4FO4 | Genus

Total Genus 113

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	363
structure length	348
Chain Sequence	MHMLRIAKEALTFDDVLLVPAHSTVLPNTADLRTRLTKNIALNIPMVSASMDTVTEARLAIALAQEGGIGFIHKNMSIEQQAAQVHQVKISGGLRVGAAVGAAPGNEERVKALVEAGVDVLLIDSSHGHSEGVLQRIRETRAAYPHLEIIGGNVATAEGARALIEAGVSAVKVGIGPGSICTTRIVTGVGVPQITAIADAAGVANEYGIPVIADGGIRFSGDISKAIAAGASCVMVGSMFAGTEEAPGEVILYQGRSYKAYRGMGSLGAMSKLVPEGIEGRIAYKGHLKEIIHQQMGGLRSCMGLTGSATVEDLRTKAQFVRISGAGMKESHVHDVQITKEAPNYRLG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__324650564273062__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__324650564273062__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4FO4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__324650564273062__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"324650564273062","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4FO4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__324650564273062__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d000ae743e90330224fe5fa/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d000ae743e90330224fe5fa/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d000ae743e90330224fe5fa/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d000ae743e90330224fe5fa/pdb.gz): 666 ms

reading 348 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

348 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:347});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Vibrio cholerae o1 biovar el tor
publication title	Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from Vibrio cholerae, deletion mutant, complexed with IMP and mycophenolic acid. rcsb
molecule keywords	Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase
total genus	113
structure length	348
sequence length	363
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2012-06-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4fo4A00

