4BI7A

Crystal structure of a mutant (c202a) of triosephosphate isomerase from giardia lamblia. complexed with 2-phosphoglycolic acid
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
PARRPFIGGNFKCNGSLDFIKSHVAAIAAHKIPDSVDVVIAPSAVHLSTAIAANTSKQLRIAAQNVYLEGNGAWTGETSVEMLQDMGLKHVIVGHSERRRIMGETDEQSAKKAKRALEKGMTVIFCVGETLDERKANRTMEVNIAQLEALGKELGESKMLWKEVVIAYEPVWSIGTGVVATPEQAEEVHVGLRKWFAEKVAAEGAQHIRIIYGGSANGSNCEKLGQCPNIDGFLVGGASLKPEFMTMIDILTKTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region.
pubmed doi rcsb
source organism Giardia intestinalis
total genus 93
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2013-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bi7A00
1GTEA 2VFDA 3KVKA 5EY5A 4JX4A 3BW2A 3L5LA 1FXPA 1I45A 4HIBA 2OX1A 1K8XA 4LRTA 5FF3A 3SSJA 2PRLA 4MYXA 3LOTA 4GUIA 5HQEA 1SW3A 3N2MA 2PRHA 2WSRA 3W23A 2CLIA 4MY9A 3GX9A 2CLLA 3DHDA 5DCBA 2KZHA 4ZL1A 2V5LA 3OEXA 4AMAA 1PS9A 3SGZA 1FCVA 1OK4A 1TPDA 5EBUA 5AYXA 3HO8A 3O6YX 3QC3A 2P1FA 4C1KA 3TSBA 1KFCA 1QO2A 1YYAA 2C0AA 2Y7FA 4R33A 3RFAA 3W7RA 3LCGA 1X1OA 2X1TA 3N73A 3W2MA 2VEPA 3UNDA 4RKAA 3W83A 3MMTA 5CPMA 3SECA 4PH6A 4LRSA 2GQ8A 1L6YA 3QMTA 1VHCA 2I14A 5LNSA 1HG3A 2PRMA 1JQVA 1T96A 5K4XA 5AYYA 1T8XA 3P84A 4CNPA 3NM3A 5F1UA 2IQTA 1KFJA 1Q3NA 1W3NA 2JGYA 3ZS4A 4LVFA 1AW1A 3S5ZA 1TPB1 2BSLA 2QAPA 1MSSA 1JRCA 3OVPA 3UZ5A 1WA3A 1M6JA 3DHFA 1H7RA 4WOZA 4MVAA 1N7KA 1TRDA 4O4WA 3QW3A 5AC6A 5KZMA 4RJEA 4LS1A 5HR7A 4UIOA 3SGUA 4H4IA 2V9DA 1LCOA 1G4EA 4M6QA 5K4ZA 4N4QA 3TK7A 4UTTC 4FXRA 2YPIA 1VLIA 1KM3A 1F5ZA 2ATMA 4XUGA 4DQWA 2CZ5A 1ZJIA 3MUXA 2J24A 2E77A 5G1TA 4BK9A 2DJLA 3TXZA 1W5QA 4OBTA 4ML9A 1X6UA 3P61A 5F2MA 4TMBA 3NQ2A 2V2CA 3W85A 3TSDA 3MBDA 4LY8A 4NNBA 3B0PA 1F6PA 1L2UA 2QUUA 1XUZA 3HJZA 1AL8A 3S5YA 4QAIA 2DZUA 2E5DA 1HUVA 1NAL1 4LTSA 2YX0A 1SZFA 3M44A 