4E2DA

Structure of the old yellow enzyme from trypanosoma cruzi
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
ATFPELLRPLKLGRYTLRNRIIMAPLTRCQATEDGHVPRTESMLKYYEDRASAGLIIAEATMVQPNYTGFLTEPGIYSDAQIEEWRKIVDAVHKKGGLIFLQLIHAGRAGIPEKILQQPKSDQDPLAGRLLAASAIPIKDHRIPAYFAASGEKETYGVPEELTDDEVRNGIIPLFVEGAKNAIFKAGFDGVEIHGANGYLLDAFFRESSNKRQSGPYAGTTIDTRCQLIYDVTKSVCDAVGSDRVGLRISPLNGVHGMIDSNPEALTKHLCKKIEPLSLAYLHYLRGDMVNQQIGDVVAWVRGSYSGVKISNLRYDFEEADQQIREGKVDAVAFGAKFIANPDLVERAQHDWPLNEPRPETYYTRTAVGYNDYPTYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High resolution crystal structure and in solution studies of the Old Yellow Enzyme from Trypanosoma cruzi: Insights into oligomerization, enzyme dynamics and specificity
rcsb
molecule keywords Old Yellow Protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 137
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4e2dA00
4O54A 1EWDA 1QOPA 1KM1A 1U5JA 3NL2A 1ZY9A 5KINA 3W7CA 2C3ZA 3NPWA 3L66A 4O12A 3GIYA 3TXVA 2QCNA 5BOOA 3B4UA 4A3UA 1Q45A 3PBVA 1IF2A 3CM4A 1TYGA 4ICNA 4K8HA 3M41A 2DJLA 4UNLA 1EP1A 3NXFA 2ZRZA 1JRBA 3C8FA 4JTJA 1TB3A 3RMJA 2TRSA 3QJAA 1QDSA 4ADTA 1HG3A 5ABTA 8TIMA 3W6YA 3MYPA 4DPPA 3RNDA 3BVJA 3OG3A 2XN1A 5HNRA 4OHQA 3SI9A 3QQ1A 3GAKA 4NJJA 3TROA 1VZWA 3TQVA 3KRSA 2VC6A 4NUWA 4R34A 5CG7A 4LY8A 2WSQA 3LBMA 3BPWA 4O4VA 3LLFA 3S5OA 2QF7A 3O16A 4N4PA 3NQEA 1ME7A 5K9DA 3LB0A 1SO4A 4JTGA 3TSBA 3IV3A 3ABSA 4O4WA 2J24A 4JTIA 1P4CA 3HGJA 3VNDA 2Y61A 1TQXA 3W74A 3F03K 3ABRA 4FNRA 3PSWA 3BW2A 4WQ6A 2E6FA 3H53A 1KFLA 4AEOA 2YYUA 4WY0A 1RR2A 2E5CA 3W1TA 1VPXA 4Y96A 3W1QA 3T7VA 2D73A 5DELA 1NFBA 2C1HA 3HGRA 5CZSA 4LT9A 4N2YA 1H51A 1JCLA 3W2UA 5LHFA 2A5HA 1QPNA 3FEMA 2ISWA 3TC6A 4TR9A 3CU2A 3AO0A 4M7SA 4G1KA 3PVFA 2QEZA 3STCA 3K30A 1WDWA 4X9SA 5G2WA 1GYNA 3CTLA 2CZDA 2Q3RA 3HPZA 3S1XA 1JCXA 5I3FA 4UFMA 3SJ3A 2P10A 5CZ0A 