4FF5A

Structure basis of a novel virulence factor ghip a glycosyl hydrolase 25 of streptococcus pneumoniae participating in host cell invasion
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
229
structure length
227
Chain Sequence
NIAQIEAQALKHLDKPIIDLSGWQRPEEINYDALSQNISGAIVRVHSGTTKENDASFINGIDKAYKSHITELQKRNVPVAVYAYVAGKSVQEMEKAAEVFYNAASPYSPSYYWLDVEDKTMSNMNEGVENFRAKLASLGAKNIGIYVGVYFMEEHSIDTGKFTSVWIPSYGSDSGFLESSPKTDLDYDIHQYTSKGKIAGFDHDLDINVISPLKNKEETFRKLFLKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure basis for GhiA a surface associated Glycosyl hydrolase 25 of Streptococcus pneumoniae required for entry into eukaryotic cells and virulence
rcsb
molecule keywords Glycosyl hydrolase 25
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 76
structure length 227
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ff5A00
1QW8A 3GXMA 4C7DA 3E1F1 2O92A 3N12A 1N82A 4ZE5A 3W0KA 5A1AA 1MVYA 1UG6A 3CUIA 2BHYA 1P6WA 2ZUUA 1QHPA 3O2LA 2WMHA 3WD0A 3QHNA 1W1VA 1ZBVA 3KZSA 5LA0A 3WL0A 2ZX5A 1B9ZA 1NOWA 2DT0A 1EDGA 2VNCA 4GKLA 2CETA 2GJXB 1FP9A 4HZ8A 2XVNA 3WMSA 4GO8A 3QOMA 1XV8A 5AY7A 5A94A 3VILA 2JALA 3NIYA 4BQ5A 1E43A 1EHNA 2QMKA 4CUCA 3MUIA 3RILA 3VIHA 1V6UA 4XV0A 3VMNA 2PWGA 3TP4A 3RCNA 2CKSA 1BGGA 1JYVA 2ZE0A 1UKOA 4M24A 5E6ZA 1XD0A 4IM4A 2J8GA 2GSJA 4M80A 4TX6A 3K4DA 3VIMA 3A4AA 2J8FA 1E0VA 1WCGA 2YL9A 1IV8A 4LYQA 2Y5EA 4UOQA 4JKMA 4P7LA 1ESWA 4CU8A 2J7FA 5DO8A 3HU7A 1C8YA 1AQ0A 4LX4A 2C8NA 1EOKA 4U3AA 3A47A 3AHTA 4JL1A 1E3ZA 3VD7A 1QVBA 1UA3A 1GQLA 4MNJA 4MB5A 1IT0A 3WMBA 5BYWA 3ZIZA 4GQRA 3CZGA 4E4PA 2GJPA 4U33A 1TVPA 1VEMA 5A6JA 1GZJA 5A8OA 3WBAA 2WXDM 1B3WA 4WKFA 3VMPA 1GOKA 3OIHA 1BG4A 1GOMA 3MO4A 2AAAA 5A6BD 4W5UA 5EFDA 1M7XA 3B9AA 4UQ9A 4CCEA 1CGYA 1H41A 2WWDA 3ZJKA 1JZ4A 1NWSA 4X0NA 3WUEA 4B15A 1H3GA 2WC3A 3AZTA 2VZSA 5A6LA 1QNPA 1TR1A 2DT2A 3N11A 