4CD4A

The structure of gh26 beta-mannanase cjman26c from cellvibrio japonicus in complex with manifg
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
LPALIDTQATAETRALYRNLAKLRYKHLLFGHEDSLAYGVHWEGDMDRSDVRDVTGANPAVYGWELGGLELGHTANLDAVNFEKMQHWIKAGYSRGGVITISWHVFNPVSGGNSWDKTPAVHELIPGGARHATLKAYLDTFVAFNEGLADVDAQGNKHYPPIIFRPWHEHNGDWFWWGKGHASEQDYIALWRFTVHYLRDEKKLRNLIYAYSPDRSRIDMANFEAGYLYGYPGDAYVDIIGLDNYWDVGHEANTASADEQKAALTASLKQLVQIARSKGKIAALTETGNNRLTIDNFWTERLLGPISADADASEIAYVMVWRNANLAREKSEQFFAPFPGQATADDFKRFYQSEVVLFEDELPPLYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combined Inhibitor Free-Energy Landscape and Structural Analysis Reports on the Mannosidase Conformational Coordinate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA MANNANASE, PUTATIVE, MAN26C
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 145
structure length 367
sequence length 367
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02156 Glyco_hydro_26 Glycosyl hydrolase family 26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4cd4A00
2YL5A 1CWYA 3ZT6A 4N42A 4ML4A 2WCSA 1FH7A 1VAHA 3MMUA 4UQ9A 2VZSA 1XSJA 3SCOA 3N13A 1S46A 2YLAA 1WZAA 3CMGA 3WF0A 3VX0A 1GOOA 5CJ5A 3MMWA 1L0PA 2D2OA 1V0KA 3VIKA 3I3BA 4U2ZA 1VENA 1LF1A 3CZJA 2EJ1A 4LX4A 1ZS2A 4L4PA 5AC4A 5C70A 1UKOA 4H41A 1NQ6A 4CVUA 2XM1A 4W5ZA 3MSDA 2MANA 5BROA 3WENA 1UYQA 5JBEA 3L2LA 3WBAA 4AD2A 3B9EA 4CCDA 1TFVA 1UD4A 3CZGA 2YL6A 1BYBA 1MYRA 4AEEA 1GHSA 1BTCA 2J8GA 4N0RA 4UCFA 1XSKA 3ECQA 3ZT7A 2WZEA 3AISA 3AIBA 3OZOA 3CUHA 4HZ6A 2WCGA 1VBRA 1XHGA 4TVDA 2X2YA 3A4XA 3AI0A 3GBDA 1CIUA 1QBBA 2GVYA 4B15A 3QHOA 1US2A 4MDOA 2QF8A 4AZIA 4WSKA 2D3NA 3W0KA 1US3A 3UG4A 4HZ8A 1JF6A 1R87A 1B3WA 2WMHA 4MB3A 1GUVA 2Y2WA 5DO8A 4QCFA 2OSYA 2WK2A 2WPGA 1M7XA 1NP0A 1J0ZA 1KBBA 1QOXA 5LA0A 4QFUA 4LYPA 4KH2A 1VB9A 1FP8A 3WDHA 5AYBA 4CD5A 1PX3A 2PI6A 1WB0A 1XH1A 1D7FA 3ARWA 1ZBKA 3ZIZA 