4BI5 | Genus

Total Genus 84

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	254
structure length	254
Chain Sequence	PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNDEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Giardia intestinalis
total genus	84
structure length	254
sequence length	254
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bi5A00

1VCFA 1LRNA 4JS3A 3HG2A 3PM6A 3NO5A 3R12A 3W23A 3UWVA 2ALDA 2GQAA 1PHQA 1B57A 1O5KA 3NEVA 5F2IA 4RK8A 4UMBA 3BK0A 4HHPA 3L2IA 4W9TA 5CGQA 5E1QA 2ZZ5A 3LHVA 4MY8A 4IMCA 4O11A 1VRDA 4BI5A 1TYGA 2FQIA 5AC7A 3SI9A 4JX6A 2NX3A 4O57A 5T26A 4BWLC 3LI0A 1LBLA 3N19B 4JTUA 4O4VA 1G4SA 3OG3A 4Y9AA 1GPWA 5AHMA 4N9CA 4JDBA 4OQVA 1TJRA 1OYBA 2EAWA 3NQAA 1TQJA 3SECA 2P1FA 3QZEA 3LLDA 1QPOA 1S5TA 1PVNA 4JX4A 5K7JA 1MO0A 5U7SA 5LNRA 4NX0A 4RKAA 4GJ1A 4X22A 3NQ7A 4YXGA 2VFHA 3FJLA 3FS2A 2UV8G 3W76A 3R2GA 5CSSA 4Z0SA 3CWOX 1LDCA 3HGJA 4DPPA 3NL3A 4FO4A 1Q6QA 2ZYFA 5HR7A 1QDSA 3GNDA 1Q3NA 1BKSA 4QNWA 4AWTA 3NPWA 3W7KA 2V2CA 2CLFA 2NWSA 4HPXA 3UZJA 3TCEA 3FA5A 1N55A 5LNVA 2R8WA 4G1KA 5L6UA 2FDSA 1LOLA 1K8XA 1I2RA 2V30A 3W75A 4JR5A 4WJEA 3BARA 3RK8A 3DFSA 3CHVA 2ZRZA 3GXNA 5I3KA 3HPZA 4O17A 3PUEA 4JYFA 4O13A 4WOQA 3ATYA 3C52A 1QAPA 3A5VA 4K7VA 3BW3A 2YW3A 4IX0A 1FCUA 4NXKA 3THAA 1SO3A 3GDMA 3WK3A 3TK7A 3P7YA 3NQCA 2RDUA 2QAPA 3C61A 3C0JA 4GUGA 5I3JA 1GT8A 1BWKA 4IMFA 2ZZ6A 1W5PA 3N2XA 1DJQA 5HUOA 2E6AA 3O05A 2R91A 2V5LA 4O52A 2Z6IA 1VCVA 2NUXA 4Y90A 5KTLA 5FESA 1P4CA 1EEPA 4LS0A 5DY2A 1OYCA 3SFKA 3BLIA 1RR2A 3ZWTA 4TMCA 5CZSA 3TU9A 2Y7DA 1ZHAA 2X1SA 4MZ8A 2IQTA 1GVSA 3WJYA 2VEPA 4HSNA 3SW6A 1M5WA 1W5NA 2VENA 5D2XA 3L9CA 3LCIA 3MHGA 4O15A 4MPQA 3I7RA 3N14A 2GUUA 1DOSA 4UR8A 2DZSA 3O6CA 1EB3A 4O16A 1WDWA 3ATZA 4AWUA 5F2MA 3MP4A 4UFJA 3LM7A 4ICNA 5AB3A 3S5OA 2Y7GA 1YTDA 2YSWA 2Y89A 4LU0A 2B7PA 1PS9A 3NPVA 4NX5A 1RV8A 2QAFA 1LLZA 4GC4A 4CCEA 3O06A 4CCCA 4E2DA 1LCOA 1BWLA 1DQXA 3TA6A 1OFBA 1KV5A 