4BI6A

Crystal structure of a triple mutant (a198v, c202a and c222n) of triosephosphate isomerase from giardia lamblia. complexed with 2- phosphoglycolic acid
Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFVEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNNEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS8 (233-236)S1 (7-11)TI1 (34-37)3H3 (238-241)TIV1 (12-15)S3 (61-64)AH4 (97-103)AH1 (18-30)AH12 (243-255)AH2 (48-54)TIV2 (57-60)S4 (91-94)TII1 (75-78)O1 (73-75)AH6 (132-137)AH8 (159-163)S5 (123-128)AH7 (139-155)S6 (165-169)TII'1 (155-158)3H2 (172-174)TII2 (174-177)O2 (178-180)TIV4 (214-217)S7 (210-214)AH11 (221-227)TI3 (228-231)TI2 (218-221)S2 (38-42)3H1 (45-47)AH3 (81-87)AH5 (107-120)AH9 (183-201)AH10 (203-207)TIV3 (93-96)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Giardia intestinalis
publication title Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 93
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2013-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bi6A00
1M5WA 3PBUA 4AMAA 4GWEA 4I7WA 1QNVA 1OYBA 1QPQA 3OVQA 1EUAA 1OG0A 2J27A 3WK1A 2W0UA 3C2RA 3NL5A 4QIUA 3W1XA 1KW1A 2RDUA 2P0OA 3W7KA 1E51A 3YPIA 2E68A 3LRMA 4RK8A 1WYIA 3NPVA 3C6CA 5G2WA 3NL2A 2GVLA 3MJYA 3DXIA 2R94A 4R33A 3W22A 5D32A 5AHMA 4GC4A 4J9JA 3RMJA 4YL2A 4H4IA 5TBOA 1EWDA 1I2RA 2VOMA 3TXZA 4FNQA 4AB4A 4FIQA 3C3NA 4AWUA 1AW2A 2XN2A 4BWLA 4MPQA 4OT7A 3U2OA 4ALDA 4HT3A 2EKCA 2CLHA 3GDKA 1QDSA 3IGUA 3T44A 2ZA3A 3UNDA 3NZRA 1XBYA 1T8XA 4LV4A 4MZ1A 1OJXA 3BO9A 1S5VA 3MI2A 3PBWA 6TIMA 3RFAA 3W7RA 5BW6A 1DHPA 4R53A 4K6AA 2X1RA 3O07A 3DH7A 2I14A 5HWMA 5DCEA 3SR7A 4BK9A 3TW6A 1LP6A 4ZVJA 4NX0A 3ABQA 1H50A 2ZA2A 4XUGA 3R2GA 4S2CA 5EPDA 5C54A 3P61A 1AL7A 4MUZA 3C52A 4WXYA 3HGJA 4Z08A 3S5NA 3FKRA 4LS1A 1KA9F 1J5TA 1R46A 2QKFA 3HPSA 1ZFJA 2YR1A 5EBUA 1VCGA 3GXNA 4WJEA 1TPFA 5F4SA 5HUOA 3S1UA 2NXHA 1OYCA 1OFBA 