4BWLC

Structure of the y137a mutant of e. coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
296
structure length
295
Chain Sequence
HATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVANIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Reaction Mechanism of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Revealed by a Combination of Crystallography, Qm/Mm Simulation and Mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 114
structure length 295
sequence length 296
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4bwlC00
1FWRA 2CZ5A 3CM4A 2YW4A 1C9DA 3HGJA 3NGJA 4JX4A 4XZ9A 3IGSA 2FIQA 3MWAA 1GOXA 1FBAA 3S1VA 4A2SA 2YR1A 5KITA 1KW1A 3W7QA 1TTQA 2DZUA 4IOTA 3S1UA 5KINA 2QUVA 5EYWA 1IIGA 4HN4A 1G4SA 1KFLA 2WNZA 4O11A 4O15A 1FCBA 3LTPA 4HNVA 4O18A 1EEPA 1OYAA 5DELA 2BSLA 3TC7A 2JK2A 3FS2A 1I8JA 5K4XA 3PB2A 3H55A 1VS1A 3LBMA 3S5OA 4M6PA 5BMWA 3HO8A 4O0KA 2PRHA 4MPQA 1KFKA 1TJPA 3RLUA 3UNDA 1YXDA 2PC4A 5D38A 4O12A 1R2SA 1XDLA 2YYUA 3MP4A 3QRHA 4JIPA 1FY6A 1X1ZA 1SO4A 3GVGA 1TV8A 2DZPA 1B3OA 3MI6A 4K37A 3W1NA 1E51A 4WX2A 1WBJA 4WZHA 3ZWTA 4WQ6A 1HFBA 4EF8A 3NM1A 1QPRA 3LB0A 1IF2A 3L5LA 5F2IA 1OVDA 1RZMA 3LLFA 4DF2A 1W37A 2DU2A 2Q8LA 2PRLA 5IM51 1PVNA 3VKJA 4BI6A 4O16A 3GR8A 4NX5A 3M1ZA 4JY9A 3BLEA 2QCDB 3WK1A 1FUYA 4AMAA 4DF1A 4JS3A 3AO0A 3DFTA 3P82A 3G22A 4OU1A 1OG0A 2C19A 2GQ9A 4K7YA 1KBJA 4QNEA 1SSDA 1X8FA 1H51A 3IRDA 1KTBA 4FNTA 1Q6RA 4NX0A 2WO5A 4MLRA 1FWNA 4ZQRA 2Y7FA 1MEIA 3GX9A 3QW4B 1JUKA 3CTLA 4UTLA 1H7XA 4WOZA 1TPC1 3MYPA 5HR7A 3W85A 1YTKA 2Y70A 1HL2A 3JS3A 3B0PA 1YYAA 4ADUA 3P84A 2X2GA 4CNOA 4YCPA 4HHPA 1TTJA 2PCQA 3KVKA 1N8FA 4UTWC 1TTIA 1L2UA 1TV5A 3QM3A 3FFSA 1IXOA 5I3GA 2Q3RA 5I3HA 5AN7A 4JDBA 5G1TA 3ATZA 2CFFA 5C54A 3BGGA 3N34A 4LVAA 4LV9A 1R30A 3DI0A 2R91A 3P7YA 1H1YA 1ADOA 3LTYA 1LTDA 5LGZA 5C55A 4UTKA 5CPLA 2QKFA 1H5YA 3HG3A 2E09A 3M9YA 3I65A 1B57A 3STFA 1V5XA 1LOSA 1TREA 4NVTA 3DFNA 1BEUA 5HUPA 3MJYA 1ME9A 2C18A 4HNNA 5EMUA 2HS6A 3BLIA 