4FIR | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	333
structure length	333
Chain Sequence	MDKLKIIMEKGTERLKRGFAKMVKGGVIMDVTNAEQARIAEEAGAVAVMALHKVPADIRKAGGVARMAPVEKIQEIMDAVTIPVMAKCRIGHEAEARILEALGVDMIDESEVLTPADPFFHIYKKKFTAPFVCGARNLGEAVRRIWEGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRLVNENIRLIQRMTDEEIYGVAEKFAEPYLRLAFSVKEISGLPKRVLENEPIYEGFTYREIVEDIYKILLEIKKLGRLPVVNFAAGGVATPADAALMMAMGMDGVFVGSGIFKSSNPPKMARAIVEAVNHWDEPDVLAEISREIGEPMRGQAIEELQVRMEER

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__937676151758761__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__937676151758761__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4FIR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__937676151758761__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"937676151758761","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4FIR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__937676151758761__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0007dd3ab827ed313cd056/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0007dd3ab827ed313cd056/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0007dd3ab827ed313cd056/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0007dd3ab827ed313cd056/pdb.gz): 418 ms

reading 333 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

333 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:332});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Pyrococcus horikoshii
publication title	Crystal structure of pyridoxal biosynthesis lyase PdxS from Pyrococcus horikoshii. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
total genus	117
structure length	333
sequence length	333
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2012-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01680	SOR_SNZ	SOR/SNZ family
A	PF05690	ThiG	Thiazole biosynthesis protein ThiG

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4firA00

