4EOUA

Crystal structure of e. coli dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli with bound pyruvate and succinic acid semialdehyde: Unambiguous resolution of the stereochemistry of the condensation product.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
total genus 108
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2012-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4eouA00
1GTEA 1W5PA 1LRTA 3LHTA 3E49A 3W1TA 4LVDA 3G0UA 4KKXA 4NXKA 1THFD 2FPYA 4NX0A 3W2LA 3LHYA 1I45A 3WJZA 3L9CA 4XWUA 4O1BA 3U8GA 5D2WA 3PVFA 3LCHA 1VYPX 2ZYFA 1KLYA 4Z1AA 1EWDA 1HL2A 4JX6A 3L66A 1W8SA 3DFPA 2ABAA 5DY3A 4UTHA 5D37A 1TRDA 1VC4A 2J24A 3W7GA 1LZOA 5CZSA 3P5ZA 3G1HA 1Q6OA 5EL1A 3DHFA 3PBWA 1EPXA 2P0OA 1M7OA 1Z41A 4XTIA 4HT3A 2I9EA 3PBUA 1OF8A 4FO4A 3W1XA 4UTLA 4UUIA 3LTYA 2NV1A 3CPRA 1DV7A 1QWGA 5D32A 5F2GA 2Y7FA 4O14A 2B4GA 2P10A 2X16A 3OVPA 1P5BA 3VE9A 4ZMGA 4K36A 4NNBA 1X8FA 3LHWA 3DFOA 3NG3A 4I9AA 1YTKA 3EB2A 2YZRA 1TPUA 3NQEA 1RQBA 2B7QA 4KFOA 2ZRYA 5BMWA 5I3GA 4RV8A 2V8ZA 1EUNA 4FEZA 2Y7GA 3O6DA 3CWOX 3C61A 5G1TA 3I68A 5D2VA 4XUGA 1EP3A 4DBDA 4JIQA 3M9YA 4DPQA 1XBZA 1YPIA 3PULA 5FESA 3B0PA 2Z6IA 3L0GA 4JICA 2HTMA 2A7PA 4JTKA 1BEUA 2QCNA 1S5WA 3UWZA 1NSJA 1L6WA 2C15A 5U4NA 5D05A 4MUZA 3DHDA 3TW7A 4MLRA 1L6SA 2DZWA 3B8DA 3C6CA 1W1ZA 3BW3A 2QDHA 4RX0A 5FF4A 1VH7A 3S5NA 5LNUA 3BLFA 1SQ7A 5T26A 4BI7A 3W1RA 1UBSA 5FEPA 3W7OA 1NVMA 3STFA 3TXVA 1H51A 1J2WA 2VKZG 1H1ZA 3DAQA 4R53A 4UMBA 4TMBA 3GDMA 1DOSA 1OG0A 4DBEA 3WK0A 1JULA 4HNUA 3KHJA 1XBVA 4O57A 4YL2A 1TJPA 4FX8A 4Y8FA 3S9YA 1Y0EA 3G0XA 1GVRA 2FTPA 3W72A 3G1DA 1H1YA 4N6EA 3R13A 1RR2A 2XN0A 1OFAA 3G0SA 4OV9A 2G95A 4O28A 3KRSA 1SSDA 4N4QA 3BLIA 4UTTA 5E1QA 3PM6A 1XFBA 4TU1A 1WXJA 1W56A 4O17A 3TMLA 4AB4A 1O5KA 5D38A 3STCA 