4BK9 | Genus

Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	207
structure length	207
Chain Sequence	RDIDSVMRLAPVMPVLVIEDIADAKPIAEALVAGGLNVLEVTLRTPCALEAIKIMKEVPGAVVGAGTVLNAKMLDQAQEAGCEFFVSPGLTADLGKHAVAQKAALLPGVANAADVMLGLDLGLDRFKFFPAENIGGLPALKSMASVFRQVRFCPTGGITPASAPKYLENPSILCVGGSWVVPAGKPDVAKITALAKEASAFKRAAVA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2176166751323976__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2176166751323976__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BK9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2176166751323976__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2176166751323976","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BK9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2176166751323976__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03905544e66e6a205dd7d1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03905544e66e6a205dd7d1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03905544e66e6a205dd7d1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03905544e66e6a205dd7d1/pdb.gz): 844 ms

reading 207 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

207 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:206});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Zymomonas mobilis
publication title	Crystal Structure of 2-Keto-3-Deoxy-6-Phospho- Gluconate Aldolase from Zymomonas Mobilis rcsb
molecule keywords	2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXO G
total genus	65
structure length	207
sequence length	207
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date	2013-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4bk9A00

2CU0A 2J88A 2RHGA 3UWZA 1NVMA 3W6YA 1CW2A 3W1UA 4I7UA 4WZHA 3PUEA 3LLDA 3RFAA 1FDYA 4TIMA 2DZVA 1I45A 3AO0A 3N2XA 3UQNA 4G1KA 4LNYA 3VI2A 1JCLA 3W7PA 3R89A 2E6FA 5FEPA 2PRLA 2J9YA 3MMTA 5IBXC 1F5ZA 2QCEA 4L4LA 2ZRZA 5G4EA 2G5WA 3TDFA 3P61A 2V0TA 3H55A 2R14A 3W1AA 1GVSA 5D38A 2QCNA 4X3ZA 5EPDA 2ZRWA 3PS7A 1BWLA 2O7QA 1TPFA 1KBJA 4C1KA 1TPDA 1IIHA 5U7SA 3JRKA 2NUYA 4EF9A 1O94A 1IGSA 3LBMA 1FWRA 1LOSA 1X1OA 1JRBA 4JX4A 3SW6A 4WXYA 