4DELA

Active site loop dynamics of a class iia fructose 1,6-bisphosphate aldolase from m. tuberculosis
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
PIATPEVYAEMLGQAKQNSYAFPAINCTSSETVNAAIKGFADAGSDGIIQFSTGGAEFGSGLGVKDMVTGAVALAEFTHVIAAKYPVNVALHTDHCPKDKLDSYVRPLLAISAQRVSKGGNPLFQSHMWDGSAVPIDENLAIAQELLKAAAAAKIILEIEIGVVGGEEDGVANEINEKLYTSPEDFEKTIEALGAGEHGKYLLAATFGNVHGVYKPGNVKLRPDILAQGQQVAAAKLGLPADAKPFDFVFHGGSGSLKSEIEEALRYGVVKMNVDTDTQYAFTRPIAGHMFTNYDGVLKVDGEVGVKKVYDPRSYLKKAEASMSQRVVQACNDLHCAGKSLTHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Active site loop dynamics of a class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 138
structure length 345
sequence length 345
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4delA00
4DO4A 4OGZA 4JTTA 2XN2A 5U7SA 1H7WA 4X9SA 1FCUA 3NXFA 3QC3A 1HO1A 3GDRA 3E0IA 4ONVA 1XBZA 1WA3A 2E09A 1O60A 4N9DA 5K9CA 3F03K 2E6FA 4NXKA 4Z08A 4H3DA 3W7NA 2RDWA 2ZQ0A 3GXPA 4E2DA 5D04C 3BG3A 4N6FA 3BGGA 4C1KA 3C61A 2ZYFA 4HNUA 3C56A 5BOOA 1QFEA 3W7JA 4X22A 4N4QA 3MMTA 3SFKA 4Q32A 1W3IA 2B7QA 4XTDA 3A21A 3FKRA 4HNVA 2Q3OA 4NJKA 3G8EA 2J9ZA 3QZEA 3RFAA 1VYPX 2RKXA 1T0OA 2AGKA 1SZEA 2KZHA 4LU0A 3PSWA 3O8AA 2VFEA 1OYAA 3GDMA 3BVJA 4RX0A 4MVAA 4WUIA 3HOJA 4JNMA 1FQ0A 5EA9A 4HT3A 4AB4A 1UUOA 3LHUA 1OFOA 4O19A 4TIMA 3RF9A 2V5BA 3BPWA 4M19A 4LT9A 1AMKA 3I6RA 1EWDA 5HQEA 3IGXA 5D09A 4DPPA 4JDYA 2QDHA 4K7VA 4DO6A 1S3HA 5KZEA 3S1WA 5LNVA 2Q3RA 3NZRA 3GXNA 3HG3A 2PRHA 3TAKA 2V30A 3AJXA 3TE9A 4QSHA 2ZZ1A 3S1UA 1H7OA 1NFBA 1KFJA 1HG3A 2GVJA 4O13A 1HFBA 3UWUA 3DKLA 1R2SA 3EWYA 4FHAA 1GQNA 3C6CA 3MP4A 3CB8A 4X3ZA 3NVTA 3L21A 1SO3A 4MY9A 1XCFA 1WQ5A 1QNVA 1OK6A 1QDSA 1LRTA 1WDWA 1YXCA 3W7KA 1EB3A 1XUUA 1WXJA 1RQHA 1VYSX 3QQ1A 5ABTA 1EP3A 1DJQA 3FYOA 4CCCA 4I7VA 2R8WA 1SW0A 5DY3A 4ADTA 2NLIA 2PRLA 1QPRA 5D03A 3PWAA 4AF0A 4Z0SA 