4DBE | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	213
structure length	213
Chain Sequence	LKSRVILAMDKPLSYQVLKEMENELYGIKVGLPLVLDLGVDKTRELLIGLDVEEIIVDFKLADIGYIMKSIVERLSFANSFIAHSFIGVKGSLDELKRYLDANSKNLYLVAVMSHEGWSTLFADYIKNVIREISPKGIVVGGTKLDHITQYRRDFEKMTIVSPGMGSQGGSYGDAVCAGADYEIIGRSIYNAGNPLTALRTINKIIEDKVMKC

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Sulfolobus solfataricus complexed with inhibitor BMP rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Sulfolobus solfataricus
total genus	81
structure length	213
sequence length	213
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2012-01-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dbeA00

2R91A 3KAOA 4R33A 1VS1A 3W1RA 5D2VA 3USBA 1P0KA 3EEGA 3IGXA 3KRUA 3W1XA 3TE9A 2WNNA 1L6SA 1A50A 1O5KA 5I3IA 5CG7A 2NX9A 1IIGA 1OK4A 1V7YA 1G69A 1KFBA 3PM6A 4GRSA 4KFNA 4QQ3A 4NJKA 4K38A 3UQNA 4LT9A 5CZTA 4FNUA 3G8RA 2ZRUA 4XKYA 3LOTA 2ZRXA 4JD4A 5HMSA 3W72A 3G1DA 3NZRA 4ZQCA 1FDZA 5D33A 4GWEA 2JBMA 3OVPA 1FY6A 4JTGA 2QCDB 1EWDA 4CCDA 3N2MA 3CT7A 3S5NA 3C3NA 2P10A 1ME8A 3N34A 4YWIA 3GXPA 1H51A 4N9DA 1S5WA 1SSDA 3GKAA 2W6RA 4HNNA 4LVFA 1RR2A 1VGAA 2YXGA 4BI7A 1H1ZA 2RFGA 2EAWA 1PHWA 4QNWA 4A22A 1ML1A 1CW2A 4UTJA 5CKSA 4O53A 1SUXA 1W56A 2A5HA 3QRHA 3W7EA 3TMQA 1F73A 3IIOA 2DJXA 1A5SA 1I45A 1FDYA 2PURA 3GXNA 4CNNA 2QCCA 1I4NA 3S6DA 4MYAA 3BV4A 2V30A 1B57A 4JX4A 1H5YA 3QFEA 4Y90A 3C56A 3GDRA 4MOZA 1GVSA 4MPQA 2DZVA 2ZYFA 2CW6A 2WNZA 3CEPA 3W1MA 3IRDA 2P1FA 1TPH1 1UBSA 1I2RA 4TO8A 3UY7A 3E12A 1LZOA 1OABA 2NX3A 3NQGA 3DI1A 1AL7A 4JR5A 3STEA 2WSYA 2QCDA 4M19A 1XDLA 2CLEA 3EWXA 4OE7A 1DOSA 1KM0A 3G3MA 3W71A 3OA3A 2V5BA 3WJYA 5AYZA 1PCKA 3CM4A 3W2KA 3HG5A 5EA9A 2NZLA 3TAKA 3F4NA 3GNDA 3NXFA 5AOUA 1O5XA 3LXAA 3CEUA 4WJEA 4O1CA 4O4WA 3KX6A 1N55A 2QJGA 2E6DA 4OT7A 1KA9F 4OHQA 3LCHA 1QPQA 4PTNA 4R34A 1OFRA 3IVUA 2WPBA 1TYGA 1ZAIA 4DEFA 4O14A 5K7JA 2R8WA 3KVMA 5EBUA 3SZ8A 3SFKA 1AK5A 5AHLA 1XXXA 1TPEA 3D0CA 1FBAA 3GDLA 3NA8A 4JTTA 4MJMA 2TPSA 1B3OA 1FWSA 