4EOUA

Crystal structure of e. coli dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H5 (206-208)S1 (4-8)EMPTYS2 (38-41)AH1 (21-34)AH2 (53-67)TI'1 (67-70)TIV4 (208-211)TVIII1 (69-72)3H2 (48-50)TIV1 (40-43)3H1 (44-46)S5 (130-133)TVIII3 (244-247)AH3 (82-91)S3 (73-76)TVIII2 (79-82)TII1 (92-95)TIV2 (105-108)TIV3 (106-109)AH4 (112-125)TI2 (154-157)AH5 (145-152)S6 (157-160)S7 (182-185)AH6 (168-175)AH7 (191-197)S8 (201-204)AH8 (211-223)AH9 (226-243)AH11 (276-289)AH10 (249-259)TVIII4 (260-263)TVIa1 (268-271)TI1 (14-17)S4 (99-103)3H3 (136-138)TI3 (178-181)3H4 (188-190)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
publication title The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli with bound pyruvate and succinic acid semialdehyde: Unambiguous resolution of the stereochemistry of the condensation product.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 108
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2012-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4eouA00
3UWVA 2TMDA 2Y7FA 5LGXA 4EWND 1JUBA 5CZ0A 5LHEA 3DFQA 4RK8A 2DZVA 4DF1A 5F2IA 4PA8A 1QPNA 5I3FA 3UD6A 1JR1A 1LROA 1L2UA 4GUIA 5G2IA 2Q8ZA 3NQVA 3GDRA 4UCGA 3BW3A 3W2NA 3GXNA 4IGHA 1PVNA 1JCLA 1R47A 3GX9A 3W73A 3IRDA 1JULA 2E5BA 5L9FA 1BKSA 2ZZ4A 3V1PA 2ZZ3A 1SW3A 1W1ZA 4N6EA 4LRSA 4MY8A 3TKFA 3TW6A 1PL9A 3GXTA 4MUZA 4WJEA 4JD4A 4O1CA 4JR5A 4H3DA 3GKAA 2VC6A 4UR7A 1Q6LA 5C6MA 3OVPA 2QAPA 3H54A 3WJYA 1O5KA 4QIUA 4GNJA 4LVAA 4O57A 1CX9A 1O5XA 3S5OA 3NL3A 3QMTA 3GIYA 4IMDA 3BLFA 4LWWA 4JTIA 4Z08A 1FWRA 4HNNA 2E6AA 1JRBA 3L21A 2H90A 1DV7A 2QCGA 4AF0A 2E6FA 4HN4A 1GQNA 4JTSA 4YLWA 3FKRA 4OV9A 2QCEA 5D30A 2NWSA 3LHTA 2FPVA 3S9YA 1UJPA 1RQEA 1A53A 1N55A 5D09A 1YTDA 3W1XA 4QISA 1XUZA 3KFTA 3IEBA 2Q8LA 2WKJA 5E0KA 2V82A 1YLVA 3PR2A 5K9XA 1L6SA 3LCXA 3UWZA 1QAPA 3B05A 4BFAA 3RFAA 2H8ZA 2YDAA 5BMWA 1OVDA 3C6CA 4O50A 4K36A 