4EAMA

1.70a resolution structure of apo beta-glycosidase (w33g) from sulfolobus solfataricus
Total Genus 198
50100150200250300350400450050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
489
structure length
483
Chain Sequence
MYSFPNSFRFGWSQAGFQSEMGTPGSEDPNTDGYKWVHDPENMAAGLVSGDLPENGPGYWGNYKTFHDNAQKMGLKIARLNVEWSRIFPNPLPRPFDESKQDVTEVEINENELKRLDEYANKDALNHYREIFKDLKSRGLYFILNMYHWPLPLWLHDPIRVRRGDFTGPSGWLSTRTVYEFARFSAYIAWKFDDLVDEYSTMNEPNVVGGLGYVGVKSGFPPGYLSFELSRRAMYNIIQAHARAYDGIKSVSKKPVGIIYANSSFQPLTDKDMEAVEMAENDNRWWFFDAIIRGEITKIVRDDLKGRLDWIGVNYYTRTVVKRTEKGYVSLGGYGHGCERNSVSLAGLPTSDFGWEFFPEGLYDVLTKYWNRYHLYMYVTENGIADDADYQRPYYLVSHVYQVHRAINSGADVRGYLHWSLADNYEWASGFSMRFGLLKVDYNTKRLYWRPSALVYREIATNGAITDEIEHLNSVPPVKPLRH
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus solfataricus p2
publication title Designing allosteric control into enzymes by chemical rescue of structure.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-galactosidase
total genus 198
structure length 483
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2012-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4eamA00
4F9DA 3ZQ9A 1IV8A 1EH9A 1V6UA 3SCRA 4K68A 2J78A 1PX4A 4CD5A 2PBOA 4AD2A 2D0GA 3WF2A 3LPOA 2JF7A 3ZSSA 2ZX7A 2WLZA 2XSAA 2WYSA 1J0IA 2CIPA 2XJ7A 3RILA 4NRSA 3T08A 4TOQA 1MQQA 2D3NA 3MU7A 5JBEA 1BVNP 2JE8A 4ACYA 1VENA 1G5AA 1CXLA 3IJ9A 2YDQA 4NZCA 3AZRA 2W66A 4UQDA 3WUEA 1CGTA 1SMDA 3TTOA 5JUVA 3I3DA 1KBKA 4E8DA 1R86A 1XHGA 2A3AA 5E0CA 4FF5A 5M03A 3AROA 1HKJA 1XYFA 3W29A 4HP5A 3VM5A 1GPFA 1TMQA 3VGBA 4TVDA 4P7OA 4IISA 4QCFA 3DYOA 1PAMA 3KL3A 3AISA 4YPJA 1F4HA 3T2PA 1DWGM 1JFXA 2A3CA 3TTYA 1ZBVA 1OGSA 3BAKA 4JIEA 1UR4A 5LA0A 4UTFA 1E6PA 1DHKA 1ECEA 5I5RA 3MANA 2Y4SA 1O6IA 2XPKA 5A8PA 1QNOA 5GNYA 5LA1A 2JALA 3W0KA 1V02A 1C7SA 3LPFA 3VTRA 1FH9A 2J7CA 3PBGA 4GKLA 1H4PA 4B3LA 1UQZA 5DEZA 2VZVA 2WMIA 4UQAA 3ZJ7A 4TTUA 1BTCA 3WF1A 3WDRA 4XX6A 