5C5YA 3PSWA 4CCDA 3TR2A 4JTKA 3EXTA 1TQXA 1Q6LA 5CKSA 3TK7A 3QMTA 4N4QA 5LHEA 5I3FA 2NX9A 2QF7A 1RR2A 2Y62A 1TPB1 3VE7A 1GVRA 5CPNA 3FOKA 1UB3A 2E5DA 3A9IA 3R12A 1R46A 1PHQA 5AOUA 3UXAA 4JTGA 4LTSA 4Z0SA 4K6AA 3LXCA 1JCNA 3HG5A 4ICNA 4XWUA 1TIMA 1OX6A 4TMBA 1LBFA 1SR9A 3S5ZA 3GAKA 1PS9A 2TMDA 5BOOA 1UBSA 1TO3A 5DCBA 5FI8A 2NXGA 2BWGA 1NSJA 4B5NA 2FDSA 3TIMA 2Q8ZA 4JGDA 4GWEA 4M19A 5AYYA 3DXIA 4IMFA 1VQTA 2V82A 2P10A 4BI7A 4D2JA 4GUFA 1VYPX 1A50A 1IXQA 2V2DA 1OX4B 3OG3A 3B04A 3LHVA 2ZZ5A 4BWLC 5F2GA 3PUDA 1T0OA 1TSIA 5K4ZA 4MY1A 4K39A 3W72A 2OT0A 4AHOA 3LCWA 3TW6A 2HSAA 4H6KA 3C2RA 4K7VA 2ZRXA 3NQDA 2Z6JA 3WK0A 4PEKA 1KM4A 1XBVA 2ZRVA 1V7YA 4A21A 4N9EA 3NA8A 1G4PA 5HWMA 1VZWA 1SO5A 3LV6A 3W7HA 1XM3A 2DZTA 2YFNA 3UWYA 2ZZ1A 4ADTA 2C3ZA 1WAUA 2EPHA 1OX4A 3HG2A 5C2XA 1LOQA 2ZTKA 1M5WA 3S1WA 3E0IA 5LNWA 1NVMA 1DQWA 1EWEA 4NZJA 4O53A 4OQVA 5D2TA 3KAOA 2QCGA 1P1XA 2G5WA 3EWXA 2VC6A 3GDKA 1TPWA 5HMSA 3S9YA 3PM6A 2A6LA 3NXFA 1JJKA 3PS7A 4KFPA 4AWTA 5H91A 1KTCA 1Y0EA 4O28A 4GNJA 5HNRA 1A5CA 3HOJA 4E2DA 2J27A 3NG3A 4KKXA 1QDSA 1A5BA 4FNRA 1KV8A 4JYFA 4UMBA 4AAJA 4NNBA 1L6WA 2E6FA 3SGUA 1J4EA 5LHFA 4H4IA 2VFGA 3KVLA 2FQIA 2GJNA 2AAMA 3YPIA 2ATMA 2NV1A 3DZ1A 3NQAA 5DXYA 3W7IA 3S5NA 3L68A 4UFMA 3UWQA 2CU0A 4FNPA 1SW0A 1F74A 3NQGA 3TSBA 1X7FA 4FNQA 1DQXA 3P5YA 4OV4A 4CCCA 1KM3A 1TJRA 3S0CA 2FFCA 4XTDA 3UWZA 1W3IA 4JYDA 1JR1A 2JGQA 1XFBA 2P0OA 4JTLA 1UUMA 3WJYA 3PBWA 3MP5A 1W1ZA 4DF0A 3TA6A 1SU5A 3H54A 3IIXA 4MVAA 1H7RA 1JQVA 1SPQA 3H53A 2VFHA 3EKLA 1D3HA 3I7RA 5TBOA 5SWUA 2V8ZA 3ZS4A 1DBTA 3L66A 4AWUA 1YPIA 4N2YA 4LS0A 1AW5A 3W2UA 4AXKA 3PSVA 1WOAA 2Y7GA 3MBDA 3A21A 5KZEA 4EVZA 3P60A 3GLCA 4R33A 1H61A 3GXNA 3W70A 2VEPA 5AHFA 2JKPA 5TIMA 3EWWA 1BWLA 4JTTA 5K3VA 1R47A 5KTLA 3NOEA 2B7OA 4BF9A 1NF0A 2A4AA 3V75A 4PC8A 3W1UA 2CW6A 4NJIA 5EBUA 3LI0A 2B7NA 3GKFA 4ZQMA 4UTTC 3W75A 1DJNA 3TUUA 5CSRA 5FEWA 4JEQA 2QDGA 3CT7A 3L67A 2NXIA 3W7MA 3FJLA 1XC4A 1J2WA 2YX0A 4DPQA 3M5YA 4I7UA 4HSNA 3B03A 