2DZPA 4GUHA 3G18A 3LB0A 5KITA 1IGSA 3HPXA 1DVJA 3I68A 3NQ2A 3FYPA 1IXPA 4JGDA 1KV5A 3GAKA 1F6PA 4Y96A 4MYAA 5D2YA 3H55A 3E9AA 1VYRA 4O52A 4Z1DA 1AG1O 5E1QA 3M5XA 4JTFA 1QPOA 3CLMA 3NQ8A 4Z0SA 3L5LA 2H3BA 4KFPA 4JS3A 4A21A 4NNAA 1ZY9A 2QAPA 1Z48A 1P0NA 3QRHA 3DI1A 2X16A 4O19A 5K7JA 5FI8A 2QJHA 3T4CA 4Y9AA 3USBA 3IIPA 3W83A 1XFBA 4UMCA 2NUXA 1Q3NA 4OBTA 4TIMA 5DY3A 2RKXA 3M6YA 1BEUA 2GOUA 3TJXA 4HPJA 1F74A 4OQVA 1BWLA 1VR6A 1VGAA 4CLMA 2PRLA 2C13A 1ZJIA 2CWNA 3BARA 3WK2A 1H61A 2NUYA 3N19B 4JYEA 5HWNA 2NX3A 4JYFA 3O15A 4O18A 2BX7A 4ZQMA 1XC4A 2DJXA 1R2SA 4M19A 1EX5A 4PL2A 2TYSA 4HPXA 1EP3A 1C9DA 1I8JA 3PSWA 3MWAA 1WOBA 4RX0A 5FF0A 3MP5A 1GYLA 1W5MA 1XI3A 4MY8A 3CIWA 1NF0A 2WKJA 3MHUA 4FNPA 3LCHA 3CT7A 4WOZA 2V5LA 3NNTA 1MZHA 4UTHA 3GR8A 2C14A 4KKXA 1LOLA 1BWKA 3W1AA 5AC6A 3TU9A 2ZRXA 4UTTA 1I2QA 3GXPA 3L65A 5J5RA 1H60A 2VENA 1VRDA 4NJJA 2X2GA 2G96A 1WBJA 2QCGA 1GG1A 3QQ1A 1K3UA 1M7OA 3TX9A 3LRLA 2FIQA 3G8EA 3FKKA 3NQDA 3S0CA 2E6YA 1FWNA 4K36A 2B4GA 3UWVA 3IIXA 4IMGA 5GVJA 3S42A 3QPZA 3I7QA 1CW2A 1X7FA 3TNOA 4JX5A 3LTYA 4LVAA 5FF2A 4A3UA 2F84A 2G5WA 1WQ5A 1O60A 3GKAA 1AL8A 3UWZA 2JGQA 3Q58A 1ICSA 3M5VA 4AAJA 1MEIA 1FY6A 3NQ6A 3PF3A 4LUJA 2ZZ4A 3W7PA 3PBYA 2EF9A 3I7RA 5A5WA 4JD4A 5LKYA 3FFSA 1GTEA 4UTKA 4OV4A 1G6CA 3L5AA 2ZZ1A 3CPRA 1JCJA 3P7YA 2ZZ3A 4JTLA 3EX2A 2DZUA 5F1VA 2VFHA 2E77A 3L66A 1K7EA 1LCOA 3Q2DA 3PUEA 1XDLA 3CB8A 1KM0A 3C61A 3FLUA 4RCXA 5D04C 5L6UA 3TC6A 2OT1A 3ZWTA 1ML1A 3QMRA 1VYPX 3W3OA 1TCDA 1BKSA 3ZR4A 4YMZA 1W5QA 2EPHA 3KVJA 2P10A 4PA8A 3LBCA 3A21A 2VFDA 3VKJA 4NNCA 4RLIA 1OVDA 4RZ5A 1W0MA 3KVMA 1TQXA 3CWOX 1NVMA 4JTEA 1O4UA 1JQVA 4LVBA 3NQGA 3VI2A 3B0VC 3CWNA 5D05A 3QZEA 4OGZA 3G1SA 3P81A 3MYOA 4GJ1A 4JX4A 4UR7A 6ALDA 1TPH1 2IQTA 1SO6A 3GR7A 3PUOA 2CLMA 4NZFA 4CNNA 1P5BA 1LM1A 4LY8A 2CLIA 1SO4A 1FCUA 1LBLA 2O7QA 1G69A 4NJHA 3TCEA 3G1HA 4I7UA 1KTBA 2RH9A 2AQWA 1X1ZA 2QDGA 2VEKA 2ZRUA 