3W1NA 3BVJA 2V30A 1B4EA 1I2RA 2YFNA 1DORA 3HF3A 3O6CA 3PBWA 3CIWA 2H6RA 2PC4A 5K4ZA 3KOFA 5CGQA 1W3NA 5TIMA 5F4SA 1VCVA 1TIMA 1NAL1 3EX2A 2VOMA 1UB3A 1KTBA 3NQEA 3V75A 3SFKA 2G5WA 3GNNA 4OE7A 2B7NA 3GK0A 1AL7A 3NQMA 1QMLA 4QAIA 2WNZA 1M6JA 1MZHA 5AHNA 2QJGA 1OFBA 3M5XA 1ADOA 3NQDA 4NJIA 1KM2A 2CLKA 4MFDA 5G4EA 3W74A 2AAMA 3P67A 3G0UA 4ZL1A 2O7QA 4X2RA 1R2SA 3I7SA 3O06A 3ABRA 2VFDA 1TPC1 3TQVA 2C16A 1QOQA 1ML1A 4C1LA 1GG1A 4FX6M 5HMSA 1WQ5A 4JTGA 4MY9A 3QW4B 4ADUA 4BR1A 5D2VA 2ZCGA 3PG9A 4JTFA 4KWVA 3MHFA 3TFXA 1RV8A 4GUGA 3PAJA 1I2QA 3P82A 3LCGA 3M43A 3DFNA 5AB3A 1BEUA 2G96A 1LP6A 4YMZA 4JTJA 3VNDA 5C5YA 2V8ZA 1PIIA 1VQTA 3DKLA 1SPQA 3TXZA 1M7OA 2Y6ZA 3DKJA 1K02A 3QQ0A 4XKYB 3LXBA 3DHDA 3UWWA 3N19B 3TJLA 3QYQA 3QPZA 4JX6A 3KRSA 3C2VA 1XFBA 2BX7A 3E49A 2CZEA 4K7YA 4JX5A 2QUUA 2YR1A 3CPRA 4EF9A 1W8SA 4JN6A 1F05A 1F5ZA 3TSBA 4HPXA 1RPXA 1F74A 3DHFA 2WJZA 2DZTA 4D2JA 2X1TA 4UFHA 4UFIA 1W5NA 3G1AA 1R2RA 3U8GA 1HO4A 5G2WA 1VJIA 3SW6A 2YGYA 5I3JA 3L0GA 2CWNA 3NR0A 4FF7A 5HUOA 3W7LA 4BF9A 4NJGA 1VYRA 4JYDA 1VH7A 3QW3A 4POCA 3LOTA 1KM6A 2QF7A 3FJ6A 2VENA 3MHUA 3USBA 3CWOX 1ICSA 4ZQCA 1QOPA 2J9XA 3MW7A 3FFSA 1DKWA 4XZ9A 5DXXA 2HTMA 5D33A 3L5AA 1OFPA 3CLMA 1TTIA 4HT3A 2BLEA 3B4UA 1LOQA 3NPWA 5EA9A 3W7OA 2NXHA 5FESA 3UPBA 3W83A 4UR8A 1LTDA 2QR6A 2X2GA 3HQ1A 2GQ8A 3TAKA 1ZFJA 2FB2A 2NWRA 3EX4A 2QCDA 1C8VA 3IIVA 5HR7A 5D04C 2E6YA 5AN7A 4XWUA 1ZALA 5BMXA 4MLJA 4NNBA 4UXDA 3W9ZA 3RLVA 3PUOA 4S1FA 5SWUA 3EKZA 4IMCA 2ATMA 1KM3A 5DY2A 3VKJA 3JS3A 3MO7A 1SO3A 2QCLA 1TTJA 2P1FA 3AJXA 3KVMA 1GVRA 4WOQA 2BSLA 3L65A 1J4EA 1GVFA 4AHPA 4JY9A 5D2YA 3EX3A 1D3GA 3Q94A 3HPSA 2RDWA 4PFMA 1OYAA 3LV6A 2OCZA 2E5DA 3B0UX 2A2IA 1RZMA 4FNUA 5FF3A 2X1SA 1LRQA 1VPXA 4H6KA 4AVFA 2H8XA 1X8FA 1B4KA 3NPVA 3W76A 1N7KA 4CQ8A 4PC8A 3NOEA 1ZNNA 4N9EA 3QPYA 4TIMA 3QF0A 1TRDA 3GB6A 3W1PA 2ALDA 4GWEA 5AFDA 2AGKA 3P8IA 3A24A 3MBFA 1T99A 3OA3A 4KFNA 