3WF4A 2QV4A 4QAWA 2X1IA 4D6HA 1CTNA 1OGSA 5AYBA 1E56A 2W66A 1JNDA 1XCWA 4PSRA 4QP0A 5CPSA 3W4RA 2CERA 1E0XA 1QI2A 1A47A 3CBWA 3CHCA 3B9DA 4OOUA 2GDVA 3ZJ6A 1V3JA 1HJSA 5E09A 5ABFA 3AXHA 2DDXA 3ARPA 4OZOA 5HPCA 4AD4A 1OSEA 1UH3A 1M04A 1BYAA 2A3CA 2YL5A 4P8UA 3WDJA 2WMIA 4TVDA 3AHXA 3GYCA 3TTYA 1ZJBA 2ZUTA 3AJ7A 3K46A 3CZEA 2BS9A 4M56A 5EB8A 5CLTA 6A3HA 2HISA 4HTYA 2WLYA 5ABEA 3SCUA 1BFNA 4MADA 2XHYA 3VX1A 1Q6CA 1CNVA 1PIGA 4YN5A 3WIJA 4EK7A 5DEZA 1Q6GA 1W2PA 1O7AA 3AFBA 3PN8A 4JKLA 4PMYA 2BXZA 3WH8A 1I75A 2J25A 2DSWA 3UG3A 1GOWA 4CGTA 1W32A 5HNNA 5IFPA 1GPFA 1GJWA 5BWFA 2VZUA 1CPUA 4PMOA 2ZUWA 1TFVA 1XD1A 2QMJA 5EBAA 3IANA 1CECA 4URIA 1UWRA 3EMZA 3NJ3A 2Y8KA 4ATDA 4NRRA 5A8NA 4UFLA 4W93A 1HVXA 3PZTA 3VDHA 3K8LA 2X8RA 5LYRA 4EANA 2YDRA 3N18A 4IUGA 3KL3A 1Y7VA 3RO8A 1NWTA 2FHFA 4CCCA 1OIFA 4H8UA 2XVGA 5A2CA 1LLOA 4W7WA 1E4IA 3EDKA 5CSUA 4D72A 5A6AA 2D24A 2Y8VA 4V27A 5HBFA 4JIEA 4HA3A 2W5FA 2V3DA 4AC1X 4D6FA 3SUUA 4J3WA 1ZBWA 5HPOA 1QNRA 4JZ5A 4AY1A 4FMVA 3VM5A 2D2OA 3PTKA 3AS1A 3GTNA 2GUYA 1MXDA 2J62A 1E0WA 2WNWA 3ARQA 4D6GA 8A3HA 4J3UA 3WDRA 1GOQA 1BGAA 4U5KA 4GIAA 4GO9A 4MNLA 2XPKA 4WLCA 5BXRA 6CGTA 2CESA 1HJQA 3OGRA 2DEPA 2YDSA 4QFUA 1JZ6A 4U2ZA 2ZX9A 3WEMA 4MDPA 1WZKA 3RPMA 3BSGA 3SURA 2UWFA 3VU2A 3ARVA 4Q7NA 3VGDA 4GQQA 1C90A 3OLGA 1GQJA 2CIPA 1E9LA 1B2YA 1BLIA 3I3BA 1K9FA 4B16A 2WC7A 1PX8A 1HT6A 3M7SA 3PZUA 1LL4A 4DUVA 5ABGA 4CD5A 9CGTA 3GH4A 4JFUA 2WK2A 1C91A 2ZOXA 4KMQA 2E9BA 1MW2A 4UQDA 2OSWA 4UFMA 4J27A 2PI6A 2YBTA 1U30A 5IDIA 2JF6A 3AIBA 1MW0A 1VEPA 2W92A 2HVMA 2X09A 3B8SA 1E6NA 1JF6A 2D3LA 1JF5A 2WLZA 3EDFA 5BRQA 3RJXA 3GDBA 5CPTA 2ZXQA 1Q4NX 2XVPA 5AYIA 4ACYA 2WZHA 1PAMA 2VTFA 4XB3A 3LPOA 3RJYA 2OYMA 2NSXA 1DWAM 1FFRA 1NOUA 2CBUA 1D2KA 1J01A 1TVNA 3WDIA 1M01A 1JL8A 1GW1A 2XFRA 1V3IA 4FLQA 2DSZA 1G94A 3WQ4A 4E8DA 4L4PA 1UYQA 5DF0A 1B1YA 4NSBA 2CHNA 2JEQA 