1Z41A 3ZS4A 5IM51 2CFFA 5AC7A 5EKYA 2UV8G 3NA8A 2F7FA 1H7NA 2WSQA 3LM7A 4WUIA 3TMQA 1LBFA 2H90A 5BMXA 1O5KA 4U28A 3W7HA 4BI5A 3KFTA 3P82A 2J9ZA 3GNNA 5FEXA 2DZXA 4TMCA 1N8FA 2QEZA 2TSYA 3NQEA 4LTSA 2ABAA 2WOQA 4O8RA 3STCA 1A50A 2V8ZA 2CLOA 5HR7A 4DF1A 2A5HA 4YWIA 2W6RA 4M6VA 1SZGA 3GDMA 2GPTA 1GPWA 1TPVA 4R34A 4CCEA 2PURA 5CPLA 2QF7A 1FWWA 3L0NA 2TMDA 1GVQA 4NQ1A 4XBKA 1ALDA 2ZZ5A 4GUIA 2PRMA 2JKAA 1B4KA 3O8AA 5MHBA 1TPDA 4QISA 2GQAA 4LT9A 2YXGA 3NQCA 4A2SA 3P80A 3HG2A 3IEBA 2YX0A 1GOXA 1XL9A 2X1TA 1B3OA 1DOSA 3F03K 4S2BA 5K2ZA 3IRDA 3LHUA 5J5DA 5LSMA 5HQEA 2Q8ZA 4YLWA 5C6MA 1A5AA 3PG9A 4AEOA 3EX4A 4NJIA 1TTQA 2H8XA 1W31A 2CZ5A 3TK7A 4ADUA 5LZLA 3FOKA 1KLYA 5L9FA 1YPIA 5I3GA 4Q4KA 4ZQRA 3LHYA 2HTMA 1I45A 3M44A 1H7XA 1TPB1 1TIMA 3GKFA 4QNWA 5EY5A 3DHFA 3O05A 3FJLA 2V82A 3UPWA 3NQMA 4WOQA 1VYSX 5F4WA 3MHFA 5CKSA 4A2RA 4JEQA 3LDVA 4Y90A 3HQ1A 3RLUA 1LORA 2Y61A 5G2IA 1A53A 2VFIA 3OA3A 3DFNA 4UIOA 5AC8A 3S6DA 5FESA 5I3FA 4FXRA 4HHPA 4Z1BA 3S1VA 3GLCA 3KVKA 2NXGA 5DELA 2J24A 3T7VA 3A9IA 1Z44A 3LXAA 3P8IA 1W56A 3IIVA 3VFLA 3QH2A 1UBSA 4CQ9A 1QPNA 3BGJA 1YDOA 2CZEA 3DFPA 4UXDA 3T78A 1NAL1 3LX9A 3C8FA 2ISVA 1OFRA 3DAQA 1QCWA 4MJZA 1SR9A 3TKFA 4K38A 3QYQA 2FFCA 1KBJA 3WK0A 1OFOA 4IXXA 4MLJA 3HOJA 3EWUA 3TV8A 1TTJA 3BG5A 3G1DA 4O1DA 2Z1BA 4QQ3A 5IBXC 3HMJG 2HSAA 3DKJA 3LV5A 3SSJA 3PAJA 2Z2UA 2RDWA 1QPRA 2A7RA 3LCWA 1LBMA 1ZENA 1AK5A 2E6FA 3W7LA 1HG3A 4DPPA 3NQVA 2PC4A 4RXGA 4N4QA 5F4XA 4DPQA 2WJZA 4UFIA 2YYTA 3G1AA 1OFQA 3W7NA 1LRNA 1FUYA 3O06A 1YXYA 3W1QA 4UNKA 2A4AA 1WXJA 1F2JA 4UFJA 1AMKA 1FX6A 1YPFA 4NU7A 1ME7A 1CX9A 2J6XA 3CEPA 4W9TA 4O1AA 4RKAA 3ABOA 1A5SA 2CW6A 4LC8A 4O11A 1JCXA 4HNTA 3LOTA 5FF7A 5A8GA 1R2RA 2B0MA 2TRSA 4IMEA 3M7WA 3NYZA 2PRHA 5E93A 3UXDA 1EUNA 1L9WA 4LW7A 3MYPA 3GXTA 2C1HA 5FEPA 3L67A 5K3VA 1DQWA 4GFSA 3S5OA 3G22A 5AN7A 2Y89A 3QMTA 1QO5A 3PSVA 3M5ZA 4UTWA 3TSBA 2DZVA 4RZ6A 4FIRA 