4EE9A

Crystal structure of the rbcel1 endo-1,4-glucanase
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
SVDLIGINVAGAEFTGGKLPGKHGTHYFFPPEGYFEYWSEQGIHTVRFPLKWERLQPSLNAELDDVYASLVDDMLDQAKENDIKVILDVHNYARYRKKVIGTEDVPVSAYQDLMERIAKRWQGHDALFAYDIMNEPYGSADKLWPAAAQAGIDGVRKYDKKRPLLIEGASWSSAARWPRYADELLKLKDPADNMVFSAHVYIDEDASGSYKKGPGKDFEPMIGVKRVEPFVNWLKEHGKKGHIGEFGIPNDDERWLDAMDKLLAYLNENCIPINYWAAGPSWGNYKLSIEPKDGEKRPQVALLKKYAAKDNCSDFGPAKAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured bacterium
publication title Three-dimensional structure of RBcel1, a metagenome-derived psychrotolerant family GH5 endoglucanase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endoglucanase
total genus 119
structure length 321
sequence length 321
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ee9A00
5HBFA 2WVVB 2CHNA 4PCSA 4AZ7A 1WP6A 2V38A 1KR0A 1KFWA 4Z2JA 5M3WA 4E2OA 1I1XA 4Z2GA 1E4NA 3SCVA 4LPCA 4JHZA 2XJ7A 4XUYA 3ZMRA 1LJYA 1CGTA 2BHYA 2J77A 1W1TA 1OGSA 2XG9A 1BSIA 3GH7A 1I1WA 5A6JA 1UR9A 2FHFA 5A8MA 1V6VA 2YLAA 3CHFA 1E4LA 1E4IA 4CU8A 4FF5A 2DQXA 1XYZA 3AQUA 1JYNA 2VJXA 3WMBA 1H11A 1NWRA 5D9OA 5A8PA 1NWTA 3CLWA 1QNSA 2V3FA 4BF7A 3GDBA 4AZ6A 1WB0A 3KZSA 2AOSA 4E8CA 1AQHA 2JF7A 1KXTA 5A69A 5CSYA 3A6OA 1HJXA 3WNMA 5A94A 3K4AA 2WVTA 4A3HA 1HNYA 1OT1A 1K9TA 1UD6A 5D4YA 2GDVA 2A3BA 4X0NA 1PIGA 1EO5A 5DT7A 3CO4A 1TR1A 1CXLA 1FP9A 2VQUA 1M04A 1UH2A 3A47A 1JDAA 1E4MM 1KBKA 1JZ8A 2DH2A 3CBWA 3WUEA 3TTOA 3WUFA 1A47A 1O7AA 3WENA 3WELA 8A3HA 4MNKA 2VRJA 4D6HA 2D1ZA 3CZEA 3L4VA 2E9MA 3WY1A 2X2YA 1Q6GA 3WD2A 4HPGA 1W9VA 2WLZA 3APGA 2BY1A 1WPCA 2CBIA 2WBKA 1OWQA 2WC3A 2VQTA 4M8UA 1OB0A 5BRPA 3N9KA 3AJ7A 3F5JA 5DT5A 3GBDA 1SYTA 4FLQA 3SURA 2BVDA 5EMYA 4CD8A 2WM0A 4UQ9A 1NP0A 4RL3A 3KL3A 5HPCA 4QLLA 2V5CA 5BXTA 1AQ0A 2WHLA 2PWEA 2ZE0A 3ARQA 1O6IA 1UH4A 2EBNA 4ZXOA 4QLKA 5A6BD 