2I9EA 1JQXA 4M5PA 4MIMA 1A5BA 1KFLA 3FOKA 2A7NA 1EB3A 1V7YA 3O05A 4BI5A 6TIMA 1A5SA 5EKYA 2YYUA 4LT9A 4QM1A 2XFWA 2VKZG 1KTCA 3FIGA 3W86A 4N6FA 2DZXA 3MI3A 4NJJA 4O16A 3E96A 1TJRA 4O1BA 2I14A 3OVQA 4R7JA 4KWWA 4N9DA 1TPH1 1F76A 1SO5A 2VEIA 4AMAA 3SSJA 2ZDRA 3M0ZA 3M5ZA 5F2LA 3TQKA 3G8RA 4TR9A 1WAUA 1HUVA 1F2JA 2CFFA 3OEXA 1ONRA 1ICPA 4O18A 1I8JA 5F2MA 3BGJA 1LYXA 4GE8A 2A6LA 4RCXA 3TW7A 4A3UA 3F1QA 1L9WA 3NQ7A 4E38A 4CCEA 4UTIA 3BARA 3PVFA 2LLEA 1TPFA 3CB8A 2A21A 1TB3A 3STCA 3KX6A 1FBAA 4O28A 4CNOA 4G1KA 3FYPA 1K7XA 1SW7A 3W6YA 3VCRA 3NQAA 1GWJA 4NXSA 5CKSA 5EY5A 4DQWA 4JXCA 3MBDA 4P2VA 5IM51 2QUVA 1VC4A 3GAKA 3LHVA 4NZJA 4RXGA 2A85A 2GUUA 2ZTKA 3P7YA 4Y9AA 1G7VA 7TIMA 1MEIA 5LKYA 4HPJA 3NM1A 4O52A 4GUHA 3G1HA 1KBIA 1XXXA 2HS8A 3W7DA 4PL2A 2VELA 4U28A 4WX2A 4IQLA 2CLFA 3W87A 1PCWA 3TSDA 2P0OA 1I2PA 3ABOA 5FEXA 4Z0JA 4NNCA 2AQWA 1OX5A 3L0NA 4N4PA 3THAA 4I9AA 1H7XA 5BOOA 4QSHA 2C1HA 5LHFA 4LC8A 2H3BA 1OF8A 5AC6A 3W1UA 3G18A 3E02A 3N3MA 2F84A 1WOBA 3OIXA 2NX9A 1OF6A 3WK1A 4RZ5A 2E1DA 4EOUA 5DXYA 2Z6IA 2X30A 1L6WA 2YYTA 3ZS4A 3NG3A 2YX0A 4WXZA 3Q2DA 3SI9A 1Y0EA 1DBTA 4NT0A 1M5WA 3R8RA 3NL2A 2GJLA 1JVNA 4IX0A 1DJNA 2Y63A 3LLFA 3N2MA 1P0KA 4E2DA 1W5QA 2WPBA 1IXOA 3L66A 2OX1A 3BGGA 4LW7A 3LI0A 4TX9A 4BI6A 3C52A 1G4EA 5IBXC 3GDKA 4DF2A 4UTMA 3P74A 5D38A 3WFAA 1WBJA 3A23A 4HHPA 4DBEA 5LSMA 2J88A 3T44A 5BW6A 2A6NA 1VR6A 1JUKA 2Y7EA 4O11A 2NX1A 3SGUA 3S1VA 1NEYA 3PY2A 1UUOA 4M6QA 4NU7A 4DPPA 4Z0SA 3ZR4A 5D32A 3BW2A 5EL1A 4LVFA 1LRTA 2ZRWA 1UCWA 4OQVA 4HNTA 3C2FA 2DZPA 4ALDA 1OFAA 4Q32A 3W1RA 2G95A 1D9EA 2WV8A 1SR9A 3NO5A 5T26A 3BG9A 5LNWA 4KFOA 3LDVA 3WK0A 2WSRA 3DFOA 3NQGA 5HINA 3S5ZA 1SFLA 5DCDA 3G0XA 3G24A 4IOTA 4UMAA 4JEQA 2WSYA 2B7QA 3IIOA 3IIXA 3L0KA 1OFOA 4JS3A 3O6DA 3LRKA 1Z42A 8TIMA 2J24A 3EB2A 1C9DA 1VHNA 3M41A 1PHQA 3HG4A 4MZ8A 5CZTA 4WOZA 4P61A 3NL5A 4KFPA 4UTJA 5EMUA 1QCWA 4UMCA 3INPA 2FIQA 