2W79A 4O4VA 1KFBA 4QISA 1DBTA 2H8XA 1O95A 4R34A 1SFJA 1T99A 5KTLA 1OX4B 2P1FA 3LXBA 1T8XA 1OYCA 4E2BA 4AHQA 5C2XA 3L5LA 2NX9A 1ME7A 3KRZA 4BF9A 2RH9A 5AHFA 1H7RA 3ZWTA 3DBPA 4Q33A 3KVLA 4ADSA 3FYOA 4A22A 2E5BA 3K30A 4HKPA 1OX5A 5CKSA 1WBJA 4NZFA 3L2IA 3HMJG 1AK5A 4BR1A 3THQA 5KINA 3HG5A 3VKJA 3PUEA 3LCFA 1QR7A 1KA9F 3MP4A 3R2GA 4HIBA 3NYZA 1WOAA 4KFPA 2QCGA 4PCFA 1AW5A 1UUOA 3UD6A 5IBXC 3UWYA 3P61A 5BNKA 4QQ3A 5J5RA 3NQMA 3UWQA 4PFMA 2J27A 5K9CA 5KMYA 2TYSA 2F84A 3L65A 1FWWA 1R46A 2J6XA 3W85A 3MMTA 1S3HA 1BWKA 4UMAA 2ZRVA 2ISVA 3W2UA 3MWAA 4JS3A 2VENA 1B9BA 3YPIA 5F1UA 1DHPA 1K7FA 3TSDA 1YDVA 4UC5A 3W1PA 2PRHA 3TROA 1UCWA 4D2JA 1ZFJA 3A23A 4DO5A 1PS9A 3W73A 1RPXA 1OF6A 3W84A 2CZ5A 1F73A 4NU7A 4QIUA 3W7JA 3IEBA 1ME8A 4PA8A 4GXMA 4OGZA 4O1CA 2JGQA 2NXHA 3CT7A 3VNDA 3S5OA 3O63A 4RZ6A 3DFTA 3I65A 4DF0A 2WSYA 2H3BA 4O54A 1XC4A 5K4ZA 1ICPA 3T40A 3W7DA 2VC6A 4O1DA 1DJQA 3N9SA 3MO7A 3PB0A 3G18A 3N34A 3DFNA 4Q4KA 4UFKA 3AO0A 3ABQA 3W1LA 3WJWA 2FPTA 1TIMA 2VEMA 3N14A 5H91A 2YYUA 3BV4A 4QITA 2YSWA 1TPEA 5HMSA 2VOMA 1PE1A 1EB3A 2ALDA 4LRTA 3GAKA 3G1FA 3H54A 3W7RA 2HMCA 3MYPA 2VEIA 4XQ6A 3FEMA 1P4CA 5I3JA 1QOQA 2QCEA 3CIWA 4JIPA 5L6UA 1OFQA 4WOZA 4A29A 2E68A 3N73A 5DXXA 2ATMA 5F4SA 3M5ZA 4EWND 4LNYA 5HUOA 1OFEA 3MHGA 4OHQA 3S6DA 3S1WA 4ONVA 4YXGA 2G97A 1MEIA 2Y7EA 2B7OA 3NQ6A 3O1NA 1H61A 1F2JA 4LV4A 2CLHA 4UIOA 4C1KA 1F7BA 4XKYB 3P8JA 3GYEA 4MYAA 4IMEA 4MVAA 1VRDA 3W1UA 1OYAA 5LNRA 5CGQA 2Q8ZA 3SJ3A 4N9BA 4FX7A 4N9CA 1KFCA 3TA6A 2V2CA 3TU9A 2WSQA 2V5BA 3G1AA 1EP2A 1M7PA 3N3MA 3E0IA 1ZAHA 1C8VA 1JCXA 4JTSA 4UFHA 1AMKA 2GJLA 2Y61A 3HJZA 5H2ZA 2BWGA 3W75A 1S5TA 2CLFA 4AXKA 3NM1A 2R94A 3G8RA 1L9WA 3LXAA 1UASA 5CPLA 5CSSA 4O8RA 5BMXA 1W5NA 3CIXA 2QKFA 4O50A 3THAA 5HWNA 1MXSA 4UR8A 2A5HA 3IVTA 