4D2J | Genus

Total Genus 130

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	130
sequence length	338
structure length	338
Chain Sequence	SQEVAKELAENARKIAAPGKGILAADESTGTIKKRFDSIGVENTEANRAFYRDLLFSTKGLGQYISGAILFEETLYQKSPSGVPMVDLLKAEGIIPGIKVDKGLETLPLTDDEKATMGLDGLSERCKKYYEAGARFAKWRAVLSIDPAKGKPTNLSITEVAHGLARYAAICQANRLVPIVEPEILTDGSHDITVCAEVTERVLAAVFKALNDHHVLLEGALLKPNMVTHGSDCPKPASHEEIAFYTVRSLKRTVPPALPGVMFLSGGQSEEDASLNLNEMNKMGPHPFQLSFSYGRALQASCLKAWKGVPENKAKAQQVLMERARANGEAQLGKYGGG

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__787794834047259__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__787794834047259__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4D2J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__787794834047259__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"787794834047259","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4D2J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__787794834047259__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Toxoplasma gondii
publication title	Structural and Functional Divergence of the Aldolase Fold in Toxoplasma Gondii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
total genus	130
structure length	338
sequence length	338
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2014-05-09

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4d2jA00

2D73A 4D2JA 3GNNA 4E2BA 2CZDA 1DV7A 3O07A 1O5KA 3HO8A 1ME9A 3NQGA 3OBKA 2Y85A 3W7MA 1AW5A 3YPIA 5SWUA 1S5VA 2ZRVA 5KSWA 2XN1A 1MO0A 3LLFA 2Y7DA 1LZOA 3U6WA 3TXVA 4YCOA 1AMKA 3TFCA 2QJIA 1MEHA 1SR9A 2C18A 5LNSA 3QFEA 1GPWA 1Y0EA 3W76A 5EL1A 1UB3A 3LI1A 5AYYA 3TC7A 4C1LA 4UFMA 4ALDA 5ABTA 1BTMA 4RJEA 2V5LA 3HOJA 1TPC1 1L2UA 1T8XA 4XKYB 3L65A 3WJYA 3WK3A 4L4MA 3U2OA 1I2PA 4WXZA 3NPVA 2FPTA 4RX0A 4X3ZA 3VE9A 5AHEA 1WXJA 3S6DA 2F84A 4OWGA 3HG2A 2CLFA 3PVFA 4NT0A 4K37A 4JTFA 5K9DA 3N14A 3R13A 1A53A 1WOBA 5FF4A 3INPA 4CNOA 3CT7A 4UMBA 4HNUA 3QRHA 3TQ0A 2QDGA 3PAJA 2BX7A 2A2IA 3W86A 3A22A 5DELA 3NEVA 3ABSA 4TR9A 4NNBA 3Q2DA 2JKEA 4JTTA 1QPRA 1SZGA 3LI0A 4IPIA 