2VO5A 4P7RA 1LJYA 4W86A 3M46A 5ABGA 1ISZA 1QNQA 4AZCA 3VD7A 1ZB5A 1XD1A 2QPSA 4ACZB 2V5DA 1H3GA 1XC6A 2ZUUA 2VUYA 4FLSA 1CXLA 3VIGA 4X0NA 1HT6A 4F79A 1H49A 3ARXA 3WDIA 4H7VA 4DUVA 1OBAA 1Y7VA 3PBGA 2YL9A 1BQCA 3CLWA 5JBFA 3OA5A 1XCWA 3N18A 5BRPA 2Y4SA 1TVPA 3THDA 2VX4A 4PN2A 4Z2HA 3GXMA 4PMDA 5A1AA 1CGVA 3K8MA 1TMQA 2TAAA 2G3JA 2AAAA 4GZIA 2VX5A 1JI1A 3CBWA 2D24A 3U7VA 1EOKA 3AHYA 4PTMA 4BQ4A 3ARUA 3NSXA 8CGTA 4CKQA 1JD9A 1XYZA 1U2YA 2G41A 1C91A 2XWDA 3LPOA 2QV4A 1G01A 4WKFA 1EQPA 1E55A 4P7LA 3AZTA 4HA3A 3TA9A 4XX6A 5FL1A 1CGXA 1UH4A 2CEQA 3T2QA 2X0YA 3GM8A 4MNJA 3W53A 4Z2LA 3GNPA 3TTQA 2Q8XA 4JL1A 1J0KA 5E0FA 2WBGA 3CO4A 3TP4A 3EDJA 2XVPA 4GI9A 2ZXQA 1BYAA 3OIHA 1H0GA 2G3MA 2WBKA 4M80A 1W9VA 3VMPA 4AXNA 2AOSA 2FGLA 1JFHA 3ZSSA 4DUWA 5CSUA 4PMQA 3CGTA 1L8NA 1UR0A 3NIYA 2J74A 4MJ2A 2WWCA 1CGTA 3AYRA 4AC1X 4D6CA 1HKMA 1R85A 4W8LA 5E09A 1MXDA 2ZX6A 2CITA 5FKYA 4QLLA 4UFMA 4AYSA 1KBKA 3IANA 2GJXB 3AFBA 1JIBA 1TE1A 4M81A 1W9XA 2DT2A 2XWEA 4AZCB 2VNCA 1DWJM 4WKAA 4B16A 1V6YA 4B9ZA 4PMXA 1VIWA 4AZBA 5E0CA 1W1PA 3KL5A 4U5IA 2WMIB 3MUAA 4RE3A 2YDQA 2WSKA 3K8LA 2XVLA 4EK7A 1BYDA 3WD1A 5M03A 1NP2A 2YA0A 1EDTA 1UA3A 3N15A 4BS0A 3BGAA 1KWKA 5M17A 5A8QA 3K8KA 4H8UA 5I77A 1C7TA 2OWXA 1JYWA 3SCRA 1WDRA 1LG1A 5I79A 1RP9A 1UWIA 3VDAA 4DUXA 3CHFA 1IZKA 4PMNA 5BYWA 4ATWA 3BC9A 1C8QA 2Y8VA 1GNXA 3THCA 3OG2A 4FLQA 1C8XA 2JIWA 1QBAA 1E6SM 1V3HA 5DT5A 3WUGA 2ZUTA 2WHLA 2CPUA 1HNYA 2HISA 4KWUA 4HA4A 1FH9A 2JF6A 3WN6A 2BHZA 3UG5A 3WDJA 2JE8A 3OGSA 4M1RA 1XD0A 1HIZA 3OGRA 5AYIA 4JFSA 1OSEA 1OIMA 4GZJA 1B1YA 3WD4A 1W1TA 3WH7A 4PCTA 4U31A 4HPGA 2GUYA 4CUCA 2J7BA 2X0HA 1G1YA 2DT3A 3RPMA 3VILA 3SCWA 1UD5A 5GNXA 2UY2A 4CU7A 4NSBA 1B3XA 1J0HA 2GJPA 3SURA 3CH9A 3O6AA 4S3JA 1JZ5A 5HOSA 3VDCA 1X6LA 2O9TA 1CZ1A 1LWJA 2YDSA 3KE0A 4WKHA 2VRQA 5DEZA 4MB1A 1JYNA 5JBDA 4Z2JA 1B3ZA 4PMZA 2XUCA 3GH7A 1KCLA 3EMCA 4Y7EA 4WLCA 1ZL1A 1CLXA 4QLKA 