3DFQA 4GE8A 3P7YA 1H7XA 3TUUA 2E1DA 5HUPA 4MJZA 3MHGA 2E6YA 1IXPA 4TU1A 1OX6A 1QOQA 3WK0A 3PC0A 4O1AA 3G1VA 4O11A 2E5CA 4M6QA 3W2UA 3M0ZA 3TW7A 1W31A 2PCQA 5G4EA 4RLIA 5C55A 3LERA 3QFEA 1H7WA 3IVTA 2Y7DA 2ATMA 2VC6A 3PB0A 2ABAA 5D2WA 2R8WA 4BFAA 2V30A 4PODA 3LV6A 1PE1A 4CNPA 3E96A 4CCEA 2Y89A 1NSJA 2WNQA 5CPLA 5DY2A 4ZZ9A 3UXDA 3P60A 2WSYA 3PWAA 1DKWA 2RHGA 2YSWA 5AN7A 3LHUA 4N4QA 3S5OA 4IWWA 3QEZA 5AC7A 1X6UA 2Y62A 2FQIA 5G2HA 3P82A 2V5BA 1TTQA 1GQNA 4MOZA 4A2RA 1MEWA 4LVAA 3MYOA 4DF0A 1OFQA 2FB3A 3L5LA 3TSMA 4RZ5A 3VE9A 4MY8A 3S1XA 2ABBA 4BI7A 4R33A 4IXHA 1X1OA 2V2DA 3TX9A 4EF8A 1J2WA 2EPHA 1ZJIA 4H3DA 4X22A 3W74A 4G1KA 3F4NA 4N9DA 5ABTA 3F03K 1FCBA 4U28A 6TIMA 4RCXA 1SZGA 3DXIA 4BF9A 3N3MA 1LDCA 5U4NA 1W37A 3PG9A 1QPOA 1OFBA 3LXAA 5D04C 1P1XA 1W5QA 2VEMA 2R14A 1G4EA 1VYSX 4AEOA 1YTDA 1WA3A 4O1CA 3W76A 1GJPA 1BEUA 3TFCA 1UUMA 4LVGA 1JQVA 3B03A 3UWQA 4NT0A 2WOQA 2CW6A 3S1VA 4AHPA 2QF7A 1Y0EA 1S3HA 3HF3A 3QQ0A 2BSLA 4AVFA 3Q58A 4LV4A 5TBOA 3BO9A 1YXDA 3Q94A 3QH2A 2CWNA 3BW3A 2OT0A 4NJHA 2ALDA 3UXAA 1MZHA 3DAQA 3PULA 1GOXA 3QF0A 4ZQCA 1GPWA 2NWSA 2RH9A 5G4WA 5BW6A 3CB8A 4FNTA 1VYRA 3EWXA 1W8SA 5FEXA 3CT7A 3TKFA 4FO4A 1EWEA 1WX0A 1JCMP 1TPVA 2VEIA 1TREA 1MO0A 1ZNNA 4H6KA 4UFHA 3C3NA 1OK6A 1SSDA 2WSRA 3OVQA 1I2PA 4YL2A 3Q2DA 3ZFHA 3M9YA 5LGXA 4UTLA 3W7PA 2ISVA 1FY6A 1EP1A 2EAWA 1FWWA 3UD6A 1TRIA 1O95A 1OF8A 3C8FA 4J9JA 4AWSA 1AMKA 4CNNA 1R2RA 4K7YA 3EX2A 5H2ZA 3DU0A 2YZRA 3UWYA 3LB0A 1HG3A 3EKZA 3TSBA 3IV3A 5HWMA 1B3OA 2EGZA 1DHPA 2FIQA 2GJLA 4O0KA 3DKLA 4ADUA 1UUOA 3W2NA 4O8RA 3IGXA 3W2KA 1A5CA 2CLMA 1FCVA 5D2TA 5EKYA 1XBXA 4O18A 1SR9A 3HGSA 1OJXA 2GOUA 3NA8A 4EF9A 3GB6A 1QNVA 3FYPA 3W1TA 4UTWC 2I1OA 3W70A 2C16A 3W1NA 5F2IA 1W5OA 1OFEA 3G1DA 2ZTKA 1EPXA 4UTTA 5HR7A 5CGQA 1XI3A 2ISWA 4CQ9A 4OE7A 4JR5A 2BXVA 1ME7A 4ORIA 5LZLA 1NAL1 2OX1A 1TPDA 3NQ7A 1U5JA 3TV8A 3CTLA 3EWUA 3TK7A 1OFDA 4QAIA 4ZQOA 5K7JA 4XZ9A 1C29A 2YCEA 4XBSA 1IIHA 1KBIA 3S5YA 3A5FA 5FF3A 3UWUA 3MI6A 3TA6A 1O5KA 4PL1A 3W7KA 3STCA 1L2UA 5EBUA 4MZ8A 3LI0A 