4DM1A

Contribution of disulfide bond toward thermostability in hyperthermostable endocellulase
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
QTPTGIYYEVRGDTIYMINVTSGEETPIHLFGVNWFGFETPNHVVHGLWKRNWEDMLLQIKSLGFNAIRLPFCTESVKPGTQPIGIDYSKNPDLRGLDSLQIMEKIIKKAGDLGIFVLLDYHRIGCTHIEPLWYTEDFSEEDFINTWIEVAKRFGKYWNVIGADLKNEPHSVTSPPAAYTDGTGATWGMGNPATDWNLAAERIGKAILKVAPHWLIFVEGTQFTNPKTDSSYKWGYNAWWGGNLMAVKDYPVNLPKNKLVYSPHVYGPDVYNQPYFGPAKGFPDNLPDIWYHHFGYVKLELGYSVVIGEFGGKYGHGGDPRDVIWQNKLVDWMIENKFCDFFYWSWNPDSGDTGGILQDDWTTIWEDKYNNLKRLMD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of disulfide bond toward thermostability in hyperthermostable endocellulase
rcsb
molecule keywords 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 144
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4dm1A00
2QMJA 3SCRA 5GNZA 5DT7A 3CZKA 4W87A 3WY1A 3PBGA 2A3AA 3ARPA 5E09A 2UY2A 4TX8A 1W9VA 1TZ7A 4AD5A 1GPFA 1DWHM 1DTUA 1V3MA 4CN6A 1VFMA 4AWEA 1HP5A 2C8NA 3KZSA 2DT3A 1J0JA 1BG4A 1QHZA 4N0RA 2XSBA 2YDSA 4BCEA 2VX4A 4ACZA 1FP8A 1XYZA 3QOKA 1M53A 4ML4A 3EDKA 3VD7A 4DUVA 3CMGA 2JEPA 3WDPP 1ZS2A 1LG1A 2FDMA 1E4LA 1IZJA 1HVQA 2VVSA 3VDCA 1UA3A 2DSKA 1E5NA 1MWOA 3ZSTA 3GZAA 3VPLA 1FA2A 2D24A 4HA4A 1QBBA 1TMQA 2ZWYA 1CXEA 1BTCA 4P7LA 1UZ1A 4TXEA 3L4ZA 2VRQA 1JZ6A 2WNWA 3MU7A 5HDRA 3WMBA 3WNNA 4AZIA 5BYWA 1E5JA 3CUGA 3FAXA 1WDRA 2X05A 5C70A 1OINA 1E6NA 3N13A 4D71A 1QI3A 2X1IA 4A3YA 3WF4A 4B16A 2WC3A 4P7OA 1UWIA 3MUZ1 1BQCA 1HKKA 4P8XA 4AZCA 3K4AA 1NOUA 2WMFA 2GUYA 3CUIA 1V3HA 1ZBKA 5I5RA 4PTMA 3RCNA 4AD2A 4UFJA 3WQ4A 3L4XA 4IISA 2J77A 1C7SA 1BYBA 1FOBA 4PUDA 4MTVA 4PTVA 3TP4A 2E4TA 1OWQA 1WZLA 3MV01 3WNOA 2VI0A 1XSKA 1M03A 2BY2A 4UOJA 1SR0A 3ECQA 1PX8A 2BY0A 4AD4A 1UD3A 2QLYA 1UR2A 2VZTA 1UOKA 3CHDA 1WP6A 3WDQA 1EHNA 1QOXA 1E71M 4P8UA 2CBIA 1G94A 2VJXA 5CSUA 4IPLA 3W53A 3KEHA 1LL6A 2VMFA 