4M6PA 4UFIA 1TTJA 3C4UA 3P62A 1L9WA 1AK5A 3P7YA 2P1FA 2YSWA 4NNAA 3HBLA 1J5TA 3T4CA 3W1UA 3TDFA 2G95A 1WBHA 5C6MA 4UMAA 3NPXA 2AAMA 3BO9A 1OK6A 3THAA 3B0UX 1K7EA 1WA3A 3L0KA 4FXRA 2CU0A 2WSRA 1D9EA 1XFBA 5FF3A 4MJZA 4NJKA 3W7DA 3GDMA 3TJXA 1KM6A 4UMBA 4K36A 3S0CA 5D2TA 2AQWA 1AW5A 3OA3A 1SFJA 1F7BA 4N9BA 3VCRA 4CQAA 1EEPA 3NQ8A 2CLHA 1SW7A 1VYRA 2DZSA 4JTKA 1AL7A 4UIOA 3O6CA 2A4AA 1ME9A 4NVTA 3GDKA 2TSYA 3W76A 1G4PA 5AC8A 3FLUA 3GR7A 4N9EA 1K03A 3G8RA 1EPXA 1H7XA 3BLFA 2CLIA 1OVDA 1HFBA 1PHQA 3NQGA 1TPC1 4WX2A 1OYAA 1OFDA 4K6AA 1GVFA 1DQWA 2WNQA 3NVTA 4WD0A 1UASA 1X8FA 2WO5A 3NG3A 4OGZA 2BXVA 3INPA 5HR7A 4AXKA 3GXPA 1ZJIA 3W7HA 1A53A 4GUHA 2E5BA 4O53A 5D37A 4FX6M 4Z1CA 4S1FA 3TJLA 4XKYA 3M43A 4BFAA 5FF0A 1X1OA 4JEQA 1PCKA 5DXYA 3ZWTA 3TKFA 1TCDA 1IIHA 4JYFA 1DBTA 1BWKA 3N9SA 1YDOA 3UNDA 3W88A 3B0PA 5LSMA 3HG5A 1WOBA 3S6DA 4RCXA 1MO0A 2ZCGA 1Z42A 5CPLA 1FQ0A 2TPSA 1W5NA 4K7VA 4FIRA 4QQ3A 2QKFA 4M6VA 5HQEA 4D2JA 2A1YA 4XQ6A 3BG5A 5CKSA 3I7RA 2X2GA 2VEMA 1A50A 3P5YA 5DCEA 4MZ8A 3ABQA 4MLRA 2QAFA 3E0IA 1K8ZA 4QJ1A 1TRIA 3UWUA 3WK1A 1TTPA 4NJIA 5F2IA 3PAJA 5EPDA 4UTWC 1K3UA 2OCZA 1P0NA 2JGQA 2H3BA 4N02A 4W9TA 2G97A 4ZQPA 4AWUA 1MSSA 5F2GA 1TIMA 3TSDA 1TMHA 1TTIA 1V5XA 5FESA 1LOSA 4RXFA 4YL2A 5LNRA 4HIBA 3WJWA 1D3HA 2NXGA 4OT7A 4O15A 3M5VA 1H60A 1EB3A 5KZEA 2EPHA 2ZRWA 1WAUA 1F6PA 1O95A 3NZRA 4A21A 3W72A 5EY5A 2X30A 4AHOA 4LC8A 5I3IA 4C1KA 1HO4A 3PB0A 1UBSA 5DY2A 1VCFA 3FIGA 1H61A 5FEPA 3I7SA 5AB3A 5D2VA 5BMWA 5BW6A 4H4IA 1ML1A 5G4WA 3QMSA 3NQ7A 1OFAA 1GWJA 4GNJA 1FDYA 3KFTA 3SW6A 3TMLA 3IVUA 5DBUA 3M47A 4X3ZA 2J9ZA 3MYOA 1FWSA 1LP6A 4TMBA 3G18A 3EWYA 2JK2A 2C19A 2VFDA 3IVSA 1U83A 1WBJA 2JKEA 2RDWA 2J27A 4KWVA 1QPOA 4GE8A 1L6YA 3GDLA 2V2HA 2J6XA 4HNVA 3IIZA 5AC6A 3SIZA 1SZGA 4IUOA 4LS1A 1X6UA 1QWGA 4JY8A 2CLFA 3DZ1A 1LORA 3G0UA 2NXHA 2UV8G 1AL8A 4HHPA 3N2XA 4IPIA 