5FF0A 3M1ZA 4NQ1A 1TPH1 3TK7A 3TQKA 2DZPA 3FYPA 5BOOA 1V5XA 2GQAA 1KBJA 2FFCA 2EKCA 3W71A 4OBTA 1EUAA 2C16A 2ZZ6A 4BI5A 1AW1A 4MYXA 1A5AA 4CNPA 5G2HA 1XUUA 1KM6A 1X1ZA 2BTMA 4LRSA 4UR7A 2ZZ2A 4IOTA 3PAJA 2Y6ZA 4FIRA 3GIYA 4PEKA 4CLMA 2YFNA 4TO8A 3W23A 4L4LA 4UTWA 3MHFA 3GLCA 3B0VC 2QAFA 4A2SA 4IWWA 1E51A 4UFIA 3SGUA 3P74A 1L2UA 3RFAA 4PC8A 4GUFA 3NL6A 2CZEA 5F2LA 1FBAA 3G24A 3IIVA 3UWUA 5DELA 1AL8A 2E5CA 2CZDA 2OZ0A 3LHZA 1O94A 2QCDA 1X6UA 2B0MA 2CLLA 1XXXA 3LV6A 4O4WA 5EKYA 3DENA 2NXGA 1XM3A 3QPZA 1F6PA 4NUWA 2EHHA 3L67A 4MFEA 3JRKA 1FDZA 3ATYA 2JGYA 2VFHA 2ZZ4A 3IVSA 2WQPA 4LC6A 1RV8A 2NUYA 3W70A 2CLKA 2PC4A 5F2IA 3C56A 3I7RA 3L68A 1U5JA 2ZCGA 1FQ0A 3EWYA 4LU0A 4FB7A 3W2MA 4KWVA 1IXQA 5HINA 1RD5A 2YCEA 4TIMA 4O53A 3N2XA 2C14A 3L21A 1T0OA 4JR5A 2RFGA 4CQ8A 4GFSA 5HQEA 1JCNA 4FX6M 3CM4A 2PRLA 3TJXA 4JEQA 3GX9A 3W7LA 1UUMA 3QQ1A 3FFSA 3PG8A 4LVAA 2NUXA 3C0JA 3NPXA 1DVJA 4PL2A 1ZY9A 1XBYA 4NZJA 4S2CA 4QAIA 1W3IA 3QSRA 1SO3A 1SW0A 1WBHA 3BPWA 2FB3A 1GWJA 2WNNA 3B04A 4O13A 3QC3A 4X2RA 1VS1A 1FCBA 3HGSA 3QYQA 1OFDA 1GVOA 5AHEA 1PIIA 1TPFA 4MY8A 2ZRWA 3R89A 3ABSA 3LI0A 1TMHA 5I3IA 2C1HA 5AYXA 4NVTA 4UNKA 4JNMA 2JBMA 4EOUA 3M7WA 3A9IA 4JTUA 1J4EA 4WY0B 4S1FA 3L0KA 3B05A 4H6KA 3SIZA 3UXDA 1PHQA 4A21A 1ZENA 1TPC1 5G4WA 4FNQA 5G1YA 1M6JA 1YLVA 4AVFA 1XUZA 5TBOA 2VEKA 4ZQRA 4ADUA 2ZDRA 3NL5A 1QAPA 1BKSA 3TW6A 3DU0A 4UTTC 5DY2A 5EA9A 4IPIA 3W2JA 4M6PA 3LRKA 2ZA1A 4NJHA 3P60A 2AAMA 5K9XA 1DJNA 5LGZA 4FNUA 4UXDA 1N55A 5LKYA 3HOJA 2A1YA 2Z6JA 7TIMA 1GTHA 1VLIA 1TV7A 2Z0IA 4CCDA 3W9ZA 3NQDA 5E0KA 4IQLA 4JTHA 1CX9A 1LYXA 3TDFA 2NV2A 1HO4A 5AHLA 1WAUA 1G6CA 3MI6A 4PH6A 4L4MA 2JKPA 5DLCA 5AOUA 1LBFA 4JTIA 1GG1A 1SO5A 3EX4A 4Z1BA 1K03A 3FJLA 3P7YA 3Q37A 4DPPA 2YR1A 1W0MA 1GOXA 3PWAA 2X1TA 4N2YA 5G2IA 