3LI1A 1W5PA 2J88A 2OZ0A 3WK3A 3W7DA 4AF0A 4ZQCA 2FB3A 5CPMA 4AWTA 4BR1A 2A7PA 4WD0A 4LS0A 5G2HA 3TQ0A 5TQLA 2AGKA 1VH7A 3GB6A 4JTSA 1ZHAA 5LNRA 2Z6IA 4Z1AA 5F2LA 1WA3A 4FB7A 3O63A 5AHLA 1XKYA 1ZAIA 5HJLA 3THQA 4E38A 3W1UA 3AO0A 3NDOA 3EKLA 1TPWA 2G95A 1T99A 2A2IA 1G4SA 3BW3A 4FXSA 1YYAA 3G3DA 3VCRA 4LVGA 2QCNA 3ANYA 4YCPA 3JR2A 1L6YA 3DKLA 3NPUA 1MEHA 2QCMA 4DO5A 1UB3A 2ZRYA 1SU5A 3QQ0A 3N9SA 4NZJA 3QW3A 1XUUA 3OEXA 5EA9A 1QWGA 3HB9A 1M6JA 2EGZA 3QSRA 5K9XA 3A22A 4WZHA 3BG3A 4GUFA 2CLLA 3UWQA 3NL6A 3P74A 1YADA 4IMDA 2QUTA 2XN0A 1S5TA 4EVZA 1F6KA 1TPC1 4NJKA 4O54A 3NPWA 5LNSA 3NAVA 3SW6A 3EXRA 3PS7A 5DLCA 4O4WA 3NEVA 4WX2A 1VLWA 5DBUA 3MW7A 1F73A 1W5OA 4QM1A 4AF0B 1TPEA 1WOAA 1MXSA 3JS3A 1TO3A 3NQ7A 1KM3A 4XKYA 3EWXA 4E0CA 2CZDA 4OHQA 1WX0A 3I7SA 3E02A 3CHVA 3W1RA 5I3IA 3HGSA 5CG7A 4LVFA 5BRBA 1RD5A 1OFDA 1JRBA 3SGZA 3DI0A 3PM6A 3TROA 2BXVA 4P2VA 3NM3A 2WV8A 1GJPA 3UPBA 3CEUA 4X9SA 1QO2A 2QUUA 4LV9A 3ZWSA 4FNSA 4IXHA 4CQ8A 2J9YA 2RDTA 1HO1A 4N4PA 3E96A 1KBIA 1FWSA 3HGRA 3G1FA 4NX5A 1JCYA 2FJKA 3B8DA 3O16A 4EF9A 2O7SA 4POCA 2V30A 4X2RA 1A5BA 2FTPA 2Y7DA 2DZWA 3MI3A 3IV3A 2ZZ7A 3TH6A 5AYZA 3KX6A 4UFMA 3INPA 2YCEA 5D09A 4IQLA 2Y7EA 3B0PA 5FF3A 3WJYA 3A23A 4JY8A 3PULA 4O12A 4O17A 3W7EA 2V9DA 1ZAHA 5HUPA 2Z0IA 3W76A 4ONVA 4JTKA 3CM4A 2CLKA 2V2CA 4H3DA 2Z6JA 1QR7A 1AW1A 1OK4A 1TQJA 3FJ6A 5AB3A 4MOZA 5LHFA 5AYXA 5G1TA 3LCFA 1DQXA 1HTIA 2BLEA 3G0XA 2R91A 2YFOA 4HNVA 4A22A 5D2VA 1YTDA 4O15A 2Y7FA 3FS2A 2NV1A 3G8RA 1IXOA 1TRIA 3W70A 4JXCA 4K39A 4B5NA 5I3KA 4EIVA 5KZMA 3W2NA 3T40A 1D9EA 5D03A 4ADSA 3KOFA 3OG3A 4L4MA 2YGYA 3LXCA 3L9CA 3QF0A 4XKYB 1A5CA 3NR0A 4D2JA 5HMSA 2JBMA 3LHWA 3CQ0A 1OABA 3F4NA 3NG3A 3W73A 3BPWA 5AHEA 4GRSA 4O14A 2ZTKA 4EOUA 2KZHA 1OYAA 3I65A 2FPYA 2G97A 3S1XA 1W3NA 3E49A 5CZ0A 3EB2A 1LRTA 3KAOA 3QW4B 5FEZA 3TQKA 3L21A 4MFDA 5D37A 3B0UX 1ZAJA 3D0CA 1KFJA 3SECA 3EWWA 4UFKA 1O95A 4JX6A 3R8RA 