4DBDA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from sulfolobus solfataricus
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
210
structure length
210
Chain Sequence
KSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Sulfolobus solfataricus
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 77
structure length 210
sequence length 210
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4dbdA00
2YCEA 2PRLA 2R8WA 1GG1A 3CHVA 3TMQA 3MI3A 2QR6A 3UQNA 4UMAA 1XC4A 3WK3A 2VOMA 1LLZA 1GVSA 5FESA 2VFFA 2H3BA 2ZQ0A 3G1HA 4M7SA 4BFAA 3MWAA 1TPDA 2Z1BA 4EIVA 1SQ7A 2R14A 1FWSA 1DKWA 1KM0A 3WJYA 3LHWA 3U8GA 2Y62A 4LNYA 5AYYA 2YDAA 1AL7A 4ZQPA 1UB3A 3N9SA 3NQCA 3E49A 2ZRZA 1KFKA 3MP3A 3A22A 3M16A 2BXVA 2WKJA 3R8RA 4MJZA 4JTFA 2PC4A 5K3VA 2D73A 2QCCA 3UWUA 3W1RA 1CW2A 1SO6A 3PR2A 2QCEA 4I7WA 1MZHA 3TFXA 3CTLA 5ABTA 4R7JA 3DI1A 1R30A 4OT7A 2GVJA 4N02A 4UFJA 1ZAJA 4EF8A 2XN0A 3R13A 2VFIA 3GVGA 3HPXA 4JX6A 4GUJA 3B0PA 3NG3A 1EP3A 2YYUA 2P1FA 4JDBA 2ATSA 4NXKA 3FJ6A 3HQ1A 4MFDA 3EXRA 2GVGA 2VENA 2A2IA 3QMSA 5CZTA 2DZPA 4JEQA 1A5BA 1GYLA 5HMSA 2BX7A 1ME8A 4IMEA 1QDSA 1TV8A 2OX1A 4LUIA 4UTJA 1W3NA 4JIQA 4S1FA 1A5AA 4RCXA 3NPUA 4YLWA 1W54A 2WOQA 3MO7A 1Q6OA 2CU0A 3IEBA 2E6AA 3P67A 1L9WA 1B4KA 5DCDA 3QYQA 1IGSA 5LKYA 3G24A 2FB3A 3NL3A 2Q8LA 3HPZA 4TR9A 4IMFA 1ZY9A 4CQ9A 3W07A 4JN6A 4UR8A 1H51A 2YYTA 4O1CA 1OX6A 2RFGA 1W1ZA 3KVJA 3TSDA 4MPQA 3B05A 5GVJA 2CLIA 1Z42A 5KSWA 3OA3A 4AF0A 1SW0A 4EF9A 4O4VA 3EX3A 3KX6A 3QSTA 2ZZ4A 4KFOA 3DENA 1Z48A 3WFAA 3SIZA 3C52A 5AB3A 3OIXA 1XXXA 2QCGA 3KRUA 3IV3A 3BK0A 5F1VA 5EMUA 2ZRWA 1WOAA 3L5MA 4O18A 1Y0EA 5F2MA 1SO5A 3R12A 4DELA 1ME7A 2FPVA 3T40A 3W2UA 3QF0A 1PE1A 3GDTA 1KFCA 3W7NA 3GXPA 3ZS4A 4JTKA 1RZMA 3G1SA 2YFOA 4P61A 4A29A 3HF3A 2H8XA 3DFPA 1OFQA 4E38A 1FDZA 4H6KA 5I3JA 3TK7A 1ONRA 3EX6A 2A1YA 1Q6RA 1VHCA 2RKXA 3LTSA 3HGSA 1YTEA 3DU0A 1G7UA 1OFAA 1VGAA 2ZZ2A 3TQ0A 4EOUA 5HWNA 1NF7A 3G0UA 2FPTA 3C2EA 