4BR1 | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	245
structure length	228
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__185345630584595__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__185345630584595__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4BR1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__185345630584595__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"185345630584595","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4BR1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__185345630584595__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0392ba16de1128b5985227/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0392ba16de1128b5985227/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Differential Proteolysis in Human Triosephosphate Isomerase rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	87
structure length	228
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2013-06-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4br1A00

3KHJA 3C0JA 2Y88A 4DELA 3GX9A 3QEZA 1NVMA 2BWGA 3NL2A 4EVZA 2B7QA 2C18A 2R8WA 3HGJA 5LHEA 3QMSA 3M5YA 1LOSA 1F6KA 4LVGA 3E12A 3BGGA 5AC8A 1TTJA 1TPVA 4O0ZA 3HGOA 1GTHA 1H51A 4JTSA 3P84A 4TIMA 5K3VA 3LXBA 3P7YA 3W87A 1QOPA 3NQ8A 3LV6A 2W79A 3M6YA 1DL3A 3NL6A 2V81A 3W86A 3HPSA 2TYSA 3CT7A 3NXFA 5GVJA 3HG5A 2I9EA 2JGQA 2FPTA 2DJLA 4XBSA 2ATMA 2J24A 2Q3OA 5F2LA 3HPZA 3TJLA 1W5NA 2ZYFA 2C15A 5ABTA 3EX6A 4IPJA 1XM3A 2DZPA 5CPMA 3C56A 3I65A 2B7NA 2VELA 1XC4A 1XDMA 3GVGA 4O14A 3AO0A 2GJLA 2EHHA 4XZ9A 3B05A 4JN6A 2X30A 4RLIA 4OU1A 3G1VA 5G2WA 4RJEA 4LTSA 1XBZA 3B8DA 2ZDRA 2FIQA 1U5JA 3W85A 1LOQA 4UXDA 3GXTA 3TKFA 5EBUA 2B0MA 2RDTA 1ZFJA 3LERA 2E6FA 5G5IA 3BW4A 4PODA 4JX6A 4LV9A 3LHUA 4A2SA 1RPXA 3FA5A 3EWXA 3RK8A 4OE7A 2E77A 2J9XA 3S1UA 3W7LA 3IVTA 1EA0A 1H1ZA 3HG2A 4LS1A 3QMTA 3PB0A 3C2EA 4K36A 3KVJA 2NXIA 2FB3A 1SW0A 2TMDA 3GDLA 1F05A 2GVLA 2VEKA 4AHOA 1YLVA 1EP3A 1EWDA 2O7SA 2UV8G 1KM3A 3TUUA 1TPUA 3FYPA 