4DF1A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from thermoproteus neutrophilus complexed with inhibitor bmp
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
199
structure length
199
Chain Sequence
NLPLVVALDTEVLKAIDVAKRLKGAVAGFKVGWDLIFEGGISIVGEIARYGNVIVDLKIADVPHVASRVVEKLVNRGACCVIVHGFLHPSLPRGQHVYVLVKMTAPTIYDEMWEKLLNSVQDVRGFVLPGNQPEVVAQARKRIGCSYRIISPGIGPQGGRPGAAIEAGADFEIVGRYVLEDPARISQWAQYRPTCFETP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Thermoproteus neutrophilus complexed with inhibitor BMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Thermoproteus neutrophilus
total genus 70
structure length 199
sequence length 199
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4df1A00
1OK6A 2CLOA 2CFFA 1M6JA 1A5AA 2F84A 2OMAA 1YTKA 1W5NA 5L9FA 4EIVA 3B03A 3M44A 3G22A 1DQXA 4L4LA 5AB3A 1EP1A 1AG1O 4JDBA 2A0NA 1J4EA 4O1CA 5D02A 5F4XA 2YDAA 3HPZA 2FJKA 3GLCA 3W1MA 2C13A 3HGOA 1K7FA 4ADUA 1K03A 3LCGA 3UZ5A 4GNJA 4RR4A 3WK1A 3LCHA 3LERA 3LI0A 3HB9A 2XFWA 1C8VA 3IIXA 5AHLA 3F1QA 3G1YA 5A5WA 1UB3A 1OG0A 2RHGA 2NUWA 2I14A 1Q6LA 4TR9A 3DKJA 4AF0A 2ZRYA 1O5KA 1OJXA 3B05A 3BLFA 2ZRZA 1J2WA 5F2IA 4NU7A 3W23A 1L6SA 1K7EA 4OU1A 1XUZA 3EX6A 4FIQA 5F4SA 1L6WA 5AFDA 1VC4A 2ZZ2A 5BMXA 4AWTA 1LORA 4UFJA 3UXDA 1CX9A 1VS1A 1EP3A 3DXIA 4XQ6A 2V2CA 3GKFA 2HS8A 1WDWA 4FNRA 2C16A 2YFOA 1EWDA 3TW7A 1OX4A 3HG3A 4N2YA 3USBA 4DPPA 3KVJA 3SZ8A 4O28A 3ZWSA 2PURA 3GDMA 3PM6A 1PHQA 4NUWA 3S1XA 2XN2A 5AHIA 4GUJA 3QFEA 4HKPA 2Y63A 3GNDA 3W75A 5E0KA 3TXZA 3O06A 3UWVA 1PL9A 3NVTA 1W8SA 1O4UA 5BRBA 1AW1A 2VEKA 3IIZA 3QF0A 2J9YA 2ZFAA 3KOFA 1U5JA 3TK7A 1F76A 5LNSA 1NF7A 5KZMA 4OQVA 4NX5A 4QISA 1OFQA 2QCGA 1SUXA 2P1FA 1IXNA 3M1ZA 3O05A 2ZZ3A 1FUYA 1FXPA 3Q58A 4NNBA 3UWWA 4MY1A 3OG3A 4CLMA 1YLVA 1UUMA 1YDVA 3R5EA 3NQ2A 1KBJA 4JX6A 3GAKA 3S42A 3B0UX 