3HJEA 1PX4A 3VD9A 2VX7A 4OUEA 1R7AA 1UKQA 2UWFA 1CYGA 1BGGA 3F5LA 2XM2A 3PTQA 3EBVA 5I78A 5GQBA 1BG9A 1H5VA 4PCSA 1E4NA 4UR9A 2WLYA 2VT0A 1OWQA 1RH9A 3EMQA 2GK1A 1GQIA 1W1VA 1JZ2A 4AW7A 1LQ0A 3ZJKA 1E6ZA 1CNVA 2ZUWA 4XB3A 1YHTA 2DEPA 3AXXA 1CXFA 1UZ4A 4L4OA 3VIIA 3WNOA 3CHCA 1VF8A 1TUXA 3BH4A 1LWHA 4UFHA 3UESA 3ZMRA 3W29A 2FHBA 2EO7A 2VMFA 2WC3A 3AIVA 3BLKA 3MV11 3EDKA 2WMKA 1BFNA 3WD3A 4CD6A 1CGUA 1UR4A 2G4FA 2ZOXA 2VX6A 3N1AA 4U2YA 3J7HA 3LPPA 2VZVA 3N12A 1UR2A 1B90A 1E5JA 5CXPA 4HMCA 1E0VA 2WVUA 1FHDA 2DSUA 1D3CA 2XFFA 2OSWA 3BSGA 4CCEA 5A8PA 4NRSA 2F61A 2G3NA 4IUGA 3U5UA 1GQJA 2D20A 2J25A 1MVYA 4J3SA 3RJXA 2BVTA 1C92A 3VIHA 4HPHA 1Q6EA 2V38A 1C93A 3N17A 1GQKA 2EEXA 2QHAA 4XZWA 4TX6A 4KRTA 4MB4A 1K6AA 7TAAA 2BS9A 3WNMA 2YDRA 3UEQA 3WH9A 4GZEA 1UWQA 2X05A 3T09A 1EXPA 3WH5A 4D6IA 3GZAA 1E3ZA 3WFZA 4P7OA 2IUZA 4M24A 2E9BA 1HKJA 1NOWA 1LG2A 1GONA 4C7GA 3LPFA 1UOKA 2B31A 4HU8A 1E6PA 1QVBA 1C90A 3II1A 2VVSA 1UUQA 4PUEA 1E4IA 3AIQA 3WF2A 3ZT5A 4V28A 4C7FA 2XHYA 3AXIA 4W7UA 2XVNA 3F5KA 1Q6DA 3A4WA 2CERA 1OINA 1M04A 3O9NA 1XRVA 3WIJA 3LMYA 1BPLB 2J62A 1BG4A 2O92A 1MQQA 4XUYA 1Q6GA 1WDPA 1MW0A 4JCMA 1GOQA 3VGHA 5D4YA 2DT1A 4HTYA 1FOBA 4J3UA 1UWSA 3BMWA 3ZSTA 1JFXA 1HX0A 1QI2A 3NDZA 3QGVA 1WP6A 2XYLA 2DIJA 3WH8A 3WQ4A 1E9LA 4F8XA 1PX8A 1O7AA 2WC7A 1A3HA 4UQBA 4EE9A 4ACZA 1W2PA 4FF5A 4ACYA 3W26A 3W37A 3CPUA 3AIRA 3WNLA 2DPEA 4OIFA 1HP5A 1C3FA 3WEMA 2F2HA 4UFLA 2QMJA 4AISA 1ISXA 2Z1KA 3BXWA 2W4XA 3O2LA 2YOCA 1DTUA 1BVNP 9CGTA 2C0HA 3BMVA 1BAGA 2VJXA 3K46A 1P6WA 1GJUA 5AY7A 2E9MA 1AQHA 2WAGA 2E3ZA 3AHVA 4TUFA 5BXSA 3AS2A 1WZMA 5A94A 2XFYA 3MU7A 1HKKA 1ZU8A 1E40A 3WMBA 2VL4A 1JAKA 2ZWYA 4UQEA 4AZGA 2NSXA 1E73M 3PTKA 4UFKA 1CXEA 5FD0A 3VKKA 1SMAA 1W3HA 2G8ZA 1N82A 1W2VA 1QW8A 1NARA 5C71A 3VMOA 2VRJA 5CZKA 3WL1A 1HJXA 1ODZA 2VC9A 1XSIA 3VIOA 1J0JA 1PIFA 2CNCA 1Q6FA 3IAQA 2CHOA 1E6RA 3PZ9A 2D3LA 3AZRA 3UETA 3UR7A 3ZO9A 