2BZNA 4LWWA 1W5QA 1K8XA 1JUBA 4S2CA 3TC7A 1XDLA 3LRMA 3TA6A 4CCCA 1W31A 3PSVA 2NX3A 4UTHA 3LM7A 3M44A 3ZS4A 4ZMGA 4MUZA 4CCEA 1IXNA 1YXCA 5CZJA 2I1OA 4FNQA 3G1VA 4J9JA 4DBEA 2AGKA 2NLIA 1HL2A 3EWZA 3LLDA 3UY7A 3HIJA 3I6RA 2CLLA 3IVTA 5DXXA 1SO6A 4AVFA 4AHPA 4Z1BA 3RLVA 1RPXA 3GAYA 5KZMA 2RKXA 5KTLA 2E6DA 2G5WA 2VELA 4I7UA 3G1FA 1SO3A 1JUEA 1KFBA 1NEYA 4EVZA 5IBXC 4UR7A 3LTYA 4WJEA 2A21A 3PBYA 3N19B 1RD5A 1XL9A 1T99A 4MY1A 2FB3A 3KAOA 2QJIA 3LDVA 3TCEA 1LTDA 3GB6A 1ZAJA 3KVMA 4LUIA 2X1TA 3O8AA 5H91A 4EF9A 5G5IA 3G22A 2I14A 4AHQA 3C2OA 3EWUA 2WOQA 1YTDA 1BKSA 2QCCA 1OF8A 3CIXA 1LYXA 1QMLA 2DJXA 3W7JA 1AW1A 2QCGA 3I7QA 4PEKA 1IXOA 1EUNA 4TX9A 5EKYA 1H1ZA 2OT0A 3VI2A 1KM2A 1GTEA 2GVJA 4CNNA 3LHVA 1SO5A 2I9EA 3PG9A 1TTQA 2NUYA 5AYYA 4ZQCA 3C2FA 3WK0A 4JX4A 1NAL1 2YFNA 5L6UA 4WXYA 5C54A 3TUUA 4PC8A 1GPWA 1SW3A 4NNCA 1B57A 2H3DA 3P74A 3MUXA 3S1VA 5I3GA 3LCXA 1LDCA 1X1ZA 1FUYA 4IX2A 1VJIA 4NQ1A 2ISVA 2ZDRA 2J9YA 4UNKA 4YCPA 1FXPA 3MW7A 3TAKA 2QUTA 4C1LA 3BK0A 3PF3A 3NQAA 3S5NA 4ZQMA 2LLEA 4RZ5A 4DF2A 1CX9A 2EGZA 2YDAA 4O18A 3EWXA 3HMJG 3C6CA 5C5YA 1GOXA 3GKFA 5HMSA 5K9XA 3GYEA 3FJ6A 5D33A 3NYZA 4Y6GA 3EXTA 1P0KA 4O0ZA 3NAVA 1LBLA 3H54A 3PY2A 5K4XA 1F6KA 4O50A 5EYWA 3KHJA 4JS3A 1FCUA 1GEQA 2CZFA 3CQ0A 3W1LA 4O14A 4OQVA 1YXDA 1M5WA 3DFSA 4PL2A 4OV9A 3CHVA 3C0JA 1H63A 3NQCA 3WJYA 4NX5A 1GZGA 3M9YA 3R12A 3HGSA 4B5NA 1TO3A 1FCVA 3LOTA 4UUIA 3QPZA 2VEIA 3M5ZA 4BWLA 4RKAA 1V7YA 3C3NA 4DPQA 1P5BA 3LTSA 2NUWA 1QOQA 1TPUA 1IGSA 1DV7A 2ATMA 1FDJA 4ML9A 2VEKA 2RFGA 1XUZA 5A5WA 3MWAA 3EX2A 3P8JA 4QIUA 3GNDA 1DVJA 3G24A 3UPWA 1OFOA 2Q3OA 4GUIA 5E1QA 4ADSA 4FO4A 2X1SA 3UQNA 3S5YA 2W0UA 1ADOA 1YTEA 3PUDA 4NXSA 4JTUA 3M5YA 4GC4A 2YGYA 3QW3A 4Z08A 3THQA 3GKAA 3O6YX 1PIIA 3FYOA 2VFIA 2GUUA 1GG1A 3PC0A 4AB4A 3GXNA 5C55A 3TXZA 3P61A 4MVAA 4YMZA 3NO5A 3W1NA 4NNBA 3CEPA 2V82A 2QAPA 1TPVA 3DKLA 