3WBAA 1KR0A 4JKMA 3WFZA 4OJYA 3AIWA 1PIFA 2WWCA 4JHZA 2DDXA 3VDAA 3M6DA 5I24A 1HJUA 3WH9A 3ARUA 1E6ZA 1JZ2A 3WDIA 2V5DA 3WD3A 1XGZA 3LPPA 1W2PA 3AJ7A 4UFKA 4GXPA 5GPRA 2WB5A 2BY1A 3DHUA 1ECEA 2J7EA 1CTNA 2WANA 4CD8A 3VIMA 4DWSC 2VR5A 3CZJA 3WQ8A 3AIUA 3GXFA 2OLHA 2JIEA 1EO5A 3GH7A 3HJEA 4U33A 3ZR6A 1PPIA 1GVYA 1VJSA 1E70M 2CBUA 2WCAA 2FHBA 1J10A 4PUEA 1DWIM 2CPUA 1OM0A 2YL9A 5AYBA 1CEOA 2GJXB 4UZSA 3WH6A 3GDBA 1I1WA 2BVYA 1H0GA 1Q6GA 3DHPA 1W3LA 4CVWA 1WDPA 2UY3A 1JD9A 1K9FA 3AYSA 5A2CA 1KXTA 3IK2A 5ABFB 1JDDA 2WZIA 2D22A 2X09A 4V2XA 4EKJA 1AQHA 2XIIA 2YBTA 4UNIA 1Z32X 4ATWA 1EHAA 3VKKA 1J9YA 4RE2A 3PTMA 3BAIA 1C90A 4W7UA 5D8WA 2WCSA 3WQ5A 1TCMA 3TTQA 1VRXA 1TFVA 1KGWA 3SUSA 4S3KA 3EDJA 3WQWA 5JUVA 3ZO9A 2J74A 4GZEA 4D6EA 4H04A 3SUTA 4J3UA 5FIPA 3KL0A 3CUHA 4M29A 3OLDA 3BMWA 3S6TA 1H41A 2WAGA 3AXHA 3IJ7A 2WPGA 3W24A 1QNRA 2AMGA 3CH9A 1B3YA 1J0IA 3OLIA 4L4OA 4UFMA 4HA1A 2IXVA 3CBWA 3PZTA 1C8YA 4YHGA 3PTQA 1RPKA 4CUCA 2YL8A 2Y4SA 5ABGA 1EQPA 1JYXA 1KR1A 1QVBA 3MUY1 1VFOA 1NP2A 2QF8A 1CGVA 3WFLA 3UCQA 3WN6A 3WBEA 4FF5A 3I3DA 2O9TA 2XWEA 1J0ZA 4F9DA 1W9DM 4GKLA 3W29A 1MW3A 1A47A 2ZXBA 4HTYA 5DMYA 2EPOA 3AHTA 4E2OA 4JFWA 5DT5A 2E8YA 3FXYA 1NOWA 2ZE0A 4UTFA 1VIWA 2W61A 3ARXA 4Z2KA 1KBBA 3CZGA 4GO8A 4X0VA 1FH9A 4NRRA 2CYGA 4AIOA 1CGXA 1W2VA 1MXDA 3THDA 2PWFA 2VX7A 4MB5A 1XH2A 1XYFA 2JALA 3SCQA 2Q8XA 4H8HA 1EGZA 4UQ9A 1M04A 1WKYA 2WC4A 1B90A 3SURA 3NYDA 1C8XA 4OZOA 2VX6A 4H2CA 1E0VA 2QV4A 3T08A 1ZBWA 2YA1A 1NWUA 3UR7A 2DT1A 3CZEA 2ZOXA 4KMQA 1MXGA 3WUGA 1H49A 2GDUA 3BCFA 1B2YA 2J7DA 2DT0A 5FKYA 2Z1KA 3W6MA 2X2YA 5LA2A 1BPLB 3POCA 5DO8A 3SCTA 4JL1A 3UG3A 3LPOA 5FCZA 4W89A 2IXUA 3E1F1 4B9YA 1TA3A 1OIMA 1OD0A 1KXHA 3T0AA 2EPNA 1F4HA 2VURA 1FH8A 2D3NA 3CHCA 4PTXA 2XJ7A 4MDPA 3AZSA 3L4WA 2XTKA 3RMEA 1UWSA 3WF2A 1FH7A 3OZPA 4UQEA 4A3HA 2DIJA 1ITCA 2J47A 4HA3A 1E6PA 