4C1KA

Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
MKYSKEYKEKTVVKINDVKFGEGFTIIAGPCSIESRDQIMKVAEFLAEVGIKVLRGGAFKPRTSPYSFQGYGEKALRWMREAADEYGLVTVTEVMDTRHVELVAKYSDILQIGARNSQNFELLKEVGKVENPVLLKRGMGNTIQELLYSAEYIMAQGNENVILCERGIRTFETATRFTLDISAVPVVKELSHLPIIVDPSHPAGRRSLVIPLAKAAYAIGADGIMVEVHPEPEKALSDSQQQLTFDDFLQLLKELEALGWKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Destabilization of the Homotetrameric Assembly of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase from the Hyperthermophile Pyrococcus Furiosus Enhances Enzymatic Activity
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
total genus 96
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2013-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4c1kA00
3QMSA 2FPTA 1N55A 1XBVA 3W72A 4HNUA 4Y90A 3FFSA 4NQ1A 1FXPA 1TJRA 1AW2A 3OG3A 2GJLA 3UXDA 4KFNA 3VE9A 4FEZA 3HIJA 2B4GA 2Y7FA 4S2BA 3IRDA 1JCLA 2CLMA 4MY8A 4XTDA 5K7JA 3UNDA 1J2WA 2Y6ZA 3FEMA 3R13A 4ZVJA 1TYGA 2V2DA 4QIUA 1TTJA 4PA8A 3W7EA 4X9SA 3HB9A 1FCBA 4FHAA 4YXGA 1VRDA 3LXCA 1DHPA 2KZHA 2ZCGA 3LERA 3NQCA 2NV1A 1DQWA 3I7SA 3NL2A 1CX9A 3W7NA 1EUAA 1D3GA 1B4KA 1K8XA 3NL5A 5BMWA 3STCA 2B7QA 5HUPA 5D37A 2DZTA 3EB2A 4XBSA 1QMLA 4EIVA 4P2VA 1OF6A 1Q6RA 4NNAA 3G1XA 3K30A 4MPQA 1VYSX 2EKCA 3TFXA 4GFSA 5FF4A 3DHDA 5DLCA 3PBUA 1A5BA 5LNRA 3MO7A 2Y7EA 3NR0A 4MZ1A 2C19A 3L0KA 3DBPA 1ZAJA 3BG5A 4TO8A 5C55A 5HWMA 2J9YA 4A22A 3TX9A 1DJQA 1LM1A 4OQVA 3NZ1A 3W76A 4MLRA 4HIBA 3P67A 1TTQA 3NQEA 2CLKA 4Y6GA 4Z1CA 3G24A 5KSWA 3B05A 3LHWA 3W1UA 3C3NA 1HFBA 3S5NA 3QMRA 3NG3A 4ALDA 1SPQA 5D38A 1OFDA 3TQVA 2ALDA 2CFFA 1SFLA 4WQ6A 1H63A 4O4WA 3W7DA 3ZS4A 3TMLA 5HQEA 4N9DA 5MHBA 3CB8A 4CNPA 1SO3A 4DELA 2X1TA 3MUXA 2CLFA 4QISA 1Z41A 3W84A 1LDCA 3CPRA 3T4CA 1OX5A 2CU0A 1GTHA 3L5AA 5D33A 3GDKA 5DCDA 2Y62A 3UXAA 3EKZA 3LLFA 2J9ZA 3DFNA 1H61A 3S5YA 3BW4A 1GVRA 2FDSA 1YXCA 2ZRZA 2V81A 2E6FA 2YXGA 3C0JA 4O50A 3A5VA 4G1KA 3W3OA 4UR8A 3EX2A 3L65A 3UPBA 5EYWA 4DO4A 4KFPA 4LVFA 1RPXA 2Z1BA 1KFCA 1TO3A 4JYEA 1NFBA 4JDBA 5DY2A 