3CEUA 2V9DA 5AFDA 5HUPA 1CW2A 2PCQA 2ZTJA 3TV8A 3M5YA 3C2OA 5DCBA 2E1DA 4NNAA 3T78A 2Z6JA 2NUXA 2H6RA 4EOUA 1RQEA 3KOFA 4BK9A 1X7FA 2ZFAA 3MHFA 5C5YA 2Z6IA 1QDSA 3DFTA 2Y7FA 4MZYA 3IEBA 1OFOA 1CI1A 1SW7A 1WOAA 1FWTA 3OHIA 4UCGA 2C19A 3LHVA 5CPOA 5LNVA 3QSRA 2WV8A 3PBVA 4X9SA 5G1YA 4LTSA 2C13A 1YDVA 1EA0A 3M47A 4ADTA 3IRDA 4MFEA 2RDTA 4UUIA 1XM3A 2WKJA 3EX2A 3L66A 2VEIA 1ZNNA 2GVGA 2V8ZA 1YTKA 3DFSA 4O15A 4XBSA 3W74A 4LT9A 4HNTA 2VFHA 1OX6A 3W2MA 4IMEA 5DBTA 3UPWA 1QCWA 4MLJA 5FESA 1TYGA 2WNZA 3W7IA 3TUUA 4A29A 3LHZA 5C54A 1TPVA 2ZQ0A 1GTHA 2JGQA 1JRCA 3NM1A 3USBA 4MFDA 4FO4A 4LUJA 6TIMA 1W5QA 3NA8A 2R91A 4GUIA 5AHMA 2QCFA 2R8WA 4O52A 1LBLA 1SZNA 2B4GA 2H3BA 3BLFA 1G4TA 4NJHA 3A23A 3UWWA 2A6NA 3HPSA 2EAWA 5DY3A 2CU0A 1OG0A 4HPJA 4O16A 2VFDA 3SIZA 2VELA 4NJGA 3CTLA 4JDYA 1GVQA 3EXSA 3MMTA 3T55A 3STFA 2A1YA 3STGA 2TSYA 4JX4A 1K03A 4AH7A 3ATYA 3O16A 4FNRA 2B7OA 1K7EA 5LSMA 1AL7A 2B7NA 2O7QA 3UY8A 3L21A 1F6KA 2X1RA 5DXYA 3LCHA 3OG3A 1T0OA 5D37A 3SY5A 4A22A 5FF2A 1XUZA 3ZWTA 3M7WA 5HMSA 4ZQCA 1YDNA 1DL3A 5F1VA 2YXGA 3LCWA 1LLZA 1L6WA 4O0KA 2ISSA 1H5YA 2OX1A 1VJIA 3QPZA 1OX5A 1ZJIA 3SJ3A 3M6YA 4DPQA 4FNTA 1N8FA 4WZHA 1O94A 3LXAA 3KAOA 5FEWA 1JUKA 3IV3A 1ALDA 4NXSA 3W7PA 3NZRA 1W5PA 3O05A 1YYAA 3S5ZA 4TMBA 2TMDA 1OFRA 2ISVA 1H7OA 5I3KA 4IMGA 2DZWA 5HQEA 4FNPA 4N4QA 3D0CA 4BWLC 4IMDA 3R12A 3IIOA 3RF9A 5AC6A 3DI0A 5HINA 1W31A 2F7FA 4IX2A 3C4UA 3JR2A 1VYPX 5CZJA 2QKFA 3R2GA 3F03K 3N19B 1KM0A 3CM4A 3TSDA 2FB2A 4UFIA 3E96A 3GYEA 4UNLA 3W22A 3TC6A 4HSNA 5LNWA 4M5PA 3L67A 3LTPA 4LRSA 2H8XA 4UFHA 4G1KA 4LUIA 1XBZA 1PHWA 5D33A 2QUTA 3MI6A 5BOOA 3UXDA 1OYAA 2JGYA 3IGXA 5F4SA 3MI2A 2GVJA 3A9IA 5BNKA 2WSQA 4NNCA 4YMZA 1WAUA 3V75A 5I3GA 2QCDA 1QOQA 5AHIA 3QPYA 4LW7A 3GZ3A 5H2ZA 1L6YA 4JS3A 1LRTA 3BGJA 3EEGA 4FF7A 2A0NA 3B0PA 3PBWA 1TO3A 4TU1A 2BWGA 1KA9F 1F76A 4AMAA 4EF8A 7TIMA 3HBLA 5EY5A 3THQA 3G1DA 2YDAA 1VS1A 1YPFA 3W73A 1A5AA 1XBYA 1LRNA 3BG9A 5HNRA 1DORA 4M6VA 1OHLA 4JTKA 3EWZA 2EPHA 1RPXA 3LRLA 1HUVA 1OJXA 3TX9A 3DGRA 3UZ5A 1FCBA 2DZPA 2DORA 3GB6A 1KTBA 2O7SA 3C2VA 4U4MA 1PE1A 3BG3A 3LXCA 1DKWA 2DJLA 