3W7MA 3W9ZA 4FX8A 4AHQA 1N8FA 1TO3A 1TPB1 3NPXA 4ZMGA 4JICA 3G0SA 4DBEA 4G1KA 5D2VA 1VYRA 3W7OA 3IIOA 3PAJA 4MZYA 3W1UA 2X30A 1TSIA 3EXTA 3T7VA 2NV2A 3T4CA 3P61A 3C8FA 3HMJG 2B7OA 3W22A 4OBTA 2J88A 2FTPA 4UTTC 4AB4A 4ORMA 4DXVA 4JDYA 5EA9A 1FWSA 3WK0A 1LROA 4IUOA 2E77A 2ALDA 4N9EA 3W87A 4LW7A 3TQVA 4EF8A 2G97A 2O7SA 3M5VA 3NL3A 2G95A 4CQAA 1FCUA 2Y61A 1LP6A 3QC3A 2JBMA 4AWSA 1OYBA 3TX9A 3VE7A 1EIXA 1W5QA 4Z1AA 1R30A 1RQHA 1OFAA 2QCCA 3LCLA 3NQGA 1ZAJA 3M6YA 2A4AA 4K36A 3W72A 3LHYA 2E1DA 4GUHA 1EEPA 2IQTA 2GJLA 1QOQA 2VFHA 1R2RA 1H7XA 2BSLA 3VKJA 3NPVA 4AVFA 1LLWA 3UWZA 4AHPA 1IXPA 1JUKA 2QR6A 1OFPA 1YXDA 4DBDA 3LX9A 4OHQA 3ABSA 4JN6A 3W7LA 4AF0B 5CPLA 1QR7A 1VGAA 3EWBX 4OE7A 2ISSA 3EWUA 2DZWA 1QMLA 4JTHA 4GRSA 3NZ1A 3NR0A 2Q3RA 5G4EA 3DFQA 2OT1A 5BNKA 3LRKA 5HNRA 4AAJA 3VE9A 3PF3A 3MYPA 2NXHA 5EL1A 3TQKA 3QMSA 4JIQA 1FWWA 5FEWA 3TQ0A 1P1XA 5KZDA 4MJZA 5DBUA 5U4NA 3MP5A 1XBXA 3W1TA 3KVKA 1EA0A 2FQIA 4RX0A 1KM4A 3TV8A 3SECA 4KWVA 4MFEA 1Z41A 4RJEA 3MYOA 3EX2A 3RFAA 4XWUA 1OX4B 4GUFA 4LVDA 1QO2A 1KV8A 4O13A 3GK0A 2NUYA 3GX9A 4HT3A 3C2VA 4XKYA 4K7YA 5U7SA 1JRCA 4JYFA 4YL2A 3UD6A 3W07A 3PVFA 1K8ZA 4WY0F 2HMCA 5D2WA 3NGJA 1C29A 2QDHA 2O7QA 3TNOA 1JQXA 5IM51 6TIMA 3LRMA 4H3DA 1JVNA 5LGZA 1SO5A 2PRHA 2XN0A 4LC6A 1O60A 3RNDA 3O6DA 5L6UA 3W7DA 1DVJA 5GVJA 2QCDB 3HPXA 4P2VA 3SI9A 4HNTA 1EUNA 4JS3A 3TR2A 1GVOA 3AJXA 3LV5A 2BX7A 3LDVA 1JCMP 4WXYA 2H6RA 3ABOA 3PBYA 5I3IA 3DH7A 4OWGA 4Y96A 3OA3A 5DCBA 2ZA2A 1X8FA 3NYZA 1RV8A 4WX2A 4ALDA 1R2TA 3TROA 2YSWA 2GOUA 2ZZ7A 1WOAA 2R8WA 1TQJA 4JTFA 4TMCA 4MYAA 5K9XA 3GIYA 4QITA 5CZSA 1HG3A 2WNQA 2ZA3A 3PR2A 1B4EA 4CQ8A 3OVQA 3PBUA 1L2UA 3NA8A 4L4MA 3TKFA 4X2RA 3F4WA 1I45A 4XTDA 1ME7A 1DOSA 1P5BA 1WAUA 4QM1A 3MW7A 3W70A 1FX6A 1SSGA 3BW2A 1VLWA 1XKYA 4PTNA 2B4GA 5AYYA 5TBOA 1VR6A 5TIMA 3ZFHA 1KFBA 4UTLA 