3STGA 2ZA3A 4JTUA 2NUYA 1DQWA 5D32A 3PSVA 5CSRA 3MYOA 4O12A 1VCFA 1VZWA 4JYFA 1PS9A 3TUUA 3PY2A 1IXNA 4NJJA 1QFEA 3LI1A 1F73A 3FIGA 4O19A 3TW7A 3EEGA 4N9CA 2QEZA 4FEZA 1JQXA 5F4XA 3E96A 3GKFA 4TU1A 4M6PA 3W85A 4JXCA 4JTHA 1R47A 2TYSA 1TTPA 2QUTA 1OF8A 2JGQA 2FFCA 4FHAA 2CW6A 2HMCA 5K7JA 2EGZA 1VYPX 4D2JA 4O11A 1IXOA 1SZEA 1K7XA 1IXQA 2V5BA 3NAVA 3LCGA 5EPDA 2DZSA 4UTWC 1YXCA 1FX6A 3TXVA 1VLIA 4UNKA 5AHLA 5U7SA 4RZ6A 2LLEA 3RFAA 3L21A 1SFLA 4DF1A 2ISWA 2QF7A 1PHQA 1L6SA 1F6PA 1S3HA 3DGRA 3M6YA 3R5EA 3HOJA 1GTHA 3FKKA 2CLMA 4ZQCA 5DLCA 4J9JA 1RVGA 4ORIA 5KMYA 2QDGA 3NQ6A 3LV6A 3NQVA 1TREA 4ZVJA 1XDLA 2A5HA 2ZA1A 4LRSA 2DZUA 3NQ8A 2A7NA 3M1ZA 5FI8A 4NJIA 4C1LA 4UTIA 2WSQA 4JYDA 2I14A 3P8IA 1FXQA 5L9FA 1L6WA 1NAL1 3CWNA 2A21A 1PL9A 3B03A 4PL2A 1I2RA 5LNWA 3FEMA 4IQLA 4LY8A 4R34A 3MI2A 2E68A 1XDMA 1X1OA 3TQKA 4X2RA 5CSSA 1YDNA 4RX0A 1UCWA 5FF7A 1XL9A 3W2KA 3W88A 4NXSA 2X2GA 3TR2A 4UTMA 5K9CA 4DQWA 3UPWA 4O50A 5AC7A 4PCFA 1OVDA 5T26A 4DXVA 3IVSA 5LNRA 1JCYA 4K38A 1E51A 3NGJA 1L2UA 1DBTA 1DJNA 4XWUA 4TX9A 4K7YA 5K9XA 3SECA 2OT1A 5CG7A 5FEWA 3M5XA 3PBUA 3VFLA 1K7EA 4IXHA 4BWLA 4A21A 3A21A 1UJPA 5TBOA 4IOTA 1JCMP 4NQ1A 4CQ8A 2E5DA 4JTTA 2GJNA 2KZHA 4MUZA 3PC0A 1QMLA 5D2YA 3N34A 3K30A 3ABSA 3PUEA 4WOQA 1ZHAA 2A7RA 3TW6A 3N73A 3T78A 4FX7A 3CEPA 3QM3A 4AVFA 4UFMA 1X7FA 3BLFA 5LHEA 3G3MA 1PCKA 5DXYA 4YWIA 3P61A 5CZ0A 5C54A 4AMAA 1GYNA 3R2GA 3M0ZA 4PA8A 1FBAA 4AH7A 3Q2DA 4Q32A 3IVTA 5D37A 3E9AA 4W9TA 2Y7EA 3NL2A 3LRMA 4LVDA 2XN2A 4LOCA 3VNDA 3DHFA 3CPRA 5FEPA 1K3UA 1QPNA 3UWZA 4NJHA 3W1PA 1KA9F 3N14A 1DJQA 4UTWA 5C55A 4M7TA 3L0GA 1KW1A 4R33A 4NNCA 3HPSA 4O57A 2E5BA 2GVLA 3INPA 3W3OA 3FLUA 3G8EA 5AHEA 3P82A 3M9YA 2CLOA 2YR1A 3NA8A 3GDRA 1HG3A 2QCMA 2GOUA 4MLRA 2WO5A 3W7OA 2P0OA 2G96A 3M5YA 4O52A 4HN4A 1OYAA 4H4IA 4MYXA 3KOFA 2VKZG 1QOPA 3NYZA 3LTYA 4OQVA 3S42A 4NX0A 4M6QA 1ICSA 1AW1A 1ADOA 3KRSA 4PTNA 3O07A 3MP5A 3LI0A 5LNUA 1SW3A 4CCCA 2ZZ1A 1TPB1 1OX5A 1W31A 