4GA8 | Genus

Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	316
structure length	316
Chain Sequence	MATFVELSTKAKMPIVGLGTWKSPLGKVKEAVKVAIDAGYRHIDCAYVYQNEHEVGEAIQEKIQEKAVKREDLFIVSKLWPTFFERPLVRKAFEKTLKDLKLSYLDVYLIHWPQGFKSGDDLFPKDDKGNAIGGKATFLDAWEAMEELVDEGLVKALGVSNFSHFQIEKLLNKPGLKYKPVTNQVECHPYLTQEKLIQYCHSKGITVTAYSPLGSPDRPWAKPEDPSLLEDPKIKEIAAKHKKTAAQVLIRFHIQRNVIVIPKSVTPARIVENIQVFDFKLSDEEMATILSFNRNWRACNLLQSSHLEDYPFNAEY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__174517827727986__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__174517827727986__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4GA8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__174517827727986__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"174517827727986","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4GA8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__174517827727986__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	Aldo-keto reductase family 1 member B10
total genus	111
structure length	316
sequence length	316
ec nomenclature	ec 1.1.1.300: NADP-retinol dehydrogenase.
pdb deposition date	2012-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00248	Aldo_ket_red	Aldo/keto reductase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.100	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	NADP-dependent oxidoreductase domain	4ga8A00

3MC5A 2R24A 2FZBA 3S3GA 4DBWA 4NKCA 2INZA 2FVLA 3G1RA 3UGRA 4FZIA 2BGQA 4HMNA 1S1PA 3R6IA 3C3UA 2ACUA 2F38A 3LZ5A 3R58A 4DBUA 2BGSA 2PDCA 1AH0A 5AZ1A 3O0KA 3V36A 4OTKA 4JTRA 4G5DA 1EL3A 4WDXA 1ZGDA 1Q13A 3V0SA 4QXIA 3Q65A 3CMFA 2PDUA 1IEIA 2DUZA 4L1WA 2PDJA 2IQ0A 3N6QA 4PUUA 1SM9A 3ERPA 3MB9A 3COTA 5AZ0A 2P5NA 2WZMA 4WEVX 3GHUA 3B3DA 2FZ9A 1QWKA 3FX4A 4FAMA 4JTAA 3UZXA 2PDKA 3UZWA 4WRHA 1YNPA 4YVXA 4MHBA 3H7UA 1LWIA 3GHSA 2NVDA 2ISFA 3O3RA 1GVEA 1X98A 4JQ2A 5JH1A 4JQ1A 1AZ2A 1PZ1A 3FJNA 4IJRA 4WDTA 3BV7A 3RX3A 3P2VA 4F40A 3R8HA 3WBWA 2IPGA 