O15A 1S5VA 1IXPA 2ZTJA 3DBPA 3ZFHA 1FUYA 2QCFA 2HTMA 3W87A 5CSRA 1F6PA 4MUZA 5IM51 1K7XA 3OEXA 2E77A 5LGXA 4UMCA 2F84A 2Y7DA 4WUIA 1LBFA 2Z6IA 4I7WA 3SW6A 1IF2A 1S5WA 1TB3A 3EWBX 1YTEA 5F2GA 4UFIA 2ZFAA 2C18A 4NJJA 1VS1A 1I2RA 1AL8A 1K8ZA 1ZHAA 1T0OA 2B7PA 5KZMA 1H63A 5LZLA 1FWNA 1U83A 3HJZA 5D33A 2A7RA 3LV5A 2ZYFA 3B03A 4O17A 1LCOA 4K36A 1XFBA 5TBOA 5BMXA 4L4LA 1OFAA 8TIMA 1GT8A 4S2BA 3BVJA 1TPEA 1OHLA 3DFNA 4MZ8A 3LI1A 2FDSA 5GVJA 2CLHA 3CT7A 4UCGA 4FHAA 4LWWA 2C16A 5CZJA 1K8YA 2CLLA 4IPJA 2V2CA 1RVGA 4LW7A 5IBXA 1TQJA 4TIMA 2G95A 3RNDA 2V81A 2QJIA 3K30A 4ADSA 2R94A 3R12A 4N9CA 5FEXA 4BK9A 4JD4A 4HPJA 4G1KA 3S6DA 2DJXA 1YDNA 2I14A 2Z6JA 3G0UA 5K7JA 3GXTA 1GG0A 4WJEA 2CZFA 1W5MA 3NYZA 3QMTA 1M7OA 1ZAHA 1ZFJA 5K2ZA 1VH7A 3MP5A 1UBSA 3QRHA 1FX6A 3M6YA 4AHOA 3EX4A 4PTNA 4N2YA 2Z1BA 1JVNA 4JYDA 4NNBA 1BEUA 4BFAA 1X7FA 2GQ9A 2A2IA 3LOTA 3OG3A 2YR1A 4IUOA 3B4UA 3V1PA 3IIVA 4LVDA 3W2LA 3I7QA 4PL1A 3PG9A 4LUJA 1WX0A 5G5IA 1TO3A 2G5WA 3M5YA 3DGRA 3W1NA 1G7VA 1O94A 5CPLA 4UNKA 1TRIA 5FEZA 4X3ZA 2B7OA 5I3KA 3W76A 1PVNA 3TKFA 4EF8A 2NUWA 3MHFA 3PB2A 1SFJA 3NG3A 4OE7A 3T78A 1SO6A 2R8WA 2JKEA 3ZS4A 3N34A 1SZFA 3P84A 4LOCA 3PBWA 2CZDA 2V5BA 2XN2A 3NPVA 1LROA 4NXKA 2VELA 5K4XA 4O13A 1WV2A 3QPYA 4J9JA 3HPZA 2E6AA 3B04A 2C19A 3W7LA 3WJSA 2NWRA 4M6QA 4WZHA 4DF2A 3FA5A 1VLWA 1T8XA 3UWYA 2VFIA 5DXXA 1G67A 1TV5A 3NVTA 3W7NA 5AHEA 3VKJA 1JR1A 3MUXA 3W7HA 2NZLA 1TPDA 4O18A 3GLCA 3LBCA 2QAFA 3FJ6A 1VC4A 1LRTA 1NEYA 3LCXA 4HT3A 4IMCA 4LV4A 4TMCA 1XUZA 2ZZ4A 3S0CA 1HUVA 2C3ZA 3SSJA 4LUIA 1I2PA 2YZRA 3CLMA 5BW6A 1XL9A 3SECA 3TW7A 5F2LA 1PCWA 1SUXA 4N6EA 5D02A 3FKKA 4XBSA 5D09A 1O5KA 1MXSA 2YX0A 3QPZA 4CCDA 1SR9A 1NSJA 2NXGA 3QQ0A 1H61A 3O05A 4PA8A 4JY8A 2Y7FA 2VFFA 2J88A 3PB0A 2TSYA 3UQNA 1OFPA 3ABQA 1VLIA 4O8RA 3BGGA 4ADTA 1TJRA 2VFDA 3D0CA 4JTJA 1GVSA 2CZEA 3GK0A 5L6UA 1GTEA 3LI0A 3KVJA 3L67A 3DZ1A 4DO6A 3L0NA 3W6YA 3W7CA 2DORA 3A23A 2W0UA 2FJKA 3W7EA 1D9EA 1TPC1 2NXIA 2NLIA 