1LLWA 1G7UA 5EPDA 4LTSA 3M5XA 3GX9A 4ORMA 5AC6A 5C6MA 3G8EA 3MI2A 5KZEA 3KX6A 3EWWA 4O19A 3GIYA 3L5AA 2QAPA 4ZQMA 1FUYA 3ANYA 3UWWA 4DPPA 2QCEA 1WYIA 2DJLA 2HMCA 4WOQA 4CCCA 3LXBA 3QJAA 3SW6A 3KVLA 4RR4A 4O1BA 2GQAA 3W7OA 2UV8G 4JTFA 3HG2A 4AXKA 2E5BA 5KITA 2FB2A 4RK8A 3S5NA 2TPSA 1AW2A 5C5YA 3PBUA 1Q6RA 3NPWA 3VCRA 2A6NA 3N9RA 1VS1A 4NX0A 3GKAA 4O4WA 1SQ7A 2YPIA 1K7FA 1OYCA 3N34A 1H60A 2A7NA 2ZTJA 4MYXA 1W5NA 3TCEA 2H6RA 1TYGA 1G6CA 1PCKA 2BLEA 1KA9F 4JY9A 2R91A 4KFPA 2NWRA 1CI1A 3MWAA 6ALDA 3E49A 4DBDA 3KRSA 1MEIA 4DXVA 5FEZA 3LHZA 3QSRA 4JYEA 4UR7A 2V5LA 2Y7GA 2QCCA 2WKJA 4K6AA 3ATZA 3CQ0A 1K7XA 1DBTA 1L9WA 2BTMA 3BG5A 4HNNA 1UASA 4RZ6A 4JIPA 3TJLA 4NUWA 3I6RA 3LCLA 2NXGA 3TXVA 3G1HA 1ICSA 2VFHA 1JCXA 4W9TA 3BW4A 2RFGA 2ZZ3A 5K2ZA 2VFFA 1KV8A 3PS7A 3EX6A 1QFEA 5HJLA 3ZS4A 3EX1A 3QYQA 2X1RA 2CU0A 1XBYA 3NXFA 1QO2A 3NL3A 5KSWA 1JUKA 1X8FA 1KV5A 3F4WA 3NGJA 4MLRA 4EWND 4IUOA 3NQAA 4X9SA 1XCFA 5HWNA 2QCNA 4IGHA 5F2MA 5DCBA 1G7VA 3B8DA 4FX6M 2CLOA 5I3KA 3W7DA 3EEGA 4NZJA 1H63A 3W84A 3MI3A 3PSVA 3NZ1A 3M6YA 3EX4A 2Q8LA 3FYOA 4BI5A 4Q32A 3R13A 5F1VA 3S1UA 4FNRA 2WNNA 4K39A 4I7WA 5F2GA 2A7RA 5EY5A 1HUVA 3RLUA 2FTPA 3W87A 1FBAA 2YFOA 2W6RA 1KLYA 4KKXA 1LOSA 3EXRA 3NQCA 3EXSA 1GZGA 3O1NA 4WXZA 4O50A 5F4SA 5AHIA 4M6PA 3G1AA 1OABA 2B7PA 3CU2A 1F73A 2NUWA 4IJBA 2JGQA 4XKYB 2CLHA 2J24A 4MFEA 3L0NA 1ZAJA 2B0MA 4LS0A 3M47A 4DPQA 3LRKA 1G69A 2Y61A 2LLEA 3NPXA 4DQWA 4UFLA 3JR2A 4LC6A 3O07A 4LWWA 4O13A 1LM1A 1M7OA 1T96A 1WXJA 4NNBA 1IIGA 3I7SA 2Y7FA 2RDWA 2QJHA 4LUJA 3SFKA 2DORA 4Y9AA 4JX5A 3SZ8A 1LRQA 1H7RA 4GBUA 3LTYA 1V5XA 3LHWA 3NQDA 2QJIA 1AW1A 1LYXA 3LCWA 4IXXA 3TROA 4UR8A 5E93A 4WJEA 4L4MA 4DO6A 4JTJA 5I3IA 1KFLA 1Q3NA 3TQKA 4QJ1A 4Z1DA 3LX9A 4M7SA 1PV8A 3IIXA 3EWBX 4NXKA 4O57A 2QR6A 1RQHA 3W7NA 2QCGA 2E5DA 4R53A 3P5ZA 3C6CA 1XBZA 1R2SA 2C15A 4O17A 4JS3A 3ABOA 4WX2A 1XFBA 1IXQA 5D37A 5FI8A 4O28A 4JTUA 5CPMA 1R2TA 1K8YA 4Z08A 4FX8A 2J27A 4TMBA 2H8ZA 4AH7A 2ZZ4A 2QCFA 5MHBA 2WJZA 3KOFA 4OGZA 3G1YA 3HPSA 4R34A 