1M6JA 4IPJA 4N6FA 3G1HA 1VYSX 1F76A 5BOOA 3HGOA 7TIMA 2DZVA 2W6RA 3CIWA 4U4MA 2A6LA 1KFLA 2ISSA 1TPB1 3G1DA 3QRHA 3GVGA 5EPDA 3GR8A 4RJEA 3S5NA 4IMDA 4JDYA 3L0KA 4XBSA 3GK0A 4AH7A 4K37A 2DZUA 5BNKA 1PCKA 1QO5A 3HBLA 1UCWA 4JIQA 4JIPA 4YCOA 3N2MA 2J6XA 3O8AA 2CLKA 3B06A 4RZ5A 3MYOA 4HPJA 4NQ1A 5LNSA 1YXCA 3PVFA 2RFGA 4AB4A 4ONVA 5EMUA 1Z48A 3HGRA 4QQ3A 3KVKA 2PCQA 2FPTA 1U5JA 3BVJA 3D0CA 4IUOA 3I65A 4ML9A 1TPDA 3STFA 5AC6A 5IM51 2PE4A 5LNWA 3KVLA 5CPMA 1G7VA 4JTEA 5G1YA 5F4XA 4HNUA 3LB0A 2Z2UA 1Z44A 1PCWA 2E5DA 1QCWA 3HJZA 3JR2A 3P60A 3G8RA 1OFQA 3RFAA 1GTEA 3W7HA 1N7KA 4BWLA 1OG0A 2YFNA 5DBUA 5FEZA 5HQEA 3QQ1A 4FNSA 3GDTA 2ZRVA 3BPWA 3PSWA 2VOMA 3G1FA 4MFEA 3H55A 4FXSA 3BLEA 4O0ZA 5C2XA 2H3BA 4JYEA 3HPXA 1Q6OA 3NL2A 3GDLA 2J88A 4O28A 1ZNNA 3NYZA 1LROA 5KZMA 3W1UA 1P0NA 3NZRA 1QWGA 4Y6GA 3DXIA 4K39A 1WOBA 2AQWA 3K30A 4WD0A 3ZR4A 1SZNA 1E51A 2DZPA 4N02A 3KVJA 4O19A 1IXPA 3G0UA 3W7QA 4NU7A 1EP1A 5HWJA 5A5WA 2QKFA 3UXDA 3TFCA 2HS8A 1G4TA 1OF6A 3AJXA 3GYEA 3R13A 1K7EA 4JTSA 3N73A 4PTNA 3M5VA 3LCWA 5KZDA 5FF4A 3V1PA 3BW2A 1XUUA 1KM1A 3YPIA 2P0OA 2Y70A 3W7IA 5CPNA 4GNJA 5DCBA 3PBYA 3L0NA 3GKFA 1XKYA 4AHQA 1ML1A 3C6CA 2PRHA 1EPXA 5DLCA 3USBA 4GUFA 4O1DA 3I68A 5AYXA 4JXCA 3Q94A 5EKYA 3FKRA 4LW7A 1VPXA 4FNPA 2YYTA 3S1XA 2CLIA 4LNYA 2A7RA 3A22A 4JTJA 5HMSA 3O16A 5AC8A 4D2JA 1S5WA 1JCMP 3CPRA 4FF7A 3LXBA 1L6SA 3A5FA 1PIIA 4RLIA 5EYWA 1OFEA 3W1RA 4MUZA 2BXVA 2NX9A 1VQTA 3W6YA 3W9ZA 1J5TA 3G1XA 4L4MA 4JTKA 3G22A 3TQKA 1AG1O 1PV8A 3KFTA 3LCHA 4OBTA 1B9BA 3TKFA 2Q8LA 3W72A 2ZTKA 4ZQRA 4YLWA 1IF2A 1YADA 5EA9A 1A5SA 3NPXA 4H6KA 1T96A 2YGYA 5DXXA 1JULA 1SZGA 3TAKA 1GVRA 2GQ8A 1RVGA 3GDKA 5D04C 3TMQA 3RU6A 1G4EA 3EX4A 3FEMA 2X2GA 3IRDA 3OBKA 5GVJA 2RHGA 3BG3A 2CZFA 1W3NA 3R5EA 5D30A 1TB3A 4Z0JA 3STCA 2R94A 2ZCGA 4MOZA 2ZA2A 3DU0A 4X3ZA 2WSRA 1MEHA 5F2GA 4FIRA 5D09A 3TNOA 4HKPA 2GVGA 3CB8A 1EWEA 1P5BA 2QEZA 5D32A 3TE9A 5FF3A 1SO4A 2ZQ0A 1Q6LA 4FHAA 