4UFJA 1AW5A 4OGZA 1RR2A 4E2BA 4I7VA 2VEMA 1TJPA 2PURA 3L67A 4C1KA 3GR7A 3C2EA 3THQA 1W5OA 4PH6A 3S1WA 2E77A 1QFEA 1F73A 4MZ1A 1JCYA 1A5CA 1G4SA 2DZWA 1XBYA 1NFBA 2FTPA 2Z0IA 3W2MA 2ZA3A 1TO3A 4AEOA 4JICA 3TA6A 4XKYA 5CG7A 1K8ZA 5AC7A 3M9YA 1GT8A 3IIPA 1YDOA 3C8FA 5K4XA 2NUXA 2B0MA 4M7TA 3SY5A 3GDMA 5F4XA 1H1YA 3N14A 3R13A 2X1RA 1IIGA 3LHUA 1JQVA 4O4VA 2X1UA 3LCIA 3TIMA 3VI2A 4K8HA 1JCXA 5H91A 3STFA 2UV8G 1W3TA 2ZA2A 3L68A 5K3VA 5HWMA 4FNSA 2QEZA 3UXDA 3N9SA 3S5YA 3M44A 2D73A 4WUIA 4LNYA 1TRIA 1J5TA 2ZZ6A 4AXKA 4DBDA 3CIXA 3UYCA 2BWGA 2WNNA 3QQ1A 2EAWA 1GVQA 5FF4A 5D2XA 1IXPA 4EVZA 2GVLA 3LLDA 3IGUA 5HUPA 5KZDA 5LNRA 2C15A 4OU1A 2WNQA 4X22A 2TSYA 3LCHA 3C0JA 5AYXA 2Z1BA 4UFKA 2DZUA 2ZYFA 3FLUA 4LTSA 3HGOA 3CEUA 1ZAIA 1MXSA 4MY1A 1FDJA 1H7RA 3H53A 4PL1A 4YXGA 2DU2A 5HWJA 2FDSA 2O7SA 5C2XA 2V2CA 3HG2A 2JK2A 1SZEA 4AB4A 2E6DA 1KM5A 2ABBA 3IVSA 2JKAA 1FDYA 1SZFA 3TJXA 3TXVA 1TV7A 1DOSA 1DHPA 3O8AA 2ZRUA 4NX5A 3NAVA 3IV3A 1D3HA 3QMRA 3R5EA 1XM3A 2BZNA 3QH2A 4X9SA 4K39A 4O15A 3W1MA 2J27A 3W2UA 1XI3A 3VFLA 3BLEA 3G0SA 3CHVA 3LCWA 1B9BA 4O54A 3E9AA 3UY8A 5CSRA 3TH6A 2B4GA 3I6RA 3SR7A 4JDYA 5EPDA 4UTUA 3LCFA 1LBMA 1T96A 2RFGA 3Q37A 1FXPA 1HO1A 1GG0A 3YPIA 1O95A 4LOCA 4GFSA 3ABSA 1XC4A 4FX7A 1H7PA 1DL3A 5LNUA 1P5BA 1AL8A 2Z2UA 3PWAA 4UNKA 3TX9A 1LZOA 1OG0A 3MUXA 1Q6QA 1SO4A 1S5WA 4JX4A 1GZGA 3ELFA 1IGSA 3TU9A 5AHFA 1JCNA 1W37A 3MWAA 3TE9A 3MMTA 4WZHA 4FEZA 3P60A 1H5YA 4O0ZA 1QNVA 1TTQA 3LRLA 1ZY9A 4NX0A 5DBTA 2V0TA 1JUEA 1KV5A 2R91A 5AC8A 1T0OA 3DFTA 3RU6A 1I4NA 4M7SA 3W88A 3D0CA 3ANYA 3UZ5A 4LVDA 4JIQA 4TU1A 4N4QA 3HGJA 1W56A 3HB9A 2CLMA 4K6AA 4QNEA 3W2LA 1TYGA 4UFMA 1LOSA 5E93A 3STGA 1I2OA 5HWNA 1QPRA 1SO6A 2PCQA 3C2RA 3DU0A 3S8HA 1H63A 3W75A 1YPFA 3W7NA 4O19A 3LBCA 3KVLA 5IBXA 3TV8A 2EPHA 2ZZ1A 6ALDA 2HMCA 4UTWA 2QCFA 2OJPA 1S3HA 4NVTA 4JTLA 1ME7A 2CLOA 3TUUA 3NZ1A 2ZZ2A 4HIBA 3M5YA 1VLWA 4FNTA 3C56A 1GOXA 