4FIQ | Genus

Total Genus 118

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	315
structure length	315
Chain Sequence	DKLKIIMEKGTERLKRGFAKMVKGGVIMDVTNAEQARIAEEAGAVAVMALHKVPADIRKAGGVARMAPVEKIQEIMDAVTIPVMAKCRIGHEAEARILEALGVDMIDESEVLTPADPFFHIYKKKFTAPFVCGARNLGEAVRRIWEGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRLVNENIRLIQRMTDEEIYGVAEKFAEPYLRLAFSVKEISGLPKRVLENEPIYEGFTYREIVEDIYKILLEIKKLGRLPVVNFAAGGVATPADAALMMAMGMDGVFVGSGIFKSSNPPKMARAIVEAVNHWDEPDVLAEISREIGE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Pyrococcus horikoshii
publication title	Crystal structure of pyridoxal biosynthesis lyase PdxS from Pyrococcus horikoshii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
total genus	118
structure length	315
sequence length	315
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2012-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family
A	PF05690	ThiG	Thiazole biosynthesis protein ThiG

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4fiqA00

5DCEA 3W1MA 1KA9F 1HUVA 1SO4A 5D2WA 4FF7A 5G4WA 2R8WA 3O06A 1LOSA 3UWQA 1NF0A 4ZMGA 3UXDA 3EWWA 1H7RA 3QRHA 3GNDA 1XDLA 4QQ3A 5SWUA 4BI6A 3M1ZA 2D73A 4JN6A 2CLEA 4ML9A 3MP4A 4ZQCA 4K8HA 4X3ZA 5F2IA 2RDTA 3FOKA 3LHYA 4A22A 1KM3A 5J5RA 2HMCA 2E5BA 4JGDA 3A9IA 3W7MA 4I7UA 4N9CA 5HWJA 3V75A 4MFEA 2NWRA 3TAOA 3HPXA 5DLCA 3CWNA 1L9WA 4PC8A 4O8RA 1SO6A 3EKLA 1G69A 1PHQA 3LB0A 4UNLA 1GQNA 4WUIA 1DQXA 4O12A 3W2NA 2H90A 2ZTJA 4RZ4A 1EUNA 1BWKA 1H63A 4DPPA 4O53A 5LZLA 3LV6A 6TIMA 3GDMA 2ZRYA 2H3BA 3Q94A 3GKFA 4LVBA 3W6YA 4FXSA 2QAPA 5CPMA 6ALDA 1OJXA 4PTNA 2VFIA 5FEPA 3TIMA 4ZQOA 3TSMA 4AF0B 1V7YA 1H5YA 1ICSA 4QSHA 1TPEA 1LDCA 3DFTA 1P5BA 4LWWA 4UR8A 3WK3A 5FF0A 4DPQA 3PSVA 3LCWA 2QKFA 4K36A 3G1XA 5L9FA 1TQJA 4GWEA 5F4WA 1XDMA 3KX6A 4DO4A 4LRTA 3EWUA 2JKEA 3FEMA 2DJXA 3NOEA 3KHJA 4ZQMA 2TRSA 4Q4KA 4J9JA 2KZHA 3TH6A 3NQMA 4JTFA 1LORA 3W72A 1G67A 4O0KA 1XM3A 2J88A 3N14A 3A24A 4JYFA 2EF9A 3FJLA 4PODA 3NGJA 3BLIA 2BZNA 3BGGA 1WOAA 3IVSA 5LGZA 3EX3A 3I68A 3Q58A 3W85A 2VFHA 1THFD 3RLVA 2A7RA 2CLFA 1MXSA 5F2LA 3M16A 4O57A 1GT8A 1LRTA 