1MRQA 3DOPA 4JIRA 2PDPA 3RX2A 3EB3A 2AGTA 4GQ0A 1XJBA 4EXBA 2IS7A 2IQDA 4LB3A 5LIXX 1A80A 2IKIA 4I5XA 2IPWA 1MZRA 5HNUA 2WZTA 4XAPA 4YS1A 1AH3A 3UP8A 4PR4A 3BURA 4JIIX 1XF0A 2I17A 2HVNA 4QBXA 4Q7BA 4QR6A 1K8CA 4XK2A 2PF8A 2HE8A 4ASTA 1AZ1A 4XO7A 3UZZA 4RPQA 1ZUAX 1T41A 4PRRA 3Q67A 4H7CA 1AFSA 2QXWA 4GA8A 3CAQA 3R94A 2DUXA 5LIUX 2PFHA 3BUVA 4XZNX 4GCAA 1Z3NA 4XVDA 2J8TA 4XZMX 1Z9AA 4XZHA 5HNTA 3WCZA 2FGBA 3LNMA 4GACA 4JIHA 3ONCA 1IHIA 1LQAA 1JEZA 1QRQA 2PDQA 1Z8AA 3LEPA 2HE5A 3VXGA 1Q5MA 4LAUA 1PYFA 2INEA 2PDMA 2PDNA 4YVPA 2PDLA 4LBRA 2ACRA 1EF3A 3T42A 3EB4A 1S2CA 1T40A 4ZFCA 3BCJA 1YE6A 2PDWA 1YE4A 4IGSA 3LQGA 3M64A 2PDHA 3GHTA 4GIEA 3CAVA 1S2AA 2PZNA 1YNQA 3U2CA 2PDBA 4JQ4A 4JTCA 2IPFA 1RY0A 3UYIA 1UR3M 2ACQA 3ONBA 4XZIA 4EXAA 1PZ0A 1J96A 2DV0A 4IJCA 1AH4A 2PDFA 2IPJA 1X97A 1ADSA 1Z89A 3F7JA 2PEVA 4XO6A 3WG6A 5KETA 2HVOA 3LQLA 2PDXA 3LN3A 3V0TA 5M2FX 2BP1A 3M4HA 4HBKA 3WBXA 4PMJA 3GUGA 5LIKX 2PDGA 4WDUA 1OG6A 3D3FA 4JQ3A 3R8GA 2VDGA 3R7MA 2R9RA 3LZ3A 2C91A 3R43A 1VP5A 3EAUA 2F2KA 3LBOA 3LD5A 1RALA 1RY8A 4DBSA 2PDIA 1XGDA 3WBYA 1HQTA 1EXBA 2HEJA 1HW6A 2I16A 4GQGA 3V35A 1M9HA 2ALRA 1US0A 4FA3A 4QX4A 3LENA 4LBSA 2FZDA 5JH2A 3M0IA 4JTQA 3CV7A 1R38A 1S1RA 1PWLA 1ZSXA 3CV6A 4JQAA 2A79A 5HA7A 1ZQ5A 3UZYA 2HDJA 4LAZA 1VBJA 4WGHA 1C9WA 1X96A 4DZ5A 5LIYX 3NTYA 3V0UA 4AUBA 4ICCX 2IKHA 3G5EA 3LUTA 1FRBA 2FZ8A 4GABA 4L1XA 4PUWA 3UWEA 1MI3A 2IKJA 4YU1A 4PRTA 3H7RA 3UFYA 5DANA 4JTDA 2PDYA 3GHRA 4XVEA 2NVCA 3UG8A 3DN5A 3H4GA 3CASA 1EKOA 3QKZA 1PWMA 2PD9A 4H8NA 2PD5A 4LB4A 4R9OA 4FALA 2CLPA 4Q3MA 2ACSA 3N2TA 4WDWA 2HV5A 3KRBA 4XZLX 5C7HA 3RX4A 5LIWX 2IKGA 4YVVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3HG5A 1BHGA 1UKOA 3M0ZA 3GDTA 3RRAA 3JRKA 4MLRA 1GQLA 4CEXC 4H7VA 4IWWA 1VBHA 3WEZA 2GLKA 4EF9A 1GZGA 5CLTA 4KEVA 3PG9A 2ACUA 1R7AA 3TYBA 4DIAA 1JUBA 5AHLA 1JDDA 1T96A 2YYUA 1T6MA 3A9BA 2C1HA 4KGLA 4H4IA 3BSMA 1BG4A 1CCWB 3PBMA 5FJTA 3KRSA 3Q65A 2P10A 3CH0A 4F2BA 4HTBA 3MSYA 1Q8AA 2WNQA 4ZO6A 1KFEA 