3M46A 3VDBA 2WCGA 1JI1A 2ZUMA 3A3HA 3MSGA 1H2JA 1WAWA 3WNKA 1LF1A 1UKPA 2F8QA 1UKQA 5CXPA 3M6DA 1KFWA 1XC6A 2WVVB 1ISVA 4C7FA 4CD4A 1JYXA 3LPGA 2CBJA 1CXKA 3AXXA 4M29A 5HXMA 2WMGA 3BMWA 4BS0A 1JXJA 2FHBA 1EQPA 4D6EA 1IZKA 4TXEA 1H0IA 1MWOA 4A3YA 1V0KA 2D22A 3VD5A 3ZQ9A 1DHKA 3GNOA 3N1AA 1UR1A 4BF7A 2GJRA 2VVSA 2VUYA 5D4YA 1XSJA 3EYPA 5EMYA 3L2LA 5KZ6A 1NM9A 1VF8A 1UR9A 4AZCA 2ZX6A 1US3A 3OGVA 1XH2A 4NZCA 2VRKA 3DECA 2QF8A 2XM2A 1EA9C 3LPPA 1BHGA 2V3EA 4DWSB 4WSKA 5C8BB 2XGIA 4PMXA 4UZSA 1MW3A 2V3GA 4P8WA 2PF0A 4W8AA 4UOZA 1M03A 1CLVA 2GVYA 4MPKA 4WSJA 4UTFA 1XCXA 5JBFA 4N42A 1KBKA 4K68A 1U2YA 2PWHA 1VIWA 3SCQA 2XWDA 3PZOA 2YIHA 3AYSA 2WHLA 2BVDA 4P7RA 4PMZA 1W2VA 3AS2A 1JDDA 1BAGA 1CWYA 1CZ1A 1R7AA 2FGLA 1W9DM 4JFSA 3WFLA 3ARRA 1WDSA 5FCZA 4P7NA 1FHDA 3AROA 5JBDA 1LL7A 3EDDA 2XVKA 3L4WA 1F4HA 4L4OA 2W67A 5E6YA 2VCAA 3AIQA 1PZ3A 1V0MA 4FK9A 3FN9A 3WENA 2CBIA 3KL0A 1RPKA 2UY2A 4ZXLA 2IUZA 5A6KA 5D9OA 4BQ4A 3AIEA 3G6LA 1WDPA 2BY1A 2OLHA 3CHEA 4AD3A 4KGJA 1GOOA 3WNNA 4CD7A 1R87A 3AHZA 3N13A 1ZU8A 3W27A 2ESCA 2G3MA 7CGTA 4S3KA 2OSXA 3CPUA 4AZBA 4CD6A 5A8PA 2WMKA 4D71A 3FHQA 3M07A 1LG2A 5E9AA 2VX5A 4LGXA 2YDQA 3WFZA 1K9EA 1CXLA 2E9MA 1VBRA 5I2UA 1HJVA 1SMDA 3SUVA 3WDHA 2G4FA 3W6MA 1ZS2A 2VT0A 2WM0A 4HA1A 2XTKA 4UQCA 4EAMA 3SCNA 2YL8A 4UFJA 3WELA 1FA2A 3ZR6A 1OIMA 3OLEA 3AICA 1C7SA 2WMFA 4PCTA 3L4ZA 1AVAA 2X2YA 4NRSA 1MYRA 4UR9A 3SCOA 1KWGA 1R85A 3OLDA 1AQMA 1JXKA 1V3HA 1J11A 4J3VA 3GZAA 3ZJ7A 2WVTA 3QOKA 4OBRA 3WEZA 4MNMA 1HKJA 4WF7A 1CXHA 1ZB5A 1SFSA 2O9RA 1VB9A 2TAAA 2WHJA 3WD3A 2V5CA 3MMUA 2DPEA 2GK1B 4W84A 1JIBA 1J9YA 5FIPA 1JAEA 4J7RA 1V6VA 1JFXA 4D6IA 3CLWA 1V6XA 2BFGA 2F2HA 3DYOA 5GQBA 2VC9A 1MW1A 1BG9A 4CN1A 2V5DA 4N0RA 3CH9A 4ZEPA 1WDRA 4HZ6A 3VD3A 4XZBA 4TVCA 2A3AA 1C92A 3NDYA 4OBSA 5I78A 3ARYA 1KR1A 3THCA 2J77A 1D3CA 4PMNA 2JIEA 2XM1A 1VENA 3SCVA 2VX7A 2O9OA 2WBKA 