4LUIA 2Z6JA 1H1ZA 5EBUA 4MUZA 2VC6A 4LS1A 4AH7A 3QSTA 4R53A 5HUPA 1A50A 2QCLA 5FF2A 2VFIA 3IGSA 3A23A 1KFEA 4XTIA 4RZ4A 1YTDA 1FY6A 3W83A 4S1FA 1ZY9A 4JY8A 4LV9A 3LCXA 4H4IA 3PULA 1JCLA 4O10A 3EKZA 1P4CA 1Z44A 5HQEA 2BTMA 3NDOA 2QAFA 1BKSA 5DCDA 3VCRA 4CNPA 4HNUA 3NPUA 4RLIA 3FJ6A 3RU6A 4MYXA 2OJPA 4ZQNA 1SO3A 1Z42A 1AL7A 4TIMA 2Z2UA 1PIIA 1OF8A 1H7OA 3IGXA 1YADA 1W31A 2A2IA 4LVBA 3BGGA 3WK3A 1VCVA 3N14A 1KM3A 5FESA 5CKSA 3MWAA 4NJGA 3ATYA 5D32A 1RPXA 3W76A 3W1XA 1I2OA 4ONVA 4LC8A 1RZMA 3NQCA 3UY7A 4N9DA 3T44A 4QIUA 4IOTA 1W3IA 3O63A 3MHUA 5DY2A 2EPHA 1JJKA 3TXVA 4GUGA 2WSYA 4AWUA 4XBKA 1K02A 3E96A 4NZJA 1G4TA 4EWND 3H55A 2QUTA 2CZDA 3FKRA 3KVMA 4DF1A 4KKXA 1Y0EA 2WNZA 5FEXA 7TIMA 3ANYA 2RKXA 4O53A 4RCXA 3C2OA 1MSSA 3RMJA 4XKYB 4UCGA 4Y90A 2C3ZA 4PC8A 2TRSA 3MI6A 3M7WA 5EPDA 5CZJA 1S5TA 1W3NA 3SJ3A 4PCFA 3HG5A 2BLEA 2CLFA 4TX9A 1QO5A 3YPIA 1TPH1 1ZNNA 4C1KA 3LB0A 4NQ1A 5CGQA 2VEMA 2NV1A 1Q6QA 4UC5A 4C1LA 1TPDA 3GXPA 5F2GA 3W2UA 4UNLA 2X2GA 1JQVA 4AXKA 2Q8LA 3G0UA 1RQBA 3HBLA 1VCFA 4OV4A 5LNVA 3U6WA 2GQAA 1TQXA 1GPWA 1V7YA 1Q45A 2I1OA 3W85A 2F7FA 3QEZA 4JTUA 4H6KA 3P8JA 3ZS4A 1VH7A 2QCNA 2VXNA 4Z1BA 3PG8A 3DFTA 3ABQA 5EKYA 4W9TA 1YTEA 3PBVA 4ML9A 4KWWA 1WQ5A 3E12A 2WNNA 1SW0A 3TSDA 2LLEA 1PCKA 1KM6A 1KTBA 1TJRA 1GVSA 2CLEA 3PWAA 5F2MA 2VFDA 2DZPA 4LRTA 3M41A 4LU0A 1IGSA 3BG9A 3G1DA 3G8RA 1ZAHA 3EWZA 3KAOA 3FJLA 4HPXA 4IPJA 4BI6A 3ZWTA 6ALDA 1H61A 4N4PA 2C18A 3HJZA 3MP4A 3A9IA 2OCZA 4N9BA 1DL3A 3ELFA 4XBSA 4KFPA 2A21A 4UNKA 4UUIA 4RKAA 2A7NA 5D04C 1F5ZA 1G6CA 4PH6A 2Y70A 3UQNA 3L5AA 4ZZ9A 3TC6A 3WJXA 2TYSA 1C9DA 3LOTA 4LNYA 2NUXA 3P67A 5C5YA 1I4NA 1OX5A 1MZHA 4CCEA 2V5BA 3C3NA 3HGJA 1LBLA 1OFBA 4UTMA 3L0NA 4PA8A 1GVQA 3B4UA 3K30A 4O15A 5FEPA 3LHUA 2V5LA 5HINA 1L9WA 5DXYA 4CCDA 4UTHA 3KVLA 3I7SA 5I3JA 2ZRWA 4O16A 3R89A 3SGZA 1A5BA 