4BR1 | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	245
structure length	228
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Differential Proteolysis in Human Triosephosphate Isomerase rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
total genus	87
structure length	228
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-06-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4br1A00

1RZMA 1KFBA 3LBCA 5D32A 3MP3A 2RDWA 3NQ6A 5J5RA 5K7JA 1N55A 1KV8A 3N34A 2C0AA 5DXYA 3EXSA 4O28A 5CZSA 5FF2A 1R2TA 3NR0A 3W2LA 2NWSA 1OX6A 4DPQA 2GVLA 4HNTA 1QPNA 1LBMA 4K7VA 4X2RA 2OCZA 5LSMA 3O15A 4U4MA 3NZRA 2Q3OA 3W1AA 3W74A 3KVLA 3B0VC 1EP1A 4POCA 2V8ZA 3NQDA 4UTJA 4X22A 4FXRA 3M5ZA 5HUOA 1SZNA 1OF6A 3MP4A 5G2WA 1SR9A 1S3HA 2C14A 2NLIA 2V5BA 1DORA 4GBUA 3PBVA 2FQIA 3P74A 4K8EA 4IMFA 5K9CA 5D04C 2YYTA 1TV8A 3BV4A 3F4NA 4K8HA 3EX1A 3CTLA 2YXGA 1MSSA 2WSQA 2Y70A 3K30A 3HB9A 3M5VA 1S5TA 2HSAA 3PG9A 1LOQA 3LI1A 3G1XA 5F1UA 8TIMA 3IRDA 1VQTA 3G1SA 3TMQA 1FXPA 1YPFA 3TK7A 3T7VA 4Z0JA 4IXHA 3Q2DA 4RZ6A 5U4NA 1GZGA 2B7NA 3R89A 4GUHA 1H7NA 4JTIA 3BARA 3GLCA 5AHLA 1QWGA 2VFGA 1THFD 1FWSA 3L0KA 4PH6A 3GKAA 3FKKA 3WJXA 3C56A 2X1UA 3MWAA 4LVDA 3I7SA 1M6JA 3MO7A 1R30A 1W8SA 3B0UX 4TR9A 4FNSA 4FNUA 5BRBA 3USBA 3BVJA 5D38A 1FDYA 5H91A 2YDAA 1SU5A 4NXKA 2DJLA 3IGUA 3OBKA 1LRQA 1I8JA 3W2JA 2OT1A 2WSYA 3L2IA 1OFRA 4FNQA 3EWUA 1MEWA 5KZMA 1W5QA 3IIOA 2B0MA 4DBDA 1J2WA 1N8FA 4E2BA 3MI2A 4RV8A 1U5JA 4FX8A 5F4SA 4YMZA 1PE1A 2ZRZA 3BW2A 4AAJA 5TQLA 2BSLA 1MO0A 3KHJA 1K7EA 1FCUA 2I14A 4IUOA 3LTSA 3PS7A 4N6EA 3W6YA 1KLZA 2GUUA 4NNBA 1WX0A 3ZR4A 2NZLA 1IGSA 1KM6A 1QO5A 3G0UA 4MJMA 3A23A 2C6QA 1VZWA 4HNVA 3MP5A 2B7OA 3W7NA 3VKJA 2FPYA 3TNOA 1HFBA 1MEIA 5F2IA 4GJ1A 5D05A 2XN1A 1ZHAA 2X1RA 2RFGA 3THAA 2NX3A 1HL2A 1BEUA 5EPDA 4ZL1A 4AHOA 5F2GA 4GFSA 3TAOA 3IVTA 2WOQA 4YCOA 2QUUA 1H61A 4IJBA 3C2EA 5AFDA 2CLMA 2JKAA 1B57A 1FY6A 1VJIA 3OVQA 1JRBA 1BTMA 3S0CA 1HO1A 3ELFA 