1KCKA 1GORA 2CBIA 1CECA 4A4AA 1CLVA 4GIAA 1K9DA 4EAMA 1X1NA 3WNKA 5JIPA 5CPQA 2GDVA 3POHA 5DMYA 1AQ0A 4AY1A 1SYTA 1ECEA 2ZXAA 1HJQA 4UZUA 2J4GA 4F9JA 1C8YA 5D9MA 1RP8A 1JF5A 4UZSA 3ZOAA 3OLDA 4KMQA 2VRKA 3EDDA 4ZEPA 4HP5A 5HPCA 2GJXA 3GH5A 2EPLX 2V3DA 3KEHA 1JZ8A 1JGIA 4HOXA 2ZUNA 3EDFA 3MUY1 3KZSA 3DHPA 3GNRA 4JFUA 1XCXA 4KRUA 4YHGA 5A8OA 3ARSA 2WMIA 4A3YA 2PWDA 1WDQA 3TTOA 1DWHM 3GTNA 4MPKA 5A6LA 5A69A 5D8ZA 1CDGA 3WH6A 4GPNA 2ZUVA 3SCNA 3WBEA 4GKLA 6CGTA 1ITCA 3GXFA 3WQ5A 4KGJA 1JNDA 3VUPA 2CXGA 4W7WA 3N04A 2A3BA 3ZM8A 2J79A 1V02E 1UWTA 2W66A 4PMRA 1QI4A 8A3HA 3PTMA 5CGMA 3NSNA 1NH6A 1PJ9A 2GDUA 2OYKA 3WQWA 3BAKA 1BHGA 5A3HA 1OGGA 3GXDA 3PN8A 1W1YA 1K9FA 3AS0A 3S6TA 4H2CA 1XV8A 1QNSA 3VDBA 1H2JA 3WEZA 3POCA 4W85A 2FHCA 1E71M 4QLJA 2YA2A 3W6LA 3VNYA 1JAEA 3VM5A 1KWGA 2YIHA 1XYFA 3PZGA 4KGLA 4Z2KA 3B9AA 2FGZA 4V27A 1GJWA 1ZBWA 3NUKA 2PBOA 3VOCA 4TTGA 1W3LA 4IM4A 4JFTA 3RM4A 2WHJA 1XH2A 1UKSA 3MO4A 2WNWA 1KXTA 5CG0A 4GI8A 3L4VA 4PMVA 3FHQA 3PZTA 1QNPA 3L2MA 3K4DA 2ZX8A 3ZJ8A 2VR5A 1YQ2A 3OLGA 4NF7A 3U57A 4JAWA 3VIFA 1QNRA 1AQMA 1BYCA 2EBNA 4D6FA 1ITXA 1J11A 3AROA 1J18A 3TTYA 3VGFA 4PYSA 1WZLA 4HMEA 4JIEA 3BAJA 4URIA 2J7CA 4CN1A 1BGAA 3SIMA 2W63A 4UOQA 3L4ZA 1WE5A 2XPKA 1R86A 3PZMA 3A4AA 2BHYA 4D6DA 2CHNA 1GCYA 2E9LA 2O9RA 5A8NA 3IJ8A 5A2BA 4W89A 3TTSA 4AD0A 3MANA 1RPKA 3GYCA 4Q22A 3SCSA 4B9YA 3VD4A 1FFQA 1V6WA 1V6XA 1J0YA 3CTTA 4EANA 3HU7A 5EFDA 3WUBA 1V08A 1MXGA 1GW1A 4MADA 4PSPA 4DWSA 3VNZA 2X8RA 1UQYA 2V5CA 4PEEA 2DSVA 1JXKA 4BQ5A 1B30A 1JXJA 1G0CA 1V6VA 1PPIA 4E8CA 2ZXDA 5BXTA 3WNPA 3M7SA 3VINA 1XGZA 3WNNA 1JDDA 2E40A 2J7GA 4D71A 4TVCA 5D9PA 1KXQA 3QR3A 1E70M 3U7BA 4DWSD 1JL8A 1LL7A 4P8UA 4H04A 1BLIA 4YPJA 1KR0A 1G94A 1PIGA 3BAWA 4TVUA 2VZOA 6TAAA 2XTKA 1QI3A 1KGXA 4Q7NA 2WKGA 2WVTA 3IAPA 2ZUMA 3BLPX 4LYQA 3U5YA 1E6NA 4UFIA 4BQ2A 1GHRA 1JZ4A 3MS8A 2BXZA 4BF7A 1WCGA 1Z32X 2Y24A 4ZXOA 1KXVA 5E6ZA 3K4AA 