4O1AA 3GK0A 1TV7A 1H5YA 2ATMA 3W2LA 4IWWA 2ZDRA 3PSWA 3RLVA 3QSRA 5IBXA 3IIPA 5D33A 1MEHA 3QJAA 5LHFA 2FTPA 5I3IA 3TMLA 3TX9A 1AMKA 1VHNA 2WNQA 3UXDA 1Q3NA 3MHUA 2R94A 4OGZA 4ALDA 2C18A 4O14A 3W87A 1I45A 2VEMA 3LB0A 4NZJA 1YXYA 2VFEA 3P8JA 3W7HA 3Q94A 3QH2A 5FF0A 4N9EA 1TV5A 2VFDA 4YCOA 2XN1A 4YCPA 4OWGA 4HNNA 2QUVA 3GB6A 4O10A 1WQ5A 3MHFA 3ZWSA 4QIUA 4XBKA 2NUWA 1PV8A 2BWGA 3CIWA 2Q8ZA 3RMJA 1SZGA 3W1XA 4I7UA 4AWSA 4MVAA 1QNVA 4LC6A 3IRDA 5FF3A 4FB7A 1HFBA 4ADSA 5DELA 3C56A 3P7YA 4GE8A 3HG2A 4UCGA 4BI5A 3G1AA 4JTGA 2Z0IA 3HJZA 2YSWA 1KM1A 4GUHA 4B5NA 1PHWA 1A53A 1GTEA 3SFKA 4HHPA 1H7XA 2NX3A 1R2TA 2Y63A 4Z0JA 2A4AA 3TNOA 2GPTA 3G1YA 1IF2A 5CKSA 1F76A 1VCVA 1JULA 3THQA 3USBA 3W71A 2OJPA 3I7SA 4IGHA 4FNRA 1WOBA 1EUNA 1DQXA 3DI0A 4NNBA 3B0UX 3IIOA 3S5NA 4UNLA 3GR8A 3QQ1A 2NWSA 2QCHA 3W6YA 1OYCA 2F84A 2ZCGA 4LVGA 3QPZA 3W7CA 4PH6A 2V8ZA 2EAWA 3S6DA 1EUAA 2CZFA 1SZNA 1TTIA 2C19A 3PB2A 1FCUA 3CB8A 3TC7A 1SZFA 4UTTA 1LOQA 1WXJA 3W7LA 3S1UA 3GDKA 3UXAA 3EWXA 3A9IA 3L65A 1XBZA 4MY9A 2QAPA 3Q37A 4WOZA 3W84A 4Y8FA 3TAKA 3YPIA 4RZ4A 1YPIA 3TV8A 4CCEA 1VR6A 5CZSA 3W86A 3S8HA 3PUOA 5TQLA 1TPWA 3CM4A 3RU6A 4QSHA 4FF7A 4S2BA 1OJXA 3LBCA 1W5OA 3L2IA 4YXGA 4C1KA 2Y88A 2TSYA 4JIPA 3W74A 3W2NA 3NDOA 3WJWA 1P5BA 3D0CA 1J4EA 2Y6ZA 3L9CA 1XBVA 4IX0A 2NXHA 3BV4A 4O8RA 3QPYA 1WDWA 3DFTA 1OX4B 1XI3A 3W7EA 5G1YA 3NQGA 4Z08A 4UFIA 4ZZ9A 2H6RA 1H1ZA 1VLWA 5E1QA 3S1VA 1CX9A 1ALDA 3TU9A 3LXCA 4FX8A 1EEPA 3NPXA 3C3NA 2E77A 2O7QA 3W76A 1KBJA 3C2FA 1T8XA 5CGQA 4O15A 4RZ5A 1GG0A 4OV9A 3NNTA 3U2OA 1WA3A 1ICQA 2AGKA 1FCVA 4O28A 2C16A 1UUMA 4WY0F 1G4EA 3SGZA 1DVJA 2WNNA 1GQNA 2E6FA 4U4MA 1SW7A 4S2CA 1OF6A 4GXMA 5AHFA 5AHNA 2NLIA 3LDVA 3T7VA 3W7RA 2YFNA 1VJIA 4XBSA 3FYPA 5LNSA 2A6LA 5EYWA 3W2JA 1V7YA 1B3OA 3LM7A 3O6CA 3CC1A 4ONVA 4XUGA 4CCDA 3B0VC 4ZMGA 5F4WA 2GQ9A 4Z1DA 4AXKA 1DHPA 2WSRA 3OBKA 4X22A 3SGUA 1RR2A 3CEUA 1KM5A 4UFLA 5J5RA 3IIVA 3NQAA 1ICPA 3W7IA 3LXBA 3EB2A 4PL1A 