4DEFA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
345
structure length
328
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 133
structure length 328
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4defA00
4S2CA 2RDWA 1AG1O 4FEZA 1YADA 5AHFA 4ORIA 4AHOA 4Z08A 3THQA 4Q4KA 4S2BA 1K8YA 3NQGA 4DELA 1XCFA 3HG5A 1MZHA 5BRBA 3GDTA 2Y7DA 3UWUA 2YCEA 2E5CA 5AHEA 4UMAA 3HJZA 3I65A 4TMCA 3QMTA 4HNTA 4Z1CA 1UB3A 2X30A 1FDYA 1KLZA 3GDMA 1GPWA 5DY3A 2CLFA 1VYSX 3N2MA 3STFA 3ZS4A 1R47A 4IUOA 4GJ1A 4OBTA 1TPC1 1XC4A 1G69A 3NVTA 5U4NA 1EPXA 1Q6RA 3N73A 5HWNA 1YPFA 3O06A 2C3ZA 3KVJA 3HO8A 3EXTA 4AWUA 1TJRA 3ZR4A 2RKXA 2KZHA 3NM3A 3W7JA 2Y61A 4WQ6A 3B0PA 1OK4A 4HNUA 3M5YA 3PULA 1P1XA 5FF3A 3SW6A 1VJIA 1KTCA 4LVDA 2X2GA 4M7SA 3RNDA 4MPQA 2DJXA 4CQ9A 4DPPA 4TIMA 3LGEA 3MI3A 2Y6ZA 2CZDA 1ZALA 2P0OA 4JYEA 1KLYA 3TUUA 3A21A 1PCKA 4RR4A 3NPUA 3W7KA 4UTKA 5D2WA 2RFGA 2ZTKA 2NX3A 1OFRA 1LOSA 3AO0A 1OX6A 1OYAA 4L4MA 2E09A 3P5YA 4GUJA 3TQ0A 4XBKA 1JUKA 1LRQA 2EHHA 3N2XA 1ICPA 1SU5A 5C6MA 1FCVA 2VEPA 4TU1A 3DFOA 3BW3A 4GC4A 1LOQA 2QCDB 3C3NA 3NDOA 2CFFA 3UXDA 5HR7A 4JY9A 2GOUA 4PA8A 5F2MA 4CQAA 3O6DA 3GB6A 1UCWA 2GJLA 5HUOA 5FEXA 1HL2A 3N9RA 2QEZA 2B4GA 1TTJA 1Q45A 3BARA 3TKFA 4UNKA 1I8JA 1ZAHA 1YTEA 4IMCA 4FNRA 1I2OA 5TQLA 3SSJA 3S1WA 5F4WA 3LV5A 3C0JA 1TTPA 1UBSA 1X6UA 2VEIA 3OA3A 1TREA 3UWVA 4K8HA 3NQ8A 3MHFA 5KSWA 2A7NA 3ANYA 3ABOA 3O8AA 3D0CA 3MHGA 3M7WA 1F6KA 1R46A 3OG3A 4NVTA 1UASA 4LS1A 1KM1A 3HG2A 1Y0EA 4QSHA 3M5VA 2C15A 4OT7A 3DKLA 3PUOA 5K9XA 5KZMA 2ATMA 1SO4A 1E51A 2CZFA 3P60A 3BG9A 4LNYA 3UY7A 2Z1BA 1A5CA 3B05A 1WBJA 2B0MA 4GNJA 4MZYA 1GYNA 4BI5A 3W87A 5F1UA 1LTDA 2V81A 1OFOA 1LRTA 1JQVA 1D3HA 3TSDA 3K30A 3NL3A 3TQVA 5BMWA 5FEZA 1RZMA 2TMDA 3NL5A 3PWAA 3SY5A 2QUTA 3OHIA 1O95A 4U4MA 3UWYA 3GIYA 4JTLA 4UCGA 2QUUA 4FX7A 5SWUA 3W7EA 4QNEA 3GDKA 3DFQA 3NNTA 4JY8A 3LBCA 4X2RA 4MJMA 1V7YA 2A7PA 3NQ6A 