3MB9A 2WYSA 2EPOA 4IPLA 4JL1A 2I57A 4WZHA 5K4ZA 4N42A 1V51A 2FZ9A 3FSUA 1VFUA 1L6SA 3K4AA 3ABSA 2YZ5A 1FWIC 3SQMA 3K1GA 2VC6A 1LG2A 1EDTA 4UTHA 1RQEA 2PURA 3NXLA 3H2FA 3STPA 3AIBA 3FHQA 4HB7A 2JQXA 4LV4A 4AG0A 2YKKA 2PRHA 5C2CA 3VCRA 4HZ7A 3VGHA 4F0KA 4Z2HA 5CJ5A 2OEJA 3NL6A 2V0TA 1TPUA 2GDUA 3LTSA 1R7OA 3C8NA 3CL8A 1OX6A 2FB3A 1HTIA 3OQEA 5CKSA 1KCKA 2NX1A 2PTDA 3PN8A 4Q32A 1XS2A 1C8VA 1DE5A 1IEQA 2ALDA 4W7UA 2BY2A 4M5PA 1ZJIA 3CEUA 1GK8A 3BURA 3DXIA 1EX1A 1E6PA 2VDIA 2ISWA 3G3DA 3P7YA 4K8EA 1W9BM 3AHTA 1AZ1A 3QY8A 5FAJA 4IP5A 3BLFA 3G0SA 4IQLA 1IZKA 2VI0A 4ZQOA 2O0TA 3VD4A 2DUXA 1FY6A 4OBRA 2PFHA 2BASA 4AW7A 9XIMA 1TCMA 3N3TA 3HOJA 1OF8A 4PMRA 4D8AA 4P8UA 3MKCA 2C13A 3STFA 3HG3A 3LCWA 5LKYA 6TAAA 2FVMA 1VF8A 4HPJA 4AX7A 1RLDA 1VHCA 3VILA 1IHIA 1LQAA 1Q7MA 5DMYA 2O7QA 1JEZA 3DFPA 3W72A 2PDQA 4B91A 2EQDA 3PUDA 2DZVA 2PLMA 1HP4A 2EG8A 3F2CA 4H41A 2WV8A 3L4WA 4NAFA 4GBDA 1RCQA 1YPIA 2DW6A 1AJ2A 4ZE4A 2PDWA 5IBXC 3OVPA 4GVGA 2EPKX 2VENA 3OLEA 1LOQA 3ATYA 1DWFM 3QTGA 3QR1A 4NVTA 1ALDA 2VRJA 2BXYA 3B04A 4UTLA 1RY0A 1U2YA 2QV4A 4LF1A 3F4NA 1BPLB 1E9YB 3L9CA 4DNHA 1OX4B 2XDFA 4ADUA 3W82A 3WJXA 1NVMA 3AXIA 4ACYA 5RUBA 5FEZA 2YR1A 1NQ6A 2Y61A 1CGWA 1XLKA 1UUQA 1GQKA 3S9ZA 3GW3A 3WG6A 1WDPA 2W4XA 1R85A 5IRPA 1NWRA 4M6UA 3W00A 3LU2A 2QUVA 5FI8A 4LNYA 4AAJA 1RXOB 2DZTA 3WQ5A 4E3TA 8CGTA 4ZQRA 4FF7A 5BOOA 4P7NA 1RALA 4IOTA 2I5IA 5FL1A 1P7TB 2QJHA 4ZQPA 1XGDA 4JTEA 2QW5A 1FWGC 4WIWA 1M6JA 3VCCA 1UASA 4GQGA 5CPNA 3NZQA 4FPSA 1US0A 4KQNA 1OBAA 4ACZA 2GOKA 2VC7A 3P81A 2WO5A 2PAJA 2CLFA 1PWLA 3R0KA 3W26A 1DVJA 1O7AA 2AQOA 3M44A 1ZQ5A 3VDBA 1I1XA 1OFAA 2D2HA 4AIOA 3QPYA 1OT1A 4N9BA 5A6AA 4O1BA 4AC7C 3EWWA 3GKFA 3ITOA 3MHFA 4U31A 5CQ1A 3UA4A 3FDKA 1GKPA 1XFBA 4XQ6A 3W28A 4RDYA 5I3HA 1MQRA 3PTDA 3O1NA 2WMIA 1FHDA 3XIMA 2V8ZA 3ABZA 4D6DA 3PF3A 4C1NA 4DZIA 3ORWA 1DJWA 3E02A 1OB0A 5A8QA 1BYBA 4IGNA 2A7NA 3CYJA 3DFQA 3TONA 4ATDA 3LI1A 5HNNA 4LS2A 4LGXA 2Y24A 3GXDA 1VKFA 3NQAA 4WY0B 4KCWA 2Z7KA 4J9JA 3IJ6A 1FTXA 4GXMA 