5IM51 1L6WA 4MYAA 1FWTA 2ZQ0A 3NVTA 2ZRYA 3ABSA 4UTLA 2F7FA 4JIQA 3L5AA 3KRZA 2JKPA 3F4WA 4NJHA 2EF9A 4O12A 2E6YA 1FUYA 3W7MA 4UFKA 2C16A 1YDOA 3OA3A 3QPZA 3T4CA 1D3GA 1Q6LA 3ABRA 3DFQA 2CZDA 3EX3A 4E2DA 1PIIA 1ZAJA 2VC6A 4LU0A 3P82A 3O1NA 4ZQMA 3MI6A 2GQ8A 3PM6A 3RK8A 1W3TA 4O13A 3G8EA 3PR2A 4QJ1A 4PODA 1ZAIA 4JN6A 2FIQA 3PY2A 4LS2A 2DP3A 1JRCA 3HGOA 3TW6A 4ADUA 3O6YX 3TUUA 1T96A 4JYDA 4O8RA 1TPEA 2WO5A 1FXQA 3G1HA 4GUFA 1K8ZA 3L67A 3L0GA 4Y96A 3MYOA 2A0NA 4JTKA 4N2YA 2XN2A 3QMTA 3BGJA 1LYXA 3TFCA 3CEUA 3EX2A 4NZJA 5C54A 3CWOX 1OK6A 1I4NA 4XBKA 2OZ0A 2ZZ5A 3LCWA 2G5WA 4ZMGA 2E68A 4BWLC 3GXPA 3R13A 3UD6A 3HPSA 3O06A 4MPQA 3EXRA 4O15A 2PE4A 3UPBA 2NWRA 3L21A 5DCEA 3ANYA 2A7PA 3W1NA 1YXYA 2HS6A 4XKYB 4BF9A 3G22A 3V1PA 1BWKA 4WY0F 3LRLA 3EWYA 1YDNA 5FEWA 5CKSA 2ZRWA 5TIMA 1WOAA 4AHPA 3L5LA 1NF7A 3PUDA 4EWND 3C61A 4HHPA 4KWWA 2HS8A 3LDVA 5G4EA 1TPC1 4CLMA 2CZFA 1LDCA 4Q33A 2VOMA 4OU1A 4QISA 4EOUA 4LV9A 4M6PA 2AQWA 4R7JA 4WX2A 4WY0A 3G3MA 3A9IA 2GVJA 3W2KA 5H2ZA 1ZY9A 3WK2A 2EHHA 2V0TA 3O6CA 4RKAA 4PL2A 1D9EA 1XBVA 2X1TA 2ZA3A 4ADTA 2R8WA 4DQWA 1G4PA 4BWLA 3STEA 3LHUA 3FYPA 3LCGA 4GNJA 1LLWA 3TAKA 3UY7A 3N2XA 2W79A 3GDKA 5FI8A 3N73A 4HT3A 2VFDA 1O5KA 1DJNA 1GYLA 4JTLA 1TRIA 4HPJA 1TRDA 2ZZ2A 1RVGA 3W7CA 3BLIA 2PRMA 2E6DA 2QCDB 4FB7A 1Z42A 2QCMA 5D09A 1EIXA 1SFJA 4WUIA 3DFPA 4HSOA 3IGSA 4U28A 5A8GA 3H54A 3KVKA 4MY1A 5FEZA 2H8ZA 2W0UA 4AWUA 2HMCA 4LUJA 3OHIA 1XCFA 3KVMA 4O10A 2ISVA 3M1ZA 3R2GA 3M44A 3NQ2A 1GVSA 1WBJA 1H1ZA 4K38A 2H90A 3S8HA 3S1XA 4LNYA 1SO6A 1GG1A 5F2MA 1O60A 3UWZA 2TYSA 2Y63A 3CLMA 4OV9A 5CZ0A 3VE7A 3WK1A 3LCIA 1RR2A 1QR7A 4LC6A 2ZRUA 3UWQA 3ABQA 2V30A 3IIVA 3U2OA 3NAVA 1LORA 2B7PA 1SQ7A 2CZ5A 3HMJG 1LOSA 3W7JA 4BR1A 4DF2A 5EYWA 3GVGA 3LX9A 2ATSA 2YW4A 2BXVA 2YCEA 3DBPA 1Q45A 4JXCA 3TJLA 3HPXA 1Q6RA 4ORMA 5HWNA 4O54A 2YZRA 5CZTA 3RMJA 1GT8A 2QKFA 4NXSA 4JYEA 4TIMA 2I9EA 4NZFA 1KM0A 4PCFA 1KM3A 4MYXA 5LNSA 4OE7A 3BK0A 4JX4A 2H8XA 