4QLJA 1DWAM 2PI6A 4H8UA 1UKOA 2OLHA 3QHNA 1CTNA 4U5KA 2DSUA 1JYVA 2VMFA 5JBFA 3AIBA 2XSAA 3T2OA 3VOCA 1B3WA 3OGSA 4IM4A 4UQEA 4D6DA 3GXFA 3VGFA 4WKFA 5A8NA 2IUZA 4LX4A 3D5HA 1KXQA 2X09A 1UUQA 1FFQA 2BS9A 3B9AA 3IANA 4ML4A 2RGMA 4AZHA 1P6WA 1U30A 1UR0A 2QMKA 1UD4A 1BYCA 2OWWA 1WE5A 1ZBKA 3WDIA 4J3VA 4ZEPA 1QI4A 5C8BB 1NWUA 3WD1A 1W3KA 3AS3A 1GUVA 3VMPA 4BQ5A 4CD7A 4W89A 1KR1A 2IXUA 1LLOA 2GK1A 3WDRA 1XD1A 3WH5A 1JZ3A 1KWKA 4IPNB 3EDDA 1UWIA 4N0RA 2OSWA 4W88A 1HJVA 1VENA 2NT1A 3NCOA 2WZHA 3AICA 4AZCA 1VEMA 1CEOA 4UNIA 4PYSA 1HF6A 2WCAA 4TX6A 1V3KA 2RGLA 1E6NA 2QF8A 2W63A 1FA2A 1JI2A 3I3DA 2VT0A 2QLYA 2ZIDA 3UR7A 4ATLA 3CUHA 1JD7A 1W9PA 1SMDA 2C8NA 1PZ2A 2OYKA 1N82A 4MNMA 4J27A 1Q4NX 4W7VA 3UEQA 1HT6A 3MV01 1MQPA 3FW6A 2CBUA 3WNKA 4P7LA 3MSGA 3L4UA 1WZLA 2A3AA 4JFUA 1CNVA 1H5VA 3ZJ7A 3OLEA 1H09A 3OG2A 4M29A 1QBAA 1TCMA 4QCEA 3TTSA 1CGVA 2YA1A 1UKQA 2YL8A 3PZMA 1B90A 1W9XA 1UQZA 3CZKA 2WKLA 5BWFA 3QOKA 2JF6A 3PBGA 4MB1A 1J18A 2E40A 3EDFA 5CZKA 1US3A 4F9JA 3NYDA 5IFTA 1E0WA 1E5JA 3IAPA 2WPGA 3MU7A 1H2JA 3LPPA 4H41A 1E6PA 2EPNA 4Z2KA 2EJ1A 1GOMA 1OIMA 4X9YA 1TA3B 2NSXA 3FNDA 2J7HA 1CYGA 2YLLA 1HKKA 3WQ6A 2J78A 2CXGA 3TONA 3BGAA 4PSPA 2FH6A 1M7XA 4K68A 2W61A 3ZIZA 2A3EA 1ISVA 3L4TA 4XV0A 2XFRA 5D8WA 3QOMA 4D71A 2FHBA 3VX0A 3FHAA 1XCXA 3T0AA 2XPKA 3F5KA 2GJXB 4KMQA 3ZOAA 4UOQA 1W3HA 2O9TA 3IJ8A 1SMAA 3OB8A 1XH2A 4KGLA 3QR3A 4PMVA 3AHVA 3WH7A 4HA4A 1MFVA 3ZJKA 2ZXAA 3AXIA 3CMJA 4GQQA 3L4YA 1HP5A 3T0BA 5E09A 3ARWA 4W8AA 4RE3A 1MYRA 4JHOA 1JZ4A 2XM1A 3EYPA 4PMQA 3BXWA 4PTVA 5BXRA 1C7SA 3CIVA 5LA1A 1BF2A 2VRKA 3BC9A 2DSWA 1GHSA 4GZIA 3RILA 5IHSA 6A3HA 1OGBA 1F4AA 4M81A 1TG7A 4AISA 4OZOA 4D6CA 3AROA 3WFLA 2F61A 1H4PA 4PCTA 1BHGA 3L4ZA 1JXJA 4HOWA 1C91A 1V3IA 3FY1A 3WL1A 4CVUA 1DEDA 1E6RA 1EHAA 2IXVA 1JIBA 4UFJA 5D9MA 5CPSA 2CESA 1NOFA 2X8RA 3VGBA 3DHUA 2AAAA 1UA3A 2UY3A 