2PURA 4WJEA 4GBUA 3CTLA 1QOPA 2R91A 3UZJA 2QJIA 3T4CA 4AH7A 1G67A 4GUJA 1NF7A 1RVGA 3HQ1A 4FNPA 1FY6A 5LHEA 5K7JA 4FXSA 3PF3A 4KWWA 1JUKA 1WQ5A 3CLMA 4AWSA 2DJLA 5DCBA 2I1OA 1O5XA 4IJBA 3I7SA 1XCFA 5K9DA 1DQWA 2NX1A 2WPBA 3GR7A 4QSHA 2NWRA 3F4NA 3C2VA 3KXQA 2YGYA 3N9RA 2FDSA 1Z48A 1F76A 4KFNA 1TO3A 3TR2A 2A21A 3MHUA 5FF2A 2GVJA 3A5FA 4LVFA 3LGEA 3GR8A 5CPNA 4OV4A 1F6KA 1KFEA 4S2BA 4UFJA 5F4WA 2RDWA 1GG0A 2CZFA 1FWSA 2A0NA 3KVMA 1XL9A 5EYWA 3Q2DA 1GYNA 3NQCA 2X30A 2PRMA 1R47A 5FEWA 4NJJA 1I2OA 1FDJA 3TAKA 3UZ5A 1BTMA 4AF0A 3LV5A 4GUHA 3C2EA 6ALDA 2X1SA 3L0NA 2DZVA 1G7UA 3KVKA 3QZEA 2QAPA 5A5WA 3TQ0A 4B5NA 2Y88A 5D09A 3PSWA 3PC0A 3P84A 4OQVA 4I7UA 4X22A 4NNCA 4JYDA 1ML1A 2A4AA 2Y7DA 5HR6A 4Z0JA 4WX2A 1H62A 1SZNA 1JRCA 4WUIA 2C3ZA 1HFBA 1QO5A 2OCZA 3OVRA 4HNNA 3HGOA 3H53A 2QJGA 4M6VA 5G5IA 3W6YA 4MLJA 2H6RA 5D30A 3LBMA 1FXPA 2H90A 2JK2A 4FXRA 1HTIA 4K6AA 5KITA 4LC8A 4P61A 3LXCA 4WXYA 3MI2A 4Z08A 1MEWA 2ZA3A 4EF9A 1TV5A 5LNVA 4X9SA 5FEZA 5LGXA 1W3NA 1YXDA 4K39A 1VQTA 4A3UA 2TRSA 3NL2A 1ADOA 3LCGA 3MBFA 3NM3A 5TIMA 3M47A 4DQWA 1I2PA 1SPQA 3OVQA 3TIMA 3GKFA 3O16A 3CEPA 2ZZ1A 1D3HA 1H7PA 4AEOA 3S0CA 1VCGA 3C52A 3HGRA 1OYBA 4H3DA 3M5YA 4Y90A 3W1AA 5HUPA 1R30A 4UMCA 3TJLA 4DELA 4DXVA 4FNRA 4JTTA 3T55A 3STGA 1OVDA 2C18A 1TCDA 3R8RA 4GRSA 4IMCA 3CWNA 4N4PA 3BG3A 3P82A 4Z1DA 5F2MA 1SW3A 3QEZA 1KBIA 1N7KA 1VJIA 4LUIA 2X1RA 3BG5A 1H5YA 3CB8A 4E38A 1GVFA 3TC7A 1AG1O 3DXIA 2UV8G 3VFLA 4TMCA 4IMFA 3BK0A 4GUIA 3HO8A 3W7MA 1LTDA 8TIMA 4NJKA 1F74A 1M5WA 2DZTA 4LT9A 2IQTA 5D33A 3GXPA 3M44A 1TPWA 5FI8A 4DO4A 5K2ZA 5I3FA 3S1XA 3BW4A 2Q3OA 2VXNA 3EKZA 1XBXA 4UTMA 2CLOA 3KRUA 2EPHA 4UTWC 4CQ9A 3WK2A 5AC8A 1LROA 5AB3A 3LM7A 3W7QA 4Z1CA 4MZ1A 1LBLA 5EY5A 3U2OA 1CI1A 3LLDA 1JJKA 5AYYA 5C5YA 1PL9A 5SWUA 2ZTJA 