3W76A 3FEMA 3MHFA 2QUTA 4K8HA 2ZA1A 1OFEA 5G1YA 1DOSA 3A23A 1FCBA 3B04A 3QPYA 4FNSA 4U4MA 4B5NA 1JCYA 2ZRUA 1VHCA 3IIXA 4O50A 3EX6A 3PUDA 1VYRA 3INPA 3W1LA 3F1QA 4OE7A 3PY2A 5J5DA 1YTEA 5LNWA 2G95A 2JKPA 3GNDA 2PCQA 4AWTA 3KXQA 3CC1A 2BWGA 1H50A 2R91A 2XN1A 1EPXA 3PG8A 1MO0A 2FLIA 4NXSA 2A85A 3TFXA 3TX9A 4UTKA 2Y7GA 3B05A 3PUEA 1OFPA 1ZAJA 1Q6RA 1XL9A 2Z6IA 3LI1A 3GNNA 2BXVA 1ZHAA 4I9AA 3EB2A 5HWMA 2JGYA 1GYNA 4PH6A 1YTKA 2Y6ZA 3P81A 2NZLA 3NL2A 5H2ZA 1MXSA 3PBVA 3L66A 4OU1A 1ALDA 4JYDA 1TV7A 4HPXA 2YSWA 4OV4A 3BW2A 3W23A 3OVRA 2YYUA 3LI0A 3DFQA 3RLVA 3LXAA 1LBLA 4ZQRA 1XBVA 2CLMA 3NZ1A 2Y88A 2A4AA 1GTEA 4JTFA 1DQXA 3R89A 3W9ZA 4A2RA 2TSYA 5DCEA 2NXIA 1O95A 2ABBA 1IXPA 5GVJA 5CZJA 1GPWA 2CZFA 3L68A 2HTMA 2PC4A 4GUGA 5HWJA 3I65A 3MI3A 3G1FA 4XUGA 3Q94A 3NL3A 3PB0A 2C16A 1KBIA 5K4XA 2VKZG 3GVGA 3ZWSA 3T4CA 4OWGA 2C14A 1LYXA 3LV6A 3W2JA 4IPIA 3W7HA 2V8ZA 4QQ3A 2A7RA 4TR9A 2DZVA 2P0OA 4WJEA 4TMBA 3HG5A 4O10A 5K9XA 5HNRA 4R7JA 3O16A 4WOQA 1WOBA 3I7SA 2E5CA 4PA8A 3RNDA 1W54A 3TDFA 2FIQA 1M7PA 4LV9A 2TPSA 5A8GA 4H6KA 3L5MA 3LBMA 4ZL1A 3U8GA 2QCDA 3W1TA 1LOQA 1Z48A 3NR0A 3OVQA 2WNZA 5DCBA 4R53A 1GEQA 2WKJA 4JICA 1PCKA 4RZ6A 2C1HA 2WJZA 3UPBA 2X1TA 5CSSA 2QJHA 4MLRA 4LUJA 3M16A 4DF1A 4O18A 5CGQA 3VE9A 1BKSA 1TTPA 1TV8A 2Q8ZA 4UMAA 3TU9A 1RR2A 3R13A 1JCMP 4IMCA 2Z6JA 3JRKA 1DKWA 1K8XA 3JR2A 1QOPA 3O05A 3PAJA 4LTSA 1KV5A 3HF3A 3GK0A 3CEPA 3SECA 3WK2A 2ZRYA 2Y70A 2QCDB 1TJRA 2WOQA 5BW6A 2CLKA 1TTIA 2W0UA 1JCNA 1YPFA 5D30A 1THFD 5F2MA 1H62A 2QCCA 4NVTA 3STGA 2WSYA 3W6YA 2HSAA 3LXBA 3TV8A 3EKZA 4K8EA 1FBAA 3MHUA 4O57A 1IIGA 4MZYA 2YGYA 4JYEA 1LLWA 1MZHA 1EIXA 1KM3A 4JY8A 3W2LA 1K03A 3E02A 1CW2A 2XFWA 3DFSA 3ABOA 3FA5A 3LX9A 2C13A 5F2GA 3G0XA 5T26A 4AHPA 4TMCA 5FEPA 1PHQA 3G1AA 2VFFA 2WO5A 4MKNA 3UWVA 1XBYA 1OHLA 1YPIA 5D2VA 3QPZA 3WJSA 5DELA 2ZA2A 2DZXA 1I2RA 