1AW5A 1VYSX 2NXHA 3DH7A 4EF9A 1IF2A 1EWEA 1H1YA 1SU5A 5F1VA 3DGRA 3C52A 4AEOA 2QCLA 3LCLA 3MO7A 3SI9A 3MYPA 5CGQA 1P0NA 4BI7A 2H3BA 3CIWA 3TU9A 4UTMA 3M41A 1E51A 3CEUA 2A1YA 3LERA 2HMCA 4AHOA 1W3IA 3C6CA 3KVJA 3LV6A 4HSOA 2Z2UA 3V1PA 1B57A 2X16A 4HNUA 3MP3A 3C2VA 1TPEA 5SWUA 2DZVA 3P80A 4N6FA 4Y96A 1FDZA 2JK2A 3TAKA 2VFIA 1H7OA 5KINA 3BGGA 4K36A 3CQ0A 1L6SA 1O4UA 3C2OA 1OABA 1PHWA 4NT0A 3P7YA 4PA8A 2P10A 5EMUA 2PCQA 1G7VA 1XBVA 3ABSA 2E5BA 3I68A 3M5VA 4U4MA 2Z6JA 3PB0A 3TC7A 1TTQA 1ZHAA 2Y88A 3NQGA 3ANYA 1UB3A 3RLUA 3VE7A 4GXMA 1Z42A 3O06A 4N9EA 4X22A 2LLEA 2X1RA 5FEZA 3W75A 2OMAA 1H63A 3C61A 4OV4A 4QITA 2O7QA 1VJIA 4DF2A 1TO3A 1PHQA 2FB3A 2NUXA 5D2WA 2CZFA 4TO8A 5HWJA 3BG5A 3PB2A 1X1ZA 1WAUA 3LHZA 5L6UA 3L65A 3LCXA 1AMKA 2CFFA 6TIMA 1W31A 2RHGA 3GB6A 1GJPA 1WX0A 4JX5A 1CW2A 4MY8A 1I8JA 1O5XA 4NUWA 5E1QA 1I4NA 2ZZ2A 2QCEA 3LXBA 1PVNA 2FTPA 2H6RA 1A5AA 3T40A 1ML1A 1W54A 1XC4A 4MLJA 3PVFA 5AC7A 4XBSA 4LVGA 3NQ7A 5LSMA 2ZQ0A 3EEGA 1EP1A 2I1OA 4WUIA 3WJZA 3OVQA 3O07A 4O1DA 4LC6A 4TR9A 3LLFA 4XKYB 4UTHA 2R91A 1GTHA 2C3ZA 4O13A 5LHFA 4J9JA 4A2SA 5G5IA 1FDYA 3E9AA 3S8HA 3PULA 2DORA 5D2XA 2Y7GA 1JVNA 3TQKA 4EOUA 4RK8A 2A6LA 2GVLA 1GYNA 3L5MA 3TQ0A 1HL2A 2NUWA 3NPUA 1F73A 3M16A 3S6DA 3A9IA 3V75A 2HS8A 1KM0A 1B3OA 1KBIA 1OVDA 5MHBA 3BLFA 1OFPA 3L67A 2AQWA 4Q4KA 2V30A 1JUEA 4HNNA 3ZWTA 1RVGA 5IBXA 4JICA 3U6WA 1TTJA 2QUTA 4ADUA 3NQ6A 3MI6A 4JEQA 1I2PA 3WJWA 4EWND 1AW2A 3KX6A 3NQVA 2GVJA 4AVFA 1TJRA 1VZWA 4TMCA 2JKEA 3W3OA 3KRUA 5AHEA 2ISWA 4EVZA 1JCMP 3BG9A 4GRSA 3MJYA 3L66A 4NJGA 3M1ZA 3HIJA 4UMBA 5G2HA 3G0SA 4OU1A 3WJXA 1W5OA 2X30A 1TB3A 3IIOA 4JTIA 4OGZA 4LV4A 3NO5A 4RLIA 4U28A 5TQLA 3UY8A 3LRMA 2ALDA 1YDVA 5FEPA 3VKJA 4GWEA 1TTIA 3NVTA 2A6NA 4AH7A 3IGUA 4S1FA 4NXSA 3NEVA 1OYCA 1SO5A 4O50A 4E2BA 3IV3A 4NX5A 4FNSA 5K3VA 2QCMA 3M9YA 