2LLEA 3DI1A 3KVJA 1QPQA 2C13A 2QDHA 2P0OA 4E38A 3EWZA 1FX6A 1HO4A 2CZDA 2XN0A 3M43A 4OV9A 4LVAA 4E0CA 4HN4A 3GXPA 3O16A 3Q94A 2QJHA 1NSJA 4UTWC 3KAOA 4LVBA 4UFLA 3QQ0A 1YTDA 3VNDA 3B8DA 4X22A 4MYAA 2NX9A 1WXJA 3LV6A 1I4NA 1SR9A 3L0GA 4JTIA 2QUTA 1S5TA 5F1VA 1AL8A 4IMCA 4Q4KA 3NPWA 3TMQA 3OBKA 2YCEA 4LW7A 4O10A 3BV4A 3HGOA 5CSSA 3TAOA 1M6JA 5BOOA 5LGXA 3DENA 1VR6A 1Z48A 3LV5A 1YDVA 3QPYA 3ANYA 3Q2DA 4M5PA 1KTCA 1H7RA 4LV4A 4IQLA 1XC4A 5CZJA 2CLHA 2O7SA 3EXSA 4DBEA 4IMDA 1OF8A 4UTMA 1KFLA 2Z6IA 4NVTA 4NNCA 2R91A 4UFJA 4QITA 3S42A 1D3HA 3OHIA 1VLWA 1A5SA 2WQPA 3W2LA 4LWWA 3GLCA 4M19A 5CGQA 4AHPA 1PCWA 4XUGA 3RK8A 3A21A 2QF7A 1IGSA 3EEGA 1J5TA 3W22A 1YXDA 3TFCA 4TX9A 1F74A 1M5WA 3LGEA 1W0MA 4UUIA 3RMJA 2QCEA 2CZ5A 1XDLA 1T0OA 1FDJA 1LBMA 1KFEA 1RVGA 5I3KA 3LCXA 4JTHA 5LGZA 4JICA 4PL2A 3RLVA 4J9JA 5G2WA 4HPXA 5EL1A 1XCFA 3TC6A 3P8IA 1F2JA 3I6RA 4LUIA 4JS3A 2HMCA 1LROA 4I7WA 4WY0B 4EF8A 4UMCA 4EWND 2J6XA 1Q3NA 5D03A 2GPTA 1OX4B 3GDRA 4I7VA 3KVLA 4NJJA 3W2UA 4BI5A 2V30A 1I45A 1LCOA 3USBA 3N73A 5DBUA 4Z08A 5DCEA 4QQ3A 3NQMA 4AWUA 1LRNA 2Q8ZA 3O05A 5FF7A 4O53A 1GVFA 2FPVA 3HF3A 4OU1A 3G1VA 4PODA 5CPMA 2R14A 3IGUA 4DXVA 1XUUA 3S8HA 3N19B 1KM0A 3ATZA 3DFOA 1TPH1 3DAQA 3SW6A 1I2NA 3T7VA 1YDOA 2RDTA 3R89A 3W86A 4GBUA 3B4UA 4Q32A 1DQXA 1OJXA 4LOCA 3QSTA 3E0IA 4KWWA 1OX4A 3W1RA 1H1YA 4FNTA 2ZQ0A 3PUEA 3TROA 2PRLA 3SGZA 1L6SA 3CC1A 1M7OA 1MEWA 3M5ZA 2GJNA 3TXZA 4N02A 4UR7A 3G0UA 6TIMA 3P82A 1B57A 3NYZA 1QO2A 2A7PA 4DF2A 1KM4A 3QW3A 4X3ZA 5AC6A 4MYXA 3A22A 2WKJA 1A5AA 4K6AA 1AW5A 3LTYA 4HSOA 3DFPA 3NEVA 4RZ5A 5U4NA 3SY5A 2NXIA 5AN7A 2OCZA 2FPYA 3OVRA 4GUJA 4LRSA 1ALDA 1X1ZA 5ABTA 4A21A 1ZAIA 5D04C 3HO8A 1HTIA 3HJZA 4IX0A 3NQDA 2ZZ4A 3W74A 1S5WA 1SO4A 4JTFA 3PS7A 3MHUA 3LRKA 5KZMA 3M0ZA 3HPSA 3TW6A 3RFAA 4HSNA 4B5NA 3TDFA 2H8ZA 1Z44A 5EY5A 3W7IA 3G22A 5FI8A 1W1ZA 3MW7A 2NWSA 1KFBA 5EKYA 3QM3A 4AVFA 2ZA2A 1W5OA 2YW3A 4PC8A 5LNSA 3W1TA 1BWLA 1GVSA 3O63A 5CSRA 3M7WA 2OX1A 3M1ZA 3BLIA 3A23A 1ML1A 1XBXA 5LNUA 3UPWA 3W1LA 2RFGA 1JQVA 3W83A 4AHOA 