4S1FA 1VJIA 3QJAA 2CU0A 4BFAA 1N7KA 4LS2A 3G1XA 4O54A 1OF8A 3S5ZA 3V75A 1AL7A 4HHPA 3GAYA 5I3IA 4XBKA 4GUHA 3TROA 5DN1A 4LVDA 2CLHA 4Y6GA 2V2HA 4UFJA 1TQXA 1BTMA 3W3OA 2IQTA 2DP3A 1B3OA 4AWSA 1AW1A 2FB2A 3TQKA 1LRQA 2Q8LA 4YCPA 1J4EA 4ML9A 4WY0F 3P84A 5FEWA 1MEHA 3PBUA 4RLIA 1ONRA 2VEIA 3SIZA 1RQEA 2CW6A 5KITA 4U28A 3PC0A 5G5IA 4OHQA 1IGSA 4IX0A 1WYIA 4BI6A 4H4IA 1TRIA 3FJLA 3W87A 2C19A 1XXXA 1DQWA 4JGDA 3Q2DA 1T96A 5AOUA 1UBSA 2CLOA 3LLDA 3GDTA 4WY0A 4GC4A 5D37A 3I7QA 2J88A 2NV2A 3DENA 3EWWA 3W7PA 3B0UX 1FWTA 2DJLA 1NEYA 5HINA 3S5YA 4XKYB 4BWLA 3KVMA 4JTIA 5DXXA 1XDMA 4N2YA 3SI9A 3HG2A 4BF9A 2X16A 4JTJA 5FF0A 3IIVA 2LLEA 2YXGA 1ICPA 4NU7A 4R33A 3FOKA 3C3NA 2A0NA 4Q33A 3GX9A 3LM7A 1GVQA 1GVRA 1IF2A 1LP6A 3IGSA 3EX2A 4KKXA 4DF0A 3MBDA 1H7PA 3M1ZA 5EYWA 3MI6A 3NL6A 4A29A 2I14A 3O6YX 3O6CA 4OBTA 3T40A 4ORIA 1TSIA 4IMGA 4QISA 1DL3A 1EUNA 4FEZA 3MO7A 5G1TA 3CT7A 2FDSA 1L6SA 4JTGA 4OV9A 3TXZA 2Y7EA 1QPOA 3PS7A 1UB3A 5LGXA 2NXGA 3QF0A 2CLEA 3W1UA 4A2SA 5E0KA 4O1AA 1ZALA 4NJHA 1K02A 2ZZ6A 1TIMA 4CQAA 1OF6A 4FNUA 5L9FA 2O7QA 5G2WA 3TR2A 3W7GA 1N8FA 1R2RA 3OVPA 3C2EA 5F4XA 5LGZA 3G1HA 4IXHA 5AB3A 3TNOA 2GJLA 5HMSA 3QH2A 4UTIA 4LVAA 4CNNA 3NQFA 3M6YA 4KFPA 1V7YA 3NO5A 3T44A 2YFOA 3GKFA 1LROA 4FIQA 5IBXA 3MP5A 1WOAA 2CWNA 3GZ3A 2Y61A 3O15A 3A22A 2A1YA 1FDZA 4O0ZA 2ZZ7A 1XDLA 2VFDA 1TPDA 1X7FA 3DFTA 3ELFA 3N2XA 4GUJA 1H51A 3IGUA 1L6WA 1PE1A 3H53A 4BI5A 3W7QA 4LC6A 1K3UA 3HMJG 3OG3A 3C2OA 1LBMA 2NXHA 1G7VA 1M5WA 1R30A 3NM1A 4M6PA 3STFA 3S5NA 1OFAA 4JX6A 1F74A 1T99A 1F6PA 1O94A 1RPXA 3P8JA 4ADSA 1JRCA 2VEKA 3P82A 3R12A 1A50A 4CNOA 3VFLA 2YCEA 2FPVA 1DJNA 3RMJA 3HIJA 2C0AA 3OBKA 3TFCA 4BWLC 3W2KA 2WNNA 3C4UA 1C8VA 2QCEA 3NQMA 5G4EA 1QAPA 1TPB1 4M6VA 3W75A 3CWNA 1ICSA 3W7EA 1C9DA 2EPHA 3ZFHA 4UFHA 3MP3A 4HSNA 3ABRA 1K8ZA 2W79A 4A21A 3BLEA 2F84A 3N2MA 3CEUA 2V9DA 