5SWUA 1Q6OA 1TV7A 3E0IA 3TSDA 1D9EA 2X1SA 1VH7A 1T99A 1WDWA 3K30A 3TQ0A 3UWVA 3EXTA 1LRTA 3GK0A 1RV8A 1TV5A 2DZUA 1VZWA 1XKYA 4MY1A 4MFDA 1ML1A 3IVUA 1GG0A 4N02A 3FKRA 1KM5A 2V82A 3C4UA 1EP3A 1K7EA 2QAFA 3UPWA 3S8HA 3HGOA 1YDVA 3W07A 3E02A 3TJXA 1SZFA 2R94A 1JQXA 4GC4A 3EWZA 1GVRA 5D2XA 2FFCA 3TIMA 2QUUA 2RDUA 4MLJA 4UMCA 3MUXA 4HT3A 1ICPA 2Z0IA 3B0PA 3LRMA 4XKYA 3JS3A 4MPQA 3C2RA 3EKLA 3HPZA 5CZSA 1KFCA 2YX0A 5I3FA 3O8AA 2X30A 2NZLA 2HS6A 3PBVA 2ISSA 1O94A 4LUIA 1WAUA 3CPRA 3LHVA 3BGGA 3RMJA 2B4GA 1CW2A 2VXNA 2WNZA 2NV2A 2E77A 4FNPA 3SECA 1W54A 3C2OA 3W72A 2NX9A 3PUOA 4MVAA 2GVLA 4RXFA 1Q6LA 3WK2A 1PS9A 1TO3A 2XFWA 3M5ZA 1OX4B 3SGUA 4O1DA 4EVZA 4Y90A 1RVGA 4QIUA 3TC6A 1KBJA 5K4ZA 2PRMA 4Z0JA 4OBTA 3TAKA 4IX2A 4UTWA 4L4LA 3NL5A 1TPUA 1VPXA 3NZRA 4E38A 3VE7A 1GTHA 3FJ6A 3DENA 3TNOA 1VCFA 4PCFA 3O16A 3UY8A 3N14A 3GLCA 4XWUA 3TR2A 4XQ6A 3NOEA 4UTIA 1SU5A 5FF2A 4CNOA 3VFLA 3LGEA 3H53A 1TPC1 3TAOA 3EB2A 2IQTA 3BV4A 4M19A 3VI2A 2A85A 4YCOA 3BGJA 3UYCA 3O6CA 2QDHA 3YPIA 1I2OA 4M6VA 1W1ZA 3LLDA 3NQMA 5LHFA 4Z1CA 2ZRXA 1F6KA 3LTSA 1B4KA 4RV8A 3LCHA 2G97A 3WFAA 2AAMA 3W7LA 1F74A 1H61A 5G2WA 1XUUA 4IMGA 4QITA 1YTKA 2FPTA 5E1QA 3ELFA 2TRSA 1XM3A 4MIMA 3W71A 2YW3A 3KHJA 3HG5A 4E2BA 3I65A 4OQVA 3N2XA 4BWLA 3NQ8A 1H7PA 3WJWA 1SSGA 1LBFA 5HINA 2DZXA 2Q3RA 1F76A 1W3NA 4NJIA 3PB2A 2DZVA 2VELA 2A1YA 5CZJA 4A21A 4HKPA 4WD0A 1VR6A 4Y96A 3CC1A 2P0OA 2HS8A 4ML9A 1VGAA 4X2RA 3QZEA 1TTPA 4FIRA 2CZEA 2B7OA 4Z0SA 1J4EA 3NQFA 4XTIA 1NVMA 3W7IA 2JKAA 2GPTA 1DQWA 3LTPA 3OG3A 3N19B 3MBFA 4Y8FA 4OV4A 3FEMA 1LOLA 3H54A 3QMSA 1H7NA 3W1XA 1OX4A 5DBTA 1RZMA 2V2HA 4UTHA 3PY2A 1DOSA 3HBLA 2Z6IA 5D2YA 1AG1O 3G1FA 3W7EA 4JTKA 4NVTA 4A3UA 1FXPA 4I9AA 3P5YA 3QRHA 4XTDA 5G1YA 3SI9A 1F2JA 4LC8A 3UNDA 3DI0A 5D2VA 3WJSA 2CLFA 3G0XA 4JX4A 4M7TA 4ZVJA 4LT9A 5FEPA 2WO5A 4FXRA 4N6EA 1JRCA 3G1SA 4EOUA 4A2SA 4MUZA 3A5VA 1FXQA 4TMCA 1QAPA 1HTIA 1JRBA 4R7JA 3PF3A 4JIQA 5AC8A 3WJYA 4UC5A 4QISA 1IF2A 3BG9A 1G4SA 2PC4A 4OHQA 3W83A 4RKAA 2J9XA 5L9FA 