5A8NA 1OGGA 4WJXA 3FNDA 3W81A 2NSXA 1E0VA 3QHMA 5KEZA 3UEQA 2J7BA 3OGRA 2EPMX 2O92A 4D1IA 2W4XA 1VFOA 1H41A 4QFUA 3W4RA 3ZT5A 4ZEPA 1XH0A 1JIBA 4PN2A 3SCWA 1HVXA 4D6JA 2VMFA 2WLYA 1UWUA 5I79A 3EDKA 2Z1KA 4UOZA 1RPKA 3SCNA 5LYRA 2NW0A 1W1PA 1HJQA 4W86A 1V0LA 4JFWA 1WAWA 2BNJA 4MB4A 5FKYA 2WHLA 2DSUA 2XHYA 2YLLA 2ZUTA 3GXDA 1MYRA 2E3ZA 1TUXA 3SCVA 4WK9A 1C7TA 2XM2A 1A3HA 1HJSA 4Z2KA 2AAAA 2OWCA 1VFFA 1B3YA 3AZSA 3QGVA 4J27A 3F5KA 3PZIA 3T0DA 3QR3A 2WVVA 1NM9A 2WMGA 3ARWA 4UOJA 1UG6A 2QV4A 3IJ8A 2OWWA 1VFMA 3MMDA 3T2OA 4AIEA 1UKOA 3K8LA 3AS0A 3BH4A 4C7DA 1HKMA 2J25A 3U57A 1AQHA 1GW1A 1BPLB 3G6LA 4W5UA 3MKKA 4MAZA 1GUVA 4U5KA 4NF7A 2CBUA 5AYBA 1NH6A 4OIFA 2VCBA 1DWIM 3WL1A 3I3EA 2J7FA 4JCMA 1SFSA 3ARTA 1B31A 2WZIA 2WANA 5AC5A 2GDVA 4Y7EA 3RPMA 3FHQA 5ECUA 5LA2A 5HNNA 2YL6A 3WD0A 4P8WA 2J7HA 3K46A 5AC4A 1VAHA 2ZX6A 4UFHA 4URIA 4MB5A 3WD1A 1C8XA 3AHVA 2ZOXA 4F9JA 3K8KA 1V6VA 1V3MA 3OLDA 4YN5A 1VEOA 3GTNA 3MSDA 1GQLA 1NWRA 1HT6A 2WWDA 3E1F1 3WFZA 3WD3A 2NT1A 3ZOAA 2GJXA 1QNRA 2VUYA 3CZ8A 4OBRA 4IPLA 3GYCA 4AW7A 2WMIB 3FN9A 3WNKA 1EDTA 2E9LA 3WH9A 1N82A 1UYQA 2FGLA 4JAWA 3APGA 4UQ9A 2VRKA 2FH6A 1DP0A 3GH4A 1CGVA 2WBKA 4TTGA 1W1YA 1PZ3A 3VIKA 1I1WA 1ZB5A 1HXJA 4KWUA 3KWXA 1C8YA 2V3FA 3IAQA 4IPNB 2CBIA 1UH3A 5BYWA 1XSJA 4UZSA 1SYTA 2YIHA 1L8NA 1TVNA 4AZGA 1S46A 3VD4A 3BLKA 1KXVA 3W27A 4DWSC 5I78A 2BS9A 3EDEA 1E71M 2UY4A 3CIVA 3GZAA 3EMZA 3PTMA 3AMGA 3RM4A 4DUWA 1QI2A 1LG2A 4DWSD 1J01A 2ZXAA 3WDJA 3WDIA 5D8WA 3ARYA 2X05A 2XGBA 3MV11 4CU8A 4E4PA 3WENA 4LYPA 1ZL1A 4M81A 3IJ7A 1EQPA 1K6AA 3GNPA 2YL8A 1JAEA 4H2CA 4ZE5A 3UERA 3ZR5A 2XVKA 4S3KA 2XUCA 4TX6A 2D0FA 3L4WA 1GORA 2V5DA 3AQUA 1TCMA 1ZBCA 1R7AA 4MNMA 1LL4A 4JKLA 3B9DA 4V27A 1YHTA 2V3EA 3WMSA 1C3FA 1FFQA 4AD4A 1NQ6A 3PHAA 5A6BA 1NP2A 1H1NA 3EMQA 3U5YA 3AICA 4MDOA 3RM9A 1FFRA 5HXMA 3BMWA 5CPTA 2J8GA 1JYVA 3SCOA 4BQ3A 1IT0A 1GNXA 2VX7A 2Q8XA 4CCDA 1JZ3A 2YBUA 1V02E 3ZSTA 