5H2ZA 3HG5A 2Y7DA 1VYPX 4Y8FA 3EWXA 3NPVA 2FPYA 3FOKA 1G7UA 4MKNA 4AF0A 1TREA 5BOOA 3UWWA 3NG3A 3W7PA 1EUNA 1YTDA 3H54A 4FB7A 3WFAA 1YLVA 1LBFA 1FWRA 1W0MA 1ZAHA 3A23A 2HS6A 3DU0A 2E1DA 1XBZA 5KZEA 4DBEA 4YWIA 1DBTA 5E93A 4O1BA 5BRBA 1VCFA 4POCA 2D73A 3CHVA 3W2UA 3NL2A 1H7WA 1JULA 3EB2A 2PE4A 4WXYA 2WKJA 4RZ5A 3STEA 3UPWA 3ATYA 2VKZG 3USBA 4MIMA 2ABAA 5LKYA 5AHFA 1W5NA 2CZEA 2QCDB 3T7VA 2FFCA 4GUJA 5DBTA 3LBCA 2DJXA 3R12A 4BWLC 4JTUA 4XTDA 2TMDA 1ME9A 3W1QA 3STCA 4E0CA 4G1KA 1R2TA 4O1AA 3S42A 5EL1A 2ZRUA 4UTTA 2QUVA 4UTWC 3NL6A 2H90A 3W22A 3W7HA 4O53A 3GDRA 2GVGA 1SW0A 3M47A 3PBVA 3NDOA 3KXQA 6ALDA 4R34A 5LGZA 4ADSA 2RH9A 2RKXA 1SQ7A 2Y61A 3B4UA 3IIXA 4UFJA 3GNDA 4K38A 3PUEA 5KZDA 2V5BA 4NJJA 2OCZA 3P62A 4S2BA 2E6AA 4IQLA 2FIQA 2XN1A 3CIXA 4JNMA 4NZJA 4MPQA 1QPQA 4XTIA 5G4WA 5HUOA 1F7BA 3AJXA 4YXGA 1QWGA 1OX6A 3Q94A 2NUYA 5F4WA 2ZZ6A 4O54A 3INPA 1YTKA 3PAJA 3W76A 2JBMA 3N19B 1OHLA 4R53A 2BXVA 3CPRA 3TUUA 2YCEA 5KTLA 4EIVA 3W7DA 2VEMA 1P0KA 3GXTA 2EGZA 3KRSA 1D9EA 3N9SA 3BO9A 1IGSA 1WV2A 4FEZA 3A21A 3E0IA 3JS3A 3NQDA 1DQWA 3TFXA 3PY2A 3LI1A 3LXAA 3TXVA 1VCVA 3QYQA 3MHFA 1I2RA 2QJIA 3W86A 1SO6A 3QRHA 3LM7A 1ZY9A 3NQ8A 3UZJA 3S1VA 4M6PA 1LBMA 3L0KA 2NXIA 1THFD 1XBYA 1BEUA 4ZQOA 3U2OA 5T26A 5HMSA 1LOSA 1GG0A 1M5WA 1C9DA 3DFTA 3C0JA 1KW1A 3UXDA 1BTMA 3BVJA 3FFSA 3STGA 4KWVA 1J5TA 1OFDA 4NJKA 3GLCA 2E09A 1SR9A 4N6EA 4Z1DA 3CC1A 3KVLA 4A21A 4CNOA 1P5BA 3NZ1A 2DZPA 2Y7EA 4FX7A 2YFOA 5CPNA 4ORMA 1JJKA 4Z08A 5BMXA 3DZ1A 1KTBA 1VHNA 4UMAA 1W5MA 2ZYFA 4FNPA 2NX9A 3W70A 1KFEA 3OIXA 4DO5A 3TDFA 3HGSA 3PS7A 3UYCA 2WNQA 4O52A 3W2NA 3THQA 1GVSA 1GOXA 2VOMA 5K9DA 3LHUA 4GE8A 2ZRWA 3GXNA 2DP3A 3B03A 4IMGA 1G4PA 1A5CA 4PL2A 3BW3A 3MW7A 4Q32A 2X1UA 3HG4A 1I2OA 1K7FA 1LRTA 2W0UA 5EKYA 3ZWSA 1B4KA 2ABBA 1RR2A 2CLMA 1OFEA 3G3DA 3THAA 3O16A 1LRQA 