1FWTA 1I2OA 1RPXA 5I3HA 3EWBX 1FY6A 1I2PA 1VZWA 2XN2A 5HUOA 1K02A 1S3HA 5C55A 3VE7A 3OVQA 4O15A 3TSMA 4NZFA 1SR9A 4IMEA 4O4VA 4QJ1A 2RKXA 1QPOA 4UTKA 1FUYA 2RDTA 2HS6A 3LCLA 3HJZA 3NQAA 3CIXA 1OFEA 3QM3A 3FYPA 4WJEA 1W37A 2Z6JA 4GBUA 5AHFA 1FWSA 1F76A 4HNNA 3SGUA 1K3UA 2FJKA 2E1DA 1VH7A 4NX0A 3G1FA 4HSNA 3D0CA 3L65A 1JCJA 3P7YA 1RZMA 5F2MA 1O95A 3ZWTA 3W84A 1IXPA 3B8DA 1QMLA 5DXYA 1VJIA 8TIMA 2ZQ0A 4UMBA 1GOXA 4YLWA 2A2IA 2WNZA 2B7PA 5I3FA 3G1VA 1EP2A 1FCUA 1H7WA 2Y7FA 1W8SA 2TPSA 1VCFA 1DJQA 3M5XA 3BO9A 5D30A 1WV2A 4BI5A 1MO0A 2GJLA 3NQDA 3T55A 1QO2A 2A85A 1VYRA 2V30A 1M7PA 1QOQA 2ZRYA 3N9SA 4DO5A 2ZFAA 4MOZA 1A5SA 2ZA1A 1KV8A 4BR1A 3E0IA 3WFAA 5LNSA 3ANYA 2ZYFA 5EBUA 2V2DA 3L0KA 3Q58A 3W9ZA 3I7QA 5D05A 1WBJA 3N9RA 2ZZ7A 1YTEA 1OF8A 3EXTA 1LCOA 3IIXA 3S5YA 1U83A 1GYLA 1TPB1 3PUDA 3TH6A 4XQ6A 3F4NA 3O07A 3VE9A 3Q2DA 4JS3A 5HMSA 2ZRVA 4ZVJA 1O60A 1IXOA 4GC4A 3A24A 1CI1A 2A21A 2QF7A 1XBYA 2VFGA 5J5RA 4NXKA 3BLEA 1AG1O 5DELA 2CZEA 4MJZA 4MYXA 4LOCA 1G4EA 3EX1A 5AHNA 5H2ZA 1DQWA 4JTKA 2ATMA 3KOFA 5AYZA 4N4PA 5LZLA 3TW6A 1RD5A 4K7VA 3G1HA 3QEZA 1F74A 4MFEA 5LKYA 4JYDA 3P8JA 1RQBA 4FIQA 3GAYA 2CZFA 3P84A 1TRIA 5G1TA 2ZA2A 2WSQA 3GKFA 3EX3A 3HGOA 4GUJA 1OJXA 1JQXA 4O0ZA 4UTLA 1EEPA 1KM3A 3DAQA 5I3IA 2YGYA 4UTWA 5I3GA 5E1QA 3W72A 4Z0JA 3L0NA 3KVKA 4FB7A 3HOJA 1JQVA 1ME7A 2B7NA 5FF4A 2FFCA 3H54A 2H6RA 4Q33A 4WOZA 3VNDA 2A6NA 3LX9A 4NJJA 3IIVA 4RJEA 3U2OA 3LTPA 3N14A 5HUPA 3M43A 1PL9A 3NEVA 2NWRA 3T7VA 3OHIA 4YCOA 1WBHA 4GNJA 3R12A 3L9CA 4IWWA 2Y7DA 4Z0SA 3QQ1A 2A7NA 3HG2A 3W7GA 2Z1BA 3IVUA 3M47A 5F4SA 2FPVA 5AYXA 4NJGA 5FF7A 5CGQA 3GNNA 3GB6A 2V81A 3DENA 1B4KA 3MWAA 1F73A 4LS2A 3A23A 3HGSA 3QRHA 3STFA 5HWMA 2E5CA 3BPWA 3UWYA 2J9ZA 3G0SA 1G7UA 3STGA 1OFAA 2E6AA 1X7FA 4RXGA 3HBLA 5D09A 1I2RA 3W7IA 4JN6A 4MIMA 1TV8A 4JX6A 1KA9F 2Q8LA 4H6KA 2YXGA 1GZGA 3ABQA 3LDVA 2PRHA 5D32A 3TAOA 4BWLC 1TO3A 5TIMA 1EB3A 1OFRA 3SY5A 5IM51 3MP3A 1I8JA 3NQ6A 3P8IA 3TW7A 2DU2A 2V2CA 5L6UA 3L5MA 1F7BA 1HL2A 2WQPA 1PVNA 3GDMA 2BLEA 1LRNA 2H8XA 1G6CA 5I3JA 1RV8A 1AW1A 4O11A 1G7VA 4UTTC 2ZTKA 3N3MA 4FX8A 1XC4A 2PURA 1ALDA 3PG9A 4AEOA 1YDVA 3RLUA 4ADUA 3QSTA 4R34A 5HR7A 3S9YA 3EEGA 1WDWA 2G97A 3DFOA 