4M6QA 4KFOA 3W1AA 2C19A 3P84A 3M0ZA 1EPXA 3GDLA 2VENA 2CWNA 3F03K 4FHAA 1U83A 2DZSA 1LTDA 1P0NA 3O15A 1H63A 4E38A 4Z0JA 3KRUA 4EVZA 2NXIA 5G2HA 5AYZA 3OBKA 2CLMA 4Y9AA 1QPOA 1XBVA 3IVUA 4UFHA 3BLIA 3MI2A 3W7KA 2DU2A 5EY5A 1SR9A 1FCVA 3GXTA 3I68A 3W1QA 2DORA 5DXXA 4FEZA 2X1UA 1VRDA 2VFEA 4JTGA 3STFA 4JGDA 2E6DA 1GT8A 3TJLA 2CU0A 1JRBA 3W7EA 3N9RA 2V8ZA 1MEWA 1FWRA 2EGZA 3NQDA 1R46A 3TDFA 1GOXA 1W3TA 3CU2A 4FNQA 3ABRA 2Y88A 3E02A 1W37A 2EKCA 1FDZA 2J9XA 4NJIA 1RD5A 3LV6A 5K7JA 4NT0A 3L2IA 5F2LA 1SPQA 3RK8A 2V0TA 2WSQA 1KTNA 3TH6A 2TPSA 3C6CA 4O57A 1TV8A 4WJEA 3VFLA 2ZCGA 3EX4A 1JCJA 1GEQA 3LRLA 4PEKA 4IWWA 1ALDA 2VEPA 3M47A 4LV4A 4MJMA 3N2MA 2QUVA 5G1TA 1QFEA 2ZYFA 1AW2A 3LTPA 3W7NA 1GVRA 4ICNA 4LS2A 2V82A 1VLIA 1KFLA 3NQEA 3C0JA 1AMKA 4IX2A 3C2RA 3B06A 5DELA 3JS3A 2DZTA 3NQ8A 3PY2A 3GYEA 2W0UA 4D2JA 2HTMA 2X1SA 3LCWA 1W5MA 1H7WA 4POCA 4Y8FA 1KM2A 1TYGA 1IIHA 1XC4A 2EF9A 2AAMA 3A5FA 4XUGA 3PS7A 4FNPA 3PUDA 3EWWA 3G1AA 3I7RA 1KFJA 3ZR4A 3QRHA 1GTEA 3W86A 1JULA 1F74A 1EX5A 5LNUA 2WO5A 5BW6A 5J5RA 3C2FA 2ATMA 1XFBA 2R14A 2FPYA 3CM4A 3HF3A 5D09A 3H54A 4ADSA 1OF6A 4I7WA 4K6AA 3DGRA 1VPXA 2GVGA 1XM3A 1BWLA 4YWIA 5AHMA 1VZWA 2EHHA 2H8ZA 3JRKA 3W1LA 3GAYA 1GJPA 3DFOA 2CLKA 5CPOA 4JTJA 1VQTA 4WOQA 3W2NA 1OFRA 1ZCOA 3GDRA 3N2XA 2E68A 1W0MA 3G3DA 3KHJA 2VELA 3PC0A 2H3DA 4WXZA 1SFJA 3B0PA 4LWWA 4BI5A 5C2XA 3BGJA 2YFNA 1TB3A 3GR8A 3TCEA 1GVFA 3CEUA 1SSDA 2JGQA 3NL5A 2V81A 3P60A 4Z1CA 2DZUA 1KFCA 3CIXA 3SIZA 1J5TA 5DN1A 1H1YA 5K4ZA 3HOJA 1M7OA 3G3MA 1KW1A 1LM1A 4K7VA 3BK0A 1FXQA 2DJLA 3N19B 5F1UA 3LI1A 1NSJA 3W7CA 8TIMA 4O11A 5CSRA 4IMCA 1G4SA 5FEZA 3NPWA 3LHTA 3P81A 2BWGA 3CQ0A 1YPFA 4M19A 1NEYA 3G1FA 1KLYA 1XCFA 3P8IA 3S0CA 5AHFA 4CQ9A 2ZTJA 1M7PA 1H51A 1KFKA 2YW4A 1GG1A 3EX1A 1JUBA 1DJQA 4MOZA 5HMSA 1KM1A 2VOMA 3GDKA 3DBPA 3E0IA 3H53A 5FI8A 1VYSX 