3GXIA 4AD5A 2DGAA 4AD1A 2AMGA 1BYDA 1PJ9A 2OSXA 1FH9A 3HU7A 4PEEA 1DTUA 2YJQA 5AY7A 5LYRA 4AZGA 2Z1KA 3ARTA 3HJEA 3ALGA 3GNOA 1ESWA 4UFIA 4HMEA 4D6IA 2D0GA 1TZ7A 2BY0A 2CKRA 4W8BA 5A6LA 1BG4A 5M5DA 4TTUA 1PBGA 3ARXA 4YHGA 1ISYA 3BH4A 4OBRA 3WEMA 3W6MA 3CHDA 2JEQA 4MB5A 3WNOA 3EDJA 3BSGA 1OCQA 4J3SA 1HVXA 2VTFA 1SFSA 2ESCA 5BYWA 1UD2A 2DIEA 1TUXA 4J7RA 1UHVA 3AXXA 1MW1A 4AZIA 3VGGA 3FN9A 1UWSA 2YBTA 3VD5A 5JBEA 5CJ5A 2O9RA 1E56A 4W5UA 4JFWA 1D7FA 2J75A 3F5LA 4U2ZA 4TXEA 3FHQA 3WD4A 1ZU8A 2VZTA 5FIPA 4CKQA 1JXKA 2GJPA 2XUCA 2WXDM 1CXHA 4ZFMA 2G3JA 4A3YA 2ZX7A 2VZVA 5CQ1A 4ZE5A 1JF6A 2XTKA 3EDKA 2JALA 4V2XA 5E6YA 3ZT5A 3VMOA 1ZS2A 1EXPA 1CGWA 2FGLA 3L2MA 2J62A 4OUEA 3WF3A 1JD9A 1OD8A 3WF4A 1H0IA 3VVGA 4B3KA 3EBVA 4GI6A 4PMZA 1XSIA 1BPLB 1EQPA 2DSVA 6CGTA 2GVYA 1B3XA 3ARRA 1J10A 3UETA 4MAZA 1VIWA 1V6XA 1XH0A 1V02E 3NSNA 1OSEA 1XYFA 2ZUUA 1OD0A 3T0DA 2PF0A 2J7DA 2W91A 5BRQA 5ABEA 2A3CA 1BYAA 1UWQA 4AEEA 3GXDA 5D8ZA 1UR2A 1Q6FA 3SCSA 1R87A 1CENA 1JFXA 4XB3A 4DUXA 3CTTA 3II1A 2GJXA 2DPEA 2V3EA 4RE2A 1UKTA 2D24A 2ZUNA 3JUGA 1HP4A 1GVYA 3CMGA 1WDRA 1CBGA 1HJWA 4F79A 2X0HA 3M7SA 2VCBA 3B9EA 5M03A 4MNLA 4IUGA 1W9UA 3AMGA 3T2PA 4D72A 1H41A 3OGVA 3ARUA 1R7AA 2YA0A 3QHMA 4W86A 4CU7A 4QAWA 4E4PA 1NP2A 4WKHA 1E9LA 2EPLX 4V27A 4U2YA 5I5RA 2Q8XA 1Q6CA 2YOCA 3AIEA 5E0CA 1NH6A 4LXFA 3RCNA 1J0JA 4MDPA 2OSYA 4XZBA 5BROA 1E6SM 1QNRA 3CUJA 3AIUA 4L4PA 1HXJA 4Z2HA 1A3HA 4BQ4A 1VAHA 2E9LA 1XH1A 1MWOA 1ZL1A 5BXSA 2ZOXA 3K8KA 4BQ2A 3N1AA 1PX4A 3NJ3A 4JKKA 4JZ5A 3WH9A 1JFHA 1W1PA 3K8MA 3AMDA 3BMVA 3OGRA 1MW0A 3W53A 2DT1A 2YDSA 1EA9C 4AD4A 1GNXA 1ZBVA 1QNPA 1QOXA 3AYSA 8CGTA 3ARZA 3BCFA 3G6MA 3RM8A 1CIUA 4LGXA 4GQRA 3N13A 1KGWA 5AYIA 2WZIA 4UR9A 3WBAA 1M53A 2W67A 1E1FA 3WDPP 3ARSA 4UFLA 1L0PA 4HU8A 3MKKA 3ZSTA 4D1JA 1KXVA 2X05A 1IT0A 3CZ8A 2E9BA 1UWRA 5HPOA 3SIMA 1DWGM 1VFOA 1V3MA 1JGIA 