5EFDA 4PMDA 1CGXA 3SUWA 3POHA 5I6SA 1QI3A 1UHVA 1OSEA 2DT0A 2WSPA 3F5LA 1W1VA 1TR1A 2VTFA 1HVQA 1V0NA 1QNPA 2DSVA 3WDPP 2DT2A 1FH7A 2DH2A 1B30A 5JBFA 1J0KA 2QHAA 1KR0A 2GJXB 3VNZA 4EK7A 3VIIA 2D24A 4W5ZA 5E70A 1VJSA 5A6BD 4DWSB 2VX5A 5BXSA 3WUFA 5A2BA 4AMCA 1CPUA 4UR9A 2EPOA 3CBWA 4EAMA 4PMZA 2ZIDA 2QPSA 1M01A 5M17A 4TXEA 2BXZA 2E0PA 1B3WA 1E6SM 3SURA 3VM7A 3WD4A 2WHKA 2V3GA 2TAAA 1G1YA 4BQ5A 3NSNA 1OWQA 4CN6A 4Q22A 1E43A 3VGEA 4PMRA 3OZPA 5CPSA 4J3WA 5D9PA 1V6WA 4ATLA 4GQRA 4QLJA 1OCQA 1UKPA 1XD0A 2CBVA 3PZOA 4OZOA 4PUEA 3N15A 1MW1A 4J3VA 4RE2A 1BQCA 1E72M 1GQKA 1JFHA 1IZJA 4AZHA 3BC9A 1VF8A 4GIAA 4D72A 5CSUA 4W8AA 3WF4A 4CN4A 1UA3A 3AIEA 2E9BA 1CLXA 4EE9A 3N18A 2OYMA 1CZ1A 2ZXQA 3WMCA 1ISYA 4MNLA 4UQCA 1KCKA 3WNLA 2CXGA 1ZU8A 2WC7A 1C91A 4RE3A 2GVYA 2CNCA 1KGWA 3W6LA 5HBFA 3SCPA 1JXKA 1CIUA 4RE4A 5IXEA 1OGBA 3HN3A 3PZTA 3AIWA 1UD5A 2BV9A 7A3HA 2O9PA 5BXTA 3SUVA 3BAIA 3VPLA 2OSWA 2PB1A 1GVIA 3VIJA 1D2KA 1QI4A 3WUBA 4HU0A 4W87A 4JCLA 1H2JA 3AIQA 1LF1A 4MTVA 3WELA 1M7XA 2YLAA 1QHPA 2D0HA 2XIBA 3AS3A 4J3TA 3POCA 2VURA 3U7VA 2DT3A 2XYLA 3WSUA 3CO4A 2WCSA 1UD3A 4HZ6A 1E6NA 3BLPX 4CD6A 4JKKA 3GBEA 2V5CA 2C0HA 4W7VA 4M56A 2FDMA 1PBGA 2DSZA 2O9TA 3M46A 2Y8VA 5DFAA 5CJ5A 2YA0A 4PSRA 3WQ6A 3NCOA 8CGTA 2OSYA 3ZJKA 5JIWA 1HX0A 3WN6A 1OIMA 1K9EA 3CLWA 3WQVA 4JFUA 1GJWA 1VEPA 1W9DM 3BAJA 4F8XA 3OA5A 1UKSA 1WZLA 5A95A 3W38A 2OSXA 2PWGA 1BYDA 5FD0A 1TG7A 1E4LA 2J79A 1JZ8A 1VIWA 4LPCA 1QW9A 1OB0A 2Y5EA 5A6SA 3VX0A 1UKQA 2XGIA 3CH9A 4TUFA 3VIMA 3TONA 4HA3A 3WH5A 1ESWA 2UY5A 5E9AA 2WZHA 3CZKA 3WL0A 2W63A 6CGTA 1JI1A 2CESA 1E6ZA 3I3BA 2AMGA 4AWEA 1ISZA 1W9UA 1W9BM 2VC9A 1IZKA 2E9MA 2XTKA 4ZENA 3FXYA 1B90A 1J0YA 1AQMA 1LG1A 3A6OA 2EEXA 3NUKA 1UD4A 3ZT7A 1QPKA 3VGDA 2J74A 2VX4A 2D1ZA 3UG5A 2BXYA 1WCGA 1J11A 3LPGA 6A3HA 2XVPA 1CWYA 2WC4A 1W2PA 3AYRA 2BVTA 1H0GA 2RGMA 4U2ZA 2WMKA 3AFBA 5CSYA 5FL0A 5EFFA 1TZ7A 4DUXA 2WBGA 5IFPA 1BYCA 1A47A 