4E2BA 5AN7A 3L9CA 3FLUA 4GUIA 3DENA 4IMGA 1XL9A 2FFCA 4UFLA 2H8XA 3IVSA 3HG2A 3CC1A 3UZJA 5LSMA 5CPMA 1T99A 3GDTA 5H91A 3N3MA 2J6XA 2J24A 4N4QA 3JR2A 2NWRA 3IEBA 3MI3A 1DHPA 3R12A 3PG9A 1GG0A 4R7JA 2TSYA 3QPZA 1XI3A 3O16A 3C2EA 4DPQA 4LRSA 1NVMA 4HN4A 5KITA 1MO0A 3LHZA 1OYCA 4HNNA 4B5NA 3QH2A 3KFTA 1GYNA 1G4EA 3M16A 1HO1A 1ML1A 3R13A 3DHFA 3G1HA 2NX9A 4NNCA 4ZQPA 5LZLA 3W7JA 5FF7A 2B7PA 2E6AA 3TFXA 1KTCA 4IXXA 1SZFA 1JCYA 2R91A 4RXFA 4GBUA 3UWQA 2YPIA 2QCEA 1SO4A 1TRDA 1R2SA 1ICPA 3L68A 4R33A 4JYDA 2A1YA 4WOZA 4UR8A 2CLHA 3MO7A 1M5WA 3F4NA 4HHPA 3LLDA 4IGHA 3LXBA 2FB3A 2OZ0A 4UFKA 2OX1A 2QCHA 1O94A 4AMAA 3FYPA 5CZ0A 4FB7A 1IXOA 2EAWA 4RK8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DP0 A;  4RPQ A;  2F84 A;  2OMA A;  1YTK A;  4W93 A;  4EIV A;  3M44 A;  3G22 A;  1EP1 A;  4JDB A;  2A0N A;  1S46 A;  1FWC C;  1EC9 A;  1UUQ A;  5F4X A;  4CU8 A;  2C13 A;  3H7V A;  1E5N A;  1M65 A;  1WDD A;  2PDK A;  3VKB A;  4ADU A;  2QVN A;  1K03 A;  3LCG A;  3UZ5 A;  4GNJ A;  2Q01 A;  3LI0 A;  4AZI A;  4NZ1 A;  3F1Q A;  1UB3 A;  3CZE A;  4GIR A;  4TR9 A;  5XIA A;  2ZRY A;  3BLF A;  1XIJ A;  5FKY A;  4IZG A;  1TWW A;  2XZ7 A;  2WVV A;  1XUZ A;  3EX6 A;  4GJI A;  3THU A;  4EK7 A;  1LOR A;  1VS1 A;  5ABG A;  4XQ6 A;  1XQL A;  2YB4 A;  1JF6 A;  2G3N A;  5A1A A;  2C16 A;  1EWD A;  3HG3 A;  4XIS A;  4PTW A;  3OO2 A;  4J3U A;  2YKK A;  3PM6 A;  1PHQ A;  2XN2 A;  2HE5 A;  2PWD A;  1B9Z A;  3KOY A;  1K4H A;  2IPW A;  3GD6 A;  3ID7 A;  4PBF A;  1BPL B;  3O06 A;  4OFC A;  1O4U A;  5BRB A;  4NF7 A;  5I06 A;  3T0D A;  1FWF C;  2VEK A;  3MKV A;  1O12 A;  1ZTV A;  3BH4 A;  3WBW A;  5LA2 A;  1DE6 A;  3CQI A;  1VFL A;  1UYQ A;  3VIH A;  4NX5 A;  4QIS A;  1FWD C;  4C6B A;  4ZR8 A;  1WUE A;  1HKW A;  2OSY A; 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