4A21A 4UNLA 3UXAA 2BXVA 2DZVA 1OYBA 1Z41A 5HNRA 2WV8A 3P82A 3QW3A 2RDUA 3EWWA 5FI8A 2QUVA 2WKJA 4JTGA 4OBTA 1AW5A 2A0NA 3TIMA 3L66A 3IVSA 3Q94A 3PBUA 1S3HA 1GZGA 1DKWA 3E0IA 2J6XA 2VFGA 4C1LA 1YLVA 4WXYA 2TMDA 3W7GA 1VRDA 1Q45A 2NX9A 2DZTA 4GBUA 5F4SA 4I7UA 4LVFA 3UWUA 3S5NA 1FXQA 1ME8A 4MJMA 5FF0A 1RZMA 4YXGA 1JUEA 4MLRA 1ICSA 1D3HA 1JCNA 3P7YA 2PURA 1H1YA 1WOAA 4QNEA 1L6SA 3U6WA 1G4TA 1O95A 2Q3OA 4FXRA 4IPIA 4MJZA 3F1QA 5CPNA 1XXXA 4NX0A 3JRKA 3C2EA 3TUUA 1FWSA 5CKSA 4UTWC 2FB2A 2FPTA 4M6PA 2OMAA 2X1SA 3W71A 5SWUA 5EKYA 3I7SA 3PVFA 3VE9A 3LXAA 4O50A 3C0JA 1QR7A 1QAPA 1XBZA 3BG9A 1UUMA 4LRTA 1TQXA 3DI0A 3WJWA 4L4MA 1QMLA 4PC8A 1JUKA 1PL9A 4FXSA 1JRCA 2UV8G 1JULA 4FIQA 3LHVA 1EEPA 4HNTA 4UXDA 1W37A 4TU1A 3W1XA 4PCFA 4RZ5A 4XTIA 3KRUA 4NJGA 3TSDA 4WXZA 2B4GA 3KAOA 4Y96A 1YADA 3NQAA 3W07A 3GDKA 3LERA 4NNAA 1WAUA 3W1UA 2ISSA 1K7FA 4IXHA 2B7NA 4M6VA 3BW3A 4RXFA 1KM2A 4HSOA 3NQGA 4K7VA 1PHWA 4QAIA 2OT1A 1X8FA 3W2KA 3CU2A 4ALDA 4Y9AA 2A85A 3OVPA 3QQ1A 1MO0A 3SIZA 5FF4A 3W7PA 3KOFA 3OVRA 5U4NA 1RPXA 2ISVA 3SI9A 3MI2A 1SU5A 1BTMA 1LM1A 4RLIA 4DQWA 3IIXA 3CIXA 3M47A 3KRZA 1RQBA 3QZEA 3VI2A 2OX1A 4MPQA 1IXNA 4QISA 4CCEA 2E6FA 7TIMA 1K02A 4S2CA 4ZQRA 3LCFA 3U8GA 3RK8A 1OFOA 1J2WA 1FWWA 3UNDA 1KFBA 4CNOA 4ADUA 2RDWA 3ELFA 5AYYA 4JX5A 1ZENA 5DCEA 4FEZA 3O63A 3QYQA 3HMJG 1KV5A 1W5NA 1AG1O 5CSSA 4DPQA 5D03A 4TO8A 3NL6A 4AHPA 3L2IA 4ZQPA 2CU0A 2ZRXA 1GWJA 4X22A 4X2RA 2QCLA 2QKFA 3G1DA 3NO5A 1VYRA 1B9BA 4KFOA 3SR7A 2YSWA 2BTMA 3GXNA 3KVLA 3NAVA 3UWQA 1GVOA 1QO2A 2W79A 5HINA 3UWVA 3NL3A 2ZRUA 1DJQA 3NZ1A 5DBTA 1DHPA 1SW0A 3NPXA 4NT0A 4K37A 1TTJA 1UASA 4ORMA 1W3NA 3DKJA 3LLFA 3THQA 2VENA 3B0VC 3O07A 4WOZA 1YYAA 2Y70A 3Q58A 4UFLA 4HIBA 4JEQA 1H7WA 1QDSA 4AMAA 3DXIA 1YDVA 2VEIA 5T26A 1EP3A 3GX9A 3CTLA 5LNSA 1VPXA 1MEWA 3BO9A 2RH9A 3VFLA 1O5XA 1NF0A 3ABRA 1QO5A 2X1RA 3T44A 4LVAA 3C52A 3G1FA 1QPQA 1U5JA 2YGYA 3EX6A 3T55A 5F4XA 2CWNA 4NQ1A 4ZQMA 4MY9A 2H6RA 3TROA 4JDYA 3ZWSA 4N4PA 