4NXKA 2JGQA 2ZRWA 3QFEA 2VFFA 4B5NA 3UZ5A 1ME9A 3M5ZA 1Z44A 1OX5A 1J5TA 1LROA 4Y9AA 2O7QA 4OHQA 2O7SA 1OVDA 2B7OA 1LTDA 1EPXA 4NJGA 1QWGA 1LOQA 5CPNA 4WXYA 4FNQA 4A2RA 3UPWA 4XTDA 1T8XA 4UFMA 5CSRA 4JR5A 3ZWTA 3GDRA 3LV5A 1C29A 4O17A 1YDVA 3TFXA 4DF0A 5C55A 1QPOA 3W88A 2ATMA 2DZWA 3PF3A 5AHMA 2WSRA 3GXNA 3STGA 4O1CA 4UMBA 3T40A 4WY0B 5CZJA 3BG9A 3R8RA 4OWGA 2VENA 1TPFA 3P81A 1L6WA 3MBDA 1P0KA 1G4SA 4N9EA 2GVLA 4AWSA 1RD5A 3C6CA 1OFEA 3HGSA 2C16A 2IQTA 4BI5A 4A21A 5AC7A 2VC6A 1ZCOA 4CCCA 1JUEA 4GUJA 2A6NA 4IMEA 3C3NA 2NXHA 3LM7A 3P67A 2RFGA 1HG3A 3T7VA 1VLWA 3JS3A 3L65A 2J27A 3RF9A 3GXTA 2W79A 3GX9A 4JS3A 3W7RA 3DU0A 4S1FA 1CW2A 4RZ5A 1EA0A 3CWOX 3N2XA 2CLIA 1TTPA 2QCLA 1MEWA 3G1HA 1EP1A 4Z1AA 3HG2A 3ZR4A 1SW0A 3HIJA 4GUHA 3W1AA 2NZLA 3IIPA 4NX5A 5D37A 4HT3A 4R34A 4OV9A 5HJLA 1K7XA 3NQ8A 1TTIA 4KWVA 1TV8A 4LVDA 1ML1A 3W83A 3EKZA 3JRKA 4POCA 3NM1A 3SIZA 1MSSA 3W7OA 1OK4A 1GTHA 2GVGA 5DXXA 2BTMA 1YXYA 3CT7A 5G1TA 3R2GA 5LNVA 5IM51 1FUYA 3A23A 3QJAA 1KFKA 3PM6A 1JVNA 3KXQA 2DORA 2ZFAA 2TSYA 5D02A 4HNNA 1AW5A 3KAOA 1OYCA 1LCOA 4UTLA 3BW2A 3LRKA 4UC5A 1TPC1 1K8ZA 3Q2DA 5BMWA 3B4UA 3NQFA 3THAA 2FB2A 4P2VA 4UR7A 3HGJA 2WNQA 3B06A 1UUMA 4FX8A 1R2TA 3QQ1A 2C18A 4N02A 2CLHA 3LCXA 1M6JA 1Z48A 5CSSA 5D30A 2F84A 5AOUA 4DO6A 4JTJA 1XBYA 1A5SA 2VFDA 1A5AA 4XKYA 2J24A 3DBPA 3KRUA 3P60A 1RR2A 3B0PA 5EBUA 3LOTA 4WZHA 1TV5A 3SW6A 3F4WA 2X2GA 1ONRA 3NQ6A 1X6UA 2V8ZA 1XCFA 1W8SA 4H4IA 3EX1A 1FBAA 1W56A 3QW4B 2V0TA 3CTLA 3EXTA 1KFEA 1GG0A 1ADOA 2BLEA 3FS2A 4HKPA 5FF4A 3PBYA 1WAUA 2E6AA 3DHDA 4KKXA 4IPIA 1Q6LA 1WQ5A 2RH9A 1EUAA 3NQEA 3T4CA 3PUOA 4FNPA 3AO0A 3PB0A 4LNYA 2C19A 4DBEA 2ZTKA 3M5YA 4FEZA 3P5YA 4UTMA 5G5IA 5DELA 4NJJA 1TRIA 4AVFA 1YTEA 1IIHA 2A7NA 2QCCA 4RXGA 4N6EA 3EWYA 1K02A 1TPWA 5F1VA 1FWTA 2FIQA 1QMLA 3W7QA 3GAYA 4N2YA 2C0AA 4GRSA 3UYCA 3U8GA 4U28A 4I7VA 5LNUA 1OHLA 1I2OA 3SR7A 1JCYA 1ZNNA 2A1YA 2PURA 4O15A 3LTYA 4Y6GA 3HF3A 1C8VA 2E6DA 5CPLA 2Q3OA 1UUOA 4RKAA 2JKPA 2Y7DA 3U2OA 3LCIA 3PVFA 1YYAA 3JR2A 4JX4A 3DH7A 4MZ8A 1A5CA 4WX2A 3MW7A 4JNMA 2ZRXA 1SPQA 2P0OA 3T44A 4MY1A 3OVQA 4O1DA 2XN2A 