4DBD | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	210
structure length	210
Chain Sequence	KSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	77
structure length	210
sequence length	210
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbdA00

3UWWA 5CSRA 1O95A 1T8XA 1PV8A 2ZZ1A 5AOUA 3RNDA 1Z48A 1KLZA 1SW3A 1W56A 3E0IA 3HB9A 2DZVA 4Y9AA 5D03A 3LV5A 2ZZ2A 3W73A 3CPRA 2VFEA 3TC6A 3EWXA 2PC4A 4M6PA 2C13A 4MYAA 1N7KA 2A7RA 5G2IA 2VKZG 2YR1A 2R8WA 2H90A 4KFPA 1VS1A 3HG5A 4JYFA 3WK0A 1RZMA 3A5VA 2ABAA 3O8AA 3W7PA 3W23A 3S5NA 2C1HA 4NNAA 3C2EA 5F4XA 1XDMA 2WO5A 4IX0A 3HPSA 1GG0A 1TPFA 1ICSA 1FCVA 5HMSA 3L5AA 4UTIA 5LNUA 4XQ6A 1L6SA 3BGJA 4OWGA 3P8IA 1Q6OA 3MYOA 2WV8A 4W9TA 1ME7A 4LVFA 3QH2A 4WQ6A 4AVFA 2TYSA 3L9CA 1FBAA 1OFOA 4O1CA 1RVGA 2QUUA 1VRDA 3HG2A 2QCNA 4K8HA 4IMEA 3KVLA 3QMSA 3ZWTA 4LW7A 1HFBA 3O15A 3DI1A 2Z2UA 1OHLA 1JVNA 3O63A 4FHAA 4YCPA 1EWEA 4DBEA 3F4WA 4HSOA 1HO1A 2ISVA 5CPOA 3TR2A 3THQA 3KVKA 3DFOA 3TAKA 1YPFA 4HNUA 3KFTA 4LY8A 4QISA 3A22A 5G4WA 3M16A 4GUJA 3S42A 4NJIA 3LB0A 3L0GA 1QDSA 2FQIA 2NV2A 3DKLA 1ADOA 1WA3A 1F6KA 5CG7A 4JNMA 3HMJG 5AC6A 1K7EA 2OCZA 4O0ZA 2H6RA 4IX2A 3LXCA 5F4SA 2AAMA 2E77A 4BFAA 3W1NA 1IXNA 3BG9A 5LHEA 1S5TA 1VYPX 5LNRA 4NXKA 2ZRZA 2Z0IA 5FF3A 4ORMA 2QCHA 3N19B 5EPDA 1YDOA 1VCGA 3G1SA 7TIMA 3WJSA 2NX3A 4LVAA 2Y7DA 3L5LA 2NXHA 1DOSA 4K39A 3TCEA 3MJYA 4CNOA 2GQ8A 4RX0A 2QJIA 1FWSA 5AHNA 3P7YA 1C9DA 4RJEA 5AC8A 2OMAA 5LNVA 2GPTA 4HNVA 1RQEA 4HKPA 3GX9A 3TW6A 3GKAA 3L21A 4UNKA 1FCQA 3N14A 1K7FA 2GVGA 3I7QA 5U4NA 3FKKA 4P2VA 2FLIA 4YCOA 4A2SA 3O6CA 1R47A 1WBHA 2Y85A 3KRUA 3PBVA 5D2TA 3BW4A 4EF9A 1YLVA 2J24A 3W86A 3IVUA 3RFAA 2V82A 1SUXA 4EOUA 4Y96A 4CCDA 3QC3A 1I2NA 3KX6A 4YLWA 3IIOA 3LRLA 3QMRA 1DBTA 5D38A 1VR6A 4NUWA 5G2HA 5E0KA 3S1UA 3EX2A 4UTMA 2DZWA 4PTNA 1F2JA 1OVDA 1Q6QA 5G1TA 3O6DA 1GVFA 3W74A 3W7IA 4GE8A 3G1HA 2YXGA 3H53A 1T99A 1I8JA 3UWYA 1DV7A 2Q3OA 