4GNJA 2WNQA 5AHMA 5A8GA 4JX5A 4JTIA 2ISSA 4N02A 1GJPA 3LLDA 4UTTC 3O05A 3O07A 4N4QA 4XTIA 4XUGA 1D3HA 4FX8A 1FCVA 1K8YA 5TIMA 4LV4A 3G1VA 2XFWA 1JR1A 4KWVA 2BWGA 5BRBA 1KTBA 1WOAA 5BW6A 2Z2UA 1OFQA 3PR2A 4QNEA 3P80A 4YCOA 2QF7A 2ZRZA 1KBIA 1NVMA 3DKJA 3TXZA 2D73A 4PEKA 1SQ7A 2JKAA 3GKFA 1SZFA 4O4VA 4I7UA 4IX0A 2KZHA 4ALDA 1SU5A 1ZY9A 2H8ZA 3NYZA 3T78A 1XM3A 1T96A 2E5CA 4JXCA 4PL2A 5TQLA 3M5VA 4MZ1A 1TRIA 2VXNA 2NWRA 3LI0A 3QH2A 5HWMA 5C55A 1YYAA 4LS1A 1QPRA 5IM51 1IXOA 3BLFA 1ICQA 1QWGA 3B05A 2C16A 4PCFA 4YXGA 1HL2A 3F03K 3HQ1A 4AHQA 4MY9A 1TREA 1I2PA 1RQBA 4K8HA 4HIBA 2R14A 5K3VA 3UZJA 1Z48A 3F1QA 4HSOA 4NZJA 3T44A 1P1XA 3TSDA 5KZEA 1OX4B 2B0MA 3MP4A 3IIXA 4H4IA 3GX9A 5F2MA 3GR7A 3TA6A 4UNLA 4MJZA 5KSWA 4N9EA 3EXTA 3PS7A 2TYSA 3HPZA 3W7QA 2Y61A 2Y7GA 3EX3A 5DCBA 3W1LA 3F4WA 4NU7A 2ZRYA 5HWNA 2E5BA 4WY0B 4AWSA 1M6JA 2AGKA 4I7VA 2ZZ5A 1DHPA 1MSSA 3IEBA 5BMXA 4FX7A 3UWYA 4JY8A 4ZQNA 1OYAA 1KM1A 3NAVA 2Y7EA 1L6YA 2A21A 3L21A 5G5IA 1MEHA 1G4EA 1SW3A 2TRSA 1VC4A 4O18A 3IIVA 1THFD 5HJLA 2X30A 4X22A 1I2QA 2A1YA 5DELA 3ZS4A 1RVGA 1X6UA 3NQ2A 3TH6A 1U5JA 4Z1BA 4TX9A 1Z41A 1LRTA 2G97A 3G1FA 2CFFA 1GOXA 1OX4A 2NUYA 5D05A 1OG0A 3LGEA 3H54A 1TPDA 1JQXA 2X1SA 1WV2A 1GVFA 3UWZA 3O15A 4M7SA 3PAJA 3PSWA 1KBJA 4IGHA 3EWBX 3E9AA 1VH7A 2EHHA 3AJXA 4NJHA 5IBXA 1P5BA 4WY0A 3NQFA 3VNDA 3V75A 1G4SA 1H1YA 3W84A 4HNVA 5K9DA 4JDYA 4HHPA 5EYWA 2V8ZA 1H7XA 5KITA 1H7RA 1IXQA 2NLIA 1SO6A 3MO7A 4X9SA 3SECA 1UASA 2EGZA 1KLZA 3U2OA 3MP3A 1DBTA 1IIHA 2IQTA 1JRCA 1OFAA 3P61A 5GVJA 5K4ZA 2YSWA 2C14A 5SWUA 3STFA 4GE8A 4A2RA 4DF0A 1RPXA 4E0CA 2VC6A 1F6PA 5DBTA 2XN2A 3FKRA 1JCJA 4UTWC 1O60A 3P62A 2CLLA 3QSRA 4O12A 1F5ZA 3CTLA 5I3FA 4UTWA 2Z0IA 3GDKA 3QZEA 1OX6A 3G1SA 4AF0B 2YPIA 1TTJA 3E49A 2H6RA 5HR7A 3HPSA 1C29A 3W73A 1PL9A 4ZQOA 1XL9A 4O8RA 4MFEA 1H60A 4AB4A 3W2UA 2FLIA 2JGYA 3LCGA 5EKYA 4LVBA 5D37A 2BXVA 4XBSA 3G18A 3L0KA 2J88A 3G1AA 3C2EA 4WUIA 5DCDA 3LHVA 4M7TA 2A2IA 4QAIA 5AHNA 4UTMA 5F4XA 3HO8A 4HPJA 4QIUA 3RLUA 4GC4A 3NPWA 6ALDA 3VE9A 1TPC1 