4C1KA

Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
MKYSKEYKEKTVVKINDVKFGEGFTIIAGPCSIESRDQIMKVAEFLAEVGIKVLRGGAFKPRTSPYSFQGYGEKALRWMREAADEYGLVTVTEVMDTRHVELVAKYSDILQIGARNSQNFELLKEVGKVENPVLLKRGMGNTIQELLYSAEYIMAQGNENVILCERGIRTFETATRFTLDISAVPVVKELSHLPIIVDPSHPAGRRSLVIPLAKAAYAIGADGIMVEVHPEPEKALSDSQQQLTFDDFLQLLKELEALGWKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Destabilization of the Homotetrameric Assembly of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase from the Hyperthermophile Pyrococcus Furiosus Enhances Enzymatic Activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags Transferase
total genus 96
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2013-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4c1kA00
2C1HA 2G96A 3G18A 1I2OA 5DCBA 4FNQA 3A21A 3RK8A 4LV9A 4RK8A 4UTTA 2RDUA 3H55A 3W7RA 3O05A 2ISWA 2Y62A 4K39A 3B4UA 3RU6A 1HTIA 2ISVA 4E0CA 3DENA 3LHVA 4TMCA 3I6RA 5KINA 3EWBX 4O14A 1TJPA 1O60A 1PE1A 4JTSA 5F1VA 5HNRA 1L9WA 3MI6A 1W8SA 2QAFA 3W1AA 1MEIA 3FJLA 3NQAA 2BTMA 3GXTA 4OQVA 5HINA 4ALDA 2AGKA 4ZQOA 1KW1A 5FEXA 1XUZA 3GIYA 4UTHA 1A5BA 2Y88A 2DJXA 3KFTA 4N6FA 2H6RA 2CLOA 2ABBA 1VPXA 3W88A 1X7FA 2A85A 2VEPA 2DU2A 1XBXA 1VS1A 3LHTA 2NV2A 4FXSA 4I7WA 1K7EA 4NNAA 4C1LA 5I3HA 3WK3A 1RQBA 3W74A 1Z42A 5EKYA 1NF0A 3EKZA 2GQAA 3LCWA 1LBMA 4A2RA 5AFDA 3SIZA 3QPYA 3OVRA 1KLYA 2NX1A 4NX5A 4QJ1A 3GDMA 3VE7A 1F73A 1EP3A 3R13A 5DBTA 1LP6A 1P0KA 3TFCA 2CLEA 2NUYA 3FYOA 1JCLA 3TXVA 3BO9A 3LCGA 4O50A 4RCXA 5D03A 3TSBA 3RF9A 2E09A 5G4WA 5LGXA 2FQIA 4O13A 4MYXA 4Q4KA 2G95A 5CPNA 2VFFA 1DOSA 1XCFA 2C6QA 4HSOA 4LRSA 3L66A 4UIOA 4MLRA 3G24A 5IBXA 3GAKA 5TIMA 2QCGA 3DFTA 3B03A 3NQGA 3PM6A 8TIMA 3TIMA 4UMBA 1TPH1 3UXDA 4AHOA 1ICSA 1OK4A 1FUYA 2A21A 4LUIA 1IXOA 2WV8A 1O5KA 5A5WA 4JTFA 2YCEA 3O63A 1A50A 3G3DA 4Q33A 4OV4A 4BI6A 1AG1O 1N7KA 1M6JA 2XN2A 5EA9A 5J5RA 5DBUA 3WJZA 1MXSA 5LNWA 4GUFA 3W1NA 3WK1A 1GT8A 5TQLA 4M7SA 1TPVA 1V7YA 1TRDA 3G1HA 4O4VA 4ZQNA 1H50A 3JRKA 4YCPA 4C1KA 3HO8A 3LRKA 2FPVA 1F74A 3B05A 