4DELA 1QNVA 1EP3A 5D2WA 3USBA 4QAIA 1TSIA 3W2JA 4MLJA 4PA8A 1CW2A 2NX9A 3LBCA 4FNUA 3VKJA 2BWGA 2WPBA 1KLYA 2FPVA 4QSHA 4CQ9A 3UY8A 4M19A 2ZRXA 4RZ6A 4YLWA 4GWEA 3E9AA 5DN1A 1DOSA 4UCGA 1HO1A 4LRSA 2DZVA 5D32A 2A2IA 1P1XA 2Y6ZA 3HQ1A 2JBMA 3PBWA 4MPQA 4DEFA 3G8EA 1LOQA 4ZQRA 3UWVA 2Y85A 1DHPA 3M7WA 4RK8A 4DO4A 3UWQA 4MYXA 4ONVA 3IIXA 5U4NA 4CNPA 1KM5A 4WOQA 4GFSA 4LTSA 2CWNA 1TV8A 4DQWA 2W6RA 4PL1A 4ZZ9A 2DU2A 3EX6A 3DFTA 4LW7A 2C15A 4RXGA 4P61A 1T96A 1VC4A 3RLUA 3SZ8A 3LCIA 1H7NA 3W7EA 4LRTA 1K8YA 1OX5A 4UFJA 3LCWA 4AMAA 5HULA 2V0TA 3SY5A 5G2HA 2F7FA 1KA9F 1EP2A 3NPVA 1I2QA 4MFDA 3TK7A 2X1UA 5G1TA 4A2SA 5AC7A 2P0OA 2VOMA 3SGUA 4MKNA 2XN2A 1PE1A 5LZLA 1RZMA 1G69A 3NZ1A 2FFCA 3DU0A 4JGDA 4UFLA 3TV8A 3E96A 3NNTA 1LROA 1S5VA 2IQTA 2GVGA 4MJMA 5AYXA 1HUVA 1R2RA 1CI1A 3G1DA 4UTMA 3QW4B 5F4SA 1FWTA 5AOUA 3L21A 3PBUA 1FBAA 2GJNA 3O07A 1XBXA 1N8FA 2PRMA 4O52A 1KFCA 3F4NA 3STEA 3JS3A 1UB3A 5AYZA 2PRLA 1PHWA 2YX0A 4LVAA 2FPYA 3WJZA 1SZFA 3CPRA 4KKXA 3W7IA 1SU5A 2FQIA 4LVGA 5T26A 1W56A 3N2MA 1WV2A 1G4TA 2PRHA 3UXAA 4POCA 1KBIA 4FNPA 3IGUA 2BSLA 4BR1A 2TYSA 2C13A 3KRUA 4JTFA 4JTTA 4LNYA 4BI6A 1K7XA 2R14A 3W7NA 1AW2A 4Q4KA 4JDBA 3W7RA 1DORA 1K02A 2E6YA 5CPNA 4O28A 3PM6A 1W37A 1W5MA 2J88A 1LRTA 5K2ZA 1JQVA 2CZ5A 4ALDA 1DJNA 3RFAA 2VFHA 4NT0A 4O8RA 1W0MA 6TIMA 2CLKA 5LGZA 3A23A 3BGGA 4UTTA 1Q6RA 1KM4A 5LNUA 1VLIA 1JCNA 3UPBA 3E02A 1GT8A 3NQVA 4GUGA 3PB2A 3W1MA 4WY0F 4LVDA 3GXTA 3DENA 4BWLC 1JVNA 2C18A 1QPQA 3GLCA 1D3GA 5CPOA 1ZAIA 3WK2A 4BI7A 4JTSA 3NL6A 1QPRA 5D02A 4GJ1A 1BTMA 2ZBTA 4Z1DA 3QQ0A 2BTMA 2HSAA 1T8XA 2WKJA 1B4EA 3L2IA 4JDYA 3BW3A 4UTKA 3FFSA 2EHHA 3OEXA 2YYTA 1F73A 1DQXA 3DFNA 3QMTA 3NQ6A 2DZPA 5J5DA 1VGAA 1G67A 4JTEA 3W9ZA 3IIOA 2QJGA 3EB2A 1KTBA 1FWNA 3LCFA 3TX9A 4K8EA 3HG2A 1X7FA 2YCEA 3T78A 3B06A 3PR2A 4UTIA 3W2MA 4JTHA 3NL3A 4Z0JA 5IM51 1UUOA 4A29A 1ZFJA 3P82A 