4RXGA 2C18A 4BFAA 1TJPA 2QR6A 3W87A 3LLFA 5FF7A 3UXDA 2QDGA 4UTWA 5I3IA 1I2QA 4QSHA 1ZALA 4N9EA 3QMSA 1H50A 3W83A 2VFEA 3W1TA 3QH2A 3CEPA 3C2OA 3P5YA 5LGZA 2VEKA 1P4CA 3LHYA 3UYCA 4JTFA 5U7SA 1OF8A 4S2CA 1RD5A 5A5WA 1O95A 2WQPA 3FJ6A 1OFEA 4KKXA 5AYXA 3W88A 3JRKA 2NXGA 4UTTC 1Y0EA 3QSTA 4MIMA 1H7OA 1WDWA 3L66A 1FQ0A 1XM3A 4MVAA 1EUNA 1R47A 3UZ5A 3PBYA 1OYAA 2I1OA 4O52A 1VH7A 1XUZA 1A5AA 4K37A 4EF8A 4IX2A 3U8GA 3IVUA 3SSJA 3WJWA 3LCXA 4DO6A 4JTSA 3H55A 1XBZA 5DBTA 3DI0A 1KM2A 2V81A 3CU2A 4BI7A 2NX9A 3BLEA 5E93A 2CLIA 1PHWA 1ICQA 1ML1A 2RDTA 3LTYA 2ZBTA 1PL9A 3A21A 1GPWA 3MBDA 3JS3A 1HUVA 1TB3A 1XBXA 2FTPA 4UFHA 3PVFA 4S1FA 1VYSX 2ZA2A 2Y62A 4A21A 5E1QA 3I7RA 3W2MA 1F76A 3EXTA 3LLDA 1A5CA 3GYEA 4XZ9A 4JEQA 1EEPA 3TROA 3LOTA 1LBLA 1EA0A 3VCRA 3F1QA 4UFIA 3C2FA 4QITA 2J6XA 2QCEA 1ADOA 2X16A 4DXVA 2PRHA 1JCLA 3W07A 4UMAA 5D30A 3TQ0A 1AG1O 3BO9A 3GXNA 3LV6A 3QRHA 1OVDA 4YLWA 3E49A 3PSWA 1UUOA 1YTEA 3E12A 1YLVA 1YPIA 2QAFA 2CLOA 1JCXA 4UFLA 4NJJA 3SECA 3HPZA 2FJKA 3PBWA 1KM1A 4MLRA 4Q32A 5LHFA 3NL3A 4Q4KA 4QM1A 3W85A 2Z2UA 1Z48A 3NQVA 5CPOA 4LT9A 2QEZA 3A24A 3O05A 1IXPA 4RXFA 3W1LA 1JCNA 4EVZA 4UTHA 2YFOA 3LHZA 5DELA 4QNEA 2Y7FA 1X6UA 5AYYA 2ZRVA 3STFA 1IXOA 5CSSA 1G7VA 2YR1A 1RQBA 3W2NA 3SGUA 4LY8A 3W9ZA 2OT0A 5D37A 1SO4A 4LS0A 4UIOA 1SFLA 4EIVA 1VR6A 2ZRXA 4JICA 4PA8A 2NV2A 2BX7A 1XUUA 4W9TA 1Q6QA 4AXKA 5K9DA 2E6AA 4JX6A 4O1DA 4JTGA 3LB0A 4O4WA 3M6YA 2X30A 1TPFA 3CHVA 4JY9A 2GVGA 1WQ5A 1F05A 3S5NA 1HG3A 1TPDA 4O16A 3W7KA 1SUXA 1V7YA 5C2XA 4TU1A 1C9DA 2NV1A 3W7QA 2A21A 1TTJA 1OFBA 1I2PA 5G1YA 1NAL1 4LS1A 3IEBA 2VFFA 3W1QA 5F1VA 3S6DA 3QYQA 1OFAA 1H7XA 4GWEA 2Q3RA 2OJPA 4MOZA 4N02A 4ADSA 4N9BA 3DH7A 2X1SA 4ALDA 2V9DA 1ZCOA 2Y89A 4CQ8A 1PCWA 4NU7A 2GJNA 3GNNA 3LV5A 1Z44A 3GR7A 1W3NA 4HPXA 1GWJA 4TO8A 3W2UA 4AB4A 2V2HA 3EWZA 2TRSA 3CM4A 3WK0A 2RH9A 4WXYA 1VYRA 1RQHA 5CPMA 4RLIA 5AOUA 1DVJA 1L2UA 4IQLA 4IMCA 5MHBA 3W22A 3HG3A 1GVFA 4UTUA 1D3HA 2Z1BA 