4QQ3A 4AWUA 4JN6A 4NU7A 3UXAA 3W75A 3QSTA 3TH6A 4CQ8A 4HNVA 1G67A 3QMRA 2AAMA 4EIVA 3LGEA 1TPUA 2H90A 2C3ZA 2ZTKA 1ZAJA 1U5JA 2NWSA 2GUUA 1PVNA 4NUWA 3EWXA 3S5YA 1EWDA 3N9SA 4NXKA 3W7NA 1JUBA 1TPWA 1H7NA 4MJZA 4AH7A 3Q58A 3LCHA 2ZZ6A 4XKYB 5BNKA 4IMDA 5F2GA 5HWMA 5AHFA 3EWUA 3HOJA 4I7VA 1O5XA 3W3OA 1B4EA 4JR5A 3W83A 3LHYA 2ZA3A 5K9XA 3LXCA 4JX6A 1AL8A 3STEA 4RR4A 4TU1A 3EKLA 1BKSA 5KITA 3P7YA 5BOOA 3GNDA 3RLVA 3HPSA 3LHZA 2YW3A 2R8WA 1JRBA 2JK2A 3P61A 1AL7A 3I68A 3NQVA 5HWNA 3G1VA 3NQMA 3IIVA 1JR1A 3P84A 3RMJA 2QAPA 3R2GA 1TPDA 1XBVA 3BG9A 2R94A 2BSLA 1H5YA 1ME8A 5HUPA 2PRMA 4Y8FA 1H7OA 2E68A 4LS1A 4A29A 3W1RA 3CTLA 1W5PA 1NEYA 3EB2A 5AHMA 1OFOA 2V2HA 3BLIA 3L21A 4MUZA 3F1QA 4HN4A 3I7QA 3S5NA 2QR6A 5CKSA 3W1TA 4OHQA 4MJMA 3UZJA 3TQVA 1LOLA 3JS3A 2QUTA 3DKJA 2NLIA 3IIZA 2NZLA 2QCHA 2JKEA 2BX7A 2YFNA 1KV5A 3V1PA 1P1XA 4O54A 4K36A 1T8XA 2YX0A 3IRDA 2F84A 3CT7A 4FNUA 4LS2A 4ONVA 1TPB1 5K3VA 3CU2A 3CHVA 3B0PA 1TTQA 1FXPA 1ZY9A 3MHFA 4AHQA 4PFMA 5H91A 2A5HA 2CFFA 2ZRWA 1FWWA 4FF7A 5A8GA 1Q6OA 3P60A 5AYZA 4O4WA 3L65A 3W87A 4K6AA 1GVFA 5FF3A 4A3UA 1LCOA 3C3NA 3UPWA 1W3TA 1XC4A 3TUUA 5KTLA 1VLIA 3NPVA 2G97A 1YTKA 4PH6A 1I2NA 3WJXA 1LM1A 1N8FA 3WJWA 4NJGA 1A5AA 4N02A 1THFD 4IPJA 2WQPA 4ZQRA 1D3GA 4Z1DA 1QDSA 5K9CA 1W5OA 5EPDA 1DQXA 4X22A 3N9RA 5HJLA 3P80A 3IGXA 3O07A 5LSMA 1TTPA 1WDWA 4TO8A 2H3BA 3O6CA 1JCNA 5I3KA 2RDTA 3GR8A 4WXYA 1O94A 4ADUA 2QJGA 1XI3A 1EIXA 3RFAA 3SECA 1J5TA 1OFRA 3DI1A 1FWRA 4QITA 1DJNA 4HPJA 2WJZA 2G5WA 3VNDA 4AF0A 4S2BA 2QCDB 2YZRA 1C9DA 2JBMA 3LCLA 4GNJA 3UY7A 3ZR4A 2P1FA 1SO3A 3HF3A 2PC4A 1BEUA 1AW1A 3W7MA 1ICPA 4ZVJA 1VH7A 5AHIA 2AQWA 3QQ0A 3KXQA 1WV2A 1Q45A 1ZHAA 4J9JA 5HMSA 1QFEA 4KWWA 2CLLA 2EKCA 3NQ6A 3PC0A 2DZUA 3GAYA 3C0JA 4IQLA 1TRIA 3PB2A 3LBMA 4TIMA 4PODA 1EP2A 1O95A 5J5DA 3IIOA 4QIUA 3TE9A 3S6DA 1QPRA 1TPC1 3R5EA 2YXGA 3FKRA 5FEWA 4DBEA 1NAL1 3KVMA 3CB8A 1LROA 1YTDA 1KFKA 2Y7DA 3STGA 3W7DA 4MZ1A 3N19B 3NQFA 2QJIA 1WBJA 3IVUA 5CPLA 4UXDA 2Y70A 2V2CA 4JS3A 4JX5A 5FI8A 3G0XA 3TMQA 2QUUA 4Y9AA 5D09A 