4DXV | Genus

Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7748343928002543__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7748343928002543__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DXV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7748343928002543__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7748343928002543","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DXV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7748343928002543__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Acinetobacter baumannii
publication title	Crystal structure of Dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii complexed with Mg and Cl ions at 1.80 A resolution rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2012-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4dxvA00

2CLLA 2ZA1A 3I7QA 4JTTA 3W83A 1O5XA 2PRLA 3DH7A 2ZYFA 1L6WA 1K8XA 3W1QA 3W73A 1AG1O 3INPA 4JNMA 1DJNA 1SO6A 3S1VA 4AB4A 1OK4A 5HWMA 2WSYA 1Q6RA 3TAOA 2Z6IA 4WZHA 2Y63A 1JRCA 2JKPA 5FF3A 3VI2A 3NQCA 1OVDA 3LCWA 2V30A 3C2FA 2GJNA 2P0OA 3DKJA 5C54A 1WV2A 4WQ6A 2OJPA 2DORA 3NL3A 4N4QA 4JTFA 3ABSA 5TQLA 5LGZA 2H3DA 1X1OA 3W7NA 4O14A 3C52A 4FX7A 4R33A 5TBOA 4A2RA 1R30A 4RV8A 4UNKA 4Z0JA 5AFDA 2QCCA 1GOXA 2DZUA 1AL7A 3W87A 3C2VA 3HF3A 3B06A 4N9CA 4H3DA 1JCYA 4ZQMA 3PR2A 3P5ZA 4LVFA 3W7KA 3W75A 1F6PA 3BLEA 3QC3A 2A21A 1AMKA 3LRLA 1G7VA 4N02A 1FY6A 2FPTA 4M6QA 1EPXA 3NVTA 4WY0B 1KW1A 4UFJA 5AHMA 2QAPA 4O57A 4HPJA 4XQ6A 2E5CA 8TIMA 3GIYA 4DF1A 3QPYA 1WA3A 1NEYA 4EVZA 3A5VA 3E96A 3HGRA 3W84A 2ATMA 3LXAA 1FDZA 3P67A 4J9JA 3DFPA 3CT7A 1W1ZA 1NAL1 1SU5A 5CSRA 3OA3A 1YXDA 3BG5A 1F74A 3EWXA 5BW6A 1I45A 4FO4A 3M1ZA 1YTDA 3R13A 3QW4B 1C29A 2E1DA 4IMGA 4DQWA 5DBUA 2Z2UA 3M44A 4JDBA 2PE4A 3TROA 4AEOA 1DOSA 4YCOA 3LTYA 3PG8A 3TFXA 1GWJA 1GVOA 1MZHA 2PCQA 3MP4A 1QPRA 3NQ2A 4JY9A 1F76A 4ZL1A 2HS6A 4LS0A 1QDSA 3WJSA 5ABTA 3MHFA 2Z1BA 3NL6A 3DFOA 3UWUA 3QPZA 2GJLA 1LOQA 1IIGA 3CPRA 2HTMA 5KMYA 3NPWA 2A7NA 2JGYA 2WNNA 4BFAA 3ZWTA 1G4TA 3FOKA 4BWLC 4WJEA 3M0ZA 4FXSA 1TPUA 1L6YA 3B0VC 1JUKA 1SFLA 3NQAA 3DHDA 4HIBA 3PM6A 1H7WA 4UFMA 4O4VA 3N19B 2QCHA 4OV9A 1QWGA 1JRBA 2VFFA 3T40A 2V9DA 1OX6A 2V2CA 4UR8A 1GTHA 3G18A 4FNTA 2E6AA 4O0ZA 2CWNA 5CPNA 3LTSA 1V5XA 1TRDA 1K3UA 2DZSA 5K9DA 2X30A 2VEIA 2NV2A 1RD5A 5K4ZA 1TPC1 2QCDB 3STGA 4Q32A 5BMXA 1LRQA 4KKXA 4NJKA 1W5PA 5I3KA 1OFQA 3UXAA 1E51A 1QOPA 2G95A 