3N15A 3TA9A 4AMCA 1XGZA 2WKGA 3VD7A 3PZNA 4TUFA 2VC9A 2F8QA 4GO9A 1DWIM 4ACZB 3AMKA 3VILA 4B9ZA 2F2HA 4ZXLA 4KH2A 3WUGA 1TFVA 3ARYA 2GDUA 3VDHA 3EMZA 1WCGA 3RIKA 2J7GA 3DYPA 2J8FA 5HDRA 3UERA 3WD0A 1U33A 1V6WA 1W91A 2PWGA 3GBEA 4AC1X 4AZ5A 2J7BA 4ZENA 2X1IA 3CGTA 5EB8A 2OWXA 1TVNA 5I0DA 3BCDA 1FOBA 1G5AA 2Y4SA 1J12A 3VX1A 1FFRA 1HX0A 1W3JA 1GZJA 2DSZA 3PTQA 1XRVA 1QHPA 3AISA 2WMFA 1CLXA 3IAQA 1V3HA 4UZUA 4UQDA 5IDIA 2WSPA 1VJSA 2ZXDA 3A4WA 5FL1A 3VM5A 3VMNA 4ZE4A 1VEOA 4N42A 2XIIA 2PWHA 2WVUA 2WAGA 1C93A 4JFVA 3S6TA 3GNRA 3WFZA 3DC0A 1JG9A 4AW7A 3QGVA 3WDJA 5E6ZA 1J0YA 1E55A 2ZX8A 2EPKX 3IJ7A 1PAMA 5E9AA 4R5EA 1RD6A 1XHGA 3AS0A 4HOXA 3AMCA 5KEZA 1UZ1A 1ITCA 4PTXA 4WF7A 4XZWA 2YBUA 3I3EA 2E8YA 2PWFA 5DO8A 2JEPA 1EOKA 3BLKA 1UG6A 1J01A 2D22A 2XSBA 2V5DA 1B3VA 2MANA 5KZ6A 1CLVA 2E4TA 2WVVA 3KL5A 1ISZA 5A3HA 1BVNP 4PMRA 1EQCA 3VU2A 1ODUA 2W62A 4AD2A 2CBJA 1WNOA 1W1YA 2WCGA 4UCFA 4CGTA 1E0VA 3M6DA 2ZXQA 4H2CA 1X6LA 1F4HA 1R86A 3UESA 3AZTA 1E1EA 4P8WA 4WK9A 3PZGA 4W93A 3VDBA 1E15A 3VDCA 2UY4A 1GQJA 1GJUA 3CUIA 3LPOA 2XVGA 1HVQA 3SUVA 3VIHA 2WK2A 3AHYA 1KQZA 1GOOA 3BAJA 1E3ZA 4D6GA 5A8OA 5CLWA 2D3LA 5EFDA 1HJQA 3VO0A 2EEXA 2W4XA 3U5UA 1M01A 5CXPA 2ZUMA 2JFEX 3PZOA 1HJSA 2YL9A 4B16A 1BLIA 2Y24A 2WWDA 1DWHM 3WIJA 4AY1A 1XCWA 3W4RA 1DHKA 1LG2A 3N04A 1H0GA 1E72M 4DUVA 2ZUVA 1WZKA 1IZKA 1ISXA 1CGUA 1KGUA 1E0XA 1FH7A 1GQKA 3W38A 3CZGA 1UR8A 5I2UA 2QPUA 5CLTA 1XD0A 5I23A 4HA3A 4M82A 4PMXA 5AC5A 4JCLA 1R85A 4EKJA 4DM2A 4QP0A 2J7EA 2J79A 1IZJA 2VVNA 1K9FA 4CUCA 4KRUA 4AIUA 4DWSD 2EQDA 3CZJA 1GJWA 1BQCA 2G3MA 3DHPA 3OLGA 3KL0A 3PHAA 3PN8A 3K46A 2WMGA 3CZLA 2G3NA 2VCCA 4PBGA 4HZ6A 4U3AA 1E6QM 1PEZA 1VBRA 5A6MA 2ZXBA 5CG0A 5HOSA 1E70M 2HVMA 4M24A 2VUYA 1CXIA 4U33A 2EPOA 1GOKA 2UY2A 1UWTA 3NUKA 1ZJBA 4GINA 3W25A 4Z2IA 5I24A 4U5IA 3WL0A 1NOUA 4WIWA 2GJRA 1UKSA 3VD3A 2BVTA 