2KZHA 3ATYA 3W83A 1WOAA 1SUXA 1Q3NA 3NA8A 2Y62A 1VZWA 2VFFA 2HS8A 2DU2A 4RCXA 4R53A 2ISVA 1A5AA 1I2NA 5FF7A 1GZGA 4UFJA 4E38A 2EAWA 2QCNA 4HKPA 4ZL1A 4Q4KA 3C8FA 2YX0A 3EWYA 3S0CA 2OZ0A 4FXSA 3CTLA 2CLHA 1SR9A 2VEIA 2XN2A 2YZRA 5F4SA 3OG3A 1OX4B 3LXCA 3MI3A 2VFGA 4GUGA 3HOJA 5DCBA 1YTEA 1ZHAA 3C2RA 4WOZA 1D3HA 4WY0F 1WQ5A 3A22A 3MI2A 4FNRA 5G2IA 4CNOA 2G96A 4WY0B 2R91A 3M16A 4PL2A 4Y8FA 3S1XA 5D2TA 4JTTA 4JYDA 2BX7A 1OYAA 1EB3A 3L9CA 4DF0A 3P61A 1KV8A 2IQTA 4WD0A 3QRHA 1S3HA 2ZRZA 4O16A 1U83A 1ICQA 3OVQA 3GKFA 1V5XA 2YW3A 1WA3A 4FXRA 4UTLA 3ANYA 1I8JA 2V2CA 1C8VA 3W2NA 1VYPX 1OFPA 2YR1A 5AHFA 3TE9A 1P0KA 3G1AA 1QO5A 1T8XA 1IF2A 3W7DA 6TIMA 4UTJA 3BLFA 3DFNA 1K8YA 3HBLA 3LHYA 2VFHA 4AEOA 2QCHA 1DQWA 1H7OA 3P5ZA 4K6AA 3DI1A 1H61A 1W5PA 4UTTC 2ZA1A 1VJIA 4LRTA 4L4LA 8TIMA 5K9DA 1GG0A 3P8IA 1AW1A 5CZTA 4NT0A 3ABRA 2NXGA 3GYEA 4WJEA 1RD5A 4LT9A 3QQ0A 2GUUA 3ZFHA 3EXTA 1FWWA 4I7UA 3M47A 4C1KA 3CWNA 3HIJA 1LDCA 3L0NA 3PVFA 3EWWA 5KINA 3R12A 3FYOA 3L66A 3LHWA 1PHQA 3EKLA 3K30A 1KFCA 3F4WA 2VEMA 3A21A 3B04A 3L5MA 4LOCA 3TH6A 3KVMA 1R30A 3W1QA 3QW4B 3N9SA 1Z42A 5EA9A 5EKYA 3LRMA 1GTEA 3UZJA 5T26A 5A5WA 5CSRA 1N8FA 1AL7A 1YXDA 1CX9A 3F03K 3GKAA 2ZCGA 2FPYA 4DO6A 5LNVA 3LRKA 3TU9A 1GWJA 1SSGA 3V1PA 1SZFA 1IGSA 5IBXA 1OFRA 1TPWA 2X1SA 1OG0A 5D2XA 1ML1A 4OHQA 3W7EA 1XFBA 2V5BA 4QSHA 3NR0A 3ATZA 3G18A 3JS3A 1FBAA 1DOSA 5A8GA 3UYCA 3UPBA 1QNVA 1W31A 3TA6A 3HG4A 4NZFA 5SWUA 2GVGA 4ZQRA 3W9ZA 2Z1BA 3BG9A 5H2ZA 3H54A 2ZFAA 3I6RA 4AWUA 2I1OA 2AAMA 2PRLA 1VCGA 1YDOA 3W2LA 2Z2UA 5KZEA 1W3NA 3VE9A 1H7RA 1DVJA 5FF4A 3NQ6A 4LC6A 1FX6A 3P62A 3SECA 3WK3A 2OX1A 4PL1A 2RKXA 1XBYA 6ALDA 3WJXA 2ZBTA 4HNVA 3CEUA 3TR2A 1G67A 2BTMA 4NNCA 1SO4A 5FEXA 3O6DA 4MY8A 4UNKA 1OHLA 3NQVA 5H91A 1GT8A 2NV1A 3HGSA 2V2HA 1F7BA 4NXKA 3GIYA 2PCQA 3B0VC 3R2GA 2WQPA 1N7KA 4K7VA 1S5VA 3GNNA 1SO5A 2RDWA 1UASA 4DBDA 2WKJA 1JCLA 4UC5A 1B3OA 3LI1A 3PWAA 1ZENA 4MFDA 4HPXA 5AN7A 5D2YA 1W0MA 2H6RA 1FCVA 4AMAA 1OYCA 1WV2A 1GVRA 4O28A 1H50A 1SO6A 4TMCA 1Q6QA 3B0PA 