4DELA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGEEDGVANEINEKLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPGNVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 138
structure length 345
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4delA00
2OT0A 1ALDA 3I7SA 2B7PA 3GNNA 4N6EA 2C14A 3NO5A 1GTHA 1P5BA 2H8ZA 3N2XA 2VKZG 4PL2A 4XZ9A 4H4IA 3C4UA 4QNEA 2Z6IA 3CC1A 5F4SA 3TKFA 4LNYA 2DJLA 1XUZA 3N14A 3EKLA 3L68A 2H8XA 2Y89A 3IVTA 3W7DA 1XDMA 3P61A 3PB2A 1KM4A 1UJPA 2QAFA 1EWEA 4POCA 1OFDA 3KVKA 2AQWA 2X1UA 1LROA 1SO4A 1ZENA 3W7RA 1ZAHA 2YX0A 4GNJA 5AN7A 2YFNA 1KV5A 3UWQA 5FEPA 1TPB1 1Q6QA 4PTNA 5U7SA 4FIRA 3W7JA 3O6YX 5A5WA 1X1ZA 1H7XA 3P67A 2EHHA 3LDVA 4O4VA 5F2IA 2JBMA 3WJWA 5KITA 3NQFA 4PA8A 3R8RA 3TQKA 1R30A 2HTMA 2QJIA 2VEMA 2Q3OA 4QQ3A 3CHVA 5C6MA 3PG8A 1LLWA 1G4SA 2Z0IA 3LI0A 1YPIA 1CW2A 4WUIA 1R2RA 3MP4A 2A5HA 4A2RA 3G0SA 3G1VA 1YPFA 5CPNA 1T8XA 5EMUA 4O8RA 1OG0A 3I68A 3IIXA 3L0KA 3NPVA 2YXGA 2VEKA 4KKXA 1SW3A 3BK0A 4IPJA 2EGZA 4H3DA 1YDVA 2CLHA 3LX9A 2CLFA 3P5ZA 5D38A 2NXGA 3LBCA 3W1TA 4R7JA 1I4NA 1KFBA 3F1QA 3PBYA 3QM3A 3P62A 3WJZA 3QF0A 4S1FA 3TJLA 1RQBA 3TCEA 1JCLA 4Z0JA 5AOUA 2PRHA 3W1PA 4QJ1A 2C1HA 3G8EA 5G4WA 3NNTA 5I3HA 3CEPA 3MWAA 4H6KA 4NXSA 5EKYA 5C2XA 3VI2A 4EVZA 3RLUA 1OVDA 1JCXA 3B0PA 1BTMA 1VHNA 3R2GA 5C55A 1WX0A 3N9RA 4DELA 3G22A 1IIGA 5F1UA 3LBMA 1DQWA 4IX2A 1PS9A 1M5WA 2YW3A 1LLZA 3HPSA 1QAPA 4AEOA 1R2TA 3GYEA 3W87A 4U4MA 3LLFA 5DXYA 4ZL1A 1GPWA 1J4EA 3P80A 1AL7A 2VFFA 1ZHAA 1K7FA 2QCDB 4RX0A 5G2WA 5DLCA 2NX3A 2A0NA 2OCZA 4LS2A 5DCBA 3C52A 3B0UX 3W1XA 1VPXA 3NL5A 3STGA 3HG2A 1K7EA 1L2UA 3H54A 2CZ5A 3NL6A 3OA3A 4WOQA 4Q33A 2GVGA 1EX5A 3PVFA 4RCXA 2JGQA 3PULA 4K37A 5FF2A 5H2ZA 1JCNA 2VEPA 1T96A 3BLIA 3NQCA 4YMZA 4FNSA 3TV8A 3E02A 2XN0A 4MZYA 1LYXA 2QCEA 4UMBA 1NEYA 1DQXA 3G3DA 1R47A 4CQAA 1OFPA 2KZHA 4UTLA 3ABSA 3QH2A 1KBIA 4WY0B 5TQLA 1TJPA 3QYQA 3ZFHA 2QUVA 