4ZQOA 2QAFA 1F73A 5HJLA 4WOZA 3HG4A 2CWNA 1XBZA 2H8ZA 5E1QA 2CLIA 3T78A 4I7WA 1M7OA 4UTWA 5K3VA 3UD6A 5FEPA 5LHFA 1F5ZA 4IMDA 1OHLA 1KW1A 2HS6A 2HMCA 1PS9A 4K38A 3IIPA 1GTHA 4O13A 3UYCA 4N4PA 1F6PA 4M6VA 3CEUA 1CW2A 2ATSA 1YPIA 1G6CA 2G95A 4ALDA 3M47A 4Z1AA 3LHVA 2E6DA 2QJIA 3R13A 3DI0A 1SR9A 4AMAA 5BMXA 4O12A 1TTQA 3FYPA 3P61A 1PVNA 4LRTA 3F4WA 1YTDA 3HBLA 1A53A 2JKEA 3NA8A 3W86A 3GNNA 4H4IA 3MMTA 1S5WA 5KZDA 3IGUA 4A3UA 1GVQA 4WX2A 2WNNA 5BNKA 5C54A 5LNRA 3H54A 3O63A 1YDVA 5T26A 5D2VA 4O1DA 5G4EA 2A0NA 4RXFA 5G2IA 5C2XA 5F1VA 1GVOA 3IVSA 3GZ3A 1H7OA 3UWZA 1JQXA 2QDGA 1F7BA 3B4UA 4RCXA 4Y90A 1R2TA 1KM0A 3P8IA 1N55A 2OCZA 2X1RA 4A2RA 3MP3A 3S1UA 3FKRA 3BLEA 4YL2A 3I68A 3P62A 1FDJA 2A4AA 3P74A 3G18A 3NZRA 1P5BA 3O07A 3EEGA 2C18A 1B9BA 3PUEA 1XDLA 3ELFA 3W2JA 3P8JA 1GJPA 5IBXC 1ONRA 2WNQA 2DZSA 1DQWA 1UJPA 1NEYA 1JCMP 2DU2A 1SZGA 5AYYA 3BLIA 3T44A 1R30A 3Q37A 1T0OA 4BR1A 3LM7A 4UTTC 2GVJA 1U83A 1ADOA 3KRSA 5AN7A 2NUYA 3IV3A 3LHWA 1KM4A 5LKYA 1PCWA 1I2PA 3MJYA 3DH7A 1YLVA 4JTHA 4NQ1A 1MO0A 4CNOA 1WOAA 4WD0A 4MIMA 3HG3A 4UFHA 4N9DA 1KV5A 5F4XA 2FFCA 1ZAJA 3GXNA 3HF3A 3W1RA 3PB2A 4NJGA 4NX5A 2QCDA 3W7RA 3NM1A 1OF6A 1GTEA 3IEBA 1OX4B 4DO6A 3F03K 4O10A 5KINA 2H3DA 3C2VA 2YDAA 1GQNA 3P5ZA 4X22A 3W2LA 3KAOA 4B5NA 4ICNA 3STCA 3GVGA 3SECA 4UMBA 1L6SA 4AWTA 1FUYA 1JUBA 2NUXA 1SQ7A 3LTSA 4M19A 4IX0A 3AJXA 2NUWA 3E0IA 1JCYA 1EB3A 3W7PA 1R2RA 4CNPA 3USBA 4NXSA 1H60A 3A22A 1EUNA 1LDCA 8TIMA 4UFKA 2QR6A 3UZJA 2QUVA 2CLLA 3RF9A 1K02A 3GAKA 1FXQA 1S3HA 5I3IA 1GT8A 1KV8A 1LORA 4OQVA 3LHTA 3M5XA 1B4KA 5BOOA 5GVJA 3NR0A 4PTNA 4LC6A 4AHQA 1ZFJA 1VGAA 2XFWA 4ZVJA 2ZA3A 3CTLA 1G4EA 3FLUA 3O6CA 4JTTA 1RVGA 4ML9A 2H3BA 3BW4A 5CPNA 2PRHA 2ISWA 2Y88A 4C1KA 2ZA2A 1FQ0A 1JJKA 1QOPA 4RKAA 4GRSA 1W5NA 3BG3A 1LYXA 3PSVA 2ZYFA 3MI2A 4XZ9A 3TJXA 2PRLA 3UWWA 3P7YA 2FQIA 4JTFA 3W7MA 5LNVA 4N6FA 4AB4A 4EVZA 1W37A 2CLOA 4PODA 3L0KA 