4ATLA 2BY0A 3FNDA 5I24A 4H7VA 3BGAA 4Z2GA 1E6PA 3ALFA 3B9EA 4ML4A 1CENA 1TCMA 1UR0A 3U5YA 3F5LA 4JL2A 4ACZA 4GZEA 2CXGA 2X05A 3ECQA 5A95A 3WL1A 1E1FA 1OD0A 1G01A 5I0DA 3A4WA 4W89A 1DWGM 3WQ8A 1ODZA 5BROA 1UZ4A 3ZT5A 1XYZA 4LYRA 3U57A 4QLLA 3W38A 3OBAA 1QNOA 3QGVA 1YQ2A 4W7UA 4MB1A 3AIUA 4R27A 3W29A 2XVLA 4CD8A 1E71M 4PBGA 1WO2A 1VEOA 2D23A 3IJ9A 3W28A 3KWXA 1E4NA 2WKGA 2WKLA 1MQQA 2WVSA 3VGHA 4KH2A 4PUEA 2XIIA 3VINA 3T2OA 1V6YA 2NT1A 4GI8A 1E6ZA 2JEPA 2XJ7A 3ALGA 1CGTA 1PJ9A 2A3BA 1CGWA 2BHZA 2O9PA 3W37A 4NF7A 5GNZA 3GBEA 1JNEA 4KRUA 1VRXA 2CNCA 1LWJA 4HMEA 1GONA 3NYDA 3WNMA 2G3NA 2CITA 2DGAA 5JIPA 3AIVA 3PZGA 3ZT7A 3UR8A 2OYKA 1ZJAA 4RE4A 4GPNA 3W25A 1V3LA 2YKKA 2J47A 1C8XA 3W26A 1UR2A 3GNRA 1BVZA 1WZAA 4AIUA 1GNXA 3LPFA 5AC4A 4M81A 4J3TA 2XUCA 4BZYA 1FFQA 4H2CA 3BAIA 5BXPA 4TTGA 1NP2A 1JFHA 2E40A 1BF2A 4KRTA 3WUBA 3NCOA 4Q22A 4F9DA 1DWFM 1UD2A 2F61A 3FAWA 4X9YA 4J3XA 3U7BA 1EDQA 1H0GA 2YLAA 2QPSA 1W91A 5JUVA 1W3HA 4MJ4A 4MB3A 4P7QA 2XSBA 3T0DA 3ZO9A 3W6LA 3SCPA 1WNOA 3JUGA 1LL6A 2J7GA 4W88A 1UR8A 5A69A 5M5DA 4GI6A 4H04A 4AIEA 1HF6A 1B90A 5IXEA 3F4VA 3FW6A 2VVNA 2JE8A 2ZXAA 4QCEA 5CQ1A 2PWDA 4U31A 1ISXA 4UFKA 1JGIA 2WANA 4TUFA 4UFIA 3UESA 4D6DA 1EH9A 2PWFA 2VR5A 4HPGA 3AZRA 3BMVA 3WDPP 1QHOA 3RM9A 1JZ5A 2AMGA 1UUQA 1I1XA 1E40A 2OYLA 3VGBA 3WH7A 3BAWA 1CGUA 1B3YA 3NDZA 1EIBA 3WQVA 3RMEA 2DSKA 1TA3A 3AZSA 5HOSA 4PMVA 1G0CA 3MUZ1 4JFVA 3OZPA 1EQCA 1CXFA 2EPOA 4LQ1A 3UCQA 1H09A 4CVUA 2XSAA 4JFWA 2YBUA 3NSNA 3SCRA 3SCWA 1AQHA 2GFTA 3UR7A 1XH1A 3CUFA 1CXEA 3HN3A 4DWSA 3ZOAA 3VKKA 1KCKA 1DP0A 3N15A 4AEFA 1UKTA 2FGZA 4OJYA 1WP6A 4KWUA 2ZX7A 1KCLA 2WSKA 4AYSA 2WC4A 4UNIA 4UQAA 3OLIA 4AZ5A 3ZSSA 1ISYA 2W4XA 3IJ7A 3VIKA 1V08A 1E73M 2J7EA 1HKMA 4GINA 3IK2A 5M3WA 4CVWA 3ZR5A 5FOOA 4QDMA 1B3VA 1VJZA 2XG9A 3HJEA 1JI2A 4ZXOA 5A3HA 3DYMA 3F5JA 1G9HA 2DH3A 5ABFB 1H11A 1MQRA 3S2CA 