2ZRYA 3W75A 5G1YA 3LI1A 2QEZA 3ABQA 4K36A 3ZWTA 2P0OA 1HO4A 3MHUA 1EPXA 1H61A 2EPHA 3CIWA 2NUWA 1W3TA 4ZQRA 2AAMA 1OYBA 4JN6A 1G67A 3HPXA 1TTQA 2V9DA 1O4UA 4DO5A 2C3ZA 1AMKA 2QCGA 3LHVA 3QMTA 2JKEA 1VHCA 4ZMGA 3CB8A 1NVMA 4UNKA 2G5WA 2F7FA 1LP6A 4UTIA 1SZNA 5EA9A 3PG9A 3A5FA 3CWNA 3W9ZA 3M0ZA 5LNWA 5K9DA 2ZDRA 5AHIA 1O60A 1VJIA 1H7PA 4NU7A 3GB6A 3N34A 5HNRA 4OGZA 3WJSA 3UD6A 2ZTJA 5D2TA 1LCOA 2NWSA 1W1ZA 5KINA 4O1DA 1PHQA 2PURA 4JTHA 3SW6A 1D3HA 2FJKA 2P1FA 3TC6A 3OG3A 5F2LA 2RHGA 3TH6A 4NNAA 3RK8A 6ALDA 3EEGA 1NF0A 7TIMA 2BLEA 2VENA 4AWUA 1XC4A 3BLFA 2TYSA 1OFEA 3N19B 2J6XA 3P82A 3U2OA 4N6FA 4PL1A 3GLCA 3TNOA 1XKYA 2A1YA 3L5LA 4UFHA 3PBWA 2G97A 3VCRA 4GFSA 4RZ4A 1GVFA 4Z1AA 2YYTA 3FOKA 3C2RA 3B03A 2P10A 4UC5A 1G7VA 3A24A 1BWLA 1LM1A 4CNOA 1DJQA 4LVAA 3W1MA 2YZRA 1TIMA 4JEQA 1CX9A 2E77A 1B4KA 3WK0A 1FCUA 2DJXA 1UASA 5IBXC 1OFQA 1LRQA 1TCDA 5L9FA 1QO5A 3RF9A 3EXTA 2ISVA 2JGYA 4LOCA 2X2GA 4NVTA 5K4ZA 4JTIA 3W88A 3LTYA 1GWJA 5LKYA 1XBZA 3QPZA 1G7UA 1FQ0A 2ZTKA 1QPNA 1K8YA 3NOEA 4LV9A 5C5YA 3MW7A 3C0JA 5EYWA 1FXQA 3S5ZA 2QUUA 1YDNA 5I3IA 2EAWA 2FPYA 3FEMA 3BVJA 1U5JA 2YSWA 4JTGA 1VRDA 3GAKA 2GJLA 3G18A 1K8XA 1KTCA 2HS8A 3CM4A 4LY8A 1A5SA 3NQVA 1I8JA 4N9CA 1KTNA 4JIPA 4ZQMA 4M19A 1R46A 5EY5A 3VE7A 2WNNA 3SECA 1W5OA 4FF7A 3QPYA 2E6AA 1AK5A 1GG1A 1EA0A 3LHWA 4LS1A 3S1VA 1WYIA 1S5WA 3L66A 1LDCA 5DELA 1W37A 1LZOA 1P0KA 1A5AA 4GWEA 2WNQA 1IIHA 5CZTA 2FIQA 1GVRA 4JTTA 3PUEA 4DPPA 1PL9A 1KM0A 1K3UA 3NPWA 5A8GA 3A23A 2H3BA 1X6UA 3Q2DA 2O7SA 1VLIA 3CEUA 3KVMA 4N9BA 4PCFA 2B7QA 4ZQNA 4M6PA 1OJXA 2ZRVA 1SPQA 1PCWA 3MHFA 3QSTA 3W7PA 3NYZA 2CLKA 4LV4A 2LLEA 4PH6A 4ORIA 1H5YA 2A7PA 3BV4A 2CLLA 4O10A 4LVGA 4ADSA 4UTWA 3FJLA 5GVJA 3L21A 3O05A 4W9TA 3UWWA 4MYXA 3UZ5A 4FNUA 2QCCA 4IUOA 3HG5A 1JRBA 4LC8A 4NJIA 4BFAA 3VFLA 4LW7A 1QDSA 5AC7A 3QC3A 2ZRWA 4XTDA 4J9JA 1TRIA 1OF8A 5I3GA 4UFIA 2C18A 1G4PA 1GJPA 2EKCA 4LTSA 4IQLA 3TMLA 