3BGGA 4LC8A 3S1UA 2WO5A 4JR5A 1WA3A 3S5OA 5F4XA 4BWLC 1SFJA 3LCGA 4RK8A 1TQXA 1FCQA 1YXYA 5AC8A 3NPXA 4O1BA 5KTLA 1XUZA 4IX2A 3LI0A 3N9RA 3NOEA 2VFFA 4LRTA 4BWLA 1GJPA 4UCGA 3M5XA 4AF0B 2RDWA 1O5XA 3HPZA 3N2XA 2G96A 3W2MA 4WUIA 1TTPA 6ALDA 3QW4B 3TA6A 3TK7A 4D2JA 1GOXA 2QAPA 3BW2A 3BO9A 3PSVA 4MUZA 3W1NA 2DZSA 3PUDA 5BMXA 2QR6A 2YFNA 3MMTA 5KMYA 1JUKA 3DI0A 3G1DA 4NJHA 3M16A 5C2XA 4N4QA 3N2MA 3TSDA 1YPFA 2WNQA 2PRHA 1FWNA 5DN1A 4ICNA 5J5RA 3O07A 4AF0A 1SO5A 3ABRA 4FB7A 3EWXA 1P4CA 4DPPA 1NF0A 2NX3A 3W87A 3IIZA 3L9CA 1TPDA 1QPNA 5DBTA 5AC7A 4O8RA 1P0NA 2OZ0A 5K3VA 4UTLA 4PFMA 1LOQA 2JGYA 2NX1A 3W7PA 4CCCA 1JCJA 2QCFA 3PB0A 4N2YA 3WK0A 3W6YA 1IIHA 3IIVA 3P81A 4NZJA 4TU1A 3QSRA 5I3HA 2H6RA 3W7JA 5EMUA 4FX7A 2WNZA 2E68A 3MHGA 4NJIA 3EX6A 1VYRA 1FCVA 4FX8A 4BR1A 3EXRA 2C0AA 2DZWA 4ADSA 5LSMA 1H51A 1L9WA 1YLVA 3EWYA 2C6QA 3R2GA 1WBJA 4JYFA 1XKYA 4WXYA 4OV4A 1ZFJA 3TNOA 4JTUA 2BWGA 1LZOA 4ONVA 1TJPA 2UV8G 2W6RA 3IVUA 3E96A 4IWWA 3FLUA 1GYLA 4EOUA 4IMFA 3SZ8A 4JN6A 3CWOX 3RLUA 2F84A 1G4TA 1WX0A 3W73A 5G4EA 5AYZA 2PE4A 3S1WA 3FA5A 4O1CA 4M6PA 4UFHA 2J27A 4O19A 1OFAA 5J5DA 3OEXA 1VHNA 4NUWA 5I3GA 3G1HA 2ZRYA 4MJZA 2RHGA 3C52A 4O17A 1EUNA 1PS9A 4UTTC 1VHCA 1FBAA 1FUYA 1SO6A 3W1AA 1X7FA 1KBJA 3D0CA 4RCXA 3W7KA 1ZJIA 3L5MA 1VCVA 1A53A 3P5ZA 1AL7A 5L9FA 5EPDA 3WJZA 3NQ2A 2A7RA 4UTTA 5AHNA 2BZNA 3GVGA 2DP3A 3U6WA 2ZYFA 3INPA 2V8ZA 3C61A 3NQVA 3CWNA 3MWAA 4PH6A 2H3BA 3W2JA 3GAKA 3BG3A 5AB3A 3FJLA 4RLIA 1BWKA 5LZLA 3W1XA 3JRKA 1WQ5A 5G1TA 1HL2A 2QCLA 4KFOA 4L4MA 4HNVA 1TPUA 3TQ0A 4R34A 1IXOA 3EKLA 1TPC1 1XI3A 3R8RA 3NAVA 2IQTA 4FIRA 3W85A 4BI6A 1L6WA 4IMEA 4JX4A 1V5XA 3WK1A 4JIQA 3S1XA 2F7FA 1JCYA 4ZQOA 1W31A 4HNNA 4O14A 1DVJA 2V2CA 1KTBA 5LHFA 2GVJA 1G4SA 1FWTA 3FOKA 3G0XA 3GDLA 4O1DA 1VS1A 5HMSA 5BNKA 1P0KA 2ZZ7A 3LTSA 1K03A 1X8FA 4HT3A 1MEHA 5I3FA 3V75A 3CEUA 3QEZA 4GWEA 2HTMA 4MVAA 2E77A 4ZMGA 1DJNA 3LBCA 3SGUA 3G0SA 4JTSA 4YL2A 3SSJA 3UY7A 4AAJA 3RF9A 4UFMA 4UFKA 1T99A 3VKJA 5C6MA 4N9EA 3F4NA 4HNTA 4O54A 3HG3A 2BX7A 2FFCA 3DGRA 1EP1A 