2YXGA 3Q37A 3A23A 5HWMA 5DCEA 3SI9A 3O63A 3DHDA 4FO4A 1E51A 3W88A 4RXGA 5DY3A 1JJKA 1JCXA 3NPVA 4AF0A 1BKSA 1QPNA 5G4WA 4LVFA 3C61A 5BRBA 3FFSA 3G1DA 4O10A 3M9YA 5CZSA 2NUYA 1QFEA 3C6CA 3DGRA 4TO8A 5DBUA 4Z1BA 3KOFA 1R2SA 2A6LA 2YDAA 4Y9AA 4JYFA 1JULA 3GXNA 5D38A 3L2IA 3PY2A 3INPA 2G97A 1DHPA 3USBA 4E2DA 3UY7A 3MI6A 1H62A 1M6JA 2CW6A 4LU0A 4K7YA 4TX9A 1IXNA 3GAYA 4UTWA 2WNQA 3TIMA 1OABA 2J6XA 3GDMA 4JIPA 4X2RA 3SFKA 1OJXA 2JKEA 2ZA3A 4ZQNA 3O06A 1FCQA 3LCIA 4PH6A 4BI5A 2DZWA 1XBXA 3P60A 1UCWA 1BEUA 4WQ6A 4XQ6A 2J9YA 4QQ3A 1X1ZA 1DKWA 3LDVA 2NXHA 3NQMA 2VC6A 3FKRA 3BLIA 2XFWA 1IXOA 2O7QA 4N4PA 1HO4A 4TU1A 5FEPA 3QYQA 4HN4A 3O6CA 3LXAA 4KFOA 3JR2A 2E6YA 1EX5A 3ABSA 1EP1A 3KAOA 3W2KA 3CEPA 1DJQA 3S8HA 3KVLA 3W7JA 1GG1A 3FOKA 3NZ1A 1OFQA 3WJYA 1PS9A 3W1LA 4JD4A 2H3DA 2ZZ6A 4O1DA 5MHBA 1TPC1 3UWVA 1OFDA 2Y6ZA 3EWBX 5AHEA 5CZ0A 3VFLA 3DFSA 3RF9A 3MP5A 3F1QA 2ZTKA 1JUEA 4N9DA 4PEKA 3EX3A 1B57A 4JTIA 5D2WA 3RU6A 2A7PA 2VEPA 3U6WA 2GPTA 3PC0A 2CZEA 4ORIA 1GYLA 3GK0A 4QNWA 4MOZA 4YLWA 2A21A 2ZZ7A 3W1NA 1F73A 4RZ4A 2A7RA 4UTTA 1PCWA 3GXPA 3NVTA 1MEHA 1K8XA 4IXXA 4CQ9A 1HUVA 1SW7A 4BWLC 4ADSA 4QJ1A 1TRDA 4IQLA 1PV8A 2DJXA 3MW7A 2QJIA 1KA9F 2ABBA 3IRDA 4UR8A 3HPXA 1QPOA 2ZZ4A 1QAPA 3O6YX 4GJ1A 4YWIA 1YADA 4RX0A 1KTCA 3SIZA 3UZ5A 1OFBA 4HNNA 1BTMA 1MEIA 4I9AA 4JYEA 4FX6M 4BFAA 4CQAA 4Z0JA 1UJPA 2R94A 5IBXC 3PG9A 3TC6A 4M7SA 3TXZA 1GVQA 4MLRA 4LVDA 1VLIA 5G4EA 4O4VA 4O4WA 2JKAA 3BV4A 3R89A 2A0NA 4GXMA 1ICSA 1RV8A 4MYXA 1C9DA 1K7FA 3NG3A 3P8JA 5AYYA 4CNPA 3M5VA 2EGZA 3DENA 2YW4A 4K37A 5C6MA 1I4NA 2OT1A 5AC7A 2QCDB 3SZ8A 1KTNA 2VXNA 5KZMA 2E1DA 4NVTA 3IVSA 4UTUA 1HG3A 5LKYA 1O95A 2NX9A 3VKJA 3DAQA 4MPQA 3T4CA 2TPSA 5I3HA 4FNTA 3NQ2A 3PSVA 4O12A 1TTIA 2HMCA 4O17A 3UY8A 3CU2A 4GUHA 1XBVA 5FEZA 1TTQA 4IUOA 1YTKA 5BOOA 3BG5A 1IIGA 1ZALA 1H1YA 3FS2A 4LV4A 4TR9A 1UBSA 4MIMA 3N73A 5K2ZA 3GDTA 4ALDA 1VRDA 4HIBA 1ZAHA 5KZDA 3NQAA 2CLMA 4NUWA 3L0GA 5I3KA 1W3IA 1OF8A 3N2MA 2DZVA 1KV5A 3TV8A 1FDYA 1X6UA 1JUBA 3W7MA 5CPLA 3VE7A 4EWND 