1D9EA 1THFD 3C2EA 4N9EA 4Q32A 3EWXA 4O54A 3UWZA 1JRCA 2ZBTA 4IOTA 5FF0A 2WPBA 3M47A 5BMXA 3HPSA 4RXGA 1H50A 1HUVA 3B0VC 3VKJA 4EWND 4RZ6A 1KFJA 1VLWA 4O1CA 1ZENA 3PBVA 4JEQA 1XBXA 3W1TA 2QCCA 3MW7A 1G4PA 1S3HA 3P5YA 3G1VA 4E2BA 1VCGA 3GAYA 2XN1A 4GXMA 4TMBA 3CTLA 3PG8A 3L65A 4ALDA 1L2UA 2Z6JA 1UB3A 4UFKA 4DF0A 2OCZA 4JTTA 2FPYA 4K38A 2Q3RA 2E77A 1FCQA 2F7FA 3GX9A 5FF7A 3NPUA 2XN2A 2WSYA 4FNRA 2QCLA 1NFBA 4ZMGA 1FXQA 5D2VA 3IV3A 2CLHA 3OIXA 3CU2A 3WJWA 1TCDA 2GQ9A 4IGHA 3DAQA 1LYXA 4AAJA 4JICA 4ZQNA 1TRIA 4LVGA 5D2WA 3INPA 4AVFA 5HNRA 4UMAA 4HT3A 3OHIA 2YFOA 3LRLA 1SO6A 3NQEA 4UC5A 2EHHA 2YZRA 3WK0A 3HG3A 3LTPA 3NZ1A 1F05A 3C56A 3NQ2A 1OFDA 3M6YA 4M6QA 5K3VA 3S8HA 1LRTA 3H54A 3HG5A 4JTFA 5FI8A 3S0CA 1GZGA 4MYAA 5K9CA 3B05A 3FLUA 5FF2A 1KM4A 3FYPA 4N6EA 4UIOA 4Z1CA 5K9DA 4O50A 2B7NA 3HMJG 1FDZA 2ABAA 4PCFA 1W5MA 2QR6A 3LRMA 4WQ6A 2J9YA 3E12A 3FFSA 1KM5A 2Y62A 2FIQA 3NQ8A 1TPUA 2LLEA 1V5XA 1O60A 3LHYA 2AAMA 1OK6A 2QCEA 4KFPA 3TSDA 2TPSA 3FOKA 5DCDA 2PRMA 4NJJA 2V8ZA 4NNBA 3A24A 4DBDA 3B4UA 4DQWA 4KWVA 4YWIA 1TPH1 4TR9A 3PBUA 1F5ZA 2ZDRA 1YPIA 3Q2DA 3F4NA 1YTKA 1W1ZA 2Y88A 2V9DA 3W2LA 1JR1A 5AN7A 4HSOA 4ZQOA 3TXZA 4A3UA 3WJSA 2A21A 3GXPA 3L0GA 3SR7A 1KFCA 2DP3A 1JUEA 2C18A 3ABRA 3UY7A 1H7RA 4K8HA 5F1UA 1TPWA 4RCXA 4PEKA 4Z08A 2VC6A 2C14A 3W7GA 2CLEA 2V2DA 3ANYA 1ME9A 1GVOA 4UTHA 1A5BA 4AF0B 4C1LA 3N34A 3MP3A 1FXPA 3M5XA 2DU2A 5IBXC 1O4UA 2J9XA 1QPNA 3QW3A 1KM3A 2VELA 4DO4A 1DL3A 3OVRA 1OK4A 4XTDA 1XDLA 3F03K 2E09A 4X9SA 1UASA 3NDOA 2VEMA 1G67A 3JS3A 1EUAA 4NZJA 3W7LA 1I2PA 1WBHA 3NR0A 1GG1A 2ZZ7A 1KV8A 1ZFJA 3TFXA 1YPFA 4AF0A 1Q45A 4EIVA 4S1FA 3M0ZA 1OFPA 1NVMA 3QMSA 4Q4KA 3G18A 1SZEA 3S5ZA 2F84A 1TTQA 3W7OA 3W86A 4O8RA 5L9FA 3EXRA 4M7SA 1GYLA 1EIXA 1H5YA 3TJXA 5HWNA 1S5VA 3BGJA 3EX2A 3H53A 5D38A 4CQ8A 1TPC1 3PB0A 4UFMA 4RXFA 1CX9A 4LWWA 1H62A 1QFEA 3P5ZA 4JGDA 3W1LA 4ZQPA 2I9EA 3DKJA 4JYDA 4DO6A 4R33A 4EVZA 5HWMA 3CLMA 2QCGA 4LRTA 1FY6A 