2WC3A 4KGLA 5CLTA 2CBJA 3RJYA 2CEQA 1K9TA 2VL4A 1V08A 4CD8A 1KFWA 3CUHA 3PN8A 2EBNA 1ZBKA 2ZXDA 3ARVA 3DYPA 1R87A 1CXIA 5TD4A 4U5IA 1H49A 1QI0A 5GNZA 1HJXA 1BG9A 1OT1A 4GO8A 1FP9A 1J10A 1DWHM 2G3NA 3RO8A 4HMEA 4PTMA 4D71A 4CCCA 4QDMA 4M29A 3VINA 5A8MA 3BSHA 3B9EA 2QMJA 1QBAA 1WZKA 4R5EA 4OKDA 3NJ3A 1L0PA 4HA4A 1F4AA 1E4MM 3K4DA 2GFTA 1DTUA 1OBAA 3MMUA 1KBBA 1LWHA 2Z1SA 4XZBA 3ALFA 3O9NA 2WK2A 2W5FA 3U5UA 4ATWA 1UQYA 1B9ZA 4FLQA 1ODUA 1LWJA 4D6GA 4QLKA 2WSKA 3ARUA 4H7VA 3WQ8A 4P8UA 3CUJA 1DWAM 3OZOA 3NIYA 1NWTA 2WKLA 4D6FA 5A2AA 2BVYA 1CNVA 2ZWZA 1JZ2A 3CMJA 1B0IA 1RP9A 4AZBA 2V38A 2F8QA 3OGVA 2A3BA 3II1A 4LYQA 2ZX9A 2VVNA 5E6YA 3TTQA 2XVLA 4QP0A 2J8FA 4W84A 4MB3A 4XUYA 1QNSA 3BCFA 1KXHA 1XC6A 4QLLA 2E4TA 3CZJA 1D3CA 3NSMA 2XFFA 3ZT6A 1MW3A 2BHYA 3WNMA 4PTXA 3SCTA 2EPNA 3UG3A 2WWCA 1UUQA 4QAWA 3EBVA 3AHXA 1XYZA 3QOMA 1B2YA 5GNXA 4GPNA 1UD8A 2XSBA 1NP0A 1G0CA 4W7UA 4D6IA 1LL7A 2EPLX 1CGYA 3N12A 3CHEA 2Y2WA 5CG0A 2DPEA 1E6RA 4NSBA 2WHMA 3THCA 1DEDA 5ABFA 5A3HA 3GNOA 2IUZA 2YBTA 4GZEA 2G8ZA 2EQDA 5ABEA 3DHPA 2WM0A 4A3YA 3UR7A 4AZ6A 3AIUA 2PWFA 4XZWA 3M07A 3WD2A 1WB0A 1CEOA 1GQIA 4TX8A 1H11A 3AIBA 2B31A 1US3A 3SCSA 4DWSA 1GZJA 1E70M 1JZ5A 4JHZA 3BAWA 1FA2A 4UFKA 1KXQA 1WO2A 3VGHA 3NSXA 3LMYA 4J3SA 4PBGA 1R7OA 1NOFA 3D5HA 1ZS2A 2PI6A 1W3KA 2G41A 4MDPA 4U3CA 3KE0A 3WF0A 5C70A 1NWUA 3SEPA 4PSPA 2VZSA 1H5VA 1WP6A 1E4NA 1GHRA 3VDAA 1ISVA 1BYAA 5E09A 3SCQA 1PZ2A 4H8UA 2W61A 1E1EA 4H8HA 4MPKA 1MFUA 1ZJAA 2JIEA 2QLYA 3F5JA 4HMDA 1W32A 3GH5A 2IXVA 2BHUA 4UQBA 1BGGA 1V6XA 1W3HA 3AHZA 4UNIA 1JXJA 1Z32X 3VMPA 3L4TA 3WEMA 5D8ZA 1D7FA 2NT0A 4ML4A 3FAXA 1PEZA 1Q6FA 1J18A 2JEQA 4N42A 5I0DA 1CXFA 2EXOA 1J0ZA 2VZUA 1XH2A 2VT0A 3VILA 1V0MA 3VU2A 1JZ6A 3EDDA 3GXFA 2YDRA 4Z2HA 1MW2A 2XVGA 2VRJA 3AJ7A 1Q6EA 4WLCA 4GI9A 5E6ZA 4Z2LA 1ITXA 1M53A 2DIEA 3UG4A 3S6TA 1GONA 2G3JA 2AOSA 2DGAA 4AD1A 2CHNA 1HKIA 4FLOA 3VD3A 1X6LA 1P6WA 1Q6CA 4JZ5A 1E5NA 