5T26A 5HUPA 3NDOA 2H3DA 5LGZA 3NG3A 4POCA 5GVJA 3UY7A 3W7MA 1VLIA 2Y88A 1VPXA 3SY5A 5AHLA 1WAUA 2TPSA 2Y62A 4AWUA 1Y0EA 3BW2A 1FWTA 5F2GA 1EP3A 2TSYA 3AJXA 3R2GA 4FIQA 3W9ZA 3GK0A 1OFPA 4NQ1A 3S8HA 1KBIA 2OT1A 1WDWA 1TPEA 3ABRA 2E6YA 4MZ1A 1SFJA 1Q6LA 2EGZA 3YPIA 5KITA 1G7UA 4TU1A 1H1ZA 2ZZ4A 5HR7A 2LLEA 2ZTKA 4CLMA 2DU2A 1JCLA 1FWRA 4ZMGA 2NUYA 3KRZA 4MZYA 4WY0F 5BNKA 2QJHA 4FXSA 3SGZA 5CPNA 3W7LA 1BEUA 1TRDA 4XBKA 3C61A 4XBSA 1OX6A 1ZFJA 3QJAA 1U5JA 4ZL1A 1XDLA 1XBVA 2H8ZA 2WSYA 5KSWA 4UCGA 1YTKA 1TO3A 2FPTA 3G0XA 1W5MA 2A4AA 2QEZA 1W0MA 4RZ6A 2NUWA 2QJGA 1KM6A 4LS1A 4AWSA 1P4CA 2CLFA 2ZDRA 3HG4A 4UTWA 1S3HA 2CZDA 4N9CA 1OK4A 1QOQA 2B7QA 2X30A 5FI8A 4JXCA 2YGYA 1I2OA 4N6EA 1LTDA 1YXDA 3B03A 3LDVA 2FB2A 3W2JA 1Q3NA 3VE7A 1R46A 4UTTC 3L68A 1KTBA 1LCOA 4PFMA 5D04C 4EF8A 1UUMA 4IMGA 4K7YA 3DXIA 3STGA 3QSTA 2J9XA 3TMLA 1JUBA 4RCXA 2V2CA 2CU0A 4O1DA 3AO0A 2FDSA 3MYPA 2OX1A 5DXXA 2RDUA 3W2KA 4RZ4A 1G4TA 3KXQA 3TIMA 5A5WA 1YTDA 2B7PA 3G18A 3QW4B 3TKFA 3UWVA 3UD6A 3LI0A 3SSJA 3NQ2A 3OG3A 4A21A 5I3FA 3LM7A 5G5IA 5LNSA 2WJZA 1WOAA 1EIXA 3TFXA 1QR7A 1AW5A 4EWND 3QW3A 3GDKA 4U4MA 3HPZA 4DO4A 3S0CA 1H7XA 3MP4A 1VH7A 5CKSA 4LC6A 3QF0A 2X2GA 3LXAA 2WKJA 2CLOA 4ZQCA 4ZQOA 1TTJA 3NA8A 3W07A 3P60A 1CX9A 1BKSA 1TPDA 2EAWA 3GIYA 2A2IA 2YW4A 3NPXA 1AL8A 3NYZA 4MJZA 4IXHA 5AC7A 4O52A 4UTLA 2R94A 2E1DA 4MFDA 1TJPA 1A5CA 2W0UA 5SWUA 3OHIA 3W71A 2V0TA 3BPWA 1FCUA 4MY8A 3EX3A 1TQJA 5L9FA 5KTLA 4LRSA 1PHQA 3NQFA 4HHPA 3S5ZA 4Z08A 3V75A 2H8XA 3NQ6A 3T44A 3LHVA 2JBMA 4JTGA 2WOQA 2JKEA 1VC4A 1VHCA 3O07A 3EXTA 2QUTA 4FNRA 4O4WA 3W1MA 3H55A 4DQWA 3P5YA 5HUOA 3PSVA 3CU2A 4NVTA 3U2OA 4JDBA 5AFDA 2YYTA 3GZ3A 3WJZA 1SO4A 1MEWA 1B4KA 5F1UA 3RLVA 3WJYA 5A8GA 3PWAA 5LKYA 2WSRA 4LC8A 4O14A 4WOQA 3MI3A 3TQVA 1ZAJA 3U6WA 2C0AA 3W1TA 5MHBA 1RQHA 2V2HA 3W7GA 3I68A 2CLIA 1Q45A 3VI2A 2ZTJA 5FF4A 5AYZA 3FLUA 4UR8A 1TTPA 3EX6A 2J9YA 3ZWSA 3B04A 4GJ1A 