4JICA 3HGJA 3A9IA 3TAKA 3ABOA 3NNTA 4R7JA 1IXOA 3N19B 3EXRA 4UC5A 2R14A 1WA3A 1F76A 2FIQA 1VYPX 5D2YA 3LXCA 4NX5A 3F4WA 3HG5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3IJL A;  5GPR A;  4JZ5 A;  1XYL A;  1OSE A;  2R24 A;  4C7G A;  3LRM A;  3PBG A;  4P5U A;  4NAF A;  4UQ9 A;  3LEP A;  4MDP A;  4HYW A;  1XLI A;  3E2Q A;  2VVS A;  4MJ4 A;  4US5 A;  3ABS A;  5FCZ A;  2QEZ A;  3EDK A;  2O9T A;  5AHF A;  2OEM A;  5U7S A;  3WLM A;  4GCA A;  5E0C A;  1CTN A;  4UQE A;  1WKY A;  3LHT A;  3S1W A;  1WZK A;  5D8Z A;  2WVV A;  3M0H A;  2ATM A;  1QNP A;  2PAJ A;  1EDQ A;  4U5I A;  3W3O A;  1HGW A;  4IME A;  1Z89 A;  5CC5 A;  3IWP A;  1WQ5 A;  1ZJB A;  2GWN A;  2E9M A;  4GI8 A;  2PE4 A;  4HZ7 A;  1QW9 A;  3PTQ A;  4FX7 A;  4RX0 A;  1E9L A;  1IEW A;  2WJZ A;  3SN0 A;  2V5L A;  2VQU A;  4IH3 A;  4EPK A;  3UER A;  3PNZ A;  4GIS A;  3B40 A;  1ICQ A;  1VEP A;  3HA1 A;  3I65 A;  3HOJ A;  2WNN A;  1I75 A;  3ZOA A;  2WO5 A;  2NX3 A;  3W4R A;  4WJX A;  3UVA A;  1FHD A;  5A69 A;  3PBY A;  4PFM A;  3SUR A;  5A8G A;  4X0V A;  2WKL A;  4MF4 A;  3DH7 A;  4ZXL A;  2J9Y A;  3LRK A;  1H11 A;  2OCZ A;  3GTN A;  3STC A;  4ZFC A;  5AYI A;  2GUY A;  2ZRW A;  3ARW A;  4PE8 A;  2RKX A;  1CGY A;  1A47 A;  1X39 A;  2A3C A;  2JQX A;  3CMF A;  3BAI A;  1ZP4 A;  1BXB A;  1XG3 A;  3WBY A;  5TQL A;  2HPM A;  1VCG A;  2CLM A;  2GJL A;  3GTH A;  2Z1S A;  3KRS A;  2OLS A;  3TSM A;  4KWS A;  3M41 A;  1R9X A;  6REQ B;  1KGX A;  2J7E A;  5D4Y A;  1HP5 A;  4U33 A;  5A95 A;  5F1V A;  3BAR A;  1WDW A;  2P1F A;  1W9B M;  1WDQ A;  3BLE A;  3L5M A;  6A3H A;  4URI A;  3XIS A;  1WBH A;  3E12 A;  2AMX A;  1B9Z A;  3LPG A;  3CO8 A;  1IE7 C;  3E5P A;  4QEH A;  1MWO A;  4UTF A;  4IIG A;  1HGY A;  5FIP A;  2GSJ A;  1SW7 A;  3UG3 A;  1P0D A;  3HN3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BI5A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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