4NZJA 4AMAA 3P67A 2X16A 4UFMA 2YR1A 3TFXA 3DU0A 3T44A 1QOQA 4O57A 3S6DA 4WX2A 4UTTA 3GDMA 1FDJA 1B9BA 1KLYA 2UV8G 4M19A 5D2YA 3UXAA 4QITA 3DFQA 4YWIA 3S0CA 4MFEA 3R12A 1AG1O 1OX4A 1UUOA 4JXCA 1PE1A 3NG3A 5AOUA 3C2OA 3A5VA 4UFKA 3TR2A 2J9ZA 4FNUA 5CPNA 2CLLA 4H4IA 4JYFA 3EX3A 1T8XA 3NVTA 3TQKA 3P5ZA 5TIMA 3W88A 1SZGA 3IIPA 4NZFA 3S1XA 4CCDA 3MP4A 4E0CA 1GVFA 4FX6M 4K7YA 4LVDA 3M5YA 2V5LA 3DHDA 1OFOA 2WJZA 3W1AA 5EY5A 4FXRA 4I9AA 3L9CA 3GVGA 4MOZA 2ABBA 2YYUA 5HJLA 1CX9A 5AHIA 3S42A 1SFLA 3NPWA 1TIMA 4RR4A 2DZTA 5IM51 1ME8A 2C13A 1SPQA 5G4WA 3CT7A 4K38A 4N9BA 3EWYA 1AW5A 3THAA 1VYPX 4GE8A 1QAPA 4UMCA 1Z48A 5KTLA 3LLFA 1JCXA 4P2VA 3GKAA 3NM3A 4CLMA 4XUGA 3Q58A 4X2RA 1VJIA 3BLEA 4PA8A 1B57A 4LUIA 1C29A 4IXHA 1SU5A 2ZYFA 4Y96A 4CNNA 2YXGA 3GK0A 4AHOA 4DELA 1JULA 1QMLA 4IX0A 3SW6A 3NGJA 4NX0A 1KTNA 3N14A 5G1YA 2W79A 2X1SA 3LXBA 2B4GA 2ISWA 1VQTA 2CLOA 3L0KA 5FESA 4WY0A 5H2ZA 4QNWA 3UY7A 1B4KA 1Z44A 5AYYA 1DQWA 3GB6A 1EEPA 2XN2A 3QFEA 3OBKA 2Z2UA 3NQEA 3SIZA 1IF2A 1PHWA 3PSVA 4RZ6A 2ZZ4A 4BI7A 5EYWA 2RH9A 2CZ5A 2WNNA 1GVSA 2NUYA 3W1PA 3N9SA 1SSDA 2A0NA 1G4SA 4GRSA 3BG9A 2GQAA 3E0IA 3DI1A 2NX1A 3GAKA 5CZTA 3NL6A 2FPTA 3SECA 2Q8ZA 4L4LA 3NM1A 4DPQA 4UTJA 4RV8A 1NEYA 3NQ6A 3QPYA 2VENA 5DN1A 1FQ0A 4K6AA 4HNNA 4AHPA 1HTIA 4LWWA 4BR1A 3O1NA 4O52A 4FF7A 5D05A 3G1VA 4P61A 5C6MA 1R2RA 2VEMA 4XBSA 2E6FA 1YPIA 3P80A 3HGSA 1SO4A 1N55A 2D73A 4MFDA 1VHNA 4HSNA 3V1PA 4MPQA 2X1RA 4ICNA 2NXIA 3TNOA 2FJKA 2HMCA 2VFGA 1TREA 4PTNA 3UQNA 4HPJA 3V75A 4GUHA 5LNVA 3I65A 1RD5A 3JS3A 5AB3A 2DORA 1HUVA 1W3TA 4QM1A 3L0GA 3M16A 1OX6A 3G1HA 3UWZA 4O14A 2QCDB 3NQVA 3MP3A 1FDYA 4LV9A 5KINA 1DJNA 3G1DA 4A3UA 5D09A 1MXSA 2BTMA 3W2LA 1NAL1 1F6KA 3M41A 3HJZA 1ALDA 1EUAA 3HG3A 4UNKA 1FY6A 1LRNA 3NQAA 4FIRA 4IWWA 3UWWA 1VR6A 2E77A 3LRLA 3F4WA 4HIBA 2NUWA 1L6SA 5G2WA 1SO6A 4N4QA 4UFJA 1JCLA 5F4WA 4GFSA 3ZWTA 2DZUA 3W1XA 1OG0A 2A21A 3BGGA 3IVTA 2B7OA 2CZFA 3WJWA 1G7UA 4AH7A 2Y61A 3ZS4A 3W1TA 1KM2A 3FJLA 3E12A 3EKLA 3GNDA 3WJYA 1ZAHA 1YDVA 1H7PA 1KTBA 1LOSA 5F2LA 3UZJA 4RCXA 3L5MA 4QISA 2C19A 1H7XA 1I4NA 4TMCA 1CI1A 5L9FA 2RDWA 3TA6A 2BLEA 2RKXA 3NPXA 3P8JA 3RMJA 3EX1A 3OVRA 1NSJA 3O6CA 4CNPA 3BVJA 4GUJA 1TTPA 5HMSA 