3U6WA 1YXCA 4O17A 1VZWA 1I2QA 4P61A 4QNEA 3TH6A 1LBFA 2GQ9A 3BW2A 1FDJA 3TSDA 5CZTA 2OT1A 4IWWA 1PL9A 3QQ1A 1TTIA 5D38A 1EP3A 2NX9A 3KVLA 4XBKA 1KLZA 2WPBA 2WV8A 4OT7A 1QNVA 2H8XA 1TTJA 4JDYA 1TPDA 3L2IA 3HG2A 1R2TA 3ZS4A 1M6JA 3W07A 3W7RA 4P2VA 2PRHA 2ZRVA 1I8JA 3CU2A 4RX0A 1VGAA 1W8SA 2W0UA 4Q33A 3HGOA 1ALDA 2H8ZA 4AHPA 4HKPA 1CI1A 4DELA 1RZMA 2OCZA 3EKZA 1LM1A 1IXQA 2EF9A 2YYTA 3DENA 4YCPA 4O15A 1Q6LA 3NPUA 1XI3A 3PSVA 3GKFA 3U2OA 3W1TA 2X1RA 1T99A 4LV9A 3W1RA 5EBUA 1A5AA 2FTPA 4O11A 2J9XA 1VHNA 1PCKA 3GX9A 4UTLA 3USBA 4GUGA 1ZAIA 4JX4A 4WY0F 5D05A 3I65A 2NWRA 5BMWA 3TQVA 4FHAA 3DGRA 4UTJA 4U28A 2BTMA 1F2JA 3P7YA 3ABOA 5D2WA 4JTLA 2Q8LA 4AAJA 1SR9A 4W9TA 1H1ZA 3ZWSA 1JCMP 1OFOA 2C18A 1YXYA 2VFGA 1VS1A 2X1SA 1DKWA 3FYOA 4N4PA 2ISSA 2FFCA 4AWUA 3MW7A 2J6XA 4MYAA 3A5FA 1B57A 4AHOA 1VCGA 4TMBA 4S2BA 2YPIA 4LU0A 4K6AA 4ADSA 4TIMA 2OT0A 2TYSA 3NL5A 4DF2A 1S5TA 5AHEA 5FESA 3UXDA 1YDNA 1H7OA 1O95A 1YPFA 4JD4A 3N9SA 1B4KA 4Z1BA 1TCDA 4K7YA 1EP2A 3CLMA 4JIPA 1WX0A 2CZDA 3HQ1A 3I7SA 3LHYA 2ZA3A 3GAYA 4WXZA 4BI5A 1IXNA 4AF0A 4ZQOA 3TV8A 2PRMA 2ZZ7A 2ABAA 7TIMA 4G1KA 1M7OA 4UR7A 3W1UA 1TV7A 3A23A 1LRTA 2V5LA 3A21A 4NT0A 1AW2A 1DQWA 4MIMA 3FJ6A 1DQXA 1FBAA 1C8VA 4NVTA 4NNAA 4YL2A 3UQNA 3CM4A 2FDSA 3M47A 4JTKA 3TE9A 4X9SA 5CZ0A 1BKSA 1KV8A 3PUDA 3FKKA 5AHFA 3LCGA 3NQDA 3S0CA 4ZQRA 1OG0A 1X8FA 3CWNA 4NXKA 5U7SA 3HOJA 2ZRUA 3E0IA 4IMCA 5TIMA 4NUWA 1VC4A 2ISVA 2NX3A 2I9EA 4I7WA 3HIJA 3NL2A 3P60A 3GB6A 5HR6A 5LNWA 3S9YA 3PY2A 1P0KA 3G0SA 4LW7A 1Z42A 2DZWA 3EXSA 2BSLA 1YLVA 3NQEA 1XBZA 1K7XA 4UIOA 4QIUA 2NV1A 2YGYA 5I3JA 4O4WA 5HINA 1JCLA 1X6UA 5FF0A 3EEGA 3GK0A 4K38A 2O7QA 2X1TA 2GQ8A 1OABA 1I2RA 4H6KA 3I6RA 3W1PA 4UTWA 3GXTA 3UY8A 1KFLA 2YSWA 3CTLA 2LLEA 4K7VA 4U4MA 4UFKA 1O94A 1SO4A 2Q8ZA 4MUZA 1XUUA 3R89A 3G3MA 1GQNA 4HT3A 4KFOA 5EMUA 3PBWA 2QCEA 4IJBA 2CW6A 2C19A 1GVQA 3STEA 1TREA 1ZY9A 3LTPA 5LNRA 4A3UA 1D3GA 2QR6A 3RNDA 1GVFA 2B7OA 1KM0A 4O28A 3TW7A 3LI1A 4DO5A 1YTKA 2CZ5A 2WNZA 3IIZA 3NPVA 3P8JA 1LP6A 1J4EA 1T8XA 5LSMA 3LHWA 2VEMA 3QW3A 4JN6A 3ABRA 1H1YA 2DZVA 1TPEA 4QISA 3EWYA 3UWVA 3O05A 4UCGA 1R47A 2R91A 4K39A 4I7VA 3LERA 3TAKA 3RF9A 5EY5A 3TMLA 3B05A 2Z0IA 1GVRA 1F6KA 3RMJA 3NZ1A 3CIWA 4JX5A 2NXHA 2A7PA 4L4MA 5D04C 3W7CA 1RQEA 4PFMA 4M6PA 1XC4A 4PTNA 1UCWA 1EWDA 2QCNA 1FDYA 3THQA 4M5PA 4GNJA 1QFEA 3C4UA 3W1XA 2QCLA 1V7YA 3W3OA 2YFNA 1OFPA 2BWGA 2QCFA 5LNUA 2NUXA 2NXIA 4KWWA 5KITA 1T0OA 