4PCFA 3LI0A 4X9SA 3NYZA 4JEQA 3LCWA 2ZRUA 5DELA 2Y7GA 1QPRA 1NFBA 5K4XA 2OT0A 2TRSA 3L21A 2GVJA 1EWEA 1HFBA 3NO5A 1EUAA 3QQ1A 2VOMA 3M5ZA 3PAJA 3D0CA 3EXRA 3MHFA 1KBIA 5E93A 3CLMA 2Y63A 3CWOX 4HSNA 4HSOA 5F2MA 2QAPA 2QCMA 1DORA 1R2TA 5CSSA 3WK0A 3DFQA 1OFEA 1L6SA 2A2IA 3E96A 3SJ3A 2ABAA 4JXCA 3L65A 4LUJA 2Z6IA 3HGRA 3W3OA 2ZRVA 3W7HA 4JNMA 2NV2A 3LCGA 1LROA 5F2IA 3S5YA 1XKYA 2D73A 5FF0A 1VYSX 5AYZA 5C54A 1W54A 3QSRA 5AC6A 4UTWC 1OX4A 1J4EA 4FX8A 2AQWA 1PCKA 3G8RA 4OQVA 1GVFA 1S5WA 1FCBA 3V75A 4QNEA 5HR7A 4FNQA 4O15A 4ZQMA 2ATSA 4A21A 1FY6A 3W6YA 4XBKA 3DI0A 4O13A 1WBJA 4WY0A 1XL9A 2NWRA 3BO9A 2J27A 1MEWA 4DQWA 3HMJG 2V30A 1JCYA 4WZHA 4XKYB 2A85A 4FX7A 3UD6A 5I3GA 3IIPA 4DF1A 4UR7A 1SFLA 1G4TA 2ZZ1A 1SO3A 3S5NA 3NQEA 1TPB1 3GDKA 5F1VA 4WOQA 1Q6RA 5EY5A 3E9AA 4UUIA 3I7QA 2FB2A 1JUKA 3TJXA 2RFGA 4HNUA 4JTEA 4O11A 3LV5A 3W1PA 4UMCA 3OIXA 3S5OA 4O57A 3DFPA 1W5OA 1XUUA 5U7SA 1QO2A 4NU7A 1F2JA 4YMZA 1P1XA 3TSDA 2ZZ3A 4RZ6A 3P81A 3PB2A 3WK1A 4M6PA 1MXSA 4PTNA 5HWJA 1QDSA 4ORMA 3NQDA 5AHIA 3HJZA 1XI3A 3LX9A 3G0UA 2QKFA 1ME9A 2GOUA 5LNWA 4KWVA 2QJGA 3CM4A 3T44A 3TQVA 3THAA 1FQ0A 4RKAA 3T78A 1NF7A 2CZDA 3O16A 4R7JA 2YYUA 2W6RA 3TFCA 1KLYA 3TX9A 3ZWSA 1SZEA 1WAUA 3NPUA 4AH7A 3W76A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4N02 A;  2J88 A;  3FJL A;  3LCH A;  3E0L A;  1BVZ A;  4B5S A;  3M7W A;  2BXY A;  3D47 A;  5LA0 A;  2PRH A;  4ROQ A;  4NRR A;  1J2W A;  5CBJ A;  4EPB C;  3WQO A;  1C91 A;  4N6F A;  2Z27 A;  3S9Z A;  4DWS C;  1QVB A;  4JTJ A;  4ZSU A;  3BMX A;  5IOB A;  4AIU A;  2ZOX A;  4DIA A;  2X1R A;  2WK2 A;  4OIF A;  3IJ9 A;  4WX2 A;  4ZVJ A;  2QJM A;  4O8A A;  4Q7B A;  5AB3 A;  3T1G A;  1E9Y B;  3O07 A;  1I9C B;  2P10 A;  4AVF A;  2GDV A;  3CV1 A;  3SW6 A;  1W8S A;  4LVA A;  2DZU A;  2INE A;  2GDQ A;  2G41 A;  3LTP A;  3IIZ A;  3O8A A;  3ZLG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4BR1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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