2VEIA 2V30A 5F2GA 4EIVA 3QZEA 1W5QA 1WA3A 3FKRA 2ATSA 1IXPA 4PCFA 1B57A 1XXXA 3LXCA 3WJZA 2FPTA 2QCHA 4MZYA 3DFSA 2H3DA 1RQBA 2B7NA 3H54A 5C6MA 3KVKA 1FXQA 1G6CA 1W5PA 2XN1A 1VQTA 2AQWA 3HOJA 1M5WA 1R2SA 2A6LA 4QJ1A 3NDOA 1FWSA 1UBSA 2WNZA 4O0ZA 4JXCA 1G7VA 4NJIA 3HB9A 3ABQA 3IIVA 2NV1A 2GQAA 5I3KA 4UTTA 2A0NA 1AK5A 1LZOA 3C2FA 2FPVA 3QSRA 3NG3A 3S0CA 3A5VA 1EWDA 1M7OA 1QCWA 4JEQA 1KLZA 4LVGA 3MUXA 5KTLA 2CWNA 3W74A 1YPFA 1PE1A 2GVJA 3CM4A 3LTSA 2YYUA 1WYIA 4JY9A 2VEMA 2G95A 2C3ZA 1Q6QA 5LGXA 2V9DA 2YFOA 3UZJA 1JCXA 5I3HA 1S5TA 4E2BA 4JX5A 5FI8A 1H7NA 4QIUA 3PWAA 4LC8A 5F4XA 3B0VC 2H6RA 1TMHA 1TYGA 3OVRA 3QMTA 2DZSA 1MO0A 5E93A 5K4XA 3W75A 3BW4A 1FWNA 4Z1DA 1FCBA 1S5WA 4JIPA 3UPBA 1OF6A 1JUKA 1ZHAA 4JX6A 3OG3A 5D38A 2X1SA 2ZA3A 1GVQA 4EOUA 4JDBA 1J2WA 4N6FA 3T55A 3H53A 4O11A 5G2HA 3C2EA 1YTKA 3ZFHA 3FJ6A 4MVAA 3RK8A 1ZAHA 1SFLA 2FB3A 1WX0A 2QCFA 1OF8A 2QAFA 3L67A 3P8IA 4AHQA 1X1ZA 3L2IA 3C0JA 4ADUA 4O1BA 4UIOA 4JD4A 2ZDRA 4IGHA 3MO7A 5D33A 2WO5A 5CPOA 1LRQA 1EIXA 2A4AA 4JTTA 4N9BA 2QJGA 2WV8A 4X22A 3LCLA 1K03A 5DY2A 3TXVA 1F5ZA 3IGSA 4UTWC 2RDUA 5DBUA 4M19A 3P7YA 4LS2A 1Z41A 1SZFA 5LNWA 1C9DA 4GUIA 1QPQA 3W1LA 2DZUA 1VZWA 3DKJA 1MEHA 1VLIA 4QM1A 3QW3A 3OHIA 2QCDA 2FLIA 1QPRA 3L68A 3MBFA 3LXBA 4UFIA 3KVMA 3O07A 3W7IA 4UTHA 1H51A 3LRLA 1H7PA 2QUVA 2FJKA 1A53A 4UXDA 4LOCA 3ATZA 5CZ0A 4XTIA 4PL2A 1ZALA 4WJEA 4JTSA 4MKNA 4QNWA 3FLUA 4JYEA 4DXVA 3N3MA 1QO5A 3L5LA 1ME7A 2QUUA 3WJYA 1LYXA 5LHEA 3NPUA 2V2CA 1WOBA 1QFEA 1H60A 3A5FA 3PBVA 1TREA 2F7FA 3OEXA 4A29A 4HNUA 2CZFA 5EY5A 3P5ZA 3C2OA 3ATYA 3NPVA 1KM1A 4RJEA 3G8RA 3G24A 4M6PA 3MHFA 2UV8G 1PS9A 4HHPA 3MI6A 3LBCA 1VCVA 2J9ZA 2CLKA 1ZY9A 2Y7GA 2FTPA 3MI2A 1WBHA 3GR7A 1H7WA 4UMAA 3PUDA 1SW7A 3RLUA 3DFOA 4XUGA 2DZPA 4MY9A 3M47A 3CC1A 3DFQA 2R14A 4FX6M 1B9BA 3GLCA 1UB3A 3KVLA 1UCWA 1GYNA 4AF0A 3W07A 3QPZA 3NQ7A 2VFEA 3MWAA 5A8GA 3VKJA 1I2QA 1YADA 1DL3A 2Y63A 3OVPA 5G2WA 3DZ1A 2V2HA 1SSGA 4O1AA 1GYLA 3PBUA 5KMYA 4RLIA 1QPNA 4FXRA 1FDZA 5LHFA 4C1LA 1JUBA 2PCQA 3NZRA 1RQHA 2BXVA 3NZ1A 3OA3A 1LLWA 4Y96A 2YXGA 1IXNA 3PC0A 2B7QA 3I7QA 3TK7A 1ZAJA 