5A6LA 1LG2A 3CTTA 1GQIA 1W3HA 4HMCA 4PMVA 2J7HA 2Y24A 1WZKA 3T2OA 2WSKA 1GW1A 1K9TA 2WMGA 4CVUA 4ACYA 1OCQA 4LYQA 1MQQA 4LX4A 5CLWA 3OIHA 1QNQA 4YN5A 5EBAA 1UD4A 4DWSB 2RGMA 4LXFA 3VIFA 3K46A 1GHSA 1LWJA 1E6XM 1E1FA 4WKFA 2WHJA 4WK9A 1MVYA 8CGTA 1GOMA 4B3KA 1EO7A 3A4XA 1UQYA 4MNKA 1QHPA 5JBEA 1UWUA 5CPQA 1WZMA 8A3HA 1NWTA 4JFUA 4N42A 5EB8A 3VMPA 1U2YA 1A3HA 1ZB5A 4ACZB 1ZJBA 1QI4A 2FH8A 3BCDA 1OSEA 4QCEA 4RE3A 4HZ7A 2EEXA 4HMEA 2F61A 4H8VA 1UA7A 5IXEA 3UERA 4HPHA 1PBGA 2V3GA 4J3TA 1HJQA 4AZ5A 3K8MA 4P8WA 3GNPA 1ZL1A 3WNLA 5CG0A 1JYVA 2UY5A 5A2AA 4UOQA 2YJQA 4E8CA 1X6NA 2ZXQA 4MAZA 4Z2GA 1GOOA 1OB0A 2Y2WA 1QI5A 4XUYA 1NARA 2BXYA 2C7FA 3WDRA 1M7XA 2BHYA 1VBUA 4W8LA 2XVKA 2G3IA 3L4TA 4KRTA 3BMVA 1JZ8A 4BF7A 5D9OA 5E0CA 7CGTA 3PHAA 5KZ6A 1MW0A 2VT0A 1J12A 3T2QA 3W4RA 3RM4A 1HX0A 1OBAA 1V3IA 1CXLA 3AISA 1UR0A 2BHUA 4TVDA 5AC4A 5I77A 5M03A 1XD0A 3GBDA 1HVXA 9CGTA 4PBGA 1GONA 1V0KA 2W66A 4PTWA 1PZ3A 3PZUA 2DSVA 1KQYA 1SYTA 3APGA 3FNDA 1CPUA 2ZUMA 1SMDA 5EFDA 1CDGA 4JCLA 4S3JA 4BS0A 5DF0A 1VAHA 1LQ0A 2VOTA 4D6DA 2QPSA 4Z2JA 3W37A 3VMNA 2E9BA 1N82A 1JI1A 1P6WA 4MJ4A 3VD5A 1G01A 2XHYA 3DYOA 4MB3A 3W26A 3OLEA 4KWUA 2EPMX 4W5ZA 4PCSA 1GHRA 3ZMRA 2J7GA 1JL8A 2WHKA 3UR8A 1CBGA 1RH9A 1TG7A 2WK2A 4WKHA 4OBSA 1CYGA 4UCFA 4YPJA 3W81A 4NF7A 3U5UA 2CNCA 2J75A 1JXKA 4AD1A 3SUWA 4MPKA 4ZENA 1B31A 4ATLA 1QNPA 6TAAA 1G9HA 1I75A 1C93A 1UH3A 4W8AA 1O6IA 4UR9A 3BLPX 1EH9A 4JZ5A 5FD0A 5BXTA 2E0PA 2V38A 5FL0A 2DSZA 3OGRA 4CD7A 1VJZA 1W1PA 5A6BD 1UHVA 4TOQA 2D3LA 4AISA 5BXSA 3VIOA 1V6UA 3ARSA 1E73M 3BH4A 2DH3A 3OGVA 3WQ6A 3TTYA 4JAWA 4KGLA 3W25A 4UFLA 2Y8KA 3KE0A 1TR1A 2A3EA 1F4AA 4BQ2A 1H5VA 5ABEA 1S46A 3ARYA 2ZX9A 4XZBA 1R7AA 1W32A 2WMIA 3DYPA 3VIPA 1R87A 1JI2A 3CZ8A 4MJ2A 2DT2A 1JF6A 2QMKA 1JAEA 4D6FA 3II1A 2D20A 1LLOA 1QNOA 3A4WA 1IT0A 3F5JA 1E9LA 4WIWA 4PEEA 1BYDA 2EPKX 1DWAM 3A6OA 