3RLVA 1LLZA 2D73A 4PTNA 3L21A 5D30A 1JVNA 3IGSA 2ZZ7A 4YLWA 5IBXA 2FPYA 4IQLA 3W86A 1HO4A 2I14A 3OEXA 3DFPA 2GQ8A 1OYBA 4K8HA 1LRNA 3DKJA 3W7JA 2YYUA 3S5ZA 3L0KA 1PCWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2FZN A;  2QCM A;  5HAN A;  1WQ5 A;  2VZS A;  3NDZ A;  2A3E A;  1S5V A;  4UCG A;  3G6M A;  3W1L A;  4HPX A;  5EFF A;  3GDR A;  4H8V A;  1JUB A;  4FHA A;  1NWS A;  3SCW A;  2A0N A;  2HVM A;  3TN5 A;  5FJR A;  4H04 A;  3TDF A;  1E5N A;  3AIS A;  2V3D A;  3N4E A;  3V5O A;  5D09 A;  5HNN A;  3A4W A;  5H8M A;  4WOZ A;  3QST A;  1BKS A;  3F2C A;  2OXN A;  3A21 A;  3BMW A;  3M1Z A;  3L7R A;  3H24 A;  3QLL A;  1EUN A;  1SO3 A;  2P3Z A;  2PP1 A;  5I5R A;  5IDZ A;  3GU1 A;  4HN4 A;  1HW6 A;  1X38 A;  2O56 A;  1U1U A;  4ZBC A;  3T6C A;  1B54 A;  5E0C A;  3ZSS A;  2X0S A;  1N2V A;  3OQ8 A;  3S1G A;  2RJH A;  2CCR A;  2P50 A;  3NYZ A;  4PA8 A;  5LNR A;  4N9C A;  3LBM A;  1OCJ A;  1BYA A;  2PE4 A;  1DXI A;  2HE8 A;  1SJA A;  1L6Y A;  2NQZ A;  4HYV A;  3L2I A;  3PP7 A;  3AWO A;  1EC9 A;  3L4U A;  4ZO7 A;  4RJE A;  4HTY A;  3LI1 A;  1I8J A;  1KW1 A;  3E2V A;  6XIM A;  1T7L A;  1ZBW A;  2QF8 A;  1TA3 A;  1F5Z A;  1B9Z A;  5AYX A;  1XLK A;  3W3O A;  1ME9 A;  3PAO A;  2WV8 A;  2VFE A;  4AB4 A;  4R7O A;  4NQ1 A;  2WQD A;  3AS1 A;  3C0S A;  3TYC A;  4KQN A;  1C8Q A;  3ARV A;  1PKY A;  1JCN A;  3FGC A;  5DCD A;  4WDU A;  2Q8X A;  4L6H A;  2BZN A;  5A8N A;  5G2I A;  3VA8 A;  3M43 A;  2F6X A;  5AEC A;  2GOK A;  3B0U X;  1DIK A;  4JTI A;  4B5W A;  4PL2 A;  3SDO A;  2ADA A;  1R3Q A;  3P61 A;  3ERP A;  2DSK A;  1BWK A;  1HGY A;  4N9B A;  1I45 A;  1J0Y A;  3PZI A;  1V79 A;  4RX0 A;  2YR1 A;  4XZL X;  2WMI A;  1B3Z A;  2EKC A;  2PF0 A;  4Q4M A;  1ZJB A;  3MDW A;  3R8H A;  2R1M A;  5FD0 A;  2VMF A;  3NEV A;  3U57 A;  3IRD A;  2WSQ A;  1DOR A;  1VKF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4FO4A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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