1K9DA 5D9NA 3BAKA 3PTQA 2UY5A 1UWIA 2RGMA 1E6SM 3L4YA 4AMCA 3SUTA 3ARUA 1J0JA 3T2QA 2VZTA 3WNLA 4QLKA 1CBGA 1Q6DA 3QHMA 3THDA 3FXYA 2VZOA 1UH4A 3AIRA 4OIFA 4AD5A 4Z2IA 4KGLA 2PC8A 1G5AA 4MJ2A 1V3MA 2YL6A 3D3AA 1KXVA 3VTRA 3WEOA 2WSPA 4FF5A 3VDAA 1HP5A 1OB0A 1KGXA 3BH4A 4MTVA 1ZL1A 1LJYA 2DT3A 2V38A 1J0IA 2WAGA 4J3SA 4CN6A 5DFAA 5D9PA 2DIJA 1UD4A 3PZQA 1EHAA 4UCFA 1J0ZA 1RP9A 2VI0A 1UD3A 1GHSA 3AHVA 4W87A 1UOKA 3WD1A 1W3LA 3AMDA 3N04A 1HIZA 3WF1A 4HMDA 2BXYA 2J79A 3T2PA 1Q6FA 2YOCA 3PZVA 5FD0A 5I23A 2YLLA 2XWEA 3CIVA 3QHOA 1W9VA 1EXPA 1WB0A 2GJXA 4JKKA 3WH9A 2XFFA 5D9MA 3WNPA 3U7VA 2VRJA 7A3HA 4PTMA 3VMOA 1W3KA 2VJXA 2DQXA 1WZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QW8 A;  3GXM A;  4C7D A;  3E1F 1;  2O92 A;  3N12 A;  1N82 A;  4ZE5 A;  3W0K A;  5A1A A;  1MVY A;  1UG6 A;  3CUI A;  2BHY A;  1P6W A;  2ZUU A;  1QHP A;  3O2L A;  2WMH A;  3WD0 A;  3QHN A;  1W1V A;  1ZBV A;  3KZS A;  5LA0 A;  3WL0 A;  2ZX5 A;  1B9Z A;  1NOW A;  2DT0 A;  1EDG A;  2VNC A;  4GKL A;  2CET A;  2GJX B;  1FP9 A;  4HZ8 A;  2XVN A;  3WMS A;  4GO8 A;  3QOM A;  1XV8 A;  5AY7 A;  5A94 A;  3VIL A;  2JAL A;  3NIY A;  4BQ5 A;  1E43 A;  1EHN A;  2QMK A;  4CUC A;  3MUI A;  3RIL A;  3VIH A;  1V6U A;  4XV0 A;  3VMN A;  2PWG A;  3TP4 A;  3RCN A;  2CKS A;  1BGG A;  1JYV A;  2ZE0 A;  1UKO A;  4M24 A;  5E6Z A;  1XD0 A;  4IM4 A;  2J8G A;  2GSJ A;  4M80 A;  4TX6 A;  3K4D A;  3VIM A;  3A4A A;  2J8F A;  1E0V A;  1WCG A;  2YL9 A;  1IV8 A;  4LYQ A;  2Y5E A;  4UOQ A;  4JKM A;  4P7L A;  1ESW A;  4CU8 A;  2J7F A;  5DO8 A;  3HU7 A;  1C8Y A;  1AQ0 A;  4LX4 A;  2C8N A;  1EOK A;  4U3A A;  3A47 A;  3AHT A;  4JL1 A;  1E3Z A;  3VD7 A;  1QVB A;  1UA3 A;  1GQL A;  4MNJ A;  4MB5 A;  1IT0 A;  3WMB A;  5BYW A;  3ZIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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