2CLLA 2ISSA 2YR1A 5AC8A 5AFDA 2OJPA 1LBFA 4EVZA 3L21A 3R89A 2BSLA 4S2CA 1WDWA 4E38A 2X1UA 3EX4A 1WXJA 2WPBA 2YW3A 3L66A 4WQ6A 1KM5A 1KM6A 3TW7A 5KINA 1PCWA 3MP5A 3I7SA 4LT9A 1KM0A 2ZQ0A 5AYXA 4IX2A 3TUUA 4GJ1A 4AMAA 4Q33A 3NL3A 1P1XA 2Y89A 2ALDA 4BK9A 3HG3A 1FCQA 1D3HA 2OMAA 4WOZA 4RV8A 4O54A 5DBTA 1PHWA 2J9YA 2E09A 4UMCA 1W0MA 2V5BA 2Y61A 3MYPA 1NEYA 3BLEA 5TIMA 3C61A 1DBTA 3F4NA 2ZCGA 2DZTA 1QNVA 3TV8A 3W3OA 1DJQA 1A50A 4LV4A 3P61A 4FHAA 5E1QA 3W1XA 3VCRA 1AL7A 2B0MA 1F2JA 4PEKA 1JCMP 1KLYA 3G0SA 5AHFA 2QCEA 4WY0A 3BG3A 3O05A 3QSTA 1KFLA 3GNNA 4CQ9A 4MFDA 4IMFA 2ZA2A 3G1SA 4KFOA 4H3DA 4AB4A 5AYZA 4NT0A 1H7XA 3QMSA 1LM1A 2ZRVA 4TIMA 4FB7A 1JR1A 1FCUA 1KW1A 2YPIA 3DXIA 5K4ZA 4JTUA 5TBOA 3SGZA 4DELA 3C2RA 3KFTA 5AHLA 1DKWA 3L0NA 4CCDA 2V82A 4JYDA 4QAIA 3EXSA 3O8AA 2NLIA 1GJPA 4LVFA 1Y0EA 4TX9A 3TXZA 3W76A 4GUGA 1SZNA 4A3UA 1L6SA 3BPWA 3UXAA 1SZEA 1KFBA 3TMLA 3TAKA 1DHPA 3BV4A 4TU1A 5E0KA 3RU6A 3DAQA 5K9CA 3TJLA 1JRCA 3NPWA 4KFPA 1H7OA 5HINA 1TO3A 2A5HA 4IWWA 4XBKA 2E6YA 4UFLA 5A5WA 3ABOA 1F74A 4I9AA 1LBLA 3M41A 2ABAA 4A2SA 1RVGA 1O95A 4TR9A 1B4KA 3EWBX 3BARA 2QDHA 1AL8A 1GG1A 5FEWA 1UJPA 4LS0A 4R53A 5LNRA 2A85A 4CQAA 3TSDA 1I45A 2RHGA 3HQ1A 3TQVA 1VPXA 1VHNA 3B0UX 5I3IA 5FEXA 2E6FA 1KBIA 4K7YA 1DJNA 1EP2A 3W73A 1XC4A 1KFJA 2CW6A 4GNJA 2CZEA 3ZWSA 3O6YX 5KSWA 1RV8A 3LHZA 1XI3A 3R13A 2EKCA 3W2JA 2YX0A 3LHUA 4CNPA 1M7PA 1O5XA 1N8FA 4DEFA 4NZJA 5D2XA 3QC3A 3N9RA 4FIQA 1NF7A 3S42A 3GB6A 3H55A 1T96A 1VYRA 3O1NA 2ZZ7A 1R2RA 5LKYA 1OYBA 3SJ3A 1RZMA 4DO5A 2ISVA 4PFMA 3G3MA 1PV8A 5EMUA 4D2JA 3IIOA 1CI1A 2VXNA 3NQCA 2H8ZA 3YPIA 2AAMA 5K3VA 3RMJA 3TU9A 1W5OA 2PRMA 1IGSA 1MZHA 1R47A 3B03A 1FWWA 4UTJA 2WSQA 4Z1BA 3V1PA 5AHEA 3PAJA 3Q37A 4EF9A 1S3HA 2Q8LA 4UNKA 2PC4A 4AXKA 1TPUA 2PRHA 4HNVA 3ABSA 4NVTA 4RX0A 1YDOA 1KM4A 3WJWA 5DXYA 3F1QA 4FNUA 4IMGA 3S6DA 4Z1CA 1GVOA 2RDWA 1GVRA 3N34A 5U4NA 3DKLA 3L9CA 1OX4A 3S5YA 3BW3A 4BF9A 2YDAA 4ZQRA 1Q6OA 4FIRA 1OX4B 1HO1A 1I2PA 2EAWA 3PULA 1JCNA 2B7PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4FIQA

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