4Z1AA 2A6LA 3NDOA 4FX7A 4IGHA 1L6YA 4AAJA 4GXMA 4FNPA 4L4MA 1KFBA 3G0UA 4YCOA 4AEOA 3MYPA 3LBCA 2E77A 1DV7A 1W0MA 4QJ1A 4JTHA 1BWLA 2A5HA 1ME8A 3C52A 5CPMA 4GBUA 4AHOA 4POCA 3PSVA 2OX1A 3L0KA 2NV1A 3MWAA 5L6UA 2WPBA 1TB3A 5K4ZA 5K9DA 3W1NA 1QPQA 1I2PA 4YXGA 2I1OA 4RZ4A 4O52A 3BW3A 4ZQNA 4E38A 2C6QA 2OT1A 1YXYA 1VCGA 1I2QA 3QSRA 3HB9A 1FCVA 1LCOA 1KM6A 3WK1A 3TQ0A 1G69A 1Q3NA 4LRSA 1W3TA 2BX7A 5HUPA 1LBFA 1QO5A 2F7FA 5KMYA 3ZWTA 5DY2A 3KOFA 4PODA 2BLEA 2TMDA 3EXRA 1GG1A 5F2IA 4UFIA 2O7SA 2V5LA 3YPIA 2ZCGA 1HL2A 4FIRA 5DBUA 5HJLA 5K3VA 1CI1A 4O1CA 5IBXC 3NPVA 1SSGA 1KTCA 4XZ9A 2H8ZA 3MW7A 3VE7A 3U6WA 1JCJA 2ZZ5A 1SU5A 3NQVA 5FF2A 4JN6A 4O15A 2RDUA 4QNEA 1L2UA 2QAPA 1NAL1 5EMUA 3BLFA 3E12A 5AHLA 4MLJA 1R47A 5CPLA 5E93A 5AYZA 5F1UA 1LDCA 1MEWA 1ZCOA 1SW7A 1TPUA 2QCLA 2YPIA 1H60A 3FLUA 1A5BA 3BLIA 1OK4A 1SO6A 2UV8G 3W1AA 2AAMA 2R94A 2QKFA 3EXTA 2WQPA 3DHFA 4N9BA 4LNYA 1OX4B 5I3GA 3NPUA 1VRDA 3R2GA 2QR6A 3CM4A 2ZTJA 4O12A 4Y90A 2B4GA 5AHEA 1Z42A 4DPQA 2DU2A 2BTMA 3M47A 4MZ8A 1VCVA 4MY8A 3P61A 2OCZA 5FF3A 4JTSA 1Q45A 2DZPA 3EX1A 5CG7A 1GYLA 2H3BA 1ME7A 1NVMA 3LHYA 5I3HA 3GIYA 4KFOA 3W1XA 2Y62A 1J5TA 2DZTA 4ICNA 1YXDA 4UFMA 2VENA 1XUZA 1LM1A 2OT0A 4AXKA 3QYQA 4PFMA 3W86A 4FB7A 5CZ0A 3TUUA 5I3KA 4K38A 4JEQA 3LCFA 2RH9A 3L0GA 1OX5A 4OQVA 3NNTA 1M6JA 2ZDRA 3RK8A 1YDOA 3EWZA 4MY1A 3U2OA 2YZRA 4IMDA 3LHTA 5F4WA 5BNKA 3KX6A 1UUMA 4I7WA 5FF4A 3G8RA 2P1FA 1SFJA 3TW7A 1W5OA 3MUXA 3LTYA 5J5RA 4HN4A 2QJIA 2EKCA 2G5WA 3KVKA 2C3ZA 4LS1A 3GXTA 2CLFA 1G6CA 1S5WA 5DXYA 3UQNA 1JR1A 2DZWA 4UIOA 2OJPA 3C0JA 4LUIA 2VC6A 3L5AA 4UTTC 3W22A 4LC8A 4GJ1A 4ALDA 4O8RA 3MJYA 1QMLA 4IMEA 1KM4A 4JX4A 2P10A 1SO5A 1PS9A 4ZZ9A 3OIXA 3W74A 1Z41A 4O11A 3NQ2A 1LRNA 4EIVA 3NG3A 5KSWA 4LY8A 3R8RA 1R46A 3IEBA 3WFAA 1W1ZA 1KLYA 5K2ZA 3CU2A 5CZTA 2V2CA 3BG5A 1J2WA 3DAQA 1BWKA 4WQ6A 5KZMA 3G1YA 