1M7OA 5CPNA 4ZMGA 3DFSA 1H1YA 4NJIA 3MI3A 2CLEA 4JY9A 2ZZ3A 1KFJA 3THAA 3W7RA 3S5NA 1H60A 5KMYA 4LUIA 2NX3A 4NVTA 5FF2A 4K8HA 4JTLA 5FEWA 3P5YA 4J9JA 5EMUA 4LU0A 1O5XA 1LOQA 3G1YA 3HIJA 1H7RA 1L6SA 1MEWA 4S2CA 4DPQA 2X1SA 1ZAJA 4O14A 3IEBA 3LXCA 4JTSA 4PCFA 1KM2A 2FTPA 3PVFA 2Y88A 1XUUA 1LRTA 2GPTA 1TPC1 3MBDA 3O06A 2G95A 4GXMA 4FXSA 3QJAA 1K7FA 2YX0A 2CLFA 1XXXA 1FWWA 1VRDA 1GG0A 3P74A 4LVGA 3C56A 5BNKA 1R30A 3BG3A 1AK5A 3A22A 5C54A 3UWWA 1SO6A 1OFDA 2PRMA 2YFOA 1VLWA 3DKLA 4UFMA 3BGJA 4UC5A 3E49A 5FF3A 1D3GA 3NL5A 3I7RA 2CLIA 2J27A 2ISVA 5AHIA 1SQ7A 3P5ZA 2E6YA 2ISWA 1SZGA 3W7MA 2RDWA 4EOUA 1PCKA 2VEKA 1W54A 4QM1A 1TREA 4LTSA 4HNVA 1DL3A 3DHFA 3C61A 3IIPA 3GDKA 3G1DA 6ALDA 2Y89A 4MY8A 1DORA 1LM1A 3NG3A 3OA3A 3W86A 1CX9A 4NNBA 3KVMA 3NPVA 3L21A 4U4MA 2C3ZA 1LTDA 3GXNA 4O16A 1B3OA 2UV8G 1RQEA 3UY8A 1LBFA 3S0CA 3DFTA 2QDGA 3NA8A 2GQ8A 4NQ1A 3SECA 4FXRA 2EHHA 2GQ9A 3MO7A 3FOKA 3SR7A 3GKAA 5FEXA 4HHPA 2CLKA 4AH7A 3IRDA 1KM0A 4N2YA 1QOPA 3TX9A 3W83A 4Z1AA 1KM5A 3B04A 1F6PA 4IXHA 4ML9A 1H62A 4KFPA 3U8GA 2VC6A 2QCGA 4N02A 3WJXA 3SZ8A 2DJXA 5DY3A 2V8ZA 1VS1A 3PWAA 2PCQA 5F2GA 4LVDA 1WA3A 3PSWA 1PS9A 2RFGA 2ZTJA 4N9EA 5AOUA 1NSJA 1ICPA 3PBYA 3NPUA 4OHQA 1SW0A 3CU2A 3EWZA 3QMRA 4YMZA 2QUUA 3PBUA 1VCGA 3MP4A 4IXXA 4O1DA 1ICSA 1TPVA 4JICA 3PG8A 1KTBA 2XN0A 3CEPA 3W1NA 3F1QA 4JIPA 1KFKA 4EWND 4GE8A 3STEA 1KFEA 2Q8ZA 3W1PA 1WX0A 1QR7A 5CZ0A 4FNSA 4LY8A 3O6DA 1IXQA 1HG3A 1VLIA 2YR1A 1W5PA 4RKAA 3P67A 1H1ZA 3O6CA 1OVDA 4IMGA 5E93A 2DZWA 1Y0EA 3MHFA 3W7KA 4FNTA 2CZDA 2YDAA 1EPXA 1TPH1 3W88A 3SI9A 3M5YA 4KFNA 1KLYA 3C52A 5F4WA 1SPQA 1JULA 1W5QA 5D33A 3NQ8A 2YCEA 1P5BA 4AWSA 3LHZA 1TTPA 5HQEA 4O18A 3O1NA 3IGUA 3W2UA 1UUOA 2C13A 1UBSA 3UNDA 4OV4A 3TU9A 2BXVA 1PV8A 3VFLA 1GG1A 3DBPA 1JCNA 1P0NA 4BFAA 2G96A 1PCWA 3B05A 2JGYA 3O8AA 1H63A 3U6WA 1EIXA 5CG7A 1PHQA 4H4IA 4QITA 1T96A 2VEIA 2YZRA 3R13A 1DOSA 3QPYA 3AJXA 3NR0A 3PF3A 3W07A 4AMAA 3TNOA 1A50A 1NF0A 2VFEA 2NX9A 5HWJA 2C19A 1SO4A 3EWXA 3FKRA 2ZRXA 2YW3A 2CFFA 1WOBA 2A7RA 3P81A 4UTWC 5AHMA 4CQAA 2H8ZA 2ISSA 3EWYA 3TQKA 4TR9A 1K8XA 2FQIA 4TU1A 2KZHA 4K7YA 3TCEA 3CM4A 2I1OA 4CCEA 3OG3A 4BF9A 3CC1A 4UTHA 1YXYA 4LV9A 1NFBA 2Y62A 5GVJA 3NQ7A 