3KRSA 1TRDA 2XN2A 2Y70A 2VFIA 1K03A 4C1LA 1WAUA 5G2IA 4UTTA 1H7RA 2VXNA 4BI5A 3GR7A 3O15A 1G4EA 3MHGA 5H91A 3EWZA 5AHMA 4QISA 4Q32A 3E96A 1KM6A 4LU0A 4RKAA 5HWNA 1OFAA 4ML9A 2Z1BA 3S42A 1L9WA 5D37A 4QAIA 3S1UA 2A7RA 5D2WA 1F05A 4JTSA 3GKAA 3GKFA 2CFFA 4UTUA 1G6CA 1QNVA 2Y85A 4JICA 5HR6A 2BX7A 4M7SA 3FS2A 4BWLC 5LGZA 4K39A 4GUIA 5BNKA 4LWWA 5F2MA 3W07A 5FF3A 1KBJA 1VYPX 1W54A 4M7TA 1Q6RA 4O54A 1FWWA 3EWBX 4OHQA 3S5NA 5AYYA 4O0ZA 3THAA 5FEZA 4NZJA 4O57A 2QR6A 3G1SA 5DY3A 4YWIA 1GEQA 4I7UA 3T55A 3KRUA 1OYAA 5AC8A 1ML1A 3MI6A 2TMDA 1EEPA 2YW4A 4FIQA 2UV8G 4WX2A 3GXNA 2ZZ5A 4NT0A 4MIMA 4UTKA 1IF2A 5CGQA 4A2SA 4WQ6A 4UNLA 3QSRA 3EX3A 1ME8A 1Q3NA 1QOPA 4NJKA 4RJEA 2PRLA 1KTBA 1QMLA 1OFOA 3IV3A 2YGYA 2R91A 2V8ZA 2OMAA 3HB9A 4LVBA 1SZEA 5CG7A 2C19A 4IOTA 4M6QA 4JTFA 4JXCA 1NFBA 3W1LA 2BZNA 3S5OA 2RDTA 3ANYA 3M5ZA 4RLIA 3NZ1A 2R8WA 1HO1A 2ZCGA 1AW1A 2GVLA 1KFJA 3E49A 5U4NA 5J5DA 3GDRA 3BGGA 3BW2A 2ZA1A 1F6KA 3DBPA 3W1AA 2YDAA 3W3OA 3QMRA 3EWYA 3NA8A 2DZPA 3W70A 3B04A 2Y6ZA 4UR7A 3QMSA 3O63A 1SFJA 4MVAA 3P7YA 1VQTA 4JDYA 4FX6M 4HN4A 4U28A 3JS3A 5E93A 2ZZ7A 1JVNA 4R34A 5D2YA 3T44A 4YCOA 2Y62A 1O94A 2Y88A 2X1TA 4LVFA 1D9EA 1PE1A 2QCNA 3C6CA 4MJMA 4AVFA 1IGSA 3E9AA 5CZJA 3G1HA 2DZXA 4JYDA 3W7QA 1EP1A 1JQVA 4O18A 3EX6A 4FNQA 3MYOA 2E5BA 2CLMA 4AWTA 3MO7A 3DHFA 5CKSA 1MEWA 2Q8ZA 4EF9A 5HWJA 1FY6A 2V82A 1JQXA 4AHPA 3DI0A 2A4AA 2I9EA 2VFEA 4X2RA 1WBJA 2CLOA 3AJXA 4DXVA 3P60A 4Z1BA 4MLJA 3PM6A 5DXXA 2YPIA 1HG3A 2X16A 1SW0A 1TV7A 3MBDA 3FYOA 4WD0A 2ZRXA 1MEHA 3T7VA 4LC6A 3RU6A 5K4XA 4QM1A 1EIXA 3N2MA 1VC4A 4FX7A 4LVDA 3KX6A 1H50A 1IXPA 4CNNA 5F2GA 3KHJA 4HKPA 1KFEA 3WJXA 3B06A 4NJGA 2ATMA 2G96A 2QDGA 3W2NA 4NX5A 3AO0A 2J27A 1OX6A 1RD5A 2J88A 3LV5A 2NZLA 2RH9A 4JR5A 3VNDA 3GDTA 4GUJA 4NX0A 3SR7A 2FB2A 4TU1A 4JIQA 1RVGA 1SO6A 3LTSA 1TB3A 1ZFJA 2FPVA 1RQEA 3FA5A 3THQA 4AHOA 3QEZA 3IIZA 3W6YA 3EX1A 3ZWSA 3RNDA 3IVUA 3PR2A 1SW7A 