5D30A 4WY0A 1K3UA 1JCJA 4WUIA 3FYPA 2Y63A 4C1LA 3USBA 3IV3A 1ME8A 1SSGA 4NZJA 3PB0A 4XZ9A 5EA9A 3OA3A 5AYXA 3IIXA 1DVJA 1QAPA 3GDRA 4AF0A 2YCEA 3PBYA 1F05A 4XTIA 4JTKA 3S5OA 3SJ3A 4NU7A 1JCXA 2F7FA 3N3MA 3LTYA 3RK8A 4UFIA 2VELA 1AW2A 5I3JA 3EWYA 1SW7A 3UZJA 1YDNA 5CPMA 4ML9A 1PVNA 3EWWA 4O18A 4XKYA 4M19A 1GG1A 5AHIA 1OFRA 3W7QA 1P0NA 5FEPA 4FNTA 2QKFA 1F6PA 1LLZA 5K4ZA 1ML1A 3SIZA 1QCWA 3UWUA 3W76A 2V9DA 2IQTA 3WK2A 4O57A 1KTCA 2WQPA 3HJZA 1VCVA 4UMCA 4S2CA 3S1XA 1TB3A 1VZWA 3HGJA 2Q8ZA 2QDGA 1TJRA 3Q94A 3LBMA 4UMAA 5HR6A 1KM2A 4FX8A 3PG9A 3BK0A 1GVRA 3O6YX 1OF8A 5BMXA 1I2QA 1W37A 4FNQA 2W6RA 1FDJA 2P1FA 1PCWA 4D2JA 1H7NA 3EX1A 3M43A 4B5NA 3HQ1A 1UJPA 4TX9A 2DZPA 3G1AA 2NV1A 2Y6ZA 3NVTA 3W7HA 3G8EA 2DP3A 1GJPA 2GQAA 4UIOA 1W5OA 1FWNA 3SI9A 1G7VA 1L2UA 1P0KA 3TW7A 4JTHA 1KLYA 4NJHA 3F4NA 4ADTA 3R89A 1OFAA 3UNDA 1NVMA 2DZSA 4AH7A 3QPYA 1LZOA 3TJXA 3W7EA 1TSIA 4UFKA 4ONVA 2NWRA 6ALDA 3GNDA 2GOUA 4KWVA 3WK3A 5AHMA 4QIUA 2XN2A 3TNOA 2E09A 3C2FA 1SW0A 4ICNA 3CHVA 3W83A 4Z1BA 1OFEA 3LHYA 2QCDB 1KFKA 1V7YA 4GNJA 1DKWA 3W7RA 3LTPA 1LROA 4O16A 4DPPA 1RR2A 4Z1CA 3W2LA 1G69A 3GDLA 4WD0A 2C16A 2ZZ6A 3V1PA 2EF9A 3S9YA 1W5PA 2NZLA 3C0JA 3NPWA 1KA9F 4O4VA 4FEZA 4BK9A 4JX4A 1ME9A 2VFFA 1SQ7A 4NZFA 3R13A 1G4SA 3O1NA 2HTMA 1SO6A 2FIQA 2ZRUA 3FIGA 1GPWA 3W84A 2NXIA 3NEVA 3Q58A 4R7JA 1EX5A 3VKJA 5KZMA 1DORA 3CTLA 4WOZA 2OZ0A 5FF2A 1DQXA 3W88A 2J9ZA 1H5YA 3B0UX 5KZEA 2V8ZA 2WNNA 5CZSA 3GYEA 4N4QA 4N9EA 1X7FA 1TRIA 3LERA 3NL6A 3PS7A 4MLJA 3HIJA 4DELA 3GKFA 3DZ1A 3DH7A 4GUGA 1DL3A 4ZZ9A 3MW7A 4M7TA 2DJXA 1J5TA 4HNNA 3W1UA 1Q6RA 3M7WA 1RQBA 4O19A 4JTLA 4P61A 2A6LA 2BWGA 3QEZA 4A3UA 4K8EA 4NNCA 3DBPA 1HO4A 5D09A 3P5ZA 5I3IA 3VNDA 1LRTA 3NPUA 4X3ZA 4TR9A 2JK2A 1G4EA 2P0OA 3QM3A 2DZTA 3W3OA 3P8JA 5IBXA 4GUHA 1LOLA 1AG1O 4CNNA 1IF2A 3NM1A 4UTHA 3K30A 3N9RA 2G5WA 1SZNA 3MO7A 5K9XA 3NQAA 3PF3A 3G22A 2QCCA 5K3VA 1OFQA 2C3ZA 2CZ5A 4JTIA 