3H53A 4X9SA 3TV8A 2JKAA 1XBXA 2QEZA 1O60A 4BI6A 2VEPA 3GKFA 4LS0A 1EWEA 2PURA 2I1OA 2ZRVA 5K4ZA 2QDHA 3LRKA 1SW0A 4OV4A 5DXYA 1LRQA 1C9DA 2ZZ7A 3KVJA 1KW1A 3NEVA 3O06A 4NVTA 4IMEA 4O12A 4AWSA 1BWKA 5F1VA 1SFJA 3F03K 5CZJA 3HG4A 1P5BA 2ZA2A 4RXFA 3KXQA 4MY9A 1VS1A 1DVJA 1XI3A 1TQXA 3B0UX 3PAJA 3I6RA 4Y8FA 1FCUA 2OZ0A 3LDVA 5K7JA 5HNRA 3BG3A 3W73A 4IMDA 5AHEA 1OX4B 4A22A 2CW6A 1ZALA 5U7SA 3MJYA 3OVQA 3NDOA 3C2RA 4HHPA 2Y7DA 2JK2A 4OHQA 5LNUA 4YXGA 1RQBA 4UFIA 1FX6A 1XXXA 1M5WA 1O4UA 4TO8A 4ZL1A 5E1QA 2ZDRA 2FLIA 3B03A 1RQHA 3G24A 2TSYA 3LCFA 2ZA3A 4EIVA 1TYGA 3EX2A 3P62A 1HL2A 1DQXA 4DPPA 4FX7A 2FDSA 3IVUA 3EWXA 2VEKA 1H7NA 2A7NA 3S5ZA 3TK7A 3O63A 3A24A 2A6NA 3PBYA 4CCCA 1W1ZA 3W7LA 5HR6A 3EB2A 4M6QA 2JKEA 1EPXA 3SY5A 2VFFA 5I3IA 4Q4KA 6ALDA 5AHLA 2QCMA 1K7XA 4ZVJA 1UCWA 2NWSA 2FIQA 1PIIA 2DU2A 2B0MA 4S2CA 3NPVA 2BXVA 4MIMA 1W5OA 2CLKA 4ORIA 5C55A 1ZENA 4UIOA 3PG9A 3W7IA 1GTHA 2CWNA 2ZZ3A 1JR1A 1Q3NA 4JY8A 3KVLA 4JNMA 1IXOA 4IPIA 3I7SA 2OCZA 4LW7A 4O8RA 1BKSA 2ZA1A 1F2JA 1OFQA 3HGJA 4YL2A 5TBOA 4W9TA 4NUWA 4WY0B 5D30A 1OYCA 4KWWA 1F73A 1YXCA 1GQNA 4DF1A 3HQ1A 3ZR4A 1W5MA 1H5YA 1YTEA 2NWRA 4NXKA 5FF3A 3ELFA 1KA9F 2EHHA 3WK0A 1H7OA 2PRHA 3W70A 5K9XA 1NVMA 2ISSA 1V7YA 3L68A 4UNLA 4N02A 4NJGA 4AWUA 1GYLA 4Z1BA 4NT0A 3AO0A 3I68A 2C18A 4L4MA 5E0KA 4HT3A 4IMCA 1H1ZA 5BRBA 2C0AA 1A5BA 1OFBA 3QRHA 2BZNA 3NXFA 3RF9A 2QR6A 2R8WA 5BOOA 1X1ZA 1VH7A 4WXZA 3CLMA 5D32A 3CC1A 1N7KA 1I2NA 1WX0A 4TU1A 3G0UA 2OT0A 1MEHA 2C14A 2VELA 1YDNA 1TSIA 4JTSA 4NJIA 5D2VA 3FKRA 1TPH1 2H6RA 1JCNA 2QUTA 4HN4A 1I45A 1OABA 3N9RA 1VRDA 4JDYA 2OT1A 3GDRA 3Q94A 3QC3A 1XDMA 4KFPA 1PV8A 1V5XA 4R34A 3TAKA 5CSSA 3C56A 2ALDA 3TMLA 1TPFA 4N9CA 3TCEA 5D2WA 1AW1A 3M47A 1G4TA 4QJ1A 4C1KA 1GT8A 4ONVA 4D2JA 2NZLA 1TPB1 2V2HA 3W7OA 2QCFA 4PCFA 3DFSA 2J9XA 1QDSA 3HF3A 4O17A 5T26A 5AYZA 2QCCA 3TQ0A 1KV8A 3W87A 1XL9A 1W37A 1K3UA 4UMAA 4ZMGA 2E6AA 3E9AA 3NO5A 4AHQA 5CPLA 3OA3A 3W1MA 3MYPA 1JUEA 2X30A 4DO6A 1M7PA 1GG0A 3SFKA 4PL2A 4O4VA 5I3HA 3T7VA 2X1TA 3GZ3A 2Z6IA 3IEBA 5LGXA 1TCDA 1T99A 1LOLA 4A21A 4O1AA 5BMXA 3T40A 3W7NA 4RJEA 1FXPA 