3TMLA 4DELA 1Z48A 3B8DA 2J27A 3SGZA 3QMSA 2NUWA 4JDBA 1EB3A 4LRTA 3M6YA 1FXQA 1ZALA 4M6PA 3BLEA 2FB2A 1EUAA 4JY8A 2C14A 1F5ZA 1FCVA 4JTGA 1RD5A 5CZJA 2ZRXA 1DL3A 4IMGA 4R53A 5E93A 2X1RA 3NQDA 1QAPA 4O15A 1Z41A 4X9SA 4W9TA 4FNRA 3W1XA 1I2PA 1ZFJA 1KFCA 3N3MA 4NJHA 1KFEA 4PA8A 1VCGA 4LOCA 3MHGA 4MYAA 1XM3A 1YADA 4DO6A 1ME9A 2DORA 1R2SA 3W70A 3T78A 4LVDA 1P4CA 3DXIA 3TSDA 1K7XA 1N55A 1WA3A 1ICQA 3C8FA 2CZDA 3T4CA 2CLIA 1SO6A 3Q37A 3KRSA 4IMCA 1DV7A 4DF0A 1DORA 4BK9A 4UMAA 2X1TA 3IVSA 1J2WA 3PBWA 3EWWA 4O18A 4WY0A 1OABA 2QCCA 2ZZ5A 4YMZA 4UR7A 1SR9A 2V2DA 5U7SA 3N14A 1RVGA 1F6PA 1GG1A 4UTIA 3SFKA 1TV7A 4WJEA 5F4WA 5D2YA 5KZEA 2Y63A 3A5FA 1HG3A 3QC3A 5D38A 3BW4A 1HL2A 1DHPA 2Q8ZA 3B0UX 1KM5A 2PCQA 3TJLA 2CZEA 2VC6A 4FXRA 1KTNA 3PY2A 4XTIA 4RKAA 1SZFA 1G4EA 3DHDA 3C56A 4MIMA 4OWGA 3QEZA 4AAJA 3QFEA 1SSGA 4PEKA 2DZXA 3EX6A 1LTDA 1JCYA 4ZQCA 3CWNA 4O57A 3UY8A 4IMEA 4QISA 1IXNA 2BLEA 4Z0SA 4E2BA 5G1TA 1X6UA 2XN1A 3W7OA 1DJQA 1DBTA 3S42A 3SZ8A 2ZZ7A 1OFQA 4JICA 2E6YA 4IX2A 2C15A 4DF1A 3S8HA 3UWVA 1W3IA 4NJJA 2JKPA 4O52A 3FEMA 3W1UA 3BARA 4BFAA 1G7UA 2VFEA 4OU1A 3U8GA 2V0TA 3MO7A 3W76A 3AJXA 1QPQA 5U4NA 4UFLA 1OYBA 4JTIA 4BWLC 3QW4B 4IPIA 5HR7A 3VCRA 1UJPA 2J88A 3WJSA 1SPQA 2R91A 2EGZA 2Y7EA 3G1YA 5LKYA 3I7RA 3KRUA 4HSNA 4FNSA 1FCBA 3O16A 1OYCA 3W22A 3M1ZA 3GDRA 1ZNNA 2QDGA 5AHNA 3GKFA 3LHWA 3W1LA 1VJIA 4O11A 4RV8A 3R8RA 1E51A 3UWZA 3FA5A 1OHLA 4M6VA 4JYEA 1A53A 3JR2A 2J9YA 4M7TA 5DLCA 1YXYA 3HB9A 4MFDA 1L6YA 3NZ1A 3W1MA 3QM3A 1OFBA 3EX2A 3ATZA 4FX8A 3G1DA 4ADSA 4M6QA 1WOAA 1W5NA 1S3HA 4BI7A 3PWAA 4N4QA 1TV8A 3RLUA 2VEKA 1B3OA 4P61A 1OFEA 3TK7A 4DEFA 3L5AA 1KFJA 3G3MA 3MW7A 1YPFA 4DQWA 2QF7A 1F6KA 4NNCA 4XTDA 3NL2A 5AHLA 3WK2A 1Q6QA 3P67A 4OV9A 1FCQA 3S9YA 5FF4A 3U6WA 3E96A 4FEZA 2CWNA 3ELFA 2FDSA 3QSRA 5HUOA 1MZHA 3C52A 3PF3A 4GUIA 3VE9A 3W73A 2ZA1A 1H61A 3TROA 2PRHA 3NXFA 2WO5A 2ZDRA 2QCFA 4RJEA 2E6AA 1SUXA 1PL9A 3GB6A 3NL5A 1I2QA 2RFGA 4LC6A 3GR7A 3QQ1A 4BF9A 1BWLA 4JXCA 5BMXA 3GZ3A 1R46A 4NNBA 3CC1A 3MYPA 4CCEA 3TFXA 1OG0A 1H7XA 