4ZMGA 3G1VA 3TDFA 1QNVA 5D2XA 3KXQA 1Z42A 1LZOA 3TE9A 3SZ8A 3L66A 4MFDA 2E6AA 4XKYB 3GR7A 1QO5A 3W71A 1J5TA 2OJPA 4HSNA 1Q6OA 1TV8A 2WJZA 3UQNA 2R8WA 5D04C 2BTMA 3EX1A 4X9SA 1RQEA 2NX1A 4DF1A 2Z6JA 1PL9A 1H61A 2CLEA 3INPA 2VEMA 2GPTA 1LM1A 3N14A 2V5BA 4PL1A 4IOTA 2W0UA 3IVTA 3IIVA 5D37A 3R89A 1WDWA 3LI1A 3LCFA 3OBKA 3PF3A 2TSYA 3S8HA 2J9YA 3LERA 1G4SA 2VFFA 4JGDA 2Z2UA 3LX9A 2E5BA 2ISVA 4KWVA 2A6NA 2RDUA 2V2CA 2JGYA 4RZ5A 1THFD 1KFJA 1BWLA 3OVRA 4QITA 1KA9F 1A50A 3RK8A 2VFIA 3C6CA 4IMEA 1K8XA 3WK0A 3TA6A 1P0NA 1Q6QA 4AF0B 1G7UA 3BGGA 3TQKA 1TCDA 4LVFA 3WK2A 4UFIA 2V30A 4N9BA 3EX4A 4FIQA 3QF0A 2GUUA 1LLWA 1TPH1 1H7RA 3QW3A 1JCNA 3W7GA 4PEKA 1VH7A 3EKLA 1SSDA 5LNWA 4YXGA 2GQ8A 4R53A 2VC6A 4PCFA 3NO5A 1OF8A 2YGYA 4RX0A 4YCPA 4Z0SA 5LNUA 4WY0F 2PURA 3DU0A 1FWTA 2EAWA 5J5RA 1TTIA 4MKNA 1TRIA 4LC8A 1EA0A 3E9AA 2DZUA 1XUZA 1W3TA 4AH7A 1PV8A 4O18A 1O4UA 1W56A 1L9WA 4JYDA 3WK1A 3QRHA 3CWNA 1DJQA 4NXKA 4Z0JA 3L9CA 1QR7A 2BX7A 4JTSA 1P4CA 2FB2A 4LTSA 1O5KA 1RR2A 3TNOA 1A5SA 5D32A 2CZEA 3ZWTA 4L4LA 5CZJA 2BWGA 2V82A 4HPJA 4DBEA 2VXNA 2R94A 3W83A 1YXYA 3QM3A 4M5PA 3S9YA 4JS3A 4YLWA 3NQMA 3W7CA 2ZRXA 4C1LA 3IGSA 3SJ3A 2GVGA 3CLMA 2ZBTA 3C2RA 4AVFA 3QSTA 5AYXA 2WO5A 1TPB1 5D33A 3CEPA 1QFEA 4I7UA 2Q3OA 3M0ZA 5J5DA 1FWNA 2FIQA 1KFLA 1JCXA 3NQDA 4NNBA 4H6KA 4O1CA 3UXAA 4XTDA 4IX2A 5I3JA 1T8XA 3EWUA 1H5YA 2A1YA 3G1FA 1OX4A 4JDYA 1SPQA 4MYXA 2H90A 1Q3NA 2HSAA 1XBYA 3A5VA 4LV4A 4LRSA 2A85A 4FX8A 1KBJA 1FXPA 3O1NA 3TCEA 2TYSA 4ZL1A 1KFEA 2ZRWA 3W07A 2FPTA 3SGUA 3G0XA 2YR1A 2F84A 5AHLA 3VKJA 1QAPA 1SO5A 1OFPA 3IVUA 1SW7A 1VC4A 2NV1A 3EX6A 5KITA 4FXRA 4X3ZA 4QM1A 4NJKA 3W75A 1Z44A 2NWSA 5E93A 3W9ZA 2Q8LA 5EYWA 1SO6A 1HG3A 1WQ5A 2VKZG 5D09A 1JUEA 3CPRA 3GYEA 3FFSA 4JTKA 5CSRA 1H50A 3EWXA 4BWLA 4UUIA 1CX9A 5DN1A 2G97A 5LGXA 2R14A 2Y7GA 4UMCA 2E6FA 2RDTA 3LLDA 1AK5A 4QJ1A 1YDOA 2A6LA 3LCGA 1LBLA 1VQTA 1H1YA 1MXSA 4Y8FA 