1ME8A 1W37A 1G7UA 3W87A 5CZJA 3N14A 4FEZA 3OVPA 4P61A 2NX1A 4LWWA 3GNDA 5CZSA 1ADOA 3GDTA 1FXQA 3I6RA 5CSSA 4MYXA 3M0ZA 4NNBA 3NO5A 1XCFA 4E2BA 3P5ZA 3VNDA 4S1FA 5AHIA 5CGQA 2VELA 3HBLA 3B05A 3LCLA 4BWLC 1KFBA 3NQAA 1OFEA 4CNOA 2OX1A 2ZBTA 3W74A 2YW4A 3WJSA 3QM3A 3TSDA 3UZ5A 1FWTA 1QFEA 4YXGA 5C55A 4LNYA 1OK6A 3UQNA 1UJPA 2X1SA 5LHEA 4FNRA 3L0GA 2PE4A 2BSLA 1VCFA 1W3IA 3S1WA 1VQTA 3E12A 1H63A 4JTGA 2HMCA 3C4UA 3N34A 4XZ9A 1O5XA 3EWYA 4U4MA 3QFEA 3O6DA 4UR8A 5KTLA 1DKWA 3BG9A 4RR4A 2YSWA 1OF6A 2PCQA 1LZOA 3UXAA 1RPXA 4RXFA 4CCDA 4LC6A 4O57A 2B7PA 5K9DA 3GZ3A 1SW7A 3KVLA 4O10A 3W7OA 3NOEA 1UUMA 3W1NA 4JNMA 1LOSA 3P67A 4M7SA 1W54A 2P1FA 2YW3A 3O6YX 1L6WA 5CPNA 1H51A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PBU A;  4AMA A;  1V8E A;  3WQG A;  4U5K A;  3RCN A;  1EUA A;  3SRD A;  1OG0 A;  3NL5 A;  3U4F A;  4YS1 A;  2J7E A;  2RDU A;  2FHC A;  1ITQ A;  3LRM A;  4RK8 A;  3WDQ A;  3T0T A;  1EEX A;  4YWS A;  4D6J A;  1AJ0 A;  3AAL A;  5E70 A;  1IZJ A;  1TJ0 A;  1YDY A;  1BG4 A;  3NZP A;  4OBS A;  3CNY A;  4FNQ A;  3U4A A;  3C3N A;  4AWU A;  5C71 A;  1AW2 A;  3HV8 A;  4BWL A;  5HPC A;  3BLK A;  3OLI A;  4ALD A;  4HT3 A;  2EKC A;  4Q3M A;  2VJX A;  3RCY A;  1E0U A;  3T44 A;  3WQC A;  2ZA3 A;  4UOQ A;  1T8X A;  4LV4 A;  3E0L A;  4EKJ A;  4QSF A;  4FXJ A;  1ISV A;  2G3M A;  3W7R A;  4C6I A;  4K6A A;  1XLL A;  1E5N A;  3O07 A;  1Q66 A;  3AIS A;  4HYV A;  3C0Q A;  1LP6 A;  4NX0 A;  3ABQ A;  3KOW A;  4JNZ A;  1H50 A;  4D6I A;  4XUG A;  2FDM A;  1M53 A;  3ZR6 A;  3GSM A;  4JAW A;  2PWF A;  3AXK A;  4B2D A;  3KEH A;  2WMI B;  2FTW A;  5EBU A;  1JDD A;  4WJE A;  1F6Y A;  1ZP3 A;  4W7U A;  1WZA A;  1O1H A;  2DPE A;  1S2W A;  3LB0 A;  5A8M A;  4KS0 A;  4C1N A;  4H8N A;  3S2L A;  3NQ2 A;  3CZJ A;  2DVT A;  3IAQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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