1QCWA 3E12A 5G4EA 4NJGA 1ZENA 2GJLA 1LLWA 5KMYA 3Q37A 2Z6IA 4YXGA 4I9AA 5TQLA 4DBDA 1I8JA 3W73A 2VKZG 2A7NA 5I3HA 3DFQA 3LHWA 2V2CA 4CNOA 4FF7A 1JCMP 3CLMA 3M16A 5FF2A 3HPXA 2A85A 4EOUA 3NDOA 1TPDA 2ZRYA 2HTMA 2Q8LA 3QPYA 1OYBA 4IQLA 4IMEA 5D05A 1F2JA 1VCVA 5BNKA 5HWJA 3SECA 3QSTA 3P5ZA 1VQTA 4QITA 2ZA3A 1PCWA 3C52A 2A6LA 3KVJA 3EKLA 3EWWA 1XBZA 3S42A 5D30A 2Y88A 3EXSA 3SR7A 1Y0EA 5AHEA 3TU9A 1DKWA 2CLMA 4TIMA 5KZDA 3C56A 5HR6A 2DZTA 1I45A 2Z0IA 3PG8A 1LLZA 5HWMA 1OX6A 4IXXA 3W87A 3L0GA 5K7JA 1ICPA 2GVLA 3HJZA 2BLEA 3OVRA 4NX0A 5G2IA 5F4WA 4EF8A 1Q6OA 4RV8A 3ATZA 1VCGA 3GNNA 4N4QA 3W70A 1KFJA 4KFNA 5FEZA 4H3DA 3OVQA 4ORMA 2GQAA 2DZXA 2QDHA 4JD4A 1VR6A 2V5LA 1GVRA 4UMCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4O54 A;  5KIN A;  4G2D A;  3R0D A;  1OCB A;  3L66 A;  3A4X A;  3NUR A;  4FMV A;  2ACU A;  2PDG A;  3PNU A;  4A3U A;  1IF2 A;  4K8H A;  1VFM A;  2PWV A;  4IQE A;  1K4H A;  1EP1 A;  4TOQ A;  3C8F A;  3WLL A;  3QTP A;  2G4F A;  3RMJ A;  2TRS A;  3T09 A;  1QDS A;  4HMC A;  1OD0 A;  4IHC A;  4WR3 A;  3U57 A;  2Z7K A;  3GW0 A;  5T8G A;  4OHQ A;  3F4V A;  4NJJ A;  1JF6 A;  3UR5 A;  1VZW A;  3W53 A;  4R34 A;  4LY8 A;  3LBM A;  3LLF A;  1V0M A;  2QF7 A;  3O16 A;  4N4P A;  4A35 A;  4Q4S A;  4BZY A;  4KMQ A;  3IV3 A;  3ABS A;  4O4W A;  3BSG A;  4MMW A;  3VND A;  3B3D A;  4C7D A;  2CXG A;  1R87 A;  4RUB A;  3WNM A;  4F79 A;  1YX1 A;  3H53 A;  5BRQ A;  1KFL A;  3UJE A;  4D8L A;  2YYU A;  1TV3 A;  1RR2 A;  2E5C A;  1GOW A;  1IT0 A;  4TV5 A;  2D73 A;  1DJX A;  4KEV A;  3CV7 A;  2F6X A;  1FP9 A;  3T05 A;  5C7H A;  2G41 A;  1PJ9 A;  1BF2 A;  3L12 A;  7CGT A;  2GDU A;  5PTD A;  1K6A A;  2O4M A;  2XVK A;  3UEQ A;  2A5H A;  1QPN A;  2H9A B;  4YJ5 A;  2ISW A;  5CPQ A;  3CU2 A;  2BGN E;  4J2M A;  2CKS A;  3PVF A; 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