4OGZA 3CIXA 3P61A 1SSDA 2ZZ2A 3G3DA 5CPLA 4JIPA 3B0UX 4U28A 5LNVA 1CI1A 3S9YA 1KLZA 5HWJA 3STGA 1V7YA 3UWWA 1OFQA 4RZ4A 1OFEA 3G18A 4Z1DA 1QNVA 2VXNA 3M5YA 4QNEA 3PC0A 1JUBA 4RJEA 1EP2A 5TQLA 1G7UA 5FF0A 1O4UA 3MBDA 4JTJA 1VYPX 2ZZ5A 1I2RA 2R94A 3O15A 4NJGA 5F4WA 4WX2A 3O1NA 3EWUA 1WV2A 4IPIA 4E2DA 3KXQA 4PCFA 1ZHAA 4WY0F 4UNKA 1W5PA 3YPIA 3QYQA 4O28A 4A2SA 3GXNA 4M7SA 4UNLA 3W75A 3OVPA 3NZRA 4K37A 4K7VA 1O94A 4CQ8A 3GKFA 3KOFA 1KV8A 3IV3A 3WJXA 4YCPA 1W5NA 1NF7A 2PC4A 1QFEA 3L68A 3ABOA 4GUHA 3IIXA 2NUWA 3DXIA 3IEBA 4E2BA 3C2EA 3MHFA 1WYIA 1F05A 4UTWA 2ZBTA 3HG5A 4BI7A 3UYCA 3QQ1A 5F2MA 5D30A 1OFPA 1VZWA 5CG7A 2JK2A 4DF0A 3T78A 2X1SA 2C18A 2Z0IA 1FWWA 1ME9A 4LS1A 4O0ZA 2GQ8A 3SFKA 1QOQA 3BG9A 2NXGA 4P61A 4DF1A 5D2WA 3ZWSA 3P60A 1T96A 3P80A 4JYDA 3UWYA 3PBWA 4XKYB 4JNMA 1VH7A 1VGAA 4ZQMA 3SI9A 2V9DA 2FIQA 3NQ6A 5CPNA 3B03A 3L5LA 5FESA 4JTKA 4AXKA 5HUOA 4LVGA 2A0NA 1XDMA 1H7PA 2QUVA 3GAYA 4CCEA 3PF3A 1W3IA 3UY8A 5L6UA 4LUJA 2AQWA 3BLEA 2DU2A 2WSRA 2A6NA 2ZZ3A 3GX9A 3E9AA 3M6YA 3PG9A 3AO0A 1KLYA 3DZ1A 4O1AA 2QJGA 8TIMA 5LKYA 1N8FA 1YYAA 3GNDA 4KWVA 3TCEA 3W7RA 1H1ZA 2QCDB 4IMGA 2EGZA 2B0MA 3GKAA 1VCFA 1H7XA 5G5IA 3CM4A 3O6CA 3BGJA 4LS0A 4K38A 2P10A 3NPUA 3WJWA 2E5BA 4ZQNA 1ME8A 3G1YA 1JCMP 1JQXA 2OMAA 4IGHA 4FXRA 4O12A 2W79A 1XM3A 3WJSA 2Q3OA 1TV5A 3LHTA 3LRMA 3BARA 3NNTA 1I2QA 5CZSA 3H53A 3W7CA 2WPBA 3W7LA 3EXTA 1FCUA 1EIXA 1VC4A 4A2RA 1TTIA 1VCGA 4XWUA 2JBMA 1M7PA 2VOMA 2XFWA 3TKFA 3T40A 1KV5A 2QCDA 4DEFA 1JVNA 2CLEA 2DJLA 3NM3A 2Z6JA 3N3MA 1K7FA 4GC4A 5D2VA 3S6DA 3W07A 4RV8A 4CQ9A 4NU7A 4O15A 2GVLA 1ZCOA 2H90A 1FWRA 3HGSA 3R12A 3HG2A 1OG0A 1FDYA 4TR9A 4WY0A 5IM51 2DZPA 2X1UA 1PE1A 1GT8A 3GDTA 3LM7A 1XFBA 1JCNA 1TB3A 1Q6QA 2RDUA 4GUGA 4N4PA 2YPIA 5CZ0A 1SQ7A 1BEUA 1RR2A 3LCWA 4UTUA 1LOSA 1TRIA 4IOTA 2ISVA 3HQ1A 3G8RA 3LTPA 2BXVA 3W9ZA 3M5VA 3M41A 3GZ3A 5DXYA 5KZEA 4R7JA 1H5YA 1IXNA 5D09A 1QPRA 2A2IA 3LXBA 1MO0A 3UZ5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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