2I14A 1JULA 3GLCA 3TX9A 5CSSA 1AW1A 3L5AA 1QOPA 3B8DA 4R7JA 1QCWA 4W9TA 3O1NA 1VZWA 1BTMA 1B9BA 4ICNA 1QNVA 4MZ8A 3NM3A 1VCVA 4FXSA 4FEZA 3W7NA 1K7XA 3Q37A 4JY9A 3FJ6A 3TMLA 3R8RA 3MUXA 4AF0A 3CQ0A 4U4MA 2ISWA 3FJLA 3PB2A 2QKFA 1OJXA 2ZQ0A 1JUKA 3LBMA 4MY8A 3MMTA 3E96A 1XBZA 2NUXA 3CWNA 1F6KA 2VFFA 1IGSA 3K30A 5H91A 4BFAA 4CQ9A 5L9FA 5HULA 3TC6A 3MHGA 2CZ5A 3PUOA 1M7PA 5FEWA 3NQ6A 3RMJA 1OYBA 3MWAA 4UTUA 1Q6LA 4HPXA 3PBWA 5DY3A 3JS3A 3GAKA 2QDHA 3TNOA 1EIXA 4L4MA 3QC3A 3MJYA 1X1OA 5E93A 2QAPA 2A6NA 4UCGA 1RV8A 2VELA 3DXIA 1QAPA 3HF3A 3W7CA 4ORMA 4AHOA 1GG0A 1G4TA 1AG1O 2ZDRA 4RLIA 2PC4A 3KOFA 5DXXA 1GTEA 3N3MA 1W3IA 4UC5A 1VHNA 4LUJA 1SFJA 1RQEA 2JKPA 3VI2A 1BWLA 1FQ0A 3NR0A 4JNMA 1ZCOA 1NAL1 1SR9A 3TSBA 3L5LA 3NL2A 1QPOA 3HGRA 5G1YA 3SIZA 3L2IA 4GJ1A 3EWZA 3QPYA 4KKXA 1IXNA 4J9JA 1ZALA 1SSGA 3DFTA 3VFLA 2PRMA 3HG2A 4O15A 3W1TA 1RZMA 2ZA1A 3BW2A 3LRKA 4PL1A 3NZ1A 5DXYA 2GPTA 1VRDA 4D2JA 1LOQA 2QJHA 3LI1A 3MI6A 1YDNA 5G2HA 4S2CA 4HNUA 2ZTJA 1KTNA 3PG8A 1ADOA 3W7HA 2NWSA 3EWWA 1BKSA 1I8JA 1XBXA 4Z0SA 1WBJA 1GYNA 3LCLA 3HOJA 4JTHA 1XFBA 1GZGA 3FYPA 3DFSA 3JR2A 1EUAA 4X3ZA 3S1XA 4RZ4A 3INPA 3MYOA 1TPFA 5U4NA 3MHUA 3QM3A 4Y96A 1K8XA 2QUUA 4UNKA 4JTKA 1FCQA 3VCRA 4JS3A 2YFNA 3DFQA 3QMSA 4RXGA 3W3OA 1ME9A 3IVTA 3HBLA 1OFPA 3S5OA 1DQXA 2HS6A 3MI3A 1KFEA 4MIMA 4R53A 3SJ3A 6TIMA 2CLIA 5EY5A 3SY5A 2QCLA 3HPXA 3ATYA 4UXDA 3NG3A 4ADUA 1PV8A 3LX9A 4RV8A 4AH7A 3TQVA 5KMYA 1GQNA 1Q6OA 2B7OA 1TRDA 1AMKA 2GVJA 2Q3OA 5U7SA 5CZJA 1BWKA 3M9YA 3I7RA 4FNRA 5F2GA 3EXRA 3M47A 4NNBA 4DBDA 3KVLA 5D32A 1MO0A 1YPIA 1TV5A 4A29A 3L68A 1LRNA 1SFLA 4O19A 1WQ5A 1A53A 3S0CA 3NNTA 3P60A 2WQPA 4AEOA 3S9YA 4RK8A 1MEWA 1JRBA 1KM2A 1S5VA 3Q58A 2ZZ3A 4NX0A 4O17A 3W86A 1O4UA 5LGZA 4N9CA 1DJNA 3W2LA 4TMBA 5FESA 2CZEA 1H62A 4RR4A 4PH6A 1O94A 5D04C 2GVLA 4ZMGA 2LLEA 1Z42A 3TXVA 4LS2A 1S3HA 4ADSA 3QF0A 5FF7A 1Q6RA 2FFCA 1OVDA 4FNQA 3L0GA 3QSTA 3DFNA 3H53A 1TPWA 1PE1A 1QPNA 3EKZA 5CPOA 2ABBA 2Y88A 2Y63A 3PULA 4YMZA 1KV5A 3TFCA 5LKYA 1PCWA 3LHYA 5HINA 