2TMDA 3MP5A 1T96A 1W5OA 3CC1A 3DGRA 4MZ8A 4GUGA 2ZQ0A 4XTDA 4ZQNA 4MJMA 1VPXA 3HG2A 2CWNA 4PODA 3T7VA 2DP3A 1SO4A 4I7VA 1FWNA 1R2TA 3SY5A 3EX1A 4JY8A 1NF0A 1JR1A 4WOQA 1S5VA 1KM2A 1W5QA 1DORA 4GJ1A 2A6LA 4XBSA 5G4EA 1VHNA 5KZMA 1OX4A 3N2MA 3NVTA 5CZTA 1EEPA 4G1KA 4ZL1A 3CU2A 4LV9A 2LLEA 3TMQA 3HB9A 2PCQA 1A50A 4HNVA 1I2NA 1ONRA 3OIXA 2FQIA 2V2DA 1K8YA 4ML9A 3HBLA 3RK8A 3QMTA 4GE8A 3UY8A 1CW2A 1LORA 4J9JA 2RDUA 2VFDA 3FKKA 3WFAA 3QRHA 1YTDA 2FJKA 4YCPA 4BWLA 3HG4A 1KFLA 2H3DA 3NOEA 3G3MA 4E0CA 3ABOA 1LLZA 1PHWA 1RQEA 1FDYA 3M6YA 2QUTA 3W07A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GTE A;  3PZN A;  1LRT A;  1XV8 A;  4IIS A;  3W1T A;  3LEN A;  4DI8 A;  2VWT A;  4WDU A;  2PLK A;  3W2L A;  3LHY A;  3LQL A;  3CMJ A;  4PMJ A;  2BB0 A;  2MUC A;  1SM9 A;  4O1B A;  3H23 A;  4PMX A;  1VYP X;  2J7B A;  4IFK A;  2ZYF A;  3PBG A;  1HL2 A;  5I6S A;  5CPT A;  5DY3 A;  3N18 A;  5D37 A;  5A6J A;  1TRD A;  4W93 A;  3U7V A;  4DBW A;  3CHC A;  4QRN A;  1Q6O A;  4ZO8 A;  3DHF A;  3CMF A;  1Z41 A;  4NAS A;  4OUE A;  2FGZ A;  4DIA A;  4FO4 A;  1CPU A;  4H9M A;  2NV1 A;  3CPR A;  3FGC B;  1OM0 A;  3CUH A;  2B4G A;  3WY1 A;  1BGA A;  2X16 A;  1PZ2 A;  3VE9 A;  1WDS A;  3HMC A;  4NNB A;  4Q4S A;  4Z2G A;  1T40 A;  3EB2 A;  2YZR A;  3WUE A;  1TPU A;  3NQE A;  2B7Q A;  1I1X A;  1E15 A;  5I3G A;  3A9B A;  3TN6 A;  3O0K A;  3GC2 A;  1T8Q A;  1EDQ A;  4IFO A;  4R7O A;  4FEZ A;  3EDF A;  2CLP A;  4NZ3 A;  4A3R A;  1U1J A;  5D2V A;  4XUG A;  1WXZ A;  1L6F A;  2DT1 A;  4QEH A;  3AU2 A;  4B15 A;  4US5 A;  3LU2 A;  2XIB A;  3BIC A;  1YPI A;  5FES A;  4R5E A;  3L0G A;  2WVT A;  3MTW A;  3GHS A;  2V63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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