5HR7A 3YPIA 3IGSA 2WSRA 1I2QA 5HJLA 1SUXA 1SFLA 1O5KA 3UNDA 2V81A 2VEIA 1TTIA 3Q94A 3W7LA 4IMCA 4ZQCA 3NQGA 4AF0A 4HNUA 4EIVA 2WSQA 3GAYA 3HO8A 3W7CA 4UTWC 3W7OA 3A22A 5E0KA 2XN1A 2CZEA 5AYXA 2YYUA 4PEKA 4CCCA 2FLIA 1MEIA 2WJZA 1VR6A 5CSRA 1X7FA 3NR0A 2GQ9A 3W23A 3SIZA 4MFEA 3GX9A 4BK9A 2I14A 2PRMA 1N7KA 2GVJA 5G1TA 3L67A 3HOJA 4JD4A 3BLEA 3MP5A 5D33A 2OX1A 3R12A 4UTMA 1JUBA 4UTTC 4KFOA 4RZ5A 4MFDA 4JX6A 4CNPA 2VELA 3IRDA 1CI1A 2V2DA 2C16A 4MLRA 3ZS4A 3UZJA 3CPRA 3ATZA 1B57A 1FDZA 1F5ZA 3RMJA 3W2KA 4FB7A 5K9CA 5LSMA 3LCGA 3EKZA 1C9DA 4FXRA 3BG9A 4JDBA 3W7HA 4JTLA 1FWTA 4JY9A 5K9XA 2GJNA 5EPDA 1XFBA 3LERA 4IMFA 4Y90A 4YXGA 3I65A 4P2VA 2JK2A 4FNPA 3WK3A 4Z08A 4I7VA 1EB3A 4I7WA 5HMSA 4WOZA 1OX4A 1AL8A 4Y9AA 2FPTA 3FIGA 5LZLA 3W83A 5ABTA 3G1YA 3UY7A 1D3GA 1JUEA 2Z2UA 3U6WA 3UWYA 1WDWA 4Q4KA 3W7IA 3LRMA 2E1DA 1LTDA 3FYPA 3P81A 3M9YA 2W79A 3M47A 5BMXA 4B5NA 4O0KA 1XBYA 1SU5A 1RR2A 3TDFA 1IXQA 3DFOA 4G1KA 4KWVA 2H3DA 1I2RA 3GDLA 4K6AA 1W5NA 3MYPA 2DZWA 4NNCA 2WKJA 3NQDA 5LNUA 2V0TA 3NM1A 1I45A 3BO9A 4A21A 1DJNA 3E12A 2GPTA 2A21A 5D30A 2WQPA 3W2JA 2TSYA 3W7EA 3LCWA 3M7WA 1KLZA 4IWWA 3HGRA 1FWNA 3NGJA 1UCWA 4XBKA 3QFEA 2GUUA 4KWWA 1Y0EA 2WSYA 4HPJA 3SI9A 2DZTA 4CQ9A 3NG3A 4IJBA 2WV8A 4E38A 3DH7A 3R5EA 2FDSA 4X3ZA 3GXPA 2E5CA 1TPVA 2E6DA 2A7NA 4O4WA 1L6YA 1ZJIA 3GDMA 3RFAA 5G5IA 4FNRA 3TJXA 5G4EA 5F4WA 5D05A 1M7PA 3CTLA 2A85A 1DVJA 3EWXA 3LCLA 4MJZA 3NQ7A 3KRZA 1KW1A 3G0XA 4NXKA 5HQEA 4YLWA 4O28A 5I3JA 2A2IA 3ABRA 3UPWA 2QAPA 1XM3A 5KMYA 1LBMA 1GTEA 3IGUA 2E6YA 1AW5A 2BSLA 2ZRZA 2E68A 2QCHA 3M1ZA 3N3MA 4LRSA 2DZUA 3BG5A 2DORA 2NXIA 4ZZ9A 4FO4A 4L4MA 1AG1O 4QIUA 3DU0A 5D04C 1TSIA 1YADA 3SGZA 2Y7DA 2B7NA 4UIOA 3C2OA 1GQNA 3PY2A 4PODA 2X1RA 2DU2A 4N4PA 4ZQOA 4M5PA 3N9SA 3S9YA 3S1XA 2H6RA 3UPBA 3I7QA 5KZMA 3INPA 1YXDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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