3C8FA 3O16A 1XKYA 2X1RA 2ZRVA 1YPFA 2ZZ7A 1NF0A 2ZBTA 3PM6A 4GNJA 4A2RA 4FNUA 1TPEA 3G1VA 4UMBA 1MEWA 3O63A 4JDYA 1QR7A 3AO0A 3DAQA 2E6DA 4BI6A 4JTEA 3MUXA 1I2PA 4FNPA 4N4PA 2XFWA 5EY5A 4H3DA 4UIOA 3HGJA 3CT7A 3EWZA 5D04C 3MBDA 1TO3A 4GRSA 3TXZA 3G1FA 3VCRA 2DU2A 1JUKA 4UTHA 1M5WA 3P5YA 3QC3A 1AK5A 3HGRA 3NXFA 1W3TA 4Q33A 2WJZA 3HIJA 3VE9A 5HR7A 5K9DA 5EBUA 3QMRA 1NFBA 4O54A 3P60A 1G6CA 2VFHA 4E2DA 3S5ZA 1G4TA 1JR1A 4HPJA 2C3ZA 5D2TA 1XUUA 3FOKA 1K7FA 4G1KA 2IQTA 4JYEA 2NWRA 4RR4A 3WJSA 5AYZA 3FA5A 1JCNA 1Z44A 1J5TA 2TMDA 3UZJA 4WJEA 3EX2A 2QDHA 3TJLA 1K03A 1WAUA 2C13A 4TO8A 1KLZA 4NU7A 4GC4A 4AHQA 5H2ZA 1W8SA 4KWVA 1RD5A 3B06A 1KTCA 3IGUA 1GJPA 1WBJA 1Q6LA 3IIXA 5EL1A 3GXNA 2Z6IA 2A7PA 1P0NA 2H90A 3B4UA 1XM3A 1P1XA 2HS8A 3W1TA 5LGXA 3P80A 4NUWA 1TMHA 2C6QA 4K36A 4WQ6A 5FF4A 8TIMA 1OX4A 2V82A 3E12A 1H62A 3NM1A 2J9YA 4ORMA 3M47A 1D9EA 1W5PA 1QWGA 2YX0A 1NSJA 3PS7A 3NR0A 3QMTA 3A5VA 3L68A 1TYGA 2Z6JA 3GX9A 1XFBA 1T0OA 1V5XA 3BGGA 3PF3A 2QJIA 3OHIA 1B9BA 3O8AA 3LXAA 1I2NA 2AQWA 2Y7DA 2W79A 3ZWTA 3Q58A 1J2WA 1NEYA 4I9AA 5E93A 3AJXA 3RK8A 3SI9A 4LV4A 1LYXA 5AHMA 1HO1A 2VEPA 2I1OA 1Q45A 5MHBA 2ALDA 3DFSA 3W7QA 1LOLA 3TQVA 3L66A 1PVNA 3O05A 3R89A 1QO2A 5G2HA 1KFBA 5AC8A 3PWAA 3A23A 1VH7A 3WK0A 4DO6A 3PG8A 1KTBA 4HNVA 3LHYA 1QAPA 5K4XA 3N3MA 2ZZ3A 4A2SA 3LLDA 3UYCA 3W2MA 5BMXA 1B57A 1EWEA 5CZJA 3TIMA 3PG9A 4DF2A 5HNRA 1OABA 3M5VA 4FIRA 3PBYA 3GZ3A 3G1XA 1LBLA 1G7VA 3C6CA 3MMTA 3A24A 1GOXA 1H7NA 1SUXA 4IMDA 2B7QA 3B04A 1TPVA 1ML1A 4Z1CA 4UMCA 4RV8A 1N55A 4Y90A 5DN1A 2FB2A 4DPPA 1LRQA 1OFDA 3FJLA 3B8DA 1UASA 2J88A 1O94A 1W0MA 3F4WA 5AC6A 4JY9A 3LCIA 1VCGA 1JCLA 3STFA 1FUYA 2WSYA 2FQIA 4Z0SA 1O5XA 3NZ1A 1PIIA 4HKPA 3VE7A 1XBYA 5K2ZA 1HUVA 2PURA 2JKEA 5I3KA 2A0NA 4ICNA 2TRSA 1ZAIA 1KFLA 1FQ0A 1OFRA 1TIMA 3BVJA 5D05A 1R46A 3SY5A 2ISSA 4LW7A 3DFNA 5LZLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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