1CI1A 3PG9A 3QMSA 4NZJA 3W1AA 1I2RA 2ALDA 1K7FA 3LTYA 3WFAA 4I9AA 2WOQA 5FEWA 3G24A 1VYRA 3WJZA 2ISSA 3A23A 1ALDA 1B3OA 2FDSA 1XDMA 2NWRA 5D05A 3LRMA 3MHUA 1GOXA 3FOKA 2I9EA 3TC7A 3Q94A 1ME8A 3R5EA 3LV6A 1VR6A 1FWWA 2EKCA 4IPIA 5AHIA 4TR9A 4G1KA 4CQ8A 1NVMA 2Q3RA 3WK3A 4IGHA 1A5AA 1GG1A 3HMJG 1HTIA 3W23A 1DORA 1PHWA 5A8GA 1O94A 4FNTA 4N9EA 1W5QA 4O50A 2C19A 1FWRA 3RFAA 3ZFHA 1KM6A 3EWWA 1K3UA 3G22A 4ADTA 5KMYA 3DAQA 3NPVA 3NPWA 3W84A 3NL6A 4MJZA 2Y63A 2W6RA 1H7NA 3KVLA 3W2NA 2BZNA 2C6QA 4BI7A 2LLEA 3VI2A 3UWQA 5MHBA 2X16A 1QDSA 5AC6A 3IIXA 5AYZA 3QYQA 1OG0A 5DCBA 4BK9A 3KHJA 1ZENA 2DZVA 4MFEA 3DFNA 1ZHAA 3W7DA 3LCLA 4AHPA 3EWBX 4AF0A 4UNLA 3W3OA 5K4XA 2CLKA 2ZZ7A 1GEQA 3WJWA 1F76A 2DZPA 1TPVA 3BK0A 4NJJA 3T40A 4A22A 5FF2A 4UTTA 2B7PA 3Q58A 4RZ6A 2Y7FA 2J88A 3TC6A 3NQVA 2BLEA 4JTUA 3PSWA 2ZCGA 4LVGA 4LV9A 5K7JA 1W31A 2QJHA 2YSWA 1W3NA 3W6YA 3E49A 4ZZ9A 2WV8A 4HSOA 4ZQMA 5L6UA 1TQJA 3LXBA 3NEVA 1QWGA 1OFAA 1JULA 4LS0A 4Y96A 3NQ2A 4QQ3A 3LRLA 3NPXA 3QPYA 2O7QA 4FB7A 2ABBA 3STGA 3M41A 3C4UA 3SGZA 1EEPA 2C16A 3BGJA 1XUUA 1TV5A 1NF7A 1RV8A 4J9JA 1DQXA 4UR8A 2J24A 2VOMA 3EX2A 5DCEA 1K03A 2VELA 1GVFA 4HIBA 4TX9A 2RHGA 4GBUA 3NXFA 2GVLA 3S5YA 4MVAA 1OK6A 3ZWSA 3G1YA 3LCXA 5D02A 1UUMA 2ZRYA 4ZQPA 2J27A 3ABSA 1AW5A 4JXCA 4JTEA 2FPVA 1TMHA 3PR2A 3OEXA 3PB0A 5AC7A 3GDLA 1SZEA 3B06A 1IXNA 1BEUA 1AW1A 3T7VA 3G3MA 3B0UX 1FCBA 2ABAA 1PHQA 5KTLA 1IGSA 1DBTA 3LBMA 1FY6A 3I7QA 2B7OA 5G1YA 1XKYA 2Q8ZA 1SFLA 1ICQA 1G4PA 3VCRA 2EGZA 3LXCA 4O57A 1LBFA 5HULA 5D2TA 1OFDA 5I3FA 1LBMA 2JGQA 2ZRZA 4A2SA 1JCJA 5AFDA 3FYOA 1SW0A 4UTWC 3TFXA 1TPEA 4KFOA 2VFHA 5HNRA 4Q33A 4NT0A 2ZZ1A 5KZEA 3UPWA 3L5AA 5F2GA 3DGRA 1G4TA 2NV2A 1AMKA 1AL7A 2ZA1A 1H1ZA 1F2JA 1BKSA 3LRKA 5DLCA 2X1TA 4HHPA 3LXAA 3SFKA 4XQ6A 3PBVA 1VLIA 3RU6A 3QC3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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