2BNJA 1B3VA 1ZBCA 3VDHA 1GZJA 2UY5A 5CPTA 1EIBA 3GDBA 1G5AA 2WC4A 1B2YA 3ZR6A 4MNLA 2W5FA 3WF1A 3WMSA 4FK9A 1HJVA 2W91A 1U33A 4M82A 1B31A 3BAYA 1H11A 2YJQA 2GFTA 5DT7A 1W91A 2PC8A 3SUVA 1UD2A 5GNYA 4AD5A 1JD7A 5ABFA 4LGXA 5I0DA 1OCQA 4PRWA 1I75A 1UR9A 3RCNA 2QLYA 2EXOA 3T2PA 5KZ6A 2FH6A 1FFRA 1UHVA 2ZUSA 4AIEA 2XGIA 1MQPA 5JIWA 3T0AA 2OYLA 2VZTA 2WVSA 3N9KA 4W88A 1W32A 3WELA 2BY2A 3UG3A 3ARVA 3NCOA 2WM0A 4R27A 2XVGA 4JHOA 1TCMA 4GXPA 1NM9A 2CIPA 4M8UA 4M29A 2PWGA 4GQRA 1ZBVA 1NOFA 4DWSB 3MMDA 4E2OA 2A3AA 1IZJA 3OBAA 2ZWZA 2IXVA 3BCFA 2XSAA 3W81A 2WCAA 4D1JA 2NW0A 2WANA 1CXIA 1UH3A 3PZUA 5ABHA 1D2KA 4JL2A 3PZIA 4U3AA 4P8VA 5C8BB 3ARYA 3DHUA 3AXHA 2HVMA 3RMEA 5CGTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YL5 A;  1CWY A;  3ZT6 A;  4N42 A;  4ML4 A;  2WCS A;  1FH7 A;  1VAH A;  3MMU A;  4UQ9 A;  2VZS A;  1XSJ A;  3SCO A;  3N13 A;  1S46 A;  2YLA A;  1WZA A;  3CMG A;  3WF0 A;  3VX0 A;  1GOO A;  5CJ5 A;  3MMW A;  1L0P A;  2D2O A;  1V0K A;  3VIK A;  3I3B A;  4U2Z A;  1VEN A;  1LF1 A;  3CZJ A;  2EJ1 A;  4LX4 A;  1ZS2 A;  4L4P A;  5AC4 A;  5C70 A;  1UKO A;  4H41 A;  1NQ6 A;  4CVU A;  2XM1 A;  4W5Z A;  3MSD A;  2MAN A;  5BRO A;  3WEN A;  1UYQ A;  5JBE A;  3L2L A;  3WBA A;  4AD2 A;  3B9E A;  4CCD A;  1TFV A;  1UD4 A;  3CZG A;  2YL6 A;  1BYB A;  1MYR A;  4AEE A;  1GHS A;  1BTC A;  2J8G A;  4N0R A;  4UCF A;  1XSK A;  3ECQ A;  3ZT7 A;  2WZE A;  3AIS A;  3AIB A;  3OZO A;  3CUH A;  4HZ6 A;  2WCG A;  1VBR A;  1XHG A;  4TVD A;  2X2Y A;  3A4X A;  3AI0 A;  3GBD A;  1CIU A;  1QBB A;  2GVY A;  4B15 A;  3QHO A;  1US2 A;  4MDO A;  2QF8 A;  4AZI A;  4WSK A;  2D3N A;  3W0K A;  1US3 A;  3UG4 A;  4HZ8 A;  1JF6 A;  1R87 A;  1B3W A;  2WMH A;  4MB3 A;  1GUV A;  2Y2W A;  5DO8 A;  4QCF A;  2OSY A;  2WK2 A;  2WPG A;  1M7X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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