1MEHA 2PRLA 3W23A 1DKWA 3GNNA 1K8ZA 4AHPA 1OF6A 4E2DA 1UASA 3PUOA 3TR2A 2Y7GA 1QWGA 4MY9A 3UNDA 4GWEA 1GTHA 1VHCA 3L5LA 1ME7A 4K7VA 3PVFA 1GJPA 4CNNA 3PUDA 3U2OA 6ALDA 3O8AA 3W72A 1VGAA 1XXXA 4O1DA 1L6SA 4Q32A 1EX5A 1HFBA 2I1OA 4UFHA 3LCFA 2QCNA 4ZQPA 5D2XA 3QJAA 4NX0A 1A5CA 3INPA 1F05A 2J9ZA 3CPRA 1GVQA 2GVLA 1MO0A 4AB4A 1D3HA 1W31A 3L9CA 3W7QA 1XUUA 2E1DA 1NSJA 3C2OA 1SO4A 5HR6A 4O10A 4GC4A 5E1QA 3C4UA 5D02A 4MVAA 1QOPA 3GDLA 1IIGA 1LLZA 1OFPA 2KZHA 4PCFA 2YW4A 3LBCA 1ZAHA 2A6LA 2FPYA 1W0MA 4GJ1A 1Q6RA 2EF9A 2UV8G 1SQ7A 4GUHA 5LHFA 5LHEA 3TNOA 3STCA 3S1XA 5H2ZA 2A4AA 4HNNA 5G5IA 2ATMA 1SFLA 3P8JA 1QMLA 3C2FA 2H8ZA 2VXNA 4TR9A 3NPUA 2A1YA 3M5YA 3P74A 1OX4B 1IXQA 3EXRA 4TX9A 4JTJA 1LDCA 1GYNA 1K8XA 5L9FA 4QNEA 3B06A 3BGGA 4ADTA 5C2XA 3KVKA 4RZ5A 5I3JA 4UFIA 4CCDA 4WY0F 4JTKA 6TIMA 1KLZA 4N4PA 5CPMA 2JGYA 2Q3OA 4LVBA 1S5VA 4EF8A 3MP3A 2OJPA 1G69A 2B7OA 1I8JA 2O7QA 3PS7A 1BWKA 3PR2A 5CPOA 1IGSA 4N9EA 1YYAA 1CW2A 4NVTA 3S5OA 4IXHA 3H54A 4MY8A 2J6XA 4XBKA 2Q3RA 3G8RA 3S5ZA 3O6DA 2H3DA 3CIXA 3L67A 4MLJA 4R34A 2YDAA 3HGOA 1T99A 2ZRVA 4N2YA 3HMJG 3PBUA 3M7WA 3CEUA 1L2UA 3DH7A 3GXNA 3LB0A 2C0AA 4NZFA 3O6YX 2J24A 3W1QA 5K4ZA 3GKAA 3CQ0A 3DHFA 3OA3A 3BVJA 1R2TA 3UWYA 3SW6A 4JTEA 1EUNA 2B7NA 2A0NA 3BW2A 3C61A 4TMBA 3F03K 4S2CA 3VKJA 4O0KA 1H1YA 4AWTA 4JX4A 4MOZA 1I4NA 1KBIA 4RLIA 5DXYA 2V8ZA 5CZ0A 4DO4A 1QO2A 5EYWA 1GTEA 3BW3A 3K30A 1W1ZA 2WKJA 3GDKA 3ABOA 3PAJA 3N73A 3LTSA 4WOZA 2HSAA 2CW6A 1A5SA 1D9EA 1ONRA 1NF7A 3TW6A 5FF2A 5FF0A 1PHWA 3IEBA 3EX1A 4Y96A 3Q94A 5AC7A 1K3UA 1RQHA 3S1WA 4UTUA 4NJKA 4M19A 2HS6A 1K03A 1P0NA 3W2MA 5D2VA 3W7IA 3LLFA 3W2KA 5I3IA 1GVRA 3KX6A 4XKYA 1H7PA 1PS9A 3HG2A 2Z6JA 1YDVA 5EBUA 2CU0A 4LWWA 4LY8A 4R33A 1XFBA 4H4IA 1H63A 4WXZA 4NQ1A 2PURA 4NT0A 3G1FA 3G0UA 2XN0A 1X1OA 2Z1BA 4UFMA 2RKXA 3KRZA 5KSWA 3OBKA 1SZNA 3M0ZA 2E5CA 4Z1CA 4UR8A 1WXJA 4DBDA 3QF0A 1F2JA 4KFPA 2ZYFA 4IXXA 1IXPA 3L0GA 1YDOA 3M41A 3DAQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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