3DFNA 3W7CA 3CWOX 3LGEA 1TPUA 3HG3A 2FPYA 5F2MA 2GUUA 4H6KA 4Q33A 1Z42A 1EP2A 5DLCA 3PAJA 4QJ1A 4RXGA 4BI7A 3L2IA 3UQNA 2Q8LA 4AMAA 5IBXC 1RPXA 3LCHA 3NL2A 3TDFA 5KZDA 1JQVA 1CW2A 3LOTA 4UMBA 4ZQRA 1SO5A 3UWZA 4JY9A 1QFEA 1TYGA 1GVQA 1UBSA 1OX4A 3DHDA 3QRHA 2Z6JA 3B0VC 1XBXA 1KV8A 3L66A 4NJKA 4XWUA 4ZQPA 1O5XA 3SFKA 1TPWA 3BO9A 3F03K 5AHEA 3M1ZA 3U8GA 4A2RA 3UYCA 3R8RA 1HTIA 2WPBA 5F2LA 5I3KA 1EUNA 1B3OA 3C52A 3TMQA 3GR8A 1W1ZA 3PC0A 1L9WA 3G0UA 2CFFA 3TX9A 5G1YA 3LV6A 1P5BA 2ZA3A 5AYYA 1KFBA 3C2OA 1R2SA 5E1QA 3QMTA 3EXSA 4L4LA 3EKZA 4MY1A 3GXNA 1OFDA 2OT0A 1N55A 2FPVA 1C29A 3P74A 2V30A 1XBYA 3W7KA 3G24A 5BW6A 3P62A 1J4EA 1EWDA 3BLIA 3DHFA 4AF0B 1QO5A 4O17A 5D33A 4FX6M 1AW1A 2YFNA 3M6YA 3G3DA 1OK6A 5G2WA 1FUYA 1PL9A 5F4WA 4HNTA 2YYUA 3HPXA 4XKYB 2GVJA 5FF7A 1XUUA 3DI0A 5CZTA 3TK7A 3GDTA 3JRKA 2RDTA 5DN1A 3P84A 3ABOA 1NFBA 1KBJA 5FF0A 2ATMA 1PHWA 3SR7A 4IGHA 2PRLA 4UTTA 1GT8A 3MHUA 4OU1A 4DO5A 5DCBA 1EUAA 3W1RA 5DY2A 3EB2A 4MZ8A 3W87A 2ZRVA 4KFNA 1UUOA 2X1RA 2QUVA 4CCCA 2Y70A 3GDMA 1LRQA 4AB4A 4QNEA 2RKXA 1FQ0A 5CZJA 1JCMP 1D3HA 4PEKA 1X6UA 4CQ8A 3VCRA 2EPHA 4O0KA 1XUZA 3CEPA 5CGQA 5DBTA 2I14A 2E6AA 4ZQMA 1ZCOA 2BX7A 2WNQA 2ISSA 3LXBA 4JIPA 2XN1A 2QCMA 1VLWA 2VFIA 1ICPA 1N8FA 1F73A 3DFQA 4ZQNA 3BLEA 3STCA 3G1YA 4O10A 3BG3A 4FIRA 1ALDA 2GJNA 1MEHA 3KRSA 4RLIA 4AAJA 1LLWA 3EXRA 4JIQA 2YSWA 3ABSA 4FO4A 4GC4A 5K7JA 1RV8A 3SECA 1PCKA 4IMFA 1F5ZA 3TAOA 3UZ5A 3QQ0A 3IIPA 4UC5A 1R2RA 3M9YA 2CWNA 5D2XA 4G1KA 1K03A 3C2RA 3LTSA 1D3GA 3NQ7A 4FNPA 1W3IA 2NLIA 2ZA2A 2YDAA 3W75A 1FY6A 1H1YA 1UASA 1YPIA 5FESA 2BTMA 4XTDA 4H3DA 1ZENA 4O54A 5HWNA 2ZFAA 3FS2A 1KFEA 2Z1BA 3IGSA 3F1QA 1GTEA 1HG3A 3NAVA 1OABA 3C6CA 3N73A 1XXXA 4OQVA 4AWTA 4S2BA 4TMCA 4LOCA 3TUUA 1LBLA 3LHUA 5K2ZA 1SU5A 5AB3A 4FX7A 3G3MA 4PL1A 3TSMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4DBDA

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