3GKFA 1H60A 1FBAA 3B04A 2FPVA 1DHPA 1X1ZA 2VEMA 2ZTKA 3VNDA 3G1VA 4JR5A 3NL5A 4XKYA 4FEZA 3EB2A 2ISWA 1ME9A 2RKXA 1ZFJA 1W37A 4JTUA 4GUGA 1LLZA 1F74A 4FX7A 1H7PA 5HQEA 4N9CA 5HWJA 1OYBA 3GAYA 1PS9A 4AMAA 5HR6A 1LZOA 2DZWA 4UMCA 3NQGA 4O17A 3NQFA 1QPOA 3WFAA 2NXIA 4IMEA 1OYCA 5EKYA 3DFNA 1O5XA 3JR2A 3ATZA 4MKNA 3SR7A 3W7DA 2E77A 1VLWA 1AW1A 2O7SA 3HG2A 5F2LA 1KA9F 5K9XA 3RU6A 3W73A 5CGQA 1K7XA 1I2OA 1X8FA 5AHEA 4AF0B 3LHTA 4WOQA 1K3UA 1JCMP 4ORIA 2E5CA 4LV4A 4A29A 4O0KA 3ZWSA 4MLJA 1CW2A 1ZNNA 3TH6A 1LP6A 3GIYA 3M47A 4TX9A 3T44A 2Y61A 2UV8G 2E6FA 3NO5A 2P10A 4MZ1A 2YW3A 2R14A 1FWRA 1HTIA 4QQ3A 4O57A 1ALDA 1KFKA 2B7QA 4UR8A 2G96A 1VCGA 3BG5A 1QNVA 3M0ZA 3PSVA 4JX5A 4PC8A 4PL1A 3CQ0A 2QCDA 1PV8A 4Y9AA 4WD0A 1QOPA 3NPXA 3PULA 3GAKA 1VGAA 3N3MA 3LBMA 3LTPA 1VS1A 2QCHA 5CSRA 4TMBA 3KXQA 2QCGA 4E38A 1T0OA 2CLLA 1ME7A 5D02A 1JJKA 3UXAA 1UUMA 2B4GA 2NXHA 4CNPA 1B4EA 3PB2A 3W7OA 4OQVA 1QPQA 1QDSA 3STCA 4CNNA 3MW7A 3A5FA 1H63A 4CCEA 4O19A 3TSMA 4Y8FA 1I45A 3LGEA 3C3NA 2BTMA 3I7QA 1KTCA 1L6SA 3P60A 3M9YA 2A2IA 1YADA 1SZGA 3P8JA 2JK2A 4ZVJA 3BPWA 1FDZA 1ONRA 2BLEA 4GC4A 5D2YA 3L68A 3KFTA 4K36A 3E02A 3EWWA 3AJXA 3ZFHA 2ZA1A 2GOUA 4AWTA 5D03A 4CCCA 4FIQA 1IF2A 1LBFA 4MFDA 3RF9A 3ZS4A 4WQ6A 1B9BA 3KOFA 1LTDA 5EMUA 4UNKA 5EBUA 2RHGA 1XDMA 1TTIA 3HOJA 2DJXA 2Y7GA 3DFTA 3RNDA 2DORA 3HGRA 2DZXA 1W1ZA 2Y88A 2Q8LA 1S5WA 3HO8A 5AHMA 4LVGA 2A5HA 1YYAA 1X1OA 2FB2A 3S5ZA 1J5TA 4O1AA 4LVAA 3C8FA 3C52A 3SW6A 4O4VA 1G7UA 1KFEA 4KFNA 3S1WA 1F7BA 5CPNA 5ABTA 1C8VA 2DZUA 2BZNA 4JD4A 4OWGA 1ZAHA 4UMBA 5TBOA 3INPA 1F5ZA 2BWGA 4UUIA 2P1FA 5KINA 3NQCA 2J9XA 3VE9A 3PB0A 3T55A 2WSRA 5LNRA 1K02A 3TSBA 2JGQA 2DZVA 2WNNA 2A7NA 1MXSA 2W6RA 1FCVA 1IXNA 1C29A 1JUKA 1W0MA 4UNLA 4A2RA 3MMTA 3HQ1A 1W31A 1EPXA 2GJLA 4AHQA 4HN4A 4E0CA 4WOZA 1UJPA 4HNNA 4UFMA 1K8XA 5G2IA 4JNMA 4Z1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BR1A

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