4MUZA 2ZZ3A 1K8XA 8TIMA 2RHGA 4AH7A 4IMGA 2WSRA 1AW2A 1G69A 2WV8A 1PL9A 4XBKA 3RF9A 1GVQA 3TFXA 2H6RA 1QPQA 5I3IA 3LHYA 3G8RA 4UFIA 4AWSA 4P61A 4RK8A 4UFJA 4M6VA 5AHEA 4O54A 2FJKA 3PBVA 3JRKA 5EPDA 5LNSA 3MHGA 1LM1A 1XBXA 3W1LA 3DFOA 3NZRA 3W2MA 2BLEA 2QCMA 1GTHA 1N55A 1O5XA 2QJIA 2XN1A 4LUIA 3G1XA 3B0VC 3DHFA 1ZAJA 2OMAA 3QPZA 3N14A 1LOLA 1GVSA 3ELFA 3GB6A 4LVFA 4CNNA 2QAFA 4DPPA 3NQCA 4DO6A 4E38A 3EWYA 3M0ZA 2X1UA 1Q6QA 1DOSA 2CZFA 3W7NA 2QCNA 1ZALA 4Y90A 2G95A 2WNQA 5I3KA 4WJEA 1OJXA 2EF9A 1VYSX 1RQBA 4HIBA 5G1YA 4UTUA 4FHAA 2GVGA 1P0KA 4TX9A 1AW1A 2EKCA 1XXXA 2RKXA 4O14A 1LCOA 1GVFA 2OX1A 3W7LA 4DO5A 1CW2A 3UY8A 3NEVA 4UFLA 1GYNA 3DKLA 4O19A 4RXFA 3G3MA 1OFRA 3LI1A 3F4NA 3NNTA 3P81A 1AG1O 3G0XA 4O52A 1W3TA 4HNTA 3GIYA 1F05A 4ALDA 5DBTA 2R8WA 2VOMA 3HB9A 4O1BA 4DQWA 2P1FA 4N6EA 1DL3A 5AB3A 5FEPA 1D3GA 3GNNA 1AL7A 4JN6A 3DKJA 2VFFA 4UTIA 3EX2A 4JY8A 1ME8A 4W9TA 2E68A 2NX1A 3WJZA 5HWJA 2XN0A 3MYOA 2E1DA 3CLMA 3SZ8A 3LXAA 3HGRA 1Z44A 4AEOA 1TTPA 4PA8A 5DLCA 1GG1A 5G2IA 4DEFA 1SO3A 1WXJA 2J24A 4S2CA 2E5BA 4JTSA 2YYTA 4Z08A 3MI3A 4JDYA 4QISA 4FXSA 5KZMA 3DU0A 3W07A 4MFEA 1RQEA 1FXQA 5LNUA 3O8AA 1W54A 1L6SA 2FB3A 1QO2A 2CLFA 4IJBA 1H7NA 4RCXA 3BK0A 3F4WA 3EWZA 3BV4A 4WY0F 4EIVA 1MXSA 3HIJA 3RFAA 3C2FA 5K7JA 1XKYA 2B7QA 1AL8A 5FEXA 1XUUA 3W22A 3KRUA 1VLWA 3UY7A 3OEXA 4JICA 5DN1A 2QEZA 4LC6A 5D09A 3KVMA 1U5JA 1KBIA 1OYBA 3E12A 3W1AA 6ALDA 1OK4A 4CLMA 1VH7A 4FIQA 5F1VA 4NJGA 3N3MA 3IGXA 3EX4A 3W73A 4GJ1A 4CQAA 3NPWA 3LHWA 3GNDA 1AMKA 3T40A 4ORMA 5C6MA 4XBSA 4U28A 4FIRA 4ZQOA 2Y7DA 4FNUA 3JR2A 1VPXA 1RD5A 4Y96A 5H2ZA 2H3DA 3RLVA 4GC4A 4NJKA 1KFJA 2ZA3A 5KZDA 3W9ZA 1F6KA 3SW6A 4JTHA 1ZCOA 3IV3A 1C29A 4RKAA 1LBLA 3TAOA 3UPBA 2ZTJA 2QCEA 1MEHA 2Q3OA 4A2RA 5D04C 2I1OA 5EA9A 3HBLA 4NNCA 4UCGA 4K8HA 2ISVA 5AFDA 2QCDA 1PHWA 4UTWA 3UWVA 1VHCA 1H7PA 3WJSA 1U83A 1SFJA 2UV8G 3P8IA 2E6AA 1UJPA 3PUEA 1VCVA 2ABAA 3QQ1A 1ME7A 3PUOA 1OYCA 2C6QA 3BGJA 3L2IA 4UMAA 2QJHA 3WFAA 2FLIA 3LRKA 2A6NA 1HG3A 