5AC8A 2ABAA 3MI2A 2I9EA 3HB9A 1EUNA 3MW7A 4TMBA 2BX7A 1OYAA 1QFEA 3NQ8A 2A6LA 4Z0JA 5K4XA 5FF2A 1I8JA 1VGAA 3W7RA 4O10A 1GTEA 3SZ8A 1UB3A 5HR7A 4O11A 1LORA 1O94A 3CEPA 3M43A 3QW4B 1K03A 2GVGA 1MO0A 3PULA 4O1DA 4BI5A 2CLIA 3HPXA 1W3IA 1SZFA 4PFMA 1YLVA 1QOPA 4RXGA 4NNBA 5D33A 3PF3A 5I3GA 1G7VA 3NOEA 3SI9A 3PBVA 3QSTA 1FCBA 1R2SA 3FKKA 4DF2A 3NYZA 4FHAA 5CPMA 1R2TA 2Y6ZA 1W31A 4H6KA 3ATYA 1JCYA 4JYDA 5CZ0A 1N8FA 5HUPA 2Z0IA 5CPOA 4WJEA 2FB2A 5J5DA 2E5DA 3G3DA 4OU1A 2VFDA 2WSYA 4ALDA 4ZQMA 4RX0A 2ATSA 2FPVA 3GYEA 5FF7A 3N19B 4GJ1A 3TXZA 2DZPA 2ZTJA 1TPDA 4GWEA 3MP5A 1DHPA 2NUXA 3QPZA 1TJPA 1KFCA 1O95A 4M6VA 3KOFA 4IUOA 4EOUA 5I3FA 2NXGA 3IIXA 3NQDA 5BNKA 1SW7A 1E51A 4IQLA 3W07A 3M0ZA 3E96A 2JGQA 4IMFA 3BARA 3Q2DA 1WAUA 4Z08A 3C2FA 1LLWA 3IGSA 4ADSA 4NJKA 4O28A 3KFTA 3NAVA 1ZJIA 1LYXA 3NQMA 3CHVA 3O8AA 1QNVA 3ZWSA 3IIVA 1K7EA 1TV5A 2EKCA 2V9DA 1Z41A 2QDGA 4DQWA 3W2UA 3KRSA 3NZ1A 1TPC1 4JYEA 3GX9A 4NXSA 3FA5A 1RR2A 4LVBA 2QCGA 4IOTA 5D03A 1G4PA 1QPNA 1TPWA 4O53A 1GOXA 2CZDA 3QMSA 1ZCOA 2C15A 1WDWA 3QZEA 3TU9A 1OFAA 3OHIA 5CG7A 4BF9A 1ZFJA 1XDLA 1FDZA 1YDOA 1PL9A 3MBFA 1PCKA 3O05A 3G8RA 1RV8A 1O5KA 1IIGA 2Y70A 1VCGA 3LXCA 4UFHA 4DO5A 4QQ3A 3FYPA 4ADTA 4DXVA 2YW3A 1GZGA 4JIQA 5IBXC 3R8RA 8TIMA 1A5AA 1KM5A 2E1DA 3DKLA 5J5RA 4GNJA 2GVLA 2ATMA 3M7WA 2ISVA 5I3KA 3CQ0A 1XC4A 3ANYA 3P5YA 3IVSA 1Q6OA 4C1LA 3TSBA 2OX1A 1K8YA 4XBKA 2GQ8A 2TPSA 4U4MA 1S5WA 3MBDA 1KFKA 3HO8A 1GPWA 4KWVA 3W1NA 3GAYA 1F74A 3PC0A 4LVFA 4G1KA 5FEWA 5DCEA 1IXNA 3UWUA 1U5JA 4QSHA 2WV8A 1R47A 2J24A 3LBMA 1THFD 3CWOX 3VI2A 4Z1AA 2PC4A 4RKAA 1VC4A 2CLMA 2R14A 1HG3A 4HKPA 4MUZA 5HWMA 3F1QA 4PH6A 1I2RA 1AMKA 1TMHA 1W5QA 5C54A 4EVZA 1PS9A 5KZMA 4K8HA 4UMBA 3VE9A 1WV2A 1VYRA 2Y63A 3H55A 3IGXA 2EPHA 3CU2A 4JD4A 3W2MA 4UTMA 2NXHA 5IBXA 5G2IA 2C6QA 2WQPA 2ZRXA 1YXDA 3UY8A 1F05A 4JX5A 2HSAA 3PBUA 4O50A 1SO5A 4UTWC 1OF8A 3MMTA 3PVFA 4TR9A 3JRKA 4MZYA 4AF0A 3A5FA 4M7SA 1TPUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4FIRA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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