4E4P | Genus

Total Genus 116

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	301
structure length	293
Chain Sequence	APLKDVYKNDFLIGNAISAEDLEGTRLELLKMHHDVVTAGNAMKPDALQPTKGNFTFTAADAMIDKVLAEGMKMHGHVLVWHQQSPAWLNTKKDDNNNTVPLGRDEALDNLRTHIQTVMKHFGNKVISWDVVNEAMNDNPSNPADYKASLRQTPWYQAIGSDYVEQAFLAAREVLDENPSWNIKLYYNDYNEDNQNKATAIYNMVKDINDRYAAAHNGKLLIDGVGMQGHYNINTNPDNVKLSLEKFISLGVEVSVSELDVTAGLAVGQAYLYAQLFKLYKEHADHIARVTFW

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__497437296350342__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__497437296350342__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4E4P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__497437296350342__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"497437296350342","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4E4P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__497437296350342__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03b4cca0419d54da0d04ce/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03b4cca0419d54da0d04ce/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03b4cca0419d54da0d04ce/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03b4cca0419d54da0d04ce/pdb.gz): 676 ms

reading 293 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

293 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:292});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Paenibacillus sp.
publication title	Novel structural features of xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase A
total genus	116
structure length	293
sequence length	301
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4e4pA00

1BFNA 1VF8A 1B31A 1OINA 4NSBA 1BYCA 2D22A 1E4MM 3PTMA 1UR1A 1UWSA 3WNNA 1XCXA 4F9JA 3IK2A 5CLTA 3ZT6A 1JDCA 1GW1A 1V6VA 2CKSA 1V0MA 4K68A 3VIMA 3BMWA 2ZX9A 2WBGA 3GBEA 1EHAA 1NOFA 3WF1A 1U30A 5AYBA 4JFWA 2VZUA 3VU2A 1FH8A 3BAIA 1NWTA 4H8HA 4H7VA 1NWRA 3W24A 1BHGA 1B1YA 3K1DA 4BF7A 3WEZA 4UFLA 5A95A 