2C14A 3O6YX 1XC4A 3EB2A 1G4EA 4HIBA 3RNDA 3MYPA 4J9JA 3PR2A 3MI3A 1EEPA 1THFD 2H90A 1ZFJA 2W79A 1RQHA 1NFBA 1C29A 2ABAA 4NX0A 3IIPA 1TPFA 3C56A 4M7SA 4PFMA 4UIOA 1WA3A 1LBFA 1TSIA 3GDKA 4OE7A 3MUXA 2NV1A 1OFDA 1QPQA 3KRUA 3ELFA 5D09A 2VFIA 1HO1A 1VHNA 2YPIA 3S1WA 3WK0A 1L6SA 1V5XA 4Z08A 5G2IA 1FCUA 5D2XA 1RZMA 3TQVA 4O17A 4AHQA 3QSTA 2ZA2A 3PULA 2R14A 4MY1A 2V2HA 3BPWA 5AHLA 3AJXA 4A2RA 1SFJA 3ZFHA 4PL2A 5G4WA 4UMCA 3W2NA 1C9DA 4GC4A 2Y61A 1W1ZA 2ZZ6A 3FJ6A 4AHOA 3TR2A 3E9AA 5IBXA 4RV8A 1YXYA 1LROA 1TV8A 4QJ1A 2ATSA 1J2WA 4ZL1A 4P2VA 3RK8A 5AC8A 2C3ZA 1JQVA 1P1XA 2CFFA 2GUUA 4UTKA 1BEUA 2J24A 3SFKA 4OGZA 4E0CA 3W75A 4HKPA 5A8GA 2I1OA 1H1YA 4MPQA 1DJNA 1H7NA 3LHTA 4EWND 2RDWA 5J5RA 4OHQA 5AOUA 3KVKA 1ZAIA 3NPXA 1GVOA 5D30A 1XL9A 1CX9A 1DOSA 4MOZA 1PHQA 3G8EA 3DFQA 2NWSA 3VE7A 1GTEA 3OVRA 4JX6A 1SO6A 1D9EA 3C61A 3UPBA 4E2DA 3P61A 1UUMA 4Q4KA 4UTHA 4ZQOA 4WJEA 4C1KA 1U83A 1EIXA 4LS2A 2ZZ3A 4H6KA 5F2LA 1O5XA 3GXPA 4ONVA 4AHPA 4WUIA 1XI3A 4UFJA 2NX9A 4RKAA 3KXQA 2E68A 3MP3A 4PC8A 3W7RA 4MKNA 3NVTA 1D3GA 4Q33A 2Q3OA 4DO4A 5KZEA 5I3FA 1OABA 3PF3A 3TE9A 2EF9A 4CLMA 3S1UA 1AL8A 3R5EA 3TAKA 1FY6A 5LNUA 4W9TA 3DHFA 4IGHA 3IIXA 1KM2A 1ZENA 5CPLA 3VNDA 4Z1AA 5K7JA 5F2MA 4AVFA 1TREA 2V2DA 5D05A 4DEFA 5C55A 4XQ6A 1FQ0A 4Z1CA 3O06A 1SSGA 3TSBA 1Q45A 1KTCA 4AB4A 1SW3A 3N2MA 3SW6A 3TSMA 3STEA 5KMYA 4AEOA 2IQTA 3W1PA 4DBEA 3BVJA 4R34A 4ML9A 4JNMA 4U28A 4ZVJA 3TROA 3BW3A 4NZFA 3W7NA 5CPMA 1ZALA 1TTPA 1WQ5A 1NEYA 1RR2A 5LHEA 3MHUA 3P8IA 3NQFA 3M41A 2NV2A 4JTUA 3LCGA 3O63A 1KM6A 4K39A 4KWWA 4S2CA 5HWNA 4PH6A 3GVGA 2WOQA 3BG5A 3KHJA 3DZ1A 3HJZA 3FKRA 1FX6A 3NPWA 5HWJA 3W1RA 4IOTA 2X2GA 4MVAA 5U7SA 2E5BA 4CCDA 1SSDA 2CZFA 4O8RA 5AYZA 3HQ1A 4LC6A 2X1TA 2A85A 3B03A 2HTMA 1TMHA 4KWVA 1DQXA 1ME7A 5AHFA 2VKZG 6ALDA 1TPB1 5K9CA 4AXKA 2BZNA 3W2KA 4LOCA 3TU9A 1DVJA 4K8HA 3UWUA 1OFAA 4XUGA 3W7JA 3S9YA 1K8YA 3W7CA 3M5ZA 4LVAA 2ZRWA 3I65A 5I3IA 3UWYA 4BFAA 4O57A 1N55A 3PUEA 3W1MA 5LHFA 1YPIA 1JCMP 3EWBX 3TKFA 2Q3RA 3LRKA 4MUZA 1A5SA 3QMSA 1AW2A 3S1VA 2WNNA 4FB7A 3BGGA 4DPPA 3B4UA 1X8FA 2CLEA 3E12A 2WO5A 1F05A 4JTIA 1OVDA 