2W5FA 3ARZA 3ZJ6A 1E1EA 5HPOA 3A47A 4WLCA 2YBUA 3QHMA 3W27A 3N17A 2WXDM 2VZUA 2YOCA 3VD3A 1WO2A 3EMZA 4AEEA 2CXGA 1KWKA 2WM0A 3POHA 3W38A 3ARTA 4KRUA 3CUFA 2DQXA 4UQDA 3PZNA 3BXWA 1UR1A 1UWRA 4H7VA 4OBRA 5M5DA 3WL0A 4D6HA 1ITXA 1QPKA 1GQLA 3LPGA 2XVNA 4DWSD 1JZ7A 3GXDA 3VINA 2PBOA 5CLTA 1BYAA 4PMNA 4W88A 2F8QA 3VGFA 4AXNA 4ZXLA 3WKZA 5JIPA 3VGDA 5ECUA 1C3FA 1UWQA 1LF1A 1UKOA 2J8FA 3AZRA 1V3LA 1W9BM 5EFFA 3EYPA 1UH4A 3I3BA 3UESA 4AC1X 2C0HA 1E15A 3DYMA 3WMSA 2YDRA 1VBRA 3PZQA 3L2LA 5F7UA 1ISWA 1U33A 5CJ5A 3N11A 4RL3A 4WSKA 1V6VA 2CESA 4PMXA 2Y8VA 1GOIA 2PWGA 3AIBA 1BHGA 2PBGA 4JFTA 5A8OA 5A2BA 1CGUA 2ZXAA 1ZU8A 2E9LA 2YLAA 4AD3A 2VX5A 2VQTA 4W84A 2W4XA 2ZUUA 3AQUA 3L4VA 4K68A 4X9YA 1W3KA 4BQ3A 2VTFA 1ZBCA 5A95A 1B3VA 4F9JA 3AHZA 1NOFA 1E4MM 4M82A 1C8QA 1ISZA 1KFWA 3K1DA 3WH8A 1WB0A 3PZOA 2PI6A 1UKPA 5AYIA 4NSBA 3TTSA 1VFUA 3RJYA 2G4FA 4CD4A 2ZWZA 1HKJA 1FHLA 2VCCA 2WC7A 2GVYA 4W85A 1EDQA 4MNLA 1JYWA 1XCXA 3NUKA 1UR9A 1B0IA 2CEQA 2E3ZA 3W28A 3S2CA 2GJRA 4J27A 3O9NA 4J28A 2BFGA 4AZBA 1BGGA 1B30A 3O2LA 2ZX8A 3ARVA 4UQBA 3N18A 1GOQA 1UR8A 2O9PA 4C7FA 4W7WA 5BWFA 2WHMA 2OSXA 2J78A 3G6LA 4DUWA 2WLZA 5ABHA 4UZUA 3IJ8A 1HKMA 4AZ6A 3L4YA 2VL4A 4M81A 5I23A 2ZX7A 1KCLA 3UETA 3AIEA 5HOSA 4D1JA 1FFQA 2WVUA 2TAAA 4D6JA 3WD0A 3B9DA 3F5LA 2D1ZA 3GTNA 1XH1A 3WUBA 2WMJA 1UD5A 3SUVA 1PZ2A 3AMDA 2WHLA 4M80A 1W3JA 1QHOA 2HVMA 1CLXA 3U7VA 3MMUA 5E6YA 1BFNA 5KEZA 3CZLA 3WH5A 1UG6A 3VNZA 1WDSA 1V0MA 1X1NA 4B3LA 1WPCA 3NCOA 1E0XA 3QOMA 1EDGA 4NZCA 1Q6EA 1DWGM 2VRJA 4J3XA 3WDHA 5IHSA 3MMDA 4W7VA 2PC8A 3GBEA 2XG9A 3TONA 2XPKA 1R85A 2CITA 5BROA 1XCWA 3CPUA 2BV9A 1HF6A 3RILA 2VR4A 3GNRA 2EO7A 2EJ1A 3VDBA 3N1AA 1RP8A 4W8BA 3GH4A 2UY4A 4GIAA 3M46A 1V6XA 2XVPA 2V3DA 4ZEPA 1E6QM 2Z1SA 2XFFA 1DP0A 1G5AA 5I78A 5C8BB 2DPEA 5I6SA 1H1NA 4F8XA 3BLKA 4EK7A 1CXIA 2ZICA 1AVAA 4U3CA 4WKAA 1GCYA 