2XTKA 5GNZA 2YL8A 1KBBA 5D8WA 4OIFA 2ZUSA 1BYBA 4H2CA 4AD4A 3M7SA 2J74A 3TONA 2BXYA 2CKRA 1SMDA 2XSAA 2WM0A 3TTSA 4NI3A 3RJXA 1RPKA 5HPCA 1E4LA 2ZIDA 4P7OA 1KCKA 1UZ4A 6A3HA 3KL0A 1HX0A 4PN2A 3E1F1 3T2PA 2DSKA 2WVSA 1W9VA 3WMBA 1E4IA 1KR0A 5CSUA 1BYDA 4CCEA 3QHNA 5D9MA 3ECQA 3UR7A 2D23A 4JIEA 2IXUA 5IHSA 3K4AA 3KL5A 4LYRA 4H41A 1CNVA 3CZKA 3NDYA 1M01A 3WDPP 2ZUMA 1E0WA 2XWDA 1W3JA 3NCOA 2VZVA 3D5HA 3GNOA 1Q6EA 1H0GA 5ABFA 1JZ7A 3GXIA 2BVDA 3KE0A 4MNMA 4ATLA 1AVAA 4CD5A 5A2CA 4GZIA 2Y8KA 3W6LA 3L4XA 2A3CA 2MANA 3WBAA 1R7AA 3EDJA 4TTGA 1KCLA 4IPNB 1A3HA 1C92A 2WCSA 2CBJA 3K8KA 2G41A 4FLOA 2XGBA 3WUBA 2O92A 1QBAA 3ZJ8A 3K46A 3OZPA 3WNPA 3VMPA 4E8CA 1JG9A 3BAYA 3BGAA 1CIUA 1NH6A 3EDDA 4CD4A 4Z2GA 2VQUA 3VVGA 3IJ8A 2WVVB 1FFQA 2WMGA 4P8VA 4M24A 3PZOA 4AIEA 1E6RA 2BHUA 1TG7A 3EDEA 1Q6CA 1ISYA 1UH4A 5M17A 1W3HA 2A3HA 2EPNA 3IJ9A 2WZEA 5AYIA 4N42A 4J27A 4AZGA 2WANA 2IUZA 1UR2A 3CMGA 4H8UA 1CGTA 4EKJA 1V02E 4TX6A 2GVYA 2ZX6A 2W67A 2VR4A 3AXIA 3CBWA 5A94A 1GOWA 2JFEX 1QI2A 1JIBA 1UWUA 2EPOA 1KGXA 2XM1A 2DSUA 3W81A 1MQPA 1E15A 4M81A 4S3JA 3GXDA 1GQJA 4M82A 4JFVA 4BQ3A 1JFXA 3UESA 2DDXA 2E8YA 3I3BA 5DMYA 4J7RA 1CGVA 3CIVA 4UR9A 5HPOA 2VMFA 4TVCA 2EXOA 3GXFA 2VX6A 3ZJ6A 4LQ1A 5D4YA 2G3JA 2XFFA 5E6ZA 2D3NA 4W8BA 2Y5EA 2VR5A 4M56A 3VDHA 2E9BA 1FP8A 5I77A 3T0AA 3ZR6A 2WVUA 2J7GA 4BA0A 4D1JA 3AMLA 1D2KA 2XVNA 1JNEA 1ISVA 1PIFA 4ZEPA 1XHGA 3OA5A 1CGYA 3U7VA 2XWEA 4PUDA 5I6SA 4WKFA 1MW0A 2YBUA 1E6ZA 1HT6A 2PBGA 1JYWA 1LJYA 4J3VA 3VIOA 1VIWA 3SCTA 2EEXA 3K4DA 2DGAA 1ISXA 3LPFA 1EOMA 2VUYA 4W93A 4JCMA 4X9YA 4KGLA 4W86A 2B31A 4BS0A 4D71A 4JFSA 1MFUA 4AD0A 3W25A 3MV01 2VX7A 3ALGA 5C70A 2XG9A 1JAKA 2DSVA 5FL1A 1ZBVA 3ZJ7A 2PB1A 3AJ7A 3VGHA 5BRPA 2E9MA 3WQ6A 3O9NA 4OBRA 2D1ZA 2QMJA 3D3AA 3LPOA 1NWSA 4PRWA 5D9NA 1DWJM 3MV11 5EBAA 3A47A 3SUTA 3CPUA 1E0XA 2HISA 1J01A 2Z1SA 4JHOA 4UQBA 1GJWA 1UKOA 2ZUNA 5IXEA 3AOFA 1PX3A 3W29A 3MO4A 1Q6GA 1E6SM 1QOXA 2XGIA 1IV8A 1HVQA 3PZTA 4UCFA 1WB0A 1HL8A 1CGUA 2DEPA 4UZUA 1PX4A 4DM1A 3OGRA 5F7UA 1D3CA 4AEEA 