3P61A 3NQMA 2ATSA 1AW5A 1O94A 1XBZA 4OWGA 1K8YA 3KAOA 4J9JA 3W7MA 3KRUA 1VGAA 1F6PA 1LTDA 1OX6A 4WY0B 4EOUA 3EWWA 3W87A 2Q8ZA 3M44A 1UUMA 3IGSA 5CKSA 3W7RA 1UBSA 3SSJA 5C6MA 1V7YA 4BF9A 1FX6A 3G8EA 1WV2A 2H8XA 5KMYA 2VFIA 1QOPA 2CFFA 1ICQA 4HIBA 3W1PA 3NVTA 4IJBA 3EWBX 1DVJA 5G5IA 4WY0A 1ICPA 4Z1DA 1KTCA 4LS2A 1FDYA 3KOFA 4H4IA 3WK1A 5G1TA 4I9AA 1YTEA 1SU5A 2EPHA 4O14A 1G6CA 4LVAA 3QH2A 1ME7A 3CT7A 4A22A 3B0PA 1NEYA 4EF9A 1KFBA 5AHLA 3CM4A 3E49A 2WQPA 5I3IA 4OE7A 1FWSA 4FXRA 4LV4A 3PULA 3CIXA 4UFHA 1QPQA 1R30A 4ORIA 2R14A 1W8SA 1WQ5A 1XCFA 4O1AA 3MUXA 2NUYA 4XKYB 3G1YA 4JTIA 3FYOA 5EY5A 5KITA 4K8EA 2WSQA 3G24A 2QCFA 4I7VA 1JRBA 3EKZA 4CNPA 1XC4A 4ZZ9A 2VFDA 3IGUA 3IVTA 4N9DA 1HFBA 2X1RA 4IMEA 2RKXA 1WA3A 3LTSA 5HULA 1R46A 1RQBA 1AL7A 4LC6A 4C1KA 3PY2A 1SO5A 3F4WA 4CNNA 1EP3A 2O7QA 3BG5A 1MEIA 2E5BA 4MZYA 1SPQA 4GWEA 4XKYA 2Z0IA 5KSWA 2A6NA 4FEZA 3O1NA 1SSGA 3TIMA 4H3DA 2HMCA 2C1HA 1KA9F 4MVAA 3G0XA 2EF9A 2TYSA 6TIMA 1I8JA 4MKNA 4UXDA 2GJLA 3P67A 4ADTA 1VR6A 1B3OA 4S2BA 3W7NA 2VXNA 4WOZA 2EKCA 2PURA 5K4XA 1WX0A 2NXGA 2WOQA 4BI7A 4DXVA 3GIYA 2B4GA 2Y85A 3MP5A 3CWNA 4IPIA 3NAVA 3VI2A 3NXFA 3QPYA 1IXQA 1MEWA 4AEOA 4POCA 2HS6A 4ZVJA 5IBXA 4DO5A 4NJHA 2GOUA 2QDHA 1TQXA 2J9ZA 3TH6A 3DBPA 4A2SA 3NQDA 2XN0A 5DN1A 2V2HA 4XQ6A 3UNDA 1P1XA 4A29A 5D05A 2WNZA 4LV9A 3LRKA 3TMLA 1LZOA 3QMRA 4GFSA 3TQVA 2A7PA 3RMJA 4XWUA 4NJKA 2FLIA 3DHFA 4TU1A 3ZS4A 4RX0A 4JTLA 2J27A 5DELA 3DH7A 1LBFA 1PHWA 3UWQA 3A23A 1QPRA 4EF8A 3L68A 5I3FA 3MI3A 3MYPA 4WUIA 3B04A 1CW2A 3WJXA 1WBJA 2ZA1A 4UTTC 3O07A 3LBCA 1K3UA 5TQLA 1YDOA 4DPQA 1ME8A 2ABBA 2QUVA 2V82A 3PBWA 4A2RA 3OA3A 3W1AA 3UZ5A 3CQ0A 1VHNA 3W88A 4K7YA 3BGGA 2ZZ1A 4NJIA 4WX2A 3HIJA 4M7TA 2H3DA 2NWRA 4KWWA 5BW6A 2ZRWA 4CQAA 1H7NA 4FIQA 3A21A 1OJXA 1WOAA 3PUOA 3TJLA 2ZZ3A 3W22A 2C15A 4LVDA 4R53A 3VNDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4BI5A

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