2BTMA 2OZ0A 3HB9A 5HWMA 3S0CA 4PCFA 1UUMA 3FLUA 3W7KA 2DZWA 1HTIA 4LS2A 1MO0A 4ZQRA 1H51A 3A5FA 4O10A 1Q45A 3Q37A 5I3IA 5AHMA 4O8RA 3NA8A 4PFMA 3OVRA 3UWVA 3EX3A 2J27A 4IUOA 2E5CA 2V81A 3QPZA 4DXVA 1OFRA 1EX5A 5E0KA 3L0NA 1QPNA 2UV8G 3G1XA 1OF6A 1XBXA 1H62A 3NQFA 5C55A 3GKAA 4FIQA 4FF7A 4JN6A 1KTCA 3EKZA 1VQTA 3M5ZA 3P5YA 1LOLA 4AWUA 1D3GA 3GAKA 1LLZA 1Z44A 4MZ1A 1QMLA 3L5AA 2CLOA 2V82A 4IJBA 4O0KA 4O1CA 4L4LA 3G8EA 3GDMA 1XFBA 4JTLA 5EYWA 4FX8A 1VRDA 4RZ6A 1RQEA 1OG0A 4WY0F 2FQIA 2C15A 1YPFA 1GT8A 3ZFHA 1YPIA 4A29A 4FNTA 1DHPA 4Y6GA 1U83A 1RD5A 1EB3A 1H61A 5LHEA 2A21A 1FWTA 1H1ZA 4I7WA 4PTNA 1FCQA 1B4EA 2YW3A 4X3ZA 1OYAA 3DFNA 3HGRA 2ZA3A 1H50A 1UCWA 4GFSA 3B0UX 1ONRA 3G1AA 3FA5A 3IIZA 4IMFA 1MZHA 1TTPA 4OT7A 1T99A 2QJGA 2EF9A 3ZR4A 3H55A 3WK3A 3OG3A 4Z1AA 3MI2A 3B0VC 2G5WA 3W87A 3LCIA 3G18A 2B0MA 5AHIA 4JYEA 3A5VA 2NV2A 3PG8A 2V2HA 5CZ0A 3TW6A 3DFSA 1X8FA 5HUPA 3LTYA 2XN0A 5D02A 3EWWA 2GJNA 5D30A 1MXSA 3VE9A 4WOQA 5HWNA 1SSDA 1WOAA 1JUKA 3G8RA 5FEXA 1M7OA 1RQHA 1Z48A 1ADOA 4O11A 1YDNA 1XDMA 3W73A 4BWLA 1PCWA 1M7PA 2ZCGA 4QSHA 3M5YA 5AYZA 4ZQCA 3W7NA 3LRKA 1OK6A 1OX4A 1NVMA 3HG2A 3D0CA 2GPTA 3W71A 3ABRA 2CLFA 3S9YA 3C4UA 1VLWA 2TPSA 2VENA 1SZEA 1K3UA 1KV8A 2YZRA 2DU2A 3TKFA 1Z41A 3T55A 3W7MA 1GWJA 4ONVA 3KOFA 3L2IA 4FNQA 3WJSA 3WK2A 1A50A 2YFNA 5D04C 4JDYA 2NZLA 3P8JA 2YSWA 3LHTA 2YR1A 1S5TA 1DOSA 2O7SA 2QJHA 1WOBA 2CU0A 1KBJA 1PE1A 4BFAA 3VFLA 1TQJA 1J4EA 4IX0A 4S2CA 5F4XA 4RR4A 3M5XA 3C3NA 2VXNA 2FJKA 4I7VA 3UQNA 2EKCA 3W1AA 1FWWA 5LNWA 1QCWA 2C13A 2NWRA 1WBJA 3UWUA 3W7GA 3RMJA 4MUZA 4LWWA 4K7VA 3RLVA 2GOUA 4MFDA 1T0OA 1Q6RA 3B04A 4RCXA 4XWUA 5K9CA 3TV8A 3IVSA 3P60A 5J5RA 1FCBA 1H60A 1XI3A 3LCFA 1PCKA 4UFLA 2ATSA 2C18A 3BV4A 3ATZA 4Y90A 1V5XA 2HTMA 1G69A 5D2YA 3R2GA 2G97A 1B9BA 4MFEA 3QQ1A 1IXNA 4IMCA 3VI2A 1TQXA 2ZBTA 3W9ZA 