2GJNA 1H1ZA 3DGRA 1VHNA 3NQ6A 2J9XA 2NX1A 3LDVA 5D2WA 2YX0A 4EWND 2QF7A 2E6YA 2QCFA 3W71A 3EEGA 3DI1A 3NL5A 3P74A 3BW4A 4HIBA 1FWWA 4PTNA 1DHPA 3QRHA 3EXSA 4FF7A 5AHMA 5AYYA 3LV5A 5KTLA 1OFDA 5TIMA 5EBUA 4IJBA 1JULA 1N55A 4O53A 3BGJA 1VQTA 1P5BA 3NQEA 4LVBA 4TU1A 4MOZA 1OFQA 3VNDA 1ME9A 1JUKA 1JJKA 2R14A 3NOEA 3PM6A 4YWIA 3W2UA 2B0MA 3LRLA 4O14A 1AL8A 3G1DA 3LTSA 2ZZ2A 1O4UA 6ALDA 2DZSA 3MHGA 4IX2A 2NUYA 1QO2A 3NQDA 1WV2A 3TXVA 4M5PA 4M6QA 2DZUA 1IXNA 1W5PA 3SR7A 3UWQA 1PL9A 1UASA 5KZDA 4M7TA 3GLCA 5I3FA 1YDNA 4UR8A 3M7WA 3N14A 4O4VA 2B7OA 3LCWA 4JYFA 3M5VA 1H7XA 4Z0JA 3BK0A 4LW7A 1U5JA 3W88A 1Z44A 1X6UA 1SUXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DO4 A;  3OGR A;  3WBY A;  4AZG A;  1UR1 A;  3BMX A;  3U0H A;  4E6M A;  1H7W A;  4JQ2 A;  1QBA A;  3WMS A;  3IAR A;  3GDR A;  1E43 A;  4DJE D;  3ES8 A;  3IUI A;  2YA2 A;  4F66 A;  4N9D A;  3MUA A;  2E6F A;  1U30 A;  4FOJ A;  4DJE A;  3W7N A;  4Q4S A;  5LA2 A;  1KFW A;  3GXP A;  4E2D A;  5D04 C;  3BG3 A;  4US5 D;  4GYP C;  4HNO A;  1KGU A;  2G3I A;  2J66 A;  3C61 A;  3VM5 A;  4MB3 A;  4US5 A;  1WDR A;  3E0L A;  3UGR A;  4AC1 X;  1W3I A;  3HUR A;  2Q3O A;  3VUS A;  1SZE A;  2KZH A;  3VPL A;  2W9M A;  3WLT A;  1OIF A;  2VFE A;  1GJU A;  2E9B A;  4G2D A;  1VB9 A;  3ITO A;  4RX0 A;  4H9M A;  4JNM A;  4HT3 A;  3R11 A;  4JTR A;  2PU1 A;  4YN5 A;  5HQE A;  3V5C A;  3WLM A;  4BY3 A;  4J1O A;  1AA1 B;  1S3H A;  1ADS A;  4P7Q A;  1MQQ A;  3IS4 A;  4S3E A;  3TAK A;  1OCN A;  1S2T A;  3ONB A;  4QSH A;  2ZZ1 A;  4GK8 A;  4D6D A;  2P5N A;  1H7O A;  3WLN A;  1ZL1 A;  4HU8 A;  5CC7 A;  1XYC A;  2ZWY A;  3L4U A;  2INE A;  7CGT A;  4JHM A;  4O13 A;  2XVP A;  1DED A;  3EWY A;  1GQN A;  1OGS A;  4PUL A;  2ON3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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