4CCCA 4WOZA 1M7OA 1X6UA 4X22A 1VCVA 3M44A 1R2TA 2Q8ZA 2RH9A 1KM3A 2Y62A 3NZ1A 4LVDA 2YR1A 3CIWA 1H7XA 4K38A 3L0KA 3G8RA 2W0UA 3W2LA 1PIIA 2ZA1A 3ABRA 3H53A 4H4IA 3HPXA 1JVNA 4IMCA 4MLRA 4AF0A 1YXCA 3M0ZA 3LBCA 5DBUA 3VKJA 4DQWA 1RD5A 3W7GA 3W7DA 4MZ8A 3HG5A 2ZDRA 4ADSA 3MHGA 2BLEA 3BLEA 3LX9A 1MEIA 5G2WA 4JEQA 3TDFA 2V82A 3GDTA 4QNEA 1X1OA 3C8FA 4ZQMA 3MO7A 1G6CA 3W7LA 3W72A 4EVZA 2LLEA 2Y6ZA 5G1TA 1AG1O 4K36A 3G0SA 2BXVA 1VPXA 4N4PA 4BR1A 3Q94A 4O10A 1KW1A 1EUAA 1MZHA 3N9RA 3BK0A 4M6PA 1EPXA 3L68A 4FX8A 1XKYA 2WSRA 3I7RA 3S5OA 3NM3A 2FB3A 1GZGA 2Z1BA 3G1XA 4JTJA 4JYEA 5DY2A 3OVQA 4LVFA 4MIMA 5IM51 2R94A 3PWAA 3RMJA 3GNDA 2OMAA 4DF0A 2P0OA 4UR7A 4LV9A 1LDCA 4GXMA 5CSSA 1XBXA 3OEXA 4IJBA 5T26A 2XFWA 1HL2A 3NQ2A 5LKYA 1OFQA 4JTSA 1UUOA 3L9CA 3M1ZA 3GAKA 3G3MA 3DAQA 3B04A 4R7JA 5E0KA 2DU2A 3U8GA 2I14A 3UWVA 5FEZA 4GRSA 4XTDA 3L5MA 2CLOA 5CSRA 2CLLA 1G7UA 1GVFA 3M43A 4MYAA 4OU1A 3W1NA 4KFPA 1I2RA 2J88A 4NJKA 5E1QA 5I3HA 3JS3A 3O15A 3LM7A 4TIMA 3EWYA 1TCDA 4LY8A 3KVLA 4HSOA 4RXGA 3VFLA 2QR6A 3QW4B 2DJXA 1SZEA 1FUYA 4UFLA 3HG4A 4NJJA 1OF8A 3AO0A 3NDOA 4JTHA 2CZEA 2Y70A 4PODA 2A7PA 4UTLA 4M7TA 2NXHA 1G4SA 3NOEA 4CQ8A 1M6JA 1K8ZA 1KFEA 3W70A 2QCNA 1QOPA 1OYCA 1G4PA 2GJNA 1VR6A 2C0AA 4O28A 3ZR4A 4OQVA 1JQXA 4M19A 1E51A 3TK7A 1ONRA 3F1QA 3NQDA 1HFBA 1XCFA 4QSHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2YW3 A;  5BW6 A;  3LLX A;  4NJI A;  1R9X A;  4UB9 A;  4FNQ A;  2PD9 A;  5FL1 A;  3VD3 A;  2OX4 A;  2INE A;  1I0B A;  1E56 A;  2VTF A;  3RJX A;  1J0I A;  4MB4 A;  2D3L A;  3UZZ A;  3SGU A;  4W7U A;  2D3N A;  4ILS A;  1JUE A;  1PKL A;  1RV8 A;  4CCE A;  3K1G A;  2POD A;  1BWK A;  1FXQ A;  1GKR A;  1EP1 A;  5XIN A;  1ODU A;  3KM8 A;  3IVS A;  3FJL A;  3K8M A;  2VDI A;  4A3Q A;  3AIS A;  1QI0 A;  3LGG A;  1VD6 A;  2H3D A;  3SN4 A;  4JAW A;  4MF4 A;  3VDB A;  3CO8 A;  3AU2 A;  2PDL A;  4JIC A;  2UV8 G;  4ZGY A;  2D69 A;  3IUI A;  4DEL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4D2JA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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