2C6QA 3PR2A 4UTKA 1QOQA 5FESA 3QMRA 3W07A 4NNAA 1ZNNA 5J5DA 3HGOA 3TFCA 1IIGA 4MYAA 4HNTA 5L9FA 4AWSA 3O8AA 5DCEA 1GPWA 5DN1A 3W1PA 2H3DA 1SFJA 1K7EA 3W1XA 4JYDA 3HMJG 4UNKA 4RX0A 4JTSA 5AC8A 1C29A 3W72A 4I9AA 4KFOA 4MJMA 4M6VA 1TIMA 3I7QA 4DPPA 3BLIA 2QDHA 3PUDA 1O94A 1G6CA 2V0TA 5I3HA 1N55A 1U5JA 5G2WA 1XCFA 1O95A 1WYIA 5EA9A 4K6AA 2DZSA 2Y89A 4NQ1A 3P67A 3HOJA 1L9WA 3MP5A 1Q6QA 3QMSA 1HO1A 4JD4A 4PL1A 4CQ8A 1H5YA 2NX1A 4YCPA 1R2SA 3W84A 3HGJA 1LZOA 2WPBA 3LCHA 4GC4A 4JTGA 3G1HA 2EAWA 3G1SA 5DY2A 3Q2DA 5KSWA 2J9ZA 3EX4A 4LU0A 3TCEA 4K8EA 4DBDA 5CZTA 3QFEA 2H8XA 1YXCA 3P8IA 3TW7A 2Q8LA 3GR8A 2YDAA 5BMWA 1SO3A 3I7RA 1F76A 4YL2A 1ICSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EBV A;  1GTE A;  4DO7 A;  4JX4 A;  3WEN A;  3L5L A;  4HIB A;  1K8X A;  3MJM A;  1Q6G A;  3SSJ A;  4AZ7 A;  2CHN A;  1K4H A;  5CPS A;  3AYV A;  3ARQ A;  3N2M A;  4DJE C;  1I6N A;  1OIM A;  3CZJ A;  3H7U A;  3CHE A;  3I10 A;  3GX9 A;  1ECQ A;  2KZH A;  3EKG A;  3OEX A;  3SGZ A;  1FCV A;  3O6Y X;  1V51 A;  2F2H A;  3S9I A;  1XFC A;  3LPO A;  4ICM A;  3NO1 A;  1KFC A;  3QGK C;  2C0A A;  3KBV A;  3W7R A;  4DZH A;  3T42 A;  1CT5 A;  4AY7 A;  5D8Z A;  1WCG A;  1DE5 A;  4V1Y A;  1UWI A;  3N73 A;  1BG4 A;  2HK0 A;  4KMQ A;  1GON A;  3UND A;  4PMU A;  4S3D A;  4DWS C;  4ERA A;  3D3F A;  2ANU A;  2EG7 A;  3C0L A;  3CL7 A;  2I14 A;  4HMC A;  2MAN A;  4AXN A;  5HPC A;  2PWE A;  1Q3N A;  1W3N A;  2BFG A;  2BGS A;  3S5Z A;  1ADS A;  2XVL A;  3ONB A;  3U5Y A;  4OOZ A;  3VNK A;  4GO8 A;  1JRC A;  4IID A;  3UZ5 A;  1WA3 A;  3DHF A;  5CBJ A;  2ADA A;  1TRD A;  3RO8 A;  2YIH A;  4H4I A;  3ALF A;  1G4E A;  4M6Q A;  3TK7 A;  1FHU A;  2PDH A;  2FVK A;  1VLI A;  2ATM A;  3QHN A;  4PMV A;  1F3E A;  1YE4 A;  3VDG A; 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