4R27A 4RE4A 3VPLA 2O92A 2XFYA 3AS1A 2VZSA 1GW1A 2D0FA 1HL9A 2WCSA 1MVYA 1VFFA 5DFAA 4ACZA 3VINA 3O6AA 2YDRA 1DWFM 1GOQA 1MXDA 2GFTA 4NRSA 3MSDA 1X6NA 1UKPA 4HZ7A 3A4XA 3SCQA 4HU0A 4L4OA 1CXEA 3NDYA 2NW0A 4MB3A 3T2QA 4MJ2A 5EFFA 5I6SA 1WZMA 4P7OA 1LL4A 1WDSA 1I75A 1E5NA 1FHDA 4S3JA 3I3BA 4JL2A 2HISA 1QNQA 3GH4A 1HKMA 1J0ZA 2QHAA 3VDAA 1XSJA 3UCQA 2VZOA 4ATWA 1BGAA 3EMCA 4MB4A 1B3ZA 1G1YA 1B0IA 1CPUA 4JL1A 3DYMA 4H8HA 2YL6A 4NI3A 2D20A 3RPMA 3F4VA 2CEQA 4GIAA 4W5ZA 4PUEA 4H7VA 1MFUA 1G9HA 1V6YA 3W28A 1GOWA 3T09A 3VD4A 5I77A 4AWEA 1YHTA 3B8SA 3N11A 4P7NA 1BG9A 2CIPA 3AFBA 2EO7A 2CPUA 3BAIA 4JFSA 1ZJAA 2PBOA 1UH3A 2XGBA 1JZ6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HBF A;  2WVV B;  2CHN A;  4PCS A;  4AZ7 A;  1WP6 A;  2V38 A;  1KR0 A;  1KFW A;  4Z2J A;  5M3W A;  4E2O A;  1I1X A;  4Z2G A;  1E4N A;  3SCV A;  4LPC A;  4JHZ A;  2XJ7 A;  4XUY A;  3ZMR A;  1LJY A;  1CGT A;  2BHY A;  2J77 A;  1W1T A;  1OGS A;  2XG9 A;  1BSI A;  3GH7 A;  1I1W A;  5A6J A;  1UR9 A;  2FHF A;  5A8M A;  1V6V A;  2YLA A;  3CHF A;  1E4L A;  1E4I A;  4CU8 A;  4FF5 A;  2DQX A;  1XYZ A;  3AQU A;  1JYN A;  2VJX A;  3WMB A;  1H11 A;  1NWR A;  5D9O A;  5A8P A;  1NWT A;  3CLW A;  1QNS A;  2V3F A;  4BF7 A;  3GDB A;  4AZ6 A;  1WB0 A;  3KZS A;  2AOS A;  4E8C A;  1AQH A;  2JF7 A;  1KXT A;  5A69 A;  5CSY A;  3A6O A;  1HJX A;  3WNM A;  5A94 A;  3K4A A;  2WVT A;  4A3H A;  1HNY A;  1OT1 A;  1K9T A;  1UD6 A;  5D4Y A;  2GDV A;  2A3B A;  4X0N A;  1PIG A;  1EO5 A;  5DT7 A;  3CO4 A;  1TR1 A;  1CXL A;  1FP9 A;  2VQU A;  1M04 A;  1UH2 A;  3A47 A;  1JDA A;  1E4M M;  1KBK A;  1JZ8 A;  2DH2 A;  3CBW A;  3WUE A;  3TTO A;  3WUF A;  1A47 A;  1O7A A;  3WEN A;  3WEL A;  8A3H A;  4MNK A;  2VRJ A;  4D6H A;  2D1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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