3BARA 3NOEA 4IX2A 4LVDA 3BGJA 3TMQA 3UWZA 5AC8A 3UD6A 3NA8A 3WFAA 3LHUA 5HWJA 3DZ1A 5IM51 3KRUA 5H2ZA 1JR1A 1RQBA 3LXBA 1LZOA 1JULA 1J5TA 3ANYA 3MI6A 1VQTA 2DP3A 2GUUA 4FF7A 2IQTA 3NGJA 4XUGA 3G8RA 3S1XA 3DI0A 3GZ3A 3LI0A 2GVJA 3FA5A 2GOUA 1A53A 4ONVA 1QOQA 1I4NA 3M16A 3TW6A 1KTNA 3QMTA 3LGEA 1GZGA 3N34A 1Z41A 1HUVA 4Y8FA 4CCCA 3G1AA 5DY2A 4CNPA 5IBXC 4CNOA 4IPJA 4UC5A 1ZENA 2WSRA 2PC4A 2FPYA 3L5MA 2Y89A 4TMCA 5HJLA 4JXCA 3NQVA 1GG1A 4HNNA 3PC0A 1FWTA 3WJYA 4OGZA 1PIIA 3NQFA 2VEKA 4DXVA 4NJIA 4RCXA 1L9WA 5CG7A 5D02A 1TV5A 4LWWA 3TUUA 3N2MA 5K9XA 3UYCA 4ORMA 4Z08A 2E6DA 1W5OA 3M5ZA 3QYQA 2C6QA 1XCFA 4MKNA 4UTHA 2RH9A 4LS2A 4XTIA 1TB3A 3CEPA 4WOQA 2CZFA 2NLIA 2H90A 4HNVA 3LDVA 2TSYA 1Q45A 1ML1A 5EL1A 3SGZA 3TDFA 1FCVA 3W74A 1PVNA 2FIQA 4NZFA 2FPVA 4MLRA 1ME9A 4OU1A 5E93A 1QPQA 3QMRA 3ELFA 1VLWA 4N6FA 4NNCA 4O1AA 1FQ0A 1DJQA 4JIQA 4LY8A 2ZRZA 1TRIA 2Y7FA 2QCMA 3UWWA 3P61A 2A5HA 4RLIA 3PS7A 4KWVA 3W2JA 4LNYA 4HN4A 4Y90A 4EIVA 3O63A 1VLIA 4MFDA 4RK8A 1O60A 1SZEA 4AF0B 3QF0A 4M7SA 3OIXA 1XKYA 3MWAA 5FEPA 1VR6A 1WBHA 1XDLA 1K03A 3EKLA 3P5YA 4Z0SA 4MZ8A 5K3VA 3WJZA 1F7BA 3PBUA 5KSWA 4O19A 5A5WA 2UV8G 2C14A 3A9IA 3W86A 3STCA 2A85A 2A2IA 3JR2A 2ISWA 2QUVA 3KXQA 3GNNA 4UTWC 1TQJA 2RKXA 1I2NA 1R2SA 1LROA 1N7KA 3PSWA 1MSSA 5DXXA 4UTKA 3LCLA 5DN1A 2E6YA 2CLIA 1N8FA 1KFEA 1XBXA 3HGSA 2NUYA 3VFLA 3JRKA 3TK7A 2A0NA 3TC7A 3EX4A 4ADTA 5AOUA 3L66A 1ZNNA 4FNSA 5FF2A 4UTMA 4RXGA 3GYEA 4HHPA 3WK2A 1RV8A 5G4WA 1QPOA 2EKCA 4RXFA 2Y7EA 4O16A 3SJ3A 5K9CA 3BV4A 2QJHA 4X22A 4A2SA 1ZALA 2Y70A 3H55A 1H50A 1TMHA 1KM2A 1KTBA 5C55A 4QQ3A 2JKAA 5HMSA 2EGZA 2YXGA 1AK5A 4MZ1A 3LHZA 5DLCA 5C2XA 4C1KA 4R53A 3WJWA 2P10A 1C9DA 4HSOA 2V5BA 4JTJA 4N9DA 4DO4A 3PWAA 2VEPA 3O6YX 5AC6A 3G1XA 1ZJIA 4GXMA 3P84A 3RU6A 3S1WA 4Z1DA 3W2KA 1LTDA 2B0MA 4FEZA 2HMCA 2VKZG 4WOZA 2Z6JA 3P8IA 3BK0A 4O53A 3NQMA 1KM4A 4LRSA 3TQ0A 3IVSA 2OX1A 5L9FA 3LLFA 2FJKA 2C13A 4ZQPA 1ZFJA 3FIGA 4BK9A 3GKAA 2H3BA 4IUOA 5AHLA 3NR0A 4XWUA 3SIZA 3TSBA 3W7PA 3GDKA 4LUJA 1P5BA 1TPFA 3N2XA 1WQ5A 1KM1A 3EX2A 4JTIA 2F84A 3W2UA 4Y96A 5F4XA 1DBTA 3FJLA 3LCXA 4JGDA 5C6MA 4JICA 3B04A 1LLWA 5KZDA 3RFAA 3NQ7A 1ADOA 1W56A 1DV7A 2G97A 2ZRXA 4MVAA 4B5NA 4Z1CA 4IOTA 4N6EA 3NNTA 3Q94A 1LBLA 6ALDA 1SZGA 3SGUA 5HUPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4DXVA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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