2NQ5A 4JN6A 2WLYA 3JW7A 3E5PA 1VEMA 3LERA 4AZ7A 1O12A 5HR6A 4HN8A 1NDZA 1D9EA 2OYLA 4UNLA 4ZFMA 4LUSA 1B3VA 1R47A 4KMQA 3SR7A 5BNKA 1JRCA 1BWKA 3A4AA 1QT1A 1PEZA 1KV8A 3KCLA 3M0KA 3W1MA 4XZBA 4TOQA 4K8HA 1EXPA 4TR9A 1S1PA 2D2OA 4JNMA 2VQUA 2QCNA 3C3UA 3RF9A 3MMWA 3ARRA 4J5NA 1SJDA 4C6CA 1B9BA 2CHOA 3AXHA 3O0KA 3WQEA 3PJTA 1FXQA 1TE6A 2Q3OA 2VX7A 3E12A 3ICJA 3P61A 4QAWA 2VC9A 4IFRA 1DTUA 5ABHA 1R2RA 3CUJA 3RIKA 1Q13A 4A2RA 1A4MA 4ZGYA 3WD3A 3GG1A 2DUZA 1XLMA 1YTDA 1R3YA 1GOXA 3U4AA 2IQ0A 4HOZA 1WBJA 3B0PA 4F4RA 4OT7A 1PZ3A 2CZFA 1ONWA 1P4CA 3C52A 1R46A 2OSWA 3WUBA 1CB2A 3SGUA 2PWDA 1V0LA 3WQFA 4ZO7A 4OUIA 5G1YA 3CLWA 3B9OA 4YCOA 1ISVA 1BTCA 1AW1A 4BS0A 2J78A 3VO0A 5EMMA 1IXPA 3NSXA 3FJNA 2V6AA 1TTPA 2GUUA 2Z29A 2IXUA 3W7LA 2QDGA 3WBWA 2W5FA 2JEQA 4CUCA 1XHGA 2QCDB 1MNZA 3TE9A 3RCMA 5GNZA 1JR1A 2AGTA 2XIJA 3KOXA 2YB4A 5F1VA 1LL4A 1TMQA 1TPVA 1W3IA 4GY7A 5HXMA 2IQDA 3BMXA 4LB3A 5DMNA 4DJFD 5I03A 4ILSA 4MM1A 1EUNA 2OWXA 3T2QA 4FLOA 4KBXA 4RW5A 1EBGA 4B2DA 2QNEA 2PB1A 3DESA 5REQB 3GNNA 1SR0A 3OVQA 2HVNA 1V79A 2QLYA 1W9UA 4W93A 4AH7A 5LGXA 1W31A 4QEHA 2YFOA 4UMBA 2VD8A 3WLSA 1V4YA 5E0CA 5FJUA 2QXWA 2FJUB 3V4BA 5BXPA 2OLSA 2DEPA 1CTNA 2Y70A 3WLTA 2XZ9A 6XIAA 2A21A 1JGIA 4XB3A 3CIVA 2YXGA 3PFMA 3L12A 4XZMX 2X8RA 2ATMA 5E0KA 1CECA 5AYYA 1V5XA 2X1SA 3OLGA 1YKWA 1KTBA 4GLEA 1NSJA 5D4YA 4J3SA 1W5OA 4HCHA 3BW4A 4GUGA 1D3CA 3PSVA 1WX0A 4MWAE 3SUWA 5CEWA 2V3GA 1QK0A 2JALA 3KCOA 3OU8A 2NWRA 3QV7A 4NHVA 1P0BA 2ANUA 3MUZ1 2B7OA 2G0WA 3SGZA 3MZNA 1TA3A 2DIKA 3F03K 1Q6RA 4QJ3B 4QSFA 2V5LA 2BXZA 2ABBA 1UOKA 3IUIA 4ORMA 1YE4A 2Y4SA 3G1SA 3O6AA 3KOZA 3CAKA 5HWJA 3PZQA 4Q8VA 3DYPA 2ISSA 3F5LA 3UPBA 2ZZ7A 3SY8A 2BZNA 3VX0A 4B16A 4ZOCA 2E25A 4QE1A 4C6EA 2ZA2A 1QI3A 2OT1A 3A4WA 1QAPA 2AAAA 2UV8G 1BKHA 4IJCA 2TMDA 5LNSA 5HWNA 1UWAA 4PUKA 1KXVA 4GY0A 2P88A 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4GA8A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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