2DT3A 4RE3A 1VRXA 2VT0A 1B3ZA 1J9YA 4GZEA 2ZUWA 1ODUA 1J12A 1KFWA 1W9UA 2W66A 4E4PA 5DFAA 1FH9A 4J28A 1EDTA 1KR1A 4CVWA 1E43A 3FAXA 3VGBA 4AZCA 4ZE5A 2BVYA 3SEPA 1H2JA 3RMEA 1AQMA 2J47A 5LA2A 1TR1A 1JAEA 1UOKA 1JXKA 1B9ZA 5CGTA 4YHGA 1UA3A 2BNJA 3UG3A 4D6FA 1XH1A 5JBFA 1JZ4A 1KXTA 4MPKA 1CXFA 3W37A 1EDQA 4UTFA 2BHYA 5I79A 3ZT5A 4LYPA 3N12A 3VUPA 1JL8A 2WHMA 1J0HA 1ITXA 4P7QA 2GK1B 2GJXA 3WL0A 2CERA 1HL9A 4WLCA 1GHRA 2WMIB 4A3YA 2VO5A 1VB9A 1PZ3A 3BSGA 4CN4A 3VD9A 1FOBA 3FAWA 2CYGA 3KEHA 1BG4A 1B30A 3PZNA 3WH6A 1NOWA 3PTKA 4BQ2A 1O6IA 4W7VA 3VNZA 5A6LA 2J8FA 3PTQA 2WZIA 3CZGA 4XZWA 2E4TA 3K8LA 4GZJA 4HOWA 4TX8A 1CEOA 2DIJA 2V5CA 1KQYA 1ZBWA 5I23A 1K6AA 1TMQA 2ZWYA 2G3NA 5FL0A 2CBUA 1IZJA 4W84A 2QLYA 4WF7A 2GSJA 4BQ4A 3WF3A 3ARTA 3FHQA 2E0PA 1CXKA 4HA3A 1R87A 4DUWA 4MNJA 4UQCA 3AMKA 2NSXA 3AMDA 2OYMA 4GI9A 5A6AA 4IPLA 2YLLA 1W2PA 5A6MA 1GONA 1S46A 2WCAA 2Y24A 1CYGA 1GOKA 3VDAA 1C8QA 4J3XA 1GNXA 3B9EA 3QGVA 2GJRA 1WZMA 1CXLA 2X2YA 3AROA 2J25A 1KBKA 3CHEA 3CGTA 2WWCA 4FLRA 4GKLA 4MAZA 2JIWA 3L2MA 3MANA 3I3DA 1HVXA 1UWTA 2TAAA 4W87A 1SYTA 1BG9A 4W8AA 5M5DA 1HP4A 1H41A 4XUYA 3SCPA 2OSYA 1RH9A 3WUEA 4D6DA 4D6IA 5A8PA 4AIOA 1P6WA 3J7HA 3WD2A 3BAWA 1GOOA 1UA7A 4DWSC 3N15A 3FHAA 4HPGA 4LPCA 4PMQA 5CJ5A 3WFZA 3VKKA 3M07A 2IXVA 1UD2A 3SIMA 1XRVA 3WQVA 3LPGA 4QCFA 7CGTA 4L4PA 5A69A 2FH6A 2UY2A 4RL3A 1XH2A 3L4TA 3BC9A 5EMYA 2VRKA 2F2HA 4R27A 1EA9C 2QHAA 2WZHA 4CU8A 1GJUA 1CDGA 4AZ7A 2VX4A 4Z2HA 3UETA 2XVLA 4UNIA 4OKDA 4B9YA 3RM8A 3CHCA 3A4AA 1KB3A 2VOTA 1HNYA 3SCVA 4PTMA 1O7AA 3WD1A 1MXDA 4PMUA 2BHZA 3NIYA 1KXVA 5CSYA 4Z2LA 1SFSA 2J7CA 3SCQA 5GNYA 3WQ5A 4CU6A 3TOPA 2DH2A 3DHUA 2F8QA 3M46A 3MSDA 1E70M 2VL4A 3JUGA 1UWQA 3WEMA 1OWQA 3VMNA 1JF5A 4U5IA 3A6OA 2Z1KA 5AC5A 5E09A 4H04A 2RGLA 1E56A 1H0IA 4WIWA 4ACZB 3ARZA 3PZ9A 2PWGA 4AW7A 5E70A 1PIGA 5A6KA 2DIEA 3WF0A 1JZ2A 1HKJA 4QLJA 1B3VA 4DWSA 3PZQA 2EO7A 5A8NA 3PZUA 1I1WA 1J10A 1DWGM 3WNLA 5JIWA 2AAAA 2E40A 3SCWA 5EFDA 1LL7A 3GH4A 1G0CA 3AZSA 3GH7A 4LYQA 2VTFA 3I3EA 4MADA 3VD4A 