1KQZA 1KCLA 3WF3A 1GOOA 3J7HA 3RMEA 4CCEA 1V3JA 1QW8A 3CZEA 1X6NA 3AHYA 1BG4A 3T0AA 1XSKA 5BRPA 3N1AA 4W89A 4PTVA 4X0VA 5DT7A 3ZR6A 2F2HA 5A94A 3WDQA 4B16A 2WVUA 2WXDM 1JZ4A 1UH2A 4GQQA 2OWXA 3VMNA 4FMVA 3AXIA 1CXEA 4PRWA 3B9AA 3IK2A 1OD0A 2HVMA 4W7WA 4HTYA 1OD8A 2Y8KA 3B8SA 1OM0A 3OBAA 3CUGA 2G4FA 3ARPA 4EANA 3MSGA 5ABFB 5D4YA 4LYRA 1KR1A 5AYIA 4F66A 1JYNA 1BAGA 2J75A 2W92A 3WEZA 5A6MA 1RD6A 1WDPA 3PZ9A 1CGUA 3W37A 4PMXA 1NOUA 1ITCA 4U33A 2OYKA 4KRTA 3W53A 4WKHA 1US2A 4KGJA 3AI0A 4B9ZA 5D9OA 1EA9C 1HNYA 1JL8A 5I24A 1RH9A 3W82A 4AIUA 5A8OA 3N17A 4LQ1A 1EQCA 4ZE4A 1UZ1A 3VGGA 3TP4A 3CTTA 3AHTA 5CZKA 1TFVA 3MV01 4BA0A 1FHLA 1K9DA 3GNRA 1UD6A 3L2MA 3VGFA 3W28A 4TVCA 3AYSA 4PMNA 1E0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F9D A;  3ZQ9 A;  1IV8 A;  1EH9 A;  1V6U A;  3SCR A;  4K68 A;  2J78 A;  1PX4 A;  4CD5 A;  2PBO A;  4AD2 A;  2D0G A;  3WF2 A;  3LPO A;  2JF7 A;  3ZSS A;  2ZX7 A;  2WLZ A;  2XSA A;  2WYS A;  1J0I A;  2CIP A;  2XJ7 A;  3RIL A;  4NRS A;  3T08 A;  4TOQ A;  1MQQ A;  2D3N A;  3MU7 A;  5JBE A;  1BVN P;  2JE8 A;  4ACY A;  1VEN A;  1G5A A;  1CXL A;  3IJ9 A;  2YDQ A;  4NZC A;  3AZR A;  2W66 A;  4UQD A;  3WUE A;  1CGT A;  1SMD A;  3TTO A;  5JUV A;  3I3D A;  1KBK A;  4E8D A;  1R86 A;  1XHG A;  2A3A A;  5E0C A;  4FF5 A;  5M03 A;  3ARO A;  1HKJ A;  1XYF A;  3W29 A;  4HP5 A;  3VM5 A;  1GPF A;  1TMQ A;  3VGB A;  4TVD A;  4P7O A;  4IIS A;  4QCF A;  3DYO A;  1PAM A;  3KL3 A;  3AIS A;  4YPJ A;  1F4H A;  3T2P A;  1DWG M;  1JFX A;  2A3C A;  3TTY A;  1ZBV A;  1OGS A;  3BAK A;  4JIE A;  1UR4 A;  5LA0 A;  4UTF A;  1E6P A;  1DHK A;  1ECE A;  5I5R A;  3MAN A;  2Y4S A;  1O6I A;  2XPK A;  5A8P A;  1QNO A;  5GNY A;  5LA1 A;  2JAL A;  3W0K A;  1V02 A;  1C7S A;  3LPF A;  3VTR A;  1FH9 A;  2J7C A;  3PBG A;  4GKL A;  1H4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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