2V5BA 1S5VA 2E09A 4KKXA 4OV4A 2GVGA 3NQFA 2DORA 3OVRA 2QCMA 4ONVA 1G4TA 3W84A 2VFEA 3TCEA 3O07A 2IQTA 1WX0A 1ZHAA 2Y62A 3UWQA 4UIOA 3MYOA 4O10A 4A29A 1FY6A 3LHYA 1EX5A 3GXPA 4XBKA 2TYSA 1YADA 2W6RA 1S5TA 3S0CA 1J2WA 2NV2A 3RK8A 1FWTA 1SZGA 1EP3A 1H62A 4XBSA 5FI8A 5CPLA 2X16A 4EF8A 5FF7A 1GPWA 2V81A 5TQLA 5BRBA 1TSIA 1IIHA 1MEHA 1LLWA 4LUJA 5KZMA 1SW0A 3BG3A 3TNOA 1C29A 4UUIA 4JTEA 3W7IA 2XN1A 1WV2A 3G22A 1K7FA 3LI1A 4GUFA 1SSGA 4GC4A 4AH7A 3TFCA 2VFIA 2QCCA 2I1OA 4IMFA 4Y6GA 1IF2A 5AOUA 1OJXA 4DELA 1EUNA 1QO5A 1NF7A 1SSDA 3EX1A 3I7QA 1KM1A 5AHMA 5CPMA 2EKCA 3PBYA 4N2YA 1TCDA 3LRMA 5BNKA 5ABTA 1TV8A 5FEPA 1EA0A 3CWNA 3QJAA 5D03A 3S6DA 4HNVA 3PC0A 1FX6A 4A21A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NDZ A;  2TMD A;  3IS4 A;  1CGW A;  2BOG X;  4HJF A;  4G7F A;  2DZV A;  4PA8 A;  1HL9 A;  3MSG A;  2PWF A;  2O4Q A;  3CV2 A;  1LRO A;  1B0I A;  1L2U A;  5G2I A;  3H22 A;  2QPU A;  2VZT A;  4HHL A;  1A49 A;  4UCG A;  1UR9 A;  1PVN A;  1R47 A;  3KS6 A;  3IRD A;  4US5 D;  1T41 A;  1JUL A;  3JZU A;  4K3Z A;  5L9F A;  2VZU A;  3WFL A;  1BKS A;  2ZZ3 A;  1W1Z A;  3A3X A;  3TKF A;  3TW6 A;  1PL9 A;  2DDX A;  1EDT A;  1O66 A;  2NV9 A;  1F9C A;  5MKG B;  4JD4 A;  5REQ A;  1X96 A;  3GKA A;  2VC6 A;  3AYT A;  4D71 A;  2WB5 A;  3E74 A;  2Z7G A;  3OVP A;  3LA4 A;  2YIH A;  1E6R A;  1B3Y A;  1CX9 A;  1O5X A;  4O57 A;  3GIY A;  3BLF A;  4JTI A;  3IAN A;  3UXK A;  4HNN A;  4RNJ A;  2EG7 A;  4W88 A;  4YLW A;  3U2C A;  2PGF A;  5C9U A;  2PDP A;  2YCL B;  1JYX A;  2FPV A;  3MVT A;  4CU7 A;  3D3A A;  4HSH A;  2PI6 A;  3LSB A;  5LA2 A;  1RQE A;  4DWS D;  1YTD A;  2DEP A;  3W1X A;  1XUZ A;  5HAT A;  1JYN A;  1WZK A;  3NFU A;  2NLY A;  1Y65 A;  1Q6G A;  3EPO A;  1UH2 A;  4AD3 A;  3UWZ A;  3B05 A;  3EB3 A;  3OLG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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