4AEFA 4CKQA 4Z2LA 2WVVA 4KH2A 3SIMA 1VEOA 2YL5A 5JBDA 4R27A 4AW7A 1BAGA 5A94A 2A3CA 4CCDA 6CGTA 1UUQA 3AROA 2XVGA 5M3WA 1E4IA 3MUAA 2BNJA 3AMCA 3VGHA 1CXHA 1H0IA 4M8UA 3CLWA 1NWSA 5GNYA 2OWCA 3MKKA 1EXPA 1WZAA 1YQ2A 4U2ZA 2O9OA 5A6MA 1J0YA 2VZOA 3DC0A 3ZT6A 1QW8A 4AIEA 5A6JA 1JD7A 3GH5A 1PX4A 2A3HA 4CD5A 2CKSA 1WAWA 4GI8A 2XM1A 2WZEA 3AOFA 3O6AA 2ZUSA 3JUGA 4KGJA 3WIJA 3AYRA 3OBAA 1J01A 3B9EA 3WMCA 4CU7A 5BXPA 1WE5A 3PN8A 1OT2A 1LWHA 1BSIA 2XUCA 3M7SA 1VEPA 1LL4A 1Q6DA 1EDTA 4JHOA 4MADA 3D3AA 2V3EA 4V27A 1U30A 2JIWA 4CD6A 1FFRA 2ZIDA 1Q4NX 4ZE5A 4CCEA 1HL9A 3WUFA 2EBNA 1JNEA 2OYMA 5A8PA 4D6IA 4PMRA 5E6ZA 3MUIA 3NJ3A 1XD1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMJ A;  3SCR A;  5GNZ A;  5DT7 A;  3CZK A;  4W87 A;  3WY1 A;  3PBG A;  2A3A A;  3ARP A;  5E09 A;  2UY2 A;  4TX8 A;  1W9V A;  1TZ7 A;  4AD5 A;  1GPF A;  1DWH M;  1DTU A;  1V3M A;  4CN6 A;  1VFM A;  4AWE A;  1HP5 A;  2C8N A;  3KZS A;  2DT3 A;  1J0J A;  1BG4 A;  1QHZ A;  4N0R A;  2XSB A;  2YDS A;  4BCE A;  2VX4 A;  4ACZ A;  1FP8 A;  1XYZ A;  3QOK A;  1M53 A;  4ML4 A;  3EDK A;  3VD7 A;  4DUV A;  3CMG A;  2JEP A;  3WDP P;  1ZS2 A;  1LG1 A;  2FDM A;  1E4L A;  1IZJ A;  1HVQ A;  2VVS A;  3VDC A;  1UA3 A;  2DSK A;  1E5N A;  1MWO A;  3ZST A;  3GZA A;  3VPL A;  1FA2 A;  2D24 A;  4HA4 A;  1QBB A;  1TMQ A;  2ZWY A;  1CXE A;  1BTC A;  4P7L A;  1UZ1 A;  4TXE A;  3L4Z A;  2VRQ A;  1JZ6 A;  2WNW A;  3MU7 A;  5HDR A;  3WMB A;  3WNN A;  4AZI A;  5BYW A;  1E5J A;  3CUG A;  3FAX A;  1WDR A;  2X05 A;  5C70 A;  1OIN A;  1E6N A;  3N13 A;  4D71 A;  1QI3 A;  2X1I A;  4A3Y A;  3WF4 A;  4B16 A;  2WC3 A;  4P7O A;  1UWI A;  3MUZ 1;  1BQC A;  1HKK A;  4P8X A;  4AZC A;  3K4A A;  1NOU A;  2WMF A;  2GUY A;  3CUI A;  1V3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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