2A7PA 3HQ1A 3LHUA 3HPXA 5CGQA 2R14A 3A23A 2OT1A 1VHNA 4YL2A 3TFCA 3T78A 2HS8A 1ALDA 2YGYA 1KLYA 2J88A 4TR9A 1DJQA 3PR2A 1OFOA 1K02A 6TIMA 1FDJA 1EP2A 5CG7A 1PCWA 5HINA 1GZGA 2WOQA 1SZGA 4H3DA 5G4WA 1MO0A 1YPFA 4X22A 2IQTA 3UZJA 4NZFA 5J5DA 2NUXA 2VFIA 4IXXA 2FPVA 4UXDA 1K8ZA 2A85A 3A5FA 3OVQA 4M7TA 3TH6A 1OFDA 2GQ8A 5J5RA 4FNSA 5AHLA 1EA0A 1TPH1 4ZZ9A 1LROA 1XL9A 3W7DA 4WUIA 2YFOA 2H90A 4UC5A 4A29A 3INPA 3TC6A 3QF0A 1O4UA 1FDYA 1F7BA 1G4EA 3U6WA 2ZZ2A 3CU2A 4O10A 1QPOA 4M6QA 3G18A 1FXPA 3GR7A 3TNOA 1TYGA 3W2KA 4JYEA 3SIZA 2VKZG 1N7KA 1WYIA 4UR8A 3O07A 3BG5A 5CPOA 3EEGA 1Q3NA 1K8YA 3KXQA 4EF9A 3G3DA 5LNRA 1KM2A 4HPXA 3N73A 2C14A 2ZA1A 3DH7A 1GEQA 1HO1A 4N4PA 1L6YA 5IBXA 1QCWA 3V1PA 5G4EA 1I2QA 3TW7A 1RQHA 4GUJA 1JRCA 1GPWA 5AYXA 1W5PA 2WKJA 2QR6A 3C2VA 3LHZA 4I9AA 4BWLA 4PFMA 2FPYA 1WQ5A 2ZCGA 2PRMA 3QJAA 5D33A 5AC7A 3A5VA 3UD6A 3L5MA 1FCVA 4GUGA 5D32A 1EUNA 3EWBX 3C52A 2GQAA 5D05A 1T99A 1W5QA 3W6YA 5K9XA 1KM5A 1TPUA 4WXZA 3T55A 2A21A 1WV2A 3BG9A 2GUUA 5LNVA 1XBYA 1W31A 1I2OA 2QUUA 5T26A 2CLOA 1G4TA 4R34A 1Q6OA 3W71A 1JRBA 4KWWA 5CSSA 3TX9A 2CLEA 2GOUA 4IMEA 2TYSA 4JX5A 3W1QA 4JTIA 1VGAA 4I7WA 3B4UA 1S3HA 4Z1CA 4QITA 2H3BA 2OCZA 1TCDA 4N9CA 3W7GA 1KFCA 1XBZA 5AC6A 3L0KA 2CLMA 3LBCA 2YW3A 4GBUA 3M5VA 4O0ZA 1K3UA 1QFEA 1F6PA 3LCIA 3P80A 4UTMA 1JULA 3THQA 4POCA 4LWWA 3LRMA 4ORIA 1LRQA 2GVLA 3SECA 1W5OA 4HT3A 3SR7A 3KHJA 3FYOA 4NJJA 4AVFA 3LX9A 4I7VA 2ZRYA 3GDLA 2X1TA 3VNDA 1M7OA 3CC1A 4M7SA 3CIWA 5HWNA 3P74A 5F4XA 3PG8A 1YLVA 1H62A 1NF7A 4DELA 4Q4KA 1X6UA 4Y8FA 3DFQA 3NM3A 2GVJA 4JTJA 4U4MA 4OGZA 2ZRZA 1B4KA 3Q2DA 5BRBA 3TU9A 3IIZA 3ABQA 3CPRA 3WK2A 2NWSA 5DCEA 2TSYA 3N2XA 5ABTA 5U4NA 1I45A 5HR6A 2KZHA 4X9SA 4FF7A 1S5WA 2DZVA 4N02A 1MSSA 3ABSA 2WJZA 3MUXA 3W1XA 1TPFA 3SGZA 3T44A 2CLLA 1VRDA 2DJXA 1F5ZA 3HF3A 2QCFA 3EX3A 1F73A 4GXMA 3W2LA 1GWJA 1TRIA 2YPIA 3PULA 3I7QA 4MY8A 1TRDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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