4CLMA 4PODA 5FEXA 5HUOA 3W85A 2FB2A 3G1HA 5J5RA 4DQWA 2YR1A 3KVKA 1HG3A 3LXBA 2G95A 3ABRA 1DORA 4ONVA 4NJGA 3UWWA 1LOSA 4JIPA 2FPYA 2WJZA 5LHFA 4NJIA 2UV8G 4U28A 2W79A 3BO9A 1A5AA 5C5YA 4KFOA 1W1ZA 4XTDA 2GVGA 3QQ1A 3M16A 2XN0A 4WY0F 2Y6ZA 4Z1DA 1H7PA 3MYPA 3FIGA 3BLEA 4O13A 4AWUA 5DLCA 1O95A 3KRSA 3BARA 3PY2A 1OF8A 5LNWA 2OZ0A 1OFBA 3W70A 4MYXA 4HT3A 1XUUA 4IOTA 5AC7A 2WSQA 1JCYA 1ZFJA 1ZAJA 1A5CA 3O63A 4B5NA 2ZZ4A 3GVGA 1YTDA 4JYFA 3G0XA 2C0AA 4CQAA 3B0UX 1LDCA 2CLFA 4UMCA 4EWND 1W5MA 3S1VA 4Q4KA 2Q8ZA 2VENA 2C13A 3C61A 4DO4A 1LM1A 2FDSA 3S8HA 2DZPA 5I3GA 1MXSA 1YTEA 2E5DA 3NQMA 3PG9A 4G1KA 4LC6A 3OVQA 3NGJA 3GAYA 1C9DA 4ZL1A 5DY2A 2ALDA 3WJSA 2NXHA 4IXXA 4S2BA 3EWYA 4JTLA 2ZBTA 4E2DA 3P5ZA 2J9ZA 4Z0JA 4AMAA 3M5YA 2FPVA 1Q3NA 4LU0A 5KINA 1FWTA 2A6LA 1TJRA 3I7SA 1OHLA 3DHFA 3LV5A 3FS2A 5AHEA 1VYRA 3CC1A 3L67A 2O7SA 3QJAA 1KW1A 2ZRWA 2VFIA 4HSNA 4O11A 3W07A 1TTIA 2JGQA 3B0VC 4FNTA 3TIMA 3HIJA 3PUDA 4Y8FA 3KHJA 2ZFAA 1FCBA 3L65A 3B04A 3VKJA 4UFJA 3TAOA 1W3TA 3GXTA 4AXKA 2E77A 5J5DA 3NQ8A 2AQWA 3BK0A 3CU2A 5F2LA 3BG9A 2Z1BA 1PS9A 1SZGA 2HSAA 1DQWA 4MY1A 1GVRA 4YCPA 2YDAA 1W8SA 3P74A 3BLIA 3QYQA 4JYEA 4UR8A 1H63A 2ZZ7A 1EPXA 1GT8A 3NQVA 4RXFA 4OV4A 2WSRA 1FWRA 4QJ1A 5LZLA 3Q2DA 3L0NA 1K7EA 4UTLA 1K7FA 3TK7A 3W7MA 1I2NA 4MUZA 5AYXA 3LERA 5C2XA 3R89A 3OVRA 4BI6A 2P0OA 2Q8LA 5EPDA 3MW7A 3WJWA 4LC8A 1GTHA 1N7KA 4X2RA 1KM3A 5CGQA 5HQEA 4XZ9A 2X16A 3W1NA 5AN7A 3DENA 1QO5A 2GQ9A 2RH9A 1TIMA 1G67A 4OV9A 3BG5A 2G5WA 1LLZA 1EA0A 3E0IA 4LRTA 1H61A 3NOEA 3QW3A 5IBXC 3PC0A 3TQ0A 1RQHA 3FKKA 1LLWA 1VPXA 3VE7A 2VFGA 5D38A 1JCXA 2ZRVA 3A24A 4Q32A 3G0UA 1W5QA 1SZNA 1XKYA 3I7QA 4IMDA 2Y7DA 3PSVA 3TU9A 2BLEA 3W74A 1FUYA 2NXGA 3BW3A 2C3ZA 4JDBA 4N9BA 3BG3A 1YADA 1KFJA 3PVFA 4N4PA 4POCA 1WX0A 3UXDA 1SZEA 5C6MA 4IUOA 5AFDA 2QEZA 4GXMA 5D02A 1UB3A 3HGJA 3CLMA 1NEYA 3W88A 4IPIA 3TSMA 3FYOA 4P2VA 1WA3A 4ZQRA 3G3DA 2VEKA 4LUIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4DBEA

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