4LW7A 3W7LA 4N9CA 2JK2A 2VOMA 3QW3A 2GVGA 2X30A 3C2EA 1T8XA 4CCCA 3LTYA 1XFBA 2Y70A 4GJ1A 4ONVA 5F1VA 4UMAA 4DF1A 3B0PA 3S5ZA 4DQWA 3GDRA 2B0MA 1HO4A 3G1SA 1ONRA 3O6YX 3BV4A 5FF0A 3WK1A 1JJKA 3UZJA 2QDHA 6TIMA 1F2JA 3W71A 1X8FA 1GYNA 1JRCA 4O52A 2CZ5A 2WKJA 3CEUA 4UR8A 5BOOA 3M6YA 1J2WA 3B03A 4K37A 1H61A 1Z41A 5LNWA 4UNLA 1OFBA 4CLMA 4UTUA 1KM6A 3RF9A 1P1XA 2A7PA 5D04C 4XZ9A 2V9DA 1FQ0A 4RZ4A 3WK2A 3T40A 3LHVA 4UUIA 4CQ8A 1JCYA 2FB2A 3R8RA 3BLFA 1XBZA 3G22A 3GLCA 4UFJA 4IJBA 3EWUA 1GVFA 1UASA 1LOLA 3KRUA 2ATSA 3G8EA 3OVRA 4KFOA 1T0OA 4UMCA 2C0AA 3W2KA 2GUUA 4O50A 3W7CA 4O8RA 3DZ1A 3FKKA 2QAFA 1JVNA 4LS0A 2JGQA 1TSIA 2FLIA 1LRQA 4XWUA 3IVTA 4DELA 5LGZA 4R53A 3ZR4A 3PBWA 1K7XA 4QIUA 3GDLA 3PULA 1W1ZA 1YLVA 4UNKA 4FIRA 2RH9A 3ZS4A 1R2RA 2ZBTA 4Y9AA 2QCDB 1OYBA 1K8ZA 3R5EA 1OX5A 3LHWA 3NO5A 4IX0A 5K2ZA 2EF9A 4TO8A 1B4EA 4ALDA 2X1RA 5LHFA 5DBUA 5K9CA 2QCMA 3FFSA 3EXRA 4Z1CA 3IGSA 4MUZA 3LHYA 3W1LA 1J4EA 2R91A 4Y6GA 5AB3A 4I7VA 5BW6A 3W87A 3KRSA 2WV8A 3W73A 4NX5A 4C1LA 4B5NA 1Q6QA 1GPWA 1H5YA 5KZMA 1HTIA 5EKYA 5MHBA 3HF3A 1GVRA 4XKYB 5K7JA 1W5OA 5DCBA 2C16A 1W3TA 4AHQA 3GX9A 2VEMA 2PC4A 1OX4B 4LRSA 4YXGA 4JTUA 4GRSA 3E02A 2OJPA 2ZRUA 4Y96A 3BW2A 1ML1A 4K38A 1VC4A 5KITA 4LVFA 5CPMA 3G24A 2ZCGA 1W3NA 3O05A 3NPXA 1O4UA 4EVZA 1EUAA 1YYAA 1Q6OA 2I14A 3TSDA 1YXDA 3DFNA 4IUOA 4NUWA 3NQCA 2YW4A 4YWIA 3PAJA 4RXFA 3UZ5A 1O5KA 1QNVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LM3 A;  5CZT A;  2R94 A;  4BWL A;  4WR3 A;  5M03 A;  3AML A;  3C0J A;  2ZX9 A;  2D2G A;  3TYA A;  3B0X A;  4Q6X A;  5AC8 A;  1XIE A;  3WLM A;  2G41 A;  3N12 A;  3FJL A;  2J66 A;  1GQI A;  2ZZ5 A;  1PYM A;  3ZLF A;  3SCP A;  2OTD A;  2J9X A;  4JCM A;  3SUV A;  3R7M A;  3E9A A;  4PMV A;  4JTE A;  4GO8 A;  5SWU A;  4GME A;  5CSY A;  3VYL A;  4IGH A;  2I9E A;  4QXI A;  1JUK A;  1N8W A;  3GS6 A;  3TOY A;  4E2V A;  1ENU A;  4KEU A;  1TQJ A;  3WML A;  5M3W A;  4RDZ A;  3SUU A;  4A8I A;  2Z2B A;  1FKW A;  4A3H A;  5EFD A;  3WJW A;  2CWN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BK9A

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Chain Sequence

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