1BVNP 3MKKA 8A3HA 2WYSA 2CITA 2G3IA 4BCEA 5BXPA 2J78A 4UQ9A 4F8XA 2PI6A 2YLAA 4UFHA 1C8XA 3SCNA 1E3XA 3NDZA 2ESCA 3CZEA 3IANA 1A47A 2J4GA 4KMQA 3W27A 2FHFA 3VX1A 4LGXA 2VJXA 4FLSA 1OIMA 4NRSA 2CETA 4AMCA 1JZ3A 1CTNA 2OLHA 5BROA 1HJUA 1BSIA 1QI0A 4UFKA 3SUVA 1ESWA 3SURA 2XJ7A 1BYAA 2YA0A 3PBGA 2BS9A 4AXNA 4D6JA 3L4WA 3BH4A 2DSWA 1UG6A 1XYFA 4P8UA 3WH7A 1EIBA 1XV8A 1DWIM 1EGZA 4TUFA 3AHVA 4P8WA 4PMVA 1EQCA 1XYZA 2ZX7A 3OB8A 4AY1A 2JE8A 2E8ZA 2XUCA 3BXWA 1C8YA 3VDBA 5A6SA 1WZLA 4HP5A 1ZBCA 1F4HA 3MMUA 2DSZA 1UUQA 1WDPA 3PHAA 1V3JA 3BAXA 3CHFA 2BV9A 1KGWA 3T0DA 1I75A 3VD5A 5CPTA 1HN1A 4YPJA 4GQQA 4QDMA 3K8MA 3B8SA 1EO7A 5ABEA 4X0VA 4AZ6A 2YJQA 2BVTA 3EDKA 5DF0A 1FFRA 4Q22A 3MUAA 1TA3B 4J3UA 4AISA 3QHOA 4WK9A 4OZOA 1PPIA 3BMVA 4ZFMA 1TFVA 2YDQA 3PZIA 1H4PA 2YKKA 4GQRA 3W6MA 3RJYA 4AIUA 1HKIA 1W9PA 2ZXQA 1QW8A 3BLKA 3ALFA 4A3HA 4C7FA 3VX0A 4FK9A 1DEDA 2Y2WA 2RGMA 3N13A 3U57A 2VNCA 2XVPA 1UD3A 1UH3A 3THCA 3NUKA 4PMRA 1G94A 1GCYA 2WC7A 4AWEA 1OT2A 4PMYA 1FA2A 1BTCA 3ZOAA 2WAGA 2QPSA 3QOKA 3ZO9A 3AISA 1XSJA 5DT5A 4IISA 1B90A 3L2LA 3CZJA 1WPCA 4U2YA 4PMZA 4U33A 1LG2A 5FCZA 3AMCA 1J0IA 4V27A 4HOZA 3AYRA 1B3YA 1EQPA 3S6TA 2GUYA 1RP8A 2PWFA 4B3LA 1ZJAA 3N9KA 2VCCA 2DQXA 2AOSA 1GORA 2FHBA 1QNOA 1ISWA 2VX5A 4D72A 4WKAA 4RE4A 3WH5A 1B0IA 3WD3A 1DHKA 1W32A 2FGLA 4KRUA 1JYVA 1EO5A 3F5JA 2YL6A 2YA2A 3HJEA 2FHCA 7A3HA 3GM8A 3MMWA 2CHOA 4GO8A 1V03A 1BVZA 1GVYA 1NM9A 4D6GA 1DWHM 1JZ8A 1E1EA 3F4VA 2DT2A 2V5DA 1K9EA 1VBUA 4JAWA 5D9OA 2WB5A 3IAPA 3RILA 1PZ2A 2QV4A 1WCGA 3U5YA 1W9DM 2ZWZA 3VD7A 4HMCA 1H5VA 1OIFA 1RD6A 1KXHA 1HIZA 1FH7A 2XFYA 2WHKA 4YHEA 4TOQA 4PMOA 3WDQA 3AIQA 3CH9A 1OM0A 4QP0A 4B3KA 1QVBA 1UD4A 3CZLA 4JKMA 2WPGA 4PCTA 3OGVA 1JI2A 3ARPA 2EPLX 3ZIZA 4PTVA 2C0HA 4BZYA 3AHYA 3L4ZA 3ZR5A 3RIKA 2WK2A 1KGUA 1E73M 1V3KA 3WN6A 4WSJA 1UKQA 1CPUA 1VEOA 3AZTA 3N18A 1HF6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4E4PA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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